单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 135 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-05 |
Ocular macrophage origin and heterogeneity during steady state and experimental choroidal neovascularization
2020-Nov-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-020-02010-0
PMID:33187533
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠和人类眼部巨噬细胞在稳态和实验性脉络膜新生血管形成中的起源与异质性 | 首次揭示了小鼠和人类眼部巨噬细胞亚群的组成及其在疾病中的功能差异 | 尚未明确人类巨噬细胞亚群的所有功能特点和生物学意义 | 研究眼部巨噬细胞在稳态和病理状态下的异质性及其起源 | 小鼠模型及人类nAMD患者的巨噬细胞 | 数字病理学 | 与年龄相关的黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | Cx3cr1CreER/+ ; Rosa26zsGFP/+小鼠模型 | RNA数据 | 涉及的小鼠和人类样本数量未具体说明 |
| 22 | 2024-08-07 |
A curated database reveals trends in single-cell transcriptomics
2020-11-28, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaa073
PMID:33247933
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研究论文 | 本文构建了一个详尽的手动筛选单细胞转录组学研究数据库，包含关键信息如数据类型、技术使用及研究生物系统的描述 | 提供了对已发表单细胞转录组学数据的全面汇总，便于发现相关趋势和信息 | NA | 旨在促进对已发表单细胞转录组学数据的发现和利用 | 单细胞转录组学研究及其相关数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涵盖超过1000项研究 |
| 23 | 2024-08-07 |
mTORC1 activation in lung mesenchyme drives sex- and age-dependent pulmonary structure and function decline
2020-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18979-4
PMID:33159078
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型，揭示了LAM特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并探讨了mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 首次揭示了LAM肺特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并发现间质细胞在LAM疾病表型中的协调作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类LAM的病理机制。 | 识别LAM肺特有的细胞亚型，并探讨mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型。 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | LAM肺与年龄和性别匹配的健康对照肺 |
| 24 | 2024-08-07 |
Tumor Phylogeny Topology Inference via Deep Learning
2020-Nov-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101655
PMID:33117968
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研究论文 | 本文通过深度学习方法研究肿瘤谱系拓扑结构的推断问题 | 引入深度学习解决方案来推断肿瘤谱系树的线性或分支拓扑结构，并使用强化学习方法重建最可能的肿瘤谱系 | 目前仅限于推断基本拓扑特征和初步重建肿瘤谱系 | 开发快速深度学习方法以推断肿瘤谱系拓扑结构 | 肿瘤谱系拓扑结构 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | 基因型矩阵 | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
scREAD: A Single-Cell RNA-Seq Database for Alzheimer's Disease
2020-Nov-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101769
PMID:33241205
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research paper | 本文开发了一个名为scREAD的数据库，专门用于管理阿尔茨海默病（AD）相关的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq）数据集。 | scREAD是首个专门管理AD相关scRNA-Seq和snRNA-Seq数据集的数据库，提供了全面的分析结果，包括控制图谱构建、细胞类型预测、差异表达基因鉴定和细胞类型特异性调控元件鉴定。 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术深入解析阿尔茨海默病中高度异质性细胞的功能和功能障碍。 | 研究对象包括人类死后脑组织和带有AD病理的鼠模型中的scRNA-Seq和snRNA-Seq数据集。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq） | NA | RNA序列数据 | 73个数据集来自10个脑区 |
| 26 | 2024-08-07 |
High-resolution transcriptional and morphogenetic profiling of cells from micropatterned human ESC gastruloid cultures
2020-11-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.59445
PMID:33206048
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序和跨物种比较，分析了从微图案化的人类胚胎干细胞（ESC）gastruloid培养物中提取的细胞的转录组和形态发生特征 | 揭示了gastruloids包含与多种胚层和胚外细胞标记相似的细胞，并展示了gastruloid系统模拟灵长类特异性胚胎发生特征的能力 | NA | 研究人类胚胎干细胞在特定培养条件下分化为gastruloids的转录组和形态发生特征 | 人类胚胎干细胞gastruloids中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
Ensemble dimensionality reduction and feature gene extraction for single-cell RNA-seq data
2020-11-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19465-7
PMID:33203837
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研究论文 | 本文提出了一种集成方法，用于同时进行单细胞RNA测序数据的降维和特征基因提取（EDGE） | 该方法采用集成学习方案，利用大量弱学习者进行准确的相似性搜索，与现有降维技术不同 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据的计算效率和可视化 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
Qualitative Analysis of Tumor-Infiltrating Lymphocytes across Human Tumor Types Reveals a Higher Proportion of Bystander CD8+ T Cells in Non-Melanoma Cancers Compared to Melanoma
2020-Nov-12, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12113344
PMID:33198174
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研究论文 | 本研究通过复制个体患者的肿瘤-T细胞相互作用，比较了多种肿瘤类型中肿瘤浸润T细胞的定性特征 | 揭示了非黑色素瘤癌症中旁观者CD8+ T细胞的比例高于黑色素瘤，并发现肿瘤反应性T细胞的比例在体外显著较低 | 研究主要集中在体外和基于单细胞RNA测序的体内分析，未涉及所有可能的肿瘤类型 | 确定并比较多种肿瘤类型中肿瘤浸润T细胞的定性特征 | 肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和自体肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 187对未选择的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和自体肿瘤细胞，以及来自93名黑色素瘤或上皮癌患者的合并队列的单细胞RNA测序数据 |
| 29 | 2024-08-07 |
Review of Single-Cell RNA Sequencing in the Heart
2020-Nov-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21218345
PMID:33172208
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在心脏研究中的应用 | scRNA-seq技术为健康和病理性心脏提供了许多新颖的见解 | NA | 总结scRNA-seq平台并描述通过scRNA-seq分析揭示的心血管发育和疾病的分子机制 | 单细胞RNA测序技术及其在心血管疾病研究中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Mapping endothelial-cell diversity in cerebral cavernous malformations at single-cell resolution
2020-11-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.61413
PMID:33138917
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫组化技术，深入分析了脑内皮细胞在正常状态和CCM小鼠模型中的多样性 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面表征了脑内皮细胞在正常和CCM病变条件下的亚型 | NA | 旨在理解脑血管系统的可塑性及CCM疾病的分子基础 | 脑内皮细胞的多样性及其在CCM病变中的变化 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA profiling links ncRNAs to spatiotemporal gene expression during C. elegans embryogenesis
2020-11-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-75801-3
PMID:33139759
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了C. elegans胚胎发育过程中的非编码RNA（ncRNA）与基因时空表达的关系 | 首次使用无标记的全长高深度单细胞RNA测序技术，识别了94种未报道过的ncRNA，这些ncRNA与特定细胞类型和胚胎时间点的蛋白质编码基因共同表达 | NA | 探究ncRNA在C. elegans胚胎发育过程中对基因时空表达的调控作用 | C. elegans胚胎细胞中的ncRNA及其对基因表达的调控 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 1031个C. elegans胚胎细胞 |
| 32 | 2024-08-07 |
Increased Production of LIGHT by T Cells in Eosinophilic Esophagitis Promotes Differentiation of Esophageal Fibroblasts Toward an Inflammatory Phenotype
2020-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.07.035
PMID:32712105
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研究论文 | 本文研究了肿瘤坏死因子超家族成员14（TNFSF14，又称LIGHT）在嗜酸性食管炎（EoE）中对纤维母细胞的影响 | 首次揭示了LIGHT在EoE中通过诱导纤维母细胞向炎症表型分化的新机制 | NA | 探讨LIGHT在EoE中的作用及其对纤维母细胞分化的影响 | 嗜酸性食管炎患者的食管组织和纤维母细胞 | 免疫学 | 消化系统疾病 | 单细胞测序、免疫染色、RNA测序、流式细胞术、免疫印迹、免疫荧光、逆转录聚合酶链反应 | NA | 细胞数据 | 来自EoE患者和健康捐赠者的食管组织及纤维母细胞样本 |
| 33 | 2024-08-07 |
A single-cell analysis of the molecular lineage of chordate embryogenesis
2020-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abc4773
PMID:33148647
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了从受精到原肠作用开始期间，被囊动物胚胎细胞的完整和不变的细胞谱系 | 研究首次重建了野生型胚胎中跨越八个细胞周期的47种细胞类型的发育景观，并识别了在成纤维细胞生长因子（FGF）抑制下的八种命运转变 | NA | 理解脊索动物早期胚胎发育和细胞谱系分化 | 被囊动物的胚胎细胞谱系 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 跨越八个细胞周期的47种细胞类型 |
| 34 | 2024-08-07 |
Gene selection for optimal prediction of cell position in tissues from single-cell transcriptomics data
2020-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202000867
PMID:32972997
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研究论文 | 本文通过DREAM单细胞转录组学挑战赛，研究了从单细胞转录组数据中选择基因以预测细胞在组织中的位置的方法 | 首次对单细胞转录组数据与空间信息基因映射的方法进行了基准测试，并展示了这些方法在不同数据集上的通用性 | NA | 旨在填补单细胞转录组数据空间重建方法的基准测试空白 | 研究如何从单细胞转录组数据中选择基因以准确重建细胞在组织中的空间排列 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 34个参赛团队，使用斑马鱼胚胎数据集 |
| 35 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics combined with interstitial fluid proteomics defines cell type-specific immune regulation in atopic dermatitis
2020-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.03.041
PMID:32344053
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研究论文 | 本文通过结合单细胞转录组学和间质液蛋白质组学，研究了特应性皮炎中细胞类型特异性的免疫调节机制。 | 使用皮肤吸引水泡技术同时采集体细胞和间质液，结合单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了特应性皮炎中新的炎症因子及其在细胞和蛋白质组学微环境中的作用。 | NA | 旨在通过转录组学和蛋白质组学水平上表征特应性皮炎。 | 特应性皮炎的细胞类型特异性免疫调节。 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据和蛋白质组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 36 | 2024-08-07 |
Combinatorial expression of GPCR isoforms affects signalling and drug responses
2020-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2888-2
PMID:33149304
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研究论文 | 本文通过整合人类组织层面转录组、GPCR序列和结构、蛋白质组学、单细胞转录组学、全人群遗传关联研究及药理学实验数据，探讨了GPCR基因如何多样化成具有不同信号传导特性的几种亚型，以及不同组织中独特的亚型组合如何产生不同的信号状态。 | 本文首次系统地研究了GPCR亚型的组合表达如何影响信号传导和药物反应，强调了从传统观点向特定情境观点转变的必要性。 | NA | 研究GPCR亚型的组合表达如何影响信号传导和药物反应。 | GPCR亚型的组合表达及其对信号传导和药物反应的影响。 | 生物学 | NA | 转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学、遗传关联研究、药理学实验 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、遗传数据、药理学数据 | 涉及人类组织的多种数据集 |
| 37 | 2024-08-07 |
Integrating single-cell RNA-seq and imaging with SCOPE-seq2
2020-11-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-76599-w
PMID:33173156
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研究论文 | 本文介绍了一种升级版的单细胞光学表型和表达分析技术（SCOPE-seq2），用于结合单细胞成像和表达谱分析 | SCOPE-seq2在通量、分子捕获效率、链接准确性和与标准显微镜设备的兼容性方面有显著改进，引入了改进的光学可解码mRNA捕获珠和更可扩展、简化的光学解码过程 | NA | 旨在提高单细胞成像和RNA测序技术的结合效率和应用范围 | 人类胶质母细胞瘤（GBM）手术样本中的单个原代细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像和文本 | 单个原代细胞 |
| 38 | 2024-08-07 |
Targeted Single-Cell RNA and DNA Sequencing With Fluorescence-Activated Droplet Merger
2020-11-03, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.0c03059
PMID:33049138
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研究论文 | 本文介绍了一种利用荧光激活液滴合并技术进行靶向单细胞RNA和DNA测序的新方法 | 该方法通过选择性地合并细胞与试剂，实现酶促反应，无需物理隔离细胞，简化了单细胞工作流程 | NA | 旨在解决在分析异质性细胞群时，稀有细胞类型数据代表性不足的问题 | 特定细胞亚群的单细胞转录组和基因组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和DNA测序 | NA | RNA和DNA | NA |
| 39 | 2024-08-07 |
Single cell characterization of B-lymphoid differentiation and leukemic cell states during chemotherapy in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia identifies drug-targetable transcription factor activities
2020-11-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00799-2
PMID:33218352
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定了可作为药物靶点的转录因子活性。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6-RUNX1阳性白血病中B淋巴细胞分化路径上的转录因子活性，并发现了与化疗耐药性相关的细胞周期状态和分化相关调控网络的变化。 | NA | 研究ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定可作为药物靶点的转录因子活性。 | ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中的B淋巴细胞分化和白血病细胞状态。 | 数字病理学 | 儿童白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
Evolving insights: how DNA repair pathways impact cancer evolution
2020-11-15, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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综述 | 本文综述了DNA修复途径如何影响癌症进化的最新发现 | 利用单细胞测序等新技术深入理解癌症进化及其与DNA修复的关系 | NA | 探讨DNA修复对癌症进化的影响及其在临床治疗中的应用 | 癌症进化及其与DNA修复的关系 | NA | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |