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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals B Cells Are Important Regulators in Fracture Healing
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.666140
PMID:34819916
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,揭示了B细胞在骨折愈合过程中的重要作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了骨折愈合过程中B细胞的数量变化及其对骨形成和吸收活动的影响 | 研究主要集中在小鼠模型上,对人类骨折愈合过程中B细胞的作用描述较少 | 探讨B细胞在骨折愈合中的作用及其机制 | 骨折组织中的免疫细胞,特别是B细胞 | 数字病理学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括中性粒细胞、单核细胞、T细胞、B细胞和浆细胞等多种免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-07 |
Cellinker: a platform of ligand-receptor interactions for intercellular communication analysis
2021-Jan-20, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab036
PMID:33471060
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研究论文 | 本文开发了Cellinker平台,一个用于细胞间通信分析的配体-受体相互作用资源 | Cellinker提供了超过3,700个人类和3,200个鼠类配体-受体蛋白-蛋白相互作用以及400多个内源性小分子相关的配体-受体相互作用,并特别收集了与冠状病毒感染相关的16个配体-受体相互作用信息 | NA | 提供一个全面的、高可信度的资源,用于检索配体-受体相互作用,以研究细胞间通信的功能效应 | 配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质-蛋白相互作用数据 | 超过3,700个人类和3,200个鼠类配体-受体相互作用,以及400多个内源性小分子相关的相互作用 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of Schistosoma mansoni identifies a conserved genetic program controlling germline stem cell fate
2021-01-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20794-w
PMID:33473133
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了血吸虫的生殖干细胞命运调控的遗传程序 | 首次揭示了血吸虫生殖干细胞增殖与分化的遗传调控机制,并发现该机制在扁形动物中具有保守性 | NA | 研究血吸虫生殖干细胞的分子调控机制 | 血吸虫的生殖干细胞 | 分子生物学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-07 |
Machine learning identifies novel blood protein predictors of penetrating and stricturing complications in newly diagnosed paediatric Crohn's disease
2021-01, Alimentary pharmacology & therapeutics
IF:6.6Q1
DOI:10.1111/apt.16136
PMID:33131065
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法,识别出与新诊断的儿童克罗恩病穿透性和狭窄并发症相关的新型血液蛋白质预测因子。 | 本研究首次识别出与儿童克罗恩病进展相关的特定血液蛋白质标记物,这些标记物在肠道和血液中的细胞表达有显著差异。 | 研究样本量相对较小,且仅限于儿童克罗恩病患者,可能限制了结果的普遍性。 | 旨在识别与克罗恩病并发症相关的新型血液蛋白质生物标志物。 | 新诊断的儿童克罗恩病患者及其穿透性和狭窄并发症。 | 机器学习 | 克罗恩病 | 近端延伸分析(Olink Proteomics) | 随机生存森林(RSF) | 蛋白质 | 265名患者,平均年龄11.6岁,其中73名患者出现狭窄并发症,34名患者出现穿透并发症。 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-07 |
Tumor-intrinsic and -extrinsic determinants of response to blinatumomab in adults with B-ALL
2021-01-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006287
PMID:32881995
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研究论文 | 研究了44名复发或难治性B-ALL成年患者在接受blinatumomab治疗后的肿瘤内在和外在反应决定因素 | 发现了CD19 ex2part剪接变体作为预测blinatumomab治疗失败的新的生物标志物 | NA | 确定blinatumomab治疗B-ALL的肿瘤内在和外在反应决定因素 | 复发或难治性B-ALL成年患者 | NA | B-ALL | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 44名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-07 |
A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain
2021-01-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20343-5
PMID:33469025
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研究论文 | 本文通过单细胞长读序技术研究了小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型中不同脑区间差异性剪接变体的表达 | 本文首次在单细胞分辨率下展示了脑区间剪接变体的差异表达,并发现这些差异与功能上不同的蛋白质变体相对应 | NA | 研究脑区间和细胞类型特异性的剪接变体表达差异 | 小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞长读序技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠海马体和前额叶皮层的45种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-07 |
scRNA-Seq Reveals New Enteric Nervous System Roles for GDNF, NRTN, and TBX3
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.014
PMID:33444816
