单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-07	Estimating and Correcting for Off-Target Cellular Contamination in Brain Cell Type Specific RNA-Seq Data 2021, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2021.637143 PMID:33746712	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于估计和控制单细胞类型RNA测序数据中的非目标细胞类型污染	本文引入了单细胞类型RNA测序（sctRNA-seq）方法，并开发了一种新的计算方法来检测和控制非目标细胞类型的污染	该方法依赖于单细胞测序数据集，可能不适用于所有类型的细胞纯化技术	旨在解决分子基因组学中对微量细胞群体转录组分析的挑战	研究对象为大脑细胞类型特异性RNA-Seq数据中的非目标细胞污染	分子基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及多种细胞纯化技术的数据集
122	2024-08-07	Remodeling of Stromal Cells and Immune Landscape in Microenvironment During Tumor Progression 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.596798 PMID:33763348	研究论文	本文探讨了肿瘤进展过程中基质细胞和免疫微环境的重组	采用单细胞测序技术分析肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞的表型标记、分子通路及进化轨迹	未提及具体限制	研究肿瘤进展中基质细胞和免疫微环境的多样性及其对免疫治疗的影响	基质细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的亚型及其在肿瘤发展中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
123	2024-08-07	DEEPsc: A Deep Learning-Based Map Connecting Single-Cell Transcriptomics and Spatial Imaging Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.636743 PMID:33833776	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法DEEPsc，用于将空间信息映射到单细胞转录组数据上，并与现有方法进行了比较	DEEPsc方法在精度和鲁棒性之间取得了更好的平衡，并提供了一个数据自适应工具来连接单细胞转录组数据和空间成像数据	文章未明确提及DEEPsc的具体局限性	开发一种系统自适应的深度学习方法，以提高单细胞转录组数据空间信息映射的准确性、精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据和空间成像数据	机器学习	NA	深度学习	NA	转录组数据，空间成像数据	涉及四个生物系统
124	2024-08-07	Single-cell transcriptomics following ischemic injury identifies a role for B2M in cardiac repair 2021-01-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01636-3 PMID:33514846	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了心肌缺血损伤后不同时间点心脏主要细胞类型的基因表达数据，揭示了细胞和转录异质性及心脏重塑过程中的细胞功能变化	研究首次证实心肌细胞在缺血损伤后表达和分泌高水平的β2微球蛋白，通过旁分泌方式激活成纤维细胞，为心脏修复提供了新的治疗靶点	NA	深入理解心肌缺血损伤后修复过程中的细胞间信号传导机制，以促进治疗应用	心肌缺血损伤后的心脏修复过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同时间点的心脏主要细胞类型
125	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals SARS-CoV-2 infection dynamics in lungs of African green monkeys 2021-01-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abe8146 PMID:33431511	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了非洲绿猴肺部SARS-CoV-2感染的动态过程	开发了新的分析方法，用于无偏倚地靶向宿主对SARS-CoV-2感染反应中的重要细胞	NA	揭示SARS-CoV-2感染的病毒和宿主因素，以及其在COVID-19发病机制中的作用	非洲绿猴肺部细胞及肺引流纵隔淋巴结细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	非洲绿猴
126	2024-08-07	Tailoring the resolution of single-cell RNA sequencing for primary cytotoxic T cells 2021-01-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20751-7 PMID:33495472	研究论文	本文针对主要细胞毒性T细胞的单细胞RNA测序分辨率进行优化，提出了一种基于液滴的高通量分析方法（tDrop-seq）和一种基于平板的高性能深度分析方法（tSCRB-seq），以克服RNA量少导致的捕获效率低的问题。	提出的tSCRB-seq方法相比基于液滴的技术，平均每基因捕获的转录本数量提高了15倍，提高了基因检测的动态范围，适用于高分辨率敏感的下游应用。	NA	旨在提高单细胞RNA测序技术在细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）分析中的效率和分辨率，以优化基于T细胞的癌症免疫疗法。	主要细胞毒性T细胞（CTLs）的分子程序和功能异质性。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
127	2024-08-07	Single-cell resolution landscape of equine peripheral blood mononuclear cells reveals diverse cell types including T-bet+ B cells 2021-01-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-020-00947-5 PMID:33482825	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术全面定义了健康马匹外周血单个核细胞的细胞多样性	首次在马匹外周血中发现并描述了T-bet+ B细胞这一免疫细胞亚群	研究受限于物种特异性免疫细胞类型、频率和表型的不完全理解	探索非传统模型生物的免疫细胞特性	马匹外周血单个核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自不同品种、年龄和性别的健康马匹的外周血单个核细胞
128	2024-08-07	Prior activation state shapes the microglia response to antihuman TREM2 in a mouse model of Alzheimer's disease 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2017742118 PMID:33446504	研究论文	研究探讨了TREM2在阿尔茨海默病小鼠模型中对小胶质细胞反应的影响	首次展示了TREM2通过mAb hT2AB作为替代配体激活小胶质细胞，并影响不同性别小鼠中特定类型小胶质细胞的分布	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	研究TREM2在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞反应的影响	5XFAD转基因小鼠，这些小鼠积累Aβ并表达常见的TREM2变体	NA	阿尔茨海默病	scRNA-seq	NA	RNA	包括不同性别的小鼠，具体数量未详细说明
129	2024-08-07	OCT4 induces embryonic pluripotency via STAT3 signaling and metabolic mechanisms 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2008890118 PMID:33452132	研究论文	研究探讨了OCT4通过STAT3信号传导和代谢机制诱导胚胎多能性的机制	发现OCT4在早期小鼠胚胎中独立于其他多能性相关转录因子激活JAK/STAT信号传导机制，并调控关键的糖酵解酶以维持糖酵解	研究主要集中在OCT4对胚胎多能性的影响，未涉及其在其他生物过程中的作用	确定OCT4如何在胚胎中建立和保护多能性谱系	控制组和OCT4缺失的囊胚内细胞团在两个发育阶段的单细胞转录组学和定量免疫荧光	NA	NA	单细胞转录组学，定量免疫荧光	NA	基因表达数据	控制组和OCT4缺失的囊胚内细胞团
130	2024-08-07	Greater epithelial ridge cells are the principal organoid-forming progenitors of the mouse cochlea 2021-01-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108646 PMID:33472062	research paper	本研究从新生小鼠的耳蜗中纯化不同细胞类型，通过单细胞RNA测序验证各组分，并评估它们形成内耳类器官的潜力	发现较大的上皮脊（GER）细胞是形成类器官的最强有力的细胞，且类器官形成在细胞密度增加时协同增强，这需要直接的细胞间接触而非可扩散信号	NA	研究耳蜗细胞的再生潜力及其形成内耳类器官的能力	新生小鼠耳蜗细胞及其形成类器官的能力	digital pathology	hearing loss	RNA-seq	NA	single-cell RNA sequencing data	新生小鼠耳蜗细胞
131	2024-08-07	Tumor-infiltrating dendritic cell states are conserved across solid human cancers 2021-01-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20200264 PMID:33601412	研究论文	本文通过单细胞转录组测序的元分析，探讨了人类实体肿瘤中树突状细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	揭示了跨患者、癌症类型和物种的肿瘤浸润性树突状细胞状态的保守性	NA	探讨树突状细胞在肿瘤微环境中的异质性及其对免疫疗法的影响	人类实体肿瘤中的树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个患者和多种癌症类型
132	2024-08-07	Preprocessing choices affect RNA velocity results for droplet scRNA-seq data 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008585 PMID:33428615	研究论文	本文系统比较了五种广泛使用的定量工具在五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集中的剪接和未剪接RNA丰度估计的差异	首次系统地比较了不同定量工具在RNA速度分析中的影响，并强调了丰度定量在RNA速度分析工作流程中的重要性	NA	探讨不同定量工具对RNA速度分析结果的影响	剪接和未剪接RNA的丰度	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集
133	2024-08-07	mbkmeans: Fast clustering for single cell data using mini-batch k-means 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008625 PMID:33497379	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞数据快速聚类的mbkmeans R/Bioconductor包，该包实现了mini-batch k-means算法	mbkmeans包允许使用HDF5文件格式的磁盘数据表示，无需一次性将所有数据加载到内存中，适用于处理大规模单细胞数据集	NA	开发一种适用于大规模单细胞RNA测序数据的高效聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	k-means	基因表达数据	包括一个包含130万细胞的数据集
134	2024-08-07	Digital Cell Sorter (DCS): a cell type identification, anomaly detection, and Hopfield landscapes toolkit for single-cell transcriptomics 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10670 PMID:33520459	研究论文	本文介绍了一个名为Digital Cell Sorter (DCS)的软件平台，该平台集成了多种单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析方法，包括自动细胞类型识别、细胞异常检测和细胞表型景观可视化	提出了两种基于投票算法和Hopfield分类器的自动细胞类型识别方法，以及基于隔离森林的细胞异常量化方法和基于Hopfield能量函数的细胞表型景观可视化工具	NA	开发新的算法和工具以提高单细胞RNA测序数据的分析效率和生物信息提取	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	Hopfield分类器	数据	使用了来自健康捐赠者和多发性骨髓瘤患者的外周血单个核细胞(PBMC)和骨髓浆细胞的大数据集
135	2024-08-07	Effective ribosomal RNA depletion for single-cell total RNA-seq by scDASH 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10717 PMID:33520469	研究论文	本文介绍了一种名为scDASH的方法，用于从单细胞总RNA-seq文库中有效去除核糖体RNA（rRNA）序列	scDASH方法能够有效去除rRNA，同时减少非特异性脱靶效应，显著丰富了转录组的检测	NA	开发一种适用于单细胞总RNA-seq的rRNA去除方法	单细胞RNA测序中的rRNA去除	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
136	2024-08-07	CoolMPS for robust sequencing of single-nuclear RNAs captured by droplet-based method 2021-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1127 PMID:33264392	研究论文	本文探讨了CoolMPS技术在单核RNA测序中的应用，通过化学转换方法使Chromium 10X技术生成的库适用于CoolMPS测序，并评估了其在小鼠海马体snRNA-seq数据中的质量和性能	CoolMPS是一种新型的合成测序方法，通过可重复使用的抗体进行核苷酸标记，本文首次测试了其在snRNA-seq中的应用	NA	验证CoolMPS技术在单核RNA测序中的可行性和性能	小鼠海马体的单核RNA	基因组学	NA	CoolMPS	NA	snRNA-seq数据	年轻和老年小鼠的海马体样本
137	2024-08-07	Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa894 PMID:33119753	research paper	本文介绍了Aging Atlas数据库，这是一个多组学数据库，旨在支持衰老生物学研究。	Aging Atlas数据库整合了多种高通量组学技术产生的基因表达和调控数据，为衰老研究提供了前所未有的详细和多维度的数据资源。	NA	本文的研究目的是建立一个开放且集成的数据库，以支持广泛的衰老生物学研究。	研究对象包括基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和药物基因组学等多组学数据。	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 药物保护化合物分析	NA	基因表达数据	NA
138	2024-08-07	A cell atlas of the chick retina based on single-cell transcriptomics 2021-01-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63907 PMID:33393903	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了鸡视网膜的细胞图谱	首次在鸟类中进行分子层面的视网膜细胞类型鉴定，并比较了鸡、鼠和灵长类视网膜细胞类群和类型的关系	NA	揭示鸡视网膜的细胞结构和功能，并为鸟类视觉系统的解剖学、生理学、进化和发育研究提供基础	鸡视网膜的细胞类型及其分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	136种细胞类型及14种位置或发育中间体
139	2024-08-07	scMC learns biological variation through the alignment of multiple single-cell genomics datasets 2021-01-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02238-2 PMID:33397454	研究论文	本文介绍了一种名为scMC的方法，用于在整合和比较不同实验的单细胞基因组数据集时，区分并保留生物学变异，同时去除技术变异	scMC方法通过方差分析学习生物学变异，以无监督方式推断并去除技术变异，从而能够准确对齐并检测共享和特定上下文的生物信号	NA	开发一种方法，能够在整合单细胞基因组数据时，有效区分并保留生物学变异，去除技术变异	单细胞RNA测序和ATAC测序实验的数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）和ATAC测序	NA	基因组数据	NA
140	2024-08-07	Single-cell transcriptome profiling of the vaginal wall in women with severe anterior vaginal prolapse 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20358-y PMID:33397933	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了前阴道壁的转录组图谱，并分析了前阴道脱垂（AVP）中的细胞类型和基因表达异常	首次构建了前阴道壁的单细胞转录组图谱，并揭示了AVP中的细胞异质性和分子机制	NA	揭示前阴道脱垂（AVP）的细胞异质性和分子机制	前阴道壁的单细胞转录组	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	81,026个单细胞样本