单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2024-08-09	Systems analysis of hematopoiesis using single-cell lineage tracing 2021-01, Current opinion in hematology IF:3.1Q2 DOI:10.1097/MOH.0000000000000624 PMID:33264223	研究论文	本文综述了单细胞谱系追踪技术在血液生成系统分析中的应用及其最新发现	结合单细胞基因组学分析，这些研究允许对小鼠和人类的血液生成进行系统级描述	需要进一步研究以完全理解这些技术在人类生物学和疾病中的应用	探讨单细胞谱系追踪技术在血液生成研究中的优势、不足以及未来的发展方向	血液生成过程中的细胞行为和动态发展过程	数字病理学	NA	下一代测序	NA	单细胞RNA测序	数千个造血祖细胞在单个小鼠中
662	2024-08-09	Next-Generation Lineage Tracing and Fate Mapping to Interrogate Development 2021-01-11, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.10.021 PMID:33217333	review	本文广泛回顾了命运图谱和谱系追踪方法的起源，并重点介绍了单细胞基因组学进展所允许的谱系追踪的最新发展	本文探讨了利用新技术合成高分辨率命运图谱的当前潜力，并讨论了它们在深入探究发育过程中的潜力	NA	回顾并探讨命运图谱和谱系追踪技术在发育生物学中的应用	命运图谱和谱系追踪技术	NA	NA	单细胞和空间转录组学	NA	基因组数据	NA
663	2024-08-09	CSEA-DB: an omnibus for human complex trait and cell type associations 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1064 PMID:33211888	研究论文	本文介绍了一个名为CSEA-DB的数据库，用于分析人类复杂性状和细胞类型之间的关联	首次提供了一个包含5120个GWAS总结统计数据和超过90万个细胞的综合数据库，通过deTS算法进行了10,250,480次性状-细胞类型关联分析	NA	构建一个用于研究人类复杂性状及其潜在细胞类型关联的参考数据库	人类复杂性状和细胞类型	生物信息学	NA	单细胞技术	deTS算法	基因组数据	5120个GWAS总结统计数据，超过90万个细胞，包括752种组织细胞类型
664	2024-08-09	Lnc2Cancer 3.0: an updated resource for experimentally supported lncRNA/circRNA cancer associations and web tools based on RNA-seq and scRNA-seq data 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1006 PMID:33219685	研究论文	本文介绍了Lnc2Cancer 3.0数据库的更新，该数据库包含与人类癌症相关的实验支持的长非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）的全面数据，并描述了基于RNA测序和单细胞RNA测序的lncRNA表达分析的网络工具。	Lnc2Cancer 3.0新增了多个功能，包括增加癌症相关lncRNA条目、新增实验支持的circRNA-癌症关联、包含癌症相关lncRNA和circRNA的实验支持的调控机制和生物学功能，以及实验支持的临床相关性。此外，还开发了两个灵活的在线工具，用于快速和自定义分析及可视化癌症中的lncRNA。	NA	旨在阐明lncRNA、circRNA与癌症之间的关联	长非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）与人类癌症的关联	生物信息学	癌症	RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文本	当前版本包括9254个lncRNA-癌症关联，涉及2659个lncRNA和216个癌症亚型；新增1049个实验支持的circRNA-癌症关联，涉及743个circRNA和70个癌症亚型
665	2024-08-09	A `one-two punch' therapy strategy to target chemoresistance in estrogen receptor positive breast cancer 2021-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2020.100946 PMID:33221681	研究论文	本研究探讨了在雌激素受体阳性（ER+）转移性乳腺癌中，化疗后出现的耐药亚克隆中癌症干细胞样（CSL）细胞的增加情况，并研究了组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂在逆转这种耐药性中的作用	本研究首次展示了HDAC抑制剂在阻止化疗诱导的耐药性表型中的作用，并提出了‘一石二鸟’的治疗策略	NA	研究HDAC抑制剂在逆转ER+乳腺癌化疗耐药性中的作用	雌激素受体阳性（ER+）转移性乳腺癌细胞	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	患者样本
666	2024-08-09	TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1020 PMID:33179754	research paper	本文介绍了Tumor Immune Single Cell Hub (TISCH)，一个大规模的单细胞转录组数据库，整合了来自27种癌症类型的近200万个细胞的单细胞转录组数据。	TISCH提供了一个用户友好的界面，用于系统地可视化、搜索和下载肿瘤微环境中的基因表达图谱，支持跨多个数据集的单细胞或集群级别的交互式基因表达可视化。	NA	旨在通过整合和利用大量已发表的单细胞RNA-seq数据集，为免疫治疗提供信息支持。	肿瘤微环境中的免疫系统异质性。	digital pathology	NA	single-cell RNA-seq	NA	基因表达数据	近200万个细胞，来自76个高质量肿瘤数据集
667	2024-08-09	Spatiotemporal sequence of mesoderm and endoderm lineage segregation during mouse gastrulation 2021-01-07, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.193789 PMID:33199445	研究论文	本文研究了小鼠原条期间中胚层和内胚层谱系分离的时空序列	结合遗传命运标记和成像方法与单细胞RNA测序(scRNA-seq)来追踪转录身份并定义细胞类型的谱系轨迹	NA	探索小鼠胚胎原条期间中胚层和内胚层谱系分离的精确时空模式和分子细节	小鼠胚胎中的中胚层和内胚层谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
