单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-07	Transcriptional and morphological profiling of parvalbumin interneuron subpopulations in the mouse hippocampus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20328-4 PMID:33398060	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对形态学上已鉴定的小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）进行了转录组状态的分析	研究首次结合形态学信息和转录组数据，探讨了PV-INs在形态学、生理学和发展领域的转录组状态	研究主要集中在PV-INs的转录组分析，未涉及其他神经元类型的比较	探讨神经元身份是否可以从遗传信息中推断出来，并分析PV-INs的转录组和形态学特征	小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
142	2024-08-07	The scRNA-seq Expression Profiling of the Receptor ACE2 and the Cellular Protease TMPRSS2 Reveals Human Organs Susceptible to SARS-CoV-2 Infection 2021-01-02, International journal of environmental research and public health DOI:10.3390/ijerph18010284 PMID:33401657	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平，评估了SARS-CoV-2感染的风险	首次发现胆囊和输卵管易受SARS-CoV-2感染，并对易感器官进行了风险分级	NA	深入理解SARS-CoV-2的病理机制	31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	31个器官的细胞类型
143	2024-08-07	Statistical and Bioinformatics Analysis of Data from Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Experiments 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_9 PMID:32926366	review	本文综述了在处理、质量控制和分析批量及单细胞RNA测序数据时使用的各种生物信息学和统计方法	NA	NA	探讨高吞吐量测序技术在研究人类转录组，特别是与癌症相关的应用	批量和单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	RNA测序	NA	RNA	NA
144	2024-08-07	KLF4 (Kruppel-Like Factor 4)-Dependent Perivascular Plasticity Contributes to Adipose Tissue inflammation 2021-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314703 PMID:33054397	研究论文	研究探讨了KLF4依赖的周围血管可塑性对脂肪组织炎症的贡献	首次揭示了KLF4在周围血管细胞中的作用，及其对饮食诱导肥胖相关脂肪组织炎症和代谢功能障碍的影响	研究使用了特定的转基因小鼠模型，结果的普遍性和适用性可能受限	验证周围血管细胞在KLF4依赖性条件下转化为类似巨噬细胞的细胞，从而加剧脂肪组织炎症和代谢功能障碍的假设	周围血管细胞、脂肪组织炎症、代谢功能障碍	NA	肥胖	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了Myh11-CreERT2 eYFP小鼠和Myh11-DreERT2tdTomato小鼠进行实验
145	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous tumor and immune cell populations in early-stage lung adenocarcinomas harboring EGFR mutations 2021-01, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-01528-0 PMID:33144684	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了携带EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤和免疫细胞异质性	首次在单细胞分辨率下探讨了携带EGFR突变的早期肺腺癌的肿瘤内和肿瘤间异质性	NA	揭示早期肺腺癌中肿瘤细胞、基质细胞和免疫浸润细胞之间的复杂相互作用	携带EGFR突变的早期肺腺癌样本及其邻近肺组织	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	125,674个细胞，来自7个早期肺腺癌样本和5个肿瘤邻近肺组织
146	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of small and large wounds reveals the distinct spatial organization of regenerative fibroblasts 2021-01, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14244 PMID:33237598	研究论文	本文通过比较小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据，揭示了再生纤维母细胞在伤口诱导的毛囊新生中的不同空间组织。	发现了在再生伤口条件下过度表达Crabp1蛋白的新型上部伤口纤维母细胞，并提供了计算测试来映射这些细胞在大伤口中的空间位置。	NA	研究大伤口中更具再生能力的真皮细胞和分子成分，以及纤维母细胞系在伤口诱导的毛囊新生中的作用。	小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个样本
