单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-08 |
Identification of Gene Regulatory Networks from Single-Cell Expression Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1534-8_9
PMID:34251624
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研究论文 | 本文描述了一种多步骤计算流程，用于整合单细胞RNA测序数据与DAP-seq和ATAC-seq数据，以预测基因调控网络和关键调控基因 | 利用机器学习方法包括特征选择和稳定性选择来识别候选调控基因，并生成基因调控网络 | NA | 预测植物中的基因调控网络和关键调控基因 | 单细胞RNA测序数据、DAP-seq和ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、DAP-seq、ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 442 | 2024-08-08 |
Inference of Gene Regulatory Network from Single-Cell Transcriptomic Data Using pySCENIC
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1534-8_10
PMID:34251625
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研究论文 | 本文介绍了基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的快速Python实现方法pySCENIC | 提出了pySCENIC这一快速且高效的基因调控网络推断工具，集成了GRNBoost2和GENIE3两种算法 | NA | 旨在利用单细胞RNA测序数据推断细胞特异性的基因调控网络 | 单细胞转录组数据中的基因及其调控因子——转录因子 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 443 | 2024-08-08 |
Single Cell Gene Transcriptome Analysis of Ovarian Mature Teratomas
2021, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2021.604228
PMID:34257564
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了卵巢成熟畸胎瘤的基因转录组 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究卵巢成熟畸胎瘤的基因表达谱 | 研究样本数量较少，仅分析了两个卵巢成熟畸胎瘤样本 | 探讨卵巢成熟畸胎瘤组织与正常组织在基因表达上的相似性或差异性 | 卵巢成熟畸胎瘤的基因转录组 | 数字病理学 | 卵巢肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因转录组数据 | 两个卵巢成熟畸胎瘤样本 |
| 444 | 2024-08-08 |
Complement C7 is Specifically Expressed in Mesangial Cells and is a Potential Diagnostic Biomarker for Diabetic Nephropathy and is Regulated by miR-494-3p and miR-574-5p
2021, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S311725
PMID:34262312
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析和验证，探索糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 首次揭示C7在系膜细胞中特异性表达，是糖尿病肾病的潜在诊断生物标志物，并受miR-494-3p和miR-574-5p调控 | NA | 探索糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），基因本体（GO）注释，基因集富集分析（GSEA），京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用GSE30528和GSE96804数据集的微阵列数据 |
| 445 | 2024-08-08 |
Visualization and Analysis of Gene Expression in Stanford Type A Aortic Dissection Tissue Section by Spatial Transcriptomics
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.698124
PMID:34262602
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术，对斯坦福A型主动脉夹层组织切片中的基因表达进行了可视化和分析 | 开发了一种针对低细胞和高纤维斯坦福A型主动脉夹层的分子方法，并初步探索和可视化了升主动脉类型的异质性及细胞类型特异性基因表达 | NA | 旨在通过空间转录组学技术深入理解斯坦福A型主动脉夹层的病理发生和异质性 | 斯坦福A型主动脉夹层患者的主动脉样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 15名斯坦福A型主动脉夹层患者和1例升主动脉样本 |
| 446 | 2024-08-08 |
Specific Transcriptomic Signatures and Dual Regulation of Steroidogenesis Between Fetal and Adult Mouse Leydig Cells
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.695546
PMID:34262907
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA测序和单细胞RNA测序，比较了胎鼠和成年鼠莱迪细胞的转录组特征，揭示了两者在类固醇生成方面的双重调控机制 | 首次揭示了胎鼠和成年鼠莱迪细胞在类固醇生成方面的双重调控机制，并识别了特定的基因表达模式 | NA | 研究胎鼠和成年鼠莱迪细胞的转录组特征及其在类固醇生成方面的调控机制 | 胎鼠和成年鼠莱迪细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 447 | 2024-08-08 |
Aneuploidy: An Opportunity Within Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2021, Biocell : official journal of the Sociedades Latinoamericanas de Microscopia Electronica ... et. al
IF:0.8Q4
PMID:34267416
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中染色体非整倍体（aneuploidy）的生物信息学应用 | 提出在scRNA-seq数据分析中利用生物信息学管道推断染色体非整倍体，特别是在肿瘤学领域 | NA | 提高各领域对所研究疾病理解的能力 | 单细胞RNA测序数据中的染色体非整倍体 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因计数表 | 数百个基因 |
| 448 | 2024-08-08 |
Decreased MEF2A Expression Regulated by Its Enhancer Methylation Inhibits Autophagy and May Play an Important Role in the Progression of Alzheimer's Disease
2021, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2021.682247
PMID:34220439
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法分析多种微阵列和测序数据集，旨在识别与阿尔茨海默病（AD）发病机制相关的自噬相关基因，并探讨其在AD发病中的作用，以发现预防和治疗AD的新策略。 | 研究首次揭示了MEF2A增强子甲基化水平升高与AD发病机制中自噬抑制的关联，为AD的预防和治疗提供了新的分子靶点。 | 研究主要依赖于生物信息学分析和微阵列数据，可能需要进一步的实验验证以确认结果的可靠性。 | 识别与阿尔茨海默病发病机制相关的自噬相关基因，并探讨其在疾病进展中的作用。 | 阿尔茨海默病（AD）及其相关的自噬过程。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 微阵列分析，单细胞测序 | NA | 基因表达数据，甲基化数据 | 多种微阵列和测序数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 449 | 2024-08-08 |
9-Gene Signature Correlated With CD8+ T Cell Infiltration Activated by IFN-γ: A Biomarker of Immune Checkpoint Therapy Response in Melanoma
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.622563
PMID:34220795
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研究论文 | 本研究旨在识别与黑色素瘤中CD8+ T细胞浸润相关的因子及其共表达网络，并阐明黑色素瘤肿瘤微环境中CD8+ T细胞相关基因的相互作用 | 本研究首次识别了与CD8+ T细胞浸润相关的九基因标志物，并证实其在免疫检查点抑制剂治疗反应中的重要预测意义 | NA | 识别与CD8+ T细胞浸润相关的基因标志物，并探讨其在黑色素瘤免疫治疗反应中的作用 | 黑色素瘤及其癌旁组织的mRNA表达矩阵，以及CD8+ T细胞的比例和肿瘤微环境纯度 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | CIBERSORT算法，加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序，免疫组化 | NA | mRNA表达数据 | 来自TCGA-SKCM和GSE65904的数据集 |
| 450 | 2024-08-08 |
Visual Genomics Analysis Studio as a Tool to Analyze Multiomic Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.642012
PMID:34220932
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review | 本文介绍了Visual Genomics Analysis Studio（VGAS）这一先进的多组学单细胞数据分析和可视化工具，旨在帮助研究人员无需高级生物信息学知识即可分析复杂的免疫细胞数据 | VGAS提供了一个用户友好的界面，无需用户编写代码或访问高性能计算机，通过内置的优化代码提供快速直观的分析工具 | NA | 介绍和评估VGAS在多组学单细胞数据分析中的应用 | 多组学单细胞数据，特别是TCR-RNA-CITE-seq数据 | genomics | NA | single-cell sequencing | NA | single-cell data | NA |
| 451 | 2024-08-08 |
No evidence that plasmablasts transdifferentiate into developing neutrophils in severe COVID-19 disease
2021, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.1308
PMID:34221402
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研究论文 | 本文探讨了在严重COVID-19疾病中，浆母细胞是否能转化为'发育中的中性粒细胞'的问题 | 本文通过重新分析原始数据和代码，揭示了浆母细胞与发育中的中性粒细胞之间的谱系关系在未回归关键特征时会崩溃 | 在生物信息学分析和数据解释时应谨慎，并应通过正交技术交叉验证 | 验证浆母细胞在严重COVID-19疾病中是否能转化为发育中的中性粒细胞 | 浆母细胞和发育中的中性粒细胞 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 452 | 2024-08-08 |
Ligand-Receptor Interactions Elucidate Sex-Specific Pathways in the Trajectory From Primordial Germ Cells to Gonia During Human Development
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.661243
PMID:34222234
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研究论文 | 本文通过分析人类胎儿性腺的单细胞转录组数据，揭示了在人类发育过程中从原始生殖细胞（PGCs）到精原细胞（gonia）的性别特异性分子交互作用 | 首次系统分析了发育中人类性腺的信号环境，并揭示了人类前减数生殖细胞发育中的性别特异性信号通路 | 目前无法在没有性腺组织的情况下模拟PGCs到gonia的转变 | 理解从PGCs到前减数卵原细胞或精原细胞的转变过程，并识别在逐步重建人类配子发生中感兴趣的性别特异性信号通路 | 人类胎儿性腺中的原始生殖细胞及其向精原细胞的性别特异性转变 | NA | NA | 单细胞转录组学 | CellPhoneDB算法 | 转录组数据 | 人类胎儿性腺样本 |
| 453 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of the zebrafish embryonic trunk
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0254024
PMID:34234366
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术对斑马鱼胚胎躯干区域的20,000多个细胞进行了转录组分析 | 首次详细描述了斑马鱼胚胎发育过程中27种不同细胞类型和亚型的转录特征 | NA | 研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞分化和转录特征 | 斑马鱼胚胎躯干区域的细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 20,000多个细胞 |
| 454 | 2024-08-08 |
Evolution of Developmental Programs for the Midline Structures in Chordates: Insights From Gene Regulation in the Floor Plate and Hypochord Homologues of Ciona Embryos
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.704367
PMID:34235159
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研究论文 | 本文研究了脊索动物中线结构的发育程序的进化，特别是通过基因调控在Ciona胚胎的底板和同源的腹索中的表达。 | 发现了驱动报告基因在底板中表达的调控区域，并揭示了底板和内胚层带共享部分基因调控程序，以及FoxA.a作为中线基因组的候选转录激活因子。 | NA | 探讨脊索动物中线结构的发育程序的进化起源。 | Ciona胚胎的底板和腹索的基因调控。 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | Ciona尾芽胚胎 |
| 455 | 2024-08-08 |
Marker Genes Change of Synovial Fibroblasts in Rheumatoid Arthritis Patients
2021, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2021/5544264
PMID:34195267
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析了类风湿性关节炎（RA）和骨关节炎（OA）患者的滑膜成纤维细胞的标志基因变化 | 首次通过单细胞RNA测序和蛋白质相互作用网络分析，确定了RA和OA的特定细胞亚群及其关键基因，并验证了这些基因在临床样本中的表达差异 | 研究仅使用了两个公开数据集，可能需要更多样本和数据集来验证结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别和验证RA患者的滑膜成纤维细胞中的关键基因，以作为诊断和治疗的新靶点 | 类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE109449和GSE56409两个数据集中的样本 |
| 456 | 2024-08-08 |
Revealing immune responses in the Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis-infected THP-1 cells using single cell RNA-sequencing
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0254194
PMID:34214113
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人THP-1细胞在感染Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis（MAP）后的免疫反应 | 发现了由THP-1细胞分化出的新型细胞类型Mreg细胞，并揭示了不同细胞类型在相同条件下对MAP感染的反应差异 | NA | 探究MAP感染后人THP-1细胞的初始反应，以阐明Crohn's疾病的病理机制 | 人THP-1细胞在MAP感染后的免疫反应 | 数字病理学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | THP-1细胞被分为七个不同的集群进行分析 |
| 457 | 2024-08-08 |
Metformin, Macrophage Dysfunction and Atherosclerosis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.682853
PMID:34163481
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研究论文 | 本文探讨了二甲双胍对巨噬细胞功能及动脉粥样硬化的影响 | 文章总结了二甲双胍通过多种机制调节巨噬细胞功能，并讨论了未来的研究方向，如单细胞RNA测序、中性粒细胞外陷阱、表观遗传修饰及基于二甲双胍的联合药物 | NA | 探讨二甲双胍如何通过改善巨噬细胞功能来扩展其多效性药理作用 | 二甲双胍对巨噬细胞功能的影响及其在动脉粥样硬化等疾病中的作用 | NA | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 458 | 2024-08-08 |
Single-Cell TCR and Transcriptome Analysis: An Indispensable Tool for Studying T-Cell Biology and Cancer Immunotherapy
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.689091
PMID:34163487
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review | 本文综述了单细胞技术在T细胞研究中的应用，包括T细胞受体（TCR）和转录组分析，并讨论了其在T细胞介导的癌症免疫治疗中的重要性。 | 单细胞技术不仅验证了传统方法的观察结果，还为新发现铺平了道路，如先前未被识别的潜在影响自身免疫或癌症患者临床结果的T细胞亚群。 | NA | 探讨单细胞技术在T细胞生物学和癌症免疫治疗研究中的应用。 | T细胞及其在免疫反应、自身免疫、传染病和癌症免疫治疗中的作用。 | digital pathology | cancer | single-cell sequencing | NA | single-cell data | NA |
| 459 | 2024-08-08 |
Cyclophosphamide Exposure Causes Long-Term Detrimental Effect of Oocytes Developmental Competence Through Affecting the Epigenetic Modification and Maternal Factors' Transcription During Oocyte Growth
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.682060
PMID:34164401
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研究论文 | 研究环磷酰胺暴露对卵母细胞发育能力长期负面影响及其通过影响表观遗传修饰和母源因子转录的作用机制 | 首次揭示了环磷酰胺治疗后卵母细胞质量下降的分子机制，并提出了通过LPA促进YAP1核定位来改善环磷酰胺修复胚胎发育能力的新策略 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨环磷酰胺暴露对卵母细胞发育能力的长期影响及其分子机制 | 环磷酰胺治疗后的小鼠卵母细胞及其胚胎发育能力 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠接受单次环磷酰胺治疗（100 mg/kg）后47天的卵母细胞样本 |
| 460 | 2024-08-08 |
Identification of Liver Cancer Stem Cell Stemness Markers Using a Comparative Analysis of Public Data Sets
2021, Stem cells and cloning : advances and applications
DOI:10.2147/SCCAA.S307043
PMID:34168465
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研究论文 | 本研究通过对比分析公共数据集中的单细胞转录组数据，识别肝癌干细胞的干性标志物 | 本研究利用公开的肝癌和肝祖细胞类型的单细胞RNA测序数据，通过EdgeR差异表达分析，发现了一些干性标志物在癌症干细胞中的显著上调表达 | NA | 旨在通过对比重分析单细胞转录组数据，深入了解癌症干细胞的特性及其在肿瘤发生中的作用 | 肝癌干细胞及其干性标志物 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了公开的肝癌和肝祖细胞类型的单细胞RNA测序数据 |