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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-17 |
Spatial Transcriptomics of Nematodes Identifies Sperm Cells as a Source of Genomic Novelty and Rapid Evolution
2021-01-04, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaa207
PMID:32785688
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研究论文 | 本文通过比较两种远缘线虫的空间转录组,揭示了精子细胞中新基因的富集及其在快速进化中的作用 | 首次在线虫中发现“睾丸外”假说,表明精子相关区域中新基因的富集 | NA | 探究基因表达的进化和新基因在空间分辨率下的作用 | 两种远缘线虫Caenorhabditis elegans和Pristionchus pacificus的空间转录组 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 两种线虫的成年虫体 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-16 |
3D Atlas of the Pituitary Gland of the Model Fish Medaka (Oryzias latipes)
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.719843
PMID:34497587
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研究论文 | 本研究使用多色荧光杂交技术,首次展示了模式鱼(Medaka)垂体前叶中七种内分泌细胞类型的三维分布图谱 | 首次在模式鱼Medaka中构建了垂体前叶内分泌细胞的三维分布图谱,并揭示了性二态性和双激素细胞的存在 | NA | 旨在通过比较和综合了解内分泌细胞类型的空间分布,以更好地理解其生理功能 | 模式鱼Medaka的垂体前叶内分泌细胞 | 数字病理学 | NA | 多色荧光杂交技术,免疫荧光技术,单细胞转录组学分析 | NA | 图像 | 成年Medaka鱼 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-16 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies New Inflammation-Promoting Cell Subsets in Asian Patients With Chronic Periodontitis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.711337
PMID:34566966
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了慢性牙周炎患者和健康志愿者的牙龈组织,识别出与炎症促进相关的新细胞亚群 | 本研究首次识别出HLA-DR表达的血管内皮细胞和CXCL13成纤维细胞,这些细胞与免疫调节高度相关,并揭示了促炎性NLRP3巨噬细胞在牙周炎中的作用 | 研究样本量较小,仅包括10名牙周炎患者和10名健康志愿者,可能影响结果的普遍性 | 旨在探究慢性牙周炎中炎症反应的局部微环境,并识别新的炎症促进细胞亚群 | 慢性牙周炎患者和健康志愿者的牙龈组织 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 10名牙周炎患者和10名健康志愿者 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-16 |
A Novel Oral Arginase 1/2 Inhibitor Enhances the Antitumor Effect of PD-1 Inhibition in Murine Experimental Gliomas by Altering the Immunosuppressive Environment
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.703465
PMID:34504786
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研究论文 | 本文研究了一种新型口服精氨酸酶1/2抑制剂OAT-1746,通过改变免疫抑制环境增强PD-1抑制在小鼠实验性胶质瘤中的抗肿瘤效果。 | 发现OAT-1746能有效穿过血脑屏障,增加脑内精氨酸水平,并与PD-1抑制剂联合使用,显著减少胶质瘤生长并增强抗肿瘤效果。 | NA | 探索精氨酸酶1/2抑制剂在胶质母细胞瘤中的抗肿瘤潜力及其与PD-1抑制剂联合使用的疗效。 | 人及小鼠的胶质瘤细胞、肿瘤浸润性小胶质细胞和单核/巨噬细胞。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及人及小鼠的胶质瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-16 |
Single Cell Transcriptome Helps Better Understanding Crosstalk in Diabetic Kidney Disease
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.657614
PMID:34485320
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在糖尿病肾病(DKD)中细胞间对话方面的最新进展 | 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术深入理解DKD在细胞水平上的异质性和遗传易感性 | NA | 旨在回顾单细胞转录组分析在DKD中的最新进展,特别是肾内或肾外细胞间的对话 | 糖尿病肾病(DKD)中的细胞间对话、细胞靶点和潜在治疗策略 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-15 |
N6-Methyladenosine Regulators and Related LncRNAs Are Potential to be Prognostic Markers for Uveal Melanoma and Indicators of Tumor Microenvironment Remodeling
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.704543
PMID:34395276
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研究论文 | 本研究探讨了N6-甲基腺苷(mA)调节因子和相关长链非编码RNA(lncRNA)在葡萄膜黑色素瘤(UM)中的预后标志物作用及其对肿瘤微环境(TME)重塑的影响 | 首次系统地识别了mA调节因子,并构建了基于mA调节因子的预后风险签名,通过单细胞测序数据验证了其在UM中的表达分布 | NA | 探索mA调节因子和相关lncRNA在UM中的预后标志物作用及对TME的影响 | 葡萄膜黑色素瘤患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞测序 | LASSO Cox分析 | 转录组数据 | 基于The Cancer Genome Atlas的转录组和临床数据,以及GSE139829数据集的单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-13 |
Therapeutic Targeting of Transcription Factors to Control the Cytokine Release Syndrome in COVID-19
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.673485
PMID:34163359
