单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-08-09	Single-Cell Profiling to Explore Immunological Heterogeneity of Tumor Microenvironment in Breast Cancer 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.643692 PMID:33717201	综述	本文综述了单细胞技术在乳腺癌肿瘤微环境免疫异质性研究中的应用	利用单细胞RNA测序等技术详细描述了肿瘤微环境中免疫细胞的多样性	讨论了在乳腺癌研究中的临床应用、转化前景及其局限性	探讨单细胞技术在乳腺癌肿瘤微环境免疫异质性研究中的应用及其临床意义	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
562	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing and Quantitative Proteomics Analysis Elucidate Marker Genes and Molecular Mechanisms in Hypoplastic Left Heart Patients With Heart Failure 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.617853 PMID:33718359	研究论文	通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学分析，揭示了左心发育不全患者的标记基因和分子机制	结合单细胞RNA测序和定量蛋白质组学分析，首次在单细胞水平上揭示了左心发育不全患者的标记基因和分子机制	研究样本量较小，仅包括一名左心发育不全患者和一名对照，可能影响结果的普遍性	探究左心发育不全的标记基因和分子机制	左心发育不全患者的多能干细胞衍生的心肌细胞和外周血样本	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	一名左心发育不全患者和一名对照的多能干细胞衍生的心肌细胞，以及左心发育不全患者和健康对照的外周血样本
563	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Decipher New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs Signaling Among Heart Failure Patients Infected With SARS-CoV-2 2021, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2021.628885 PMID:33718452	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在感染SARS-CoV-2的心力衰竭患者中心脏中ACE2和NPs信号的新潜在调控机制。	研究发现心力衰竭患者心脏中ACE2阳性心肌细胞和ACE2基因表达显著增加，且与脑钠肽（BNP）和心房钠尿肽（ANP）的显著上调相关，这些发现揭示了COVID-19患者心脏炎症和感染的新机制。	研究仅基于单中心的91名COVID-19患者的回顾性分析，样本量较小，可能影响结果的普遍性。	探讨心血管疾病患者和心脏功能障碍患者对SARS-CoV-2感染的易感性增加的潜在机制。	心力衰竭患者心脏中的ACE2表达和NPs信号。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	91名COVID-19患者
564	2024-08-09	Case Report: Transformation From Cold to Hot Tumor in a Case of NSCLC Neoadjuvant Immunochemotherapy Pseudoprogression 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.633534 PMID:33679783	病例报告	本文报告了一例非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫化疗后，从冷肿瘤转变为热肿瘤的病例	首次报道了通过手术病理、单细胞RNA测序和成像质谱流式技术证实的新辅助免疫化疗假进展病例	NA	探讨新辅助免疫化疗后肿瘤微环境的变化	一例56岁男性非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、成像质谱流式技术	NA	RNA序列、图像	单个病例
565	2024-08-09	SSRP1 Is a Prognostic Biomarker Correlated with CD8+ T Cell Infiltration in Hepatocellular Carcinoma (HCC) 2021, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2021/9409836 PMID:33688504	研究论文	研究探讨了结构特异性识别蛋白1（SSRP1）在肝细胞癌（HCC）中的表达及其作为预后生物标志物的潜力	发现SSRP1与CD8+ T细胞浸润水平呈正相关，尤其是在耗竭的CD8+ T细胞中，这为HCC的免疫治疗提供了新的见解	NA	探索SSRP1在HCC中的作用及其作为预后标志物的潜力	SSRP1在HCC中的表达及其与临床特征和免疫细胞浸润的关系	数字病理学	肝细胞癌	NA	NA	基因表达数据	使用多个数据库（HCCDB, Oncomine, HPA等）进行分析
566	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing With Combined Use of Bulk RNA Sequencing to Reveal Cell Heterogeneity and Molecular Changes at Acute Stage of Ischemic Stroke in Mouse Cortex Penumbra Area 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.624711 PMID:33692998	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序结合批量RNA测序技术，探讨了小鼠大脑皮质缺血性卒中半暗带区域在急性期的细胞异质性和分子变化	本研究首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，揭示了缺血性卒中急性期半暗带区域的细胞异质性和分子变化，为早期治疗提供了潜在靶点	NA	研究缺血性卒中急性期半暗带区域的细胞异质性和分子变化，寻找早期治疗靶点	小鼠大脑皮质缺血性卒中半暗带区域的细胞和分子变化	数字病理学	卒中	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA	小鼠大脑皮质缺血性卒中半暗带区域的细胞样本
567	2024-08-09	Development and Multi-Data Set Verification of an RNA Binding Protein Signature for Prognosis Prediction in Glioma 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.637803 PMID:33634155	研究论文	本研究旨在开发一种RNA结合蛋白（RBP）特征，用于预测胶质瘤的预后	本研究构建了一个包含10个RBP的特征，通过多数据集验证其对胶质瘤预后预测的稳健性	NA	开发和验证一种新的RNA结合蛋白特征，用于胶质瘤的预后预测	胶质瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	训练集693例，验证集325例
568	2024-08-09	FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.562908 PMID:33644039	研究论文	本文开发了一种算法，通过结合类标签名称匹配和基于图卷积的结构映射，实现细胞分类本体的自动合并	设计了两种图卷积方法（向量结构匹配和基于约束的结构匹配），并实现了一个Python软件模块FOntCell，用于高效自动并行计算本体合并	NA	开发一种算法，用于自动合并和融合细胞分类本体，以整合来自不同来源的细胞信息	细胞分类本体，包括CELDA、LifeMap和LungMAP人类解剖细胞本体	自然语言处理	NA	图卷积	NA	文本	NA
569	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Applications in the Inner Ear 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.637779 PMID:33644075	综述	本文综述了单细胞测序技术在耳蜗研究中的最新进展	利用单细胞测序技术揭示了耳蜗组织的异质性，识别了未知的细胞亚型，发现了新的细胞标记物，并揭示了发育过程中的动态信号通路	NA	总结单细胞测序技术在耳蜗研究中的应用及其带来的新发现	耳蜗细胞及其基因表达	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
570	2024-08-09	Zygotic Genome Activation: Critical Prelude to the Most Important Time of Your Life 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0970-5_25 PMID:33606242	研究论文	本文探讨了胚胎基因组在发育过程中的激活，特别是通过使用母体突变体和现代全胚胎及单细胞转录组学方法来解析中囊胚过渡（或母体-合子过渡）的分子机制。	本文利用现代转录组学方法，对中囊胚过渡的分子机制进行了深入研究。	NA	研究胚胎基因组激活及其在中囊胚过渡中的作用。	鱼类胚胎的发育过程及基因组激活。	发育生物学	NA	全胚胎及单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
571	2024-08-09	Applications of Community Detection Algorithms to Large Biological Datasets 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_3 PMID:33606252	研究论文	本文介绍了一种基于网络的聚类方法（NBC），并开发了一个开放且灵活的Python工具包，用于在大规模生物数据集中进行细胞或基因的聚类分析	提出了一种新的基于网络的聚类方法（NBC），通过将样本或基因映射到网络并使用社区检测算法来识别节点集群	传统的聚类算法在许多情况下生成的集群不能反映生物现实	开发一种新的方法和工具包，以准确高效地分析大规模RNA测序实验数据	大规模单细胞和批量RNA测序数据集中的细胞或基因集群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	社区检测算法	RNA测序数据	数万个细胞
572	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_16 PMID:33606265	研究论文	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）技术的发展及其在细胞异质性和细胞特异性表达差异分析中的应用	介绍了新的计算方法如何解决scRNAseq数据分析中的挑战，提供了前所未有的生物学细节洞察	scRNAseq技术尚未像批量测序那样成熟或完全实现	探讨单细胞数据分析的挑战及其计算方法的应用	单细胞RNA测序数据及其在细胞动力学研究中的应用	数字病理学	NA	scRNAseq	NA	转录组数据	单细胞水平
573	2024-08-09	Analysis of microRNA Regulation in Single Cells 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_18 PMID:33606267	研究论文	本文探讨了单细胞水平上微小RNA（miRNA）对基因表达的调控作用	利用单细胞RNA测序技术研究miRNA和mRNA在单细胞中的表达，并展示了其在量化细胞间变异方面的优势	讨论了实验设计和计算分析中可能的改进以减少或划分技术噪声	研究单细胞中miRNA对基因表达水平和表达变异性的调控	miRNA和mRNA在单细胞中的表达	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	单细胞样本
574	2024-08-09	Identifying Differentially Expressed Genes of Zero Inflated Single Cell RNA Sequencing Data Using Mixed Model Score Tests 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.616686 PMID:33613638	研究论文	本文提出了一种名为单细胞混合模型得分测试（scMMSTs）的方法，用于有效识别具有批次效应的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	scMMSTs方法通过将批次效应视为随机效应，并采用加权策略处理零膨胀问题，从而提高了差异表达基因识别的准确性	NA	旨在开发一种新方法，以更准确地识别具有批次效应和零膨胀问题的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性混合模型（GLMM）	RNA测序数据	涉及两个真实数据集和大量模拟数据
575	2024-08-09	Automated methods for cell type annotation on scRNA-seq data 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.015 PMID:33613863	综述	本文综述了用于scRNA-seq数据自动细胞类型注释的工具和方法	介绍了不同的策略，如使用精选标记基因数据库、相关参考表达数据或通过监督分类转移标签，以关联单细胞的基因表达谱与细胞类型	NA	探讨单细胞RNA测序数据中细胞类型自动注释的方法和工具	scRNA-seq数据的细胞类型注释	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
576	2024-08-09	High levels of soluble CD25 in COVID-19 severity suggest a divergence between anti-viral and pro-inflammatory T-cell responses 2021, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.1251 PMID:33614032	研究论文	研究COVID-19患者中可溶性CD25水平与疾病严重程度之间的关系，并探讨其与T细胞抗病毒和促炎反应的差异	通过分析280名住院COVID-19患者的细胞因子谱和临床特征，以及使用淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染的小鼠模型，揭示了可溶性CD25在疾病严重程度中的独立风险因素作用及其与病毒清除时间的关联	研究主要基于小鼠模型和已发表的单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的人体临床试验验证	理解COVID-19患者中T细胞功能缺陷和超激活之间的矛盾现象	COVID-19患者的细胞因子水平和临床特征，以及小鼠模型的免疫学、病毒学和病理学特征	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	细胞因子谱，临床特征数据	280名住院COVID-19患者，小鼠模型
577	2024-08-09	Single-Cell Sequencing and Organoids: A Powerful Combination for Modelling Organ Development and Diseases 2021, Reviews of physiology, biochemistry and pharmacology DOI:10.1007/112_2020_47 PMID:33619630	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的最新进展及其应用	scRNA-seq技术能够在单细胞水平上确定基因表达变异性，而类器官模型则能更好地模拟器官发育、再生和疾病的复杂时空过程	传统的基于mRNA或蛋白质的方法往往无法阐明稀有细胞类型（如某些干细胞亚群、短暂的前体细胞和循环肿瘤细胞）的贡献	探讨scRNA-seq和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的应用优势	单细胞RNA测序技术和类器官模型	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
578	2024-08-09	Inference of Ligand-Receptor Pairs from Single-Cell Transcriptomics Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2020_343 PMID:33625677	研究论文	本文开发了一个框架，利用单细胞转录组数据分析不同细胞类型间的配体-受体相互作用，以系统地描述细胞间通信事件	本文整合了配体、受体及其相互作用的库，并采用计算方法识别特定细胞类型和生物学相关的相互作用	NA	系统地表征细胞间通信	单细胞转录组数据中的配体-受体对	生物信息学	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	NA
579	2024-08-09	DIscBIO: A User-Friendly Pipeline for Biomarker Discovery in Single-Cell Transcriptomics 2021-Jan-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms22031399 PMID:33573289	研究论文	本文介绍了DIscBIO，一个用于单细胞转录组学中生物标志物发现的开放源代码、多算法管道	DIscBIO整合了多个scRNA-seq包，允许通过决策树和基因富集分析在网络环境中进行生物标志物发现	为了进行有意义的scRNA-seq分析，用户需要理解所实施的方法及其可能的选项和限制	开发一个用户友好的管道，用于在单细胞转录组学中进行生物标志物发现	单细胞转录组数据中的细胞亚群和生物标志物	生物信息学	乳腺癌，黏液脂肪肉瘤	scRNA-seq	决策树	单细胞测序读取计数	两个scRNA-seq数据集，第一个数据集来自乳腺癌患者的循环肿瘤细胞，第二个数据集来自黏液脂肪肉瘤的细胞周期调控
580	2024-08-09	Decoding the multicellular ecosystem of lung adenocarcinoma manifested as pulmonary subsolid nodules by single-cell RNA sequencing 2021-01, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abd9738 PMID:33571124	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了16个肺部亚实性结节（SSN）样本、6个邻近正常肺组织（nLung）和9个伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）样本，揭示了SSN的转录组特征和肿瘤微环境（TME）。	首次提供了SSN及其肿瘤微环境的单细胞转录组图谱，发现细胞毒性自然杀伤/T细胞在SSN的TME中占主导地位，恶性细胞经历了强烈的代谢重编程和免疫压力。	研究样本数量相对有限，可能影响结果的普遍性。	深入了解表现为肺部亚实性结节的肺腺癌的生物学行为和肿瘤微环境，为肺癌免疫治疗提供新的见解。	肺部亚实性结节（SSN）、邻近正常肺组织（nLung）和伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	16个SSN样本，6个nLung样本，9个mLUAD样本，共118,293个细胞，约0.6亿个独特转录本。