单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 135 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-12 |
Modeling neural tube development by differentiation of human embryonic stem cells in a microfluidic WNT gradient
2020-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0525-0
PMID:32451506
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研究论文 | 研究通过微流控WNT梯度培养人胚胎干细胞，模拟人类神经管早期发育 | 首次使用微流控技术在体外模拟人类神经管的早期发育过程，并成功生成具有渐进尾部化特征的神经组织 | 研究仅限于体外模型，尚未在体内验证其有效性 | 探索影响神经管前后轴模式化的因素和过程 | 人胚胎干细胞及其在微流控WNT梯度下的分化 | 发育生物学 | NA | 微流控技术，单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2 | 2024-11-18 |
D-EE: Distributed software for visualizing intrinsic structure of large-scale single-cell data
2020-11-11, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa126
PMID:33179041
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研究论文 | 本文介绍了一种名为D-EE的分布式优化实现方法，用于大规模单细胞数据的内在结构可视化 | 提出了分布式弹性嵌入（D-EE）算法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中揭示低维度的内在结构，并具有高扩展性和高效性 | NA | 开发一种能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据的可视化工具 | 大规模单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | 分布式计算 | 弹性嵌入（EE）算法 | 单细胞RNA测序数据 | 大规模数据 |
| 3 | 2024-11-17 |
Single-Cell Transcriptional Archetypes of Airway Inflammation in Cystic Fibrosis
2020-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202004-0991OC
PMID:32603604
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研究论文 | 本文首次对囊性纤维化患者的痰液进行了单细胞转录组分析，定义了气道免疫功能障碍的转录特征 | 首次对囊性纤维化患者的痰液进行单细胞转录组分析，并定义了基于表达的细胞功能和成熟度特征，称为转录原型 | 样本量较小，仅包括9名囊性纤维化患者和5名健康对照者 | 研究囊性纤维化患者气道免疫功能障碍的转录特征及其在疾病发病机制中的作用 | 囊性纤维化患者的痰液细胞 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9名囊性纤维化患者和5名健康对照者的痰液细胞 |
| 4 | 2024-10-01 |
μCB-seq: microfluidic cell barcoding and sequencing for high-resolution imaging and sequencing of single cells
2020-11-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d0lc00169d
PMID:32931539
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研究论文 | 本文介绍了一种名为μCB-seq的微流控细胞条形码和测序平台，用于高分辨率成像和单细胞测序 | μCB-seq通过一种新的制造方法，在微流控设备的可寻址反应室中预加载带有已知条形码序列的引物，从而实现了单细胞的高分辨率成像和测序 | NA | 结合单细胞RNA测序和光学成像，提供全面的单细胞分析，整合基因表达谱和细胞状态表征 | 单细胞 | 数字病理学 | NA | 微流控技术 | NA | 图像和文本 | NA |
| 5 | 2024-09-01 |
Tumor-Infiltrating Regulatory T-cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Is Mediated by IL33/ST2 Signaling
2020-11, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0828
PMID:32878747
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研究论文 | 研究探讨了肿瘤微环境中肿瘤浸润调节性T细胞（Treg）积累的分子机制，特别是IL33/ST2信号通路的作用 | 首次揭示了IL33/ST2轴在肿瘤微环境中调节性T细胞积累的关键作用，并提出了这一通路作为癌症免疫治疗潜在靶点的可能性 | NA | 阐明肿瘤微环境中调节性T细胞积累的分子机制 | 肿瘤浸润调节性T细胞及其在肿瘤微环境中的积累机制 | 免疫学 | 癌症 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 来自同种肿瘤小鼠的肿瘤浸润Treg和脾脏Treg |
| 6 | 2024-08-16 |
Systematic evaluation of transcriptomic disease risk and diagnostic biomarker overlap between COVID-19 and tuberculosis: a patient-level meta-analysis
2020-Nov-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.11.25.20236646
PMID:33269371
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研究论文 | 本文通过患者层面的荟萃分析，评估了COVID-19和结核病之间转录组疾病风险和诊断生物标志物的重叠。 | 首次系统地分析了COVID-19和结核病在转录组层面的相互作用，并识别了共享的基因本体论扰动。 | 研究主要基于RNA测序数据，可能无法全面反映所有相关生物标志物。 | 旨在理解COVID-19和结核病之间的相互作用，并识别潜在的共享生物标志物。 | COVID-19和结核病患者的转录组数据。 | 数字病理学 | 肺结核 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 35个COVID-19基因签名来自9项研究，共98个样本；1181个结核病RNA测序数据样本来自853名个体。 |
| 7 | 2024-08-09 |
The use and limitations of single-cell mass cytometry for studying human microglia function
2020-11, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.12909
PMID:33058349
