单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing confirms IgG transcription and limited diversity of VHDJH rearrangements in proximal tubular epithelial cells 2020-11-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-75013-9 PMID:33184300	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嵌套PCR结合Sanger测序技术，探索了近端小管上皮细胞（PTECs）中免疫球蛋白（Ig）的表达情况	首次证实PTECs能表达IgG，并展示了与B细胞来源IgG相比，PTEC来源IgG在VDJ重排多样性上的差异	研究样本仅来自两名肾癌患者的正常肾皮质，样本量较小	探究近端小管上皮细胞是否表达免疫球蛋白	近端小管上皮细胞中的免疫球蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），嵌套PCR，Sanger测序	NA	RNA	91个单细胞样本来自两名肾癌患者的正常肾皮质
62	2024-08-09	Data Sanitization to Reduce Private Information Leakage from Functional Genomics 2020-11-12, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.09.036 PMID:33186529	研究论文	本文开发了一种数据净化程序，旨在减少功能基因组学数据中的私人信息泄露，同时允许共享原始读取数据。	提出了一个新的数据共享模式，超越了传统的受控访问模型，能够在保护隐私的同时实现数据的有效共享。	NA	减少功能基因组学数据中的私人信息泄露，同时促进数据的广泛共享。	功能基因组学数据及其隐私保护。	数字病理学	NA	下一代测序	NA	基因组数据	使用了高度准确的参考基因组和更现实的环境样本数据
63	2024-08-09	Methamphetamine Increases the Proportion of SIV-Infected Microglia/Macrophages, Alters Metabolic Pathways, and Elevates Cell Death Pathways: A Single-Cell Analysis 2020-11-12, Viruses DOI:10.3390/v12111297 PMID:33198269	研究论文	研究甲基苯丙胺对SIV感染的微胶质细胞/巨噬细胞的影响，通过单细胞RNA测序分析其代谢途径和细胞死亡途径的变化	首次通过单细胞RNA测序分析甲基苯丙胺对SIV感染的微胶质细胞/巨噬细胞的影响，揭示了甲基苯丙胺增加SIV感染比例并影响细胞死亡和神经炎症途径	研究仅限于SIV感染的恒河猴模型，可能需要进一步的人体研究以验证结果	探讨甲基苯丙胺与HIV感染在脑部的相互作用及其对微胶质细胞和脑巨噬细胞的影响	SIV感染的微胶质细胞和脑巨噬细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	SIV感染的恒河猴微胶质细胞和脑巨噬细胞
64	2024-08-09	Digital microfluidic isolation of single cells for -Omics 2020-11-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19394-5 PMID:33177493	研究论文	介绍了一种名为DISCO的平台，该平台利用数字微流控技术、激光细胞裂解和人工智能驱动的图像处理技术，从异质细胞群中收集单个细胞的内容物，并通过下一代测序技术分析单细胞基因组和转录组，以及通过纳米流液相色谱和串联质谱分析蛋白质组	DISCO平台能够实现与现有技术相当或更优的测序水平，能够识别单核苷酸变异等特征	NA	开发一种新的平台，用于从有限样本中选择特定细胞进行单细胞水平的组学分析	单细胞的基因组、转录组和蛋白质组	数字病理	NA	下一代测序、纳米流液相色谱和串联质谱	人工智能驱动的图像处理	图像、基因组和转录组数据	有限初始样本大小
65	2024-08-09	Integrated Single-Cell RNA-Sequencing Analysis of Aquaporin 5-Expressing Mouse Lung Epithelial Cells Identifies GPRC5A as a Novel Validated Type I Cell Surface Marker 2020-11-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9112460 PMID:33187367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了表达水通道蛋白5（AQP5）的小鼠肺上皮细胞，并鉴定出GPRC5A作为新型验证的I型细胞表面标记物	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定出GPRC5A作为I型肺泡上皮细胞（AT1细胞）的保守表面标记物	研究仅限于特定的小鼠模型，且样本量较小	旨在通过单细胞RNA测序技术鉴定和验证新的肺泡上皮I型细胞表面标记物	表达AQP5的小鼠肺上皮细胞和AT1细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	92个细胞
66	2024-08-09	Prepronociceptin-Expressing Neurons in the Extended Amygdala Encode and Promote Rapid Arousal Responses to Motivationally Salient Stimuli 2020-11-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108362 PMID:33176134	研究论文	本文研究了表达prepronociceptin基因的神经元在终纹床核中对动机性显著刺激引起的快速生理唤醒反应的调节作用	首次发现prepronociceptin神经元在终纹床核中对动机性显著刺激引起的快速生理唤醒反应的调节作用，并揭示了这些神经元的亚群可能对动机性刺激的快速唤醒反应有不同的调节作用	NA	探讨prepronociceptin神经元在终纹床核中对动机性显著刺激引起的快速生理唤醒反应的调节作用	表达prepronociceptin基因的神经元在终纹床核中的功能	神经科学	NA	双光子钙成像、光遗传学	NA	生理数据	小鼠
67	2024-08-09	Prrx1 Fibroblasts Represent a Pro-fibrotic Lineage in the Mouse Ventral Dermis 2020-11-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108356 PMID:33176144	研究论文	本文通过谱系追踪和单细胞转录组学研究，揭示了在小鼠腹侧真皮中表达配对相关同源盒1（Prrx1）的成纤维细胞在急性和慢性纤维化中的作用	首次证明Prrx1表达的成纤维细胞在小鼠腹侧真皮中具有内在的瘢痕形成潜力	NA	研究小鼠腹侧真皮中成纤维细胞的异质性及其在纤维化中的作用	小鼠腹侧真皮中的成纤维细胞	数字病理学	NA	谱系追踪，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
68	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Unravels Heterogeneity of the Stromal Niche in Cutaneous Melanoma Heterogeneous Spheroids 2020-Nov-10, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12113324 PMID:33182777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了不同真皮成纤维细胞引入的黑色素瘤异质性球体中的微环境因子	本研究首次区分了黑色素瘤球体中人类原代成纤维细胞的三个功能簇，并验证了IL-6在促进黑色素瘤侵袭中的作用	NA	旨在通过单细胞RNA测序分析不同成纤维细胞对黑色素瘤异质性球体微环境的影响	黑色素瘤异质性球体中的微环境因子及成纤维细胞的多样性	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了来自年轻捐赠者防晒皮肤和成年捐赠者日晒损伤皮肤的正常真皮成纤维细胞
69	2024-08-09	Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018 PMID:33152263	研究论文	本文提出畸胎瘤作为研究人类多谱系发育过程的有前景的平台，并通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9敲除筛选等技术验证了其潜力	畸胎瘤被证明能够模拟多谱系发育、泛组织功能遗传筛选和组织工程	NA	探索畸胎瘤作为研究人类发育过程的平台	畸胎瘤及其在人类发育中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq), CRISPR-Cas9, 微RNA (miRNA) 调控	NA	细胞	23个畸胎瘤，共179,632个细胞，来自4个细胞系
70	2024-08-09	Comprehensive analysis of single-cell RNA sequencing data from healthy human marrow hematopoietic cells 2020-Nov-10, BMC research notes IF:1.6Q2 DOI:10.1186/s13104-020-05357-y PMID:33168060	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了来自健康供体的391个骨髓CD34+细胞，以揭示造血过程中的转录异质性和动态变化	首次综合分析了健康人骨髓造血细胞的单细胞RNA测序数据，并结合长非编码RNA表达和染色质可及性测序数据，揭示了造血细胞分化过程中的基因表达调控模式	NA	探究造血过程中的转录异质性和动态变化	健康人骨髓中的CD34+造血干细胞/祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	391个单细胞
71	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis demonstrates inter-patient and intra-tumor heterogeneity in primary and metastatic lung adenocarcinoma 2020-11-10, Aging DOI:10.18632/aging.103945 PMID:33170151	研究论文	本研究通过分析来自GSE123902和GSE131907数据集的50个原发性和转移性肺腺癌样本的单细胞转录组数据，揭示了患者间和肿瘤内异质性的景观	研究展示了单细胞转录组分析在揭示肺腺癌原发和转移组织中与肿瘤进展、化疗抵抗和代谢相关的通路调控异质性方面的创新应用	NA	确定原发性和转移性肺腺癌中患者间和肿瘤内异质性的景观	原发性和转移性肺腺癌样本	数字病理学	肺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	50个原发性和转移性肺腺癌样本
72	2024-08-09	Unveiling the heterogeneity of NKT cells in the liver through single cell RNA sequencing 2020-11-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-76659-1 PMID:33173202	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示肝脏中NKT细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术全面描述了NKT细胞的异质性，并发现了一个先前未定义的功能性NKT细胞亚群	NA	研究NKT细胞在肝脏中的异质性及其功能	肝脏中的NKT细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型、Jα18缺陷型和CD1d缺陷型小鼠的肝脏NKT细胞
73	2024-08-09	Fate and functional roles of Prominin 1+ cells in liver injury and cancer 2020-11-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-76458-8 PMID:33173221	研究论文	本文通过遗传谱系追踪研究了Prominin 1 (PROM1)细胞在酒精性肝炎(AH)和肝细胞癌(HCC)中的起源、命运和功能	首次揭示了PROM1细胞在AH和HCC中的起源和功能，并发现Discodin Domain Receptor 1 (DDR1)在PROM1细胞中的独特上调及其与患者生存的负相关性	NA	探讨PROM1细胞在肝脏损伤和癌症中的作用及其潜在的驱动因子	PROM1细胞在酒精性肝炎和肝细胞癌中的起源、命运和功能	NA	肝细胞癌	遗传谱系追踪、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
