单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Profiling
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_16
PMID:33606265
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研究论文 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）技术的发展及其在细胞异质性和细胞特异性表达差异分析中的应用 | 介绍了新的计算方法如何解决scRNAseq数据分析中的挑战，提供了前所未有的生物学细节洞察 | scRNAseq技术尚未像批量测序那样成熟或完全实现 | 探讨单细胞数据分析的挑战及其计算方法的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在细胞动力学研究中的应用 | 数字病理学 | NA | scRNAseq | NA | 转录组数据 | 单细胞水平 | NA | NA | NA | NA |
| 582 | 2024-08-09 |
Analysis of microRNA Regulation in Single Cells
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_18
PMID:33606267
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研究论文 | 本文探讨了单细胞水平上微小RNA（miRNA）对基因表达的调控作用 | 利用单细胞RNA测序技术研究miRNA和mRNA在单细胞中的表达，并展示了其在量化细胞间变异方面的优势 | 讨论了实验设计和计算分析中可能的改进以减少或划分技术噪声 | 研究单细胞中miRNA对基因表达水平和表达变异性的调控 | miRNA和mRNA在单细胞中的表达 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 583 | 2024-08-09 |
Identifying Differentially Expressed Genes of Zero Inflated Single Cell RNA Sequencing Data Using Mixed Model Score Tests
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.616686
PMID:33613638
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研究论文 | 本文提出了一种名为单细胞混合模型得分测试（scMMSTs）的方法，用于有效识别具有批次效应的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | scMMSTs方法通过将批次效应视为随机效应，并采用加权策略处理零膨胀问题，从而提高了差异表达基因识别的准确性 | NA | 旨在开发一种新方法，以更准确地识别具有批次效应和零膨胀问题的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性混合模型（GLMM） | RNA测序数据 | 涉及两个真实数据集和大量模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 584 | 2024-08-09 |
High levels of soluble CD25 in COVID-19 severity suggest a divergence between anti-viral and pro-inflammatory T-cell responses
2021, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.1251
PMID:33614032
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研究论文 | 研究COVID-19患者中可溶性CD25水平与疾病严重程度之间的关系，并探讨其与T细胞抗病毒和促炎反应的差异 | 通过分析280名住院COVID-19患者的细胞因子谱和临床特征，以及使用淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染的小鼠模型，揭示了可溶性CD25在疾病严重程度中的独立风险因素作用及其与病毒清除时间的关联 | 研究主要基于小鼠模型和已发表的单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的人体临床试验验证 | 理解COVID-19患者中T细胞功能缺陷和超激活之间的矛盾现象 | COVID-19患者的细胞因子水平和临床特征，以及小鼠模型的免疫学、病毒学和病理学特征 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞因子谱，临床特征数据 | 280名住院COVID-19患者，小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 585 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing and Organoids: A Powerful Combination for Modelling Organ Development and Diseases
2021, Reviews of physiology, biochemistry and pharmacology
DOI:10.1007/112_2020_47
PMID:33619630
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的最新进展及其应用 | scRNA-seq技术能够在单细胞水平上确定基因表达变异性，而类器官模型则能更好地模拟器官发育、再生和疾病的复杂时空过程 | 传统的基于mRNA或蛋白质的方法往往无法阐明稀有细胞类型（如某些干细胞亚群、短暂的前体细胞和循环肿瘤细胞）的贡献 | 探讨scRNA-seq和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的应用优势 | 单细胞RNA测序技术和类器官模型 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 586 | 2024-08-09 |
Inference of Ligand-Receptor Pairs from Single-Cell Transcriptomics Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2020_343
PMID:33625677
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研究论文 | 本文开发了一个框架，利用单细胞转录组数据分析不同细胞类型间的配体-受体相互作用，以系统地描述细胞间通信事件 | 本文整合了配体、受体及其相互作用的库，并采用计算方法识别特定细胞类型和生物学相关的相互作用 | NA | 系统地表征细胞间通信 | 单细胞转录组数据中的配体-受体对 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 587 | 2024-08-09 |
DIscBIO: A User-Friendly Pipeline for Biomarker Discovery in Single-Cell Transcriptomics
2021-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22031399
PMID:33573289
