单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals CXCLs Enriched Fibroblasts Within Odontogenic Keratocysts 2021, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S342951 PMID:34992422	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了牙源性角化囊肿中的细胞亚群，特别是与血管生成相关的细胞亚群，并探讨了血管生成的潜在调控机制	首次揭示了CXCLs富集的成纤维细胞在牙源性角化囊肿中的重要作用，并发现静水压力可以部分调控这些细胞的CXCL12分泌	研究样本仅来自3名捐赠者，可能影响结果的普遍性	定义牙源性角化囊肿的细胞亚群，特别是与血管生成相关的细胞亚群，并探索血管生成的潜在调控机制	牙源性角化囊肿中的细胞亚群及其与血管生成的关系	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	14,072个细胞来自3名捐赠者
242	2024-08-08	Prognostic Significance of NLR About NETosis and Lymphocytes Perturbations in Localized Renal Cell Carcinoma With Tumor Thrombus 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.771545 PMID:34993135	研究论文	本文探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比率（NLR）在伴有肿瘤血栓的局部肾细胞癌中的预后意义，特别是与NETosis和淋巴细胞扰动的关系。	首次证明了中性粒细胞相关的NETosis和系统性淋巴细胞扰动在伴有肿瘤血栓的局部肾细胞癌患者中的肿瘤进展作用，并指出NLR≥4是一个独立的预后风险因素。	NA	研究NLR在伴有肿瘤血栓的非转移性肾细胞癌中的预后意义，特别是与NETosis和淋巴细胞扰动的关系。	214名接受手术治疗的伴有肿瘤血栓的肾细胞癌患者。	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序, TCR测序, 单细胞RNA测序	NA	临床数据, 基因表达数据	214名患者
243	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Molecular Anatomy of Sheep Hair Follicle Heterogeneity and Wool Curvature 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.800157 PMID:34993204	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了羊毛囊的分子结构及其与羊毛弯曲度的关系	首次在羊中应用单细胞RNA测序技术，揭示了羊毛囊的细胞组成和分子机制，并阐明了羊毛弯曲度的潜在分子机制	NA	探究羊毛囊发育的分子机制及其与羊毛弯曲度的关系	羊的毛囊细胞及其转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	15,830个单细胞转录组
244	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Analysis and Weighted Co-Expression Network Analysis Based on Public Databases Identified That TNC Is a Novel Biomarker for Keloid 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.783907 PMID:35003102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和加权共表达网络分析，基于公共数据库识别出TNC作为瘢痕瘤的新型生物标志物	首次识别出Tenascin-C (TNC)作为瘢痕瘤的敏感生物标志物，并通过伪时间分析探讨了其在成纤维细胞分化中的潜在作用	研究样本量较小，且仅基于公共数据库和中心数据进行验证，可能影响结果的普遍性	旨在识别瘢痕瘤的生物标志物，为设计新的靶向治疗提供依据	瘢痕瘤的生物标志物及成纤维细胞分化过程中的潜在作用	数字病理学	瘢痕瘤	单细胞RNA测序分析，加权共表达网络分析	NA	RNA测序数据	16名瘢痕瘤患者及其邻近正常组织
245	2024-08-08	Molecular Subtypes Based on Cell Differentiation Trajectories in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Differential Prognosis and Immunotherapeutic Responses 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.791621 PMID:35003112	研究论文	本研究基于单细胞测序分析识别的HNSCC细胞分化相关基因，全面分析了866例HNSCC病例的分子亚型及其免疫、代谢和干细胞特性，并开发了HNSCC细胞分化评分（HCDscore）以量化个体样本的独特异质性。	本研究首次将HNSCC分为三个基于HDRGs的分子亚型：活跃基质型（Cluster-A）、活跃代谢型（Cluster-B）和活跃免疫型（Cluster-C），并展示了HCDscore与免疫微环境、亚型、致癌生物过程、遗传变异和预后的相关性。	NA	旨在研究头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞分化轨迹及其临床相关性。	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞分化轨迹及其临床相关性。	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞测序	机器学习	多组学数据	866例HNSCC病例
246	2024-08-08	Statistical methods for analysis of single-cell RNA-sequencing data 2021, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2021.101580 PMID:35004214	研究论文	本文提出了一种新的统计方法，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的独特分子标识符（UMI）计数数据	该方法考虑了导致严重丢失事件的生物过程，在模型中对观察到的UMI基因计数进行建模	NA	研究单细胞RNA测序数据分析中的统计方法	单细胞RNA测序数据中的UMI计数数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
247	2024-08-08	Single-Cell Analysis Identify Transcription Factor BACH1 as a Master Regulator Gene in Vascular Cells During Aging 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.786496 PMID:35004685	研究论文	本研究通过分析已发表的单细胞RNA测序数据，揭示了转录因子BACH1在血管细胞衰老中的主要调控作用	首次识别BACH1为血管细胞衰老的主调控基因，并阐明了其在氧化应激下加剧内皮细胞衰老的机制	研究主要基于已发表的数据，未涉及实验验证	探索衰老心脏血管的细胞和分子特性，并证明转录因子BACH1在内皮细胞衰老中的作用及其机制	猴子和老鼠的心脏血管细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括猴子的冠状动脉和大动脉以及老鼠的心脏
248	2024-08-08	MAP3K8 Is a Prognostic Biomarker and Correlated With Immune Response in Glioma 2021, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2021.779290 PMID:35004849	研究论文	研究探讨了MAP3K8在胶质瘤中的表达、临床意义及其与免疫反应的关系	首次揭示了MAP3K8在胶质瘤中的异常高表达及其与不良临床病理特征的相关性，并探讨了其在胶质瘤免疫反应中的作用	NA	探索MAP3K8作为胶质瘤预后标志物的潜力及其在胶质瘤免疫反应中的作用	MAP3K8在胶质瘤中的表达及其生物学功能	数字病理学	脑瘤	免疫组化染色，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集和组织样本
249	2024-08-08	Inhibition of Podocytes DPP4 Activity Is a Potential Mechanism of Lobeliae Chinensis Herba in Treating Diabetic Kidney Disease 2021, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2021.779652 PMID:34950037	研究论文	本文研究了传统中药半夏泻心汤（LCH）通过抑制足细胞中的DPP4活性来治疗糖尿病肾病（DKD）的潜在机制	首次通过单细胞测序数据和网络药理学方法，筛选出LCH中12种活性成分，并预测这些成分通过分子对接抑制DPP4活性，从而延缓足细胞增殖	NA	探讨半夏泻心汤治疗糖尿病肾病的机制	糖尿病肾病中的足细胞和DPP4活性	NA	糖尿病肾病	单细胞测序, 网络药理学, 分子对接	NA	单细胞测序数据	NA
250	2024-08-08	Dissecting the Landscape of Activated CMV-Stimulated CD4+ T Cells in Humans by Linking Single-Cell RNA-Seq With T-Cell Receptor Sequencing 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.779961 PMID:34950144	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析了人类外周血中CMVpp65再激活的CD4+ T细胞亚群的异质性和潜在功能	首次详细分析了CMV再激活的CD4+ T细胞亚群的表型和TCR谱系，为理解CD4+ T细胞在CMV感染中的功能和相互作用提供了线索	NA	解析CMV感染中激活的CD4+ T细胞的景观	人类外周血中CMVpp65再激活的CD4+ T细胞亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	RNA, TCR序列	来自人类外周血的CD4+ T细胞亚群
251	2024-08-08	Single-Cell Regulatory Network Inference and Clustering Identifies Cell-Type Specific Expression Pattern of Transcription Factors in Mouse Sciatic Nerve 2021, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2021.676515 PMID:34955748	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成年小鼠坐骨神经中不同细胞类型的转录因子表达模式，并构建了细胞类型特异性的表达图谱	首次在单细胞水平上揭示了小鼠坐骨神经中不同细胞类型的转录因子表达模式，并创建了细胞类型特异性的表达图谱	NA	旨在识别复杂组织中的细胞类型，并进行大规模的细胞类型特异性基因表达分析	成年小鼠坐骨神经中的不同细胞类型及其转录因子表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	238个转录因子在9种不同细胞类型中表达
252	2024-08-08	Retinal Organoids Long-Term Functional Characterization Using Two-Photon Fluorescence Lifetime and Hyperspectral Microscopy 2021, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2021.796903 PMID:34955757	研究论文	本文介绍了一种基于双光子显微镜的活体成像技术，用于非侵入性地监测和表征视网膜类器官的长期发育	使用荧光寿命成像显微镜（FLIM）和超光谱成像技术监测视网膜类器官的代谢轨迹和分子结构变化	组织产物的异质性和主观组织选择降低了类器官实验的可重复性	提高类器官质量控制，监测视网膜类器官的长期发育	视网膜类器官的代谢和分子结构变化	数字病理学	NA	双光子显微镜，荧光寿命成像显微镜（FLIM），超光谱成像	NA	图像	多个细胞系和生产批次的视网膜类器官
253	2024-08-08	Airway Basal Cells Mediate Hypoxia-Induced EMT by Increasing Ribosome Biogenesis 2021, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2021.783946 PMID:34955855	研究论文	研究探讨了气道基底细胞在缺氧诱导的上皮间质转化（EMT）中的作用，特别是通过增加核糖体生物发生	首次揭示了气道基底细胞通过增强核糖体生物发生来介导缺氧诱导的EMT过程	NA	探究缺氧在气道上皮细胞中诱导EMT的机制	小鼠气管上皮细胞（MTECs）及其在缺氧条件下的反应	NA	呼吸系统疾病	流式细胞术，免疫荧光检测，实时荧光定量PCR	NA	单细胞RNA测序数据	NA
254	2024-08-08	Galectin-9/TIM-3 as a Key Regulator of Immune Response in Gliomas With Chromosome 1p/19q Codeletion 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.800928 PMID:34956239	研究论文	本研究探讨了1p/19q共缺失的胶质瘤中Galectin-9/TIM-3作为免疫反应关键调节因子的生物学功能变化	发现1p/19q共缺失通过下调Galectin-9和TIM-3的表达水平，促进胶质瘤的抗肿瘤免疫反应	NA	揭示1p/19q共缺失胶质瘤中与免疫反应紧密相关的生物学功能变化	1p/19q共缺失的胶质瘤	数字病理学	胶质瘤	RNA测序, t-SNE算法, CIBERSORT分析	NA	RNA序列数据, 单细胞测序数据	来自The Cancer Genome Atlas和中国胶质瘤基因组图谱数据库的胶质瘤患者临床病理和RNA测序数据
255	2024-08-08	Hypoxia Contributes to Poor Prognosis in Primary IDH-wt GBM by Inducing Tumor Cells MES-Like Transformation Trend and Inhibiting Immune Cells Activity 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.782043 PMID:34956900	研究论文	研究揭示了低氧环境对原发性IDH野生型胶质母细胞瘤患者肿瘤细胞和免疫细胞的影响	首次详细分析了低氧条件下肿瘤细胞的MES样转化趋势及对免疫细胞功能的抑制作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	探讨低氧环境对原发性IDH野生型胶质母细胞瘤中肿瘤细胞和免疫细胞的影响	原发性IDH野生型胶质母细胞瘤患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA序列数据	数据来自Gene Expression Omnibus (GEO) 和 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库
256	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Revealed the Heterogeneity of Gonadal Primordial Germ Cells in Zebra Finch (Taeniopygia guttata) 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.791335 PMID:34957119	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了斑胸草雀生殖嵴原始生殖细胞的异质性	首次揭示了斑胸草雀原始生殖细胞的异质性，并发现了新的生物标志物	NA	评估斑胸草雀原始生殖细胞的异质性	斑胸草雀的原始生殖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从雄性和雌性斑胸草雀的胚胎生殖细胞中鉴定出20个细胞簇中的9种细胞类型
257	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing of the Rat Carotid Arteries Uncovers Potential Cellular Targets of Neointimal Hyperplasia 2021, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2021.751525 PMID:34957241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对比正常和狭窄的颈动脉，揭示了新生内膜增生潜在的细胞靶点	发现了同时表达血管平滑肌细胞和成纤维细胞标记的过渡细胞类型，并验证了N-肉豆蔻酰转移酶1作为血管平滑肌细胞合成表型的标记物	提出的新靶基因如Cyp7a1和Cdk4需要在未来的研究中进行验证	探索新生内膜增生的潜在细胞靶点和机制	大鼠颈动脉的正常和狭窄状态	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠的左（对照）和右（球囊损伤）颈动脉
258	2024-08-08	Different Glucose Metabolic Features According to Cancer and Immune Cells in the Tumor Microenvironment 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.769393 PMID:34966676	研究论文	本文研究了肿瘤微环境中癌细胞与免疫细胞之间的葡萄糖代谢特征，并探讨了这些特征对肿瘤免疫状态的影响。	首次在单细胞水平上全面研究了肿瘤微环境中葡萄糖代谢特征，并发现GLUT可能是肿瘤免疫代谢状态的替代指标和免疫治疗辅助治疗的潜在靶点。	NA	探索肿瘤微环境中癌细胞与免疫细胞的葡萄糖代谢特征，以发现可行的代谢靶点。	肿瘤微环境中的癌细胞和免疫细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	包括黑色素瘤、头颈癌和乳腺癌等多种人类癌症组织样本。
259	2024-08-08	Identification of Subtypes and a Prognostic Gene Signature in Colon Cancer Using Cell Differentiation Trajectories 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.705537 PMID:34966734	研究论文	本研究通过细胞分化轨迹分析，探索结直肠癌（CC）细胞的异质性，并构建基于CC分化相关基因（CDRG）的预后风险评分（RS）特征	首次通过单细胞RNA测序数据识别出两个具有不同分化状态的子集，并基于CDRG构建分子亚型和预后RS特征，能有效预测患者的临床结局和治疗反应	NA	探索结直肠癌细胞的分化轨迹及其临床意义，并构建基于CDRG的预后风险评分特征	结直肠癌细胞的分化轨迹和相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	训练集使用The Cancer Genome Atlas数据，验证集使用GSE39582数据，涉及40个由YY1和EGR2调控的枢纽CDRG
260	2024-08-08	Identification of ZEB2 as an Immune-Associated Gene in Endometrial Carcinoma and Associated with Macrophage Infiltration by Bioinformatic Analysis 2021, Journal of healthcare engineering DOI:10.1155/2021/4372373 PMID:34970423	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据分析了子宫内膜癌中的免疫细胞组成，并发现ZEB2基因在免疫细胞中的特异性表达及其与肿瘤纯度和巨噬细胞浸润的关联	首次揭示了ZEB2在子宫内膜癌免疫环境中的独特作用，并探讨了其作为免疫治疗靶点的潜力	NA	探讨ZEB2在子宫内膜癌免疫环境中的作用及其作为治疗靶点的可能性	子宫内膜癌中的免疫细胞及ZEB2基因的表达与功能	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞转录组测序, 免疫组织化学	NA	转录组数据	使用了来自TCGA-UCEC的bulk RNA-seq数据和来自HPA数据库的免疫组织化学样本