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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics analysis of mild cognitive impairment in World Trade Center disaster responders
2021, Alzheimer's & dementia (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1002/dad2.12154
PMID:33665344
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究世贸中心救援人员轻度认知障碍的分子机制 | 首次在世贸中心救援人员群体中应用单细胞分辨率CITE-Seq技术分析轻度认知障碍的血液转录组特征 | 样本量相对较小(40名男性),仅包含男性受试者 | 探索轻度认知障碍的分子复杂性及其血液生物标志物 | 世贸中心灾难救援人员 | 单细胞组学 | 轻度认知障碍 | CITE-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 40名男性救援人员(发现队列:9名MCI和9名对照;验证队列:11名MCI和11名对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
MUC1-C integrates activation of the IFN-γ pathway with suppression of the tumor immune microenvironment in triple-negative breast cancer
2021-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-002115
PMID:33495298
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研究论文 | 本研究揭示MUC1-C通过激活IFN-γ通路诱导免疫抑制并导致三阴性乳腺癌肿瘤免疫微环境中CD8+ T细胞耗竭的机制 | 首次发现MUC1-C是TNBC转录组的主调控因子,通过STAT1和IRF1驱动基因表达,并整合免疫抑制性IFN-γ通路激活与肿瘤免疫微环境改变 | 机制研究主要基于细胞系和数据库分析,需要更多体内实验验证;人类TNBC样本的直接实验证据有限 | 探究MUC1-C在三阴性乳腺癌免疫逃避中的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞系、TCGA-BRCA和METABRIC数据库、TNBC单细胞RNA-seq数据集 | 癌症免疫学 | 三阴性乳腺癌 | shRNA基因沉默、转录组分析、基因集富集分析、qRT-PCR、免疫印迹、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | 多个TNBC细胞系、TCGA-BRCA和METABRIC数据库样本、单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0255706
PMID:34780480
|
研究论文 | 本研究揭示了Kdm6a基因缺陷在小鼠造血细胞中导致年龄和性别依赖的骨髓增生异常综合征样表型 | 首次证明Kdm6a缺陷在造血细胞中会导致年龄和性别依赖的MDS样表型,并利用单细胞RNA-seq技术揭示了其对造血细胞命运决定基因的调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,未在人类样本中验证;Kdm6a缺陷小鼠未发展为明显白血病 | 探究Kdm6a基因在正常造血过程中的功能及其在白血病发病机制中的作用 | 雌性Kdm6a条件性敲除小鼠的造血干细胞和祖细胞 | 表观遗传学 | 白血病 | ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq | 基因敲除小鼠模型 | 基因组学数据,表观基因组学数据,单细胞转录组数据 | Kdm6a-WT和Kdm6a-KO小鼠样本 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Transcriptional profiling of pediatric cholestatic livers identifies three distinct macrophage populations
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0244743
PMID:33411796
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析首次在儿童胆汁淤积性肝脏中鉴定出三种不同的巨噬细胞亚群 | 首次对人类儿童胆汁淤积性肝脏进行单细胞RNA测序,发现与健康肝脏巨噬细胞不同的三个新亚群 | 样本量较小(BA和ALGS各6例),需要进一步分析不同病因胆汁淤积疾病中巨噬细胞亚群的异同 | 表征儿童胆汁淤积性肝病中巨噬细胞的转录谱特征 | 胆道闭锁(BA)、Alagille综合征(ALGS)和非胆汁淤积性儿童肝脏的肝免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 胆汁淤积性肝病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | BA患者6例, ALGS患者6例, 非胆汁淤积儿童肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies
2021, JVS-vascular science
DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002
PMID:34617064
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综述 | 总结血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的克隆扩增和表型多样性研究进展 | 揭示动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞通过有限数量克隆扩增形成表型多样性的新机制 | 单细胞转录组技术在确定平滑肌细胞功能方面可能存在可靠性问题,需要结合功能研究验证 | 阐明平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的投资机制和表型可塑性 | 血管平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 命运图谱技术,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
MicroExonator enables systematic discovery and quantification of microexons across mouse embryonic development
2021-01-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02246-2
PMID:33482885
|
研究论文 | 本研究开发了MicroExonator流程,用于系统发现和定量分析小鼠胚胎发育过程中的微外显子 | 开发了首个可重复的从头发现和定量微外显子的新流程,提供了小鼠最全面的微外显子调查,发现了未被注释数据库收录的新微外显子 | 微外显子检测仍受限于标准RNA-seq比对工具的困难,研究主要聚焦于小鼠模型 | 系统研究微外显子在小鼠胚胎发育过程中的表达模式和功能 | 小鼠18个组织的289个RNA-seq数据集,涵盖9个胚胎和出生后发育阶段 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 无监督聚类 | RNA测序数据 | 289个RNA-seq数据集,来自18个小鼠组织 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Persistence of mature dendritic cells, TH2A, and Tc2 cells characterize clinically resolved atopic dermatitis under IL-4Rα blockade
2021-01-22, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abe2749
PMID:33483337
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了特应性皮炎临床缓解后持续存在的特定免疫细胞群 | 首次发现特应性皮炎临床缓解后仍持续存在的成熟树突状细胞、TH2A细胞和Tc2细胞群,这些细胞构成疾病记忆 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 理解人类疾病中组织驻留免疫记忆的机制 | 接受IL-4Rα阻断剂dupilumab短期和长期治疗的特应性皮炎患者 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序,多重蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | 特应性皮炎患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq,多重蛋白质组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Differential encoding in prefrontal cortex projection neuron classes across cognitive tasks
2021-01-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.11.046
PMID:33338423
|
研究论文 | 本研究探讨小鼠前额叶皮层投射神经元的不同转录组类型如何与轴突投射和多个认知任务中的编码特性相关联 | 首次将单细胞转录组学与系统神经科学方法结合,在分子解剖特征明确的神经元类别中分析认知任务信号的组织方式 | 研究仅限于小鼠前额叶皮层的特定投射神经元类型,可能不适用于其他脑区或物种 | 揭示前额叶皮层不同分子类型投射神经元在认知任务中的编码特性差异 | 小鼠前额叶皮层投射神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学,钙成像 | NA | 基因表达数据,神经活动数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
OCT4 induces embryonic pluripotency via STAT3 signaling and metabolic mechanisms
2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2008890118
PMID:33452132
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和定量免疫荧光技术揭示了OCT4通过STAT3信号通路和代谢机制调控胚胎多能性的新机制 | 发现OCT4通过调控JAK/STAT信号通路和代谢途径(特别是糖酵解限速酶和溶酶体通路)来建立和保护胚胎多能性 | 研究仅在小鼠胚胎中进行,尚未在其他物种验证 | 探究OCT4如何在胚胎中建立和保护多能性谱系 | 对照组和OCT4缺失小鼠囊胚内细胞团 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学,定量免疫荧光 | NA | 转录组数据,图像数据 | 两个发育阶段的小鼠囊胚内细胞团 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Regulation of Immune Responses by Nonhematopoietic Cells in Asthma
2021-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2000885
PMID:33397743
|
综述 | 本文探讨非造血细胞在哮喘免疫反应调控中的重要作用及其与免疫细胞的相互作用机制 | 揭示了肺上皮细胞等非造血细胞通过表达先天传感器和产生促炎分子在哮喘中的新型免疫调控功能 | NA | 阐明非造血细胞在哮喘发病机制中的免疫调控作用 | 肺组织非造血细胞(主要是上皮细胞)及其与免疫细胞的相互作用 | 免疫学 | 哮喘 | 细胞谱系追踪,单细胞RNA测序,反向遗传学方法 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Tuning MPL signaling to influence hematopoietic stem cell differentiation and inhibit essential thrombocythemia progenitors
2021-01-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2017849118
PMID:33384332
|
研究论文 | 本研究开发了一种调节TPO-R信号的新型双特异性抗体,用于调控造血干细胞分化和抑制原发性血小板增多症 | 开发了能够通过不同几何构型调控TPO-R信号强度的双特异性抗体,实现了TPO/TPO-R双重功能的解耦 | NA | 研究调节TPO-R信号对造血干细胞分化和原发性血小板增多症的影响 | 造血干细胞和原发性血小板增多症祖细胞 | 单细胞测序 | 原发性血小板增多症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis of CAR T-cell products reveals subpopulations, stimulation, and exhaustion signatures
2021-01-06, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2020.1866287
PMID:33489472
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示CAR-T细胞产品的亚群组成、激活状态和耗竭特征 | 首次在单细胞水平系统分析CAR-T细胞产品的异质性,发现仅50%的CAR表达细胞在抗原刺激后发生转录变化,并识别出新的T细胞耗竭相关基因 | 样本量较小(仅3名健康供者),需要在更大队列中验证发现 | 深入理解CAR-T细胞的激活机制和异质性特征 | CAR-T细胞产品和外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 恶性肿瘤 | 流式细胞术, 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3名健康供者,53,191个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20306-w
PMID:33397934
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小鼠胸腺中CD4与CD8谱系选择的顺序和逻辑 | 首次在单细胞水平可视化选择中间体中辅助受体基因活性,揭示信号强度影响辅助受体基因活性时序的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类或其他物种中验证 | 阐明CD4/CD8谱系选择的分子机制和时序逻辑 | 小鼠胸腺细胞选择中间体 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量的小鼠胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
The NF-κB regulator Bcl-3 restricts terminal differentiation and promotes memory cell formation of CD8+ T cells during viral infection
2021-01, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1009249
PMID:33508001
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研究论文 | 本研究揭示了Bcl-3在CD8+ T细胞分化过程中的细胞自主性作用,通过调控终末效应细胞与记忆前体效应细胞之间的平衡来影响抗病毒免疫记忆形成 | 首次明确Bcl-3在CD8+ T细胞中的细胞自主性功能,证明其通过调节NF-κB信号通路控制T细胞分化命运 | 研究主要基于淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染模型,在其他病原体感染或疾病背景下的普适性需进一步验证 | 阐明Bcl-3在CD8+ T细胞分化过程中的分子机制及其对免疫记忆形成的影响 | CD8+ T细胞,特别是病毒特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,转基因技术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | Bcl3-/-小鼠和转基因CD8+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
How Do Uterine Natural Killer and Innate Lymphoid Cells Contribute to Successful Pregnancy?
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.607669
PMID:34234770
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综述 | 总结子宫先天淋巴细胞在妊娠过程中的表型和功能多样性研究进展 | 整合单细胞RNA测序和高维流式/质谱细胞术对子宫先天淋巴细胞群体进行详细表征 | 由于子宫组织在月经周期和妊娠期间快速变化的特性,确定各细胞亚群的具体功能具有固有挑战性 | 探讨子宫自然杀伤细胞和先天淋巴细胞如何促进成功妊娠 | 人类和小鼠的子宫先天淋巴细胞(uILCs) | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq),高维流式细胞术,质谱细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
The T-box transcription factor Eomesodermin governs haemogenic competence of yolk sac mesodermal progenitors
2021-01, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-00611-8
PMID:33420489
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研究论文 | 本研究揭示T-box转录因子Eomesodermin在调控卵黄囊中胚层祖细胞造血能力中的关键作用 | 首次证明Eomes通过调控增强子可及性决定中胚层祖细胞的造血能力,将Eomes置于早期血液形成转录层级的顶端 | 使用胚胎干细胞模型进行研究,可能与体内真实发育环境存在差异 | 探究卵黄囊中胚层祖细胞向造血命运定向的分子机制 | 胚胎干细胞模型、卵黄囊中胚层祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Hematopoietic Stem Cells
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1425-9_22
PMID:34057731
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研究论文 | 介绍小鼠骨髓单细胞RNA测序分析的完整实验方案 | 结合Smart-Seq2和mcSCRB-Seq协议优化出板式单细胞分析方法,并整合液滴式高通量方法 | 主要针对小鼠骨髓样本,未涉及其他组织或物种 | 建立造血干细胞单细胞转录组分析的标准实验流程 | 小鼠骨髓造血祖细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
| 18 | 2025-10-06 |
Exploiting Single-Cell Tools in Gene and Cell Therapy
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.702636
PMID:34322133
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综述 | 本文综述了单细胞工具在基因和细胞治疗领域的应用与发展 | 整合单细胞多组学与功能数据,结合空间转录组/蛋白质组学和CRISPR技术推动细胞与基因治疗 | NA | 探讨单细胞技术在基因和细胞治疗中的临床应用 | 单细胞分子特征(基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, CRISPR技术, 碱基编辑 | NA | 单细胞分子数据, 功能数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Automated methods for cell type annotation on scRNA-seq data
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.015
PMID:33613863
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据中自动细胞类型注释的可用工具和基础方法 | 系统总结和比较了基于标记基因数据库、参考表达数据相关性和监督分类标签转移等不同策略的自动化细胞类型注释方法 | NA | 概述单细胞RNA测序数据中自动细胞类型注释的工具和方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督分类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Space-time logic of liver gene expression at sub-lobular scale
2021-01, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-020-00323-1
PMID:33432202
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝脏基因在亚小叶尺度上的时空表达逻辑 | 首次在单细胞水平分析肝脏分区与昼夜节律的相互作用,发现基因表达具有乘性时空效应 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,需要进一步实验验证机制 | 探究肝脏基因在空间分区和时间节律维度上的调控机制 | 小鼠肝脏细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, smFISH | 混合效应模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |