单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-10	Single cell RNA sequencing of AML initiating cells reveals RNA-based evolution during disease progression 2021-10, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-021-01338-7 PMID:34244611	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究急性髓系白血病（AML）起始细胞的RNA层面演化，揭示疾病进展中的转录组克隆进化现象	首次在AML起始细胞（LICs）中发现RNA克隆进化现象，突破以往仅关注DNA突变层面的研究局限	研究样本量有限，且部分发现仍需在更大队列中验证	探究AML疾病复发机制并寻找潜在治疗靶点	急性髓系白血病起始细胞（LICs）	单细胞组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	匹配的诊断期和复发期患者样本（具体数量未明确说明）
2	2025-09-09	Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data 2021-Aug-17, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0762 PMID:34398535	综述	基于泛癌单细胞RNA测序数据，分析肿瘤微环境中基质细胞的异质性	发现不同癌症类型中的内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞可被分为共同亚型，且亚型组成与癌症特征和疗法响应相关	NA	研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集	生物信息学	泛癌研究	scRNAseq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3	2025-09-09	Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer 2021-Jun-04, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2021.0158 PMID:34086429	研究论文	本研究利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境诱导的空间转录组变化及潜在治疗靶点	首次描述胰腺癌缺氧微环境导致的空间转录组变化，并发现侵袭性亚群在缺氧下的特异性靶点	研究基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探究胰腺导管腺癌中缺氧相关异质性的空间分布及其治疗意义	人源胰腺导管腺癌移植瘤模型	空间转录组学	胰腺癌	空间转录组学(STs), 差异表达基因聚类, CMAP分析	NA	空间转录组数据	裸鼠缺血后肢移植瘤模型（缺氧组与对照组）
4	2025-09-05	Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar 2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.078154.120 PMID:33906975	研究论文	提出基于纳米孔和Illumina平台的混合测序方法及ScNapBar软件，解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配准确性问题	开发了ScNapBar软件，采用UMI或朴素贝叶斯概率方法进行条形码分配，显著提高低测序饱和度下的准确率	NA	解决纳米孔平台单细胞测序中因高错误率导致的细胞条形码分配难题	单细胞转录组	生物信息学	NA	Nanopore测序, Illumina测序, 单细胞RNA-seq	Naïve Bayes	测序数据	模拟和真实纳米孔数据集，以及具有活跃/沉默无义介导RNA降解通路的细胞池
5	2025-09-05	Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development 2021-06, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-021-00590-w PMID:34045724	研究论文	本研究通过小分子筛选发现视黄酸信号通路在哺乳动物早期发育全能性窗口期中的关键作用	首次利用2CLC模型筛选出视黄酸作为全能性细胞强效诱导剂，并揭示其在胚胎中调控全能性细胞的关键作用	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，人类临床应用潜力仍需进一步验证	探索调控哺乳动物早期发育全能性程序的信号通路	小鼠胚胎干细胞（ES细胞）和2细胞样细胞（2CLCs）	发育生物学	NA	小分子筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠胚胎干细胞培养体系中的自发2CLCs群体
6	2025-08-29	Cell type hierarchy reconstruction via reconciliation of multi-resolution cluster tree 2021-09-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab481 PMID:34125905	研究论文	提出一种名为MRtree的算法，通过整合多分辨率聚类结果构建细胞类型层次树，用于单细胞RNA测序数据分析	开发了灵活的多分辨率调和树算法，能够从不同分辨率的扁平聚类结果中自动构建层次结构，无需人工选择分辨率参数	NA	解决单细胞RNA测序数据聚类分析中分辨率参数选择困难的问题，实现细胞群体的层次化表征	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	生物信息学	NA	scRNA-seq	树构建算法	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集（包括胎儿脑细胞数据）
7	2025-08-12	Single-cell analysis of the cellular heterogeneity and interactions in the injured mouse spinal cord 2021-08-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210040 PMID:34132743	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠脊髓损伤部位的细胞异质性和相互作用	发现了新的细胞亚群，并通过受体-配体对的表达值识别了调控血管生成、胶质增生和纤维化过程中特定细胞相互作用的信号通路	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	深入理解脊髓损伤后的伤口愈合过程及其对组织修复的影响	小鼠脊髓损伤部位的细胞	单细胞分析	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
