单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2024-08-09 |
Potentiality of multiple modalities for single-cell analyses to evaluate the tumor microenvironment in clinical specimens
2021-01-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-79385-w
PMID:33431933
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞分析技术在评估胃癌患者肿瘤微环境中的应用 | 本研究发现scRNA-seq分析能够覆盖更广泛的肿瘤微环境中的免疫细胞，包括小亚群的B细胞和Treg细胞 | CyTOF技术虽然能更深入地区分特定群体，但在覆盖范围上不及scRNA-seq | 阐明肿瘤微环境的复杂性，为克服肿瘤微环境中癌症异质性带来的治疗困难提供新策略 | 胃癌患者的内镜或手术切除肿瘤及外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, CyTOF | NA | 细胞 | 胃癌患者的内镜或手术切除肿瘤及外周血单个核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 622 | 2024-08-09 |
Mitochondrial gene expression in single cells shape pancreatic beta cells' sub-populations and explain variation in insulin pathway
2021-01-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-80334-w
PMID:33432158
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研究论文 | 研究分析了人类和小鼠胰腺α细胞和β细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了线粒体基因表达在β细胞亚群中的差异及其对胰岛素途径变异的影响 | 发现了两个先前未被注意到的、在人类和小鼠中都存在的独特的β细胞亚群，这些亚群在健康和糖尿病个体以及新生和成年小鼠中表现出不同的线粒体基因表达模式 | NA | 探讨线粒体基因表达在单个细胞类型中的差异及其对细胞代谢的影响 | 人类和小鼠的胰腺α细胞和β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类胰腺α细胞3471个，β细胞1989个；小鼠β细胞1094个 | NA | NA | NA | NA |
| 623 | 2024-08-09 |
Evolutionary Genetics of Mycobacterium tuberculosis and HIV-1: "The Tortoise and the Hare"
2021-Jan-11, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms9010147
PMID:33440808
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研究论文 | 本文探讨了结核分枝杆菌和HIV-1的进化遗传学，特别是它们在共感染情况下的进化动力学 | 提出了单细胞测序在研究单核细胞/巨噬细胞内结核分枝杆菌和HIV-1相互作用中的应用 | 结核分枝杆菌和HIV-1在宿主细胞中共殖民的进化影响尚未完全理解 | 研究结核分枝杆菌和HIV-1的进化动力学及其在共感染中的相互作用 | 结核分枝杆菌和HIV-1的遗传多样性及其对宿主免疫系统、毒力和药物抗性的影响 | 进化遗传学 | 结核病和HIV/AIDS | 全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 文中未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 624 | 2024-08-09 |
Phenotyping of immune and endometrial epithelial cells in endometrial carcinomas revealed by single-cell RNA sequencing
2021-01-10, Aging
DOI:10.18632/aging.202288
PMID:33429363
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自五名患者的肿瘤和邻近肿瘤组织中的30,780个细胞进行了分析，生成了子宫内膜癌的细胞图谱 | 首次详细描述了子宫内膜癌中子宫内膜上皮细胞和免疫细胞的类型及其特征，并发现了特定的CD8 T细胞和单核-巨噬细胞群 | 研究样本仅来自五名患者，可能影响结果的普遍性 | 揭示子宫内膜癌中子宫内膜上皮细胞和免疫微环境的特征 | 子宫内膜癌中的子宫内膜上皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 30,780个细胞，来自五名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 625 | 2024-08-09 |
scReQTL: an approach to correlate SNVs to gene expression from individual scRNA-seq datasets
2021-Jan-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07334-y
PMID:33419390
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scReQTL的方法，用于从单细胞RNA测序数据中关联单核苷酸变异（SNVs）与基因表达 | scReQTL方法利用表达位点的变体等位基因分数（VAFRNA），并将其与相应细胞的基因表达相关联，能够在相同基因型的背景下捕捉到细胞特异性和短暂性的RNA介导的遗传相互作用 | NA | 旨在从单细胞RNA测序数据中识别和描述可能参与细胞类型特异性或动态遗传相互作用的SNVs | 从三个健康女性捐赠者获得的脂肪组织中提取的26,640个间充质细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 26,640个间充质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 626 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing uncovers cellular developmental sequences and novel potential intercellular communications in embryonic kidney
2021-01-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-80154-y
PMID:33420268
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术重新分析了胚胎小鼠肾脏的数据，揭示了细胞发育序列和潜在的细胞间通讯 | 本研究利用流形学习基于分区图抽象协调细胞，结合ForceAtlas2推断出鲍曼囊壁上皮细胞和从S形体到每个肾单位的发育过程中的细胞。RNA速度与马尔可夫链算法结合，揭示了肾单位前体细胞的自更新过程。NicheNet分析表明，不仅属于输尿管芽和间质的细胞，还有内皮细胞、巨噬细胞和周细胞可能参与肾单位前体细胞的分化 | NA | 探索肾脏发育的细胞机制 | 胚胎小鼠肾脏的细胞发育和细胞间通讯 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 流形学习，ForceAtlas2，RNA速度，马尔可夫链算法，NicheNet分析 | RNA测序数据 | 胚胎小鼠肾脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 627 | 2024-08-09 |
