单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 709 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-07 |
Loss of Adam10 Disrupts Ion Transport in Immortalized Kidney Collecting Duct Cells
2021, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqab024
PMID:34131651
|
研究论文 | 研究通过CRISPR-Cas9技术敲除mCCD细胞中的Adam10基因，观察其对钠转运能力和醛固酮反应的影响 | 首次揭示了Adam10基因敲除对肾皮质集合管细胞中钠转运和细胞标记物分布的影响 | 仅限于mCCD细胞系和特定基因敲除，可能不完全代表体内情况 | 探讨Adam10基因在肾皮质集合管细胞中的功能及其对离子转运的影响 | 自永生化的肾皮质集合管细胞系mCCD | NA | NA | CRISPR-Cas9技术，单细胞RNA测序，免疫染色 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫染色图像 | 多个独立的mCCD细胞克隆 | NA | NA | NA | NA |
| 102 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Hepatocellular Carcinoma Reveals Cell Interactions and Cell Heterogeneity in the Microenvironment
2021, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S338090
PMID:34992435
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析了肝细胞癌（HCC）样本和正常肝组织样本，揭示了微环境中的细胞相互作用和细胞异质性 | 本研究通过单细胞测序数据识别了新的HCC预后标志物，包括ALDOB, APOC3, APOH等10个关键基因 | NA | 旨在基于单细胞测序数据识别肝细胞癌的新预后标志物 | 肝细胞癌（HCC）样本和正常肝组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 21个HCC样本和256个正常肝组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 103 | 2024-08-07 |
A Single-Cell Transcriptome Profiling of Anterior Kidney Leukocytes From Nile Tilapia (Oreochromis niloticus)
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.783196
PMID:35027916
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术，对尼罗罗非鱼前肾中的白细胞进行了转录模式分析 | 首次使用单细胞转录组测序技术研究尼罗罗非鱼前肾白细胞的异质性，并识别出多种免疫细胞亚群 | 未能根据已知的特定标记物更详细地识别髓系细胞亚群 | 揭示尼罗罗非鱼前肾白细胞的亚群及其潜在标记物 | 尼罗罗非鱼前肾中的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 11,388个前肾白细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 104 | 2024-08-07 |
Natural Barcodes for Longitudinal Single Cell Tracking of Leukemic and Immune Cell Dynamics
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.788891
PMID:35046946
|
review | 本文综述了利用染色体拷贝数变化、体细胞核和线粒体DNA突变、单核苷酸多态性以及T和B细胞受体序列作为个人自然条形码，在单细胞分析工作流程中的技术实现及其应用 | 介绍了多模态单细胞测序技术的新平台，以及如何利用分子事件作为条形码追踪恶性细胞和免疫细胞群体随时间的变化 | NA | 探讨血液恶性肿瘤治疗瓶颈后疾病演变的纵向追踪以及抗肿瘤免疫变化监测的新方法 | 血液恶性肿瘤中的恶性细胞和免疫细胞动态 | digital pathology | 血液恶性肿瘤 | multi-modal single-cell sequencing | NA | DNA 和 RNA 序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 105 | 2024-08-07 |
Deciphering the Immune-Tumor Interplay During Early-Stage Lung Cancer Development via Single-Cell Technology
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.716042
PMID:35047383
|
研究论文 | 本研究利用单细胞技术解码早期肺癌发展过程中的免疫-肿瘤相互作用 | 利用单细胞测序技术探索早期肺癌中肿瘤免疫微环境的详细机制 | 目前主要集中在肿瘤临床可检测的“逃逸”阶段，早期阶段的机制尚不明确 | 深入理解早期肺癌发展过程中免疫反应及其动态变化 | 早期肺癌的免疫-肿瘤相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞数据 | 未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 106 | 2024-08-07 |
Principles of Spatial Transcriptomics Analysis: A Practical Walk-Through in Kidney Tissue
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.809346
PMID:35069263
|
review | 本文综述了空间转录组技术及其在肾脏组织中的应用，特别是Slide-seqV2技术的使用 | 介绍了Slide-seqV2技术在近单细胞分辨率下收集空间转录组数据的能力 | NA | 探讨空间转录组技术在肾脏组织中的应用，并展示如何通过这些技术进行细胞类型映射和空间细胞类型及转录组特征分析 | 肾脏组织及其空间结构中的细胞和基因表达特征 | digital pathology | NA | Slide-seqV2 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 107 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular and Transcriptional Changes Associated With M1 Macrophage Polarization in Hidradenitis Suppurativa
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.665873
PMID:34504848