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研究论文 | 本文系统探索了COVID-19中细胞因子释放综合征(CRS)相关的炎症细胞因子的转录调控因子,以识别可用于治疗靶点的转录因子(TFs)及其已批准的药物 | 本文通过整合TF-细胞因子基因相互作用资源与单细胞RNA-seq表达数据,发现了与COVID-19患者中上调的16种细胞因子相关的95个TFs,并识别出19个可作为FDA批准药物靶点的TFs | 需要进一步研究这些候选药物的重新定位,以确定治疗COVID-19患者CRS的有效疗法 | 探索COVID-19中CRS的治疗方法 | COVID-19患者的细胞因子释放综合征 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA | 来自COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-12 |
An integrative microenvironment approach for laryngeal carcinoma: the role of immune/methylation/autophagy signatures on disease clinical prognosis and single-cell genotypes
2021, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.58076
PMID:34093817
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研究论文 | 本研究全面探讨了甲基化/自噬相关基因(MARGs)和免疫浸润在肿瘤微环境中对喉癌预后的影响 | 本研究结合单细胞和转录组学分析,探索了肿瘤微环境与预后特征之间的联系,并建立了基于神经网络的深度学习模型 | NA | 探讨甲基化/自噬相关基因和免疫浸润在肿瘤微环境中对喉癌预后的影响 | 喉癌的预后和单细胞基因型 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 基因数据 | 126个MARGs和10种免疫细胞,以及临床样本和GEO数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptome analysis of the heterogeneous effects of differential expression of tumor PD-L1 on responding TCR-T cells
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.55075
PMID:33754038
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研究论文 | 研究分析了肿瘤PD-L1表达差异对TCR-T细胞功能的影响 | 首次深入评估了肿瘤PD-L1表达差异如何影响T细胞功能,并揭示了PD-L1表达增加对不同抑制检查点分子的不同影响 | 研究中肿瘤细胞和T细胞死亡信号富集与肿瘤PD-L1表达增加之间的相关性有限 | 探究肿瘤PD-L1表达差异对TCR-T细胞功能的影响 | TCR-T细胞在不同PD-L1表达水平的肿瘤环境中的反应 | 数字病理学 | 恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用MART-1特异性TCR-T细胞与表达不同比例PD-L1的MEL-526肿瘤细胞进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-11 |
A Cancer Cell Cluster Marked by LincRNA MEG3 Leads Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Metastasis
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.656564
PMID:34055623
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌(PDAC)原发和转移组织的基因表达差异,发现了一个由长链非编码RNA MEG3标记的癌症细胞亚群,该亚群与PDAC的转移密切相关 | 首次揭示了由LincRNA MEG3标记的PDAC癌症细胞亚群在肿瘤转移中的关键作用 | NA | 探索驱动胰腺导管腺癌细胞转移的基因程序和核心调控因子 | 胰腺导管腺癌的原发和转移组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-07 |
Runx2-Twist1 interaction coordinates cranial neural crest guidance of soft palate myogenesis
2021-01-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.62387
PMID:33482080
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研究论文 | 本研究使用小鼠软腭作为模型,通过单细胞RNA测序分析探讨了颅神经嵴衍生物在颅面肌肉发育中的异质性和谱系承诺 | 揭示了Runx2和Twist1在调控颅神经嵴衍生物命运中的新作用,以及它们通过细胞间相互作用指导颅面肌肉发育的机制 | NA | 研究颅神经嵴细胞在颅面肌肉发育中的作用及其调控机制 | 颅神经嵴细胞及其在颅面肌肉发育中的衍生物 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠软腭样本 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-07 |
A High-Dimensional Window into the Micro-Environment of Triple Negative Breast Cancer
2021-Jan-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13020316
PMID:33467084
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)微环境中淋巴细胞、髓系细胞和基质细胞的细胞表型和空间模式,并探讨了将这些特征映射到肿瘤细胞基因型的潜在价值 | 利用多种高维度技术(如单细胞RNA测序、空间转录组学、T细胞受体分析、高级流式细胞术、成像质谱细胞术及其整合)来定义细胞表型 | NA | 深入理解三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境组成,以提供有效的个性化免疫治疗 | 三阴性乳腺癌的肿瘤细胞和非肿瘤成分的异质性及其随时间的变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、T细胞受体分析、高级流式细胞术、成像质谱细胞术 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-07 |
Single-Cell Profiling of Coding and Noncoding Genes in Human Dopamine Neuron Differentiation
2021-01-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10010137
PMID:33445654
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术对人类多巴胺神经元分化过程中的编码和非编码基因进行了高吞吐量转录组分析 | 开发了一种生物信息学管道,提供了基于时间和细胞类型特异性的长非编码RNA全景图,有助于揭示多巴胺神经元分化中编码和非编码基因的复杂调控网络 | NA | 评估干细胞培养作为人类多巴胺神经发生体外模型系统的实用性,并揭示人类多巴胺神经元的发育、成熟和功能的分子步骤 | 人类多能干细胞衍生的多巴胺神经元及其分化过程中的编码和非编码基因 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约20,000个腹侧中脑模式化的干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-07 |
Systematic comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods for immune cell profiling
2021-Jan-20, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07358-4
PMID:33472597
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研究论文 | 本文系统比较了七种高通量单细胞RNA测序方法在免疫细胞分析中的应用 | 展示了10x Genomics 5' v1和3' v3方法在mRNA检测灵敏度上的优势,减少了dropout事件,有助于识别差异表达基因和提高单细胞与免疫bulk RNA-seq特征的一致性 | 单细胞方法在恢复完整转录组方面存在固有限制,由于细胞和转录dropout事件的普遍性,以及样本可用性和异质性先验知识的限制,可能导致数据解释的混淆 | 评估不同高通量单细胞RNA测序方法在免疫细胞分析中的性能 | 七种高通量单细胞RNA测序方法在模拟免疫细胞类型和细胞大小异质性的混合样本中的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 21个库,包含两个人类和小鼠淋巴细胞细胞系的混合样本 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-07 |
STAB: a spatio-temporal cell atlas of the human brain
2021-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa762
PMID:32976581
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研究论文 | 本文介绍了一个名为STAB的时空细胞图谱数据库,该数据库包含人类大脑多个区域和发育时期的单细胞转录组数据 | STAB数据库提供了人类大脑在生命周期中动态细胞组成和分子特征的全面数据,填补了现有研究的空白 | NA | 旨在阐明大脑的细胞和转录组结构,以理解大脑功能和脑部疾病 | 人类大脑的细胞组成和转录组结构 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包含42种细胞亚型,跨越20个大脑区域和11个发育时期 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-07 |
MYC Promotes Bone Marrow Stem Cell Dysfunction in Fanconi Anemia
2021-01-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.09.004
PMID:32997960
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了范可尼贫血患者的造血干细胞和祖细胞,发现MYC的高表达与骨髓衰竭相关,并探讨了MYC抑制剂对FA患者造血干细胞的影响 | 首次揭示了MYC在范可尼贫血骨髓衰竭中的作用,并通过实验验证了MYC抑制剂对FA患者造血干细胞的潜在治疗效果 | 研究主要集中在细胞和动物模型上,尚未进行临床试验验证MYC抑制剂的临床应用效果 | 探讨范可尼贫血患者骨髓衰竭的分子机制及潜在治疗策略 | 范可尼贫血患者的造血干细胞和祖细胞 | NA | 范可尼贫血 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 来自范可尼贫血患者的造血干细胞和祖细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-07 |
Bi-FoRe: an efficient bidirectional knockin strategy to generate pairwise conditional alleles with fluorescent indicators
2021-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00747-1
PMID:32681448
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Bi-FoRe的高效双向敲入策略,用于生成带有荧光指示器的成对条件性等位基因 | 首次报道了通过单一供体生成具有条件性和基因标记双重功能的成对双功能敲入等位基因 | NA | 开发一种新的策略,用于基因表达标记和基因功能的条件性调控 | zebrafish中的sox10和isl1基因座 | 基因工程 | NA | CRISPR/Cas系统 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-05 |
XenoCell: classification of cellular barcodes in single cell experiments from xenograft samples
2021-Jan-29, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-021-00872-8
PMID:33514375
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研究论文 | 本文开发了XenoCell,一个用于单细胞实验的细胞条形码分类工具 | XenoCell是第一个独立的预处理工具,能够快速可靠地分类来自宿主和移植物的细胞条形码 | 在处理混合物种细胞实验时可能仍存在一定的挑战,尤其在高复杂性的样本中 | 研究旨在提高在异种移植样本中准确区分宿主与移植物的细胞序列读取的能力 | 研究对象为来自患者衍生活检的异种移植样本的单细胞序列数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | 在10× Genomics平台的混合物种50:50细胞系实验和公开的PDX数据集中使用 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-05 |
Single Cell Analysis of Blood Mononuclear Cells Stimulated Through Either LPS or Anti-CD3 and Anti-CD28
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.636720
PMID:33815388
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研究论文 | 本研究开发了一种成本效益高的多重单细胞RNA测序方法,以研究不同激活因子对人类外周血单核细胞的影响 | 首次通过CITE-seq方法系统研究了不同激活因子对外周血单核细胞组成和转录特征的影响 | 本研究的范围可能受到样本数量和来源的限制 | 探讨经典T细胞和单核细胞激活因子如何改变外周血单核细胞的组成和转录谱 | 健康人供体的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | CITE-seq | NA | RNA测序 | 来自健康人供体的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-05 |
Dissecting the initiation of female meiosis in the mouse at single-cell resolution
2021-Jan, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-020-03533-8
PMID:32367190
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研究论文 | 本文详细分析了小鼠雌性减数分裂的起始过程及其转录组特征 | 本研究通过单细胞RNA测序首次揭示了小鼠雌性减数分裂起始过程中的细胞群体及其转录组动力学,提供了重要的新资源 | 该研究集中于小鼠模型,可能不完全适用于其他物种的生殖生物学 | 揭示小鼠雌性减数分裂的分子机制及细胞群体的转录组特征 | 小鼠胎儿卵巢和生殖脊中的细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 研究中涉及13个转录群体和7个生殖细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |