单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-07	Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018 PMID:33152263	research paper	该研究提出畸胎瘤作为研究人类多谱系发育过程的潜在平台	利用畸胎瘤作为研究人类发育过程的模型，展示了其在多谱系发育建模、全组织功能遗传筛选和组织工程中的应用潜力	NA	探索畸胎瘤作为研究人类多谱系发育和组织工程的模型	畸胎瘤中的细胞类型及其在人类发育过程中的作用	developmental biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq), CRISPR-Cas9 knockout screens, miRNA-regulated suicide gene expression	NA	RNA-seq data	179,632 cells across 23 teratomas from 4 cell lines
2	2025-07-21	Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression 2020-11-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398 PMID:33207193	研究论文	通过系统功能基因组学分析，揭示了tau病理如何驱动痴呆风险相关基因网络向慢性炎症状态和免疫抑制状态转变	揭示了tau病理早期与1型干扰素反应相关，随后出现部分免疫抑制和2型干扰素反应的复杂时间轨迹，并鉴定了从小鼠到人类保守的基因共表达模块	研究主要基于小鼠和人类尸检脑组织，可能无法完全反映活体动态过程	理解神经免疫相关基因和通路如何促成神经退行性疾病的病理生理学	纯化的小胶质细胞和小鼠及人类AD、FTD和PSP的脑组织	神经科学	神经退行性疾病（阿尔茨海默病、额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹）	功能基因组学分析、化学遗传学、实验扰动数据、单细胞测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据	小鼠和人类尸检脑组织样本
3	2025-07-20	Multimodal Mapping of the Tumor and Peripheral Blood Immune Landscape in Human Pancreatic Cancer 2020-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-020-00121-4 PMID:34296197	研究论文	通过多模态分析方法揭示胰腺导管腺癌（PDA）的免疫景观	结合CyTOF、单细胞RNA测序和多重免疫组化技术，揭示了PDA中免疫抑制性细胞相互作用的复杂网络	研究样本可能不足以代表所有PDA患者的免疫特征	阐明PDA的免疫微环境特征及其对免疫治疗的影响	胰腺导管腺癌患者肿瘤组织、匹配血液样本和非恶性样本	数字病理学	胰腺癌	CyTOF, 单细胞RNA测序, 多重免疫组化	NA	蛋白质组数据, 转录组数据, 图像数据	患者肿瘤组织、匹配血液和非恶性样本（具体数量未提及）
4	2025-04-06	Single-Cell Profiling of Ebola Virus Disease In Vivo Reveals Viral and Host Dynamics 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.002 PMID:33159858	研究论文	通过单细胞转录组学和CyTOF技术，研究埃博拉病毒感染期间猕猴外周免疫细胞的动态变化	首次在体内使用单细胞技术揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用	研究仅使用猕猴作为模型，可能无法完全反映人类感染情况	揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用	猕猴外周免疫细胞	病毒学	埃博拉病毒感染	单细胞转录组学, CyTOF	NA	转录组数据, 蛋白质数据	100,000个转录组和15,000,000个蛋白质谱
5	2024-12-12	Modeling neural tube development by differentiation of human embryonic stem cells in a microfluidic WNT gradient 2020-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0525-0 PMID:32451506	研究论文	研究通过微流控WNT梯度培养人胚胎干细胞，模拟人类神经管早期发育	首次使用微流控技术在体外模拟人类神经管的早期发育过程，并成功生成具有渐进尾部化特征的神经组织	研究仅限于体外模型，尚未在体内验证其有效性	探索影响神经管前后轴模式化的因素和过程	人胚胎干细胞及其在微流控WNT梯度下的分化	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
6	2024-11-18	D-EE: Distributed software for visualizing intrinsic structure of large-scale single-cell data 2020-11-11, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa126 PMID:33179041	研究论文	本文介绍了一种名为D-EE的分布式优化实现方法，用于大规模单细胞数据的内在结构可视化	提出了分布式弹性嵌入（D-EE）算法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中揭示低维度的内在结构，并具有高扩展性和高效性	NA	开发一种能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据的可视化工具	大规模单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	分布式计算	弹性嵌入（EE）算法	单细胞RNA测序数据	大规模数据
7	2024-11-17	Single-Cell Transcriptional Archetypes of Airway Inflammation in Cystic Fibrosis 2020-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202004-0991OC PMID:32603604	研究论文	本文首次对囊性纤维化患者的痰液进行了单细胞转录组分析，定义了气道免疫功能障碍的转录特征	首次对囊性纤维化患者的痰液进行单细胞转录组分析，并定义了基于表达的细胞功能和成熟度特征，称为转录原型	样本量较小，仅包括9名囊性纤维化患者和5名健康对照者	研究囊性纤维化患者气道免疫功能障碍的转录特征及其在疾病发病机制中的作用	囊性纤维化患者的痰液细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	9名囊性纤维化患者和5名健康对照者的痰液细胞
8	2024-10-01	μCB-seq: microfluidic cell barcoding and sequencing for high-resolution imaging and sequencing of single cells 2020-11-07, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d0lc00169d PMID:32931539	研究论文	本文介绍了一种名为μCB-seq的微流控细胞条形码和测序平台，用于高分辨率成像和单细胞测序	μCB-seq通过一种新的制造方法，在微流控设备的可寻址反应室中预加载带有已知条形码序列的引物，从而实现了单细胞的高分辨率成像和测序	NA	结合单细胞RNA测序和光学成像，提供全面的单细胞分析，整合基因表达谱和细胞状态表征	单细胞	数字病理学	NA	微流控技术	NA	图像和文本	NA
9	2024-09-01	Tumor-Infiltrating Regulatory T-cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Is Mediated by IL33/ST2 Signaling 2020-11, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0828 PMID:32878747	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中肿瘤浸润调节性T细胞（Treg）积累的分子机制，特别是IL33/ST2信号通路的作用	首次揭示了IL33/ST2轴在肿瘤微环境中调节性T细胞积累的关键作用，并提出了这一通路作为癌症免疫治疗潜在靶点的可能性	NA	阐明肿瘤微环境中调节性T细胞积累的分子机制	肿瘤浸润调节性T细胞及其在肿瘤微环境中的积累机制	免疫学	癌症	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	来自同种肿瘤小鼠的肿瘤浸润Treg和脾脏Treg
10	2024-08-16	Systematic evaluation of transcriptomic disease risk and diagnostic biomarker overlap between COVID-19 and tuberculosis: a patient-level meta-analysis 2020-Nov-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2020.11.25.20236646 PMID:33269371	研究论文	本文通过患者层面的荟萃分析，评估了COVID-19和结核病之间转录组疾病风险和诊断生物标志物的重叠。	首次系统地分析了COVID-19和结核病在转录组层面的相互作用，并识别了共享的基因本体论扰动。	研究主要基于RNA测序数据，可能无法全面反映所有相关生物标志物。	旨在理解COVID-19和结核病之间的相互作用，并识别潜在的共享生物标志物。	COVID-19和结核病患者的转录组数据。	数字病理学	肺结核	RNA测序	NA	转录组数据	35个COVID-19基因签名来自9项研究，共98个样本；1181个结核病RNA测序数据样本来自853名个体。
11	2024-08-09	The use and limitations of single-cell mass cytometry for studying human microglia function 2020-11, Brain pathology (Zurich, Switzerland) DOI:10.1111/bpa.12909 PMID:33058349	综述	本文综述了单细胞质谱流式细胞术（CyTOF）和成像质谱流式细胞术（IMC）在研究人小胶质细胞功能中的应用及其局限性	介绍了CyTOF和IMC技术在单细胞水平上对高维度蛋白质表达的分析能力，以及它们在结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行综合分析时的优势	讨论了CyTOF和IMC技术的局限性及未来发展方向	总结近期使用CyTOF和IMC技术研究人小胶质细胞（huMG）的进展	人小胶质细胞在健康和疾病大脑中的功能	数字病理学	神经退行性疾病	质谱流式细胞术（CyTOF），成像质谱流式细胞术（IMC）	NA	蛋白质表达数据	涉及超过60个目标分子的高通量定量分析
12	2024-08-07	WWOX Loss of Function in Neurodevelopmental and Neurodegenerative Disorders 2020-Nov-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21238922 PMID:33255508	研究论文	本文探讨了WWOX基因功能丧失在神经发育和神经退行性疾病中的作用	首次全面描述了WWOX基因在多种中枢神经系统疾病中的表达模式及其与疾病的相关性	尚未完全阐明WWOX功能丧失导致神经退行性疾病的具体分子机制	研究WWOX基因在神经发育和神经退行性疾病中的作用及其分子机制	WWOX基因及其在中枢神经系统中的表达	神经科学	神经退行性疾病	RNA原位杂交, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及人类和小鼠的多个脑区及特定神经元亚型
13	2024-08-07	TLR-9 agonist and CD40-targeting vaccination induces HIV-1 envelope-specific B cells with a diversified immunoglobulin repertoire in humanized mice 2020-11, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1009025 PMID:33253297	研究论文	本研究探讨了在人源化小鼠中，通过CD40靶向疫苗与CpG-B佐剂联合使用，诱导针对HIV-1 Env蛋白的B细胞反应及其免疫球蛋白谱系多样性	本研究首次展示了CD40靶向疫苗与CpG-B佐剂联合使用能在人源化小鼠中有效促进人B细胞从IgM向IgG的转变和成熟，并诱导出针对HIV-1 Env蛋白的特异性IgG转换记忆B细胞	研究主要在人源化小鼠模型中进行，其结果在人类中的直接应用尚需进一步验证	开发针对HIV-1的疫苗，特别是在人源化小鼠模型中诱导人B细胞和T细胞的反应	人源化小鼠中的B细胞和T细胞反应	疫苗学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确提及
14	2024-08-07	Inference of mutability landscapes of tumors from single cell sequencing data 2020-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008454 PMID:33253159	研究论文	本文介绍了一种名为MULAN的最大似然计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤细胞的突变率，从而构建肿瘤的突变景观	提出了MULAN框架，利用癌症突变树提供的部分突变事件顺序信息，推断肿瘤的完整进化历史和突变景观	NA	开发一种新的计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤的突变率和进化历史	肿瘤细胞的突变率和进化历史	数字病理学	NA	单细胞测序	最大似然法	单细胞测序数据	NA
