单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 135 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
muscat detects subpopulation-specific state transitions from multi-sample multi-condition single-cell transcriptomics data
2020-11-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19894-4
PMID:33257685
|
研究论文 | 本文探讨了在多样本多条件单细胞转录组数据中检测亚群特异性状态转换的方法 | 开发了一种灵活的模拟方法来评估跨条件差异状态分析的方法性能，并提供了muscat R包中的多条件分析工具 | NA | 评估和比较不同统计框架在跨条件差异状态分析中的表现 | 单细胞RNA测序数据中的亚群特异性响应 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 混合模型 | 转录组数据 | 涉及小鼠皮质细胞的scRNA-seq数据 |
| 42 | 2024-08-09 |
Atherosclerosis in Different Vascular Locations Unbiasedly Approached with Mouse Genetics
2020-11-28, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11121427
PMID:33260687
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研究论文 | 本文探讨了不同血管位置的动脉粥样硬化与遗传因素之间的关系，并利用小鼠模型进行无偏倚的遗传学研究 | 通过全基因组关联研究揭示了人类颈动脉斑块和冠状动脉疾病相关的遗传位点不重叠，表明不同位置可能涉及不同的遗传途径。此外，单细胞转录组分析揭示了一小群对炎症刺激“超响应”的血管平滑肌细胞 | 物种差异限制了小鼠模型的直接应用 | 研究不同血管位置动脉粥样硬化的遗传机制 | 不同血管位置的动脉粥样硬化及其遗传影响因素 | NA | 心血管疾病 | 全基因组关联研究、单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 小鼠模型 |
| 43 | 2024-08-09 |
An allosteric interleukin-1 receptor modulator mitigates inflammation and photoreceptor toxicity in a model of retinal degeneration
2020-Nov-27, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-020-02032-8
PMID:33246504
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研究论文 | 本文研究了一种变构白细胞介素-1受体调节剂在视网膜退化模型中减轻炎症和光感受器毒性的作用 | 首次验证了变构白细胞介素-1受体调节剂rytvela在抑制有害炎症反应和保护光感受器密度及功能方面的有效性 | NA | 验证白细胞介素-1β在神经视网膜退化中的重要性，并评估变构白细胞介素-1受体调节剂rytvela的疗效 | 小鼠视网膜在蓝光诱导下的退化 | NA | 视网膜退化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠样本，具体数量未详述 |
| 44 | 2024-08-09 |
Single cell profiling of capillary blood enables out of clinic human immunity studies
2020-11-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-77073-3
PMID:33239690
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研究论文 | 本文开发了一种利用多重单细胞测序和非临床毛细血管血液提取的平台，以简化、低成本地对人类免疫系统进行单细胞分辨率的跨时间和人群的分析 | 本文创新地利用了多重单细胞测序技术，结合非临床毛细血管血液提取，实现了对人类免疫系统的单细胞分辨率分析 | NA | 研究目的是更好地理解基因表达在不同免疫细胞类型中的时间性和个体间变异性 | 研究对象是人类免疫系统中的基因表达变异性 | 数字病理学 | NA | 多重单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多个受试者的毛细血管血液样本 |
| 45 | 2024-08-09 |
Expression profiles revealed potential kidney injury caused by SARS-CoV-2: a systematic analysis of ACE2 and clinical lessons learned from this discovery
2020-11-21, Aging
DOI:10.18632/aging.202224
PMID:33234728
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研究论文 | 本研究通过系统分析ACE2表达和临床数据，揭示了COVID-19可能导致的肾脏损伤 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析，展示了冠状病毒可能直接结合ACE2阳性细胞并损伤肾脏组织 | 研究样本仅限于特定时间段内武汉市某医院的119名COVID-19阳性患者，可能存在地域和时间限制 | 全面理解COVID-19对肾脏损伤的影响 | COVID-19患者的肾脏功能及ACE2在肾脏组织中的分布 | NA | COVID-19 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 119名COVID-19阳性患者 |
| 46 | 2024-08-09 |
[Research frontiers in precision therapy for liver cancer]
2020-Nov-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
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研究论文 | 本文综述了肝细胞癌（HCC）在精准治疗领域的最新进展，包括新型血清生物标志物的发现与应用、精准肝脏手术技术的改进以及分子靶向治疗和免疫治疗的结合 | 介绍了单细胞测序、基因组编辑和创新药物研发等技术革新对HCC生物学理解的加速作用，以及这些技术带来的新的治疗机会 | 肝细胞癌的高度异质性和治疗抵抗性仍然是未满足的医疗需求，需要更深入的疾病生物学研究和新型疗法 | 探讨肝细胞癌精准治疗的最新研究前沿，以提高患者生存率并寻找新的治疗突破 | 肝细胞癌（HCC）及其精准治疗策略 | NA | 肝癌 | 单细胞测序、基因组编辑 | NA | 血清生物标志物、影像数据 | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
Single-cell network biology for resolving cellular heterogeneity in human diseases
2020-11, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-00528-0
