单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-07 |
Dynamic Interactions of Transcription Factors and Enhancer Reprogramming in Cancer Progression
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.753051
PMID:34616687
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综述 | 本文综述了癌症进展中增强子的动态变化及其转录因子（TF）驱动因素，以及增强子重编程如何调控基因表达 | 探讨了单细胞测序、空间转录组学和CUT&RUN等现代技术在增强子重编程综合研究中的最新进展 | NA | 理解增强子动态变化及其驱动因素在控制癌症进展和治疗结果中的作用，以减轻侵袭性事件并发现新的治疗靶点 | 癌症进展中的增强子动态变化及其转录因子驱动因素 | NA | 癌症 | 单细胞测序、空间转录组学、CUT&RUN | NA | 基因组数据 | NA |
| 102 | 2024-08-07 |
Reconstructing Boolean network ensembles from single-cell data for unraveling dynamics in the aging of human hematopoietic stem cells
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.09.012
PMID:34630946
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研究论文 | 本文提出了一种新方法，从单细胞RNA测序数据中生成基因调控网络群体，以解析人类造血干细胞衰老的动态行为 | 该方法首次实现了不依赖时间序列测量进行网络重构，利用单细胞群体的异质性生成伪时间点 | NA | 研究旨在从单细胞数据中重建调控网络，揭示人类造血干细胞衰老的动态机制 | 人类造血干细胞及其与衰老相关的NF-κB信号通路 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 103 | 2024-08-07 |
The Prognostic Model Based on Tumor Cell Evolution Trajectory Reveals a Different Risk Group of Hepatocellular Carcinoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.737723
PMID:34660596
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研究论文 | 本研究基于肿瘤细胞进化轨迹重建，利用scRNA-seq数据建立了一个30基因的预测模型，用于区分肝细胞癌（HCC）患者的高风险和低风险组 | 本研究首次利用肿瘤进化轨迹和scRNA-seq数据建立了一个新的预测模型，用于克服HCC异质性带来的障碍 | NA | 旨在通过建立预测模型来改善HCC患者的临床管理和生存结果 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 104 | 2024-08-07 |
From Cellular Infiltration Assessment to a Functional Gene Set-Based Prognostic Model for Breast Cancer
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.751530
PMID:34691065
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据构建了乳腺癌的首个指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | 首次构建了乳腺癌的指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | NA | 研究癌症异质性，并开发一个可靠且强大的模型，用于直接的临床预测和诊断应用 | 乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组 | NA | 基因表达数据 | TCGA-BRCA队列中1091个样本，IMvigor210队列中348个样本 |
| 105 | 2024-08-07 |
Effect of SARS-CoV-2 infection on host competing endogenous RNA and miRNA network
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.12370
PMID:34722003
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研究论文 | 本研究首次使用ceRNAnetsim包分析了SARS-CoV-2 RNA在感染细胞中与细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）网络的竞争行为，并利用单细胞测序数据评估了ceRNA网络效应。 | 本研究首次全面分析了SARS-CoV-2 RNA与细胞内ceRNA的竞争行为，并揭示了SARS-CoV-2感染对宿主ceRNA网络的影响。 | 本研究主要基于计算方法，可能存在实验验证的局限性。 | 探讨SARS-CoV-2感染对宿主竞争性内源RNA和miRNA网络的影响。 | SARS-CoV-2 RNA与宿主细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）的竞争行为。 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | RNA | 195个基因和29个miRNA在SARS-CoV-2 RNA存在下表现出特定的竞争行为，以及18个受SARS-CoV-2 RNA影响的基因。 |
| 106 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics: Current Methods and Challenges in Data Acquisition and Analysis
2021, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2021.591122
PMID:33967674
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学的方法、文库制备和数据生成，并强调了计算挑战 | 单细胞转录组学能够揭示人类生命的新基础，并提供科学界新的见解 | 由于起始材料少，SC-RNA-seq数据面临多种计算挑战，如归一化、差异基因表达分析和降维等 | 探讨单细胞转录组学在数据获取和分析中的当前方法和挑战 | 单细胞转录组学数据及其分析方法 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序（SC-RNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数百万细胞 |
| 107 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Angiotensin-Converting Enzyme 2 and Transmembrane Serine Protease 2 Expression in TROP2+ Liver Progenitor Cells: Implications in Coronavirus Disease 2019-Associated Liver Dysfunction
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.603374
PMID:33968947
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，调查了人类肝脏中与冠状病毒疾病2019（COVID-19）相关的肝功能障碍的潜在肝细胞类型 | 首次发现TROP2肝祖细胞中血管紧张素转换酶2和跨膜丝氨酸蛋白酶2的共表达，并揭示了这些细胞在COVID-19相关肝功能障碍中的作用 | NA | 探索COVID-19患者中肝功能障碍的特定靶细胞类型，并研究其与病毒入侵的关系 | 人类肝脏中的单细胞 | 数字病理学 | 冠状病毒疾病2019 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约300,000个单细胞，来自五种不同类型的人类肝脏组织（胎儿、健康、肝硬化、肿瘤及邻近正常组织） |
| 108 | 2024-08-07 |
A robust method of nuclei isolation for single-cell RNA sequencing of solid tissues from the plant genus Populus
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0251149
PMID:33974645
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研究论文 | 本文介绍了一种从植物杨属中提取高质量原生质体的简单方法，通过从单个细胞核中提取mRNA进行单细胞RNA测序 | 提出了一种新的方法，通过从单个细胞核中提取mRNA，而不是整个细胞，来生成高质量的原生质体，适用于具有不同细胞复杂性和细胞壁结构的植物材料 | 该方法主要在杨属植物的顶端和更木质化的茎部进行了测试，可能需要进一步验证其在其他植物种类中的适用性 | 开发一种适用于植物组织单细胞RNA测序的新方法，以克服现有技术的局限性 | 杨属植物的顶端和木质化茎部组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 使用了两种不同复杂性和细胞壁结构的杨属植物材料 |
| 109 | 2024-08-07 |
Unraveling Root Development Through Single-Cell Omics and Reconstruction of Gene Regulatory Networks
2021, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2021.661361
PMID:34017350
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在植物和动物中应用的不同策略，并探讨了如何利用这些技术揭示新的调控机制和重建基因调控网络（GRN） | 本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在侧根发育中的应用，以及如何整合scRNA-seq结果与之前的RNA测序数据和基因调控网络 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在侧根发育研究中的应用，以及如何通过这些技术揭示细胞命运指定和模式化的基本生物学机制 | 侧根发育过程中的细胞命运指定和基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 110 | 2024-08-07 |
Epigenetic Regulation in Hydra: Conserved and Divergent Roles
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.663208
PMID:34041242
|
综述 | 本文综述了水螅中表观遗传调控的现代知识，包括与其他刺胞动物的研究以及调控机制之间的相互作用 | 探讨了表观遗传机制在转录调控中的祖先和分化作用，并利用单细胞转录组数据预测了潜在基因调控成分的生理相关性 | NA | 深入理解刺胞动物和两侧对称动物分化前基因调控过程的进化基础 | 水螅及其他前两侧对称生物的表观遗传调控机制 | 表观遗传学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 111 | 2024-08-07 |
Dysfunction of Decidual Macrophages Is a Potential Risk Factor in the Occurrence of Preeclampsia
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.655655
PMID:34054819
|
研究论文 | 本研究探讨了蜕膜巨噬细胞功能障碍作为子痫前期发生的风险因素 | 通过基因表达谱分析和单细胞测序，揭示了蜕膜巨噬细胞与其他蜕膜免疫细胞间的相互作用对子痫前期的影响 | 研究主要集中在基因和细胞层面，对临床干预的具体机制尚不明确 | 探究蜕膜巨噬细胞在子痫前期发病机制中的作用 | 蜕膜巨噬细胞及其与其他免疫细胞的相互作用 | NA | 妊娠相关疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 112 | 2024-08-07 |
Understanding the Adult Mammalian Heart at Single-Cell RNA-Seq Resolution
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.645276
PMID:34055776
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在理解成年哺乳动物心脏细胞多样性方面的应用和进展 | 单细胞RNA测序技术使得心血管研究领域能够重新定义心脏细胞亚群，并通过细胞特异性转录组特征无偏倚地识别相关甚至新的细胞类型 | 讨论了单细胞RNA测序技术的应用和局限性 | 增加对正常和病理性心脏的理解 | 成年哺乳动物心脏的细胞多样性 | NA | 心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 113 | 2024-08-07 |
The role of single-cell sequencing in studying tumour evolution
2021, Faculty reviews
DOI:10.12703/r/10-49
PMID:34131659
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在研究肿瘤进化中的作用 | 单细胞测序技术提供了对肿瘤进化动态过程的最终分辨率的洞察 | NA | 探讨单细胞测序技术如何为理解肿瘤进化提供变革性的见解 | 肿瘤细胞的体细胞（表观）基因组变化及其引起的表型后果 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 114 | 2024-08-07 |
Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models
2021, Immunometabolism
DOI:10.20900/immunometab20210022
PMID:34178388
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meta-analysis | 本研究对来自小鼠动脉粥样硬化的五个实验中的平滑肌细胞系追踪细胞的单细胞RNA测序数据进行了元分析，并将体内表达谱与体外胆固醇加载的平滑肌细胞和极化巨噬细胞的数据集进行了比较 | 研究揭示了体外胆固醇加载模型不足以模拟体内平滑肌细胞状态的转变，强调了开发更好细胞模型的必要性 | 体外数据与体内观察到的细胞状态转变不一致，表明现有体外模型存在局限性 | 旨在理解动脉粥样硬化中平滑肌细胞命运的转变，并评估现有体外模型的有效性 | 研究对象包括动脉粥样硬化中的平滑肌细胞和巨噬细胞，以及它们在体内外的表达谱 | digital pathology | cardiovascular disease | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及五个小鼠动脉粥样硬化实验的单细胞数据，以及三个体外胆固醇加载的平滑肌细胞实验和三个极化巨噬细胞实验的数据 |
| 115 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Cellular Heterogeneity of Cardiovascular Diseases
2021, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2021.643519
PMID:34179129
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示心血管疾病的细胞异质性 | 利用单细胞转录组学技术全面捕捉单个细胞内的基因表达图谱，识别稀有或未知的细胞亚群，分析单细胞轨迹和干细胞或前体细胞系转换 | 讨论了单细胞转录组学在心血管疾病研究中的当前局限性和有前景的临床潜力 | 总结正常血管和动脉粥样硬化、主动脉瘤、肺动脉高压中的细胞集群和基因表达模式，揭示血管异质性和心血管疾病的新调控因子 | 心血管疾病的细胞亚群及其基因表达特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 |
| 116 | 2024-08-07 |
Genetic mapping of developmental trajectories for complex traits and diseases
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.05.055
PMID:34194671
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研究论文 | 本研究提出了一种新的生物信息学方法，通过整合全基因组关联研究（GWAS）信号与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，增强对复杂人类特征和疾病的功能解释 | 该方法通过识别细胞分化轨迹与特征之间的联系，阐明生物过程和分子通路，并优先考虑目标基因，从而提高对复杂疾病病因的理解 | NA | 旨在通过识别轨迹-疾病联系和分子通路，优先考虑候选风险基因，提高对复杂疾病病因的理解 | 复杂人类特征和疾病 | 生物信息学 | NA | 全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，单细胞RNA测序数据 | 11种不同病理特征，12种不同发育过程的scRNA-seq数据集 |
| 117 | 2024-08-07 |
How Do Uterine Natural Killer and Innate Lymphoid Cells Contribute to Successful Pregnancy?
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.607669
PMID:34234770
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review | 本文综述了子宫自然杀伤细胞和先天淋巴细胞在成功妊娠中的作用 | 利用单细胞RNA测序和高维流式及质谱流式技术详细分析了子宫内先天淋巴细胞的异质性 | 由于月经周期和妊娠期间组织快速变化的特性，确定每个亚群的具体作用具有内在挑战性 | 探讨子宫内先天淋巴细胞在非妊娠期子宫内膜和妊娠早期蜕膜中的表型和功能多样性，以及它们如何促进胎盘发育 | 子宫内的先天淋巴细胞亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类和鼠类的子宫组织 |
| 118 | 2024-08-07 |
Reference Transcriptomes of Porcine Peripheral Immune Cells Created Through Bulk and Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.689406
PMID:34249103
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞RNA测序技术，定义了猪外周血免疫细胞的转录组 | 首次提供了猪外周血单核细胞的单细胞转录组数据，并将其与人类数据进行比较验证 | NA | 为猪的免疫遗传特征基因提供注释，并为进一步研究猪的免疫学和开发新试剂提供资源 | 猪的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 8种细胞类型的批量细胞和7个样本的单细胞转录组数据 |
| 119 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Chicken Anterior Pituitary: A Bird's-Eye View on Vertebrate Pituitary
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.562817
PMID:34267669
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了成年鸡前垂体的转录组，揭示了前垂体细胞群的基因表达特征 | 首次在鸡前垂体中识别出四种已知的内分泌细胞群和四种非内分泌/分泌细胞类型，并发现了新的标记基因和性二态表达基因 | 未分析somatotrophs细胞群 | 深入了解脊椎动物前垂体的细胞组成、异质性、细胞间通讯和基因表达谱 | 成年鸡前垂体的细胞群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年鸡前垂体的多个细胞群 |
| 120 | 2024-08-07 |
Statistical and machine learning methods for spatially resolved transcriptomics with histology
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.06.052
PMID:34285782
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综述 | 本文综述了空间分辨转录组学（SRT）数据分析中的统计和机器学习方法，并探讨了如何整合空间位置和组织学信息与基因表达数据 | 强调了SRT数据与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的差异性，并提出了针对SRT数据特性的新方法需求 | 指出了该领域存在的未解决问题和未来研究方向 | 旨在推动对转录复杂性的理解 | 空间分辨转录组学数据及其伴随的高分辨率组织学信息 | 机器学习 | NA | 空间分辨转录组学（SRT） | NA | 基因表达数据 | NA |