668	2024-08-09	VEGF-B Promotes Endocardium-Derived Coronary Vessel Development and Cardiac Regeneration 2021-01-05, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.050635 PMID:33203221	研究论文	本文研究了血管内皮生长因子B（VEGF-B）在心脏中促进源自心内膜的冠状血管发育和心脏再生的作用。	VEGF-B在心脏发育期间促进源自心内膜的冠状血管形成，并在成年小鼠中促进心内膜下心肌的血管内皮细胞增殖，以及心肌梗死后心脏组织的结构和功能恢复。	NA	研究VEGF-B在心脏中对冠状血管发育和心脏再生的影响。	VEGF-B在心脏中的作用及其对冠状血管发育和心脏再生的影响。	心血管疾病	心血管疾病	基因转移，细胞周期标记，流式细胞术，组织学，免疫组织化学，生物化学方法，单细胞RNA测序，生物信息学分析，微型计算机断层扫描，荧光和示踪剂介导的血管灌注成像分析。	NA	图像	使用表达VEGF-B转基因的小鼠和大鼠，VEGF-B基因敲除的小鼠和大鼠，以及成年小鼠中的病毒载体介导的VEGF-B基因转移。
669	2024-08-09	Decoding myofibroblast origins in human kidney fibrosis 2021-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2941-1 PMID:33176333	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，分析了健康和纤维化人肾脏近端和非近端小管细胞的转录组，以高分辨率绘制了整个人肾脏的细胞图谱，并识别了在人肾脏纤维化过程中形成瘢痕的主要细胞来源。	首次通过单细胞RNA测序和时空转录组学技术，高分辨率地揭示了人肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和分化过程，并鉴定了潜在的治疗靶点NKD2。	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能存在种属差异；且未进行临床试验验证NKD2作为治疗靶点的有效性。	揭示人肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和分化机制，并寻找潜在的治疗靶点。	人肾脏纤维化中的肌成纤维细胞及其前体细胞。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 时空转录组学	NA	转录组数据	健康和纤维化人肾脏的近端和非近端小管细胞
670	2024-08-09	Sharing and Helping: Regularity and Characteristics of Pathogenesis of a Widely Used Transgene Initiated Murine Acute Promyelocytic Leukemia Model 2021-01-01, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2020.0125 PMID:33176587	研究论文	本文通过改进的急性早幼粒细胞白血病（APL）小鼠模型，补充了该模型发病规律和特征的数据	本文填补了现有文献中关于该模型发病规律和特征数据的空白	NA	旨在补充和完善APL小鼠模型的发病规律和特征数据	APL小鼠模型的发病时间、潜伏期、发病率、寿命及APL细胞在外周血、脾脏、骨髓中的比例等	NA	急性早幼粒细胞白血病	单细胞测序	NA	NA	NA
671	2024-08-09	Clonal Hematopoiesis-Driver DNMT3A Mutations Alter Immune Cells in Heart Failure 2021-01-22, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.317104 PMID:33155517	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了携带DNMT3A突变的慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞的转录组特征	首次在人类中定义了由DNMT3A克隆性造血驱动突变介导的炎症免疫细胞亚群	样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探讨DNMT3A突变在慢性心力衰竭患者中对免疫细胞的影响	慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	6名携带DNMT3A突变的慢性心力衰竭患者和4名无DNMT3A突变的慢性心力衰竭患者
672	2024-08-09	Dynamic single-cell RNA sequencing identifies immunotherapy persister cells following PD-1 blockade 2021-01-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI135038 PMID:33151910	研究论文	本研究通过动态单细胞RNA测序技术，在PD-1阻断治疗的小鼠肿瘤球体中识别出免疫治疗持久细胞（IPCs）	首次通过动态单细胞RNA测序技术识别出PD-1阻断后的免疫治疗持久细胞，并揭示了其特征和潜在的治疗靶点	研究主要在小鼠模型中进行，需要进一步在人体中验证其有效性和安全性	揭示PD-1阻断治疗中免疫逃逸的基本机制，并寻找新的治疗靶点	小鼠肿瘤球体中的免疫治疗持久细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠肿瘤球体
673	2024-08-09	GRNdb: decoding the gene regulatory networks in diverse human and mouse conditions 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa995 PMID:33151298	研究论文	本文介绍了GRNdb数据库，该数据库系统预测了人类和小鼠在184种不同生理和病理条件下涉及超过633,000个细胞和27,700个批量样本的基因调控网络（GRNs），并提供了一个用户友好的平台用于搜索、比较、浏览、可视化和下载相关信息。	GRNdb是首个提供全面的人类和小鼠在单细胞水平上不同正常组织和疾病基因调控网络信息的数据库。	NA	开发一个全面的数据库，用于解析在多种条件下基因表达调控的功能和机制。	人类和小鼠的基因调控网络及其在不同生理和病理条件下的变化。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及超过633,000个细胞和27,700个批量样本
674	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis in Plants: Advances and Challenges 2021-01-04, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2020.10.012 PMID:33152518	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物科学中的应用进展和面临的挑战	scRNA-seq技术能够以前所未有的分辨率和规模研究植物发育和生理，揭示细胞间的异质性	植物科学中单细胞转录组分析仍处于早期阶段，有许多挑战需要克服	探讨scRNA-seq技术在植物研究中的应用，并提出未来研究方向	使用拟南芥根模型进行的研究，以及新的单细胞分析工具	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
675	2024-08-09	Enhanced Efficacy of Simultaneous PD-1 and PD-L1 Immune Checkpoint Blockade in High-Grade Serous Ovarian Cancer 2021-01-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1674 PMID:33158814	research paper	本研究通过免疫功能和单细胞RNA测序转录组分析，探讨了双特异性抗PD-1/PD-L1抗体在高度浆液性卵巢癌中的作用机制	首次揭示了双特异性抗体诱导NK细胞和部分CD8 T细胞状态转变，增强免疫检查点阻断疗法在高度浆液性卵巢癌中的疗效	NA	研究双特异性抗PD-1/PD-L1抗体在高度浆液性卵巢癌中的免疫治疗效果及其作用机制	高度浆液性卵巢癌的肿瘤细胞与免疫细胞共培养模型	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
676	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Reveals Clonal Architecture of Myeloid Cancers 2021-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-RW2020-163 PMID:33158845	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了髓系癌症的克隆结构	首次使用单细胞测序技术来解析髓系癌症的克隆结构	NA	探究髓系癌症的克隆结构	急性髓系白血病的克隆结构	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组数据	具体样本数量未在摘要中提及
677	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Hematopoietic Cells 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0810-4_9 PMID:33165847	研究论文	本文详细介绍了两种用于血液细胞单细胞RNA测序（scRNA-Seq）的方法：Smart-Seq2（基于板）和10× Genomics（基于液滴）。	scRNA-Seq技术的发展为血液学领域带来了进步，增进了我们对正常和恶性造血过程的理解。	不同的scRNA-Seq方法各有优缺点，需要在实验设计时加以考虑。	探索和优化用于血液细胞的单细胞RNA测序技术。	血液细胞的转录状态。	数字病理学	NA	scRNA-Seq	NA	RNA	NA
678	2024-08-09	Chitinase 3-like 1 and neurofilament light chain in CSF and CNS atrophy in MS 2021-01, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000000906 PMID:33172960	研究论文	研究脑脊液中神经丝轻链（NfL）和新兴标记物壳多糖酶3样蛋白1（CHI3L1）与多发性硬化症（MS）患者脑和脊髓萎缩的横断面关联	首次探讨了CHI3L1和NfL在MS患者脑脊液中的水平与脑和脊髓萎缩的关系，并评估了CHI3L1在不同细胞类型中的表达	研究为单中心研究，样本量有限，可能影响结果的普遍性	探讨CHI3L1和NfL在MS患者中的表达与脑和脊髓萎缩的关系，以及CHI3L1在不同细胞类型中的表达	多发性硬化症患者（复发缓解型MS和进行性MS）及健康对照组的脑脊液中NfL和CHI3L1水平	NA	多发性硬化症	MRI	NA	脑脊液	131名MS患者（42名复发缓解型MS和89名进行性MS）及42名匹配的健康对照
679	2024-08-09	ARHGAP36 regulates proliferation and migration in papillary thyroid carcinoma cells 2021-01, Journal of molecular endocrinology IF:3.6Q2 DOI:10.1530/JME-20-0230 PMID:33112823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了甲状腺乳头状癌（PTC）患者原发肿瘤、淋巴结转移及邻近正常组织的细胞表达谱，发现ARHGAP36在恶性细胞中高表达，并调控其增殖和迁移	首次揭示ARHGAP36在甲状腺乳头状癌恶性细胞中的特异性表达，并证实其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	研究样本量较小，需进一步扩大样本验证ARHGAP36的临床应用价值	探索甲状腺乳头状癌复发和转移的诊断标志物及治疗靶点	甲状腺乳头状癌患者的原发肿瘤、淋巴结转移及邻近正常组织细胞	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11,805个单细胞样本
680	2024-08-09	Combining Whole-Cell Patch-Clamp Recordings with Single-Cell RNA Sequencing 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0818-0_9 PMID:33119852	研究论文	本文详细描述了如何结合全细胞膜片钳记录和单细胞RNA测序技术来研究脑切片中的神经元	本文首次详细介绍了将全细胞膜片钳记录与单细胞RNA测序技术相结合的方法	NA	理解大脑功能及其组成细胞的特性	神经元的内在电特性及其在神经回路中的突触连接	NA	NA	全细胞膜片钳记录, 单细胞RNA测序	NA	电生理数据, 转录组数据	脑切片中的神经元