The spatial RNA integrity number assay for in situ evaluation of transcriptome quality
2021-01-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01573-1
PMID:33420318
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研究论文 | 本文介绍了一种新的工具——空间RNA完整性数（sRIN）检测方法，用于在细胞水平上评估组织中rRNA的完整性 | 提出了一种新的空间RNA完整性数（sRIN）检测方法，能够在细胞水平上评估组织中rRNA的完整性，克服了传统批量rRNA测量方法的局限性 | NA | 开发一种新的方法来评估组织中rRNA的完整性，并将其应用于空间转录组学工作流程中 | 组织中rRNA的完整性 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 628 | 2024-08-09 |
Self-organized stem cell-derived human lung buds with proximo-distal patterning and novel targets of SARS-CoV-2
2021-Jan-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.01.06.425622
PMID:33442697
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研究论文 | 本文介绍了一种高通量平台，用于生成数万个自组织的、几乎相同且基因匹配的人类肺芽，这些肺芽源自人类多能干细胞（hPSCs）在微图案基质上的培养 | 该平台能够模拟人类肺部发育的关键特征，并用于追踪SARS-CoV-2感染和识别候选治疗药物 | NA | 研究SARS-CoV-2如何在肺部引起组织病理变化，并开发针对COVID-19的治疗方法 | 人类肺芽、SARS-CoV-2感染、候选治疗药物 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 数万个自组织的人类肺芽 | NA | NA | NA | NA |
| 629 | 2024-08-09 |
B cell-specific XIST complex enforces X-inactivation and restrains atypical B cells
2021-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.01.03.425167
PMID:33442682
|
研究论文 | 本文研究了长非编码RNA XIST在成人B细胞中持续维持X染色体失活的作用及其机制 | 揭示了XIST在成人B细胞中对X连锁免疫基因的持续沉默作用，并发现了特定的体细胞特异性XIST复合物及TRIM28在B细胞中的作用 | NA | 探讨XIST在成人B细胞中的持续作用及其在性别差异生物学和医学中的扩展角色 | XIST在成人B细胞中的作用及其机制 | NA | NA | CRISPRi筛选 | NA | 转录组数据 | 涉及女性偏向自身免疫和COVID-19感染患者的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 630 | 2024-08-09 |
A CRISPR-Cas9-engineered mouse model for GPI-anchor deficiency mirrors human phenotypes and exhibits hippocampal synaptic dysfunctions
2021-01-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2014481118
PMID:33402532
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研究论文 | 本文利用CRISPR-Cas9技术构建了一个GPI锚定缺陷的小鼠模型，该模型再现了人类GPI生物合成缺陷的表型，并表现出海马突触功能障碍 | 首次成功构建了一个能够全面模拟人类GPI生物合成缺陷症状的小鼠模型，并通过单细胞RNA测序等技术深入分析了其病理机制 | NA | 探究GPI生物合成缺陷的病理生理机制及其在脑发育中的作用 | GPI锚定缺陷的小鼠模型及其在认知、运动协调、社交行为和睡眠模式等方面的表现 | 分子生物学 | 遗传性疾病 | CRISPR-Cas9, 免疫组化, 电生理记录, 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质免疫反应数据, 电生理数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 631 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis of uncultured human umbilical cord mesenchymal stem cells
2021-01-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-02055-1
PMID:33413643
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析未培养的人脐带间充质干细胞，发现两种不同的脐带间充质干细胞亚群 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了未培养的脐带间充质干细胞的异质性及其潜在的生物学功能 | 研究仅限于新鲜分离的未培养脐带间充质干细胞，未涉及其在临床应用中的长期效果 | 探究未培养的脐带间充质干细胞的异质性及其在疾病治疗中的潜在应用 | 人脐带间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 632 | 2024-08-09 |
Human cutaneous neurofibroma matrisome revealed by single-cell RNA sequencing
2021-01-07, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-020-01103-4
PMID:33413690
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了人类皮肤神经纤维瘤的基质组 | 发现经典的促纤维化胶原蛋白I肌成纤维细胞在神经纤维瘤中很少见，而促肿瘤发生的胶原蛋白VI在神经纤维瘤中丰富，主要由神经纤维瘤成纤维细胞分泌 | NA | 揭示神经纤维瘤中基质基因及其相关基因（即基质组）的确切谱系及其功能 | 人类皮肤神经纤维瘤的基质组 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 633 | 2024-08-09 |
SCC: an accurate imputation method for scRNA-seq dropouts based on a mixture model
2021-Jan-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03878-8
PMID:33407064
|
研究论文 | 提出了一种名为SCC的新方法，用于填补单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的缺失值（dropouts） | SCC方法在减少细胞内距离和提高聚类准确性方面优于现有两种方法 | NA | 解决scRNA-seq数据中的dropout噪声问题 | scRNA-seq数据中的dropouts | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 634 | 2024-08-09 |