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综述 | 本文综述了单细胞质谱流式细胞术（CyTOF）和成像质谱流式细胞术（IMC）在研究人小胶质细胞功能中的应用及其局限性 | 介绍了CyTOF和IMC技术在单细胞水平上对高维度蛋白质表达的分析能力，以及它们在结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行综合分析时的优势 | 讨论了CyTOF和IMC技术的局限性及未来发展方向 | 总结近期使用CyTOF和IMC技术研究人小胶质细胞（huMG）的进展 | 人小胶质细胞在健康和疾病大脑中的功能 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 质谱流式细胞术（CyTOF），成像质谱流式细胞术（IMC） | NA | 蛋白质表达数据 | 涉及超过60个目标分子的高通量定量分析 |
| 8 | 2024-08-07 |
Single-Cell Profiling of Ebola Virus Disease In Vivo Reveals Viral and Host Dynamics
2020-11-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.10.002
PMID:33159858
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和基于CyTOF的单细胞蛋白质定量技术，分析了埃博拉病毒感染的猕猴外周免疫细胞 | 首次详细描述了埃博拉病毒感染过程中免疫细胞的动态变化，并揭示了病毒如何调控宿主基因表达以促进其复制 | 研究仅限于猕猴模型，可能不完全适用于人类 | 探讨埃博拉病毒在宿主体内的病毒与宿主动态 | 埃博拉病毒感染的猕猴外周免疫细胞 | NA | 埃博拉病毒病 | 单细胞转录组学，CyTOF | NA | 转录组，蛋白质 | 100,000个转录组和15,000,000个蛋白质谱 |
| 9 | 2024-08-07 |
WWOX Loss of Function in Neurodevelopmental and Neurodegenerative Disorders
2020-Nov-24, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21238922
PMID:33255508
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研究论文 | 本文探讨了WWOX基因功能丧失在神经发育和神经退行性疾病中的作用 | 首次全面描述了WWOX基因在多种中枢神经系统疾病中的表达模式及其与疾病的相关性 | 尚未完全阐明WWOX功能丧失导致神经退行性疾病的具体分子机制 | 研究WWOX基因在神经发育和神经退行性疾病中的作用及其分子机制 | WWOX基因及其在中枢神经系统中的表达 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | RNA原位杂交, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类和小鼠的多个脑区及特定神经元亚型 |
| 10 | 2024-08-07 |
TLR-9 agonist and CD40-targeting vaccination induces HIV-1 envelope-specific B cells with a diversified immunoglobulin repertoire in humanized mice
2020-11, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1009025
PMID:33253297
|
研究论文 | 本研究探讨了在人源化小鼠中，通过CD40靶向疫苗与CpG-B佐剂联合使用，诱导针对HIV-1 Env蛋白的B细胞反应及其免疫球蛋白谱系多样性 | 本研究首次展示了CD40靶向疫苗与CpG-B佐剂联合使用能在人源化小鼠中有效促进人B细胞从IgM向IgG的转变和成熟，并诱导出针对HIV-1 Env蛋白的特异性IgG转换记忆B细胞 | 研究主要在人源化小鼠模型中进行，其结果在人类中的直接应用尚需进一步验证 | 开发针对HIV-1的疫苗，特别是在人源化小鼠模型中诱导人B细胞和T细胞的反应 | 人源化小鼠中的B细胞和T细胞反应 | 疫苗学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 11 | 2024-08-07 |
Inference of mutability landscapes of tumors from single cell sequencing data
2020-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008454
PMID:33253159
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MULAN的最大似然计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤细胞的突变率，从而构建肿瘤的突变景观 | 提出了MULAN框架，利用癌症突变树提供的部分突变事件顺序信息，推断肿瘤的完整进化历史和突变景观 | NA | 开发一种新的计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤的突变率和进化历史 | 肿瘤细胞的突变率和进化历史 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 最大似然法 | 单细胞测序数据 | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Stem Cell Pluripotency Genes Klf4 and Oct4 Regulate Complex SMC Phenotypic Changes Critical in Late-Stage Atherosclerotic Lesion Pathogenesis
2020-11-24, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序等技术，探讨了Klf4和Oct4基因在晚期动脉粥样硬化病变中对平滑肌细胞表型变化的影响。 | 研究发现平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化病变中表现出比普遍认为的更大的表型可塑性，并且Klf4基因调控了多种表型的转变，包括可能对晚期动脉粥样硬化病变有害的Lgals3+成骨细胞。 | NA | 探讨晚期动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的来源、身份和功能，以及它们如何控制斑块稳定性。 | 晚期动脉粥样硬化病变中的平滑肌细胞和内皮细胞。 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 | NA | RNA | 人类颈动脉内膜切除术样本和微切割的小鼠晚期动脉粥样硬化病变样本 |
| 13 | 2024-08-07 |
Research and application of single-cell sequencing in tumor heterogeneity and drug resistance of circulating tumor cells
2020-Nov-10, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-020-00240-1
PMID:33292625
|
研究论文 | 本文研究了单细胞测序技术在肿瘤异质性和循环肿瘤细胞药物抗性中的应用 | 利用单细胞测序技术研究循环肿瘤细胞，避免了肿瘤异质性的干扰，为理解肿瘤药物抗性提供了新视角 | NA | 探讨单细胞测序技术在解决肿瘤异质性和药物抗性问题中的应用 | 肿瘤异质性和循环肿瘤细胞的药物抗性 | 数字病理学 | 恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome conservation in a comparative analysis of fresh and cryopreserved human skin tissue: pilot in localized scleroderma
2020-11-09, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-020-02343-4
PMID:33168063
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研究论文 | 本研究评估了使用CryoStor® CS10与RPMI在局部硬皮病患者皮肤组织中细胞组成和细胞特异性基因表达的变异性 | 首次比较了新鲜和冷冻保存的人类皮肤组织在单细胞转录组水平上的保守性 | 研究样本量较小，仅包括3名局部硬皮病患者 | 评估不同保存方法对局部硬皮病患者皮肤组织细胞组成和基因表达的影响 | 局部硬皮病患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3名局部硬皮病患者的皮肤活检样本 |
| 15 | 2024-08-07 |
CD63+ Cancer-Associated Fibroblasts Confer Tamoxifen Resistance to Breast Cancer Cells through Exosomal miR-22
2020-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202002518
PMID:33173749
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序描绘了肿瘤微环境的整体景观，并发现了一种新的癌症相关成纤维细胞（CD63 CAFs），这种细胞通过分泌富含miR-22的胞外囊泡促进乳腺癌细胞对他莫昔芬的耐药性 | 首次揭示了CD63 CAFs通过分泌富含miR-22的胞外囊泡诱导乳腺癌细胞对他莫昔芬产生耐药性，并提出了CD63 CAFs作为增强他莫昔芬敏感性的新型治疗靶点 | NA | 旨在从肿瘤微环境的角度更好地理解他莫昔芬耐药性 | 乳腺癌细胞对他莫昔芬的耐药性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics inferred from pathology whole-slide images links tumor heterogeneity to survival in breast and lung cancer
2020-11-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-75708-z
PMID:33139755
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研究论文 | 本文介绍了一种利用数字病理全切片图像进行空间转录组分析的方法，以连接肿瘤异质性与乳腺癌和肺癌的生存率 | 提出了一种新的方法，通过深度学习模型在病理全切片图像上空间解析mRNA和miRNA表达水平，并构建异质性指数(HTI) | 现有分析方法需要大量训练样本和复杂的流程，而我们的模型在样本数量较少的情况下仍显示了良好的性能 | 研究肿瘤异质性及其对生存的影响，以改善癌症的诊断和治疗 | 研究了乳腺癌和肺癌样本中的肿瘤异质性 | 数字病理学 | 乳腺癌，肺癌 | 深度学习 | 深度学习模型 | 图像 | 使用了来自两个癌症队列的少量训练样本 |
| 17 | 2024-08-05 |
Semiochemical responsive olfactory sensory neurons are sexually dimorphic and plastic
2020-11-24, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54501
PMID:33231170
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研究论文 | 本研究探讨了基因和经验如何共同作用生成表型变异性，特别是在小鼠的主要嗅觉上皮中 | 识别出了一群性别特异性的嗅觉感知神经元，并发现其在不同性别小鼠中的表现出性别差异，同时揭示了活动依赖基因表达的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不适用于其他物种 | 研究基因和经验在表现性状变异中的作用 | 主要嗅觉上皮中的嗅觉感知神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达 | 性别分离的小鼠和性别结合的小鼠的嗅觉神经元亚群 |
| 18 | 2024-08-05 |
Ocular macrophage origin and heterogeneity during steady state and experimental choroidal neovascularization
2020-Nov-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-020-02010-0
PMID:33187533
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠和人类眼部巨噬细胞在稳态和实验性脉络膜新生血管形成中的起源与异质性 | 首次揭示了小鼠和人类眼部巨噬细胞亚群的组成及其在疾病中的功能差异 | 尚未明确人类巨噬细胞亚群的所有功能特点和生物学意义 | 研究眼部巨噬细胞在稳态和病理状态下的异质性及其起源 | 小鼠模型及人类nAMD患者的巨噬细胞 | 数字病理学 | 与年龄相关的黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | Cx3cr1CreER/+ ; Rosa26zsGFP/+小鼠模型 | RNA数据 | 涉及的小鼠和人类样本数量未具体说明 |
| 19 | 2024-08-07 |
A curated database reveals trends in single-cell transcriptomics
2020-11-28, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaa073
PMID:33247933
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研究论文 | 本文构建了一个详尽的手动筛选单细胞转录组学研究数据库，包含关键信息如数据类型、技术使用及研究生物系统的描述 | 提供了对已发表单细胞转录组学数据的全面汇总，便于发现相关趋势和信息 | NA | 旨在促进对已发表单细胞转录组学数据的发现和利用 | 单细胞转录组学研究及其相关数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涵盖超过1000项研究 |
| 20 | 2024-08-07 |
mTORC1 activation in lung mesenchyme drives sex- and age-dependent pulmonary structure and function decline
2020-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18979-4
PMID:33159078
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型，揭示了LAM特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并探讨了mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 首次揭示了LAM肺特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并发现间质细胞在LAM疾病表型中的协调作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类LAM的病理机制。 | 识别LAM肺特有的细胞亚型，并探讨mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型。 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | LAM肺与年龄和性别匹配的健康对照肺 |