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研究论文 | 本文介绍了DIscBIO，一个用于单细胞转录组学中生物标志物发现的开放源代码、多算法管道 | DIscBIO整合了多个scRNA-seq包，允许通过决策树和基因富集分析在网络环境中进行生物标志物发现 | 为了进行有意义的scRNA-seq分析，用户需要理解所实施的方法及其可能的选项和限制 | 开发一个用户友好的管道，用于在单细胞转录组学中进行生物标志物发现 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群和生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌，黏液脂肪肉瘤 | scRNA-seq | 决策树 | 单细胞测序读取计数 | 两个scRNA-seq数据集，第一个数据集来自乳腺癌患者的循环肿瘤细胞，第二个数据集来自黏液脂肪肉瘤的细胞周期调控 | NA | NA | NA | NA |
| 588 | 2024-08-09 |
Decoding the multicellular ecosystem of lung adenocarcinoma manifested as pulmonary subsolid nodules by single-cell RNA sequencing
2021-01, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd9738
PMID:33571124
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了16个肺部亚实性结节（SSN）样本、6个邻近正常肺组织（nLung）和9个伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）样本，揭示了SSN的转录组特征和肿瘤微环境（TME）。 | 首次提供了SSN及其肿瘤微环境的单细胞转录组图谱，发现细胞毒性自然杀伤/T细胞在SSN的TME中占主导地位，恶性细胞经历了强烈的代谢重编程和免疫压力。 | 研究样本数量相对有限，可能影响结果的普遍性。 | 深入了解表现为肺部亚实性结节的肺腺癌的生物学行为和肿瘤微环境，为肺癌免疫治疗提供新的见解。 | 肺部亚实性结节（SSN）、邻近正常肺组织（nLung）和伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 16个SSN样本，6个nLung样本，9个mLUAD样本，共118,293个细胞，约0.6亿个独特转录本。 | NA | NA | NA | NA |
| 589 | 2024-08-09 |
Novel Biomarkers for Lupus Nephritis in the "OMICS" Era
2021, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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综述 | 本文综述了在精准医学时代，利用基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术开发的狼疮性肾炎（LN）新型生物标志物的最新数据 | 综述了多种组学技术在LN诊断和监测中的应用，提供了更深入的疾病发病机制理解，并可能改变未来LN病例的管理方式 | NA | 总结和评估在精准医学时代开发的新型生物标志物，以改善LN的诊断和监测 | 狼疮性肾炎（LN）及其相关生物标志物 | NA | 自身免疫性疾病 | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 基因数据、转录数据、蛋白质数据、代谢数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 590 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Reveals Dual and Multi-Transmitter Use in Neurons Across Metazoans
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.623148
PMID:33597849
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究，探讨了跨门动物神经元中双或多神经递质的使用情况 | 挑战了传统的Dale原则，即一个神经元只表达一种神经递质，提供了证据支持一个神经元可以表达多种神经递质 | NA | 研究神经元中神经递质的表达模式，特别是在单细胞水平上 | 跨门动物的神经元 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个动物物种的神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 591 | 2024-08-09 |
Systems biology analysis identifies TNFRSF9 as a functional marker of tumor-infiltrating regulatory T-cell enabling clinical outcome prediction in lung cancer
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.025
PMID:33598101
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法识别肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的功能性细胞表面标记物TNFRSF9，并探讨其在非小细胞肺癌（NSCLC）患者临床结果预测中的应用 | 本文首次通过综合转录组和网络分析，识别出TNFRSF9作为TI-Tregs的高功能重要性标记物，并发现其在Tregs中的低表达与NSCLC患者更好的总体生存率和抗PD-1免疫治疗反应相关 | NA | 识别肿瘤特异性免疫细胞的功能标记物，以开发新的治疗靶点和增强癌症免疫治疗的生物标志物 | 肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的细胞表面标记物 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用来自小鼠肺癌模型和非小细胞肺癌患者的bulk RNA-seq和单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 592 | 2024-08-09 |
Development of a program for in silico optimized selection of oligonucleotide-based molecular barcodes
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0246354
PMID:33600481
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研究论文 | 本文介绍了一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，该工具考虑了GC含量、同聚物、简单重复序列、汉明距离和条形码间的互补性等五个因素 | 该工具通过随机生成初始集和迭代替换的方法选择最佳条形码，具有快速性能和灵活性 | NA | 开发一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，以提高实验的准确性和效率 | 分子条形码的选择和优化 | 生物信息学 | NA | 分子条形码技术 | NA | DNA序列 | 在多次测试中生成100000个长度为12个核苷酸的条形码 | NA | NA | NA | NA |
| 593 | 2024-08-09 |
Identification of Novel Population-Specific Cell Subsets in Chinese Ulcerative Colitis Patients Using Single-Cell RNA Sequencing
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.01.020
PMID:33545427
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了中国汉族溃疡性结肠炎患者的结肠黏膜细胞，识别出新的特定人群细胞亚群 | 本研究首次在中国汉族溃疡性结肠炎患者中识别出两个新的浆细胞亚群，并发现Th17激活在溃疡性结肠炎患者中表现为系统性免疫活动变化 | 研究样本仅来自中国汉族人群，可能限制了结果的普遍性 | 旨在识别溃疡性结肠炎患者结肠黏膜中的关键基因和细胞类型 | 中国汉族溃疡性结肠炎患者的结肠黏膜细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12个溃疡性结肠炎患者和健康对照的结肠活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 594 | 2024-08-09 |
Hematopoietic Stem Cell Niche During Homeostasis, Malignancy, and Bone Marrow Transplantation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.621214
PMID:33553181
|
综述 | 本文综述了骨髓微环境中造血干细胞（HSC）的自我更新和多向分化如何受到严格调控，并探讨了骨髓微环境在白血病和造血干细胞移植（HSCT）后的变化 | 利用单细胞测序和成像技术研究骨髓微环境在血液恶性肿瘤和HSCT后的情况 | NA | 探讨骨髓微环境的不同组成部分如何调节正常造血，以及在白血病和HSCT后的变化 | 骨髓微环境中的造血干细胞及其在白血病和HSCT后的调控机制 | NA | 白血病 | 单细胞测序和成像 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 595 | 2024-08-09 |
mRNA-1273 efficacy in a severe COVID-19 model: attenuated activation of pulmonary immune cells after challenge
2021-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.01.25.428136
PMID:33532780
|
研究论文 | 本文研究了mRNA-1273疫苗在严重COVID-19模型中的效果，发现该疫苗能减轻肺部免疫细胞的激活 | 使用单细胞RNA测序技术分析了接种mRNA-1273疫苗的仓鼠肺组织，提供了人类接种疫苗后肺部潜在反应的见解 | 研究仅限于仓鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 评估mRNA-1273疫苗在严重COVID-19模型中的效果 | mRNA-1273疫苗在仓鼠模型中的免疫反应和保护效果 | 疫苗学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 仓鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 596 | 2024-08-09 |
Tb3+-doped fluorescent glass for biology
2021-01, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd2529
PMID:33523970
|
研究论文 | 介绍了一种含稀土离子铽(III)的新型硼硅酸盐玻璃材料，该材料在蓝光激发下发出绿色荧光，适用于常规生物研究环境 | 开发了一种新型Tb3+掺杂荧光玻璃，可用于单细胞电穿孔、单细胞转录组分析和活体神经元在线光学定位 | NA | 探索Tb3+掺杂荧光玻璃在生物实验中的应用 | Tb3+掺杂荧光玻璃及其在生物实验中的应用 | 生物技术 | NA | 荧光显微镜控制下的单细胞电穿孔、单细胞转录组分析和膜片钳记录 | NA | 荧光信号 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 597 | 2024-08-09 |
Identification of the Different Gene Expression Characteristics from Liver Cirrhosis to Hepatocellular Carcinoma Using Single-Cell Sequencing Analyses
2021, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2021/6619302
PMID:33532508
|
研究论文 | 利用单细胞测序技术分析从肝硬化到肝细胞癌的基因表达特征 | 首次在单细胞分辨率下分析肝细胞癌和肝硬化组织的转录组比较，并发现了与患者生存率相关的特定基因 | 研究依赖于已发表的单细胞测序数据库，可能限制了结果的全面性 | 深入理解肝细胞癌的分子生物学机制 | 肝细胞癌和肝硬化组织的基因表达特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序技术（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 598 | 2024-08-09 |
Application of Microfluidics in Single-cell Manipulation, Omics and Drug Development
2021, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本文综述了微流控技术在单细胞操作、组学和药物开发中的应用 | 微流控技术为单细胞研究提供了一个灵活、精确的工具，能够揭示细胞异质性并应用于药物开发 | NA | 总结和介绍微流控技术在单细胞分离和操作、单细胞组学以及药物开发中的应用 | 微流控技术在单细胞层面的应用 | 生物技术 | NA | 微流控技术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 599 | 2024-08-09 |
DOCK11 and DENND2A play pivotal roles in the maintenance of hepatitis B virus in host cells
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0246313
PMID:33539396
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了DOCK11和DENND2A在维持HBV在宿主细胞中潜伏状态的关键作用 | 首次发现DOCK11和DENND2A基因在维持HBV潜伏状态中的作用 | 研究仅限于肝细胞系和初级人肝细胞，可能需要进一步在更广泛的细胞类型中验证 | 探究HBV在宿主细胞中维持潜伏状态的机制 | DOCK11和DENND2A基因在HBV感染中的作用 | NA | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 肝细胞系和初级人肝细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 600 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals transcriptomic heterogeneity mediated by host-pathogen dynamics in lymphoblastoid cell lines
2021-01-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.62586
PMID:33501914
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了五个淋巴母细胞样细胞系的转录组特征，并使用离散时间模拟探索了随机性对细胞克隆进化的影响 | 首次揭示了淋巴母细胞样细胞系中由宿主-病原体动态介导的转录组异质性，并通过模拟展示了初始细胞异质性、随机抽样等因素对细胞群体动态多样性的影响 | NA | 探索淋巴母细胞样细胞系中的转录组异质性及其影响因素 | 淋巴母细胞样细胞系及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五个淋巴母细胞样细胞系 | NA | NA | NA | NA |