单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-seq Identification of the Cellular Molecular Characteristics of Sporadic Bilateral Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.659251
PMID:34168986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了散发性双侧透明细胞肾细胞癌的细胞分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了双侧透明细胞肾细胞癌在单细胞转录组水平的转录组特征 | NA | 研究散发性双侧肾细胞癌的细胞分子特征，为临床治疗提供指导 | 散发性双侧透明细胞肾细胞癌 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从左、右肿瘤组织分别捕获了3,575和3,568个高质量的单细胞转录组数据 |
| 462 | 2024-08-08 |
High PYGL Expression Predicts Poor Prognosis in Human Gliomas
2021, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2021.652931
PMID:34177761
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析基因转录组和单细胞测序数据，探讨了高PYGL表达在胶质瘤患者中的预测价值 | 首次通过单细胞测序数据分析了PYGL在不同细胞群中的高表达，并揭示了其潜在的预测机制 | NA | 研究高PYGL表达在胶质瘤患者中的预测价值及其潜在机制 | 胶质瘤患者的PYGL表达水平及其对预后的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 595名胶质瘤患者和7,930个GBM细胞 |
| 463 | 2024-08-08 |
Computational analysis of alternative polyadenylation from standard RNA-seq and single-cell RNA-seq data
2021, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2021.03.015
PMID:34183123
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研究论文 | 本文总结了分析标准RNA-seq和单细胞RNA-seq数据中可变多聚腺苷酸化（APA）的计算方法，并详细描述了两种先进的生物信息学算法DaPars和scDaPars | 介绍了DaPars和scDaPars两种先进的生物信息学算法，用于分析APA | NA | 总结和描述分析APA的计算方法 | 标准RNA-seq和单细胞RNA-seq数据中的APA | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 464 | 2024-08-08 |
Construction of a Promising Tumor-Infiltrating CD8+ T Cells Gene Signature to Improve Prediction of the Prognosis and Immune Response of Uveal Melanoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.673838
PMID:34124058
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研究论文 | 本文构建了一个与肿瘤浸润性CD8+ T细胞相关的基因特征，用于改善葡萄膜黑色素瘤的预后和免疫反应预测 | 本研究构建了一个新的基因特征，用于预测葡萄膜黑色素瘤的预后和免疫治疗反应，可能作为有前景的治疗靶点 | NA | 理解肿瘤浸润性CD8+ T细胞在葡萄膜黑色素瘤中的作用，以预测预后和免疫治疗反应 | 葡萄膜黑色素瘤患者的肿瘤浸润性CD8+ T细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 从GSE139829的单细胞RNA测序中筛选出202个CDIRGs，并在多个葡萄膜黑色素瘤的批量RNA测序数据集中验证了包含三个CDIRGs（IFNGR1，ANXA6和TANK）的基因特征 |
| 465 | 2024-08-08 |
Immunological Significance of Prognostic DNA Methylation Sites in Hepatocellular Carcinoma
2021, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2021.683240
PMID:34124163
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研究论文 | 本研究通过共识聚类和系统生物信息学分析，基于DNA甲基化数据识别出肝细胞癌（HCC）的风险预测标志物，并探索其在肿瘤免疫微环境（TIME）和肿瘤突变负荷（TMB）中的作用 | 首次根据DNA甲基化将HCC样本分为不同集群，并生成了基于CpG的预测性标志物和定量列线图，精确预测预后 | NA | 探索DNA甲基化在肝细胞癌中的预后意义及其在肿瘤免疫微环境和肿瘤突变负荷中的作用 | 肝细胞癌（HCC）样本的DNA甲基化数据及其在预后预测中的应用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 共识聚类、系统生物信息学分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞RNA测序分析、实时定量聚合酶链反应 | NA | DNA甲基化数据、基因表达数据 | HCC样本被分为七个亚型，具体样本数量未明确提及 |
| 466 | 2024-08-08 |
Identification of CD8+ T Cell-Related Genes: Correlations with Immune Phenotypes and Outcomes of Liver Cancer
2021, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2021/9960905
PMID:34124275
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研究论文 | 本文通过计算生物学方法确定促进CD8+ T淋巴细胞浸润的共表达基因网络，并分析其与肝癌免疫表型和治疗结果的相关性。 | 本文首次确定了与CD8+ T淋巴细胞高浸润比例正相关的共表达基因，这些基因在抗原呈递过程中发挥作用，为免疫治疗不敏感的患者提供了新的研究方向。 | NA | 研究CD8+ T淋巴细胞相关的共表达基因网络，探讨其与肝癌免疫治疗效果的关系。 | 肝癌患者的基因表达矩阵、临床随访信息数据以及单核苷酸多态性数据。 | 数字病理学 | 肝癌 | WGCNA | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA数据库中的肝癌基因矩阵和临床随访信息数据 |
| 467 | 2024-08-08 |
Single-Cell Trajectory Inference Guided Enhancement of Thyroid Maturation In Vitro Using TGF-Beta Inhibition
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.657195
PMID:34135860
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞转变的分子步骤，并通过抑制TGF-beta通路提高了甲状腺器官体外成熟度 | 首次系统全面地识别了在甲状腺器官生产过程中产生的细胞类型，并通过药物抑制TGF-beta通路提高了甲状腺成熟度 | NA | 提高甲状腺器官体外成熟度的效率，为甲状腺疾病的再生医学治疗提供新途径 | 小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞的转变过程及甲状腺器官的成熟 | 数字病理学 | 甲状腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 468 | 2024-08-08 |
Signatures of B Cell Receptor Repertoire Following Pneumocystis Infection
2021, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2021.636250
PMID:34135870
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞BCR测序技术，研究了未感染和感染后1-4周小鼠肺部免疫细胞中B细胞受体（BCR）谱的变化 | 首次详细描述了感染过程中B细胞反应的动态变化，包括浆细胞和幼稚B细胞子集的特征变化 | NA | 研究感染过程中B细胞受体谱的特征变化 | 小鼠肺部免疫细胞中的B细胞受体谱 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞BCR测序 | NA | RNA序列，BCR序列 | 未感染和感染后1-4周的小鼠肺部免疫细胞 |
| 469 | 2024-08-08 |
Single-Cell Profiling Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Crosstalk in Anti-PLA2R Positive Idiopathic Membranous Nephropathy Patients
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.683330
PMID:34135910
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了6名抗PLA2R阳性特发性膜性肾病（IMN）患者和2名健康对照者的肾样本，以揭示单细胞分辨率下的转录组图谱 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了IMN患者的转录组特征和细胞间对话，特别是发现了肾小管细胞中与炎症和免疫反应相关的差异表达基因 | 研究样本量较小，仅包括6名IMN患者和2名健康对照者，可能影响结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示特发性膜性肾病患者的细胞间相互作用和关键通路，以识别新的治疗靶点 | 抗PLA2R阳性特发性膜性肾病患者的肾样本 | 数字病理学 | 特发性膜性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名IMN患者和2名健康对照者的肾样本 |
| 470 | 2024-08-08 |
scDA: Single cell discriminant analysis for single-cell RNA sequencing data
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.05.046
PMID:34141142
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scDA的单细胞判别分析方法，用于处理单细胞RNA测序数据，能够同时识别细胞群和判别元基因，并通过构建细胞表示图来注释未标记的细胞 | scDA方法在确定细胞类型方面表现有效，并且在推断新样本标签时优于几种最先进的方法，尤其对丢失事件不敏感，能够从少量数据中学习后标记大量细胞 | NA | 开发一种有效的方法来分析大规模或来自不同批次的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群和判别元基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及十一个数据集的细胞 |
| 471 | 2024-08-08 |
A MicroRNA-Based Network Provides Potential Predictive Signatures and Reveals the Crucial Role of PI3K/AKT Signaling for Hepatic Lineage Maturation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.670059
PMID:34141708
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研究论文 | 本研究探讨了胆管树干细胞（BTSCs）向成熟肝细胞（hAHeps）分化过程中，特定的“转录因子（TF）-miRNA-目标”调控网络的作用 | 揭示了miRNA在正常细胞谱系承诺中的作用，并建立了肝细胞谱系承诺的“TF-miRNA-目标”调控网络 | NA | 研究miRNA在肝细胞谱系成熟过程中的调控作用及其对PI3K/AKT信号通路的影响 | 胆管树干细胞（BTSCs）向成熟肝细胞（hAHeps）的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, microRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及四种人类肝系细胞系：hBTSCs, hHpSCs, hHBs, 和 hAHeps |
| 472 | 2024-08-08 |
Corrigendum: Characterizing Adult Cochlear Supporting Cell Transcriptional Diversity Using Single-Cell RNA-Seq: Validation in the Adult Mouse and Translational Implications for the Adult Human Cochlea
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.699859
PMID:34149357
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 473 | 2024-08-08 |
GRMT: Generative Reconstruction of Mutation Tree From Scratch Using Single-Cell Sequencing Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.692964
PMID:34149820
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GRMT的方法，用于从单细胞测序数据中从头开始生成突变树，以推断肿瘤的突变历史 | GRMT利用-Dollo简约模型，允许每个突变只发生一次且最多丢失一次，通过从零开始生成树结构的方式，逐步增加树的大小，直到包含所有突变，从而有效地恢复突变的时序并适用于大型数据集 | NA | 开发一种高效且准确的方法来重建肿瘤树 | 单细胞测序数据中的肿瘤突变树 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 474 | 2024-08-08 |
Expression of SARS-CoV-2 entry genes ACE2 and TMPRSS2 at single cell resolution in the peripartum decidua
2021, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:34150021
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了分娩期间蜕膜组织中SARS-CoV-2进入基因ACE2和TMPRSS2的表达情况 | 首次在单细胞分辨率下研究了分娩期间蜕膜组织中ACE2的表达异质性及其对SARS-CoV-2感染敏感性的影响 | NA | 研究分娩期间蜕膜组织中ACE2及相关基因的表达情况，探讨其对垂直传播的影响 | 蜕膜组织中的ACE2和TMPRSS2基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 475 | 2024-08-08 |
The Epithelial to Mesenchymal Transition Related Gene Calumenin Is an Adverse Prognostic Factor of Bladder Cancer Correlated With Tumor Microenvironment Remodeling, Gene Mutation, and Ferroptosis
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.683951
PMID:34150647
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研究论文 | 本研究通过多组学生物信息学分析，探讨了膀胱癌中与上皮间质转化相关的基因calumenin（CALU）的作用及其分子机制 | 首次揭示了CALU在膀胱癌中的独立风险因子作用，及其与肿瘤微环境重塑、基因突变和铁死亡的关联 | 研究主要基于生物信息学分析和实验室验证，未来需更多临床试验验证CALU在膀胱癌治疗中的实际应用 | 探讨CALU在膀胱癌中的作用及其对患者预后的影响 | 膀胱癌患者样本及CALU基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 多组学生物信息学分析、单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学 | NA | 基因表达数据 | 408名TCGA膀胱癌患者 |
| 476 | 2024-08-08 |
S100A9 Derived From Myeloma Associated Myeloid Cells Promotes TNFSF13B/TNFRSF13B-Dependent Proliferation and Survival of Myeloma Cells
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.691705
PMID:34150664
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研究论文 | 研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）中髓系细胞来源的S100A9如何通过TNFSF13B/TNFRSF13B依赖性途径促进骨髓瘤细胞的增殖和生存 | 揭示了髓系细胞通过S100A9促进骨髓瘤细胞增殖和生存的新机制 | NA | 探究髓系细胞在多发性骨髓瘤中的作用机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞及髓系细胞 | NA | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA | 来自多发性骨髓瘤患者的样本 |
| 477 | 2024-08-08 |
TBX20 Contributes to Balancing the Differentiation of Perivascular Adipose-Derived Stem Cells to Vascular Lineages and Neointimal Hyperplasia
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.662704
PMID:34150759
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研究论文 | 本研究探讨了周围血管脂肪源性干细胞（PVASCs）向平滑肌细胞（SMCs）和内皮细胞（ECs）分化的机制及其在新生内膜增生中的功能 | 发现TBX20在PVASCs中的独特表达，并揭示了TBX20在调控PVASCs向SMCs和ECs分化中的作用 | NA | 研究PVASC分化为SMCs和ECs的机制及其在新生内膜增生中的功能 | 周围血管脂肪源性干细胞（PVASCs） | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序、批量mRNA测序、免疫荧光、定量实时PCR（QPCR）、Western blot | NA | mRNA | NA |
| 478 | 2024-08-08 |
Exposure to Copper Compromises the Maturational Competency of Porcine Oocytes by Impairing Mitochondrial Function
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.678665
PMID:34150773
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研究论文 | 研究了过量铜对猪卵母细胞成熟和细胞器功能的影响 | 首次探讨了过量铜对母猪生殖性能的影响，并揭示了其对卵母细胞成熟和线粒体功能的损害机制 | NA | 探讨过量铜对猪卵母细胞成熟和细胞器功能的影响 | 猪卵母细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | NA |
| 479 | 2024-08-08 |
A Subpopulation of Schwann Cell-Like Cells With Nerve Regeneration Signatures Is Identified Through Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.637924
PMID:34093220
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人羊膜间充质干细胞衍生的类施万细胞在促进周围神经再生中的异质性和潜在分子机制 | 首次鉴定出一亚群高度表达与施万细胞增殖、迁移和生存相关基因的类施万细胞，这些细胞可能是在神经再生中的关键群体 | NA | 探究类施万细胞在治疗周围神经再生中的异质性和潜在分子机制 | 人羊膜间充质干细胞衍生的类施万细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6,008个人羊膜间充质干细胞单细胞和5,140个类施万细胞单细胞 |
| 480 | 2024-08-08 |
A Sight on Single-Cell Transcriptomics in Plants Through the Prism of Cell-Based Computational Modeling Approaches: Benefits and Challenges for Data Analysis
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.652974
PMID:34093652
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综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在植物研究中的应用及其通过基于细胞的计算模型在数据分析中的优势和挑战 | 探讨了单细胞转录组数据与植物形态发生模型结合的新机会，以及显微镜和细胞分辨率成像技术在解决单细胞转录组数据空间问题中的前景 | 集成转录组到形态发生水平的数据在一个统一系统中仍存在困难 | 探讨单细胞转录组技术在植物组织结构形成研究中的应用及其计算模型分析方法 | 植物组织的单细胞转录组数据及其在形态发生中的应用 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组技术 | 基于细胞的计算模型 | 转录组数据 | NA |