8	2025-08-08	Integrated single-cell transcriptomics and epigenomics reveals strong germinal center-associated etiology of autoimmune risk loci 2021-Oct-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abh3768 PMID:34623901	研究论文	通过单细胞转录组学和表观基因组学整合分析，揭示了生发中心在自身免疫风险位点中的重要作用	首次构建了人类扁桃体的单细胞转录组和表观基因组图谱，并揭示了生发中心相关细胞群在自身免疫遗传变异中的调控潜力	研究仅基于扁桃体组织，可能无法完全代表其他淋巴组织的特性	理解生发中心反应的基因调控原理及其在自身免疫疾病中的作用	人类扁桃体中的免疫细胞亚群	基因组学	自身免疫疾病	单细胞转录组学, 单细胞表观基因组学	NA	单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据	人类扁桃体组织样本
9	2025-07-24	MUC1-C integrates activation of the IFN-γ pathway with suppression of the tumor immune microenvironment in triple-negative breast cancer 2021-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-002115 PMID:33495298	研究论文	本文探讨了MUC1-C在三阴性乳腺癌（TNBC）中如何整合免疫抑制性IFN-γ通路的激活与肿瘤免疫微环境（TIME）中T细胞的耗竭	揭示了MUC1-C作为TNBC转录组的主要调控因子，通过STAT1和IRF1驱动基因表达，激活免疫抑制性IFN-γ通路，并与CD8+ T细胞的耗竭和功能障碍相关	研究结果主要基于体外实验和数据集分析，尚未在临床环境中验证MUC1-C作为治疗靶点的效果	探究MUC1-C在TNBC免疫逃逸中的作用及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞及肿瘤免疫微环境（TIME）	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	shRNA沉默、基因集富集分析（GSEA）、定量逆转录PCR、免疫印迹、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-BRCA和METABRIC数据集中的TNBC样本及单细胞scRNA-seq数据集中的TNBC样本
10	2025-07-23	Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages 2021-08-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66703 PMID:34423778	研究论文	本文探讨了随着年龄增长，巨噬细胞中Mir146b的缺失如何导致炎症和线粒体功能障碍	首次发现Mir146b在巨噬细胞老化过程中的表达下降及其对炎症和线粒体功能的影响	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	揭示巨噬细胞老化的分子机制	硫乙醇酸盐诱导的小鼠腹腔巨噬细胞	免疫学	老年疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠巨噬细胞
11	2025-07-23	Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147984 PMID:34003795	research paper	该研究探讨了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺失如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化	首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并揭示其在调控巨噬细胞活化和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究SETDB2在动脉粥样硬化发展中的分子机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化病变及造血细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Ldlr敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类动脉粥样硬化病变样本
12	2025-07-23	TWO-SIGMA: A novel two-component single cell model-based association method for single-cell RNA-seq data 2021-03, Genetic epidemiology IF:1.7Q3 DOI:10.1002/gepi.22361 PMID:32989764	研究论文	本文开发了一种名为TWO-SIGMA的新型双组分单细胞模型关联方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异表达分析	TWO-SIGMA是首个能够同时实现多项特性的scRNA-seq数据分析方法，包括不要求对数转换结果、允许过度分散和零膨胀计数、通过随机效应项适应同一样本细胞间的相关性结构等	未明确提及具体局限性，但可能包括对特定数据结构的依赖或计算复杂度	开发一种灵活且功能全面的单细胞RNA测序数据分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	混合效应逻辑回归模型和混合效应负二项回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
13	2025-07-22	Multiomic analysis reveals decidual-specific transcriptional programing of MAIT cells 2021-12, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.13495 PMID:34411378	研究论文	通过多组学分析揭示了蜕膜MAIT细胞的特异性转录编程	首次在单细胞分辨率下揭示了蜕膜MAIT细胞与外周MAIT细胞之间的转录编程差异	研究样本量有限，且仅针对E.coli刺激下的MAIT细胞功能进行了评估	探究妊娠期间蜕膜MAIT细胞的转录编程及其功能	蜕膜基底和壁层MAIT细胞及匹配的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	妊娠相关疾病	多组学分析、流式细胞术、CITE-seq、scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	蜕膜和外周血样本
14	2025-07-22	Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147703 PMID:34003797	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，定位了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用	首次优化了空间转录组学和单核测序数据集的协调，将30种主要细胞类型映射到人类肾切除样本中，并揭示了AKI模型中免疫细胞浸润的空间分布机制	研究仅基于两种小鼠AKI模型，人类样本仅来自肾切除患者，可能无法完全代表所有AKI情况	探索急性肾损伤(AKI)中细胞类型空间分布特征及免疫-上皮细胞相互作用机制	人类肾切除样本和两种小鼠AKI模型(缺血/再灌注损伤和盲肠结扎穿刺)	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学, 单核测序, CODEX免疫荧光	NA	转录组数据, 图像数据	人类肾切除样本1例，两种小鼠AKI模型(具体数量未明确说明)
15	2025-07-21	Single-cell transcriptomics reveals lasting changes in the lung cellular landscape into adulthood after neonatal hyperoxic exposure 2021-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2021.102091 PMID:34417156	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了新生儿高氧暴露对肺细胞景观的长期影响	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了新生儿高氧暴露后肺细胞亚群的长期变化	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探究新生儿高氧暴露对成年后肺功能的长远影响	新生小鼠和需要机械通气的早产儿	生物医学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过10,000个细胞，45个细胞簇，32种细胞状态
16	2025-07-21	Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0255706 PMID:34780480	研究论文	研究Kdm6a基因缺陷在小鼠造血细胞中导致的年龄和性别依赖性骨髓增生异常综合征样表型	揭示了Kdm6a基因缺陷在造血干细胞和祖细胞中的特异性作用及其与年龄和性别相关的表型	研究未观察到明显的白血病发展或死亡，且表型仅限于雌性小鼠	探讨Kdm6a基因在正常造血过程中的作用及其在急性髓系白血病发病机制中的潜在贡献	雌性Kdm6a基因敲除小鼠	分子生物学	骨髓增生异常综合征	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因组和转录组数据	雌性Kdm6aflox/flox小鼠
17	2025-07-20	CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection 2021-12-21, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02749-21 PMID:34749524	research paper	该研究通过小鼠模型揭示了CCR2信号在限制SARS-CoV-2感染中的作用	首次在小鼠模型中证实CCR2信号通过促进单核细胞浸润肺部来限制SARS-CoV-2病毒载量	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	阐明COVID-19期间先天免疫机制对病毒的控制作用	SARS-CoV-2病毒感染的小鼠模型	免疫学	COVID-19	scRNA-Seq，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，流式细胞数据	未明确说明小鼠数量
18	2025-07-20	NK and CD8+ T cell phenotypes predict onset and control of CMV viremia after kidney transplant 2021-11-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.153175 PMID:34609965	研究论文	该研究通过分析肾移植受者的免疫反应，探讨了NK细胞和CD8+ T细胞表型对CMV病毒血症发作和控制的预测作用	发现了IL-15水平升高与未成熟CD56bright NK细胞扩增在病毒血症前的关联，以及成熟CD56dim NK细胞和CD28-CD8+ T细胞在病毒血症后的扩增	样本量较小（31名肾移植受者），且研究仅针对肾移植受者，结果可能不适用于其他类型的器官移植	探讨CMV病毒血症在肾移植受者中的免疫机制及其对移植结果的影响	31名肾移植受者（包括CMV病毒血症患者和匹配的非病毒血症患者）	免疫学	CMV感染	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, Luminex	NA	转录组数据, 蛋白质数据	31名肾移植受者
19	2025-07-20	Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes 2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021 PMID:34217893	研究论文	本研究应用腺嘌呤碱基编辑器纠正AATD患者iPSCs和iHeps中的Z突变，减少错误折叠蛋白积累及其毒性	首次在AATD患者iPSCs和iHeps中应用腺嘌呤碱基编辑器纠正Z突变，并证实其减少错误折叠蛋白积累和ER应激的效果	未提及长期安全性和体内治疗效果评估	探索碱基编辑技术在纠正AATD致病突变中的可行性和效果	AATD患者来源的iPSCs和iPSC分化的肝细胞(iHeps)	基因编辑	α-1抗胰蛋白酶缺乏症(AATD)	腺嘌呤碱基编辑(ABE), 单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	患者来源的iPSCs及其分化的肝细胞
20	2025-07-20	The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103112 PMID:34622165	研究论文	本文研究了肝细胞生长因子/c-met信号通路在调节纤维化肾脏局部微环境（KLM）形成中的作用	通过多学科方法揭示了c-met信号通路在纤维化KLM中的关键作用，并预测了c-met在不同细胞类型中的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索纤维化肾脏局部微环境的组成和调控机制	慢性肾病（CKD）模型中的肾脏局部微环境	生物医学研究	慢性肾病	单细胞RNA测序，数学建模，条件性基因敲除小鼠	数学预测模型	基因表达数据	多种CKD模型和条件性基因敲除小鼠