单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-24	MUC1-C integrates activation of the IFN-γ pathway with suppression of the tumor immune microenvironment in triple-negative breast cancer 2021-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-002115 PMID:33495298	研究论文	本文探讨了MUC1-C在三阴性乳腺癌（TNBC）中如何整合免疫抑制性IFN-γ通路的激活与肿瘤免疫微环境（TIME）中T细胞的耗竭	揭示了MUC1-C作为TNBC转录组的主要调控因子，通过STAT1和IRF1驱动基因表达，激活免疫抑制性IFN-γ通路，并与CD8+ T细胞的耗竭和功能障碍相关	研究结果主要基于体外实验和数据集分析，尚未在临床环境中验证MUC1-C作为治疗靶点的效果	探究MUC1-C在TNBC免疫逃逸中的作用及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞及肿瘤免疫微环境（TIME）	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	shRNA沉默、基因集富集分析（GSEA）、定量逆转录PCR、免疫印迹、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-BRCA和METABRIC数据集中的TNBC样本及单细胞scRNA-seq数据集中的TNBC样本
2	2025-07-21	Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0255706 PMID:34780480	研究论文	研究Kdm6a基因缺陷在小鼠造血细胞中导致的年龄和性别依赖性骨髓增生异常综合征样表型	揭示了Kdm6a基因缺陷在造血干细胞和祖细胞中的特异性作用及其与年龄和性别相关的表型	研究未观察到明显的白血病发展或死亡，且表型仅限于雌性小鼠	探讨Kdm6a基因在正常造血过程中的作用及其在急性髓系白血病发病机制中的潜在贡献	雌性Kdm6a基因敲除小鼠	分子生物学	骨髓增生异常综合征	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因组和转录组数据	雌性Kdm6aflox/flox小鼠
3	2025-07-20	Transcriptional profiling of pediatric cholestatic livers identifies three distinct macrophage populations 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0244743 PMID:33411796	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，鉴定了小儿胆汁淤积性肝脏中的三种不同的巨噬细胞亚群	首次对人类小儿胆汁淤积性肝脏进行单细胞RNA测序，并鉴定了三种与健康肝脏巨噬细胞转录特征不同的巨噬细胞亚群	研究样本量较小（BA和ALGS患者各6例），且需要进一步分析这些巨噬细胞亚群在不同胆汁淤积性肝病病因中的异同	进一步表征小儿胆汁淤积性肝病中巨噬细胞的转录谱	小儿胆汁淤积性肝病（胆道闭锁和Alagille综合征）患者及非胆汁淤积性小儿肝脏	数字病理	胆汁淤积性肝病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 图像数据	胆道闭锁患者6例，Alagille综合征患者6例，及非胆汁淤积性小儿肝脏样本
4	2025-06-01	Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies 2021, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002 PMID:34617064	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMCs）在动脉粥样硬化中的作用及其表型多样性	总结了SMCs在动脉粥样硬化病变中的克隆扩张和表型多样性，以及调控SMC命运的分子机制	讨论了单细胞转录组学在确定SMC功能方面的可靠性问题，以及SMC克隆性和表型可塑性对转化研究的影响	探讨SMCs在动脉粥样硬化中的贡献及其表型转变的分子机制	血管平滑肌细胞（SMCs）	心血管疾病研究	动脉粥样硬化	命运图谱分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
5	2025-05-23	Longitudinal Single-Cell Transcriptomics Reveals a Role for Serpina3n-Mediated Resolution of Inflammation in a Mouse Colitis Model 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.004 PMID:33862275	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了小鼠结肠炎模型中炎症消退的动态变化及Serpina3n的作用	首次在单细胞水平揭示了结肠基质细胞群在炎症消退过程中的动态作用，并发现Serpina3n作为炎症消退的关键调节因子	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需验证	阐明结肠炎炎症消退过程中的细胞类型变化及其相互作用机制	化学诱导结肠炎小鼠模型	单细胞转录组学	结肠炎	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
6	2025-04-02	Neurodevelopmental disorders: 2021 update 2021-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2021-3268 PMID:37284629	review	本文回顾了2021年神经发育障碍（NDDs）领域的最新进展，包括病因学、风险因素和遗传结构的研究	介绍了人类基因组学在揭示NDDs遗传结构方面的最新进展，包括独特的基因组DNA甲基化模式和多基因条件的研究，以及体细胞突变对神经发育疾病的贡献	从遗传发现到潜在神经病理机制的转化仍具挑战性，分子和遗传检测分辨率的提高带来了新的复杂性	探讨神经发育障碍的病因学、风险因素及其遗传结构	神经发育障碍（NDDs），包括自闭症谱系障碍（ASD）、发育迟缓、智力障碍（ID）和注意力缺陷/多动障碍（ADHD）	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
7	2025-01-06	The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20306-w PMID:33397934	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胸腺中CD4和CD8谱系选择和分化的顺序和逻辑	使用单细胞RNA测序技术对小鼠胸腺细胞选择中间体进行分类，揭示了核心受体基因表达的时序模式及其对TCR信号强度的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	理解CD4/CD8谱系选择中核心受体表达与TCR特异性匹配的机制	小鼠胸腺细胞选择中间体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
8	2024-12-17	Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells 2021-01-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696 PMID:33148662	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况	揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系
9	2024-11-18	C1QL3 promotes cell-cell adhesion by mediating complex formation between ADGRB3/BAI3 and neuronal pentraxins 2021-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202000351RR PMID:33337553	研究论文	研究探讨了C1QL3蛋白通过介导ADGRB3和神经元五聚素形成细胞间粘附复合物的作用	发现了C1QL3介导的新型细胞间粘附复合物，涉及ADGRB3和两种神经元五聚素NPTX1及NPTXR	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内功能验证	探究C1QL蛋白在神经元突触组织中的作用及其分子机制	C1QL3蛋白、ADGRB3受体、神经元五聚素NPTX1和NPTXR	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠大脑皮层的单细胞RNA测序数据
10	2024-11-14	SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references 2021-01-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz166 PMID:31925417	研究论文	提出了一种名为SCDC的批量基因表达反卷积方法，利用多个单细胞RNA测序参考数据集进行细胞类型特异性基因表达分析	SCDC采用ENSEMBLE方法整合来自不同实验室和时间的单细胞RNA测序数据，解决了批次效应问题，并在细胞类型分解的准确性上优于现有方法	NA	开发一种新的反卷积方法，以提高批量RNA测序数据中细胞类型分解的准确性	批量RNA测序数据和多个单细胞RNA测序参考数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	ENSEMBLE方法	基因表达数据	包括人工合成的伪批量样本和实验混合的细胞系，以及人类胰腺胰岛和老鼠乳腺腺体数据集
11	2024-10-26	Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 in lung epithelium 2021-01-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI140766 PMID:33180746	研究论文	研究了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达	首次揭示了TMPRSS2在不同年龄段小鼠和人类肺组织中的表达变化，并发现TMPRSS2表达与SARS-CoV-2感染细胞的共定位	研究主要基于小鼠和人类肺组织的单细胞RNA测序和免疫荧光分析，缺乏更大规模的临床数据支持	探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达	SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及TMPRSS2蛋白酶的年龄相关性表达	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和免疫荧光	NA	RNA	小鼠和人类肺组织样本
12	2024-10-16	Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20249-2 PMID:33397893	研究论文	本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法	本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合，使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间，从而实现成像和测序数据的整合	NA	研究目的是整合不同数据模态，以研究细胞异质性及其功能	研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像	计算机视觉	NA	自编码器	自编码器	图像和文本	涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群
13	2024-10-07	Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models 2021-01, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209620 PMID:33491336	研究论文	本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法	提出了scANVI，一种半监督变分推断方法，用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释，并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性	未提及	旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成模型	基因表达数据	未提及
14	2024-10-07	The Gustatory Sensory G-Protein GNAT3 Suppresses Pancreatic Cancer Progression in Mice 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.08.011 PMID:32882403	研究论文	研究了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	首次探讨了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用，并发现其缺失会增强CXCL1/2-CXCR2轴，促进肿瘤进展	NA	探讨味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	胰腺导管腺癌（PDA）进展中的免疫抑制性炎症反应	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了Gnat3-null (Gnat3-/-)小鼠和携带Cre-inducible KrasLSL-G12D/+等位基因的小鼠进行交叉繁殖
15	2024-09-30	Cellular Complexity of Hemochorial Placenta: Stem Cell Populations, Insights from scRNA-seq, and SARS-CoV-2 Susceptibility 2021, Current stem cell reports IF:2.3Q4 DOI:10.1007/s40778-021-00194-6 PMID:34697582	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究胎盘细胞类型特异性基因表达模式中的应用，并探讨了SARS-CoV-2感染的潜在性	利用单细胞RNA测序技术深入研究了胎盘细胞的基因表达模式，并结合人类胎盘数据探讨了SARS-CoV-2感染的可能性	需要进一步研究评估胎盘干细胞在开发新疗法中的应用	探讨胎盘发育及其在母胎医学中的重要性	胎盘的祖细胞群体及其基因表达模式	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及从胚胎第7天到第12.5天的多个小鼠胎盘样本及部分人类胎盘样本
16	2024-09-21	The current landscape of single-cell transcriptomics for cancer immunotherapy 2021-01-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20201574 PMID:33601414	综述	本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的最新进展	单细胞RNA测序揭示了新的关键因素和细胞亚群，这些因素和亚群要么促进肿瘤进展，要么使肿瘤对免疫治疗敏感	NA	探讨单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤微环境和免疫系统	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
17	2024-09-07	Lymph nodes are innervated by a unique population of sensory neurons with immunomodulatory potential 2021-01-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.028 PMID:33333021	研究论文	研究揭示了淋巴结中存在一种独特的具有免疫调节潜力的感觉神经元群体，并探讨了其功能和机制	首次发现并验证了淋巴结中存在一种独特的感觉神经元群体，这些神经元能够响应淋巴中的炎症信号，并通过神经-免疫回路调节淋巴结功能	研究主要集中在体外实验和单细胞转录组分析，缺乏体内功能验证和长期效应的研究	探讨感觉神经元在淋巴结功能调节中的机制和重要性	淋巴结中的感觉神经元及其与免疫细胞的相互作用	NA	NA	高分辨率成像、病毒示踪、单细胞转录组学、光遗传学	NA	单细胞转录组数据	多个感觉神经元亚群和淋巴结中的多种细胞类型
18	2024-09-07	Intracellular and Intercellular Gene Regulatory Network Inference From Time-Course Individual RNA-Seq 2021, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2021.777299 PMID:36303726	研究论文	本文研究了从时间序列单个RNA-Seq数据中推断细胞内和细胞间基因调控网络的方法	本文提出了一种基于时间序列批量RNA-Seq数据推断基因调控网络的方法，能够揭示多细胞生物中的细胞间调控关系	本文仅使用了小鼠早期发育阶段的RNA-Seq数据，未来研究可以扩展到其他物种和发育阶段	研究多细胞生物中细胞内和细胞间基因调控网络的推断方法	小鼠早期发育阶段的基因调控网络	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	多个小鼠胚胎
19	2024-08-31	Computational methods for the integrative analysis of single-cell data 2021-01-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa042 PMID:32363378	研究论文	本文描述了用于单细胞基因组数据整合分析的计算方法，重点在于单细胞RNA测序数据集的整合以及来自单个细胞的多模态信号的联合分析	本文介绍了处理单细胞基因组数据的新计算方法，这些方法能够解决数据在实验、技术和生物学上的内在异质性问题	NA	旨在解决生物系统的全面复杂性问题，通过整合来自不同分子层和多种细胞群体的基因组数据	单细胞基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据和多模态信号	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
20	2024-08-31	Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder 2021, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.73600.2 PMID:35814628	research paper	本文介绍了一种基于Bioconductor的快速、灵活且准确的单细胞测序数据双胞体检测方法scDblFinder	scDblFinder在复杂数据集中能准确识别大多数异型双胞体，并已被独立基准测试证明优于其他方法	NA	开发一种新的双胞体检测方法以避免单细胞测序数据中的伪发现	单细胞RNA和可及性测序数据中的双胞体	digital pathology	NA	single-cell sequencing	NA	single-cell RNA and accessibility sequencing data	NA