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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2024-08-08 |
Identification of CD8+ T Cell-Related Genes: Correlations with Immune Phenotypes and Outcomes of Liver Cancer
2021, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2021/9960905
PMID:34124275
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研究论文 | 本文通过计算生物学方法确定促进CD8+ T淋巴细胞浸润的共表达基因网络,并分析其与肝癌免疫表型和治疗结果的相关性。 | 本文首次确定了与CD8+ T淋巴细胞高浸润比例正相关的共表达基因,这些基因在抗原呈递过程中发挥作用,为免疫治疗不敏感的患者提供了新的研究方向。 | NA | 研究CD8+ T淋巴细胞相关的共表达基因网络,探讨其与肝癌免疫治疗效果的关系。 | 肝癌患者的基因表达矩阵、临床随访信息数据以及单核苷酸多态性数据。 | 数字病理学 | 肝癌 | WGCNA | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA数据库中的肝癌基因矩阵和临床随访信息数据 | NA | NA | NA | NA |
| 482 | 2024-08-08 |
Single-Cell Trajectory Inference Guided Enhancement of Thyroid Maturation In Vitro Using TGF-Beta Inhibition
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.657195
PMID:34135860
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探索了从小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞转变的分子步骤,并通过抑制TGF-beta通路提高了甲状腺器官体外成熟度 | 首次系统全面地识别了在甲状腺器官生产过程中产生的细胞类型,并通过药物抑制TGF-beta通路提高了甲状腺成熟度 | NA | 提高甲状腺器官体外成熟度的效率,为甲状腺疾病的再生医学治疗提供新途径 | 小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞的转变过程及甲状腺器官的成熟 | 数字病理学 | 甲状腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 483 | 2024-08-08 |
Signatures of B Cell Receptor Repertoire Following Pneumocystis Infection
2021, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2021.636250
PMID:34135870
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞BCR测序技术,研究了未感染和感染后1-4周小鼠肺部免疫细胞中B细胞受体(BCR)谱的变化 | 首次详细描述了感染过程中B细胞反应的动态变化,包括浆细胞和幼稚B细胞子集的特征变化 | NA | 研究感染过程中B细胞受体谱的特征变化 | 小鼠肺部免疫细胞中的B细胞受体谱 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序,单细胞BCR测序 | NA | RNA序列,BCR序列 | 未感染和感染后1-4周的小鼠肺部免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 484 | 2024-08-08 |
Single-Cell Profiling Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Crosstalk in Anti-PLA2R Positive Idiopathic Membranous Nephropathy Patients
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.683330
PMID:34135910
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了6名抗PLA2R阳性特发性膜性肾病(IMN)患者和2名健康对照者的肾样本,以揭示单细胞分辨率下的转录组图谱 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了IMN患者的转录组特征和细胞间对话,特别是发现了肾小管细胞中与炎症和免疫反应相关的差异表达基因 | 研究样本量较小,仅包括6名IMN患者和2名健康对照者,可能影响结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示特发性膜性肾病患者的细胞间相互作用和关键通路,以识别新的治疗靶点 | 抗PLA2R阳性特发性膜性肾病患者的肾样本 | 数字病理学 | 特发性膜性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名IMN患者和2名健康对照者的肾样本 | NA | NA | NA | NA |
| 485 | 2024-08-08 |
scDA: Single cell discriminant analysis for single-cell RNA sequencing data
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.05.046
PMID:34141142
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDA的单细胞判别分析方法,用于处理单细胞RNA测序数据,能够同时识别细胞群和判别元基因,并通过构建细胞表示图来注释未标记的细胞 | scDA方法在确定细胞类型方面表现有效,并且在推断新样本标签时优于几种最先进的方法,尤其对丢失事件不敏感,能够从少量数据中学习后标记大量细胞 | NA | 开发一种有效的方法来分析大规模或来自不同批次的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群和判别元基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及十一个数据集的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 486 | 2024-08-08 |
A MicroRNA-Based Network Provides Potential Predictive Signatures and Reveals the Crucial Role of PI3K/AKT Signaling for Hepatic Lineage Maturation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.670059
PMID:34141708
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研究论文 | 本研究探讨了胆管树干细胞(BTSCs)向成熟肝细胞(hAHeps)分化过程中,特定的“转录因子(TF)-miRNA-目标”调控网络的作用 | 揭示了miRNA在正常细胞谱系承诺中的作用,并建立了肝细胞谱系承诺的“TF-miRNA-目标”调控网络 | NA | 研究miRNA在肝细胞谱系成熟过程中的调控作用及其对PI3K/AKT信号通路的影响 | 胆管树干细胞(BTSCs)向成熟肝细胞(hAHeps)的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, microRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及四种人类肝系细胞系:hBTSCs, hHpSCs, hHBs, 和 hAHeps | NA | NA | NA | NA |
| 487 | 2024-08-08 |
Corrigendum: Characterizing Adult Cochlear Supporting Cell Transcriptional Diversity Using Single-Cell RNA-Seq: Validation in the Adult Mouse and Translational Implications for the Adult Human Cochlea
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.699859
PMID:34149357
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 488 | 2024-08-08 |
GRMT: Generative Reconstruction of Mutation Tree From Scratch Using Single-Cell Sequencing Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.692964
PMID:34149820
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GRMT的方法,用于从单细胞测序数据中从头开始生成突变树,以推断肿瘤的突变历史 | GRMT利用-Dollo简约模型,允许每个突变只发生一次且最多丢失一次,通过从零开始生成树结构的方式,逐步增加树的大小,直到包含所有突变,从而有效地恢复突变的时序并适用于大型数据集 | NA | 开发一种高效且准确的方法来重建肿瘤树 | 单细胞测序数据中的肿瘤突变树 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 489 | 2024-08-08 |
Expression of SARS-CoV-2 entry genes ACE2 and TMPRSS2 at single cell resolution in the peripartum decidua
2021, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:34150021
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,探讨了分娩期间蜕膜组织中SARS-CoV-2进入基因ACE2和TMPRSS2的表达情况 | 首次在单细胞分辨率下研究了分娩期间蜕膜组织中ACE2的表达异质性及其对SARS-CoV-2感染敏感性的影响 | NA | 研究分娩期间蜕膜组织中ACE2及相关基因的表达情况,探讨其对垂直传播的影响 | 蜕膜组织中的ACE2和TMPRSS2基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 490 | 2024-08-08 |
The Epithelial to Mesenchymal Transition Related Gene Calumenin Is an Adverse Prognostic Factor of Bladder Cancer Correlated With Tumor Microenvironment Remodeling, Gene Mutation, and Ferroptosis
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.683951
PMID:34150647
|
研究论文 | 本研究通过多组学生物信息学分析,探讨了膀胱癌中与上皮间质转化相关的基因calumenin(CALU)的作用及其分子机制 | 首次揭示了CALU在膀胱癌中的独立风险因子作用,及其与肿瘤微环境重塑、基因突变和铁死亡的关联 | 研究主要基于生物信息学分析和实验室验证,未来需更多临床试验验证CALU在膀胱癌治疗中的实际应用 | 探讨CALU在膀胱癌中的作用及其对患者预后的影响 | 膀胱癌患者样本及CALU基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 多组学生物信息学分析、单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学 | NA | 基因表达数据 | 408名TCGA膀胱癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 491 | 2024-08-08 |
S100A9 Derived From Myeloma Associated Myeloid Cells Promotes TNFSF13B/TNFRSF13B-Dependent Proliferation and Survival of Myeloma Cells
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.691705
PMID:34150664
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研究论文 | 研究探讨了多发性骨髓瘤(MM)中髓系细胞来源的S100A9如何通过TNFSF13B/TNFRSF13B依赖性途径促进骨髓瘤细胞的增殖和生存 | 揭示了髓系细胞通过S100A9促进骨髓瘤细胞增殖和生存的新机制 | NA | 探究髓系细胞在多发性骨髓瘤中的作用机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞及髓系细胞 | NA | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA | 来自多发性骨髓瘤患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 492 | 2024-08-08 |
TBX20 Contributes to Balancing the Differentiation of Perivascular Adipose-Derived Stem Cells to Vascular Lineages and Neointimal Hyperplasia
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.662704
PMID:34150759
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研究论文 | 本研究探讨了周围血管脂肪源性干细胞(PVASCs)向平滑肌细胞(SMCs)和内皮细胞(ECs)分化的机制及其在新生内膜增生中的功能 | 发现TBX20在PVASCs中的独特表达,并揭示了TBX20在调控PVASCs向SMCs和ECs分化中的作用 | NA | 研究PVASC分化为SMCs和ECs的机制及其在新生内膜增生中的功能 | 周围血管脂肪源性干细胞(PVASCs) | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序、批量mRNA测序、免疫荧光、定量实时PCR(QPCR)、Western blot | NA | mRNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 493 | 2024-08-08 |
Exposure to Copper Compromises the Maturational Competency of Porcine Oocytes by Impairing Mitochondrial Function
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.678665
PMID:34150773
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研究论文 | 研究了过量铜对猪卵母细胞成熟和细胞器功能的影响 | 首次探讨了过量铜对母猪生殖性能的影响,并揭示了其对卵母细胞成熟和线粒体功能的损害机制 | NA | 探讨过量铜对猪卵母细胞成熟和细胞器功能的影响 | 猪卵母细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 494 | 2024-08-08 |
A Subpopulation of Schwann Cell-Like Cells With Nerve Regeneration Signatures Is Identified Through Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.637924
PMID:34093220
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术,研究了人羊膜间充质干细胞衍生的类施万细胞在促进周围神经再生中的异质性和潜在分子机制 | 首次鉴定出一亚群高度表达与施万细胞增殖、迁移和生存相关基因的类施万细胞,这些细胞可能是在神经再生中的关键群体 | NA | 探究类施万细胞在治疗周围神经再生中的异质性和潜在分子机制 | 人羊膜间充质干细胞衍生的类施万细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6,008个人羊膜间充质干细胞单细胞和5,140个类施万细胞单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 495 | 2024-08-08 |
A Sight on Single-Cell Transcriptomics in Plants Through the Prism of Cell-Based Computational Modeling Approaches: Benefits and Challenges for Data Analysis
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.652974
PMID:34093652
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综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在植物研究中的应用及其通过基于细胞的计算模型在数据分析中的优势和挑战 | 探讨了单细胞转录组数据与植物形态发生模型结合的新机会,以及显微镜和细胞分辨率成像技术在解决单细胞转录组数据空间问题中的前景 | 集成转录组到形态发生水平的数据在一个统一系统中仍存在困难 | 探讨单细胞转录组技术在植物组织结构形成研究中的应用及其计算模型分析方法 | 植物组织的单细胞转录组数据及其在形态发生中的应用 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组技术 | 基于细胞的计算模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 496 | 2024-08-08 |
Integrating Spatial Transcriptomics and Single-Cell RNA-seq Reveals the Gene Expression Profling of the Human Embryonic Liver
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.652408
PMID:34095116
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,对人类胚胎肝脏在不同发育阶段的基因表达进行无偏分析 | 首次系统地识别了人类胚胎肝脏中的九种细胞类型,并定义了主要细胞类型的发育途径 | NA | 了解胚胎发育过程中肝脏的复杂发展,以促进功能性肝脏替代组织的工程化及肝脏再生 | 人类胚胎肝脏在8周至17周的发育过程中的基因表达 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类胚胎肝脏在8周至17周的发育阶段样本 | NA | NA | NA | NA |
| 497 | 2024-08-08 |
The Intestinal Epithelium - Fluid Fate and Rigid Structure From Crypt Bottom to Villus Tip
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.661931
PMID:34095127
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综述 | 本文综述了肠道上皮从隐窝底部到绒毛顶端的流体命运和刚性结构,以及其与肠道功能的相互作用 | 介绍了单细胞测序、时空分析和类器官技术在揭示肠道上皮复杂微观结构和维持机制中的新发现 | 讨论了每种方法的优势和局限性,并考虑了这些结果对健康和疾病中肠道理解的影响 | 探讨近期关于肠道上皮和基质结构的新发现,并强调导致这些发现的技术 | 肠道上皮及其基质结构 | NA | NA | 单细胞测序、时空分析、类器官技术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 498 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Endothelial Plasticity During Diabetic Atherogenesis
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.689469
PMID:34095155
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了糖尿病诱导的动脉粥样硬化中内皮细胞的转录组变化 | 首次在单细胞水平上揭示了糖尿病相关动脉粥样硬化中内皮细胞的表型和代谢异质性 | NA | 探究糖尿病相关动脉粥样硬化中内皮细胞的生物学特性 | 小鼠心脏和主动脉中的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 来自小鼠心脏和主动脉的富含内皮细胞的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 499 | 2024-08-08 |
Cell Heterogeneity Analysis in Single-Cell RNA-seq Data Using Mixture Exponential Graph and Markov Random Field Model
2021, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2021/9919080
PMID:34095314
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研究论文 | 本文介绍了一种新的方案,用于检测单细胞异质性的基因型特征,并将其应用于循环肿瘤细胞(CTCs)和三阴性乳腺癌(TNBC)的单细胞RNA测序数据中 | 本文引入了混合指数族图模型和马尔可夫随机场模型,用于更灵活地重构细胞网络,并发现不同细胞亚群中的高共表达基因模块 | NA | 探索细胞异质性,特别是循环肿瘤细胞(CTCs)和三阴性乳腺癌(TNBC)的异质性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞异质性和基因网络关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 混合指数族图模型和马尔可夫随机场模型 | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 500 | 2024-08-08 |
Single Cell RNA-Seq Analysis Identifies Differentially Expressed Genes of Treg Cell in Early Treatment-Naive Rheumatoid Arthritis By Arsenic Trioxide
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.656124
PMID:34108876
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了三氧化二砷(AsO)对早期未治疗类风湿关节炎(RA)中调节性T细胞(Treg细胞)基因表达的影响 | 这是首个研究AsO对未治疗Treg细胞基因表达全基因组效应的研究,除了明显的抗炎和免疫调节作用外,AsO还影响Treg细胞中的氨基酸和葡萄糖代谢 | NA | 阐明早期类风湿关节炎中三氧化二砷对Treg细胞在发病机制中的调节作用 | 早期未治疗的类风湿关节炎中的Treg细胞 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 从外周血单个核细胞(PBMCs)中分离并纯化的Treg细胞 | NA | NA | NA | NA |