单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-08-09	Self-organized stem cell-derived human lung buds with proximo-distal patterning and novel targets of SARS-CoV-2 2021-Jan-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.01.06.425622 PMID:33442697	研究论文	本文介绍了一种高通量平台，用于生成数万个自组织的、几乎相同且基因匹配的人类肺芽，这些肺芽源自人类多能干细胞（hPSCs）在微图案基质上的培养	该平台能够模拟人类肺部发育的关键特征，并用于追踪SARS-CoV-2感染和识别候选治疗药物	NA	研究SARS-CoV-2如何在肺部引起组织病理变化，并开发针对COVID-19的治疗方法	人类肺芽、SARS-CoV-2感染、候选治疗药物	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	细胞	数万个自组织的人类肺芽
622	2024-08-09	B cell-specific XIST complex enforces X-inactivation and restrains atypical B cells 2021-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.01.03.425167 PMID:33442682	研究论文	本文研究了长非编码RNA XIST在成人B细胞中持续维持X染色体失活的作用及其机制	揭示了XIST在成人B细胞中对X连锁免疫基因的持续沉默作用，并发现了特定的体细胞特异性XIST复合物及TRIM28在B细胞中的作用	NA	探讨XIST在成人B细胞中的持续作用及其在性别差异生物学和医学中的扩展角色	XIST在成人B细胞中的作用及其机制	NA	NA	CRISPRi筛选	NA	转录组数据	涉及女性偏向自身免疫和COVID-19感染患者的单细胞转录组数据
623	2024-08-09	Space-time logic of liver gene expression at sub-lobular scale 2021-01, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-020-00323-1 PMID:33432202	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了肝脏基因表达在时间和空间上的调控	首次在亚小叶尺度上揭示了肝脏基因表达的时空逻辑，发现许多基因既具有区域性也具有节律性，并且大多数基因显示出乘法时空效应	NA	研究肝脏基因表达的时空调控机制	肝脏基因表达的时空特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单分子荧光原位杂交 (smFISH)	混合效应模型	RNA表达数据	NA
624	2024-08-09	A CRISPR-Cas9-engineered mouse model for GPI-anchor deficiency mirrors human phenotypes and exhibits hippocampal synaptic dysfunctions 2021-01-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2014481118 PMID:33402532	研究论文	本文利用CRISPR-Cas9技术构建了一个GPI锚定缺陷的小鼠模型，该模型再现了人类GPI生物合成缺陷的表型，并表现出海马突触功能障碍	首次成功构建了一个能够全面模拟人类GPI生物合成缺陷症状的小鼠模型，并通过单细胞RNA测序等技术深入分析了其病理机制	NA	探究GPI生物合成缺陷的病理生理机制及其在脑发育中的作用	GPI锚定缺陷的小鼠模型及其在认知、运动协调、社交行为和睡眠模式等方面的表现	分子生物学	遗传性疾病	CRISPR-Cas9, 免疫组化, 电生理记录, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质免疫反应数据, 电生理数据	NA
625	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of uncultured human umbilical cord mesenchymal stem cells 2021-01-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-02055-1 PMID:33413643	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析未培养的人脐带间充质干细胞，发现两种不同的脐带间充质干细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了未培养的脐带间充质干细胞的异质性及其潜在的生物学功能	研究仅限于新鲜分离的未培养脐带间充质干细胞，未涉及其在临床应用中的长期效果	探究未培养的脐带间充质干细胞的异质性及其在疾病治疗中的潜在应用	人脐带间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
626	2024-08-09	Human cutaneous neurofibroma matrisome revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-020-01103-4 PMID:33413690	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了人类皮肤神经纤维瘤的基质组	发现经典的促纤维化胶原蛋白I肌成纤维细胞在神经纤维瘤中很少见，而促肿瘤发生的胶原蛋白VI在神经纤维瘤中丰富，主要由神经纤维瘤成纤维细胞分泌	NA	揭示神经纤维瘤中基质基因及其相关基因（即基质组）的确切谱系及其功能	人类皮肤神经纤维瘤的基质组	数字病理学	神经纤维瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
627	2024-08-09	SCC: an accurate imputation method for scRNA-seq dropouts based on a mixture model 2021-Jan-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03878-8 PMID:33407064	研究论文	提出了一种名为SCC的新方法，用于填补单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的缺失值（dropouts）	SCC方法在减少细胞内距离和提高聚类准确性方面优于现有两种方法	NA	解决scRNA-seq数据中的dropout噪声问题	scRNA-seq数据中的dropouts	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合模型	基因表达数据	NA
628	2024-08-09	Recent progress in pancreatic islet cell therapy 2021-Jan-05, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-020-00152-5 PMID:33402224	研究论文	本文综述了利用人多能干细胞（包括人胚胎干细胞和诱导多能干细胞）通过体外定向分化再生胰腺胰岛细胞的最新进展	通过单细胞RNA测序技术分析PSC衍生的内分泌β细胞，并与人类胰岛进行比较，发现了在胰腺分化和成熟过程中涉及的新信号通路和分子。此外，结合基因编辑技术，从糖尿病患者源性的PSC系可以分化为功能性胰腺胰岛细胞，为未来的自体细胞治疗提供了可能性	NA	探讨人多能干细胞衍生的胰腺胰岛细胞的定向分化过程、转录组和代谢组研究的新发现，以及在疾病模型中的最新进展	人多能干细胞衍生的胰腺胰岛细胞	干细胞研究	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组、代谢组	NA
629	2024-08-09	Sparsely-connected autoencoder (SCA) for single cell RNAseq data mining 2021-01-05, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-020-00162-6 PMID:33402683	研究论文	本文介绍了一种基于稀疏连接自编码器（SCA）的工具，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的功能挖掘	提出了两种新的度量标准QCC和QCM，用于量化SCA重建有价值细胞簇的能力和评估神经网络质量	NA	开发一种工具，用于揭示与scRNAseq数据相关的隐藏特征	单细胞RNA测序数据及其细胞簇	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	稀疏连接自编码器（SCA）	文本	使用了多种实验验证的数据（TF靶点、miRNA靶点、激酶靶点和癌症相关免疫特征）
630	2024-08-09	Overcoming Expressional Drop-outs in Lineage Reconstruction from Single-Cell RNA-Sequencing Data 2021-01-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108589 PMID:33406427	研究论文	本文介绍了一种名为SClineager的方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断准确的进化谱系，通过借鉴相关细胞的信息来克服表达下降问题	SClineager方法的创新之处在于能够有效地处理单细胞RNA测序数据中的表达下降问题，从而实现准确的谱系重建	NA	开发一种新方法，用于从单细胞RNA测序数据中进行基于遗传的谱系追踪	单细胞RNA测序数据中的表达下降问题及其对谱系重建的影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
631	2024-08-09	Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single-cell sequencing and its medical implication 2021-Jan-05, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-020-00223-4 PMID:33408321	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了23个临床样本中的约200,000个骨髓单个核细胞及其亚群的转录组，构建了一个全面的造血参考图谱，并开发了对应复合指数（CCI）来寻找每个白血病细胞亚群的健康对应细胞，以揭示白血病异质性的起源。	本研究开发了对应复合指数（CCI），通过整合多种统计方法将白血病细胞映射到参考造血细胞上，为理解白血病发生提供了新的生物学和医学意义。	NA	研究目的是通过整合分析造血和白血病发生，提供新的见解。	研究对象包括骨髓单个核细胞及其亚群的单细胞转录组。	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	23个临床样本中的约200,000个单细胞
632	2024-08-09	Defining human mesenchymal and epithelial heterogeneity in response to oral inflammatory disease 2021-01-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.62810 PMID:33393902	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了人类口腔黏膜在慢性炎症疾病过程中的上皮和间质细胞异质性及其变化	首次揭示了人类口腔黏膜在疾病进展中的细胞类型变化，并识别了潜在的细胞间相互作用枢纽	NA	探讨人类口腔黏膜在慢性炎症疾病中的细胞异质性及其对疾病进展的影响	人类口腔黏膜的上皮细胞和间质细胞	数字病理学	口腔炎症疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
633	2024-08-09	Targeting Lymphotoxin Beta and Paired Box 5: a potential therapeutic strategy for soft tissue sarcoma metastasis 2021-Jan-04, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-020-01632-x PMID:33397394	研究论文	本研究旨在揭示软组织肉瘤（STS）中潜在的转移机制及相关信号通路，通过分析差异表达基因和肿瘤浸润细胞	本研究通过RNA测序和Pearson相关性分析，构建了转移相关预测模型，并验证了LTB和PAX5的转录调控模式	NA	探索软组织肉瘤的转移机制及相关信号通路	软组织肉瘤中的差异表达基因和肿瘤浸润细胞	数字病理学	软组织肉瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	261个软组织肉瘤样本
634	2024-08-09	Molecular Mechanisms of Renal Progenitor Regulation: How Many Pieces in the Puzzle? 2021-01-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10010059 PMID:33401654	综述	本文综述了肾脏祖细胞在维持日常稳态和损伤后内源性再生过程中的分子机制	探讨了单细胞RNA测序技术在肾脏祖细胞特性研究中的应用前景	NA	总结指导肾脏祖细胞在稳态和肾损伤后反应的分子机制	肾脏祖细胞及其在生理和病理条件下的再生响应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
635	2024-08-09	The prospects of tumor chemosensitivity testing at the single-cell level 2021-01, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2020.100741 PMID:33387814	综述	本文综述了单细胞水平肿瘤化疗敏感性测试（SCC-DST）的发展及其在克服传统药物筛选方法障碍中的应用	SCC-DST通过微流控芯片技术集成多种分析方法，提高了对个体患者药物敏感性测试的预测能力	NA	探讨SCC-DST如何克服传统药物筛选方法的障碍，并展望其与单细胞RNA测序和人工智能结合的可能性	单细胞水平肿瘤化疗敏感性测试技术及其应用	NA	癌症	微流控芯片技术	NA	单细胞数据	NA
636	2024-08-09	Specific MiRNAs in naïve T cells associated with Hepatitis C Virus-induced Hepatocellular Carcinoma 2021, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.49594 PMID:33391397	研究论文	本研究通过结合HCV诱导的肝细胞癌（HCC）组织中的bulk mRNA和miRNA测序数据以及T细胞的单细胞RNA测序数据，探讨了T细胞与miRNAs在HCV-HCC中的关联	本研究利用去卷积的bulk RNA-seq数据和miRNA图谱，识别了与幼稚CD4+ T细胞相关的miRNAs，有助于阐明抗HCV免疫反应的潜在机制	NA	确定T细胞与miRNAs在HCV诱导的肝细胞癌（HCC）中的关联	HCV诱导的肝细胞癌（HCC）组织中的T细胞和miRNAs	NA	肝细胞癌	RNA测序	NA	mRNA和miRNA数据	NA
637	2024-08-09	Macrophage imaging and subset analysis using single-cell RNA sequencing 2021, Nanotheranostics DOI:10.7150/ntno.50185 PMID:33391974	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术进行巨噬细胞成像和亚群分析，以支持个性化患者治疗策略的可能性	介绍了纳米颗粒基对比剂在巨噬细胞成像中的应用，以及单细胞RNA测序技术在解析特定细胞亚群及其在药物反应或抗药性中的机制作用	当前临床成像技术在量化广泛分子程序方面的能力有限，无法解释特定成像剂标记的细胞亚群及其在药物反应或抗药性中的作用	探讨巨噬细胞成像作为伴随诊断工具，以指导个性化患者治疗策略	巨噬细胞及其在药物反应和抗药性中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	NA
638	2024-08-09	Integrative single-cell transcriptome analysis reveals a subpopulation of fibroblasts associated with favorable prognosis of liver cancer patients 2021-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2020.100981 PMID:33395744	研究论文	本文通过综合单细胞转录组分析，揭示了与肝癌患者良好预后相关的成纤维细胞亚群	首次在单细胞水平上描述了肝癌与正常肝脏在细胞和分子成分上的变化，并发现了一种与减少血管侵袭和延长肝癌患者生存期相关的成纤维细胞亚群	NA	研究肝癌发展中的细胞类型特异性分子改变，并探索与肝癌预后相关的成纤维细胞亚群	肝癌和正常肝脏组织的单细胞转录组	数字病理学	肝癌	单细胞转录组分析	主成分分析	转录组数据	肝癌和正常肝脏组织的多个样本
639	2024-08-09	Single-cell dissection of intratumoral heterogeneity and lineage diversity in metastatic gastric adenocarcinoma 2021-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-1125-8 PMID:33398161	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，分析了15名胃腺癌患者的腹膜癌病（PC）细胞，构建了45,048个PC细胞的地图，并探讨了肿瘤细胞群体的转录组状态及其与患者生存的关系	本文首次揭示了肿瘤细胞系/状态组成的多样性是腹膜癌病（PC）细胞内异质性的关键贡献因素，并开发了一个12基因的预后标志物，用于胃腺癌的预后评估和患者分层	NA	探索胃腺癌腹膜癌病（PC）细胞的内异质性及其与患者生存的关系	胃腺癌患者的腹膜癌病（PC）细胞	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	15名胃腺癌患者
640	2024-08-09	Six Novel Biomarkers for Diagnosis and Prognosis of Esophageal squamous cell carcinoma: validated by scRNA-seq and qPCR 2021, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.50443 PMID:33403046	研究论文	本研究通过分析六个GEO和TCGA的ESCC数据集，筛选出六个新的生物标志物，并通过scRNA-seq和qPCR验证其在食管鳞状细胞癌中的表达和预后价值	首次鉴定并验证了PBK, KIF2C, NUF2, KIF20A, RAD51AP1和DEPDC1作为食管鳞状细胞癌的诊断和预后生物标志物	NA	鉴定新的食管鳞状细胞癌生物标志物	食管鳞状细胞癌的生物标志物	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, qPCR	NA	基因表达数据	六个GEO和TCGA的ESCC数据集