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和蛋白质分析等转录组学方法，揭示了化脓性汗腺炎病变中与M1巨噬细胞极化相关的细胞和转录变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了化脓性汗腺炎中巨噬细胞向M1型极化的现象，并识别了STAT1/IFN信号轴及其相关基因在巨噬细胞功能失调中的关键作用 | NA | 研究化脓性汗腺炎病变中的先天性炎症景观，并探索巨噬细胞在疾病发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 化脓性汗腺炎病变中的巨噬细胞极化和相关基因表达 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自化脓性汗腺炎皮肤、糖尿病足溃疡和正常愈合伤口炎症阶段的多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 108 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) in Cardiac Tissue: Applications and Limitations
2021, Vascular health and risk management
IF:2.6Q2
DOI:10.2147/VHRM.S288090
PMID:34629873
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在心血管疾病（CVDs）研究中的应用及其局限性 | scRNA-seq技术通过识别罕见的心脏细胞类型、推断轨迹树、估计RNA速度、阐明细胞间通信以及比较健康和病理心脏样本，为CVDs提供了新的见解 | 本文讨论了scRNA-seq技术的局限性，并展望了其在心血管研究中的未来应用 | 总结scRNA-seq平台和已发表的单细胞数据集在心血管领域的应用，并探讨其局限性和未来发展方向 | 心血管疾病中的心脏组织和细胞类型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 109 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis Revealed the Role of CD8+ Effector T Cells in Preventing Cardioprotective Macrophage Differentiation in the Early Phase of Heart Failure
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.763647
PMID:34745139
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段阻止心脏保护性巨噬细胞分化的作用 | 首次详细描述了CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段对心脏保护性巨噬细胞分化的调控作用 | NA | 探讨CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段的作用及其对心脏保护性巨噬细胞分化的影响 | CD8+效应T细胞和心脏保护性巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 110 | 2024-08-07 |
Properties and Differential Expression of H+ Receptors in Dorsal Root Ganglia: Is a Labeled-Line Coding for Acid Nociception Possible?
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.733267
PMID:34764880
|
综述 | 本文综述了背根神经节中H+受体的性质和差异表达，探讨了酸伤害感受的标记线编码可能性 | 首次系统描述了背根神经节中H+受体的功能和结构特征，并结合单细胞测序数据分析了这些受体的表达模式 | NA | 探讨酸伤害感受的标记线编码机制 | 背根神经节中的H+受体及其在酸伤害感受中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | mRNA表达谱 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 111 | 2024-08-07 |
Integrative Omics Analysis Unravels Microvascular Inflammation-Related Pathways in Kidney Allograft Biopsies
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.738795
PMID:34795664
|
研究论文 | 本研究通过综合组学分析，揭示了肾移植活检中与微血管炎症相关的miRNA和mRNA表达模式 | 首次通过多步骤选择过程，识别出与微血管炎症强度逐渐相关的六种差异表达miRNA，并探讨了它们在不同细胞类型中的靶基因及其功能 | 研究主要集中在miRNA和mRNA的表达分析，未涉及其他可能的调控机制 | 探讨miRNA在抗体介导的排斥反应中的作用及其相关通路 | 肾移植活检样本中的miRNA和mRNA | 生物信息学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 发现队列86例，选择队列99例，验证队列298例 | NA | NA | NA | NA |
| 112 | 2024-08-07 |
Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.10.027
PMID:34815832
|
研究论文 | 本文讨论并评估了32种已发表的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法的预测准确性、F1分数、未标记率和运行时间 | 介绍了自动细胞类型识别方法在单细胞RNA测序数据分析中的优势，如快速、准确和用户友好 | 文章指出这些自动方法在实际应用中仍面临挑战，并需要根据可用信息选择合适的方法 | 评估和讨论单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法的性能和未来应用 | 32种已发表的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 113 | 2024-08-07 |
Identification of Intercellular Signaling Changes Across Conditions and Their Influence on Intracellular Signaling Response From Multiple Single-Cell Datasets
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.751158
PMID:34858473
|
研究论文 | 本文通过改进先前开发的工具CellChat，实现了跨多个单细胞RNA测序数据集的细胞间通信网络的灵活比较分析，并研究了细胞间通信如何影响细胞内信号响应。 | 开发了CellChat工具的新功能，使其能够跨多个单细胞RNA测序数据集进行细胞间通信网络的比较分析，并构建了连接细胞间通信和细胞内信号网络的多尺度信号网络。 | NA | 理解不同细胞状态如何响应进化、扰动和疾病中的细胞间信号变化及其对细胞内转录因子的影响。 | 细胞间信号变化及其对细胞内信号响应的影响。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 网络正则化回归模型 | 数据集 | 三个scRNA-seq数据集，分别来自皮肤发育、脊髓损伤和COVID-19。 | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2024-08-07 |
Why Single-Cell Sequencing Has Promise in MDS
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.769753
PMID:34926276
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在骨髓增生异常综合征（MDS）研究中的应用及其对理解正常造血和MDS疾病发病机制的潜在价值 | 单细胞测序技术通过识别经典造血层次阶段之间的过渡细胞状态，深化了对细胞分化和谱系承诺背后生物学活动的理解 | NA | 探讨单细胞测序技术如何填补当前对MDS生物学理解的空白 | 骨髓增生异常综合征（MDS）及其相关造血过程 | NA | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 115 | 2024-08-07 |
tascCODA: Bayesian Tree-Aggregated Analysis of Compositional Amplicon and Single-Cell Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.766405
PMID:34950190
|
研究论文 | 介绍了一种名为tascCODA的贝叶斯模型，用于整合层次信息和实验协变量数据，对组成性计数数据进行生成建模 | tascCODA模型结合了基于树结构的潜在参数和尖峰与板Lasso惩罚，能够在数据驱动的简约方式下确定不同层次的协变量效应 | NA | 开发一种新的统计模型，用于分析来自高通量测序技术的生物数据集，特别是微生物组组成和细胞类型组成数据 | 微生物组组成数据和细胞类型组成数据 | 生物信息学 | 肠道疾病 | 高通量测序技术 | 贝叶斯模型 | 计数数据 | 包括溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据和肠易激综合征患者的扩增子数据 | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals RGS1 as a New Marker and Promoting Factor for T-Cell Exhaustion in Multiple Cancers
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.767070
PMID:34956194
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据分析了多种癌症中CD8+ T细胞的细胞类型，并识别了与T细胞耗竭相关的35个基因，其中RGS1基因在耗竭前和耗竭T细胞中表达显著增加，并与不良预后相关。 | 首次识别RGS1作为T细胞耗竭的新标记和促进因子，并探讨了其在T细胞耗竭中的潜在机制。 | 研究主要基于单细胞转录组数据，未涉及体内实验验证RGS1的具体功能。 | 旨在识别新的T细胞耗竭标记物，并为耗竭细胞的研究和免疫治疗提供理论基础。 | 多种癌症中的CD8+ T细胞及其耗竭状态。 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及多种癌症的CD8+ T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2024-08-07 |
A Preliminary Single-Cell RNA-Seq Analysis of Embryonic Cells That Express Brachyury in the Amphioxus, Branchiostoma japonicum
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.696875
PMID:34336847
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了日本文昌鱼的胚胎细胞中Brachyury基因的表达模式 | 首次在单细胞水平上区分了两种Brachyury基因在文昌鱼胚胎细胞中的表达特征 | 研究仅限于文昌鱼，可能不适用于其他脊索动物 | 探讨文昌鱼胚胎发育过程中Brachyury基因的表达差异及其功能 | 文昌鱼的胚胎细胞及其Brachyury基因的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 文昌鱼胚胎细胞分为15个集群 | NA | NA | NA | NA |
| 118 | 2024-08-07 |
Exponential-Family Embedding With Application to Cell Developmental Trajectories for Single-Cell RNA-Seq Data
2021, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2021.1886106
PMID:34354320
|
研究论文 | 本文开发了一种名为指数族奇异值分解（eSVD）的非线性嵌入方法，用于同时对细胞和基因进行嵌入，并应用于单细胞RNA-seq数据中的细胞发育轨迹分析。 | eSVD方法结合了指数族分布和随机点积模型，提供了一种计算效率高、可识别且一致的嵌入方法，并通过广泛的模拟证明了其与其他嵌入方法的竞争力。 | NA | 开发一种新的非线性嵌入方法，以改进单细胞RNA-seq数据的下游分析，特别是细胞发育轨迹分析。 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞和基因。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | eSVD | 基因表达数据 | 涉及小鼠大脑中少突胶质细胞的单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 119 | 2024-08-07 |
RFCell: A Gene Selection Approach for scRNA-seq Clustering Based on Permutation and Random Forest
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.665843
PMID:34386033
|
研究论文 | 本文提出了一种基于排列和随机森林的基因选择方法RFCell，用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类效果 | RFCell方法在基因选择性能上优于其他现有的基因选择方法 | NA | 改进scRNA-seq数据的聚类效果 | scRNA-seq数据的基因选择 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 随机森林 | 基因表达数据 | 10个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 120 | 2024-08-07 |
Risk Signature of Cancer-Associated Fibroblast-Secreted Cytokines Associates With Clinical Outcomes of Breast Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.628677
PMID:34395236
|
研究论文 | 本研究通过构建风险标志物，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的细胞因子与乳腺癌临床结果之间的关系 | 首次基于CAFs分泌的细胞因子构建了乳腺癌的预后标志物，并验证了其在不同数据集中的有效性 | 研究主要基于TCGA和METABRIC等数据库的数据，未来需更多临床样本验证 | 揭示CAFs分泌的细胞因子与乳腺癌之间的关系，并构建预后风险标志物 | 乳腺癌患者及其CAFs分泌的细胞因子 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（ScRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA乳腺癌数据集、METABRIC数据集及其他独立数据集 | NA | NA | NA | NA |