单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 158 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-11-18 |
SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-12-26, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa151
PMID:33367645
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SoupX的方法，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 提出了一种新的方法SoupX，用于量化污染程度并估计经过背景校正的细胞表达谱，该方法可以无缝集成到现有的下游分析工具中 | NA | 开发一种工具，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序实验中的环境RNA污染 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个数据集，使用多种液滴测序技术 |
| 2 | 2024-11-18 |
Identification of a differentiation stall in epithelial mesenchymal transition in histone H3-mutant diffuse midline glioma
2020-12-15, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa136
PMID:33319914
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研究论文 | 研究分析了H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用，发现该突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 首次揭示了H3K27M突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 研究依赖于公开的RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用及其对早期脑发育的影响 | H3K27M突变和非K27M的儿童胶质瘤 | NA | 脑瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 多个公开的RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据集 |
| 3 | 2024-11-18 |
DrivAER: Identification of driving transcriptional programs in single-cell RNA sequencing data
2020-12-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa122
PMID:33301553
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DrivAER的机器学习方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别驱动转录程序 | DrivAER利用自编码器基于相关性评分来识别驱动转录程序，通过迭代评估每个基因集对结果变量的信息内容 | NA | 开发一种专门的方法，用于功能解释单细胞RNA测序数据中的细胞图谱 | 单细胞RNA测序数据中的驱动转录程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | RNA测序数据 | NA |
| 4 | 2024-10-08 |
Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029
PMID:32828819
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研究论文 | 研究肠道微生物产生的琥珀酸如何促进簇状细胞的特化，从而抑制回肠炎症 | 发现肠道微生物产生的琥珀酸能够促进簇状细胞的扩展，从而减少慢性肠道炎症 | 研究主要基于小鼠模型和少量患者样本，需要进一步在人类中验证 | 探讨簇状细胞在克罗恩病中的作用及其与肠道微生物的关系 | 簇状细胞、肠道微生物、琥珀酸 | NA | 克罗恩病 | 显微镜检查、单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析 | NA | 组织样本 | 19名回肠克罗恩病患者、14名健康个体、TNFΔARE/+小鼠、Atoh1敲除小鼠 |
| 5 | 2024-10-04 |
Atlas of Musculoskeletal Stem Cells with the Soft and Hard Tissue Differentiation Architecture
2020-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202000938
PMID:33304744
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研究论文 | 研究通过高吞吐量单细胞RNA测序分析了E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞，揭示了肌肉骨骼干细胞（MSSC）及其在软硬组织分化中的架构 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了肌肉骨骼干细胞的身份及其在软硬组织分化中的架构，并验证了Scx基因在MSSC自我更新和增殖潜力中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果 | 揭示肌肉骨骼干细胞在肢体发育中的分子机制和细胞程序 | E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的肌肉骨骼干细胞及其分化架构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞样本 |
| 6 | 2024-09-11 |
A Molecular Calcium Integrator Reveals a Striatal Cell Type Driving Aversion
2020-12-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.11.015
PMID:33308478
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研究论文 | 本文介绍了一种分子技术FLiCRE，用于稳定标记表现出细胞内钙浓度增加的细胞，并在小鼠伏隔核中使用单细胞RNA测序检测FLiCRE转录本 | 开发了一种新的分子技术FLiCRE，能够在细胞内钙浓度增加时稳定标记细胞，并利用单细胞RNA测序同时读取细胞类型和钙激活历史 | NA | 开发一种分子技术，用于精确分析、选择和重新编程异质细胞群体 | 小鼠伏隔核中的神经元群体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠伏隔核中的神经元群体 |
| 7 | 2024-09-08 |
Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs
2020-12-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006229
PMID:32614947
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和单细胞蛋白表达分析，结合机器学习方法，研究了从人多能干细胞（hPSCs）分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性 | 本文首次使用人工神经网络结合单细胞RNA测序数据，识别出从hPSCs分化出的造血干细胞样细胞，并发现了与功能性造血干细胞相关的转录因子和分子通路 | 本文发现的造血干细胞样细胞是短暂的，且在基于CD43表达选择的细胞数据集中完全缺失 | 研究从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性，并探索提高体外造血干细胞生成的方法 | 从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 人工神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 从人胎儿肝脏和hPSCs分化出的细胞 |
| 8 | 2024-08-13 |
A community-based transcriptomics classification and nomenclature of neocortical cell types
2020-12, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0685-8
PMID:32839617
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录组学的哺乳动物新皮层细胞类型的分类和命名法，旨在通过社区合作和数据聚合模型来统一和标准化细胞类型的分类。 | 首次提出基于单细胞转录组学的高通量测量方法，并建议采用基于转录组的分类法和标准化命名法，以及社区合作的数据聚合模型。 | NA | 为了理解皮层电路的功能，需要对细胞多样性进行分类和命名，以实现对细胞类型的统一和标准化。 | 哺乳动物新皮层的细胞类型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9 | 2024-08-10 |
Lung transplantation for patients with severe COVID-19
2020-12-16, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abe4282
PMID:33257409
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研究论文 | 本文报告了三名患有难治性COVID-19相关呼吸衰竭患者的肺移植结果，并使用单分子荧光原位杂交（smFISH）检测了SARS-CoV-2 RNA，进行了细胞外基质成像和单细胞RNA测序。 | 首次使用smFISH技术检测移植肺组织中的SARS-CoV-2 RNA，并通过机器学习比较了晚期COVID-19患者与肺纤维化患者的单细胞RNA测序数据。 | 研究样本量较小，仅包括三名患者，且未讨论长期移植后的生存率和并发症。 | 探讨肺移植作为难治性COVID-19相关呼吸衰竭患者的一种潜在救命治疗方法的可行性和效果。 | 患有难治性COVID-19相关呼吸衰竭的患者及其移植后的肺组织。 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单分子荧光原位杂交（smFISH） | 机器学习 | RNA测序数据 | 三名接受肺移植的患者和两名因COVID-19相关肺炎死亡的患者 |
| 10 | 2024-08-07 |
In vitro Targeting of Transcription Factors to Control the Cytokine Release Syndrome in COVID-19
2020-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.12.29.424728
PMID:33398281
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研究论文 | 本研究系统探索了COVID-19中细胞因子释放综合征（CRS）相关的炎症细胞因子的转录调节因子，以识别可用于治疗目标的候选转录因子（TFs）和已批准的药物 | 发现了581个显著相关的TF-细胞因子基因相互作用，并识别出19个可作为FDA批准药物靶点的TFs，以及10种药物和25种药物组合在体外抑制细胞因子产生的效果 | NA | 寻找治疗COVID-19患者细胞因子释放综合征（CRS）的潜在治疗方法 | COVID-19患者的细胞因子释放综合征（CRS）及其相关的转录因子 | 生物医学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液细胞 |
| 11 | 2024-08-07 |
Structural Variability, Expression Profile, and Pharmacogenetic Properties of TMPRSS2 Gene as a Potential Target for COVID-19 Therapy
2020-12-25, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12010019
PMID:33375616
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研究论文 | 本文研究了TMPRSS2基因的结构变异性、表达谱和药物遗传学特性，探讨其作为COVID-19治疗潜在靶点的可能性 | 首次分析了TMPRSS2基因在76个人群中的结构变异性，并发现了与前列腺癌相关的错义突变在不同人群中的分布模式 | 未提及具体限制 | 探讨TMPRSS2基因作为COVID-19治疗潜在靶点的可能性 | TMPRSS2基因的结构变异性、表达谱和药物遗传学特性 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 76个人群 |
| 12 | 2024-08-07 |
Short-Chain Fatty Acid-Producing Gut Microbiota Is Decreased in Parkinson's Disease but Not in Rapid-Eye-Movement Sleep Behavior Disorder
2020-Dec-08, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00797-20
PMID:33293403
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研究论文 | 本研究通过16S rRNA测序分析了26名快速眼动睡眠行为障碍（iRBD）患者和137名对照组的肠道微生物群，并与223名帕金森病（PD）患者的肠道微生物群进行了比较，发现短链脂肪酸（SCFA）产生菌在PD患者中减少，而在iRBD患者中未见显著减少。 | 首次对iRBD患者的肠道微生物群进行了大规模分析，并与PD患者的肠道微生物群进行了比较，揭示了SCFA产生菌在两种疾病中的不同变化。 | 研究样本主要来自日本和德国，可能存在地域偏差；仅分析了肠道微生物群的组成，未探讨其功能。 | 探讨帕金森病和快速眼动睡眠行为障碍患者肠道微生物群的差异及其与疾病发展的关系。 | 帕金森病和快速眼动睡眠行为障碍患者的肠道微生物群。 | NA | 帕金森病 | 16S rRNA测序 | NA | 微生物群数据 | 26名iRBD患者，137名对照组，223名PD患者 |
| 13 | 2024-08-07 |
Transfer learning efficiently maps bone marrow cell types from mouse to human using single-cell RNA sequencing
2020-12-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01463-6
PMID:33277618
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和迁移学习技术，成功实现了从小鼠到人类骨髓细胞类型的有效映射 | 首次展示了迁移学习在跨物种骨髓生物学映射中的应用，并证明了简单机器学习模型在有限数据下重建复杂生物学的能力 | 某些人类细胞类型难以识别，表明物种间存在重要的生物学差异 | 探索迁移学习在跨物种生物学研究中的应用 | 小鼠和人类的骨髓细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多类逻辑回归模型 | 数据 | 少于10个人类细胞类型 |
| 14 | 2024-08-05 |
Heterogeneous groups of alveolar type II cells in lung homeostasis and repair
2020-12-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00341.2020
PMID:32903031
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mini review | 本文讨论了不同亚群的肺泡II型细胞及其在稳态、损伤后和病理条件下的功能 | 发现了不同亚型的肺泡II型细胞具有不同的自我更新和分化能力 | 研究未深入探讨所有可能的AT2细胞亚群及其功能 | 探讨肺泡II型细胞在肺部稳态和修复中的作用及其异质性 | 肺泡II型细胞的不同亚群及其在不同环境中的功能 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-05 |
Single-cell gene profiling and lineage tracing analyses revealed novel mechanisms of endothelial repair by progenitors
2020-Dec, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-020-03480-4
PMID:32166394
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研究论文 | 本研究揭示了干/祖细胞在大血管内皮修复中的新机制 | 展示了c-Kit谱系细胞在主动脉内皮更新和替代中的关键作用 | 未详细探讨细胞内在机制和其他类型祖细胞的潜在功能 | 阐明内源性血管干/祖细胞在大血管内皮修复中的角色 | 内源性c-Kit细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 使用小鼠模型进行的实验和细胞样本分析 |
| 16 | 2024-08-05 |
Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study
2020-12-15, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108491
PMID:33326796
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研究论文 | 这篇文章研究了受扰流对内皮细胞的重编程影响 | 该研究揭示了扰流如何导致内皮细胞从抗动脉粥样硬化表型转变为促动脉粥样硬化表型及其潜在的新型免疫细胞样表型 | NA | 深入理解扰流对内皮细胞基因表达的机制 | 来自小鼠部分颈动脉结扎模型的内皮细胞 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 细胞数据 | 来自左侧和右侧颈动脉的内皮细胞 |
| 17 | 2024-08-05 |
Multimodal single-cell analysis reveals distinct radioresistant stem-like and progenitor cell populations in murine glioma
2020-12, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.23866
PMID:32621641
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研究论文 | 这篇文章展示了小鼠胶质瘤中不同的耐辐射干样和祖细胞群体的多模态单细胞分析 | 首次结合侧群分析和单细胞RNA测序，揭示了胶质瘤对辐射的细胞反应时间过程 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类胶质瘤的复杂性 | 探讨胶质瘤中耐辐射细胞群体及其对辐射的反应 | 小鼠胶质瘤模型中的肿瘤细胞和免疫细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，FACS | NA | 细胞 | NA |
| 18 | 2024-08-05 |
Dynamics of peripheral T cell clones during PD-1 blockade in non-small cell lung cancer
2020-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-020-02642-4
PMID:32591861
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研究论文 | 本文探讨了在非小细胞肺癌中PD-1阻断期间外周T细胞克隆的动态变化 | 通过Smart-seq2单细胞RNA测序分析，首次对T细胞克隆在免疫治疗中的动态进行了全面监测 | 研究样本仅限于非小细胞肺癌患者，可能影响结果的普遍适用性 | 研究PD-1阻断患者外周T细胞克隆的功能状态和动态变化 | 分析了3,110个非小细胞肺癌患者的外周T细胞 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | Smart-seq2单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 3,110个外周T细胞 |
| 19 | 2024-08-07 |
Circulating miRNA Spaceflight Signature Reveals Targets for Countermeasure Development
2020-12-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108448
PMID:33242410
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研究论文 | 本研究鉴定并验证了与模拟、短时和长时太空飞行相关的共享微小RNA（miRNA）特征，这些特征在啮齿动物和人类中均有体现 | 首次发现并验证了太空飞行相关的miRNA特征，并利用antagomirs成功挽救了模拟深空辐射引起的血管损伤 | NA | 揭示太空飞行相关的miRNA特征，并开发针对这些特征的对抗措施 | 啮齿动物和人类的miRNA响应太空飞行的情况 | NA | NA | miRNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测定（scATAC-seq） | NA | miRNA数据 | 包括啮齿动物和人类样本，具体数量未详述 |
| 20 | 2024-08-07 |
Red panda: a novel method for detecting variants in single-cell RNA sequencing
2020-Dec-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07224-3
PMID:33372593
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Red Panda的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | Red Panda方法在单细胞RNA测序数据中识别变异的准确性和敏感性优于现有软件 | 使用单细胞RNA测序数据识别基因组变异的方法仍有改进空间 | 设计并实现一种新方法，以在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）及来自MEF比对的模拟数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞及模拟数据 |