单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-17 |
Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells
2021-01-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696
PMID:33148662
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响 | 研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况 | 揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响 | 浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系 |
| 2 | 2024-11-18 |
C1QL3 promotes cell-cell adhesion by mediating complex formation between ADGRB3/BAI3 and neuronal pentraxins
2021-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202000351RR
PMID:33337553
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研究论文 | 研究探讨了C1QL3蛋白通过介导ADGRB3和神经元五聚素形成细胞间粘附复合物的作用 | 发现了C1QL3介导的新型细胞间粘附复合物，涉及ADGRB3和两种神经元五聚素NPTX1及NPTXR | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内功能验证 | 探究C1QL蛋白在神经元突触组织中的作用及其分子机制 | C1QL3蛋白、ADGRB3受体、神经元五聚素NPTX1和NPTXR | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠大脑皮层的单细胞RNA测序数据 |
| 3 | 2024-11-14 |
SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references
2021-01-18, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbz166
PMID:31925417
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研究论文 | 提出了一种名为SCDC的批量基因表达反卷积方法，利用多个单细胞RNA测序参考数据集进行细胞类型特异性基因表达分析 | SCDC采用ENSEMBLE方法整合来自不同实验室和时间的单细胞RNA测序数据，解决了批次效应问题，并在细胞类型分解的准确性上优于现有方法 | NA | 开发一种新的反卷积方法，以提高批量RNA测序数据中细胞类型分解的准确性 | 批量RNA测序数据和多个单细胞RNA测序参考数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq） | ENSEMBLE方法 | 基因表达数据 | 包括人工合成的伪批量样本和实验混合的细胞系，以及人类胰腺胰岛和老鼠乳腺腺体数据集 |
| 4 | 2024-10-26 |
Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 in lung epithelium
2021-01-04, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI140766
PMID:33180746
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达 | 首次揭示了TMPRSS2在不同年龄段小鼠和人类肺组织中的表达变化，并发现TMPRSS2表达与SARS-CoV-2感染细胞的共定位 | 研究主要基于小鼠和人类肺组织的单细胞RNA测序和免疫荧光分析，缺乏更大规模的临床数据支持 | 探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达 | SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及TMPRSS2蛋白酶的年龄相关性表达 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和免疫荧光 | NA | RNA | 小鼠和人类肺组织样本 |
| 5 | 2024-10-16 |
Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20249-2
PMID:33397893
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研究论文 | 本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法 | 本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合，使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间，从而实现成像和测序数据的整合 | NA | 研究目的是整合不同数据模态，以研究细胞异质性及其功能 | 研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 自编码器 | 图像和文本 | 涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群 |
| 6 | 2024-10-07 |
Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models
2021-01, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209620
PMID:33491336
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法 | 提出了scANVI，一种半监督变分推断方法，用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释，并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性 | 未提及 | 旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成模型 | 基因表达数据 | 未提及 |
| 7 | 2024-10-07 |
The Gustatory Sensory G-Protein GNAT3 Suppresses Pancreatic Cancer Progression in Mice
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.08.011
PMID:32882403
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研究论文 | 研究了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用 | 首次探讨了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用，并发现其缺失会增强CXCL1/2-CXCR2轴，促进肿瘤进展 | NA | 探讨味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用 | 胰腺导管腺癌（PDA）进展中的免疫抑制性炎症反应 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了Gnat3-null (Gnat3-/-)小鼠和携带Cre-inducible KrasLSL-G12D/+等位基因的小鼠进行交叉繁殖 |
| 8 | 2024-09-30 |
Cellular Complexity of Hemochorial Placenta: Stem Cell Populations, Insights from scRNA-seq, and SARS-CoV-2 Susceptibility
2021, Current stem cell reports
IF:2.3Q4
DOI:10.1007/s40778-021-00194-6
PMID:34697582
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究胎盘细胞类型特异性基因表达模式中的应用，并探讨了SARS-CoV-2感染的潜在性 | 利用单细胞RNA测序技术深入研究了胎盘细胞的基因表达模式，并结合人类胎盘数据探讨了SARS-CoV-2感染的可能性 | 需要进一步研究评估胎盘干细胞在开发新疗法中的应用 | 探讨胎盘发育及其在母胎医学中的重要性 | 胎盘的祖细胞群体及其基因表达模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及从胚胎第7天到第12.5天的多个小鼠胎盘样本及部分人类胎盘样本 |
| 9 | 2024-09-21 |
The current landscape of single-cell transcriptomics for cancer immunotherapy
2021-01-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201574
PMID:33601414
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的最新进展 | 单细胞RNA测序揭示了新的关键因素和细胞亚群，这些因素和亚群要么促进肿瘤进展，要么使肿瘤对免疫治疗敏感 | NA | 探讨单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的应用 | 肿瘤微环境和免疫系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 10 | 2024-09-07 |
Lymph nodes are innervated by a unique population of sensory neurons with immunomodulatory potential
2021-01-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.11.028
PMID:33333021
|
研究论文 | 研究揭示了淋巴结中存在一种独特的具有免疫调节潜力的感觉神经元群体，并探讨了其功能和机制 | 首次发现并验证了淋巴结中存在一种独特的感觉神经元群体，这些神经元能够响应淋巴中的炎症信号，并通过神经-免疫回路调节淋巴结功能 | 研究主要集中在体外实验和单细胞转录组分析，缺乏体内功能验证和长期效应的研究 | 探讨感觉神经元在淋巴结功能调节中的机制和重要性 | 淋巴结中的感觉神经元及其与免疫细胞的相互作用 | NA | NA | 高分辨率成像、病毒示踪、单细胞转录组学、光遗传学 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个感觉神经元亚群和淋巴结中的多种细胞类型 |
| 11 | 2024-09-07 |
Intracellular and Intercellular Gene Regulatory Network Inference From Time-Course Individual RNA-Seq
2021, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2021.777299
PMID:36303726
|
研究论文 | 本文研究了从时间序列单个RNA-Seq数据中推断细胞内和细胞间基因调控网络的方法 | 本文提出了一种基于时间序列批量RNA-Seq数据推断基因调控网络的方法，能够揭示多细胞生物中的细胞间调控关系 | 本文仅使用了小鼠早期发育阶段的RNA-Seq数据，未来研究可以扩展到其他物种和发育阶段 | 研究多细胞生物中细胞内和细胞间基因调控网络的推断方法 | 小鼠早期发育阶段的基因调控网络 | 基因组学 | NA | RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠胚胎 |
| 12 | 2024-08-31 |
Computational methods for the integrative analysis of single-cell data
2021-01-18, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa042
PMID:32363378
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研究论文 | 本文描述了用于单细胞基因组数据整合分析的计算方法，重点在于单细胞RNA测序数据集的整合以及来自单个细胞的多模态信号的联合分析 | 本文介绍了处理单细胞基因组数据的新计算方法，这些方法能够解决数据在实验、技术和生物学上的内在异质性问题 | NA | 旨在解决生物系统的全面复杂性问题，通过整合来自不同分子层和多种细胞群体的基因组数据 | 单细胞基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据和多模态信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 13 | 2024-08-31 |
Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.73600.2
PMID:35814628
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research paper | 本文介绍了一种基于Bioconductor的快速、灵活且准确的单细胞测序数据双胞体检测方法scDblFinder | scDblFinder在复杂数据集中能准确识别大多数异型双胞体，并已被独立基准测试证明优于其他方法 | NA | 开发一种新的双胞体检测方法以避免单细胞测序数据中的伪发现 | 单细胞RNA和可及性测序数据中的双胞体 | digital pathology | NA | single-cell sequencing | NA | single-cell RNA and accessibility sequencing data | NA |
| 14 | 2024-08-29 |
Machine Intelligence in Single-Cell Data Analysis: Advances and New Challenges
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.655536
PMID:34135939
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综述 | 本文综述了机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序数据的预处理方法和高级数据分析工具，以及多组学整合和单细胞RNA测序数据的综合分析 | NA | 探讨机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，以促进对复杂生物系统或过程的理解 | 单细胞多组学数据分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | NA |
| 15 | 2024-08-27 |
Regulation of cancer stem cells in triple negative breast cancer
2021, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.)
DOI:10.20517/cdr.2020.106
PMID:35582030
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌中癌症干细胞的调控机制 | 聚焦于三阴性乳腺癌特有的机制，这些机制促进了自我更新癌症干细胞的扩张和活性 | NA | 探讨三阴性乳腺癌中癌症干细胞的特定机制及其对临床结果的影响 | 三阴性乳腺癌中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 16 | 2024-08-27 |
The need to reassess single-cell RNA sequencing datasets: the importance of biological sample processing
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.54864.2
PMID:35399227
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研究论文 | 本文重新分析了迄今为止最大的单细胞RNA测序数据集，探讨了细胞数量增加对分析结果的影响 | 提出了对当前科学界普遍认为的“越多越好”方法的质疑，指出大规模数据集可能导致分析结果的偏差 | 文章指出大规模数据集可能由于长时间的计算处理时间而影响分析的深度 | 旨在通过分析大规模单细胞RNA测序数据集，识别健康成人皮肤中先前描述的成纤维细胞亚群 | 健康成人皮肤中的成纤维细胞亚群 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 无监督群体匹配算法 | 转录组数据 | 528,253个测序细胞 |
| 17 | 2024-08-23 |
Long-Term Storage Does Not Affect the Expression Profiles of mRNA and Long Non-Coding RNA in Vitrified-Warmed Human Embryos
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.751467
PMID:35178066
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研究论文 | 本研究探讨了长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的影响 | 首次揭示了长期存储后的人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的稳定性 | 研究样本量较小，且仅限于特定年龄段的女性 | 探究长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达的影响 | 人类胚胎中的mRNA和长非编码RNA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名女性，包括3个新鲜八细胞胚胎和8个存活下来的冷冻解冻八细胞胚胎 |
| 18 | 2024-08-23 |
Building vs. Rebuilding Epidermis: Comparison Embryonic Development and Adult Wound Repair
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.796080
PMID:35145968
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综述 | 本文比较了胚胎发育与成人伤口修复过程中表皮重建的相似性与差异性 | 利用单细胞转录组学、谱系追踪和活体成像技术揭示了以往无法检测到的亚群、长期细胞命运和动态细胞行为 | NA | 探讨成人伤口修复与胚胎组织发育在表皮方面的异同 | 表皮组织 | NA | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-23 |
Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomic Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.785290
PMID:35154244
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综述 | 本文综述了空间转录组技术的核心概念及其分析和可视化方法 | 空间转录组技术能够在保留空间信息的同时测量转录组信息，扩展了分析和可视化的可能性 | NA | 总结空间基因组技术的核心概念并全面回顾当前的空间转录组分析和可视化方法 | 人类和动物组织的异质细胞类型及其空间结构 | 基因组学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 20 | 2024-08-22 |
Loss of ESRP1 blocks mouse oocyte development and leads to female infertility
2021-01-18, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.196931
PMID:33318146
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研究论文 | 研究通过干扰ESRP1控制的pre-mRNA剪接事件，发现ESRP1的缺失导致小鼠卵母细胞发育受阻和雌性不育 | 首次阐明了ESRP1介导的母源mRNA转录本的AS程序，揭示了其在卵母细胞减数分裂和雌性生育中的作用 | NA | 探究ESRP1在卵母细胞发育和雌性生育中的作用 | 小鼠卵母细胞和雌性生育能力 | NA | 雌性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及六个月大的ESRP1敲除小鼠 |