单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-07	A robust method of nuclei isolation for single-cell RNA sequencing of solid tissues from the plant genus Populus 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0251149 PMID:33974645	研究论文	本文介绍了一种从植物杨属中提取高质量原生质体的简单方法，通过从单个细胞核中提取mRNA进行单细胞RNA测序	提出了一种新的方法，通过从单个细胞核中提取mRNA，而不是整个细胞，来生成高质量的原生质体，适用于具有不同细胞复杂性和细胞壁结构的植物材料	该方法主要在杨属植物的顶端和更木质化的茎部进行了测试，可能需要进一步验证其在其他植物种类中的适用性	开发一种适用于植物组织单细胞RNA测序的新方法，以克服现有技术的局限性	杨属植物的顶端和木质化茎部组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	mRNA	使用了两种不同复杂性和细胞壁结构的杨属植物材料
102	2024-08-07	Unraveling Root Development Through Single-Cell Omics and Reconstruction of Gene Regulatory Networks 2021, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2021.661361 PMID:34017350	综述	本文综述了单细胞组学技术在植物和动物中应用的不同策略，并探讨了如何利用这些技术揭示新的调控机制和重建基因调控网络（GRN）	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在侧根发育中的应用，以及如何整合scRNA-seq结果与之前的RNA测序数据和基因调控网络	NA	探讨单细胞RNA测序技术在侧根发育研究中的应用，以及如何通过这些技术揭示细胞命运指定和模式化的基本生物学机制	侧根发育过程中的细胞命运指定和基因调控网络	系统生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
103	2024-08-07	Epigenetic Regulation in Hydra: Conserved and Divergent Roles 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.663208 PMID:34041242	综述	本文综述了水螅中表观遗传调控的现代知识，包括与其他刺胞动物的研究以及调控机制之间的相互作用	探讨了表观遗传机制在转录调控中的祖先和分化作用，并利用单细胞转录组数据预测了潜在基因调控成分的生理相关性	NA	深入理解刺胞动物和两侧对称动物分化前基因调控过程的进化基础	水螅及其他前两侧对称生物的表观遗传调控机制	表观遗传学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
104	2024-08-07	Dysfunction of Decidual Macrophages Is a Potential Risk Factor in the Occurrence of Preeclampsia 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.655655 PMID:34054819	研究论文	本研究探讨了蜕膜巨噬细胞功能障碍作为子痫前期发生的风险因素	通过基因表达谱分析和单细胞测序，揭示了蜕膜巨噬细胞与其他蜕膜免疫细胞间的相互作用对子痫前期的影响	研究主要集中在基因和细胞层面，对临床干预的具体机制尚不明确	探究蜕膜巨噬细胞在子痫前期发病机制中的作用	蜕膜巨噬细胞及其与其他免疫细胞的相互作用	NA	妊娠相关疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
105	2024-08-07	Understanding the Adult Mammalian Heart at Single-Cell RNA-Seq Resolution 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.645276 PMID:34055776	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在理解成年哺乳动物心脏细胞多样性方面的应用和进展	单细胞RNA测序技术使得心血管研究领域能够重新定义心脏细胞亚群，并通过细胞特异性转录组特征无偏倚地识别相关甚至新的细胞类型	讨论了单细胞RNA测序技术的应用和局限性	增加对正常和病理性心脏的理解	成年哺乳动物心脏的细胞多样性	NA	心脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
106	2024-08-07	The role of single-cell sequencing in studying tumour evolution 2021, Faculty reviews DOI:10.12703/r/10-49 PMID:34131659	综述	本文综述了单细胞测序技术在研究肿瘤进化中的作用	单细胞测序技术提供了对肿瘤进化动态过程的最终分辨率的洞察	NA	探讨单细胞测序技术如何为理解肿瘤进化提供变革性的见解	肿瘤细胞的体细胞（表观）基因组变化及其引起的表型后果	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
107	2024-08-07	Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models 2021, Immunometabolism DOI:10.20900/immunometab20210022 PMID:34178388	meta-analysis	本研究对来自小鼠动脉粥样硬化的五个实验中的平滑肌细胞系追踪细胞的单细胞RNA测序数据进行了元分析，并将体内表达谱与体外胆固醇加载的平滑肌细胞和极化巨噬细胞的数据集进行了比较	研究揭示了体外胆固醇加载模型不足以模拟体内平滑肌细胞状态的转变，强调了开发更好细胞模型的必要性	体外数据与体内观察到的细胞状态转变不一致，表明现有体外模型存在局限性	旨在理解动脉粥样硬化中平滑肌细胞命运的转变，并评估现有体外模型的有效性	研究对象包括动脉粥样硬化中的平滑肌细胞和巨噬细胞，以及它们在体内外的表达谱	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及五个小鼠动脉粥样硬化实验的单细胞数据，以及三个体外胆固醇加载的平滑肌细胞实验和三个极化巨噬细胞实验的数据
