单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-07	A Preliminary Single-Cell RNA-Seq Analysis of Embryonic Cells That Express Brachyury in the Amphioxus, Branchiostoma japonicum 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.696875 PMID:34336847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了日本文昌鱼的胚胎细胞中Brachyury基因的表达模式	首次在单细胞水平上区分了两种Brachyury基因在文昌鱼胚胎细胞中的表达特征	研究仅限于文昌鱼，可能不适用于其他脊索动物	探讨文昌鱼胚胎发育过程中Brachyury基因的表达差异及其功能	文昌鱼的胚胎细胞及其Brachyury基因的表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	文昌鱼胚胎细胞分为15个集群
82	2024-08-07	Exponential-Family Embedding With Application to Cell Developmental Trajectories for Single-Cell RNA-Seq Data 2021, Journal of the American Statistical Association IF:3.0Q1 DOI:10.1080/01621459.2021.1886106 PMID:34354320	研究论文	本文开发了一种名为指数族奇异值分解（eSVD）的非线性嵌入方法，用于同时对细胞和基因进行嵌入，并应用于单细胞RNA-seq数据中的细胞发育轨迹分析。	eSVD方法结合了指数族分布和随机点积模型，提供了一种计算效率高、可识别且一致的嵌入方法，并通过广泛的模拟证明了其与其他嵌入方法的竞争力。	NA	开发一种新的非线性嵌入方法，以改进单细胞RNA-seq数据的下游分析，特别是细胞发育轨迹分析。	单细胞RNA-seq数据中的细胞和基因。	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	eSVD	基因表达数据	涉及小鼠大脑中少突胶质细胞的单细胞数据集
83	2024-08-07	RFCell: A Gene Selection Approach for scRNA-seq Clustering Based on Permutation and Random Forest 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.665843 PMID:34386033	研究论文	本文提出了一种基于排列和随机森林的基因选择方法RFCell，用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类效果	RFCell方法在基因选择性能上优于其他现有的基因选择方法	NA	改进scRNA-seq数据的聚类效果	scRNA-seq数据的基因选择	生物信息学	NA	scRNA-seq	随机森林	基因表达数据	10个scRNA-seq数据集
84	2024-08-07	Risk Signature of Cancer-Associated Fibroblast-Secreted Cytokines Associates With Clinical Outcomes of Breast Cancer 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.628677 PMID:34395236	研究论文	本研究通过构建风险标志物，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的细胞因子与乳腺癌临床结果之间的关系	首次基于CAFs分泌的细胞因子构建了乳腺癌的预后标志物，并验证了其在不同数据集中的有效性	研究主要基于TCGA和METABRIC等数据库的数据，未来需更多临床样本验证	揭示CAFs分泌的细胞因子与乳腺癌之间的关系，并构建预后风险标志物	乳腺癌患者及其CAFs分泌的细胞因子	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（ScRNA-Seq）	NA	基因表达数据	使用了TCGA乳腺癌数据集、METABRIC数据集及其他独立数据集
85	2024-08-07	Dynamic Observation of Autophagy and Transcriptome Profiles in a Mouse Model of Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis 2021, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2021.664913 PMID:34395518	研究论文	本研究动态观察了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中自噬标志物的表达，并使用RNA-Seq分析了不同时间点的基因表达和相关功能及通路。	首次系统地分析了自噬在博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的动态变化及其对肺纤维化发展的影响。	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，可能影响结果的临床相关性。	探讨自噬在肺纤维化发展中的作用及其相关基因表达和通路。	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的自噬标志物和基因表达。	数字病理学	肺纤维化	RNA-Seq, 单细胞测序技术	NA	基因表达数据	多个时间点的肺纤维化小鼠模型样本
86	2024-08-07	Mechanism-Centric Approaches for Biomarker Detection and Precision Therapeutics in Cancer 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.687813 PMID:34408770	研究论文	本文探讨了通过机制中心方法识别驱动生物标志物，以促进癌症精准治疗的计算方法	提出通过考虑上游和下游调控机制的机制中心方法来识别功能上有意义的生物标志物	现有的生物标志物多为乘客变异而非驱动变异，限制了其在治疗靶向中的应用	探索生物标志物的发现及其在癌症精准治疗中的应用	生物标志物及其在癌症治疗中的作用	生物信息学	癌症	单细胞测序	NA	基因共表达网络、调控网络、蛋白质-蛋白质相互作用网络和分子通路	NA
87	2024-08-07	Activation of FcRn Mediates a Primary Resistance Response to Sorafenib in Hepatocellular Carcinoma by Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2021.709343 PMID:34421602	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应，并探讨了其分子机制。	首次通过单细胞测序技术揭示了肝细胞癌对索拉非尼初级耐药的分子机制，特别是FcRn复合受体的激活及其对HIF通路和细胞增殖的影响。	研究仅限于患者来源的异种移植（PDX）模型，可能需要进一步的临床验证。	评估肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应，并探讨其分子机制。	肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应及其分子机制。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
88	2024-08-07	The Cancer Epitope Database and Analysis Resource: A Blueprint for the Establishment of a New Bioinformatics Resource for Use by the Cancer Immunology Community 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.735609 PMID:34504503	研究论文	本文介绍了癌症表位数据库和分析资源（CEDAR）的开发愿景、蓝图和工作计划，旨在为癌症免疫学界提供一个全面的癌症表位和受体数据集合，以及易于访问的表位和T细胞/B细胞目标预测与分析工具。	CEDAR将提供一个透明基准数据集，用于评估预测工具的性能，并开发新的预测工具，以满足癌症研究社区的需求。	NA	建立一个新的生物信息学资源，为癌症免疫学界提供癌症表位相关数据的全面集合和分析工具。	癌症表位及其相关的T细胞和B细胞受体数据。	生物信息学	癌症	NA	NA	数据集	NA
89	2024-08-07	LISA2: Learning Complex Single-Cell Trajectory and Expression Trends 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.681206 PMID:34512717	研究论文	本文提出了一种新的单细胞数据分析方法LISA2，用于学习复杂的单细胞轨迹和表达趋势	LISA2方法具有两个显著特点：一是利用指定的叶和根来简化发育轨迹的构建，特别是对于稀有细胞群体和相邻的终端细胞状态；二是适用于转录组学和表观基因组学数据	NA	开发一种快速灵活的单细胞数据分析方法，用于构建发育轨迹和基因调控网络	单细胞转录组学和表观基因组学数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学数据分析，单细胞转座酶可及染色质数据分析	L-ISOMAP	单细胞转录组学数据，单细胞转座酶可及染色质数据	小脑、间脑和造血干细胞的模拟和真实数据集
90	2024-08-07	SCDRHA: A scRNA-Seq Data Dimensionality Reduction Algorithm Based on Hierarchical Autoencoder 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.733906 PMID:34512734	研究论文	本文提出了一种基于层次自动编码器的scRNA-Seq数据降维算法SCDRHA	SCDRHA算法包含两个核心模块，第一个模块是深度计数自动编码器（DCA）用于数据去噪，第二个模块是图自动编码器用于将数据投影到低维空间，实验结果显示SCDRHA在降维和降噪方面优于现有最先进算法	NA	解决scRNA-seq研究中的dropout事件导致的零膨胀数据问题	scRNA-Seq数据的降维	数字病理学	NA	scRNA-Seq	层次自动编码器	scRNA-Seq数据	五个真实scRNA-seq数据集
91	2024-08-07	Identification of Novel Gene Signatures using Next-Generation Sequencing Data from COVID-19 Infection Models: Focus on Neuro-COVID and Potential Therapeutics 2021, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2021.688227 PMID:34531741	研究论文	本研究利用下一代测序数据从COVID-19感染模型中识别新的基因标志物，重点关注神经COVID和潜在的治疗方法	本研究揭示了一种快速方法，利用下一代知识发现平台发现具有治疗COVID-19及其相关疾病病理潜力的小分子	NA	识别COVID-19感染模型中的新基因标志物，并探索潜在的治疗方法	COVID-19感染模型，特别是神经COVID	基因组学	COVID-19	NGS, RNA-seq	NA	基因表达数据	来自SARS-CoV感染的人类支气管上皮细胞和模拟处理的NHBE细胞的四重复样本，以及来自脑脊液的免疫细胞的单细胞转录组数据
92	2024-08-07	PET Imaging of Neuroinflammation in Alzheimer's Disease 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.739130 PMID:34603323	综述	本文综述了利用正电子发射断层扫描（PET）成像技术在阿尔茨海默病中对神经炎症的研究进展	介绍了新一代的跨膜蛋白示踪剂及其在阿尔茨海默病进展评估中的应用，并探讨了其他潜在的成像目标	NA	总结神经炎症成像示踪剂的最新发展，并展望未来有前景的目标	阿尔茨海默病中的神经炎症	分子影像学	阿尔茨海默病	正电子发射断层扫描（PET）	NA	图像	NA
93	2024-08-07	Microglia Mediate the Occurrence and Development of Alzheimer's Disease Through Ligand-Receptor Axis Communication 2021, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2021.731180 PMID:34616287	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，探讨了阿尔茨海默病中细胞类型与病理特征之间的关系，特别是神经细胞和胶质细胞间的通讯机制	首次通过细胞通讯分析揭示了神经细胞和胶质细胞在阿尔茨海默病发展中的关键作用，并识别了CXCR4, EGFR, MAP4K4, IGF1R作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究仅基于48名阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据，样本量相对较小	探讨阿尔茨海默病的发病机制及其细胞层面的通讯机制	阿尔茨海默病患者的脑前额叶皮层的细胞类型及其功能异常	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LASSO, SVM	RNA测序数据	48名阿尔茨海默病患者
94	2024-08-07	Dynamic Interactions of Transcription Factors and Enhancer Reprogramming in Cancer Progression 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.753051 PMID:34616687	综述	本文综述了癌症进展中增强子的动态变化及其转录因子（TF）驱动因素，以及增强子重编程如何调控基因表达	探讨了单细胞测序、空间转录组学和CUT&RUN等现代技术在增强子重编程综合研究中的最新进展	NA	理解增强子动态变化及其驱动因素在控制癌症进展和治疗结果中的作用，以减轻侵袭性事件并发现新的治疗靶点	癌症进展中的增强子动态变化及其转录因子驱动因素	NA	癌症	单细胞测序、空间转录组学、CUT&RUN	NA	基因组数据	NA
95	2024-08-07	Reconstructing Boolean network ensembles from single-cell data for unraveling dynamics in the aging of human hematopoietic stem cells 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.09.012 PMID:34630946	研究论文	本文提出了一种新方法，从单细胞RNA测序数据中生成基因调控网络群体，以解析人类造血干细胞衰老的动态行为	该方法首次实现了不依赖时间序列测量进行网络重构，利用单细胞群体的异质性生成伪时间点	NA	研究旨在从单细胞数据中重建调控网络，揭示人类造血干细胞衰老的动态机制	人类造血干细胞及其与衰老相关的NF-κB信号通路	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	基因调控网络	单细胞RNA测序数据	NA
96	2024-08-07	The Prognostic Model Based on Tumor Cell Evolution Trajectory Reveals a Different Risk Group of Hepatocellular Carcinoma 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.737723 PMID:34660596	研究论文	本研究基于肿瘤细胞进化轨迹重建，利用scRNA-seq数据建立了一个30基因的预测模型，用于区分肝细胞癌（HCC）患者的高风险和低风险组	本研究首次利用肿瘤进化轨迹和scRNA-seq数据建立了一个新的预测模型，用于克服HCC异质性带来的障碍	NA	旨在通过建立预测模型来改善HCC患者的临床管理和生存结果	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
97	2024-08-07	From Cellular Infiltration Assessment to a Functional Gene Set-Based Prognostic Model for Breast Cancer 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.751530 PMID:34691065	研究论文	本文利用单细胞转录组数据构建了乳腺癌的首个指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应	首次构建了乳腺癌的指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应	NA	研究癌症异质性，并开发一个可靠且强大的模型，用于直接的临床预测和诊断应用	乳腺癌的细胞浸润和治疗反应	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组	NA	基因表达数据	TCGA-BRCA队列中1091个样本，IMvigor210队列中348个样本
98	2024-08-07	Effect of SARS-CoV-2 infection on host competing endogenous RNA and miRNA network 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.12370 PMID:34722003	研究论文	本研究首次使用ceRNAnetsim包分析了SARS-CoV-2 RNA在感染细胞中与细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）网络的竞争行为，并利用单细胞测序数据评估了ceRNA网络效应。	本研究首次全面分析了SARS-CoV-2 RNA与细胞内ceRNA的竞争行为，并揭示了SARS-CoV-2感染对宿主ceRNA网络的影响。	本研究主要基于计算方法，可能存在实验验证的局限性。	探讨SARS-CoV-2感染对宿主竞争性内源RNA和miRNA网络的影响。	SARS-CoV-2 RNA与宿主细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）的竞争行为。	生物信息学	COVID-19	单细胞测序	NA	RNA	195个基因和29个miRNA在SARS-CoV-2 RNA存在下表现出特定的竞争行为，以及18个受SARS-CoV-2 RNA影响的基因。
99	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics: Current Methods and Challenges in Data Acquisition and Analysis 2021, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2021.591122 PMID:33967674	综述	本文综述了单细胞转录组学的方法、文库制备和数据生成，并强调了计算挑战	单细胞转录组学能够揭示人类生命的新基础，并提供科学界新的见解	由于起始材料少，SC-RNA-seq数据面临多种计算挑战，如归一化、差异基因表达分析和降维等	探讨单细胞转录组学在数据获取和分析中的当前方法和挑战	单细胞转录组学数据及其分析方法	测序技术	NA	单细胞RNA测序（SC-RNA-seq）	NA	转录组数据	数百万细胞
100	2024-08-07	Single-Cell RNA-seq Reveals Angiotensin-Converting Enzyme 2 and Transmembrane Serine Protease 2 Expression in TROP2+ Liver Progenitor Cells: Implications in Coronavirus Disease 2019-Associated Liver Dysfunction 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.603374 PMID:33968947	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，调查了人类肝脏中与冠状病毒疾病2019（COVID-19）相关的肝功能障碍的潜在肝细胞类型	首次发现TROP2肝祖细胞中血管紧张素转换酶2和跨膜丝氨酸蛋白酶2的共表达，并揭示了这些细胞在COVID-19相关肝功能障碍中的作用	NA	探索COVID-19患者中肝功能障碍的特定靶细胞类型，并研究其与病毒入侵的关系	人类肝脏中的单细胞	数字病理学	冠状病毒疾病2019	单细胞RNA测序	NA	RNA	约300,000个单细胞，来自五种不同类型的人类肝脏组织（胎儿、健康、肝硬化、肿瘤及邻近正常组织）