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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-08 |
A Deep-Learning Pipeline for TSS Coverage Imputation From Shallow Cell-Free DNA Sequencing
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.684238
PMID:34926480
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research paper | 本文介绍了一种用于从浅层游离DNA测序中进行转录起始位点（TSS）覆盖率推算的深度学习流程 | 提出的Autoencoder of cfDNA TSS（AECT）覆盖率推算方法在TSS覆盖率准确性和捕捉潜在生物特征方面优于现有的单细胞测序推算算法 | NA | 开发一种高准确性且成本适中的非侵入性筛查方法 | 游离DNA（cfDNA）的转录起始位点（TSS）覆盖率 | machine learning | breast cancer, rectal cancer | NA | Autoencoder | DNA sequencing data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-08-08 |
MCC Regulator of WNT Signaling Pathway (MCC) Is a Podocyte Essential Gene
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.777563
PMID:34926519
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术检测了小鼠足细胞中WNT信号通路调节因子MCC的表达，并证实了MCC对足细胞的重要性 | 首次证实MCC是足细胞的关键基因，并通过RNA测序和生物信息学分析揭示了MCC在足细胞中的作用机制 | 未发现MCC下调对细胞周期和β-catenin信号活性的显著影响，可能存在其他未检测到的机制 | 探讨MCC在足细胞中的作用及其对足细胞疾病的影响 | 小鼠和人类足细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类足细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-08-08 |
FaDA: A web application for regular laboratory data analyses
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0261083
PMID:34928943
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FaDA的基于网络的应用程序，用于非计算科学家进行常规实验室数据分析 | FaDA提供了一个免费的、直观的界面，使没有生物信息学技能的生物学家能够轻松快速地进行常见的实验室数据分析 | NA | 开发一个通用的网络工具，用于非计算科学家进行常规实验室数据分析 | 常规实验室数据分析工具 | 生物信息学 | NA | R Shiny包 | NA | 实验室数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-08-08 |
Intra-Tumoral Expression of SLC7A11 Is Associated with Immune Microenvironment, Drug Resistance, and Prognosis in Cancers: A Pan-Cancer Analysis
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.770857
PMID:34938318
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研究论文 | 本文通过泛癌分析研究了肿瘤内SLC7A11表达与免疫微环境、药物抗性和癌症预后的关系。 | 首次系统阐述了SLC7A11在多种癌症中的表达及其对患者生存和免疫治疗反应的影响。 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证。 | 探讨SLC7A11在癌症中的表达与患者生存和免疫治疗反应的关系。 | SLC7A11在多种癌症中的表达及其生物学功能。 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞测序, CRISPR, RNAi | NA | 基因表达数据 | 25/27种癌症类型，多种胰腺癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-08-08 |
CREM Is Correlated With Immune-Suppressive Microenvironment and Predicts Poor Prognosis in Gastric Adenocarcinoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.697748
PMID:34938728
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研究论文 | 本研究利用生物信息学方法探讨了转录抑制因子cAMP反应元件调节因子（CREM）在胃腺癌（GAC）中的作用 | 发现CREM的高表达与GAC中的T细胞耗竭和M2极化相关，表明CREM可能作为GAC的预后生物标志物 | NA | 探索CREM在胃腺癌中的作用及其作为预后标志物的潜力 | 胃腺癌（GAC）中的CREM表达及其与免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 胃癌 | 生物信息学方法，单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-08-08 |
Inflammatory Cells Accelerated Carotid Artery Calcification via MMP9: Evidences From Single-Cell Analysis
2021, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2021.766613
PMID:34938784
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析，探讨了炎症细胞通过MMP9加速颈动脉钙化的机制 | 首次揭示了炎症巨噬细胞样VSMCs亚群的存在，并确定了MMP9在VSMCs表型转化中的重要作用 | NA | 研究血管平滑肌细胞在钙化早期的转化过程及其机制 | 颈动脉钙化核心及间质组织的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-08 |
Reverse engineering of a mechanistic model of gene expression using metastability and temporal dynamics
2021, In silico biology
DOI:10.3233/ISB-210226
PMID:34897081
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CARDAMOM的新算法，用于从时间戳单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络（GRN），该算法利用了细胞分化的亚稳态和转录爆发的概念 | 首次描述了一种利用亚稳态概念进行GRN推断的方法 | NA | 开发一种新的算法来推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | CARDAMOM算法 | 时间戳单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-08-08 |
