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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Diversification of molecularly defined myenteric neuron classes revealed by single-cell RNA sequencing
2021-01, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-00736-x
PMID:33288908
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠肌间神经丛中12种神经元类群的分子分类体系 | 发现了神经元多样化的新机制——两个神经元类群通过二元神经源性分支产生,其他身份通过有丝分裂后分化形成 | 研究仅限于小鼠小肠肌间神经丛,人类或其他肠道区域的适用性尚待验证 | 建立肠道神经系统神经元的分子分类体系并解析其发育机制 | 小鼠小肠肌间神经丛神经元 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Congenital heart disease risk loci identified by genome-wide association study in European patients
2021-01-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI141837
PMID:33201861
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研究论文 | 通过欧洲患者全基因组关联研究识别先天性心脏病的风险基因位点 | 首次在欧洲人群中通过大规模GWAS识别出与先天性心脏病相关的多个新风险基因位点,并进行了功能验证 | 研究仅限于欧洲白人群体,样本多样性不足 | 识别先天性心脏病的遗传风险因素并进行功能分析 | 4034名白人先天性心脏病患者和8486名健康对照 | 基因组学 | 先天性心脏病 | GWAS, 单细胞RNA测序, 干细胞分化 | NA | 基因组数据, 基因表达数据 | 4034例患者和8486例对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析 | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
Glycolytic metabolism of pathogenic T cells enables early detection of GVHD by 13C-MRI
2021-01-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020005770
PMID:32785680
|
研究论文 | 本研究通过13C-MRI代谢成像技术无创检测GVHD早期病理变化 | 首次利用超极化13C-丙酮酸磁共振成像技术检测GVHD早期T细胞糖酵解代谢活性变化 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本数据仅为初步结果 | 开发GVHD早期无创诊断方法 | 同种异体造血干细胞移植后的GVHD病理过程 | 医学影像 | 移植物抗宿主病 | 13C-MRI,单细胞测序,转录组分析,代谢活性分析 | NA | 影像数据,转录组数据,代谢数据 | 慢性GVHD小鼠模型及AHSCT患者初步样本 | NA | 单细胞RNA测序,代谢成像 | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
Decoding myofibroblast origins in human kidney fibrosis
2021-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2941-1
PMID:33176333
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示人类肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和异质性 | 首次在人类肾脏纤维化中高分辨率绘制所有基质产生细胞图谱,鉴定周细胞和成纤维细胞亚群为肌成纤维细胞主要来源 | 研究同时使用小鼠模型数据,人类样本可能存在种属差异 | 解析人类肾脏纤维化中瘢痕形成细胞的起源和分化机制 | 健康与纤维化人类肾脏的近端和非近端小管细胞 | 单细胞生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 空间转录组学, 遗传命运追踪 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 空间基因表达数据 | 健康与纤维化人类肾脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Hematopoietic Cells
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0810-4_9
PMID:33165847
|
研究论文 | 本文介绍了两种最常用的造血细胞单细胞RNA测序方法:Smart-Seq2和10× Genomics的详细实验方案 | 系统比较了板式与液滴式两种单细胞RNA测序平台在造血细胞研究中的应用 | 未涉及具体实验数据的分析结果 | 为造血细胞的单细胞转录组研究提供实验方法指导 | 造血细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics液滴式单细胞RNA测序平台 |
| 26 | 2025-10-06 |
Intravenous nanoparticle vaccination generates stem-like TCF1+ neoantigen-specific CD8+ T cells
2021-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-00810-3
PMID:33139915
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研究论文 | 本研究探讨了静脉注射纳米颗粒疫苗如何通过调节疫苗参数优化抗肿瘤免疫反应 | 发现静脉注射纳米颗粒疫苗能特异性生成干细胞样TCF1+新抗原特异性CD8+ T细胞,优于皮下免疫 | 研究仅在治疗模型中验证,尚未进行临床试验 | 优化癌症疫苗参数以增强抗肿瘤免疫反应 | 新抗原特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Cell type prioritization in single-cell data
2021-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0605-1
PMID:32690972
|
研究论文 | 提出一种名为Augur的方法,用于在单细胞数据中优先识别对生物扰动最敏感的细胞类型 | 采用机器学习框架量化扰动与未扰动细胞在高维空间中的可分离性,相比基于差异基因表达的现有方法表现更优 | NA | 开发优先识别对生物扰动最敏感细胞类型的方法 | 单细胞数据中的细胞类型 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序、染色质可及性分析、成像转录组学 | 机器学习框架 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-06 |
