单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Runx2-Twist1 interaction coordinates cranial neural crest guidance of soft palate myogenesis
2021-01-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.62387
PMID:33482080
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研究论文 | 本研究使用小鼠软腭作为模型，通过单细胞RNA测序分析探讨了颅神经嵴衍生物在颅面肌肉发育中的异质性和谱系承诺 | 揭示了Runx2和Twist1在调控颅神经嵴衍生物命运中的新作用，以及它们通过细胞间相互作用指导颅面肌肉发育的机制 | NA | 研究颅神经嵴细胞在颅面肌肉发育中的作用及其调控机制 | 颅神经嵴细胞及其在颅面肌肉发育中的衍生物 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠软腭样本 |
| 42 | 2024-08-07 |
A High-Dimensional Window into the Micro-Environment of Triple Negative Breast Cancer
2021-Jan-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13020316
PMID:33467084
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）微环境中淋巴细胞、髓系细胞和基质细胞的细胞表型和空间模式，并探讨了将这些特征映射到肿瘤细胞基因型的潜在价值 | 利用多种高维度技术（如单细胞RNA测序、空间转录组学、T细胞受体分析、高级流式细胞术、成像质谱细胞术及其整合）来定义细胞表型 | NA | 深入理解三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境组成，以提供有效的个性化免疫治疗 | 三阴性乳腺癌的肿瘤细胞和非肿瘤成分的异质性及其随时间的变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、T细胞受体分析、高级流式细胞术、成像质谱细胞术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Single-Cell Profiling of Coding and Noncoding Genes in Human Dopamine Neuron Differentiation
2021-01-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10010137
PMID:33445654
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术对人类多巴胺神经元分化过程中的编码和非编码基因进行了高吞吐量转录组分析 | 开发了一种生物信息学管道，提供了基于时间和细胞类型特异性的长非编码RNA全景图，有助于揭示多巴胺神经元分化中编码和非编码基因的复杂调控网络 | NA | 评估干细胞培养作为人类多巴胺神经发生体外模型系统的实用性，并揭示人类多巴胺神经元的发育、成熟和功能的分子步骤 | 人类多能干细胞衍生的多巴胺神经元及其分化过程中的编码和非编码基因 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约20,000个腹侧中脑模式化的干细胞 |
| 44 | 2024-08-07 |
Systematic comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods for immune cell profiling
2021-Jan-20, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07358-4
PMID:33472597
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研究论文 | 本文系统比较了七种高通量单细胞RNA测序方法在免疫细胞分析中的应用 | 展示了10x Genomics 5' v1和3' v3方法在mRNA检测灵敏度上的优势，减少了dropout事件，有助于识别差异表达基因和提高单细胞与免疫bulk RNA-seq特征的一致性 | 单细胞方法在恢复完整转录组方面存在固有限制，由于细胞和转录dropout事件的普遍性，以及样本可用性和异质性先验知识的限制，可能导致数据解释的混淆 | 评估不同高通量单细胞RNA测序方法在免疫细胞分析中的性能 | 七种高通量单细胞RNA测序方法在模拟免疫细胞类型和细胞大小异质性的混合样本中的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 21个库，包含两个人类和小鼠淋巴细胞细胞系的混合样本 |
| 45 | 2024-08-07 |
STAB: a spatio-temporal cell atlas of the human brain
2021-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa762
PMID:32976581
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研究论文 | 本文介绍了一个名为STAB的时空细胞图谱数据库，该数据库包含人类大脑多个区域和发育时期的单细胞转录组数据 | STAB数据库提供了人类大脑在生命周期中动态细胞组成和分子特征的全面数据，填补了现有研究的空白 | NA | 旨在阐明大脑的细胞和转录组结构，以理解大脑功能和脑部疾病 | 人类大脑的细胞组成和转录组结构 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包含42种细胞亚型，跨越20个大脑区域和11个发育时期 |
| 46 | 2024-08-07 |
MYC Promotes Bone Marrow Stem Cell Dysfunction in Fanconi Anemia
2021-01-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.09.004
PMID:32997960
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了范可尼贫血患者的造血干细胞和祖细胞，发现MYC的高表达与骨髓衰竭相关，并探讨了MYC抑制剂对FA患者造血干细胞的影响 | 首次揭示了MYC在范可尼贫血骨髓衰竭中的作用，并通过实验验证了MYC抑制剂对FA患者造血干细胞的潜在治疗效果 | 研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未进行临床试验验证MYC抑制剂的临床应用效果 | 探讨范可尼贫血患者骨髓衰竭的分子机制及潜在治疗策略 | 范可尼贫血患者的造血干细胞和祖细胞 | NA | 范可尼贫血 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 来自范可尼贫血患者的造血干细胞和祖细胞样本 |
| 47 | 2024-08-07 |
Bi-FoRe: an efficient bidirectional knockin strategy to generate pairwise conditional alleles with fluorescent indicators
2021-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00747-1
PMID:32681448
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Bi-FoRe的高效双向敲入策略，用于生成带有荧光指示器的成对条件性等位基因 | 首次报道了通过单一供体生成具有条件性和基因标记双重功能的成对双功能敲入等位基因 | NA | 开发一种新的策略，用于基因表达标记和基因功能的条件性调控 | zebrafish中的sox10和isl1基因座 | 基因工程 | NA | CRISPR/Cas系统 | NA | 基因组数据 | NA |
| 48 | 2024-08-05 |
XenoCell: classification of cellular barcodes in single cell experiments from xenograft samples
2021-Jan-29, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-021-00872-8
PMID:33514375
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研究论文 | 本文开发了XenoCell，一个用于单细胞实验的细胞条形码分类工具 | XenoCell是第一个独立的预处理工具，能够快速可靠地分类来自宿主和移植物的细胞条形码 | 在处理混合物种细胞实验时可能仍存在一定的挑战，尤其在高复杂性的样本中 | 研究旨在提高在异种移植样本中准确区分宿主与移植物的细胞序列读取的能力 | 研究对象为来自患者衍生活检的异种移植样本的单细胞序列数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | 在10× Genomics平台的混合物种50:50细胞系实验和公开的PDX数据集中使用 |
| 49 | 2024-08-05 |
Glycolytic metabolism of pathogenic T cells enables early detection of GVHD by 13C-MRI
2021-01-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020005770
PMID:32785680
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研究论文 | 本研究探讨了糖酵解代谢在早期检测移植物抗宿主病(GVHD)中的应用 | 提出了一种利用磁共振成像技术检测活化CD4+ T细胞糖酵解代谢，以实现GVHD的非侵入性早期检测的方法 | 该研究的IV型数据尚不完善，缺乏足够临床研究验证所述结果的有效性 | 旨在通过代谢成像技术，提供一种非侵入性方式早期检测GVHD | 主要研究活化的CD4+ T细胞与糖酵解过程在GVHD发病机制中的作用 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 超极化13C-丙酮酸磁共振成像 | 动物模型 | 代谢成像数据和转录组数据 | 在小鼠模型中进行，临床样本数据来源于接受AHSCT的患者 |
| 50 | 2024-08-05 |
The NF-κB regulator Bcl-3 restricts terminal differentiation and promotes memory cell formation of CD8+ T cells during viral infection
2021-01, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1009249
PMID:33508001
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研究论文 | 本研究记录了Bcl-3在CD8+ T细胞分化中的细胞自主作用 | 首次明确了Bcl-3在CD8+ T细胞分化过程中对记忆细胞和终末效应细胞平衡的自主决定作用 | 尚未清晰定义Bcl-3在各免疫细胞类型中的直接作用 | 探讨Bcl-3在病毒感染中CD8+ T细胞的分化角色 | Bcl-3缺失的CD8+ T细胞在病毒感染过程中的分化 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞类型 | 使用了Bcl3-/-小鼠的CD8+ T细胞进行分析 |
| 51 | 2024-08-05 |
Regulation of Immune Responses by Nonhematopoietic Cells in Asthma
2021-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2000885
PMID:33397743
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研究论文 | 非造血细胞在哮喘中调节免疫反应的重要性 | 本研究揭示了不同肺驻留非造血细胞群体中的单个基因如何影响哮喘的发起和维持 | 本研究未详细探讨所有非造血细胞的免疫功能和相互作用 | 研究非造血细胞在哮喘中的作用及其对免疫反应的调节 | 不同肺驻留非造血细胞和传统免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 过敏性哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | NA |
| 52 | 2024-08-05 |
Single Cell Analysis of Blood Mononuclear Cells Stimulated Through Either LPS or Anti-CD3 and Anti-CD28
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.636720
PMID:33815388
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研究论文 | 本研究开发了一种成本效益高的多重单细胞RNA测序方法，以研究不同激活因子对人类外周血单核细胞的影响 | 首次通过CITE-seq方法系统研究了不同激活因子对外周血单核细胞组成和转录特征的影响 | 本研究的范围可能受到样本数量和来源的限制 | 探讨经典T细胞和单核细胞激活因子如何改变外周血单核细胞的组成和转录谱 | 健康人供体的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | CITE-seq | NA | RNA测序 | 来自健康人供体的外周血单核细胞 |
| 53 | 2024-08-05 |
Dissecting the initiation of female meiosis in the mouse at single-cell resolution
2021-Jan, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-020-03533-8
PMID:32367190
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研究论文 | 本文详细分析了小鼠雌性减数分裂的起始过程及其转录组特征 | 本研究通过单细胞RNA测序首次揭示了小鼠雌性减数分裂起始过程中的细胞群体及其转录组动力学，提供了重要的新资源 | 该研究集中于小鼠模型，可能不完全适用于其他物种的生殖生物学 | 揭示小鼠雌性减数分裂的分子机制及细胞群体的转录组特征 | 小鼠胎儿卵巢和生殖脊中的细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 研究中涉及13个转录群体和7个生殖细胞亚群 |
| 54 | 2024-08-05 |
A novel Oct4/Pou5f1-like non-coding RNA controls neural maturation and mediates developmental effects of ethanol
2021 Jan-Feb, Neurotoxicology and teratology
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.ntt.2020.106943
PMID:33221301
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研究论文 | 这篇文章研究了一种新的非编码RNA如何影响神经元成熟和乙醇的发育效应。 | 发现了一种新的与Oct4/Pou5f1相关的非编码RNA mOct4pg9，它在神经干细胞的自我更新和乙醇暴露的影响中扮演了重要角色。 | 在研究中未详细阐述mOct4pg9的具体机制及其在不同发展阶段的作用 | 探讨乙醇暴露如何导致神经干细胞的丧失及其相关机制 | 小鼠胚胎皮质来源的神经干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | RNA | NA |
| 55 | 2024-08-05 |
No detectable alloreactive transcriptional responses under standard sample preparation conditions during donor-multiplexed single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells
2021-01-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-020-00941-x
PMID:33472616
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研究论文 | 这篇文章探讨在标准样本制备条件下，混合来自无关供体的外周血单核细胞是否会引起可检测的异体反应。 | 首次评估在标准scRNA-seq样本制备条件下，混合外周血单核细胞是否导致显著的基因表达变化。 | 未考虑在其他样本制备条件下的潜在异体反应。 | 确定在单细胞RNA测序中的样本混合是否引起异体反应。 | 外周血单核细胞（PBMCs）来自无关供体。 | 数字病理学 | NA | 10x Genomics scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 一个供体的PBMCs，与无关供体的PBMCs混合 |
| 56 | 2024-08-05 |
Intratumoral injection of caerin 1.1 and 1.9 peptides increases the efficacy of vaccinated TC-1 tumor-bearing mice with PD-1 blockade by modulating macrophage heterogeneity and the activation of CD8+ T cells in the tumor microenvironment
2021, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.1335
PMID:34429969
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研究论文 | 本文展示了结合E7抗原特异性免疫疗法及IL-10和PD-1阻断剂，局部注射caerin 1.1/1.9肽能增强TC-1肿瘤微环境的免疫活性 | 首次展示了caerin 1.1/1.9肽在结合抗PD-1治疗下对肿瘤免疫细胞类型的影响 | 该研究未详细探讨不同剂量的caerin肽对免疫反应的影响 | 改善临床免疫疗法对肿瘤的响应 | 接种E7抗原的TC-1肿瘤小鼠 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术、单细胞转录组学与蛋白质组学 | NA | 细胞, 蛋白质 | 受试者为接种E7抗原的TC-1肿瘤小鼠 |
| 57 | 2024-08-05 |
XIAP Knockdown in Alcohol-Associated Liver Disease Models Exhibits Divergent in vitro and in vivo Phenotypes Owing to a Potential Zonal Inhibitory Role of SMAC
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.664222
PMID:34025452
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研究论文 | 研究了XIAP在酒精相关肝病模型中的功能及其相应表型差异 | 提出了SMAC在不同区域的抑制作用可能解释了XIAP缺失小鼠未出现疾病加重表型的机制 | 缺乏对XIAP缺失导致炎症反应机制的全面理解 | 探讨XIAP在酒精相关肝病发生中的作用 | 小鼠模型中XIAP基因缺失对肝脏细胞的影响 | 数字病理学 | 肝病 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 使用了多种小鼠模型 |
| 58 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels tumour heterogeneity plus M2-like tumour-associated macrophage infiltration and aggressiveness in TNBC
2021-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-020-02669-7
PMID:32681241
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研究论文 | 本研究分析了三阴性乳腺癌中的肿瘤异质性和M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润及其侵袭性 | 结合单细胞和整体组织转录组分析揭示了肿瘤异质性和免疫微环境与临床结果之间的关联 | 研究的局限性未在摘要中明确提及 | 探索三阴性乳腺癌中肿瘤异质性及M2型肿瘤相关巨噬细胞的作用 | 三阴性乳腺癌患者的肿瘤细胞和肿瘤浸润的免疫细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序和整体RNA测序 | 随机森林和支持向量机（SVM），深度学习神经网络 | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 59 | 2024-08-07 |
Deconvolution Tactics and Normalization in Renal Spatial Transcriptomics
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.812947
PMID:35095570
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综述 | 本文综述了2021年印第安纳州O'Brien显微镜中心研讨会上讨论的各种去卷积策略，并探讨了肾空间转录组学中的归一化和批次效应校正应用。 | 介绍了Seurat转移评分方法、SPOTlight、鲁棒细胞类型分解和BayesSpace等独特的去卷积技术。 | 文中提到的空间基因表达平台尚未达到单细胞分辨率。 | 探讨肾空间转录组学中的去卷积策略和归一化方法。 | 肾组织中的异质细胞群及其在空间转录组学中的表达特征。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Disparate Interferon Signaling and Shared Aberrant Basaloid Cells in Single-Cell Profiling of Idiopathic Pulmonary Fibrosis and Systemic Sclerosis-Associated Interstitial Lung Disease
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.595811
PMID:33859634
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术比较了特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）患者的肺组织样本，以分析细胞类型特异性转录组的共性和差异 | 首次在SSc-ILD中鉴定出表现出细胞衰老和上皮-间质转化标志的异常基底样细胞 | NA | 探讨IPF和SSc-ILD之间细胞类型和信号通路的差异，以及这些差异在两种疾病中的作用 | IPF和SSc-ILD患者的肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 21个移植肺组织样本 |