本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Expression of SARS-CoV-2 Entry Factors in the Pancreas of Normal Organ Donors and Individuals with COVID-19
2020-12-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.005
PMID:33207244
|
研究论文 | 本研究通过分析胰腺组织中SARS-CoV-2进入因子ACE2的表达模式,探讨COVID-19与糖尿病之间的潜在关联 | 首次系统评估了人类胰腺在整个生命周期中ACE2的表达分布,并结合COVID-19患者胰腺组织验证了SARS-CoV-2的感染特征 | 内分泌细胞中ACE2的mRNA表达罕见,且病毒核衣壳蛋白主要局限于导管,限制了病毒直接感染内分泌细胞的证据 | 探究SARS-CoV-2感染是否通过ACE2直接感染胰腺内分泌细胞导致糖尿病发生 | 正常器官捐献者的胰腺组织和COVID-19患者的胰腺组织 | 数字病理学 | COVID-19, 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 蛋白质印迹法, 免疫定位 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 五个公共单细胞RNA测序数据集和多个人类胰腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
The cellular basis of distinct thirst modalities
2020-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2821-8
PMID:33057193
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了哺乳动物大脑中不同口渴模式的细胞基础 | 首次使用刺激-细胞类型映射方法识别了介导不同类型口渴的特异性神经元组合 | NA | 探索大脑中不同口渴模式的编码机制 | 哺乳动物大脑终板室周器官的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 光遗传学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Single-Nucleus RNA-Sequencing Profiling of Mouse Lung. Reduced Dissociation Bias and Improved Rare Cell-Type Detection Compared with Single-Cell RNA Sequencing
2020-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2020-0095MA
PMID:32804550
|
研究论文 | 本研究开发了适用于小鼠肺组织的单核RNA测序方案,并与单细胞RNA测序进行比较分析 | 首次建立了肺组织单核RNA测序方案,解决了传统单细胞测序中的解离偏差问题,提高了稀有细胞类型的检测能力 | 研究仅针对小鼠肺组织,尚未验证在其他物种或组织类型中的适用性 | 比较单核RNA测序与单细胞RNA测序在肺组织研究中的性能差异 | 小鼠肺组织细胞和细胞核 | 单细胞组学 | NA | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组测序数据 | 16,110个单核转录组和11,934个单细胞转录组 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
| 4 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of human islet ontogeny defines the molecular basis of β-cell dedifferentiation in T2D
2020-12, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2020.101057
PMID:32739450
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类胰岛细胞发育成熟的分子程序以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础 | 首次详细描绘了人类胰岛α和β细胞在个体发育过程中的成熟程序,并揭示了2型糖尿病中胰岛细胞转录组成熟度丧失的分子机制 | 研究样本量有限,未能确定β细胞去分化在2型糖尿病中的普遍程度和可塑性 | 阐明人类胰岛细胞发育成熟的分子程序以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础 | 人类胰岛α细胞和β细胞 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 非糖尿病和2型糖尿病供体的胰岛组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing of Developing Human Gut Reveals Transcriptional Links to Childhood Crohn's Disease
2020-12-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.11.010
PMID:33290721
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序绘制了人类肠道发育图谱,并揭示了与儿童克罗恩病的转录关联 | 发现了不同于LGR5表达细胞的循环上皮前体细胞,揭示了胎儿转录因子在克罗恩病中的重新激活 | 研究仅涵盖6-10周孕期的肠道发育阶段,样本时间范围有限 | 解析人类肠道发育过程及其与儿童克罗恩病的关联机制 | 发育中的人类肠道组织(6-10周孕期)和儿童克罗恩病患者上皮组织 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 发育期肠道组织(6-10周孕期)和儿童克罗恩病匹配健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Generation of a Single-Cell RNAseq Atlas of Murine Salivary Gland Development
2020-Dec-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101838
PMID:33305192
|
研究论文 | 构建了小鼠颌下腺发育过程的单细胞RNA测序图谱,揭示了关键发育阶段的细胞异质性 | 首次创建了小鼠唾液腺发育的单细胞转录组图谱,识别了腺泡和导管细胞群的可塑性及与腺泡分化相关的转录因子 | 仅针对小鼠模型进行研究,未涉及人类或其他物种的验证 | 解析器官发育过程中的动态转录景观,为再生治疗提供模板 | 小鼠颌下腺 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Single-cell atlas of the first intra-mammalian developmental stage of the human parasite Schistosoma mansoni
2020-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20092-5
PMID:33339816
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了曼氏血吸虫早期哺乳动物内发育阶段的细胞类型图谱 | 首次提供了曼氏血吸虫最早哺乳动物内发育阶段(血吸虫体)的单细胞分辨率转录组图谱 | 仅针对两天龄的血吸虫体进行研究,未覆盖其他发育阶段 | 解析血吸虫在哺乳动物宿主内早期发育的细胞类型组成和转录动态 | 曼氏血吸虫两天龄血吸虫体 | 单细胞生物学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序,原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 两天龄曼氏血吸虫血吸虫体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Transfer learning efficiently maps bone marrow cell types from mouse to human using single-cell RNA sequencing
2020-12-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01463-6
PMID:33277618
|
研究论文 | 本研究利用迁移学习技术,通过单细胞RNA测序数据实现小鼠与人类骨髓细胞类型的高效跨物种映射 | 首次将迁移学习应用于跨物种单细胞RNA测序数据分析,证明简单逻辑回归模型能达到与复杂神经网络相当的性能 | 某些人类细胞类型难以准确识别,表明物种间存在重要生物学差异 | 开发跨物种骨髓细胞类型映射方法 | 小鼠和人类骨髓细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多类逻辑回归, 人工神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling across the nonalcoholic fatty liver disease spectrum reveals gene signatures for steatohepatitis and fibrosis
2020-12-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aba4448
PMID:33268509
|
研究论文 | 通过转录组分析揭示非酒精性脂肪性肝病谱系中脂肪性肝炎和纤维化的基因特征 | 首次在大规模多中心研究中系统识别出25个与纤维化进展相关的差异表达基因特征,并通过单细胞RNA测序数据解析了肝内特定细胞群的贡献 | 研究样本量有限,需要进一步验证这些生物标志物在更广泛人群中的临床应用价值 | 探索非酒精性脂肪性肝病进展至肝硬化的分子机制并识别潜在的循环生物标志物 | 非酒精性脂肪性肝病患者肝组织和血清样本 | 转录组学 | 非酒精性脂肪性肝病 | RNA测序,单细胞RNA测序,SomaScan蛋白分析 | 逻辑回归模型 | 转录组数据,蛋白质组数据 | 发现队列206例患者,验证队列175例患者,300多份血清样本 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Spatio-temporal regulation of gene expression defines subpopulations of epidermal stem cells
2020-12-18, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20200740
PMID:33170265
|
综述 | 探讨表皮干细胞亚群中基因表达的时空调控机制及其在再生医学中的意义 | 通过单细胞转录组学揭示表皮干细胞的高度异质性,并利用伪时间推断、RNA速率和细胞熵分析发现表皮干细胞的可塑性特征 | 未明确说明研究样本的具体数量或实验验证的局限性 | 阐明表皮干细胞的异质性特征及其在再生医学中的潜在应用 | 表皮干细胞及其在角质形成细胞中的亚群 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学,伪时间推断,RNA速率分析,细胞熵计算 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs
2020-12-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006229
PMID:32614947
|
研究论文 | 通过单细胞分析和机器学习鉴定人PSCs来源的造血祖细胞和HSC样细胞 | 结合单细胞RNA测序与蛋白质表达分析,利用人工神经网络识别hPSCs衍生的HSPCs表型,包括HSC样细胞群体 | HSC样细胞群体随分化进程减少,且CD43表达筛选的数据集中完全缺失该群体 | 优化体外生产功能性造血干细胞的方法 | 人多能干细胞(hPSCs)衍生的造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 机器学习 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq), 单细胞蛋白质表达分析 | 人工神经网络(ANN) | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Three-Dimensional Human Alveolar Stem Cell Culture Models Reveal Infection Response to SARS-CoV-2
2020-12-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.10.004
PMID:33142113
|
研究论文 | 开发三维人类肺泡干细胞培养模型研究SARS-CoV-2感染反应 | 建立无饲养层长期三维培养系统,首次实现基于原代人类肺组织的肺泡上皮细胞感染动态追踪 | 模型仍需原代人类肺组织来源,未涉及其他呼吸道细胞类型 | 研究SARS-CoV-2在人类肺泡干细胞中的感染机制和免疫反应 | 人类肺泡Ⅱ型细胞(hAT2) | 细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序,成像分析 | 三维细胞培养模型 | 图像数据,基因表达数据 | 原代人类肺组织来源的hAT2细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Single-cell gene profiling and lineage tracing analyses revealed novel mechanisms of endothelial repair by progenitors
2020-Dec, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-020-03480-4
PMID:32166394
|
研究论文 | 通过单细胞基因分析和谱系追踪揭示祖细胞修复血管内皮的新机制 | 首次结合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术揭示c-Kit阳性祖细胞在主动脉内皮更新中的关键作用及代谢重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类血管疾病中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明内源性血管祖细胞在大血管内皮修复中的细胞异质性和功能作用 | 小鼠主动脉中的c-Kit阳性干细胞/祖细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪, 假时序分析, 体外细胞实验 | 遗传谱系追踪小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠主动脉c-Kit细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
ReactomeGSA - Efficient Multi-Omics Comparative Pathway Analysis
2020-12, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1074/mcp.TIR120.002155
PMID:32907876
|
研究论文 | 介绍ReactomeGSA资源,用于多组学数据集的比较通路分析 | 开发了支持多组学数据集和跨物种比较的自动化通路分析工具,特别支持单细胞RNA-seq数据 | NA | 降低多组学、跨物种比较通路分析的技术门槛 | 多组学数据集、不同物种数据、B细胞在抗肿瘤免疫中的作用 | 生物信息学 | 肺癌、黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq、转录组学、蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据 | 来自TCGA的5个转录组研究和CPTAC的2个蛋白质组研究的人类癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Group 2 Innate Lymphoid Cells Coordinate Damage Response in the Stomach
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.051
PMID:32891625
|
研究论文 | 本研究揭示了第2组先天淋巴细胞在胃黏膜损伤修复过程中协调化生反应的关键作用 | 首次发现ILC2细胞通过产生IL-13等细胞因子协调胃损伤后的上皮重编程和化生反应 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究第2组先天淋巴细胞在胃上皮损伤修复中的功能机制 | C57BL/6J野生型和RAG1敲除小鼠,胃腺癌患者的胃组织 | 免疫学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,定量PCR,免疫细胞化学,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | 小鼠模型和人类胃组织微阵列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Manipulating niche composition limits damage to haematopoietic stem cells during Plasmodium infection
2020-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-00601-w
PMID:33230302
|
研究论文 | 本研究通过小鼠疟疾模型揭示了感染期间骨髓微环境变化对造血干细胞功能的影响机制 | 首次发现感染通过干扰素影响骨髓微环境组成,特别是成骨细胞大量丢失和内皮细胞功能改变,并证明甲状旁腺激素治疗可逆转感染引发的造血干细胞增殖 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究骨髓微环境在介导感染对造血干细胞影响中的作用机制 | 小鼠造血干细胞和骨髓微环境细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, 数学建模, 移植实验, 活体显微镜 | NA | 单细胞转录组数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Downregulation of M Current Is Coupled to Membrane Excitability in Sympathetic Neurons Before the Onset of Hypertension
2020-12, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和电生理技术揭示了自发性高血压大鼠星状神经节神经元在高血压前期即出现异常兴奋性的机制 | 首次发现高血压前期星状神经节神经元M电流下调与膜兴奋性异常的直接关联,并在人类组织中验证了关键离子通道转录本的保守性 | 研究主要基于动物模型,人类组织的验证数据有限,疾病初期阶段的生物物理特性尚未完全阐明 | 探究高血压前期星状神经节神经元异常兴奋性的电生理机制 | 自发性高血压大鼠(SHRs)的星状神经节神经元和人类星状神经节组织 | 神经科学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,分子生物学,穿孔膜片钳技术 | NA | 电生理数据,基因表达数据 | 自发性高血压大鼠星状神经节神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Kidney Single-Cell Atlas Reveals Myeloid Heterogeneity in Progression and Regression of Kidney Disease
2020-12, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020060806
PMID:32978267
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术构建肾脏单细胞图谱,揭示骨髓细胞亚群在肾脏疾病进展和消退过程中的异质性 | 首次在单细胞转录组水平系统揭示肾脏疾病中12种骨髓细胞亚群,发现新型Mmp12+巨噬细胞亚群在修复过程中的作用 | 研究基于小鼠可逆性单侧输尿管梗阻模型,人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 解析骨髓细胞亚群在肾脏损伤和修复过程中的作用机制 | 小鼠肾脏组织中的骨髓细胞亚群 | 单细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,配对血液交换 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 整合液滴法和板式单细胞RNA测序技术 |
| 19 | 2025-10-07 |
Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029
PMID:32828819
|
研究论文 | 本研究揭示了肠道微生物通过产生琥珀酸促进簇细胞分化,从而抑制回肠炎症的机制 | 首次发现琥珀酸介导的微生物-簇细胞互作在克罗恩病中的保护作用,并鉴定出ATOH1非依赖性簇细胞亚群 | 样本量有限(人类样本n=33),机制研究主要基于小鼠模型 | 研究肠道簇细胞在克罗恩病炎症反应中的功能机制 | 克罗恩病患者肠道组织、小鼠炎症模型、肠道微生物 | 肠道免疫学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析、显微成像、细胞因子检测 | NA | 基因表达数据、代谢组数据、微生物组数据、图像数据 | 人类样本33例(19例克罗恩病患者+14例健康对照),多种基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2024-11-18 |
SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-12-26, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa151
PMID:33367645
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SoupX的方法,用于去除基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 提出了一种新的方法SoupX,用于量化污染程度并估计经过背景校正的细胞表达谱,该方法可以无缝集成到现有的下游分析工具中 | NA | 开发一种工具,用于去除基于液滴的单细胞RNA测序实验中的环境RNA污染 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个数据集,使用多种液滴测序技术 | NA | NA | NA | NA |