单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 134 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-09 |
Assessment of long non-coding RNA expression reveals novel mediators of the lung tumour immune response
2020-10-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-73787-6
PMID:33037279
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研究论文 | 本文通过分析长非编码RNA（lncRNA）在肺腺癌（LUAD）肿瘤中的表达，揭示了lncRNA在肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫治疗的影响 | 发现lncRNA表达模式与免疫相关蛋白质编码基因之间的调控关系，并提供了lncRNA在抗肿瘤免疫活性中的功能性证据 | NA | 探索肺肿瘤免疫微环境中lncRNA的作用，以指导免疫治疗方案并发现新的干预点 | 肺腺癌肿瘤中的lncRNA表达及其与免疫细胞的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包括微切割和非微切割样本（BCCRC和TCGA）以及单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-09 |
Single-cell and spatial transcriptomics enables probabilistic inference of cell type topography
2020-10-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01247-y
PMID:33037292
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研究论文 | 本文介绍了一种基于模型的概率方法，利用单细胞数据解析空间转录组数据中的细胞混合物 | 提出了一种新的模型，能够利用单细胞转录组数据解析空间转录组数据中的细胞混合物 | NA | 将基因表达置于上下文中，并描绘组织内细胞类型的空间排列 | 小鼠大脑和发育心脏的细胞类型空间分布 | 空间转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | 概率模型 | 转录组数据 | 小鼠大脑和发育心脏的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-09 |
A gene expression signature of TREM2hi macrophages and γδ T cells predicts immunotherapy response
2020-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18546-x
PMID:33033253
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研究论文 | 本研究通过重新分析公开的黑色素瘤患者单细胞RNA测序数据，识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群，这些亚群在非响应肿瘤中过度表达，并开发了一种免疫细胞特征（ImmuneCells.Sig）来预测免疫疗法的反应 | 首次识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群在非响应肿瘤中的过度表达，并开发了一种新的免疫细胞特征来预测免疫疗法的反应 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制 | 识别影响免疫检查点疗法抵抗的因素，并开发预测免疫疗法反应的生物标志物 | 黑色素瘤患者的免疫细胞亚群及其对免疫疗法的反应 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 公开的黑色素瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-09 |
Impact of data preprocessing on cell-type clustering based on single-cell RNA-seq data
2020-Oct-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03797-8
PMID:33028196
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研究论文 | 本文探讨了数据预处理方法对基于单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类的影响，并设计了一种图基算法SC3-e来选择最佳的数据预处理方法，以提高SC3聚类算法的性能。 | 本文创新性地设计了SC3-e算法，用于为SC3聚类算法选择最佳的数据预处理方法，从而显著提高了聚类性能。 | NA | 研究不同数据预处理方法对单细胞RNA测序数据聚类算法的影响，并开发一种新的算法来优化这一过程。 | 单细胞RNA测序数据及其在细胞类型聚类中的应用。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图基算法 | 基因表达数据 | 八个常用的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-09 |
Mesenchymal stem cells alleviate LPS-induced acute lung injury by inhibiting the proinflammatory function of Ly6C+ CD8+ T cells
2020-10-06, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-020-03036-1
PMID:33024074
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研究论文 | 本研究探讨了间充质干细胞（MSCs）通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的促炎功能，减轻脂多糖（LPS）诱导的小鼠急性肺损伤（ALI）的效果 | 首次揭示了MSCs通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的浸润和促炎功能，减轻ALI的作用机制 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 研究MSCs在治疗急性肺损伤中的作用及其机制 | 急性肺损伤小鼠模型及Ly6C+ CD8+ T细胞 | 免疫学 | 急性肺损伤 | 质谱细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞，蛋白质，细胞因子，趋化因子 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-09 |
Predicting cell-to-cell communication networks using NATMI
2020-10-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18873-z
PMID:33024107
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研究论文 | 本文开发了NATMI工具，用于从单细胞或批量表达数据中预测和可视化细胞间通信网络 | NATMI工具使用connectomeDB2020数据库，能够识别网络中最活跃或最特异的配体-受体对，以及潜在的高通信细胞群 | NA | 研究不同细胞类型如何协同工作 | 细胞间通信网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 表达数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-09 |
Parallel Single-Cell RNA-Seq and Genetic Recording Reveals Lineage Decisions in Developing Embryoid Bodies
2020-10-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108222
PMID:33027665
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研究论文 | 本文结合单细胞转录组学和遗传记录技术，研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示了细胞命运轨迹和分支点 | 提出了一种创新的诱导性遗传记录技术，利用重组在狭窄的时间窗口内生成细胞特异性的时间戳条形码 | NA | 研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示细胞命运轨迹和分支点 | 胚胎干细胞向胚胎体的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-09 |
Network analysis of transcriptomic diversity amongst resident tissue macrophages and dendritic cells in the mouse mononuclear phagocyte system
2020-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000859
PMID:33031383
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研究论文 | 本研究通过网络分析工具BioLayout对来自NCBI-GEO的466个高质量RNA测序数据集进行分析，探讨了小鼠单核吞噬细胞系统（MPS）中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系 | 本研究利用大规模数据集揭示了MPS细胞表型的多样性，并指出表面标记物在定义细胞系、功能或亚群方面的预测价值有限 | 研究中提到的所有细胞分离程序都可能共纯化其他无关细胞类型，这可能影响MPS细胞的体内相互作用 | 探讨单核吞噬细胞系统中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系 | 小鼠单核吞噬细胞系统中的组织驻留巨噬细胞和树突状细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 网络分析工具BioLayout | RNA测序数据 | 466个高质量RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Cell Populations and Differential Gene Expression Patterns in Control and Aneurysmal Human Aortic Tissue
2020-10-06, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了控制组和动脉瘤人主动脉组织中动态的细胞群和差异基因表达模式 | 首次全面评估了升主动脉壁的细胞组成，并揭示了人动脉瘤组织中基因表达景观的改变 | NA | 旨在全面表征升主动脉壁的细胞组成，并识别人动脉瘤组织中每个细胞群的分子改变 | 升主动脉组织中的细胞群和基因表达模式 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11名研究参与者，包括8名动脉瘤患者和3名对照组受试者 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-09 |
Generation of cortical neurons through large-scale expanding neuroepithelial stem cell from human pluripotent stem cells
2020-10-02, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-01939-6
PMID:33008480
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研究论文 | 本文开发了一种可扩展的悬浮培养系统，用于大规模生成来源于人类多能干细胞的神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。 | 本文创新性地使用小分子和生长因子的组合，优化了培养系统，实现了NESC的大规模生产，并展示了这些NESC-spheres向皮质神经元的高效分化潜力。 | NA | 研究目的是开发一种高效、低成本的培养系统，用于大规模生产高质量的NESC-spheres，并将其用于细胞疗法、疾病模型和药物筛选。 | 研究对象包括人类多能干细胞（hPSCs）、神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。 | 再生医学 | NA | 细胞免疫荧光染色、全局转录组和单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞 | 大规模的NESC-spheres | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-09 |
Identification of putative master regulators in rheumatoid arthritis synovial fibroblasts using gene expression data and network inference
2020-10-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-73147-4
PMID:33004899
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研究论文 | 本研究利用基因表达数据和网络推断方法，识别类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的潜在主调控因子 | 本研究首次识别了类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的五个特定主调控因子，并评估了它们的转录因子活性 | NA | 旨在表征类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的主调控转录因子，这些因子可能解释其表型特征 | 类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的主调控转录因子 | NA | 类风湿性关节炎 | 微阵列和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织 | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-09 |
Defining the First Part of the Oncogenic KRAS Journey
2020-10-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.09.009
PMID:33007229
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研究论文 | 本文通过分析类器官培养、患者样本和鼠模型结合单细胞RNA测序技术，探讨了致癌KRAS激活的早期事件 | 结合多种技术手段，如类器官培养、患者样本分析和单细胞RNA测序，以深入研究KRAS突变相关的早期致癌过程 | NA | 阐明致癌KRAS激活的早期事件 | KRAS突变在人类癌症中的早期致癌过程 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及类器官培养、患者样本和鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-09 |
Onco-fetal Reprogramming of Endothelial Cells Drives Immunosuppressive Macrophages in Hepatocellular Carcinoma
2020-10-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.08.040
PMID:32976798
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，详细描述了从发育到疾病的人类肝脏细胞图谱，并揭示了肝细胞癌中肿瘤微环境的胎儿样重编程现象 | 首次报道了肝细胞癌中存在与胎儿肝脏相似的免疫抑制性胎儿癌生态系统，并提供了新的治疗干预靶点 | NA | 探索肝细胞癌中肿瘤微环境的胎儿样重编程现象及其机制 | 人类胎儿、肝细胞癌及小鼠肝脏的细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 约212,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-09 |
Genetic landscape and autoimmunity of monocytes in developing Vogt-Koyanagi-Harada disease
2020-10-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2002476117
PMID:32989127
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研究论文 | 本研究利用先进的单细胞RNA测序技术，系统分析了11,259个人类循环单核细胞，并对其亚群进行了遗传学定义，揭示了Vogt-Koyanagi-Harada疾病相关单核细胞的精确分类、分子标记和信号通路 | 本研究首次揭示了两个先前未知的单核细胞亚群：HLA和巨核细胞样单核细胞亚群，并发现了与疾病相关的促炎单核细胞亚群，其基因表达特征指示炎症、抗病毒活性和病理性激活状态 | NA | 研究Vogt-Koyanagi-Harada疾病中单核细胞的遗传图谱和自身免疫机制 | 人类循环单核细胞及其在Vogt-Koyanagi-Harada疾病中的作用 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11,259个人类循环单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-09 |
SpaGE: Spatial Gene Enhancement using scRNA-seq
2020-10-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa740
PMID:32955565
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGE的方法，该方法通过整合空间和单细胞RNA测序数据集，预测空间配置中的全转录组表达。 | SpaGE方法能够解决单细胞RNA测序缺乏空间定位的问题，并且能够预测新的空间基因模式。 | NA | 开发一种方法，将空间和单细胞RNA测序数据集整合，以预测空间配置中的全转录组表达。 | 单细胞RNA测序数据及其空间定位。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了五个数据集对进行验证。 | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of Tocilizumab-treated peripheral blood mononuclear cells as an in vitro model of inflammation
2020-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.09.11.281782
PMID:32935096
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了托珠单抗治疗前后外周血单个核细胞的表达变化，以此构建体外炎症模型，探讨托珠单抗对COVID-19相关细胞因子风暴的影响 | 利用单细胞RNA测序技术，首次在单细胞水平上展示了托珠单抗治疗后炎症相关基因和生物途径的表达减少 | 研究仅限于体外模型和特定人群（肾移植受者），需要进一步的临床试验验证 | 探讨托珠单抗在治疗COVID-19中的作用及其对细胞因子风暴的影响 | 托珠单抗治疗前后的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-09 |
Transcription factor expression defines subclasses of developing projection neurons highly similar to single-cell RNA-seq subtypes
2020-10-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2008013117
PMID:32948690
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研究论文 | 本文研究了在小鼠大脑发育过程中，从胚胎第13天到出生后第5天，两类具有不同形态和功能特征的投射神经元的基因表达和染色质可及性，以识别分化神经元细胞命运的转录网络 | 本文通过深度测序识别了具有密集亚类特异性调控和亚类富集转录因子结合基序的转录因子组，并描述了定义每个亚类的转录因子相邻长非编码RNA | NA | 旨在理解大脑皮层中细胞类型多样化的机制及其与功能的关系 | 小鼠大脑中两类投射神经元的基因表达和染色质可及性 | 自然语言处理 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 从小鼠大脑中分离的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-09 |
Reprogramming roadmap reveals route to human induced trophoblast stem cells
2020-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2734-6
PMID:32939092
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学重建了人类皮肤成纤维细胞的重编程轨迹，揭示了从体细胞到诱导多能干细胞及诱导滋养层干细胞的重编程过程。 | 本文首次揭示了重编程过程中滋养层细胞特异性调控程序的作用，并成功诱导出与天然滋养层干细胞分子和功能相似的诱导滋养层干细胞。 | NA | 探讨人类体细胞重编程为多能干细胞及滋养层干细胞的分子机制。 | 人类皮肤成纤维细胞的重编程过程及诱导滋养层干细胞的生成。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-09 |
Endosialin defines human stem Leydig cells with regenerative potential
2020-10-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaa174
PMID:32951040
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研究论文 | 本文研究了内皮素作为人类干细胞莱迪细胞（SLCs）的特异性标记物，并探讨了其在体外和体内分化为产生睾酮的莱迪细胞（LCs）的能力 | 内皮素被证明是人类SLCs的特异性标记物，相比于PDGFRα和NGFR，具有更高的特异性 | 由于人类睾丸组织收集困难，样本量有限。内皮素对SLCs的功能需要在未来的研究中进一步阐明 | 确定内皮素是否为人类SLCs的特异性标记物，并研究其在体外和体内分化为功能性LCs的潜力 | 人类干细胞莱迪细胞（SLCs）及其分化为产生睾酮的莱迪细胞（LCs）的能力 | NA | NA | 单细胞测序分析，免疫荧光和流式细胞术 | NA | 细胞 | 四个人类供体的睾丸组织 | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-09 |
A map of human breast cancer: new players in stromal-immune crosstalk
2020-10-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2020106368
PMID:32909627
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了人乳腺癌中的间质细胞，并发现了新的间质间充质细胞亚群 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了乳腺癌中间质间充质细胞的新亚群及其独特的转录组特征、组织定位和相关的免疫微环境 | NA | 探索乳腺癌中间质-免疫相互作用的新参与者 | 人乳腺癌中的间质间充质细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |