单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 461 | 2024-08-08 |
Ligand-Receptor Interactions Elucidate Sex-Specific Pathways in the Trajectory From Primordial Germ Cells to Gonia During Human Development
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.661243
PMID:34222234
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研究论文 | 本文通过分析人类胎儿性腺的单细胞转录组数据，揭示了在人类发育过程中从原始生殖细胞（PGCs）到精原细胞（gonia）的性别特异性分子交互作用 | 首次系统分析了发育中人类性腺的信号环境，并揭示了人类前减数生殖细胞发育中的性别特异性信号通路 | 目前无法在没有性腺组织的情况下模拟PGCs到gonia的转变 | 理解从PGCs到前减数卵原细胞或精原细胞的转变过程，并识别在逐步重建人类配子发生中感兴趣的性别特异性信号通路 | 人类胎儿性腺中的原始生殖细胞及其向精原细胞的性别特异性转变 | NA | NA | 单细胞转录组学 | CellPhoneDB算法 | 转录组数据 | 人类胎儿性腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 462 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of the zebrafish embryonic trunk
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0254024
PMID:34234366
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术对斑马鱼胚胎躯干区域的20,000多个细胞进行了转录组分析 | 首次详细描述了斑马鱼胚胎发育过程中27种不同细胞类型和亚型的转录特征 | NA | 研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞分化和转录特征 | 斑马鱼胚胎躯干区域的细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 20,000多个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 463 | 2024-08-08 |
Evolution of Developmental Programs for the Midline Structures in Chordates: Insights From Gene Regulation in the Floor Plate and Hypochord Homologues of Ciona Embryos
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.704367
PMID:34235159
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研究论文 | 本文研究了脊索动物中线结构的发育程序的进化，特别是通过基因调控在Ciona胚胎的底板和同源的腹索中的表达。 | 发现了驱动报告基因在底板中表达的调控区域，并揭示了底板和内胚层带共享部分基因调控程序，以及FoxA.a作为中线基因组的候选转录激活因子。 | NA | 探讨脊索动物中线结构的发育程序的进化起源。 | Ciona胚胎的底板和腹索的基因调控。 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | Ciona尾芽胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 464 | 2024-08-08 |
Marker Genes Change of Synovial Fibroblasts in Rheumatoid Arthritis Patients
2021, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2021/5544264
PMID:34195267
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析了类风湿性关节炎（RA）和骨关节炎（OA）患者的滑膜成纤维细胞的标志基因变化 | 首次通过单细胞RNA测序和蛋白质相互作用网络分析，确定了RA和OA的特定细胞亚群及其关键基因，并验证了这些基因在临床样本中的表达差异 | 研究仅使用了两个公开数据集，可能需要更多样本和数据集来验证结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别和验证RA患者的滑膜成纤维细胞中的关键基因，以作为诊断和治疗的新靶点 | 类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE109449和GSE56409两个数据集中的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 465 | 2024-08-08 |
Revealing immune responses in the Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis-infected THP-1 cells using single cell RNA-sequencing
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0254194
PMID:34214113
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人THP-1细胞在感染Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis（MAP）后的免疫反应 | 发现了由THP-1细胞分化出的新型细胞类型Mreg细胞，并揭示了不同细胞类型在相同条件下对MAP感染的反应差异 | NA | 探究MAP感染后人THP-1细胞的初始反应，以阐明Crohn's疾病的病理机制 | 人THP-1细胞在MAP感染后的免疫反应 | 数字病理学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | THP-1细胞被分为七个不同的集群进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 466 | 2024-08-08 |
Metformin, Macrophage Dysfunction and Atherosclerosis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.682853
PMID:34163481
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研究论文 | 本文探讨了二甲双胍对巨噬细胞功能及动脉粥样硬化的影响 | 文章总结了二甲双胍通过多种机制调节巨噬细胞功能，并讨论了未来的研究方向，如单细胞RNA测序、中性粒细胞外陷阱、表观遗传修饰及基于二甲双胍的联合药物 | NA | 探讨二甲双胍如何通过改善巨噬细胞功能来扩展其多效性药理作用 | 二甲双胍对巨噬细胞功能的影响及其在动脉粥样硬化等疾病中的作用 | NA | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 467 | 2024-08-08 |
Single-Cell TCR and Transcriptome Analysis: An Indispensable Tool for Studying T-Cell Biology and Cancer Immunotherapy
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.689091
PMID:34163487
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review | 本文综述了单细胞技术在T细胞研究中的应用，包括T细胞受体（TCR）和转录组分析，并讨论了其在T细胞介导的癌症免疫治疗中的重要性。 | 单细胞技术不仅验证了传统方法的观察结果，还为新发现铺平了道路，如先前未被识别的潜在影响自身免疫或癌症患者临床结果的T细胞亚群。 | NA | 探讨单细胞技术在T细胞生物学和癌症免疫治疗研究中的应用。 | T细胞及其在免疫反应、自身免疫、传染病和癌症免疫治疗中的作用。 | digital pathology | cancer | single-cell sequencing | NA | single-cell data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 468 | 2024-08-08 |
Cyclophosphamide Exposure Causes Long-Term Detrimental Effect of Oocytes Developmental Competence Through Affecting the Epigenetic Modification and Maternal Factors' Transcription During Oocyte Growth
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.682060
PMID:34164401
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研究论文 | 研究环磷酰胺暴露对卵母细胞发育能力长期负面影响及其通过影响表观遗传修饰和母源因子转录的作用机制 | 首次揭示了环磷酰胺治疗后卵母细胞质量下降的分子机制，并提出了通过LPA促进YAP1核定位来改善环磷酰胺修复胚胎发育能力的新策略 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨环磷酰胺暴露对卵母细胞发育能力的长期影响及其分子机制 | 环磷酰胺治疗后的小鼠卵母细胞及其胚胎发育能力 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠接受单次环磷酰胺治疗（100 mg/kg）后47天的卵母细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 469 | 2024-08-08 |
Identification of Liver Cancer Stem Cell Stemness Markers Using a Comparative Analysis of Public Data Sets
2021, Stem cells and cloning : advances and applications
DOI:10.2147/SCCAA.S307043
PMID:34168465
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研究论文 | 本研究通过对比分析公共数据集中的单细胞转录组数据，识别肝癌干细胞的干性标志物 | 本研究利用公开的肝癌和肝祖细胞类型的单细胞RNA测序数据，通过EdgeR差异表达分析，发现了一些干性标志物在癌症干细胞中的显著上调表达 | NA | 旨在通过对比重分析单细胞转录组数据，深入了解癌症干细胞的特性及其在肿瘤发生中的作用 | 肝癌干细胞及其干性标志物 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了公开的肝癌和肝祖细胞类型的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 470 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-seq Identification of the Cellular Molecular Characteristics of Sporadic Bilateral Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.659251
PMID:34168986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了散发性双侧透明细胞肾细胞癌的细胞分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了双侧透明细胞肾细胞癌在单细胞转录组水平的转录组特征 | NA | 研究散发性双侧肾细胞癌的细胞分子特征，为临床治疗提供指导 | 散发性双侧透明细胞肾细胞癌 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从左、右肿瘤组织分别捕获了3,575和3,568个高质量的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 471 | 2024-08-08 |
High PYGL Expression Predicts Poor Prognosis in Human Gliomas
2021, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2021.652931
PMID:34177761
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析基因转录组和单细胞测序数据，探讨了高PYGL表达在胶质瘤患者中的预测价值 | 首次通过单细胞测序数据分析了PYGL在不同细胞群中的高表达，并揭示了其潜在的预测机制 | NA | 研究高PYGL表达在胶质瘤患者中的预测价值及其潜在机制 | 胶质瘤患者的PYGL表达水平及其对预后的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 595名胶质瘤患者和7,930个GBM细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 472 | 2024-08-08 |
Computational analysis of alternative polyadenylation from standard RNA-seq and single-cell RNA-seq data
2021, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2021.03.015
PMID:34183123
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研究论文 | 本文总结了分析标准RNA-seq和单细胞RNA-seq数据中可变多聚腺苷酸化（APA）的计算方法，并详细描述了两种先进的生物信息学算法DaPars和scDaPars | 介绍了DaPars和scDaPars两种先进的生物信息学算法，用于分析APA | NA | 总结和描述分析APA的计算方法 | 标准RNA-seq和单细胞RNA-seq数据中的APA | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 473 | 2024-08-08 |
Construction of a Promising Tumor-Infiltrating CD8+ T Cells Gene Signature to Improve Prediction of the Prognosis and Immune Response of Uveal Melanoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.673838
PMID:34124058
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研究论文 | 本文构建了一个与肿瘤浸润性CD8+ T细胞相关的基因特征，用于改善葡萄膜黑色素瘤的预后和免疫反应预测 | 本研究构建了一个新的基因特征，用于预测葡萄膜黑色素瘤的预后和免疫治疗反应，可能作为有前景的治疗靶点 | NA | 理解肿瘤浸润性CD8+ T细胞在葡萄膜黑色素瘤中的作用，以预测预后和免疫治疗反应 | 葡萄膜黑色素瘤患者的肿瘤浸润性CD8+ T细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 从GSE139829的单细胞RNA测序中筛选出202个CDIRGs，并在多个葡萄膜黑色素瘤的批量RNA测序数据集中验证了包含三个CDIRGs（IFNGR1，ANXA6和TANK）的基因特征 | NA | NA | NA | NA |
| 474 | 2024-08-08 |
Immunological Significance of Prognostic DNA Methylation Sites in Hepatocellular Carcinoma
2021, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2021.683240
PMID:34124163
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研究论文 | 本研究通过共识聚类和系统生物信息学分析，基于DNA甲基化数据识别出肝细胞癌（HCC）的风险预测标志物，并探索其在肿瘤免疫微环境（TIME）和肿瘤突变负荷（TMB）中的作用 | 首次根据DNA甲基化将HCC样本分为不同集群，并生成了基于CpG的预测性标志物和定量列线图，精确预测预后 | NA | 探索DNA甲基化在肝细胞癌中的预后意义及其在肿瘤免疫微环境和肿瘤突变负荷中的作用 | 肝细胞癌（HCC）样本的DNA甲基化数据及其在预后预测中的应用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 共识聚类、系统生物信息学分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞RNA测序分析、实时定量聚合酶链反应 | NA | DNA甲基化数据、基因表达数据 | HCC样本被分为七个亚型，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 475 | 2024-08-08 |
Identification of CD8+ T Cell-Related Genes: Correlations with Immune Phenotypes and Outcomes of Liver Cancer
2021, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2021/9960905
PMID:34124275
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研究论文 | 本文通过计算生物学方法确定促进CD8+ T淋巴细胞浸润的共表达基因网络，并分析其与肝癌免疫表型和治疗结果的相关性。 | 本文首次确定了与CD8+ T淋巴细胞高浸润比例正相关的共表达基因，这些基因在抗原呈递过程中发挥作用，为免疫治疗不敏感的患者提供了新的研究方向。 | NA | 研究CD8+ T淋巴细胞相关的共表达基因网络，探讨其与肝癌免疫治疗效果的关系。 | 肝癌患者的基因表达矩阵、临床随访信息数据以及单核苷酸多态性数据。 | 数字病理学 | 肝癌 | WGCNA | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA数据库中的肝癌基因矩阵和临床随访信息数据 | NA | NA | NA | NA |
| 476 | 2024-08-08 |
Single-Cell Trajectory Inference Guided Enhancement of Thyroid Maturation In Vitro Using TGF-Beta Inhibition
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.657195
PMID:34135860
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞转变的分子步骤，并通过抑制TGF-beta通路提高了甲状腺器官体外成熟度 | 首次系统全面地识别了在甲状腺器官生产过程中产生的细胞类型，并通过药物抑制TGF-beta通路提高了甲状腺成熟度 | NA | 提高甲状腺器官体外成熟度的效率，为甲状腺疾病的再生医学治疗提供新途径 | 小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞的转变过程及甲状腺器官的成熟 | 数字病理学 | 甲状腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 477 | 2024-08-08 |
Signatures of B Cell Receptor Repertoire Following Pneumocystis Infection
2021, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2021.636250
PMID:34135870
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞BCR测序技术，研究了未感染和感染后1-4周小鼠肺部免疫细胞中B细胞受体（BCR）谱的变化 | 首次详细描述了感染过程中B细胞反应的动态变化，包括浆细胞和幼稚B细胞子集的特征变化 | NA | 研究感染过程中B细胞受体谱的特征变化 | 小鼠肺部免疫细胞中的B细胞受体谱 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞BCR测序 | NA | RNA序列，BCR序列 | 未感染和感染后1-4周的小鼠肺部免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 478 | 2024-08-08 |
Single-Cell Profiling Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Crosstalk in Anti-PLA2R Positive Idiopathic Membranous Nephropathy Patients
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.683330
PMID:34135910
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了6名抗PLA2R阳性特发性膜性肾病（IMN）患者和2名健康对照者的肾样本，以揭示单细胞分辨率下的转录组图谱 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了IMN患者的转录组特征和细胞间对话，特别是发现了肾小管细胞中与炎症和免疫反应相关的差异表达基因 | 研究样本量较小，仅包括6名IMN患者和2名健康对照者，可能影响结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示特发性膜性肾病患者的细胞间相互作用和关键通路，以识别新的治疗靶点 | 抗PLA2R阳性特发性膜性肾病患者的肾样本 | 数字病理学 | 特发性膜性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名IMN患者和2名健康对照者的肾样本 | NA | NA | NA | NA |
| 479 | 2024-08-08 |
scDA: Single cell discriminant analysis for single-cell RNA sequencing data
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.05.046
PMID:34141142
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDA的单细胞判别分析方法，用于处理单细胞RNA测序数据，能够同时识别细胞群和判别元基因，并通过构建细胞表示图来注释未标记的细胞 | scDA方法在确定细胞类型方面表现有效，并且在推断新样本标签时优于几种最先进的方法，尤其对丢失事件不敏感，能够从少量数据中学习后标记大量细胞 | NA | 开发一种有效的方法来分析大规模或来自不同批次的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群和判别元基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及十一个数据集的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 480 | 2024-08-08 |
A MicroRNA-Based Network Provides Potential Predictive Signatures and Reveals the Crucial Role of PI3K/AKT Signaling for Hepatic Lineage Maturation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.670059
PMID:34141708
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研究论文 | 本研究探讨了胆管树干细胞（BTSCs）向成熟肝细胞（hAHeps）分化过程中，特定的“转录因子（TF）-miRNA-目标”调控网络的作用 | 揭示了miRNA在正常细胞谱系承诺中的作用，并建立了肝细胞谱系承诺的“TF-miRNA-目标”调控网络 | NA | 研究miRNA在肝细胞谱系成熟过程中的调控作用及其对PI3K/AKT信号通路的影响 | 胆管树干细胞（BTSCs）向成熟肝细胞（hAHeps）的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, microRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及四种人类肝系细胞系：hBTSCs, hHpSCs, hHBs, 和 hAHeps | NA | NA | NA | NA |