PMID:33244151
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综述 | 本文综述了单细胞网络生物学在解析人类疾病中细胞异质性的应用和进展 | 介绍了利用单细胞转录组数据进行网络生物学研究的新方法，以及其在精准医学中的潜在应用 | NA | 加速对细胞异质性的理解 | 细胞类型特异性的基因网络及其在疾病相关细胞类型和状态中的调控程序 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 48 | 2024-08-09 |
Deconvolution of cellular subsets in human tissue based on targeted DNA methylation analysis at individual CpG sites
2020-11-24, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-020-00910-4
PMID:33234153
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研究论文 | 本研究通过靶向DNA甲基化分析在单个CpG位点上对人类组织中的细胞亚群进行去卷积 | 本研究首次探讨了使用单个细胞类型特异性CpG位点进行靶向分析的可行性，并开发了基于这些位点的去卷积方法 | NA | 验证通过单个CpG位点的DNA甲基化分析来反映细胞混合物和不同组织中细胞组成的可行性 | 人类非恶性细胞类型及其在组织中的相对含量 | 数字病理学 | NA | DNA甲基化分析，pyrosequencing | NA | DNA甲基化数据 | 579个Illumina 450k BeadChip DNA甲基化数据集，涵盖14种不同的非恶性人类细胞类型 |
| 49 | 2024-08-09 |
Integrating transcriptomics and bulk time course data into a mathematical framework to describe and predict therapeutic resistance in cancer
2020-11-20, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/abb09c
PMID:33215611
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研究论文 | 本文提出了一种将机器学习模型的静态输出与治疗反应的动态模型相结合的框架，用于整合单细胞转录组数据和纵向的细胞群体数据，以描述和预测癌症治疗抵抗 | 首次明确地将单细胞克隆解析的转录组数据与批量时间序列数据结合，共同校准药物抵抗动力学的数学模型 | NA | 开发一种方法，将分散的数据集整合到全面的框架中，以生成最佳的临床决策 | 乳腺癌细胞 | 生物医学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
Functional compensation precedes recovery of tissue mass following acute liver injury
2020-11-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19558-3
PMID:33214549
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研究论文 | 本文研究了急性肝损伤后功能补偿在组织恢复前的作用机制 | 首次识别了急性肝损伤后功能补偿的新阶段，并揭示了依赖于巨噬细胞来源的WNT/β-catenin信号的适应性重编程机制 | NA | 探讨急性肝损伤后肝脏如何在组织恢复前维持重要生理功能 | 肝脏在急性损伤后的功能补偿机制 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个独立的小鼠肝损伤模型 |
| 51 | 2024-08-09 |
Opportunities for Single-Cell Sequencing Technologies and Data Science
2020-Nov-19, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12113433
PMID:33227959
|
研究论文 | 本特刊旨在强调单细胞测序技术和数据分析领域的最新进展 | NA | NA | 强调单细胞测序技术和数据分析领域的最新进展 | 单细胞测序技术和数据分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
Bivalent genes that undergo transcriptional switching identify networks of key regulators of embryonic stem cell differentiation
2020-Nov-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07009-8
PMID:33208095
|
研究论文 | 本文开发了一种方法，通过检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的'双峰'基因表达模式，捕捉经历转录开关的基因，并结合染色质状态分析，识别出与细胞状态相关的双峰、双价基因模式。 | 本文提出了一种新的方法，通过分析接近活动边界（ON/OFF）的基因，从scRNA-seq数据中推断转录开关网络，这种方法补充了传统的scRNA-seq分析。 | NA | 研究胚胎干细胞分化过程中双价基因的转录开关及其调控网络。 | 胚胎干细胞中的双价基因及其在分化过程中的转录开关。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 隐马尔可夫模型 | 基因表达数据 | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
I-Impute: a self-consistent method to impute single cell RNA sequencing data
2020-Nov-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07007-w
PMID:33208097
|
研究论文 | 本文提出了一种名为I-Impute的自一致性方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | I-Impute方法通过优化连续相似性和缺失概率，在迭代改进中达到自一致性，从而提高了填补效果 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据分析中缺失值填补的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括三个湿实验数据集：小鼠膀胱细胞、胚胎干细胞和主动脉白细胞 |
| 54 | 2024-08-09 |
Long-term skin-resident memory T cells proliferate in situ and are involved in human graft-versus-host disease
2020-11-18, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abb7028
PMID:33208504
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研究论文 | 研究揭示了人类皮肤中长期存在的组织驻留记忆T细胞在同种异体造血干细胞移植患者中的稳定性和功能，并探讨了其在移植物抗宿主病中的作用 | 首次展示了人类皮肤中长期存在的组织驻留记忆T细胞的稳定性和功能，并发现了RUNX3和galectin-3作为新的标记物 | 研究主要基于同种异体造血干细胞移植患者，可能不适用于其他疾病或健康人群 | 探讨人类皮肤中组织驻留记忆T细胞的生物学特性及其在移植物抗宿主病中的作用 | 人类皮肤中的组织驻留记忆T细胞及其在移植物抗宿主病中的作用 | NA | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 患者皮肤样本 |
| 55 | 2024-08-09 |
Alteration of tumor-associated macrophage subtypes mediated by KRT6A in pancreatic ductal adenocarcinoma
2020-11-18, Aging
DOI:10.18632/aging.104091
PMID:33221741
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研究论文 | 本研究通过分析基因表达综合数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据集，探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚型的变化及其潜在调控因子KRT6A。 | 发现了KRT6A作为差异表达基因，可能通过调控COL5A2、COL1A2、MIR3606、SPARC和COL6A3等基因影响TAMs亚型的组成，为PDAC的免疫治疗提供了新的靶点。 | NA | 阐明胰腺导管腺癌中肿瘤免疫微环境的组成和调控因子，寻找新的免疫治疗靶点。 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其邻近正常组织(ANT)中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚型。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了GEO和TCGA数据库中的数据，具体样本数量未在摘要中明确。 |
| 56 | 2024-08-09 |
Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression
2020-11-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398
PMID:33207193
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研究论文 | 本研究通过系统功能基因组分析，探讨了神经-免疫相关基因和通路在神经退行性疾病病理生理学中的作用 | 揭示了与tau病理相关的微胶质-免疫通路复杂的时间轨迹，并发现了与痴呆遗传风险相关的疾病特异性通路富集模式 | NA | 理解神经-免疫相关基因和通路如何参与神经退行性疾病的病理生理学 | 从人鼠AD、FTD和PSP的纯化微胶质和bulk组织中进行系统功能基因组分析 | NA | 神经退行性疾病 | 系统功能基因组分析、化学遗传学、实验扰动数据分析、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
A molecular cell atlas of the human lung from single-cell RNA sequencing
2020-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2922-4
PMID:33208946
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了人类肺部的分子细胞图谱 | 首次系统性地识别并定位了人类肺部所有分子细胞类型，包括14种先前未知的细胞类型 | NA | 创建一个全面的人类肺部细胞图谱，揭示肺细胞的生物化学功能及其在疾病和进化中的变化 | 人类肺部的细胞类型及其基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约75,000个人类肺部细胞和循环血液细胞 |
| 58 | 2024-08-09 |
SCRINSHOT enables spatial mapping of cell states in tissue sections with single-cell resolution
2020-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000675
PMID:33216742
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研究论文 | SCRINSHOT技术通过单细胞分辨率在组织切片中实现细胞状态的空间映射 | 开发了SCRINSHOT技术，一种敏感的多重RNA映射方法，通过直接杂交padlock探针到mRNA上，随后通过SplintR连接酶进行环化并进行滚环扩增，实现对组织切片中单细胞的数千个细胞的序列检测 | NA | 研究细胞身份和位置的变化如何影响组织发育和疾病进展 | 小鼠和人类器官中的细胞类型及其空间分布 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq, 滚环扩增(RCA) | NA | mRNA | 小鼠和人类器官中的数千个细胞 |
| 59 | 2024-08-09 |
Analyses of metastasis-associated genes in IDH wild-type glioma
2020-Nov-16, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-020-07628-0
PMID:33198677
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据挖掘，探索了IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因，并构建了基于这些基因的预后模型 | 首次通过单细胞测序数据识别胶质瘤中的转移相关基因，并构建了预后模型 | NA | 探索胶质瘤转移相关基因，并识别可能的预后标志物 | IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | PCA, tSNE | 基因数据 | 数据来自GEO数据库和TCGA/CGGA数据库 |
| 60 | 2024-08-09 |
Characterisation of CD4+ T-cell subtypes using single cell RNA sequencing and the impact of cell number and sequencing depth
2020-11-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-76972-9
PMID:33188258
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析CD4+ T细胞亚型的特征，并探讨细胞数量和测序深度对识别这些亚型的影响 | 首次系统评估了细胞数量和测序深度对复杂细胞群体如CD4+ T细胞亚型识别的影响 | 研究结果基于单一个体，可能需要进一步的多样本验证 | 旨在确定减少测序深度和细胞数量对准确识别CD4+ T细胞亚型的影响 | CD4+ T细胞及其在静息和刺激条件下的亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 基于单一个体 |