单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing With Combined Use of Bulk RNA Sequencing to Reveal Cell Heterogeneity and Molecular Changes at Acute Stage of Ischemic Stroke in Mouse Cortex Penumbra Area
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.624711
PMID:33692998
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序结合批量RNA测序技术，探讨了小鼠大脑皮质缺血性卒中半暗带区域在急性期的细胞异质性和分子变化 | 本研究首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，揭示了缺血性卒中急性期半暗带区域的细胞异质性和分子变化，为早期治疗提供了潜在靶点 | NA | 研究缺血性卒中急性期半暗带区域的细胞异质性和分子变化，寻找早期治疗靶点 | 小鼠大脑皮质缺血性卒中半暗带区域的细胞和分子变化 | 数字病理学 | 卒中 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | RNA | 小鼠大脑皮质缺血性卒中半暗带区域的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 582 | 2024-08-09 |
Development and Multi-Data Set Verification of an RNA Binding Protein Signature for Prognosis Prediction in Glioma
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.637803
PMID:33634155
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研究论文 | 本研究旨在开发一种RNA结合蛋白（RBP）特征，用于预测胶质瘤的预后 | 本研究构建了一个包含10个RBP的特征，通过多数据集验证其对胶质瘤预后预测的稳健性 | NA | 开发和验证一种新的RNA结合蛋白特征，用于胶质瘤的预后预测 | 胶质瘤患者 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | Cox回归分析 | 基因表达数据 | 训练集693例，验证集325例 | NA | NA | NA | NA |
| 583 | 2024-08-09 |
FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.562908
PMID:33644039
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研究论文 | 本文开发了一种算法，通过结合类标签名称匹配和基于图卷积的结构映射，实现细胞分类本体的自动合并 | 设计了两种图卷积方法（向量结构匹配和基于约束的结构匹配），并实现了一个Python软件模块FOntCell，用于高效自动并行计算本体合并 | NA | 开发一种算法，用于自动合并和融合细胞分类本体，以整合来自不同来源的细胞信息 | 细胞分类本体，包括CELDA、LifeMap和LungMAP人类解剖细胞本体 | 自然语言处理 | NA | 图卷积 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 584 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing Applications in the Inner Ear
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.637779
PMID:33644075
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在耳蜗研究中的最新进展 | 利用单细胞测序技术揭示了耳蜗组织的异质性，识别了未知的细胞亚型，发现了新的细胞标记物，并揭示了发育过程中的动态信号通路 | NA | 总结单细胞测序技术在耳蜗研究中的应用及其带来的新发现 | 耳蜗细胞及其基因表达 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 585 | 2024-08-09 |
Zygotic Genome Activation: Critical Prelude to the Most Important Time of Your Life
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0970-5_25
PMID:33606242
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研究论文 | 本文探讨了胚胎基因组在发育过程中的激活，特别是通过使用母体突变体和现代全胚胎及单细胞转录组学方法来解析中囊胚过渡（或母体-合子过渡）的分子机制。 | 本文利用现代转录组学方法，对中囊胚过渡的分子机制进行了深入研究。 | NA | 研究胚胎基因组激活及其在中囊胚过渡中的作用。 | 鱼类胚胎的发育过程及基因组激活。 | 发育生物学 | NA | 全胚胎及单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 586 | 2024-08-09 |
Applications of Community Detection Algorithms to Large Biological Datasets
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_3
PMID:33606252
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研究论文 | 本文介绍了一种基于网络的聚类方法（NBC），并开发了一个开放且灵活的Python工具包，用于在大规模生物数据集中进行细胞或基因的聚类分析 | 提出了一种新的基于网络的聚类方法（NBC），通过将样本或基因映射到网络并使用社区检测算法来识别节点集群 | 传统的聚类算法在许多情况下生成的集群不能反映生物现实 | 开发一种新的方法和工具包，以准确高效地分析大规模RNA测序实验数据 | 大规模单细胞和批量RNA测序数据集中的细胞或基因集群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 社区检测算法 | RNA测序数据 | 数万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 587 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Profiling
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_16
PMID:33606265
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研究论文 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）技术的发展及其在细胞异质性和细胞特异性表达差异分析中的应用 | 介绍了新的计算方法如何解决scRNAseq数据分析中的挑战，提供了前所未有的生物学细节洞察 | scRNAseq技术尚未像批量测序那样成熟或完全实现 | 探讨单细胞数据分析的挑战及其计算方法的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在细胞动力学研究中的应用 | 数字病理学 | NA | scRNAseq | NA | 转录组数据 | 单细胞水平 | NA | NA | NA | NA |
| 588 | 2024-08-09 |
Analysis of microRNA Regulation in Single Cells
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_18
PMID:33606267
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研究论文 | 本文探讨了单细胞水平上微小RNA（miRNA）对基因表达的调控作用 | 利用单细胞RNA测序技术研究miRNA和mRNA在单细胞中的表达，并展示了其在量化细胞间变异方面的优势 | 讨论了实验设计和计算分析中可能的改进以减少或划分技术噪声 | 研究单细胞中miRNA对基因表达水平和表达变异性的调控 | miRNA和mRNA在单细胞中的表达 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 589 | 2024-08-09 |
Identifying Differentially Expressed Genes of Zero Inflated Single Cell RNA Sequencing Data Using Mixed Model Score Tests
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.616686
PMID:33613638
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研究论文 | 本文提出了一种名为单细胞混合模型得分测试（scMMSTs）的方法，用于有效识别具有批次效应的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | scMMSTs方法通过将批次效应视为随机效应，并采用加权策略处理零膨胀问题，从而提高了差异表达基因识别的准确性 | NA | 旨在开发一种新方法，以更准确地识别具有批次效应和零膨胀问题的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性混合模型（GLMM） | RNA测序数据 | 涉及两个真实数据集和大量模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 590 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing and Organoids: A Powerful Combination for Modelling Organ Development and Diseases
2021, Reviews of physiology, biochemistry and pharmacology
DOI:10.1007/112_2020_47
PMID:33619630
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的最新进展及其应用 | scRNA-seq技术能够在单细胞水平上确定基因表达变异性，而类器官模型则能更好地模拟器官发育、再生和疾病的复杂时空过程 | 传统的基于mRNA或蛋白质的方法往往无法阐明稀有细胞类型（如某些干细胞亚群、短暂的前体细胞和循环肿瘤细胞）的贡献 | 探讨scRNA-seq和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的应用优势 | 单细胞RNA测序技术和类器官模型 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 591 | 2024-08-09 |
Inference of Ligand-Receptor Pairs from Single-Cell Transcriptomics Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2020_343
PMID:33625677
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研究论文 | 本文开发了一个框架，利用单细胞转录组数据分析不同细胞类型间的配体-受体相互作用，以系统地描述细胞间通信事件 | 本文整合了配体、受体及其相互作用的库，并采用计算方法识别特定细胞类型和生物学相关的相互作用 | NA | 系统地表征细胞间通信 | 单细胞转录组数据中的配体-受体对 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 592 | 2024-08-09 |
DIscBIO: A User-Friendly Pipeline for Biomarker Discovery in Single-Cell Transcriptomics
2021-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22031399
PMID:33573289
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研究论文 | 本文介绍了DIscBIO，一个用于单细胞转录组学中生物标志物发现的开放源代码、多算法管道 | DIscBIO整合了多个scRNA-seq包，允许通过决策树和基因富集分析在网络环境中进行生物标志物发现 | 为了进行有意义的scRNA-seq分析，用户需要理解所实施的方法及其可能的选项和限制 | 开发一个用户友好的管道，用于在单细胞转录组学中进行生物标志物发现 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群和生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌，黏液脂肪肉瘤 | scRNA-seq | 决策树 | 单细胞测序读取计数 | 两个scRNA-seq数据集，第一个数据集来自乳腺癌患者的循环肿瘤细胞，第二个数据集来自黏液脂肪肉瘤的细胞周期调控 | NA | NA | NA | NA |
| 593 | 2024-08-09 |
Decoding the multicellular ecosystem of lung adenocarcinoma manifested as pulmonary subsolid nodules by single-cell RNA sequencing
2021-01, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd9738
PMID:33571124
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了16个肺部亚实性结节（SSN）样本、6个邻近正常肺组织（nLung）和9个伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）样本，揭示了SSN的转录组特征和肿瘤微环境（TME）。 | 首次提供了SSN及其肿瘤微环境的单细胞转录组图谱，发现细胞毒性自然杀伤/T细胞在SSN的TME中占主导地位，恶性细胞经历了强烈的代谢重编程和免疫压力。 | 研究样本数量相对有限，可能影响结果的普遍性。 | 深入了解表现为肺部亚实性结节的肺腺癌的生物学行为和肿瘤微环境，为肺癌免疫治疗提供新的见解。 | 肺部亚实性结节（SSN）、邻近正常肺组织（nLung）和伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 16个SSN样本，6个nLung样本，9个mLUAD样本，共118,293个细胞，约0.6亿个独特转录本。 | NA | NA | NA | NA |
| 594 | 2024-08-09 |
Novel Biomarkers for Lupus Nephritis in the "OMICS" Era
2021, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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综述 | 本文综述了在精准医学时代，利用基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术开发的狼疮性肾炎（LN）新型生物标志物的最新数据 | 综述了多种组学技术在LN诊断和监测中的应用，提供了更深入的疾病发病机制理解，并可能改变未来LN病例的管理方式 | NA | 总结和评估在精准医学时代开发的新型生物标志物，以改善LN的诊断和监测 | 狼疮性肾炎（LN）及其相关生物标志物 | NA | 自身免疫性疾病 | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 基因数据、转录数据、蛋白质数据、代谢数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 595 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Reveals Dual and Multi-Transmitter Use in Neurons Across Metazoans
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.623148
PMID:33597849
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究，探讨了跨门动物神经元中双或多神经递质的使用情况 | 挑战了传统的Dale原则，即一个神经元只表达一种神经递质，提供了证据支持一个神经元可以表达多种神经递质 | NA | 研究神经元中神经递质的表达模式，特别是在单细胞水平上 | 跨门动物的神经元 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个动物物种的神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 596 | 2024-08-09 |
Systems biology analysis identifies TNFRSF9 as a functional marker of tumor-infiltrating regulatory T-cell enabling clinical outcome prediction in lung cancer
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.025
PMID:33598101
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法识别肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的功能性细胞表面标记物TNFRSF9，并探讨其在非小细胞肺癌（NSCLC）患者临床结果预测中的应用 | 本文首次通过综合转录组和网络分析，识别出TNFRSF9作为TI-Tregs的高功能重要性标记物，并发现其在Tregs中的低表达与NSCLC患者更好的总体生存率和抗PD-1免疫治疗反应相关 | NA | 识别肿瘤特异性免疫细胞的功能标记物，以开发新的治疗靶点和增强癌症免疫治疗的生物标志物 | 肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的细胞表面标记物 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用来自小鼠肺癌模型和非小细胞肺癌患者的bulk RNA-seq和单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 597 | 2024-08-09 |
Development of a program for in silico optimized selection of oligonucleotide-based molecular barcodes
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0246354
PMID:33600481
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研究论文 | 本文介绍了一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，该工具考虑了GC含量、同聚物、简单重复序列、汉明距离和条形码间的互补性等五个因素 | 该工具通过随机生成初始集和迭代替换的方法选择最佳条形码，具有快速性能和灵活性 | NA | 开发一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，以提高实验的准确性和效率 | 分子条形码的选择和优化 | 生物信息学 | NA | 分子条形码技术 | NA | DNA序列 | 在多次测试中生成100000个长度为12个核苷酸的条形码 | NA | NA | NA | NA |
| 598 | 2024-08-09 |
Identification of Novel Population-Specific Cell Subsets in Chinese Ulcerative Colitis Patients Using Single-Cell RNA Sequencing
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.01.020
PMID:33545427
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了中国汉族溃疡性结肠炎患者的结肠黏膜细胞，识别出新的特定人群细胞亚群 | 本研究首次在中国汉族溃疡性结肠炎患者中识别出两个新的浆细胞亚群，并发现Th17激活在溃疡性结肠炎患者中表现为系统性免疫活动变化 | 研究样本仅来自中国汉族人群，可能限制了结果的普遍性 | 旨在识别溃疡性结肠炎患者结肠黏膜中的关键基因和细胞类型 | 中国汉族溃疡性结肠炎患者的结肠黏膜细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12个溃疡性结肠炎患者和健康对照的结肠活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 599 | 2024-08-09 |
Hematopoietic Stem Cell Niche During Homeostasis, Malignancy, and Bone Marrow Transplantation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.621214
PMID:33553181
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综述 | 本文综述了骨髓微环境中造血干细胞（HSC）的自我更新和多向分化如何受到严格调控，并探讨了骨髓微环境在白血病和造血干细胞移植（HSCT）后的变化 | 利用单细胞测序和成像技术研究骨髓微环境在血液恶性肿瘤和HSCT后的情况 | NA | 探讨骨髓微环境的不同组成部分如何调节正常造血，以及在白血病和HSCT后的变化 | 骨髓微环境中的造血干细胞及其在白血病和HSCT后的调控机制 | NA | 白血病 | 单细胞测序和成像 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 600 | 2024-08-09 |
mRNA-1273 efficacy in a severe COVID-19 model: attenuated activation of pulmonary immune cells after challenge
2021-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.01.25.428136
PMID:33532780
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研究论文 | 本文研究了mRNA-1273疫苗在严重COVID-19模型中的效果，发现该疫苗能减轻肺部免疫细胞的激活 | 使用单细胞RNA测序技术分析了接种mRNA-1273疫苗的仓鼠肺组织，提供了人类接种疫苗后肺部潜在反应的见解 | 研究仅限于仓鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 评估mRNA-1273疫苗在严重COVID-19模型中的效果 | mRNA-1273疫苗在仓鼠模型中的免疫反应和保护效果 | 疫苗学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 仓鼠 | NA | NA | NA | NA |