Recent progress in pancreatic islet cell therapy
2021-Jan-05, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-020-00152-5
PMID:33402224
|
研究论文 | 本文综述了利用人多能干细胞（包括人胚胎干细胞和诱导多能干细胞）通过体外定向分化再生胰腺胰岛细胞的最新进展 | 通过单细胞RNA测序技术分析PSC衍生的内分泌β细胞，并与人类胰岛进行比较，发现了在胰腺分化和成熟过程中涉及的新信号通路和分子。此外，结合基因编辑技术，从糖尿病患者源性的PSC系可以分化为功能性胰腺胰岛细胞，为未来的自体细胞治疗提供了可能性 | NA | 探讨人多能干细胞衍生的胰腺胰岛细胞的定向分化过程、转录组和代谢组研究的新发现，以及在疾病模型中的最新进展 | 人多能干细胞衍生的胰腺胰岛细胞 | 干细胞研究 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组、代谢组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 635 | 2024-08-09 |
Sparsely-connected autoencoder (SCA) for single cell RNAseq data mining
2021-01-05, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-020-00162-6
PMID:33402683
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于稀疏连接自编码器（SCA）的工具，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的功能挖掘 | 提出了两种新的度量标准QCC和QCM，用于量化SCA重建有价值细胞簇的能力和评估神经网络质量 | NA | 开发一种工具，用于揭示与scRNAseq数据相关的隐藏特征 | 单细胞RNA测序数据及其细胞簇 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 稀疏连接自编码器（SCA） | 文本 | 使用了多种实验验证的数据（TF靶点、miRNA靶点、激酶靶点和癌症相关免疫特征） | NA | NA | NA | NA |
| 636 | 2024-08-09 |
Overcoming Expressional Drop-outs in Lineage Reconstruction from Single-Cell RNA-Sequencing Data
2021-01-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108589
PMID:33406427
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SClineager的方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断准确的进化谱系，通过借鉴相关细胞的信息来克服表达下降问题 | SClineager方法的创新之处在于能够有效地处理单细胞RNA测序数据中的表达下降问题，从而实现准确的谱系重建 | NA | 开发一种新方法，用于从单细胞RNA测序数据中进行基于遗传的谱系追踪 | 单细胞RNA测序数据中的表达下降问题及其对谱系重建的影响 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 637 | 2024-08-09 |
Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single-cell sequencing and its medical implication
2021-Jan-05, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00223-4
PMID:33408321
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了23个临床样本中的约200,000个骨髓单个核细胞及其亚群的转录组，构建了一个全面的造血参考图谱，并开发了对应复合指数（CCI）来寻找每个白血病细胞亚群的健康对应细胞，以揭示白血病异质性的起源。 | 本研究开发了对应复合指数（CCI），通过整合多种统计方法将白血病细胞映射到参考造血细胞上，为理解白血病发生提供了新的生物学和医学意义。 | NA | 研究目的是通过整合分析造血和白血病发生，提供新的见解。 | 研究对象包括骨髓单个核细胞及其亚群的单细胞转录组。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 23个临床样本中的约200,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 638 | 2024-08-09 |
Defining human mesenchymal and epithelial heterogeneity in response to oral inflammatory disease
2021-01-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.62810
PMID:33393902
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了人类口腔黏膜在慢性炎症疾病过程中的上皮和间质细胞异质性及其变化 | 首次揭示了人类口腔黏膜在疾病进展中的细胞类型变化，并识别了潜在的细胞间相互作用枢纽 | NA | 探讨人类口腔黏膜在慢性炎症疾病中的细胞异质性及其对疾病进展的影响 | 人类口腔黏膜的上皮细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 口腔炎症疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 639 | 2024-08-09 |
Targeting Lymphotoxin Beta and Paired Box 5: a potential therapeutic strategy for soft tissue sarcoma metastasis
2021-Jan-04, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-020-01632-x
PMID:33397394
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研究论文 | 本研究旨在揭示软组织肉瘤（STS）中潜在的转移机制及相关信号通路，通过分析差异表达基因和肿瘤浸润细胞 | 本研究通过RNA测序和Pearson相关性分析，构建了转移相关预测模型，并验证了LTB和PAX5的转录调控模式 | NA | 探索软组织肉瘤的转移机制及相关信号通路 | 软组织肉瘤中的差异表达基因和肿瘤浸润细胞 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 261个软组织肉瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 640 | 2024-08-09 |
Molecular Mechanisms of Renal Progenitor Regulation: How Many Pieces in the Puzzle?
2021-01-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10010059
PMID:33401654
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综述 | 本文综述了肾脏祖细胞在维持日常稳态和损伤后内源性再生过程中的分子机制 | 探讨了单细胞RNA测序技术在肾脏祖细胞特性研究中的应用前景 | NA | 总结指导肾脏祖细胞在稳态和肾损伤后反应的分子机制 | 肾脏祖细胞及其在生理和病理条件下的再生响应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |