单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 158 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
Generation of a Single-Cell RNAseq Atlas of Murine Salivary Gland Development
2020-Dec-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101838
PMID:33305192
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术生成了小鼠下颌下腺发育的图谱，揭示了在关键发育事件中的细胞异质性 | 首次生成了小鼠下颌下腺发育的单细胞RNA测序图谱，并识别了与腺泡分化相关的转录因子 | NA | 旨在理解器官发育过程中的动态转录景观，为再生疗法提供模板 | 小鼠下颌下腺的发育过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22 | 2024-08-07 |
GCNG: graph convolutional networks for inferring gene interaction from spatial transcriptomics data
2020-12-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02214-w
PMID:33303016
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研究论文 | 本文开发了图卷积神经网络GCNG，用于从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | GCNG能够结合空间信息和表达数据，推断细胞内外的基因相互作用，并提出新的细胞外相互作用基因对 | NA | 开发一种新方法，能够从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | 基因间的相互作用 | 机器学习 | NA | 图卷积神经网络 | GCNG | 空间转录组数据 | NA |
| 23 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Sequencing in Immunology
2020-Dec, Current genomics
IF:1.8Q3
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫学中的应用及其未来发展方向 | scRNA-seq能够分析复杂的细胞混合物至单个细胞和单个分子水平，适用于多种疾病的免疫反应分析 | NA | 提供单细胞RNA测序在免疫学应用的概述及未来发展方向的展望 | 免疫系统及其在多种病理过程中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 单个细胞 |
| 24 | 2024-08-07 |
scAIDE: clustering of large-scale single-cell RNA-seq data reveals putative and rare cell types
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa082
PMID:33575628
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研究论文 | 本文介绍了一种新的无监督深度学习聚类框架scAIDE，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析，以识别潜在和稀有细胞类型 | scAIDE结合了自动编码器插补网络和距离保持嵌入网络（AIDE）来学习数据表示，并应用基于随机投影哈希的k均值算法来检测稀有细胞类型 | NA | 开发一种准确且高效的计算方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析 | 大规模单细胞RNA测序数据中的潜在和稀有细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | RNA测序数据 | 130万神经细胞 |
| 25 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals regulation of fetal ovary development in the monkey (Macaca fascicularis)
2020-Dec-29, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00219-0
PMID:33372178
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了12,471个来自整个胎儿卵巢的细胞，探讨了原始生殖细胞与微环境细胞之间的相互作用 | 首次在单细胞分辨率下描绘了胎儿卵巢发育的两个生发波，并发现ZGLP1在猴子和老鼠中的表达模式不同，表明其在灵长类动物中可能参与减数分裂的进入而非激活生发程序 | NA | 揭示灵长类动物胎儿卵巢发育的分子和细胞基础 | 胎儿卵巢中的原始生殖细胞和微环境细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12,471个细胞 |
| 26 | 2024-08-07 |
Gamete binning: chromosome-level and haplotype-resolved genome assembly enabled by high-throughput single-cell sequencing of gamete genomes
2020-12-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02235-5
PMID:33372615
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研究论文 | 本文开发了一种基于单细胞测序的配子分箱方法，用于生成异源合子基因组的染色体水平和单体型解析的基因组组装 | 提出了配子分箱方法，通过单细胞测序的单倍体配子实现全基因组测序读数的单体型特异性读数集分离 | NA | 解决生成异源合子基因组的染色体水平和单体型解析组装的挑战 | 异源合子基因组的染色体水平和单体型解析组装 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 445个单个花粉粒 |
| 27 | 2024-08-07 |
Glioblastoma epigenome profiling identifies SOX10 as a master regulator of molecular tumour subtype
2020-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20225-w
PMID:33339831
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研究论文 | 本文通过多组学分析60个胶质母细胞瘤原发肿瘤，识别出38个亚型主调控因子，并发现SOX10作为RTK I亚型肿瘤的主调控因子 | 首次识别出SOX10作为RTK I亚型胶质母细胞瘤的主调控因子，并展示了其在肿瘤细胞内在和微环境中的作用 | NA | 识别胶质母细胞瘤亚型的主调控因子 | 胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 60个胶质母细胞瘤原发肿瘤样本 |
| 28 | 2024-08-07 |
NDRindex: a method for the quality assessment of single-cell RNA-Seq preprocessing data
2020-Dec-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03883-x
PMID:33323107
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研究论文 | 本文提出了一种名为NDRindex的方法，用于评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | NDRindex方法通过计算数据聚集程度来衡量聚类前的数据质量，填补了预处理路径选择上的空白 | NA | 旨在评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个单细胞RNA测序数据集 |
| 29 | 2024-08-07 |
Using DenseFly algorithm for cell searching on massive scRNA-seq datasets
2020-Dec-16, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-6651-8
PMID:33327944
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研究论文 | 本文探讨了使用DenseFly算法在单细胞RNA测序数据集中进行细胞搜索的可行性 | DenseFly算法受果蝇嗅觉系统的启发，是一种局部敏感哈希算法，在分类任务中优于FlyHash和SimHash等基准方法 | NA | 开发一种基于DenseFly算法的方法，用于跨单细胞RNA测序数据集的细胞映射 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞搜索 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | DenseFly算法 | 高维数据 | 大规模 |
| 30 | 2024-08-07 |
scTenifoldNet: A Machine Learning Workflow for Constructing and Comparing Transcriptome-wide Gene Regulatory Networks from Single-Cell Data
2020-Dec-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100139
PMID:33336197
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研究论文 | 本文介绍了一种基于主成分回归、低秩张量近似和流形对齐的机器学习工作流程scTenifoldNet，用于从单细胞RNA测序数据构建和比较单细胞基因调控网络（scGRNs） | scTenifoldNet通过比较构建的scGRNs揭示样本间基因表达的调控变化，并能在实际数据中识别与不同生物过程相关的特定基因表达程序 | NA | 开发一种新的机器学习工作流程，用于从单细胞数据构建和比较转录组范围的基因调控网络 | 单细胞基因调控网络的构建和比较 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主成分回归、低秩张量近似、流形对齐 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
Cell-Type-Specific Gene Regulatory Networks Underlying Murine Neonatal Heart Regeneration at Single-Cell Resolution
2020-12-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108472
PMID:33296652
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研究论文 | 研究探讨了小鼠新生心脏在心肌梗塞后不同时间点的单细胞转录反应，通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示了心脏再生过程中的基因调控网络。 | 首次在单细胞分辨率下揭示了新生小鼠心脏再生过程中的细胞类型特异性基因调控网络和开放染色质景观的动态变化。 | NA | 阐明小鼠新生心脏在心肌梗塞后的转录反应，并探索增强心脏功能的治疗策略。 | 小鼠新生心脏在心肌梗塞后的不同细胞类型及其转录反应。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞数据 | 多个时间点的小鼠新生心脏样本 |
| 32 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of an adult human cell atlas of 15 major organs
2020-12-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02210-0
PMID:33287869
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含15个主要器官的成人人类细胞图谱 | 首次系统地描绘了成人多个器官的单细胞转录组图谱，并发现了新的细胞亚型和标记基因 | 研究仅基于一个成人捐赠者的样本，可能存在个体差异的影响 | 揭示人体器官细胞的异质性及其调控网络，为理解健康和疾病相关的生物学机制提供基础 | 成人15个主要器官的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 84,363个细胞，来自一个成人捐赠者的15个组织器官 |
| 33 | 2024-08-07 |
Three-Dimensional Human Alveolar Stem Cell Culture Models Reveal Infection Response to SARS-CoV-2
2020-12-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.10.004
PMID:33142113
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研究论文 | 本文开发了一种无饲养层、长期的三维（3D）培养技术，用于从人肺组织中提取的人肺泡II型细胞（hAT2），并研究了其对SARS-CoV-2感染的反应 | 首次开发了一种无饲养层的三维培养技术，用于长期培养hAT2细胞，并揭示了SARS-CoV-2感染后的快速病毒复制和免疫反应 | NA | 研究SARS-CoV-2在hAT2细胞中的发病机制，并为呼吸系统疾病提供3D hAT2培养模型 | 人肺泡II型细胞（hAT2）及其对SARS-CoV-2感染的反应 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 三维（3D）培养技术 | NA | 图像和单细胞转录组 | 从人肺组织中提取的hAT2细胞 |
| 34 | 2024-08-07 |
A Distinct Transcriptional Program in Human CAR T Cells Bearing the 4-1BB Signaling Domain Revealed by scRNA-Seq
2020-12-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.07.023
PMID:32755564
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了携带4-1BB信号域的人类CAR T细胞的转录程序 | 发现了与4-1BB共刺激域相关的独特转录程序，并揭示了CAR T细胞在静息和激活状态下的转录特征 | NA | 研究不同共刺激域对CAR T细胞转录状态的影响 | 携带CD3ζ、4-1BB-CD3ζ（BBζ）或CD28-CD3ζ（28ζ）共刺激域的人类T细胞 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 多个CAR T细胞群体和单细胞样本 |
| 35 | 2024-08-07 |
Gene signatures from scRNA-seq accurately quantify mast cells in biopsies in asthma
2020-12, Clinical and experimental allergy : journal of the British Society for Allergy and Clinical Immunology
IF:6.3Q1
DOI:10.1111/cea.13732
PMID:32935368
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
H3.3 G34W Promotes Growth and Impedes Differentiation of Osteoblast-Like Mesenchymal Progenitors in Giant Cell Tumor of Bone
2020-12, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-0461
PMID:32967858
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研究论文 | 研究H3.3 G34W突变在骨巨细胞瘤中的作用及其对成骨细胞样间充质祖细胞分化和生长的影响 | 首次揭示了H3.3 G34W突变通过改变表观遗传重塑和转录异常，影响间充质祖细胞的分化轨迹，从而促进骨巨细胞瘤的形成 | NA | 探讨H3.3 G34W突变在骨巨细胞瘤中的作用及其对细胞分化的影响 | 骨巨细胞瘤中的H3.3 G34W突变及其对成骨细胞样间充质祖细胞的影响 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | CRISPR-Cas9 | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学 | 患者样本和肿瘤衍生细胞 |
| 37 | 2024-08-07 |
What has single-cell RNA sequencing revealed about microglial neuroimmunology?
2020-12, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.362
PMID:33085226
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在微胶质细胞研究中的应用及其在神经免疫学领域的最新进展 | 介绍了scRNA-seq在揭示微胶质细胞异质性和可塑性方面的创新应用 | 当前scRNA-seq方法存在高成本、低产量和数据非标准化的问题 | 旨在深入了解scRNA-seq方法在微胶质细胞研究中的进展及其与所用方法的关系 | 微胶质细胞及其在健康和病理条件下的功能和发育 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 涉及多种病理条件下的微胶质细胞样本 |
| 38 | 2024-08-07 |
Single-Cell Techniques and Deep Learning in Predicting Drug Response
2020-12, Trends in pharmacological sciences
IF:13.9Q1
DOI:10.1016/j.tips.2020.10.004
PMID:33153777
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review | 本文综述了单细胞测序技术和深度学习在预测药物反应方面的最新进展 | 结合批量测序数据的见解，深度迁移学习（DTL）可以促进单细胞数据用于训练更优的基于深度学习的药物预测模型 | NA | 探讨单细胞技术和深度学习在药物敏感性预测中的应用 | 单细胞测序技术和深度学习模型 | machine learning | NA | single-cell sequencing | deep learning (DL), deep transfer learning (DTL) | sequence data | NA |
| 39 | 2024-08-07 |
Distinct populations of crypt-associated fibroblasts act as signaling hubs to control colon homeostasis
2020-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001032
PMID:33306673
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析成年小鼠结肠，揭示了两种与隐窝相关的结肠成纤维细胞群体及其在结肠稳态中的作用 | 首次详细描述了两种隐窝相关结肠成纤维细胞群体的特征及其在结肠稳态中的不同作用 | NA | 旨在阐明间充质细胞与肠道上皮层之间的通信机制 | 成年小鼠结肠的隐窝相关成纤维细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠结肠样本 |
| 40 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome landscape of ovarian cells during primordial follicle assembly in mice
2020-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001025
PMID:33351795
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，结合多种生物信息学分析方法，揭示了从胚胎E16.5到出生后第3天小鼠卵巢中原始卵泡形成过程中生殖细胞和颗粒细胞的完整动态遗传程序 | 本研究首次报道了小鼠卵巢中原始卵泡形成过程中生殖细胞和颗粒细胞的完整转录组图谱，并发现了多个新的基因表达模式和细胞命运转变点 | NA | 揭示小鼠卵巢中原始卵泡形成过程中生殖细胞和颗粒细胞的遗传调控机制 | 小鼠卵巢中的生殖细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | SCENIC算法 | 转录组数据 | 从胚胎E16.5到出生后第3天的小鼠卵巢样本 |