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研究论文 | 本研究通过单核和单细胞RNA测序技术,揭示了GDNF、NRTN和TBX3在肠神经系统中的新作用 | 首次通过单细胞分析定义了肠神经系统中不同神经元亚型的差异表达基因,并发现了TBX3、GDNF和NRTN的新作用 | NA | 旨在通过定义神经元亚型的基因表达,促进针对肠神经病变的新型治疗策略的开发,并深入了解肠神经系统功能 | 成年小鼠和人类结肠的肠神经元亚型 | 数字病理学 | 肠神经病变 | 单核RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 635个成年小鼠结肠肠神经元和707个E17.5小鼠肠神经元,以及48个人类结肠肠神经元和其他细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Brain Cell Transcriptomes and Epigenomes
2021-01-06, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.010
PMID:33412093
|
research paper | 本文讨论了单细胞转录组和表观基因组测序的基本原理、数据的整合计算分析以及在神经科学中的关键应用 | 单细胞测序技术通过直接测量数千到数百万个单个细胞中的多种分子特征,全面表征了脑细胞类型的多样性,揭示了塑造细胞身份的基因调控机制 | NA | 深入理解神经回路的细胞构成,揭示脑细胞群体之间的发育和进化关系 | 脑细胞的转录组和表观基因组 | digital pathology | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 数千到数百万个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-07 |
Genomic Profiling of Virulence in the Soybean Cyst Nematode Using Single-Nematode Sequencing
2021-Jan, Phytopathology
IF:2.6Q2
DOI:10.1094/PHYTO-08-20-0348-FI
PMID:33100145
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研究论文 | 本研究使用单个线虫的单细胞RNA测序方法,分析了豆杆囊线虫(SCN)的基因组特征,以识别可能参与抗性基因突破的SCN基因 | 首次建立了单个SCN个体的完整转录组,并识别出一系列针对主要SCN抗性源的假定毒力基因 | NA | 旨在揭示豆杆囊线虫克服抗性基因的机制 | 豆杆囊线虫(SCN)及其在抗性大豆品种上的毒力基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个SCN个体 | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-07 |
Pattern Recognition Receptors (PRRs) in Macrophages Possess Prognosis and Immunotherapy Potential for Melanoma
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.765615
PMID:34858419
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研究论文 | 本研究分析了20种典型的模式识别受体(PRRs)在9502名患者33种肿瘤样本中的表达,并构建了基于PRRs表达的皮肤黑色素瘤(SKCM)预后模型,探讨了PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。 | 首次全面评估了PRRs家族在不同癌症临床预后中的意义,并发现PRRs在黑色素瘤中的表达与预后呈显著正相关,且PRR-based Cox模型比单一PRR具有更好的预后潜力。 | 研究主要集中在皮肤黑色素瘤,对其他肿瘤类型的PRRs预后潜力分析较少。 | 探讨PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。 | 分析PRRs在不同肿瘤中的表达及其对预后和免疫治疗的影响。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | Cox预后模型 | 基因表达数据 | 9502名患者的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-08 |
Advances in understanding the formation and fate of B-cell memory in response to immunization or infection
2021, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqab018
PMID:36845573
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综述 | 本文综述了近年来在理解免疫接种或感染后B细胞记忆形成和命运方面的进展 | 利用单细胞测序技术和其他尖端技术,提高了对生发中心内B细胞命运决策的研究分辨率和准确性 | NA | 探讨免疫记忆的形成机制及其对新病原体如严重急性呼吸综合征冠状病毒2的持久免疫潜力 | B细胞记忆的形成和命运 | 免疫学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-08 |
satuRn: Scalable analysis of differential transcript usage for bulk and single-cell RNA-sequencing applications
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.51749.2
PMID:36762203
|
research paper | 介绍了一种名为satuRn的快速灵活的准二项式广义线性建模框架,用于分析差异转录本使用情况 | satuRn框架在性能上与最佳的差异转录本使用分析方法相当,同时提供了良好的错误发现率控制,能够处理复杂的实验设计,并适用于大规模单细胞转录组测序数据 | NA | 开发一种能够分析差异转录本使用情况的新工具,适用于批量和单细胞RNA测序应用 | 差异转录本使用分析工具的性能、复杂实验设计的处理能力以及大规模单细胞转录组测序数据的适用性 | RNA-seq | NA | RNA-seq | 准二项式广义线性模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-08 |
Identification of Somatic Mutations From Bulk and Single-Cell Sequencing Data
2021, Frontiers in aging
IF:3.3Q2
DOI:10.3389/fragi.2021.800380
PMID:35822012
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综述 | 本文综述了从批量和单细胞测序数据中识别体细胞突变的方法及其面临的挑战 | 介绍了最新的体细胞突变识别方法,并讨论了当前技术在排除全基因组扩增过程中产生的技术伪影方面的挑战 | 需要进一步解决在全基因组扩增过程中产生的技术伪影问题 | 总结体细胞突变识别方法的最新进展并探讨未来需要解决的挑战 | 体细胞突变及其在癌症和非癌症疾病中的作用 | 基因组学 | NA | 下一代测序 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-08 |
Novel diagnostic approaches for Fanconi anemia (FA) by single-cell sequencing and capillary nano-immunoassay
2021-Jan, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000065
PMID:35399206
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研究论文 | 本文介绍了一种新的范科尼贫血(FA)诊断方法,包括单细胞测序和毛细管纳米免疫分析 | 引入了单细胞测序和毛细管纳米免疫分析两种新的诊断方法,提高了FA亚型评估的准确性 | NA | 开发新的范科尼贫血诊断方法 | 范科尼贫血患者及其基因和蛋白质表达 | 基因测序 | 范科尼贫血 | 单细胞测序,毛细管纳米免疫分析 | NA | DNA,蛋白质表达 | 28个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Macrophage Involved in the Progression of Human Intervertebral Disc Degeneration
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.833420
PMID:35295968
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同程度椎间盘退变患者髓核细胞的分子程序、谱系进展模式和细胞间通讯路径 | 发现了新的细胞亚型和细胞类型特异性基因签名,并揭示了免疫细胞与髓核细胞之间的显著细胞间相互作用 | NA | 理解人类椎间盘退变的分子机制,为治疗相关疾病制定策略 | 椎间盘退变患者的髓核细胞 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同程度椎间盘退变患者的髓核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-08 |
Investigation of an FGFR-Signaling-Related Prognostic Model and Immune Landscape in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.801715
PMID:35237609
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研究论文 | 本文研究了头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中与FGFR信号相关的预后模型和免疫景观 | 首次系统地研究了基于纤维化信号、缺氧和糖酵解的可靠预后标志物 | NA | 建立一个与纤维化-缺氧-糖酵解相关的预测模型,用于HNSCC的预后和相关免疫浸润 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC) | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 微阵列数据分析,ssGSEA算法,LASSO方法,免疫组化(IHC),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据,免疫细胞浸润数据 | 发现队列来自TCGA数据库,独立验证队列来自GEO数据库,单细胞RNA测序数据集用于澄清相关免疫浸润 | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Unveils the Heterogeneity of Nonimmune Cells in Chronic Apical Periodontitis
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.820274
PMID:35237614
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research paper | 本研究通过单细胞测序技术揭示了慢性根尖周炎中非免疫细胞的异质性 | 首次构建了慢性根尖周炎的单细胞图谱,并揭示了非免疫细胞的多样性和异质性 | NA | 帮助理解根尖周组织的病理生理学 | 慢性根尖周炎中的非免疫细胞 | digital pathology | 口腔疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 26,737个高质量细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Macrophages for Quality Control of The Cell Therapy Product
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.658862
PMID:35173760
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术评估了人多能干细胞衍生的巨噬细胞(iMACs)的生物学均一性,以用于细胞治疗产品的质量控制 | 首次使用单细胞RNA测序技术评估人多能干细胞衍生的巨噬细胞的生物学均一性,为细胞治疗产品的质量控制提供了新的方法 | 研究仅限于评估iMACs的转录组均一性,未涉及其他可能影响细胞治疗产品质量的因素 | 评估人多能干细胞衍生的巨噬细胞的生物学均一性,以确保细胞治疗产品的质量 | 人多能干细胞衍生的巨噬细胞(iMACs) | 细胞治疗 | 炎症性疾病和癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6,230个iMACs | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-08 |
Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Cardiovascular Research
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.810232
PMID:35174168
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管研究中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序技术如何帮助识别心血管疾病治疗的新靶点 | NA | 总结单细胞RNA测序技术在心血管系统胚胎发育和疾病发病机制及治疗中的最新发现 | 心血管系统的胚胎发育、心血管疾病的发病机制及治疗 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-08 |
Complex Involvement of the Extracellular Matrix, Immune Effect, and Lipid Metabolism in the Development of Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2021, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2021.800747
PMID:35174208
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研究论文 | 本研究通过mRNA测序和其他技术分析了特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织中的基因表达,揭示了细胞外基质(ECM)重塑、脂质代谢和免疫效应在IPF早期发展中的复杂作用 | 首次全面揭示了IPF中涉及的380个差异表达转录本(DETs),并验证了其中21个基因的表达,通过单细胞RNA测序追踪了这些基因的细胞来源 | 研究样本量较小,且仅包括早期和移植阶段的IPF患者,可能影响结果的普遍性 | 探讨特发性肺纤维化(IPF)的病理机制,特别是细胞外基质重塑、脂质代谢和免疫效应的作用 | 特发性肺纤维化(IPF)患者的肺组织 | 数字病理学 | 肺纤维化 | mRNA测序, 实时定量PCR (RT-qPCR), 免疫组化, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 7例早期IPF患者, 2例移植阶段IPF患者, 6例健康对照 | NA | NA | NA | NA |