单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 158 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2024-08-07 |
Glioblastoma epigenome profiling identifies SOX10 as a master regulator of molecular tumour subtype
2020-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20225-w
PMID:33339831
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研究论文 | 本文通过多组学分析60个胶质母细胞瘤原发肿瘤，识别出38个亚型主调控因子，并发现SOX10作为RTK I亚型肿瘤的主调控因子 | 首次识别出SOX10作为RTK I亚型胶质母细胞瘤的主调控因子，并展示了其在肿瘤细胞内在和微环境中的作用 | NA | 识别胶质母细胞瘤亚型的主调控因子 | 胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 60个胶质母细胞瘤原发肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
NDRindex: a method for the quality assessment of single-cell RNA-Seq preprocessing data
2020-Dec-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03883-x
PMID:33323107
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研究论文 | 本文提出了一种名为NDRindex的方法，用于评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | NDRindex方法通过计算数据聚集程度来衡量聚类前的数据质量，填补了预处理路径选择上的空白 | NA | 旨在评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Using DenseFly algorithm for cell searching on massive scRNA-seq datasets
2020-Dec-16, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-6651-8
PMID:33327944
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研究论文 | 本文探讨了使用DenseFly算法在单细胞RNA测序数据集中进行细胞搜索的可行性 | DenseFly算法受果蝇嗅觉系统的启发，是一种局部敏感哈希算法，在分类任务中优于FlyHash和SimHash等基准方法 | NA | 开发一种基于DenseFly算法的方法，用于跨单细胞RNA测序数据集的细胞映射 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞搜索 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | DenseFly算法 | 高维数据 | 大规模 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
scTenifoldNet: A Machine Learning Workflow for Constructing and Comparing Transcriptome-wide Gene Regulatory Networks from Single-Cell Data
2020-Dec-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100139
PMID:33336197
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研究论文 | 本文介绍了一种基于主成分回归、低秩张量近似和流形对齐的机器学习工作流程scTenifoldNet，用于从单细胞RNA测序数据构建和比较单细胞基因调控网络（scGRNs） | scTenifoldNet通过比较构建的scGRNs揭示样本间基因表达的调控变化，并能在实际数据中识别与不同生物过程相关的特定基因表达程序 | NA | 开发一种新的机器学习工作流程，用于从单细胞数据构建和比较转录组范围的基因调控网络 | 单细胞基因调控网络的构建和比较 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主成分回归、低秩张量近似、流形对齐 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Cell-Type-Specific Gene Regulatory Networks Underlying Murine Neonatal Heart Regeneration at Single-Cell Resolution
2020-12-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108472
PMID:33296652
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研究论文 | 研究探讨了小鼠新生心脏在心肌梗塞后不同时间点的单细胞转录反应，通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示了心脏再生过程中的基因调控网络。 | 首次在单细胞分辨率下揭示了新生小鼠心脏再生过程中的细胞类型特异性基因调控网络和开放染色质景观的动态变化。 | NA | 阐明小鼠新生心脏在心肌梗塞后的转录反应，并探索增强心脏功能的治疗策略。 | 小鼠新生心脏在心肌梗塞后的不同细胞类型及其转录反应。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞数据 | 多个时间点的小鼠新生心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of an adult human cell atlas of 15 major organs
2020-12-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02210-0
PMID:33287869
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含15个主要器官的成人人类细胞图谱 | 首次系统地描绘了成人多个器官的单细胞转录组图谱，并发现了新的细胞亚型和标记基因 | 研究仅基于一个成人捐赠者的样本，可能存在个体差异的影响 | 揭示人体器官细胞的异质性及其调控网络，为理解健康和疾病相关的生物学机制提供基础 | 成人15个主要器官的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 84,363个细胞，来自一个成人捐赠者的15个组织器官 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
A Distinct Transcriptional Program in Human CAR T Cells Bearing the 4-1BB Signaling Domain Revealed by scRNA-Seq
2020-12-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.07.023
PMID:32755564
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了携带4-1BB信号域的人类CAR T细胞的转录程序 | 发现了与4-1BB共刺激域相关的独特转录程序，并揭示了CAR T细胞在静息和激活状态下的转录特征 | NA | 研究不同共刺激域对CAR T细胞转录状态的影响 | 携带CD3ζ、4-1BB-CD3ζ（BBζ）或CD28-CD3ζ（28ζ）共刺激域的人类T细胞 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 多个CAR T细胞群体和单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Gene signatures from scRNA-seq accurately quantify mast cells in biopsies in asthma
2020-12, Clinical and experimental allergy : journal of the British Society for Allergy and Clinical Immunology
IF:6.3Q1
DOI:10.1111/cea.13732
PMID:32935368
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
H3.3 G34W Promotes Growth and Impedes Differentiation of Osteoblast-Like Mesenchymal Progenitors in Giant Cell Tumor of Bone
2020-12, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-0461
PMID:32967858
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研究论文 | 研究H3.3 G34W突变在骨巨细胞瘤中的作用及其对成骨细胞样间充质祖细胞分化和生长的影响 | 首次揭示了H3.3 G34W突变通过改变表观遗传重塑和转录异常，影响间充质祖细胞的分化轨迹，从而促进骨巨细胞瘤的形成 | NA | 探讨H3.3 G34W突变在骨巨细胞瘤中的作用及其对细胞分化的影响 | 骨巨细胞瘤中的H3.3 G34W突变及其对成骨细胞样间充质祖细胞的影响 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | CRISPR-Cas9 | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学 | 患者样本和肿瘤衍生细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
What has single-cell RNA sequencing revealed about microglial neuroimmunology?
2020-12, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.362
PMID:33085226
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在微胶质细胞研究中的应用及其在神经免疫学领域的最新进展 | 介绍了scRNA-seq在揭示微胶质细胞异质性和可塑性方面的创新应用 | 当前scRNA-seq方法存在高成本、低产量和数据非标准化的问题 | 旨在深入了解scRNA-seq方法在微胶质细胞研究中的进展及其与所用方法的关系 | 微胶质细胞及其在健康和病理条件下的功能和发育 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 涉及多种病理条件下的微胶质细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Single-Cell Techniques and Deep Learning in Predicting Drug Response
2020-12, Trends in pharmacological sciences
IF:13.9Q1
DOI:10.1016/j.tips.2020.10.004
PMID:33153777
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review | 本文综述了单细胞测序技术和深度学习在预测药物反应方面的最新进展 | 结合批量测序数据的见解，深度迁移学习（DTL）可以促进单细胞数据用于训练更优的基于深度学习的药物预测模型 | NA | 探讨单细胞技术和深度学习在药物敏感性预测中的应用 | 单细胞测序技术和深度学习模型 | machine learning | NA | single-cell sequencing | deep learning (DL), deep transfer learning (DTL) | sequence data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Distinct populations of crypt-associated fibroblasts act as signaling hubs to control colon homeostasis
2020-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001032
PMID:33306673
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析成年小鼠结肠，揭示了两种与隐窝相关的结肠成纤维细胞群体及其在结肠稳态中的作用 | 首次详细描述了两种隐窝相关结肠成纤维细胞群体的特征及其在结肠稳态中的不同作用 | NA | 旨在阐明间充质细胞与肠道上皮层之间的通信机制 | 成年小鼠结肠的隐窝相关成纤维细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠结肠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome landscape of ovarian cells during primordial follicle assembly in mice
2020-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001025
PMID:33351795
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，结合多种生物信息学分析方法，揭示了从胚胎E16.5到出生后第3天小鼠卵巢中原始卵泡形成过程中生殖细胞和颗粒细胞的完整动态遗传程序 | 本研究首次报道了小鼠卵巢中原始卵泡形成过程中生殖细胞和颗粒细胞的完整转录组图谱，并发现了多个新的基因表达模式和细胞命运转变点 | NA | 揭示小鼠卵巢中原始卵泡形成过程中生殖细胞和颗粒细胞的遗传调控机制 | 小鼠卵巢中的生殖细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | SCENIC算法 | 转录组数据 | 从胚胎E16.5到出生后第3天的小鼠卵巢样本 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Circulating tumor cell characterization of lung cancer brain metastases in the cerebrospinal fluid through single-cell transcriptome analysis
2020-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.246
PMID:33377642
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，对肺癌脑转移的循环肿瘤细胞在脑脊液中的特征进行了深入研究 | 首次在分子和转录组水平上对脑脊液中的循环肿瘤细胞（CSF-CTCs）进行了全面定义 | 研究样本仅限于五名肺癌脑膜转移患者和三名对照组，样本量较小 | 旨在通过单细胞转录组分析，深入了解肺癌脑转移的循环肿瘤细胞特征 | 肺癌脑膜转移患者的脑脊液中的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 五名肺癌脑膜转移患者和三名对照组的脑脊液细胞，共3792个单细胞转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Resolving the Instructions for αβ T Cell Development
2020-12-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.11.014
PMID:33326761
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研究论文 | Chopp等人利用单细胞转录组学和表观基因组学在鼠和人类样本中描绘了αβ T细胞亚群的发育轨迹，并细化了CD4和CD8 T细胞谱系承诺的动力学选择模型 | 利用单细胞转录组学和表观基因组学技术，细化了CD4和CD8 T细胞谱系承诺的动力学选择模型 | NA | 描绘αβ T细胞亚群的发育轨迹并细化T细胞谱系承诺的模型 | αβ T细胞亚群的发育轨迹 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学和表观基因组学 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics analysis showing functional heterogeneity in decidual stromal cells during labor
2020-Dec-28, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research
IF:2.5Q3
DOI:10.1136/jim-2020-001616
PMID:33372108
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了分娩前后基底层间质细胞的异质性及其功能变化 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了分娩过程中基底层间质细胞的功能异质性 | NA | 研究分娩过程中基底层间质细胞的异质性及其功能变化 | 基底层间质细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6382个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of equine mesenchymal stromal cells from primary donor-matched tissue sources reveals functional heterogeneity in immune modulation and cell motility
2020-12-04, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-02043-5
PMID:33276815
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了从马的三种不同组织来源（脂肪组织、骨髓和外周血）获得的间充质干细胞，揭示了这些细胞在免疫调节和细胞迁移功能上的异质性 | 首次在马的间充质干细胞中使用单细胞RNA测序技术，并结合功能实验验证了转录差异与细胞迁移和免疫调节功能的关系 | NA | 研究间充质干细胞的异质性及其对治疗潜力的影响 | 马的间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从三种植入匹配的组织来源（脂肪组织、骨髓和外周血）收集的马间充质干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Sexually Dimorphic Crosstalk at the Maternal-Fetal Interface
2020-12-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgaa503
PMID:32772088
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研究论文 | 研究胎儿性别如何影响母胎界面的受体配体相互作用，并探讨其在早期胎盘形成中的作用 | 首次定义了早期胎盘形成阶段的性别二态性信号 | NA | 探究胎儿性别对母胎界面相互作用的影响 | 母胎界面的受体配体相互作用及早期胎盘形成 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组 | 晚期第一孕期（约10-13周）的胎盘（胎儿）和蜕膜（母体）样本 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
An atlas of immune cell exhaustion in HIV-infected individuals revealed by single-cell transcriptomics
2020-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2020.1826361
PMID:32954948
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析，揭示了HIV感染者免疫细胞衰竭的图谱 | 首次在单细胞水平上详细描述了HIV感染者免疫细胞衰竭的多样性和特定亚群，并发现了KLRG1受体在HIV特异性衰竭CD8 T细胞中的作用 | 研究样本仅包括四名健康受试者和六名HIV感染者，样本量相对较小 | 探讨HIV感染对免疫细胞衰竭的影响及其分子机制 | 外周血单个核细胞中的免疫细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 37,847个细胞来自四名健康受试者，28,610个细胞来自六名HIV感染者 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics in dermatology
2020-Dec, JAAD international
DOI:10.1016/j.jdin.2020.08.001
PMID:34409338
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究皮肤细胞的转录组特征，揭示皮肤健康与疾病中的细胞异质性 | 利用单细胞RNA测序技术，能够以前所未有的高分辨率分析皮肤细胞的转录组，识别稀有细胞群和细胞间变异 | NA | 深入理解皮肤稳态生理及多种皮肤病的发病机制，并探索新的治疗靶点 | 皮肤细胞及其在健康和疾病状态下的转录组特征 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大量组织样本 | NA | NA | NA | NA |