Identifying Diagnostic and Prognostic Biomarkers and Candidate Therapeutic Drugs of Gastric Cancer Based on Transcriptomics and Single-Cell Sequencing
2021, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2021.1609955
PMID:34899080
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞测序技术，筛选并验证了胃癌的诊断和预后生物标志物以及潜在的治疗药物靶点 | 本研究通过整合GSE54129和TCGA STAD数据集，识别了胃癌中的关键基因，并通过单细胞RNA测序进一步验证了这些基因的表达 | 本研究主要依赖于公共数据库和单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚和数据集的局限性 | 探索胃癌的新诊断和预后指标以及潜在的治疗靶点 | 胃癌的诊断、预后以及治疗药物敏感性 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 222个重叠基因，17个关键基因 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-08-08 |
MultiCapsNet: A General Framework for Data Integration and Interpretable Classification
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.767602
PMID:34899854
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MultiCapsNet的新型深度学习模型，该模型基于CapsNet和scCapsNet构建，具有数据集成简便和模型解释性高的优点 | MultiCapsNet模型能够处理模块化特征，这在生物学领域中常见，并且提供了数据源的重要性评分，无需额外的评分确定步骤 | NA | 展示MultiCapsNet作为可解释分类器处理模块化输入的能力 | MultiCapsNet模型在不同数据类型和应用场景下的性能 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CapsNet | 数据集 | 三个不同数据类型和应用场景的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Multiple Pathways and the Tumor Microenvironment Could Lead to Chemotherapy Resistance in Cervical Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.753386
PMID:34900703
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了宫颈癌组织中的细胞，揭示了化疗耐药性的分子机制及其与肿瘤微环境的关系 | 首次全面分析了预处理和化疗耐药的宫颈癌组织细胞，揭示了化疗耐药性的分子机制 | 研究样本仅包括宫颈鳞状细胞癌、宫颈腺癌和慢性宫颈炎，可能无法完全代表所有宫颈癌类型 | 旨在全面分析宫颈癌组织细胞，生成细胞群体的分子普查，并探讨化疗耐药性的分子机制 | 宫颈鳞状细胞癌、宫颈腺癌和慢性宫颈炎患者的活检组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 24,371个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-08-08 |
Chromatin Accessibility Predetermines Odontoblast Terminal Differentiation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.769193
PMID:34901015
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了牙本质生成过程中染色质可及性与成牙本质细胞终末分化的关系 | 首次展示了染色质可及性在成牙本质细胞终末分化中的作用，并通过时间序列ATAC-seq实验验证了ATF5的正向作用 | NA | 探讨染色质可及性如何影响成牙本质细胞的终末分化 | 成牙本质细胞的分化过程及相关的染色质可及性变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq, H3K27Ac CUT and Tag | NA | RNA序列, 染色质可及性数据 | 使用E18.5的牙乳头细胞进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-08-08 |
Emerging Technologies to Study the Glomerular Filtration Barrier
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.772883
PMID:34901088
|
综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序、生物信息学空间转录组学以及肾脏类器官和芯片上的肾小球等技术，对肾小球滤过屏障病理生理学的理解 | 介绍了单细胞RNA测序和生物信息学空间转录组学等新技术在研究肾小球滤过屏障中的应用 | NA | 探讨新技术如何促进对肾小球病理生理学的理解，并推动个性化治疗策略的发展 | 肾小球滤过屏障的细胞和分子变化 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiles Reveal Fibrocytes as Potential Targets of Cell Therapies for Abdominal Aortic Aneurysm
2021, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2021.753711
PMID:34901214
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了腹主动脉瘤（AAA）的小鼠模型，揭示了纤维细胞在AAA发展中的潜在作用 | 发现了多种巨噬细胞亚型，并首次定义了CD45COL1纤维细胞在AAA中的作用 | NA | 探索腹主动脉瘤形成和发病机制中不同血管和免疫细胞的作用 | 腹主动脉瘤（AAA）中的巨噬细胞、B细胞、T细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 小鼠和人类AAA组织 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-08-08 |
FEM: mining biological meaning from cell level in single-cell RNA sequencing data
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.12570
PMID:34909283
|
研究论文 | 本文开发了功能表达矩阵（FEM）算法，用于从单细胞RNA测序数据中挖掘细胞层面的生物学意义 | FEM算法能够利用所有表达基因的信息，将基因表达矩阵（GEM）转换为FEM，从而提供单个细胞的生物学意义 | NA | 探索表达数据分析中基因的生物学意义或功能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-SEQ） | 功能表达矩阵（FEM）算法 | 基因表达数据 | 三个数据集（外周血单个核细胞、人肝脏和人胰腺） | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-08-08 |
Transcriptomic and Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Networks and Cellular Heterogeneity in Mouse Primary Sjögren's Syndrome Salivary Glands
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.729040
PMID:34912329
|
研究论文 | 本文通过转录组和单细胞分析揭示了小鼠原发性Sjögren's综合征唾液腺中的调控网络和细胞异质性 | 本文通过RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了与Sjögren's综合征病理生物学相关的重要通路和调控网络，以及疾病细胞群体的分子和细胞异质性 | NA | 阐明Sjögren's综合征的分子本质，为靶向治疗提供新见解 | 小鼠原发性Sjögren's综合征唾液腺 | 数字病理学 | 自身免疫病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了已建立的原发性Sjögren's综合征小鼠模型的下颌下腺 | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-08 |
Identification of the Nerve-Cancer Cross-Talk-Related Prognostic Gene Model in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.788671
PMID:34912722
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于神经-癌症交叉对话相关基因（NCCGs）的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌（HNSC）的生存率 | 首次构建了基于NCCGs的预后模型，并验证了其在HNSC中的有效性 | NA | 探索神经-癌症交叉对话相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的作用，并构建预后模型 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSC）及其相关基因 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | TCGA-HNSC队列中共有23个基因上调或下调 | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-08-08 |
Bone Marrow Adipocytes: A Critical Player in the Bone Marrow Microenvironment
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.770705
PMID:34912805
|
综述 | 本文综述了骨髓脂肪细胞（BMAs）的起源、分化及其在造血、成骨、破骨细胞生成和免疫调节中的作用 | BMAs被认为是骨髓相关疾病（如骨质疏松和白血病）的新治疗靶点 | NA | 探讨BMAs在骨髓微环境中的关键作用及其在疾病治疗中的潜在价值 | 骨髓脂肪细胞及其在骨髓微环境中的功能 | NA | 骨质疏松, 白血病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-08-08 |
Molecular Characterization and Clinical Relevance of ANXA1 in Gliomas via 1,018 Chinese Cohort Patients
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.777182
PMID:34912807
|
研究论文 | 本研究通过对中国1,018名胶质瘤患者的RNA测序和全外显子测序数据进行分析，探讨了ANXA1在胶质瘤中的分子特征及其临床相关性 | 首次揭示了ANXA1在胶质瘤中的表达与恶性进展、临床行为及患者生存结果的密切关系，并发现其在M2巨噬细胞和间质型肿瘤细胞中的高表达 | NA | 探讨ANXA1在胶质瘤中的生物学作用及其临床意义 | ANXA1在胶质瘤中的表达及其对患者生存结果的影响 | 数字病理学 | 脑瘤 | RNA测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1,018名中国胶质瘤患者, 286例全外显子测序数据, 270例不同组织区域的胶质母细胞瘤样本, 7,630个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-08-08 |
Inferring Differential Networks by Integrating Gene Expression Data With Additional Knowledge
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.760155
PMID:34858477
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研究论文 | 本研究提出了一种名为加权联合稀疏惩罚D-trace模型（WJSDM）的框架，通过整合多平台基因表达数据和多种先验生物学知识来推断差异基因网络 | 本研究的创新点在于采用非参数正态图形模型处理含有缺失值的基因表达数据，并提出加权组桥惩罚方法整合多平台基因表达数据和多种现有生物学知识 | 本研究的主要限制在于依赖于高吞吐量基因表达数据的积累，以及单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的稀疏性和高噪声率 | 研究目的是通过计算方法推断两种不同状态或细胞类型之间的基因网络变化 | 研究对象包括卵巢癌和前列腺癌的基因表达数据，以及循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 卵巢癌，前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 加权联合稀疏惩罚D-trace模型（WJSDM） | 基因表达数据 | 涉及卵巢癌和前列腺癌的基因表达数据及循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-08-08 |
Cancer-specific type-I interferon receptor signaling promotes cancer stemness and effector CD8+ T-cell exhaustion
2021, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.1997385
PMID:34858725
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研究论文 | 本文研究了癌症特异性I型干扰素受体信号在头颈部鳞状细胞癌中的作用，发现其促进癌症干细胞性和效应CD8+ T细胞耗竭 | 首次揭示了癌症特异性I型干扰素受体信号在癌症干细胞性和免疫检查点受体配体高表达中的作用 | 研究仅限于头颈部鳞状细胞癌，可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨I型干扰素信号在癌症中的双重功能及其对免疫反应的影响 | 头颈部鳞状细胞癌患者及同基因肿瘤模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 组织微阵列，单细胞RNA序列数据 | 195名头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |