单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-08-09	Uncovering cellular networks in branching morphogenesis using single-cell transcriptomics 2021, Current topics in developmental biology DOI:10.1016/bs.ctdb.2020.09.004 PMID:33820623	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术研究分支形态发生中的细胞网络	介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分支器官研究中的应用进展，特别是在空间转录组学、分化轨迹的计算重建以及与谱系追踪的整合方面的进展	讨论了应用这些技术研究分支器官的可能性和局限性	探讨单细胞RNA测序在哺乳动物器官分支形态发生和分化研究中的应用	重点研究了肺、肾和乳腺等分支器官	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
522	2024-08-09	Single Cell Transcriptome Data Analysis Defines the Heterogeneity of Peripheral Nerve Cells in Homeostasis and Regeneration 2021, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2021.624826 PMID:33828460	研究论文	本研究通过重新分析已发表的单细胞RNA测序数据集，重新定义了完整和受伤小鼠周围神经细胞的异质性	本研究首次发现并分类了周围神经中的多种细胞类型，包括未被报道的中性粒细胞集群，并揭示了细胞间潜在的通信信号	NA	旨在更准确地定义选定组织中细胞类型的异质性	完整和受伤的小鼠周围神经细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
523	2024-08-09	Insights Into Human Intrahepatic NK Cell Function From Single Cell RNA Sequencing Datasets 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.649311 PMID:33828559	综述	本文通过单细胞RNA测序数据探讨了人肝内NK细胞的新功能	利用单细胞RNA测序技术详细分析了肝内NK细胞的转录组特征，并识别了与肝内NK细胞群相关的上调和下调基因	需要验证这些受体在肝内NK细胞上的表达及其在人肝脏中的细胞间相互作用	探索人肝内NK细胞的多样性和潜在功能	人肝内NK细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
524	2024-08-09	Evaluating the Reproducibility of Single-Cell Gene Regulatory Network Inference Algorithms 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.617282 PMID:33828580	研究论文	本文评估了六种单细胞基因调控网络推断算法的可重复性	首次基于真实数据评估单细胞网络推断算法的可重复性，并考虑了网络中多达100,000个链接	研究仅限于三种生物条件下的数据，且依赖于特定的算法和数据集	评估单细胞基因调控网络推断算法的可重复性	六种单细胞网络推断算法在三种生物条件下的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据	涉及人类视网膜、结直肠癌中的T细胞和人类造血系统三种生物条件的数据
525	2024-08-09	Prognostic Implication of the Expression Level of PECAM-1 in Non-small Cell Lung Cancer 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.587744 PMID:33828969	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中PECAM-1的表达水平及其对预后的影响	首次通过单细胞RNA测序和免疫组织化学实验验证PECAM-1在非小细胞肺癌中的表达与患者生存率的关系	样本量较小，仅包括30例术后肺癌患者	探讨非小细胞肺癌中PECAM-1表达水平对患者预后的影响	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	30例术后肺癌患者
526	2024-08-09	A Comparison for Dimensionality Reduction Methods of Single-Cell RNA-seq Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.646936 PMID:33833778	研究论文	本文比较了10种降维方法在单细胞RNA测序数据中的稳定性、准确性和计算成本	开发了一种策略来评估降维方法的性能，并提供了用户建议	需要根据具体情况设置非线性模型和神经网络降维方法的超参数	评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果	单细胞RNA测序数据的降维方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	t-SNE, UMAP	测序数据	30个模拟数据集和5个真实数据集
527	2024-08-09	Using RNentropy to Detect Significant Variation in Gene Expression Across Multiple RNA-Seq or Single-Cell RNA-Seq Samples 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_6 PMID:33835439	研究论文	本文介绍了一种基于信息论的方法RNentropy，用于检测RNA-Seq数据中跨多个样本和条件的基因表达显著变化	RNentropy方法能够克服现有方法仅限于成对比较的限制，适用于任意数量样本和条件的基因表达显著变化检测	NA	开发一种新的方法来检测跨多个样本和条件的基因表达显著变化	RNA-Seq数据中的基因表达变化	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	多个样本和条件
528	2024-08-09	Computational Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_16 PMID:33835449	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序数据集的聚类和标记物检测步骤	NA	NA	研究单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
529	2024-08-09	Normalization of Single-Cell RNA-Seq Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_17 PMID:33835450	研究论文	本文介绍了如何使用R/Bioconductor计算单细胞RNA-seq数据的归一化因子，并比较了几种归一化方法	提出了使用数据驱动的方法来评估和选择最佳的归一化方法	未提及	探讨单细胞RNA-seq数据归一化的方法及其对结果的影响	单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	未提及
530	2024-08-09	Dimensionality Reduction of Single-Cell RNA-Seq Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_18 PMID:33835451	研究论文	本文描述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中典型的降维工作流程，特别强调了主成分分析、t分布随机邻域嵌入和均匀流形近似与投影的作用	本文强调了在处理包含数百万细胞的大型数据集时的计算效率	NA	探讨单细胞RNA测序数据分析中的降维方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	主成分分析、t分布随机邻域嵌入、均匀流形近似与投影	基因表达数据	数百万细胞
531	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step Overview 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_19 PMID:33835452	综述	本文提供了一个逐步指南，概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的整个标准工作流程，包括读取映射、质量控制、基因表达定量、归一化、特征选择、降维和细胞聚类等步骤	本文提出了四个易于新用户使用的scRNA-seq分析流程，并提供了当前可用的单细胞技术概述	尽管有大量的分析方法，但缺乏一个通用的标准化流程	旨在帮助新手克服进入单细胞RNA测序分析领域的障碍，并扩展单细胞方法在基础科学中的研究潜力	单细胞RNA测序数据分析流程和技术	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个细胞
532	2024-08-09	A Novel Method to Identify the Differences Between Two Single Cell Groups at Single Gene, Gene Pair, and Gene Module Levels 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.648898 PMID:33790951	研究论文	本文介绍了一种新的方法来比较两个单细胞群在单基因、基因对和基因模块水平上的差异	提出了一种新的流程来比较两个单细胞群，包括差异基因表达调用和共表达网络模块等	NA	揭示细胞群和细胞类型之间生物学差异的机制，并识别细胞类型特异的分子机制	单细胞群在分子水平上的差异	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	622个来自小鼠脑部的细胞和1,600个来自人类胰腺的细胞
533	2024-08-09	Study on the Reparative Effect of PEGylated Growth Hormone on Ovarian Parameters and Mitochondrial Function of Oocytes From Rats With Premature Ovarian Insufficiency 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.649005 PMID:33791307	研究论文	研究聚乙二醇化生长激素对化疗诱导的早发性卵巢功能不全大鼠卵母细胞的修复作用及其对卵巢参数和线粒体功能的影响	本研究首次揭示了重组人聚乙二醇化生长激素在提高卵母细胞数量、减轻颗粒细胞凋亡和氧化应激反应方面的潜在作用，并通过单细胞转录组分析确定了与修复过程相关的关键基因	高剂量的重组人聚乙二醇化生长激素未能完全恢复受干扰的发情周期和性激素水平	探讨重组人聚乙二醇化生长激素对早发性卵巢功能不全大鼠卵泡发育和线粒体功能的潜在影响	早发性卵巢功能不全大鼠的卵母细胞、卵巢参数和线粒体功能	NA	早发性卵巢功能不全	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
534	2024-08-09	Transcriptional Profiling Reveals Kidney Neutrophil Heterogeneity in Both Healthy People and ccRCC Patients 2021, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/2021/5598627 PMID:33791390	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了健康人群和ccRCC患者肾脏中的中性粒细胞异质性	首次揭示了ccRCC患者肾脏中中性粒细胞的六个亚群，并探讨了其在肿瘤病理和自身免疫中的作用	NA	探讨中性粒细胞在肾脏疾病中的异质性和病理意义	健康人群和ccRCC患者的肾脏组织	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康捐赠者和ccRCC患者的肾脏活检组织
535	2024-08-09	A Role for Vasoactive Intestinal Peptide Interneurons in Neurodevelopmental Disorders 2021, Developmental neuroscience IF:2.3Q3 DOI:10.1159/000515264 PMID:33794534	综述	本文综述了表达血管活性肠肽（VIP-INs）的大脑皮质GABA能抑制性中间神经元在神经发育障碍（NDDs）中的作用	强调了VIP-INs在多个大脑皮质区域的重复电路模式，并探讨了它们如何影响感觉输入、发育和行为	NA	探讨VIP-INs在神经发育障碍中的作用机制	VIP-INs及其相关基因在神经发育障碍中的作用	NA	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
536	2024-08-09	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals key cell types and regulators in traumatic brain injury 2021-01-14, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2021065 PMID:33757183	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，揭示了创伤性脑损伤中的关键细胞类型和调控因子	首次通过单细胞RNA测序技术，成功鉴定和表征了13种细胞群体，并分析了它们在创伤性脑损伤中的差异表达和相互作用	NA	揭示创伤性脑损伤中的特定细胞类型和关键调控因子	创伤性脑损伤中的细胞类型和调控因子	数字病理学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自创伤性脑损伤小鼠的单细胞RNA测序数据
537	2024-08-09	Single-Cell Sequencing, an Advanced Technology in Lung Cancer Research 2021, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S295102 PMID:33758510	综述	本文综述了单细胞测序技术在肺癌研究中的应用及其研究成果	单细胞测序技术具有前所未有的高分辨率，为癌症研究提供了先进的技术手段	NA	进一步理解肺癌的异质性、转移、耐药性、肿瘤微环境等问题	肺癌	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
538	2024-08-09	Altered Monocyte Subsets in Kawasaki Disease Revealed by Single-cell RNA-Sequencing 2021, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S293993 PMID:33758528	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了健康婴儿与川崎病婴儿中不同单核细胞亚群的异质性及其在疾病中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了健康与川崎病婴儿中单核细胞的异质性，并揭示了川崎病中特定单核细胞亚群的变化	研究样本量较小，仅包括两名健康婴儿和两名川崎病婴儿	旨在全面描绘健康与川崎病婴儿中单核细胞的异质性，并揭示川崎病的潜在机制	健康婴儿和川崎病婴儿的外周单核细胞	数字病理学	川崎病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两名健康婴儿和两名川崎病婴儿的外周血样本
539	2024-08-09	Function of Macrophages in Disease: Current Understanding on Molecular Mechanisms 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.620510 PMID:33763066	综述	本文综述了组织驻留巨噬细胞（TRMs）在疾病中的作用及其分子机制的最新理解	探讨了较少为人知的分子及已知分子的新功能，这些分子可能成为新的巨噬细胞介导治疗或诊断方法的潜在标志物	NA	旨在理解这些分子在巨噬细胞中的机制，以开发新的巨噬细胞介导的治疗或诊断方法	组织驻留巨噬细胞及其在疾病中的作用和分子机制	NA	NA	命运图谱和单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
540	2024-08-09	Leveraging Single-Cell RNA-seq Data to Uncover the Association Between Cell Type and Chronic Liver Diseases 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.637322 PMID:33763117	研究论文	本文通过综合分析慢性肝病（CLD）的GWAS和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了与CLD相关的细胞类型	利用scRNA-seq技术以高分辨率探索肝脏组织的细胞多样性和功能，并结合GWAS数据进行综合分析	在特异性分析中未发现与肝细胞癌（HCC）显著相关的细胞类型，且未发现与肝硬化显著相关的细胞类型	揭示慢性肝病的病理机制，特别是与特定细胞类型的关联	慢性肝病及其相关细胞类型	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	约19,002-32,200个细胞，识别出10-17种细胞类型