147	2024-08-07	Transcript assembly improves expression quantification of transposable elements in single-cell RNA-seq data 2021-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.265173.120 PMID:33355230	研究论文	本文建立了一个适用于多种技术平台生成的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的转座元件（TE）表达定量流程	首次开发了针对TE的scRNA-seq定量工具，提高了TE表达量测定的准确性	NA	解决目前缺乏针对TE的scRNA-seq定量工具的问题，以解析单细胞分辨率的TE表达动态	转座元件（TE）及其在单细胞RNA测序数据中的表达	RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括小鼠胚胎干细胞和早期胚胎发育阶段的scRNA-seq数据
148	2024-08-07	Longitudinal Single-Cell Transcriptomics Reveals a Role for Serpina3n-Mediated Resolution of Inflammation in a Mouse Colitis Model 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.004 PMID:33862275	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了在小鼠化学诱导的结肠炎模型中，Serpina3n在炎症消退中的作用	首次揭示了Serpina3n在结肠炎消退中的特定表达及其与弹性酶的相互作用，为炎症消退提供了新的治疗靶点	NA	探究炎症消退过程中细胞间相互作用及潜在治疗靶点	小鼠化学诱导的结肠炎模型中的细胞类型及其相互作用	NA	结肠炎	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
149	2024-08-07	Persistence of mature dendritic cells, TH2A, and Tc2 cells characterize clinically resolved atopic dermatitis under IL-4Rα blockade 2021-01-22, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abe2749 PMID:33483337	研究论文	研究探讨了使用IL-4Rα阻断剂dupilumab治疗后，特应性皮炎（AD）患者皮肤中持久存在的特定免疫细胞群	首次发现即使在临床缓解后，特应性皮炎患者皮肤中仍存在成熟的树突状细胞、TH2A细胞和Tc2细胞，这些细胞可能与疾病的复发有关	研究仅限于短期和长期使用dupilumab治疗的患者，未涵盖其他治疗方案	探讨特应性皮炎治疗后皮肤中免疫记忆的持久性及其对疾病复发的影响	特应性皮炎患者和健康对照者的皮肤免疫细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和多重蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质	具体样本数量未在摘要中提及
150	2024-08-07	Congenital heart disease risk loci identified by genome-wide association study in European patients 2021-01-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI141837 PMID:33201861	研究论文	本文通过全基因组关联研究（GWAS）在欧洲患者中识别与先天性心脏病（CHD）相关的遗传风险位点，并进行功能分析。	首次在欧洲患者群体中通过GWAS识别出与CHD相关的多个遗传风险位点，并通过体外和单细胞RNA测序分析揭示这些基因在心脏发育中的功能作用。	研究样本主要集中在欧洲患者，可能限制了结果的普遍性。	识别与先天性心脏病相关的遗传风险因素，并进行功能分析。	先天性心脏病患者和健康对照组的遗传变异。	遗传学	先天性心脏病	全基因组关联研究（GWAS）	NA	基因数据	4034名白人CHD患者和8486名健康对照
151	2024-08-07	Fibrinolysis influences SARS-CoV-2 infection in ciliated cells 2021-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.01.07.425801 PMID:33442688	研究论文	研究分析了单细胞RNA测序数据，探讨了纤溶酶在SARS-CoV-2感染纤毛细胞中的作用及其与ENaC蛋白的相互作用	首次揭示了SARS-CoV-2通过与ENaC纤溶酶网络相互作用，加速病毒侵入易感细胞，并可能导致与ENaC相关的肺水肿呼吸状况	NA	探讨SARS-CoV-2感染纤毛细胞的机制及其与ENaC蛋白的相互作用	纤溶酶、ENaC蛋白、SARS-CoV-2受体ACE2在不同细胞类型中的表达	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及不同类型的上皮细胞和白细胞
152	2024-08-07	Differential encoding in prefrontal cortex projection neuron classes across cognitive tasks 2021-01-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.046 PMID:33338423	研究论文	本文研究了小鼠前额叶皮层（PFC）投射神经元的特定转录组类型如何与轴突投射和编码特性在多个认知任务中的关系	首次将单细胞转录组学与系统神经科学结合，分析了特定分子-解剖特征的细胞在认知任务中的编码特性	仅限于小鼠模型，且研究集中在特定的神经元类型和任务上	探讨前额叶皮层投射神经元的不同转录组类型在认知任务中的编码特性	小鼠前额叶皮层投射神经元的转录组类型及其在认知任务中的行为	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个小鼠样本
153	2024-08-07	Co-stimulation with opposing macrophage polarization cues leads to orthogonal secretion programs in individual cells 2021-01-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20540-2 PMID:33436596	research paper	本研究使用单细胞RNA测序探索在同时刺激炎症因子LPS和IFN-γ以及解决性细胞因子IL-4的情况下，单个巨噬细胞的响应机制	研究发现，负交叉调控导致单个共刺激巨噬细胞中T细胞极化细胞因子基因Il6和Il12b与IL-4相关因子Arg1和Chil3的互斥表达	NA	探讨巨噬细胞在同时接受不同刺激信号时的转录响应和功能多样性	巨噬细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单个巨噬细胞
154	2024-08-07	The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20306-w PMID:33397934	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究小鼠胸腺中CD4与CD8谱系选择和分化的顺序与逻辑	首次使用单细胞RNA测序技术分析胸腺细胞选择中间体的核心受体基因表达，揭示了信号强度对核心受体基因活动时间的影响	NA	探讨CD4/CD8谱系选择的核心受体表达与TCR特异性匹配的机制	小鼠胸腺中的CD4和CD8 T细胞谱系	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个胸腺细胞样本
155	2024-08-07	Cardiomyocytes stimulate angiogenesis after ischemic injury in a ZEB2-dependent manner 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20361-3 PMID:33398012	研究论文	本文研究了转录因子ZEB2在心肌细胞中的作用，特别是在缺血损伤后促进血管生成的能力	首次揭示了ZEB2在心肌细胞中的增加及其通过调节心肌细胞与内皮细胞间的对话来增强缺血后血管生成的机制	NA	探索增强心脏修复和恢复血管网络的因素	心肌细胞中的转录因子ZEB2及其在缺血损伤后的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
156	2024-08-07	Cholesterol-Induced Phenotypic Modulation of Smooth Muscle Cells to Macrophage/Fibroblast-like Cells Is Driven by an Unfolded Protein Response 2021-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315164 PMID:33028096	research paper	研究胆固醇诱导的血管平滑肌细胞向巨噬细胞/成纤维细胞样细胞表型转变的分子途径	揭示了未折叠蛋白反应（UPR）在胆固醇诱导的血管平滑肌细胞表型转变中的必要性和充分性	NA	探究胆固醇诱导血管平滑肌细胞表型转变的分子机制	血管平滑肌细胞（SMCs）及其在胆固醇暴露下的表型变化	NA	心血管疾病	NA	NA	RNA sequencing	NA
157	2024-08-07	The T-box transcription factor Eomesodermin governs haemogenic competence of yolk sac mesodermal progenitors 2021-01, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-00611-8 PMID:33420489	研究论文	本文通过胚胎干细胞模型研究了T-box转录因子Eomesodermin（Eomes）在调控卵黄囊中胚层前体细胞造血能力中的作用	本研究发现Eomes在早期血液形成中的转录调控层次中处于顶端，并表明造血能力在胚胎发育早期就已赋予，这一发现比先前认识的更早	NA	探究特定外胚层中胚层子集如何被赋予造血命运	Eomesodermin在胚胎干细胞中的表达及其对造血前体细胞形成的影响	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
158	2024-08-07	Ndufs1 Deficiency Aggravates the Mitochondrial Membrane Potential Dysfunction in Pressure Overload-Induced Myocardial Hypertrophy 2021, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2021/5545261 PMID:33763166	研究论文	本研究通过生物信息学分析scRNA-seq和微阵列数据，探讨了Ndufs1缺乏在压力超负荷诱导的心肌肥大中的作用及其机制。	首次揭示了Ndufs1在压力超负荷诱导的心肌肥大中的关键作用，并通过动物实验和细胞模型验证了其对线粒体功能的影响。	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中进行验证。	探讨Ndufs1缺乏在压力超负荷诱导的心肌肥大中的作用及其机制。	Ndufs1在心肌肥大中的作用及其对线粒体功能的影响。	NA	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列	NA	基因表达数据	使用TAC小鼠模型和Ang II诱导的心肌细胞模型进行研究。
159	2024-08-07	Loss of Claudin-3 Impairs Hepatic Metabolism, Biliary Barrier Function, and Cell Proliferation in the Murine Liver 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.003 PMID:33866021	研究论文	本文研究了紧密连接蛋白claudin-3在小鼠肝脏中的细胞类型特异性表达及其对肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖的影响	首次探讨了claudin-3在肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖中的具体作用	NA	探究紧密连接蛋白claudin-3在肝脏中的功能及其对代谢和屏障功能的影响	小鼠肝脏中的紧密连接蛋白claudin-3及其相关代谢和屏障功能	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	Cldn3-/-和Cldn3+/+小鼠的肝脏样本
160	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immunological Profiles of Renal Allograft Rejection in Mice 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.693608 PMID:34367152	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞特征	首次揭示了从小鼠急性排斥到慢性排斥过程中免疫细胞类型的变化及其对排斥过程的影响	NA	研究肾移植排斥过程中的免疫细胞特征及其变化	小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10,921个白细胞