单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-07	Toward uncharted territory of cellular heterogeneity: advances and applications of single-cell RNA-seq 2021, Journal of translational genetics and genomics DOI:10.20517/jtgg.2020.51 PMID:34322662	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展及其在细胞异质性研究中的应用	scRNA-seq技术在cDNA合成与扩增、下一代测序读取的处理与比对、差异表达基因识别、细胞聚类、亚群识别及发育轨迹预测等方面取得了快速的技术进步	NA	探索scRNA-seq技术快速发展的技术景观，并深入了解其在各个显著进展领域的特点和优势	scRNA-seq技术及其在人类和动物模型中细胞类型全局转录谱研究的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
122	2024-08-07	Enhancement and Imputation of Peak Signal Enables Accurate Cell-Type Classification in scATAC-seq 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.658352 PMID:33889181	研究论文	本文介绍了一种基于支持向量机（SVM）的方法svmATAC，用于增强和填补scATAC-seq数据中的峰值信号，从而实现准确的细胞类型分类	svmATAC通过增强峰值信号强度和通过共可及性模式填补信号，无需依赖文献标记，且在不同库和平台的数据集中表现稳健	NA	开发一种新的方法来提高scATAC-seq数据中细胞类型分类的准确性	scATAC-seq数据中的细胞类型分类	基因组学	NA	scATAC-seq	SVM	scATAC-seq数据	涉及人类免疫细胞、造血系统细胞和外周血单个核细胞的多个scATAC-seq数据集
123	2024-08-07	DRscDB: A single-cell RNA-seq resource for data mining and data comparison across species 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.04.021 PMID:33995899	research paper	本文构建了一个新的搜索数据库DRscDB，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较	DRscDB是一个综合性的数据库，提供了跨物种的单细胞RNA测序数据，并允许用户进行细胞簇富集分析	NA	构建一个数据库，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较	单细胞RNA测序数据，包括多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织，包括斑马鱼、小鼠和人类
124	2024-08-07	MicroExonator enables systematic discovery and quantification of microexons across mouse embryonic development 2021-01-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02246-2 PMID:33482885	研究论文	本文介绍了MicroExonator，一种用于系统性发现和量化微外显子的新型管道，通过处理289个RNA-seq数据集，对小鼠胚胎发育中的微外显子进行了全面调查。	MicroExonator能够重复性地从头发现和量化微外显子，特别是在分析大量数据时，有助于转录组研究中微外显子的研究。	NA	开发一种新的工具来系统性地发现和量化微外显子，并探讨其在小鼠胚胎发育中的作用。	小鼠胚胎发育中的微外显子及其在神经系统发育和功能中的作用。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	289个RNA-seq数据集，涵盖十八种小鼠组织，对应九个胚胎和出生后阶段
125	2024-08-07	Blocking IL1 Beta Promotes Tumor Regression and Remodeling of the Myeloid Compartment in a Renal Cell Carcinoma Model: Multidimensional Analyses 2021-01-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-1610 PMID:33148676	研究论文	本研究探讨了阻断IL1β在肾细胞癌模型中促进肿瘤消退和髓系细胞重塑的作用	通过多参数流式细胞术、肿瘤细胞因子分析和单细胞RNA测序，揭示了IL1β阻断与ICI或TKI联合治疗通过非冗余、相对T细胞非依赖机制重塑髓系细胞	NA	研究IL1β在肾细胞癌中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	肾细胞癌模型中的髓系细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肾细胞癌	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	RENCA和MC38肿瘤模型
126	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.007 PMID:33340713	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了肝硬化小鼠肝脏中肝窦内皮细胞（LSECs）在特定区域的转录组变化	首次在空间和细胞特异性水平上揭示了肝硬化中肝窦内皮细胞的区域特异性转录组变化	NA	深入了解肝硬化的发病机制，为开发针对最功能障碍的肝内皮细胞的新疗法提供依据	肝硬化小鼠肝脏中的肝窦内皮细胞	数字病理学	肝硬化	scRNA-seq	NA	转录组数据	控制组和肝硬化小鼠的肝内皮细胞群体
127	2024-08-07	Using scRNA-seq to Identify Transcriptional Variation in the Malaria Parasite Ookinete Stage 2021, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2021.604129 PMID:33732658	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了疟原虫动合子阶段在不同媒介物种间的转录变异	采用单细胞RNA测序和低输入转录组技术，首次详细分析了疟原虫动合子阶段的转录变异，揭示了环境因素和克隆变异的影响	研究主要集中在动合子阶段的转录变异，未涉及其他生命周期阶段的详细分析	探索疟原虫动合子阶段的转录变异，为阻断传播策略提供依据	疟原虫动合子阶段的转录变异	数字病理学	疟疾	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个媒介物种及个体中肠样本
128	2024-08-07	Estimating and Correcting for Off-Target Cellular Contamination in Brain Cell Type Specific RNA-Seq Data 2021, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2021.637143 PMID:33746712	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于估计和控制单细胞类型RNA测序数据中的非目标细胞类型污染	本文引入了单细胞类型RNA测序（sctRNA-seq）方法，并开发了一种新的计算方法来检测和控制非目标细胞类型的污染	该方法依赖于单细胞测序数据集，可能不适用于所有类型的细胞纯化技术	旨在解决分子基因组学中对微量细胞群体转录组分析的挑战	研究对象为大脑细胞类型特异性RNA-Seq数据中的非目标细胞污染	分子基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及多种细胞纯化技术的数据集
129	2024-08-07	Remodeling of Stromal Cells and Immune Landscape in Microenvironment During Tumor Progression 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.596798 PMID:33763348	研究论文	本文探讨了肿瘤进展过程中基质细胞和免疫微环境的重组	采用单细胞测序技术分析肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞的表型标记、分子通路及进化轨迹	未提及具体限制	研究肿瘤进展中基质细胞和免疫微环境的多样性及其对免疫治疗的影响	基质细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的亚型及其在肿瘤发展中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
130	2024-08-07	DEEPsc: A Deep Learning-Based Map Connecting Single-Cell Transcriptomics and Spatial Imaging Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.636743 PMID:33833776	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法DEEPsc，用于将空间信息映射到单细胞转录组数据上，并与现有方法进行了比较	DEEPsc方法在精度和鲁棒性之间取得了更好的平衡，并提供了一个数据自适应工具来连接单细胞转录组数据和空间成像数据	文章未明确提及DEEPsc的具体局限性	开发一种系统自适应的深度学习方法，以提高单细胞转录组数据空间信息映射的准确性、精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据和空间成像数据	机器学习	NA	深度学习	NA	转录组数据，空间成像数据	涉及四个生物系统
131	2024-08-07	Single-cell transcriptomics following ischemic injury identifies a role for B2M in cardiac repair 2021-01-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01636-3 PMID:33514846	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了心肌缺血损伤后不同时间点心脏主要细胞类型的基因表达数据，揭示了细胞和转录异质性及心脏重塑过程中的细胞功能变化	研究首次证实心肌细胞在缺血损伤后表达和分泌高水平的β2微球蛋白，通过旁分泌方式激活成纤维细胞，为心脏修复提供了新的治疗靶点	NA	深入理解心肌缺血损伤后修复过程中的细胞间信号传导机制，以促进治疗应用	心肌缺血损伤后的心脏修复过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同时间点的心脏主要细胞类型
132	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals SARS-CoV-2 infection dynamics in lungs of African green monkeys 2021-01-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abe8146 PMID:33431511	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了非洲绿猴肺部SARS-CoV-2感染的动态过程	开发了新的分析方法，用于无偏倚地靶向宿主对SARS-CoV-2感染反应中的重要细胞	NA	揭示SARS-CoV-2感染的病毒和宿主因素，以及其在COVID-19发病机制中的作用	非洲绿猴肺部细胞及肺引流纵隔淋巴结细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	非洲绿猴
133	2024-08-07	Tailoring the resolution of single-cell RNA sequencing for primary cytotoxic T cells 2021-01-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20751-7 PMID:33495472	研究论文	本文针对主要细胞毒性T细胞的单细胞RNA测序分辨率进行优化，提出了一种基于液滴的高通量分析方法（tDrop-seq）和一种基于平板的高性能深度分析方法（tSCRB-seq），以克服RNA量少导致的捕获效率低的问题。	提出的tSCRB-seq方法相比基于液滴的技术，平均每基因捕获的转录本数量提高了15倍，提高了基因检测的动态范围，适用于高分辨率敏感的下游应用。	NA	旨在提高单细胞RNA测序技术在细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）分析中的效率和分辨率，以优化基于T细胞的癌症免疫疗法。	主要细胞毒性T细胞（CTLs）的分子程序和功能异质性。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
134	2024-08-07	Single-cell resolution landscape of equine peripheral blood mononuclear cells reveals diverse cell types including T-bet+ B cells 2021-01-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-020-00947-5 PMID:33482825	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术全面定义了健康马匹外周血单个核细胞的细胞多样性	首次在马匹外周血中发现并描述了T-bet+ B细胞这一免疫细胞亚群	研究受限于物种特异性免疫细胞类型、频率和表型的不完全理解	探索非传统模型生物的免疫细胞特性	马匹外周血单个核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自不同品种、年龄和性别的健康马匹的外周血单个核细胞
135	2024-08-07	Prior activation state shapes the microglia response to antihuman TREM2 in a mouse model of Alzheimer's disease 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2017742118 PMID:33446504	研究论文	研究探讨了TREM2在阿尔茨海默病小鼠模型中对小胶质细胞反应的影响	首次展示了TREM2通过mAb hT2AB作为替代配体激活小胶质细胞，并影响不同性别小鼠中特定类型小胶质细胞的分布	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	研究TREM2在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞反应的影响	5XFAD转基因小鼠，这些小鼠积累Aβ并表达常见的TREM2变体	NA	阿尔茨海默病	scRNA-seq	NA	RNA	包括不同性别的小鼠，具体数量未详细说明
136	2024-08-07	OCT4 induces embryonic pluripotency via STAT3 signaling and metabolic mechanisms 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2008890118 PMID:33452132	研究论文	研究探讨了OCT4通过STAT3信号传导和代谢机制诱导胚胎多能性的机制	发现OCT4在早期小鼠胚胎中独立于其他多能性相关转录因子激活JAK/STAT信号传导机制，并调控关键的糖酵解酶以维持糖酵解	研究主要集中在OCT4对胚胎多能性的影响，未涉及其在其他生物过程中的作用	确定OCT4如何在胚胎中建立和保护多能性谱系	控制组和OCT4缺失的囊胚内细胞团在两个发育阶段的单细胞转录组学和定量免疫荧光	NA	NA	单细胞转录组学，定量免疫荧光	NA	基因表达数据	控制组和OCT4缺失的囊胚内细胞团
137	2024-08-07	Greater epithelial ridge cells are the principal organoid-forming progenitors of the mouse cochlea 2021-01-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108646 PMID:33472062	research paper	本研究从新生小鼠的耳蜗中纯化不同细胞类型，通过单细胞RNA测序验证各组分，并评估它们形成内耳类器官的潜力	发现较大的上皮脊（GER）细胞是形成类器官的最强有力的细胞，且类器官形成在细胞密度增加时协同增强，这需要直接的细胞间接触而非可扩散信号	NA	研究耳蜗细胞的再生潜力及其形成内耳类器官的能力	新生小鼠耳蜗细胞及其形成类器官的能力	digital pathology	hearing loss	RNA-seq	NA	single-cell RNA sequencing data	新生小鼠耳蜗细胞
138	2024-08-07	Tumor-infiltrating dendritic cell states are conserved across solid human cancers 2021-01-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20200264 PMID:33601412	研究论文	本文通过单细胞转录组测序的元分析，探讨了人类实体肿瘤中树突状细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	揭示了跨患者、癌症类型和物种的肿瘤浸润性树突状细胞状态的保守性	NA	探讨树突状细胞在肿瘤微环境中的异质性及其对免疫疗法的影响	人类实体肿瘤中的树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个患者和多种癌症类型
139	2024-08-07	Preprocessing choices affect RNA velocity results for droplet scRNA-seq data 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008585 PMID:33428615	研究论文	本文系统比较了五种广泛使用的定量工具在五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集中的剪接和未剪接RNA丰度估计的差异	首次系统地比较了不同定量工具在RNA速度分析中的影响，并强调了丰度定量在RNA速度分析工作流程中的重要性	NA	探讨不同定量工具对RNA速度分析结果的影响	剪接和未剪接RNA的丰度	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集
140	2024-08-07	mbkmeans: Fast clustering for single cell data using mini-batch k-means 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008625 PMID:33497379	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞数据快速聚类的mbkmeans R/Bioconductor包，该包实现了mini-batch k-means算法	mbkmeans包允许使用HDF5文件格式的磁盘数据表示，无需一次性将所有数据加载到内存中，适用于处理大规模单细胞数据集	NA	开发一种适用于大规模单细胞RNA测序数据的高效聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	k-means	基因表达数据	包括一个包含130万细胞的数据集