74	2024-08-09	Benchmarking of cell type deconvolution pipelines for transcriptomics data 2020-11-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19015-1 PMID:33159064	研究论文	本文通过五个单细胞RNA测序数据集生成的伪批量混合物，评估了数据转换、预处理、标记选择、细胞类型组成和方法选择对转录组数据细胞类型反卷积结果的综合影响	首次全面评估了影响转录组数据细胞类型反卷积的各种因素，并提出了提高反卷积性能的一般指导原则	研究主要集中在方法的比较和数据处理的影响上，未涉及实际生物样本的应用	评估和优化转录组数据细胞类型反卷积的方法	转录组数据的细胞类型反卷积方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	五个单细胞RNA测序数据集
75	2024-08-09	A single-cell atlas and lineage analysis of the adult Drosophila ovary 2020-11-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19361-0 PMID:33159074	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了成年果蝇卵巢的综合细胞图谱，包括生殖干细胞及其微环境细胞、滤泡干细胞和先前未描述的伴细胞亚群的转录组特征	发现了伴细胞的一个独特亚群能够在饥饿或遗传操作下转化为滤泡干细胞	NA	研究果蝇卵巢中细胞类型及其转录组特征和细胞谱系	成年果蝇卵巢中的主要细胞类型及其功能	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	包含成年果蝇卵巢中每种主要细胞类型的转录组数据
76	2024-08-09	Investigating transcriptome-wide sex dimorphism by multi-level analysis of single-cell RNA sequencing data in ten mouse cell types 2020-11-05, Biology of sex differences IF:4.9Q1 DOI:10.1186/s13293-020-00335-2 PMID:33153500	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了十种小鼠细胞类型中的转录组范围内的性别二态性，并探索了其功能后果。	本研究采用了一种新颖的计算流程，结合标准差异表达分析和单细胞转录组中差异分布的鉴定，以测试基于性别的基因表达差异。	NA	探索性别二态性相关的基于基因表达的生物标志物、功能细胞组分和转录调控网络。	十种小鼠细胞类型（来自大脑和心脏）的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	年轻成年雌性和雄性小鼠的十种细胞类型
77	2024-08-09	Widespread Traces of Lytic Kaposi Sarcoma-Associated Herpesvirus in Primary Effusion Lymphoma at Single-Cell Resolution 2020-Nov-05, Microbiology resource announcements IF:0.7Q4 DOI:10.1128/MRA.00851-20 PMID:33154001	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术，检测了原发性渗出性淋巴瘤（PEL）细胞中Kaposi肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）和Epstein-Barr病毒（EBV）的转录相互作用	首次在单细胞分辨率下检测到KSHV裂解基因的广泛表达痕迹	NA	探究KSHV和EBV在PEL细胞中的转录相互作用	原发性渗出性淋巴瘤细胞中的KSHV和EBV	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
78	2024-08-09	The bone marrow microenvironment of pre-B acute lymphoblastic leukemia at single-cell resolution 2020-11-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-76157-4 PMID:33154494	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，详细描述了小鼠骨髓微环境在B细胞急性淋巴细胞白血病进展中的动力学特征	首次详细揭示了骨髓微环境在B细胞急性淋巴细胞白血病早期阶段的分子复杂性和细胞间相互作用	NA	深入了解骨髓微环境在B细胞急性淋巴细胞白血病中的分子复杂性	骨髓微环境在B细胞急性淋巴细胞白血病进展中的分子变化和细胞间相互作用	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠骨髓微环境中的细胞样本
79	2024-08-09	Publisher Correction: Bayesian model selection reveals biological origins of zero inflation in single-cell transcriptomics 2020-Nov-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02182-1 PMID:33143736	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
80	2024-08-09	Embryonic liver developmental trajectory revealed by single-cell RNA sequencing in the Foxa2eGFP mouse 2020-11-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01364-8 PMID:33144666	研究论文	本研究利用转基因Foxa2报告鼠系，通过单细胞全长mRNA测序技术，揭示了从E7.5到E15.5胚胎阶段肝脏发育轨迹及其转录组特征	首次详细描述了胚胎肝脏发育轨迹，识别了具有肠道和肝脏特征的肝脏原基，并记录了肝细胞转化过程中的动态基因表达	NA	深入理解肝脏和胆囊在早期胚胎阶段的发育过程	胚胎肝脏和胆囊的发育轨迹及其转录组特征	数字病理学	NA	单细胞全长mRNA测序	NA	转录组	从E7.5到E15.5的十个胚胎阶段的内胚层和肝细胞