108	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Cellular Heterogeneity of Cardiovascular Diseases 2021, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2021.643519 PMID:34179129	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示心血管疾病的细胞异质性	利用单细胞转录组学技术全面捕捉单个细胞内的基因表达图谱，识别稀有或未知的细胞亚群，分析单细胞轨迹和干细胞或前体细胞系转换	讨论了单细胞转录组学在心血管疾病研究中的当前局限性和有前景的临床潜力	总结正常血管和动脉粥样硬化、主动脉瘤、肺动脉高压中的细胞集群和基因表达模式，揭示血管异质性和心血管疾病的新调控因子	心血管疾病的细胞亚群及其基因表达特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
109	2024-08-07	Genetic mapping of developmental trajectories for complex traits and diseases 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.05.055 PMID:34194671	研究论文	本研究提出了一种新的生物信息学方法，通过整合全基因组关联研究（GWAS）信号与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，增强对复杂人类特征和疾病的功能解释	该方法通过识别细胞分化轨迹与特征之间的联系，阐明生物过程和分子通路，并优先考虑目标基因，从而提高对复杂疾病病因的理解	NA	旨在通过识别轨迹-疾病联系和分子通路，优先考虑候选风险基因，提高对复杂疾病病因的理解	复杂人类特征和疾病	生物信息学	NA	全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	11种不同病理特征，12种不同发育过程的scRNA-seq数据集
110	2024-08-07	How Do Uterine Natural Killer and Innate Lymphoid Cells Contribute to Successful Pregnancy? 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.607669 PMID:34234770	review	本文综述了子宫自然杀伤细胞和先天淋巴细胞在成功妊娠中的作用	利用单细胞RNA测序和高维流式及质谱流式技术详细分析了子宫内先天淋巴细胞的异质性	由于月经周期和妊娠期间组织快速变化的特性，确定每个亚群的具体作用具有内在挑战性	探讨子宫内先天淋巴细胞在非妊娠期子宫内膜和妊娠早期蜕膜中的表型和功能多样性，以及它们如何促进胎盘发育	子宫内的先天淋巴细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和鼠类的子宫组织
111	2024-08-07	Reference Transcriptomes of Porcine Peripheral Immune Cells Created Through Bulk and Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.689406 PMID:34249103	研究论文	本文通过批量和单细胞RNA测序技术，定义了猪外周血免疫细胞的转录组	首次提供了猪外周血单核细胞的单细胞转录组数据，并将其与人类数据进行比较验证	NA	为猪的免疫遗传特征基因提供注释，并为进一步研究猪的免疫学和开发新试剂提供资源	猪的外周血免疫细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	8种细胞类型的批量细胞和7个样本的单细胞转录组数据
112	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Chicken Anterior Pituitary: A Bird's-Eye View on Vertebrate Pituitary 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.562817 PMID:34267669	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了成年鸡前垂体的转录组，揭示了前垂体细胞群的基因表达特征	首次在鸡前垂体中识别出四种已知的内分泌细胞群和四种非内分泌/分泌细胞类型，并发现了新的标记基因和性二态表达基因	未分析somatotrophs细胞群	深入了解脊椎动物前垂体的细胞组成、异质性、细胞间通讯和基因表达谱	成年鸡前垂体的细胞群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年鸡前垂体的多个细胞群
113	2024-08-07	Statistical and machine learning methods for spatially resolved transcriptomics with histology 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.06.052 PMID:34285782	综述	本文综述了空间分辨转录组学（SRT）数据分析中的统计和机器学习方法，并探讨了如何整合空间位置和组织学信息与基因表达数据	强调了SRT数据与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的差异性，并提出了针对SRT数据特性的新方法需求	指出了该领域存在的未解决问题和未来研究方向	旨在推动对转录复杂性的理解	空间分辨转录组学数据及其伴随的高分辨率组织学信息	机器学习	NA	空间分辨转录组学（SRT）	NA	基因表达数据	NA
114	2024-08-07	Toward uncharted territory of cellular heterogeneity: advances and applications of single-cell RNA-seq 2021, Journal of translational genetics and genomics DOI:10.20517/jtgg.2020.51 PMID:34322662	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展及其在细胞异质性研究中的应用	scRNA-seq技术在cDNA合成与扩增、下一代测序读取的处理与比对、差异表达基因识别、细胞聚类、亚群识别及发育轨迹预测等方面取得了快速的技术进步	NA	探索scRNA-seq技术快速发展的技术景观，并深入了解其在各个显著进展领域的特点和优势	scRNA-seq技术及其在人类和动物模型中细胞类型全局转录谱研究的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
115	2024-08-07	Enhancement and Imputation of Peak Signal Enables Accurate Cell-Type Classification in scATAC-seq 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.658352 PMID:33889181	研究论文	本文介绍了一种基于支持向量机（SVM）的方法svmATAC，用于增强和填补scATAC-seq数据中的峰值信号，从而实现准确的细胞类型分类	svmATAC通过增强峰值信号强度和通过共可及性模式填补信号，无需依赖文献标记，且在不同库和平台的数据集中表现稳健	NA	开发一种新的方法来提高scATAC-seq数据中细胞类型分类的准确性	scATAC-seq数据中的细胞类型分类	基因组学	NA	scATAC-seq	SVM	scATAC-seq数据	涉及人类免疫细胞、造血系统细胞和外周血单个核细胞的多个scATAC-seq数据集
116	2024-08-07	DRscDB: A single-cell RNA-seq resource for data mining and data comparison across species 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.04.021 PMID:33995899	research paper	本文构建了一个新的搜索数据库DRscDB，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较	DRscDB是一个综合性的数据库，提供了跨物种的单细胞RNA测序数据，并允许用户进行细胞簇富集分析	NA	构建一个数据库，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较	单细胞RNA测序数据，包括多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织，包括斑马鱼、小鼠和人类
117	2024-08-07	MicroExonator enables systematic discovery and quantification of microexons across mouse embryonic development 2021-01-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02246-2 PMID:33482885	研究论文	本文介绍了MicroExonator，一种用于系统性发现和量化微外显子的新型管道，通过处理289个RNA-seq数据集，对小鼠胚胎发育中的微外显子进行了全面调查。	MicroExonator能够重复性地从头发现和量化微外显子，特别是在分析大量数据时，有助于转录组研究中微外显子的研究。	NA	开发一种新的工具来系统性地发现和量化微外显子，并探讨其在小鼠胚胎发育中的作用。	小鼠胚胎发育中的微外显子及其在神经系统发育和功能中的作用。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	289个RNA-seq数据集，涵盖十八种小鼠组织，对应九个胚胎和出生后阶段
118	2024-08-07	Blocking IL1 Beta Promotes Tumor Regression and Remodeling of the Myeloid Compartment in a Renal Cell Carcinoma Model: Multidimensional Analyses 2021-01-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-1610 PMID:33148676	研究论文	本研究探讨了阻断IL1β在肾细胞癌模型中促进肿瘤消退和髓系细胞重塑的作用	通过多参数流式细胞术、肿瘤细胞因子分析和单细胞RNA测序，揭示了IL1β阻断与ICI或TKI联合治疗通过非冗余、相对T细胞非依赖机制重塑髓系细胞	NA	研究IL1β在肾细胞癌中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	肾细胞癌模型中的髓系细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肾细胞癌	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	RENCA和MC38肿瘤模型
119	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.007 PMID:33340713	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了肝硬化小鼠肝脏中肝窦内皮细胞（LSECs）在特定区域的转录组变化	首次在空间和细胞特异性水平上揭示了肝硬化中肝窦内皮细胞的区域特异性转录组变化	NA	深入了解肝硬化的发病机制，为开发针对最功能障碍的肝内皮细胞的新疗法提供依据	肝硬化小鼠肝脏中的肝窦内皮细胞	数字病理学	肝硬化	scRNA-seq	NA	转录组数据	控制组和肝硬化小鼠的肝内皮细胞群体
120	2024-08-07	Using scRNA-seq to Identify Transcriptional Variation in the Malaria Parasite Ookinete Stage 2021, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2021.604129 PMID:33732658	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了疟原虫动合子阶段在不同媒介物种间的转录变异	采用单细胞RNA测序和低输入转录组技术，首次详细分析了疟原虫动合子阶段的转录变异，揭示了环境因素和克隆变异的影响	研究主要集中在动合子阶段的转录变异，未涉及其他生命周期阶段的详细分析	探索疟原虫动合子阶段的转录变异，为阻断传播策略提供依据	疟原虫动合子阶段的转录变异	数字病理学	疟疾	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个媒介物种及个体中肠样本