15	2024-08-07	Stem Cell Pluripotency Genes Klf4 and Oct4 Regulate Complex SMC Phenotypic Changes Critical in Late-Stage Atherosclerotic Lesion Pathogenesis 2020-11-24, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.046672 PMID:32674599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序等技术，探讨了Klf4和Oct4基因在晚期动脉粥样硬化病变中对平滑肌细胞表型变化的影响。	研究发现平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化病变中表现出比普遍认为的更大的表型可塑性，并且Klf4基因调控了多种表型的转变，包括可能对晚期动脉粥样硬化病变有害的Lgals3+成骨细胞。	NA	探讨晚期动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的来源、身份和功能，以及它们如何控制斑块稳定性。	晚期动脉粥样硬化病变中的平滑肌细胞和内皮细胞。	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序	NA	RNA	人类颈动脉内膜切除术样本和微切割的小鼠晚期动脉粥样硬化病变样本
16	2024-08-07	Research and application of single-cell sequencing in tumor heterogeneity and drug resistance of circulating tumor cells 2020-Nov-10, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-020-00240-1 PMID:33292625	研究论文	本文研究了单细胞测序技术在肿瘤异质性和循环肿瘤细胞药物抗性中的应用	利用单细胞测序技术研究循环肿瘤细胞，避免了肿瘤异质性的干扰，为理解肿瘤药物抗性提供了新视角	NA	探讨单细胞测序技术在解决肿瘤异质性和药物抗性问题中的应用	肿瘤异质性和循环肿瘤细胞的药物抗性	数字病理学	恶性肿瘤	单细胞测序	NA	细胞	NA
17	2024-08-07	Single-cell transcriptome conservation in a comparative analysis of fresh and cryopreserved human skin tissue: pilot in localized scleroderma 2020-11-09, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-020-02343-4 PMID:33168063	研究论文	本研究评估了使用CryoStor® CS10与RPMI在局部硬皮病患者皮肤组织中细胞组成和细胞特异性基因表达的变异性	首次比较了新鲜和冷冻保存的人类皮肤组织在单细胞转录组水平上的保守性	研究样本量较小，仅包括3名局部硬皮病患者	评估不同保存方法对局部硬皮病患者皮肤组织细胞组成和基因表达的影响	局部硬皮病患者的皮肤组织	数字病理学	硬皮病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3名局部硬皮病患者的皮肤活检样本
18	2024-08-07	CD63+ Cancer-Associated Fibroblasts Confer Tamoxifen Resistance to Breast Cancer Cells through Exosomal miR-22 2020-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202002518 PMID:33173749	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序描绘了肿瘤微环境的整体景观，并发现了一种新的癌症相关成纤维细胞（CD63 CAFs），这种细胞通过分泌富含miR-22的胞外囊泡促进乳腺癌细胞对他莫昔芬的耐药性	首次揭示了CD63 CAFs通过分泌富含miR-22的胞外囊泡诱导乳腺癌细胞对他莫昔芬产生耐药性，并提出了CD63 CAFs作为增强他莫昔芬敏感性的新型治疗靶点	NA	旨在从肿瘤微环境的角度更好地理解他莫昔芬耐药性	乳腺癌细胞对他莫昔芬的耐药性	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
19	2024-08-05	Spatial transcriptomics inferred from pathology whole-slide images links tumor heterogeneity to survival in breast and lung cancer 2020-11-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-75708-z PMID:33139755	研究论文	本文介绍了一种利用数字病理全切片图像进行空间转录组分析的方法，以连接肿瘤异质性与乳腺癌和肺癌的生存率	提出了一种新的方法，通过深度学习模型在病理全切片图像上空间解析mRNA和miRNA表达水平，并构建异质性指数(HTI)	现有分析方法需要大量训练样本和复杂的流程，而我们的模型在样本数量较少的情况下仍显示了良好的性能	研究肿瘤异质性及其对生存的影响，以改善癌症的诊断和治疗	研究了乳腺癌和肺癌样本中的肿瘤异质性	数字病理学	乳腺癌，肺癌	深度学习	深度学习模型	图像	使用了来自两个癌症队列的少量训练样本
20	2024-08-05	Semiochemical responsive olfactory sensory neurons are sexually dimorphic and plastic 2020-11-24, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.54501 PMID:33231170	研究论文	本研究探讨了基因和经验如何共同作用生成表型变异性，特别是在小鼠的主要嗅觉上皮中	识别出了一群性别特异性的嗅觉感知神经元，并发现其在不同性别小鼠中的表现出性别差异，同时揭示了活动依赖基因表达的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能不适用于其他物种	研究基因和经验在表现性状变异中的作用	主要嗅觉上皮中的嗅觉感知神经元	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达	性别分离的小鼠和性别结合的小鼠的嗅觉神经元亚群