The quiescent fraction of chronic myeloid leukemic stem cells depends on BMPR1B, Stat3 and BMP4-niche signals to persist in patients in remission
2021-01-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2019.232793
PMID:32001529
|
研究论文 | 本研究揭示慢性髓系白血病干细胞通过BMPR1B、Stat3和BMP4信号在治疗缓解期维持静息状态的分子机制 | 首次发现BMPR1B+白血病干细胞通过粘附基质细胞获得治疗诱导的静息状态,并证实同时靶向BMPR1B和Jak2/Stat3通路可有效清除残留白血病干细胞 | 研究基于新型持续存在白血病干细胞模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究BMP信号在慢性髓系白血病缓解期残留干细胞持续存在中的作用机制 | 慢性髓系白血病患者的CD34+CD38-白血病干细胞和骨髓基质细胞 | 单细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
Longitudinal Single-Cell Transcriptomics Reveals a Role for Serpina3n-Mediated Resolution of Inflammation in a Mouse Colitis Model
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.004
PMID:33862275
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了小鼠结肠炎模型中炎症消退的细胞动态变化机制 | 首次在单细胞水平上系统描绘结肠炎炎症消退过程中的细胞动态变化,发现Serpina3n在基质细胞中的特异性表达及其促进炎症消退的新功能 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 阐明结肠炎炎症消退过程中的细胞类型变化和相互作用机制 | 化学诱导结肠炎小鼠模型 | 单细胞生物学 | 结肠炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-10-07 |
Neurodevelopmental disorders: 2021 update
2021-Jan, Free neuropathology
|
综述 | 本文总结了2021年神经发育障碍研究领域的最新进展,重点关注遗传学发现和新兴研究技术 | 揭示了神经发育障碍的遗传结构特征,包括独特的基因组DNA甲基化模式和体细胞突变的作用,并介绍了多基因编辑与单细胞RNA测序相结合的新研究范式 | 从遗传学发现到神经病理学机制的转化研究仍面临挑战 | 探讨神经发育障碍的病因学和风险因素 | 神经发育障碍,包括自闭症谱系障碍、发育迟缓、智力残疾和注意力缺陷多动障碍 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,基因组DNA甲基化分析,多基因编辑 | NA | 基因组数据,表观遗传数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous tumor and immune cell populations in early-stage lung adenocarcinomas harboring EGFR mutations
2021-01, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-020-01528-0
PMID:33144684
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示早期EGFR突变肺腺癌中肿瘤和免疫细胞群体的异质性 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘早期EGFR突变肺腺癌的肿瘤微环境异质性,发现ELF3基因在肿瘤进展中的关键作用 | 样本量相对较小(7个肿瘤样本),仅针对早期EGFR突变肺腺癌 | 解析EGFR突变肺腺癌的肿瘤微环境异质性 | 早期肺腺癌患者肿瘤组织和癌旁组织 | 单细胞组学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 125,674个细胞(来自7个I/II期肺腺癌样本和5个癌旁组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2024-12-17 |
Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells
2021-01-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696
PMID:33148662
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性,并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响 | 研究主要基于细胞系,可能无法完全反映患者体内的复杂情况 | 揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性,并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响 | 浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系,以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系,以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-11-18 |
C1QL3 promotes cell-cell adhesion by mediating complex formation between ADGRB3/BAI3 and neuronal pentraxins
2021-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202000351RR
PMID:33337553
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研究论文 | 研究探讨了C1QL3蛋白通过介导ADGRB3和神经元五聚素形成细胞间粘附复合物的作用 | 发现了C1QL3介导的新型细胞间粘附复合物,涉及ADGRB3和两种神经元五聚素NPTX1及NPTXR | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验,缺乏体内功能验证 | 探究C1QL蛋白在神经元突触组织中的作用及其分子机制 | C1QL3蛋白、ADGRB3受体、神经元五聚素NPTX1和NPTXR | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠大脑皮层的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-11-14 |
SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references
2021-01-18, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbz166
PMID:31925417
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研究论文 | 提出了一种名为SCDC的批量基因表达反卷积方法,利用多个单细胞RNA测序参考数据集进行细胞类型特异性基因表达分析 | SCDC采用ENSEMBLE方法整合来自不同实验室和时间的单细胞RNA测序数据,解决了批次效应问题,并在细胞类型分解的准确性上优于现有方法 | NA | 开发一种新的反卷积方法,以提高批量RNA测序数据中细胞类型分解的准确性 | 批量RNA测序数据和多个单细胞RNA测序参考数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq) | ENSEMBLE方法 | 基因表达数据 | 包括人工合成的伪批量样本和实验混合的细胞系,以及人类胰腺胰岛和老鼠乳腺腺体数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-10-26 |
Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 in lung epithelium
2021-01-04, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI140766
PMID:33180746
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达 | 首次揭示了TMPRSS2在不同年龄段小鼠和人类肺组织中的表达变化,并发现TMPRSS2表达与SARS-CoV-2感染细胞的共定位 | 研究主要基于小鼠和人类肺组织的单细胞RNA测序和免疫荧光分析,缺乏更大规模的临床数据支持 | 探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达 | SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及TMPRSS2蛋白酶的年龄相关性表达 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和免疫荧光 | NA | RNA | 小鼠和人类肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-10-16 |
Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20249-2
PMID:33397893
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研究论文 | 本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法 | 本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合,使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间,从而实现成像和测序数据的整合 | NA | 研究目的是整合不同数据模态,以研究细胞异质性及其功能 | 研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 自编码器 | 图像和文本 | 涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-10-07 |
Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models
2021-01, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209620
PMID:33491336
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法 | 提出了scANVI,一种半监督变分推断方法,用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释,并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性 | 未提及 | 旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成模型 | 基因表达数据 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-10-07 |
The Gustatory Sensory G-Protein GNAT3 Suppresses Pancreatic Cancer Progression in Mice
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.08.011
PMID:32882403
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研究论文 | 研究了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用 | 首次探讨了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用,并发现其缺失会增强CXCL1/2-CXCR2轴,促进肿瘤进展 | NA | 探讨味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用 | 胰腺导管腺癌(PDA)进展中的免疫抑制性炎症反应 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了Gnat3-null (Gnat3-/-)小鼠和携带Cre-inducible KrasLSL-G12D/+等位基因的小鼠进行交叉繁殖 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-09-30 |
Cellular Complexity of Hemochorial Placenta: Stem Cell Populations, Insights from scRNA-seq, and SARS-CoV-2 Susceptibility
2021, Current stem cell reports
IF:2.3Q4
DOI:10.1007/s40778-021-00194-6
PMID:34697582
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在研究胎盘细胞类型特异性基因表达模式中的应用,并探讨了SARS-CoV-2感染的潜在性 | 利用单细胞RNA测序技术深入研究了胎盘细胞的基因表达模式,并结合人类胎盘数据探讨了SARS-CoV-2感染的可能性 | 需要进一步研究评估胎盘干细胞在开发新疗法中的应用 | 探讨胎盘发育及其在母胎医学中的重要性 | 胎盘的祖细胞群体及其基因表达模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涉及从胚胎第7天到第12.5天的多个小鼠胎盘样本及部分人类胎盘样本 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-09-21 |
The current landscape of single-cell transcriptomics for cancer immunotherapy
2021-01-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201574
PMID:33601414
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的最新进展 | 单细胞RNA测序揭示了新的关键因素和细胞亚群,这些因素和亚群要么促进肿瘤进展,要么使肿瘤对免疫治疗敏感 | NA | 探讨单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的应用 | 肿瘤微环境和免疫系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |