单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Gene expression and functional deficits underlie TREM2-knockout microglia responses in human models of Alzheimer's disease 2020-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19227-5 PMID:33097708	研究论文	研究通过CRISPR-modified TREM2-knockout iPSC分化的人类小胶质细胞，探讨TREM2在阿尔茨海默病中的作用	首次结合转录组学和功能分析，以及在阿尔茨海默病小鼠模型中研究TREM2缺失对人类小胶质细胞的影响	NA	探究TREM2在人类小胶质细胞中的正常和疾病相关功能	TREM2敲除的人类小胶质细胞及其在阿尔茨海默病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	CRISPR, 单细胞测序	NA	转录组数据	使用CRISPR-modified TREM2-knockout iPSC分化的小胶质细胞
62	2024-08-09	Characterization of rare spindle and root cell transcriptional profiles in the stria vascularis of the adult mouse cochlea 2020-10-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-75238-8 PMID:33093630	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术，分析了成年小鼠耳蜗血管纹中稀有细胞类型（如纺锤细胞和根细胞）的转录组特征	首次详细描述了成年小鼠耳蜗血管纹中稀有细胞类型的转录组特征，并鉴定了这些细胞的新型特异性标记物	研究主要集中在成年小鼠耳蜗血管纹的稀有细胞类型，未涉及其他细胞类型或不同发育阶段的细胞	探讨耳蜗血管纹稀有细胞类型的转录组特征及其在听力维持中的功能作用	成年小鼠耳蜗血管纹中的稀有细胞类型，包括纺锤细胞和根细胞	数字病理学	听力损失	单核RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠耳蜗血管纹样本
63	2024-08-09	Identification of a dysfunctional microglial population in human Alzheimer's disease cortex using novel single-cell histology image analysis 2020-10-20, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-020-01047-9 PMID:33081847	research paper	本研究通过新型单细胞组织学图像分析，鉴定了阿尔茨海默病（AD）患者大脑皮层中功能障碍的微胶质细胞群体	首次在人类脑组织中通过解剖学上下文验证了与AD病理相关的微胶质细胞群体，并使用高吞吐量的免疫组织化学数据支持了微胶质功能障碍假说	NA	鉴定和验证阿尔茨海默病中与病理相关的微胶质细胞群体	阿尔茨海默病患者的大脑皮层微胶质细胞	digital pathology	阿尔茨海默病	荧光免疫组织化学	NA	image	正常组和AD组各8个中间颞回样本
64	2024-08-09	Deep immunophenotyping at the single-cell level identifies a combination of anti-IL-17 and checkpoint blockade as an effective treatment in a preclinical model of data-guided personalized immunotherapy 2020-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001358 PMID:33093158	研究论文	本文通过深度免疫表型分析，识别出在一种临床前模型中，抗IL-17和免疫检查点阻断联合治疗的有效性	开发了一种垂直流阵列芯片（VFAC）用于靶向单细胞RNA测序，以识别T细胞的独特亚型，并发现IL-17产生细胞在肿瘤微环境中的作用	研究仅限于临床前模型，需要进一步的临床试验验证	验证个性化免疫治疗策略的可行性，通过深度免疫表型分析指导治疗	胃癌细胞系YTN2和YTN16在C57BL/6小鼠中的免疫反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），流式细胞术	NA	RNA	使用YTN2和YTN16胃癌细胞系在C57BL/6小鼠中进行实验
65	2024-08-09	Iterative point set registration for aligning scRNA-seq data 2020-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007939 PMID:33108369	研究论文	本文开发了一种名为Single Cell Iterative Point set Registration (SCIPR)的方法，用于对齐和整合来自不同技术和平台的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据	SCIPR方法能够使用原始表达空间进行对齐，并能推广到新的数据，这是现有方法所未能实现的	NA	开发一种新的方法来对齐和整合不同来源的scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	多个scRNA-Seq数据集
66	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Engineered Cardiac Tissues From Patient-Specific Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Reveals Abnormal Developmental Trajectory and Intrinsic Contractile Defects in Hypoplastic Right Heart Syndrome 2020-10-20, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.120.016528 PMID:33059525	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和表型分析，比较了来自患者和健康个体的诱导多能干细胞衍生的心肌细胞及其工程化组织模型，揭示了肺动脉闭锁伴完整室间隔（PAIVS）中先天性心脏病的内在发育和功能异常	首次揭示了PAIVS中心肌细胞发育和功能的内在异常，排除了次要解剖缺陷的影响	NA	理解PAIVS中先天性心脏病的内在发育和功能异常	来自患者和健康个体的诱导多能干细胞衍生的心肌细胞及其工程化组织模型	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	3名PAIVS患者和3名健康个体的诱导多能干细胞衍生的心肌细胞及其工程化组织模型
67	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Parkinson's Disease Human In Vitro Models Reveals Dopamine Neuron-Specific Stress Responses 2020-10-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108263 PMID:33053338	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了帕金森病人类体外模型中多巴胺神经元对细胞毒性和遗传应激的基因表达动态	首次进行了最大规模的单细胞转录组学研究，揭示了多巴胺神经元亚型的转录特征和应激敏感性差异	NA	阐明帕金森病中多巴胺神经元在细胞毒性和遗传应激下的基因表达动态	人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的多巴胺神经元	数字病理学	帕金森病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个神经元亚型
68	2024-08-09	Identification of oncolytic vaccinia restriction factors in canine high-grade mammary tumor cells using single-cell transcriptomics 2020-10, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1008660 PMID:33075093	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法，分析了犬高级别乳腺肿瘤细胞中溶瘤痘病毒的限制因子，特别是DDIT4基因的作用	首次揭示了DDIT4基因在溶瘤痘病毒治疗中的潜在抗性标记作用，并展示了单细胞转录组学在识别影响病毒复制的细胞因子方面的应用	NA	探讨溶瘤痘病毒在犬乳腺肿瘤细胞中的效力和潜在的抗性因子	犬高级别乳腺肿瘤细胞，特别是三阴性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个不同的三阴性乳腺癌细胞样本，分别感染或未感染痘病毒
69	2024-08-09	Correction to: Prioritizing Candidates of Post-Myocardial Infarction Heart Failure Using Plasma Proteomics and Single-Cell Transcriptomics 2020-Oct-13, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIR.0000000000000926 PMID:33044854	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
70	2024-08-09	Assessment of long non-coding RNA expression reveals novel mediators of the lung tumour immune response 2020-10-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-73787-6 PMID:33037279	研究论文	本文通过分析长非编码RNA（lncRNA）在肺腺癌（LUAD）肿瘤中的表达，揭示了lncRNA在肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	发现lncRNA表达模式与免疫相关蛋白质编码基因之间的调控关系，并提供了lncRNA在抗肿瘤免疫活性中的功能性证据	NA	探索肺肿瘤免疫微环境中lncRNA的作用，以指导免疫治疗方案并发现新的干预点	肺腺癌肿瘤中的lncRNA表达及其与免疫细胞的关系	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	包括微切割和非微切割样本（BCCRC和TCGA）以及单细胞RNA测序数据
71	2024-08-09	Single-cell and spatial transcriptomics enables probabilistic inference of cell type topography 2020-10-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01247-y PMID:33037292	研究论文	本文介绍了一种基于模型的概率方法，利用单细胞数据解析空间转录组数据中的细胞混合物	提出了一种新的模型，能够利用单细胞转录组数据解析空间转录组数据中的细胞混合物	NA	将基因表达置于上下文中，并描绘组织内细胞类型的空间排列	小鼠大脑和发育心脏的细胞类型空间分布	空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组学	概率模型	转录组数据	小鼠大脑和发育心脏的数据
72	2024-08-09	A gene expression signature of TREM2hi macrophages and γδ T cells predicts immunotherapy response 2020-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18546-x PMID:33033253	研究论文	本研究通过重新分析公开的黑色素瘤患者单细胞RNA测序数据，识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群，这些亚群在非响应肿瘤中过度表达，并开发了一种免疫细胞特征（ImmuneCells.Sig）来预测免疫疗法的反应	首次识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群在非响应肿瘤中的过度表达，并开发了一种新的免疫细胞特征来预测免疫疗法的反应	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	识别影响免疫检查点疗法抵抗的因素，并开发预测免疫疗法反应的生物标志物	黑色素瘤患者的免疫细胞亚群及其对免疫疗法的反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	公开的黑色素瘤患者样本
73	2024-08-09	Impact of data preprocessing on cell-type clustering based on single-cell RNA-seq data 2020-Oct-07, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03797-8 PMID:33028196	研究论文	本文探讨了数据预处理方法对基于单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类的影响，并设计了一种图基算法SC3-e来选择最佳的数据预处理方法，以提高SC3聚类算法的性能。	本文创新性地设计了SC3-e算法，用于为SC3聚类算法选择最佳的数据预处理方法，从而显著提高了聚类性能。	NA	研究不同数据预处理方法对单细胞RNA测序数据聚类算法的影响，并开发一种新的算法来优化这一过程。	单细胞RNA测序数据及其在细胞类型聚类中的应用。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图基算法	基因表达数据	八个常用的单细胞RNA测序数据集
74	2024-08-09	Mesenchymal stem cells alleviate LPS-induced acute lung injury by inhibiting the proinflammatory function of Ly6C+ CD8+ T cells 2020-10-06, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-020-03036-1 PMID:33024074	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞（MSCs）通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的促炎功能，减轻脂多糖（LPS）诱导的小鼠急性肺损伤（ALI）的效果	首次揭示了MSCs通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的浸润和促炎功能，减轻ALI的作用机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	研究MSCs在治疗急性肺损伤中的作用及其机制	急性肺损伤小鼠模型及Ly6C+ CD8+ T细胞	免疫学	急性肺损伤	质谱细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞，蛋白质，细胞因子，趋化因子	小鼠模型
75	2024-08-09	Predicting cell-to-cell communication networks using NATMI 2020-10-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18873-z PMID:33024107	研究论文	本文开发了NATMI工具，用于从单细胞或批量表达数据中预测和可视化细胞间通信网络	NATMI工具使用connectomeDB2020数据库，能够识别网络中最活跃或最特异的配体-受体对，以及潜在的高通信细胞群	NA	研究不同细胞类型如何协同工作	细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	表达数据	数千个细胞
76	2024-08-09	Parallel Single-Cell RNA-Seq and Genetic Recording Reveals Lineage Decisions in Developing Embryoid Bodies 2020-10-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108222 PMID:33027665	研究论文	本文结合单细胞转录组学和遗传记录技术，研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示了细胞命运轨迹和分支点	提出了一种创新的诱导性遗传记录技术，利用重组在狭窄的时间窗口内生成细胞特异性的时间戳条形码	NA	研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示细胞命运轨迹和分支点	胚胎干细胞向胚胎体的分化过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
77	2024-08-09	Network analysis of transcriptomic diversity amongst resident tissue macrophages and dendritic cells in the mouse mononuclear phagocyte system 2020-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000859 PMID:33031383	研究论文	本研究通过网络分析工具BioLayout对来自NCBI-GEO的466个高质量RNA测序数据集进行分析，探讨了小鼠单核吞噬细胞系统（MPS）中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	本研究利用大规模数据集揭示了MPS细胞表型的多样性，并指出表面标记物在定义细胞系、功能或亚群方面的预测价值有限	研究中提到的所有细胞分离程序都可能共纯化其他无关细胞类型，这可能影响MPS细胞的体内相互作用	探讨单核吞噬细胞系统中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	小鼠单核吞噬细胞系统中的组织驻留巨噬细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	RNA测序	网络分析工具BioLayout	RNA测序数据	466个高质量RNA测序数据集
78	2024-08-09	Translocation of Viable Gut Microbiota to Mesenteric Adipose Drives Formation of Creeping Fat in Humans 2020-10-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.09.009 PMID:32991841	研究论文	本研究探讨了克罗恩病中微生物移位是否是驱动“爬行脂肪”形成的关键因素	发现了与爬行脂肪相关的特定肠道细菌亚群，并确定了Clostridium innocuum作为该菌群的标志，以及其在黏膜和脂肪组织中的菌株变异	NA	研究克罗恩病中微生物移位与爬行脂肪形成的关系	克罗恩病患者的肠道微生物和爬行脂肪组织	NA	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括克罗恩病患者的回肠手术切除标本和无菌小鼠
79	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Cell Populations and Differential Gene Expression Patterns in Control and Aneurysmal Human Aortic Tissue 2020-10-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.046528 PMID:33017217	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了控制组和动脉瘤人主动脉组织中动态的细胞群和差异基因表达模式	首次全面评估了升主动脉壁的细胞组成，并揭示了人动脉瘤组织中基因表达景观的改变	NA	旨在全面表征升主动脉壁的细胞组成，并识别人动脉瘤组织中每个细胞群的分子改变	升主动脉组织中的细胞群和基因表达模式	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11名研究参与者，包括8名动脉瘤患者和3名对照组受试者
80	2024-08-09	Generation of cortical neurons through large-scale expanding neuroepithelial stem cell from human pluripotent stem cells 2020-10-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-01939-6 PMID:33008480	研究论文	本文开发了一种可扩展的悬浮培养系统，用于大规模生成来源于人类多能干细胞的神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。	本文创新性地使用小分子和生长因子的组合，优化了培养系统，实现了NESC的大规模生产，并展示了这些NESC-spheres向皮质神经元的高效分化潜力。	NA	研究目的是开发一种高效、低成本的培养系统，用于大规模生产高质量的NESC-spheres，并将其用于细胞疗法、疾病模型和药物筛选。	研究对象包括人类多能干细胞（hPSCs）、神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。	再生医学	NA	细胞免疫荧光染色、全局转录组和单细胞RNA测序分析	NA	细胞	大规模的NESC-spheres