单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 134 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2024-08-07 |
Identification of a distinct luminal subgroup diagnosing and stratifying early stage prostate cancer by tissue-based single-cell RNA sequencing
2020-10-08, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-020-01264-9
PMID:33032611
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研究论文 | 本研究通过基于组织的单细胞RNA测序技术，识别并分类早期前列腺癌中的一个独特的腔内亚群 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究前列腺癌的异质性，并发现了一个具有高拷贝数变异水平和前列腺癌相关代谢过程标记基因的恶性腔内集群 | 尚未在前列腺癌异质性研究中使用单细胞RNA测序技术 | 寻找更好的疾病诊断和分类的生物标志物 | 前列腺癌的异质性和细胞起源 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15个细胞群，包括3个具有不同表达谱的腔内集群 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
PhyDOSE: Design of follow-up single-cell sequencing experiments of tumors
2020-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008240
PMID:33001973
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研究论文 | 本文介绍了PhyDOSE方法，该方法利用大量和单细胞DNA测序数据来优化后续单细胞测序实验的设计，以高效重建肿瘤的系统发育 | PhyDOSE方法通过识别区分不同候选树的少数克隆，并将其纳入概率模型中，以推断需要测序的细胞数量，从而自信地重建肿瘤的系统发育 | NA | 优化肿瘤单细胞测序实验的设计，以提高癌症基因组学中下游分析的准确性 | 肿瘤的单细胞测序实验设计 | 数字病理学 | 白血病，急性髓系白血病，肺癌 | 单细胞DNA测序 | 概率模型 | DNA测序数据 | 多个白血病和肺癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Modeling tissue-relevant Caenorhabditis elegans metabolism at network, pathway, reaction, and metabolite levels
2020-10, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209649
PMID:33022146
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研究论文 | 本文介绍了MEtabolic models Reconciled with Gene Expression (MERGE)计算流程，用于基于单细胞RNA测序数据预测秀丽隐杆线虫组织相关代谢功能 | MERGE流程能够预测秀丽隐杆线虫的新陈代谢功能，并可应用于其他系统 | NA | 开发代谢网络模型，用于个体细胞的代谢功能预测 | 秀丽隐杆线虫的组织相关代谢功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 代谢网络模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Analysis of the molecular nature associated with microsatellite status in colon cancer identifies clinical implications for immunotherapy
2020-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-001437
PMID:33028695
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研究论文 | 本研究通过分析结直肠癌中的微卫星稳定性（MSS）和微卫星不稳定性（MSI）的分子特性，探讨了其对免疫治疗临床结果的影响 | 构建了一个与微卫星状态相关的基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫检查点抑制剂联合抗VEGF治疗的反应 | NA | 阐明微卫星不稳定性在结直肠癌中的分子本质，并探讨其对免疫治疗的影响 | 结直肠癌中的微卫星稳定性和不稳定性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 随机森林算法，神经网络 | 神经网络 | 转录组数据 | TCGA数据集及自建数据集（包括39例低肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，10例高肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，15例MSI结直肠癌） | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
A hybrid deep clustering approach for robust cell type profiling using single-cell RNA-seq data
2020-10, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.074427.119
PMID:32532794
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研究论文 | 本文开发了一种新的混合深度聚类方法DUSC，用于使用单细胞RNA测序数据进行稳健的细胞类型分析 | DUSC方法结合了基于深度学习架构的特征生成和模型基础的聚类算法，能够生成紧凑且信息丰富的单细胞转录组数据表示，并生成稳健的聚类 | NA | 解决现有方法在处理单细胞RNA测序数据中大量噪声和细胞类型差异变异时的不足 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚型和特定细胞状态 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 转录组数据 | 来自三阴性乳腺癌肿瘤的单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
A human circulating immune cell landscape in aging and COVID-19
2020-10, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00762-2
PMID:32780218
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和单细胞ATAC测序，比较了年轻和老年受试者以及COVID-19患者外周血中免疫细胞类型的变化 | 首次全面详细地描述了随着年龄增长，人类循环免疫细胞的变化情况，并揭示了COVID-19如何促进与年龄相关的免疫细胞极化和基因表达 | NA | 研究年龄和COVID-19对人类循环免疫细胞景观的影响 | 年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血免疫细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 细胞 | 年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Integrative genomics approach identifies conserved transcriptomic networks in Alzheimer's disease
2020-10-10, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaa182
PMID:32803238
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研究论文 | 本研究采用系统生物学元分析方法，结合多尺度数据集，分析了阿尔茨海默病（AD）的遗传结构，并识别了AD相关的转录组网络。 | 本研究通过整合多种数据类型，包括DNA甲基化、组蛋白乙酰化、转录组和全基因组关联研究等，识别了AD中未在正常衰老中改变的稳健转录组失调。 | NA | 进一步阐明阿尔茨海默病的遗传结构 | 阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | DNA甲基化、组蛋白乙酰化、转录组和全基因组关联研究 | 共表达网络分析 | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 超过1200个人脑样本，27,321个来自人类死后前额叶皮质组织的细胞核 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Single-cell deconstruction of post-sepsis skeletal muscle and adipose tissue microenvironments
2020-10, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.12596
PMID:32643301
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研究论文 | 本研究全面评估了实验性脓毒症诱导后肌肉和脂肪在单细胞分辨率下的转录变化 | 首次从组织微环境的角度全面评估了脓毒症后肌肉和脂肪的单细胞转录变化 | NA | 研究脓毒症后肌肉和脂肪组织的微环境变化 | 小鼠的骨骼肌和内脏白色脂肪组织 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达 | 骨骼肌1438个单细胞，脂肪组织2281个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Spatial cell type composition in normal and Alzheimers human brains is revealed using integrated mouse and human single cell RNA sequencing
2020-10-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-74917-w
PMID:33093481
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研究论文 | 本研究利用集成的小鼠和人类单细胞RNA测序数据，揭示了正常和阿尔茨海默病人类大脑的空间细胞类型组成 | 提出了一种利用小鼠单细胞RNA测序数据补充人类数据的方法，以解决人类大脑组织样本稀缺的问题 | NA | 探索正常和阿尔茨海默病人类大脑的细胞类型组成 | 人类大脑组织样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 3702个人类大脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Targeting tumor-associated macrophages and granulocytic myeloid-derived suppressor cells augments PD-1 blockade in cholangiocarcinoma
2020-10-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI137110
PMID:32663198
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研究论文 | 本文研究了在胆管癌中，肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞对PD-1阻断疗法的影响 | 发现了肿瘤相关巨噬细胞是人类和小鼠胆管癌中PD-L1的主要来源，并且双重抑制肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞能增强免疫检查点阻断疗法的效果 | 文章未提及具体的局限性 | 探索在胆管癌中，免疫检查点阻断疗法与针对免疫抑制性骨髓细胞的免疫疗法结合的治疗潜力 | 肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞在胆管癌中的作用 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 文章未提及具体的样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma
2020-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18916-5
PMID:33033240
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱尿路上皮癌样本，揭示了肿瘤微环境中细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示膀胱尿路上皮癌中炎症相关成纤维细胞（iCAFs）在肿瘤进展中的作用及其与不良预后的关联 | NA | 探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤微环境的作用及其对临床预后的影响 | 膀胱尿路上皮癌的肿瘤微环境及其中不同细胞类型的功能 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8个肿瘤样本和3个肿瘤旁样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
Single-Cell Profiling Reveals Divergent, Globally Patterned Immune Responses in Murine Skin Inflammation
2020-Oct-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101582
PMID:33205009
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠皮肤炎症模型中免疫细胞的异质性反应 | 首次揭示了不同炎症诱导剂在小鼠皮肤炎症中引起的全局分子模式差异 | NA | 探讨不同炎症诱导剂如何影响小鼠皮肤免疫细胞的转录反应 | 小鼠皮肤免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13种CD45亚群的免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
Laser Capture Microdissection-Based RNA Microsequencing Reveals Optic Nerve Crush-Related Early mRNA Alterations in Retinal Ganglion Cell Layer
2020-10, Translational vision science & technology
IF:2.6Q2
DOI:10.1167/tvst.9.11.30
PMID:33173609
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研究论文 | 本文通过激光捕获显微切割（LCM）和RNA微测序技术，研究了视神经挤压（ONC）相关的视网膜神经节细胞（RGC）层早期mRNA变化 | 首次使用LCM结合单细胞RNA测序技术，揭示了ONC相关早期mRNA变化的分子机制 | NA | 建立LCM和RNA微测序方法，探索视神经挤压相关的视网膜神经节细胞层早期mRNA变化 | 视网膜神经节细胞层的早期mRNA变化 | 数字病理学 | NA | 激光捕获显微切割（LCM），RNA微测序 | NA | RNA | 30微米厚的视网膜组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Different Stages of Oral Cancer Carcinogenesis in a Mouse Model
2020-Oct-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21218171
PMID:33142921
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了在小鼠模型中口腔癌致癌过程中不同阶段的基因表达特征 | 首次在单细胞水平上分析了口腔癌致癌过程中的基因表达变化，并识别了与MYC_targets_v1通路相关的细胞亚型标记物 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床应用需要进一步验证 | 探究口腔癌致癌过程中不同阶段的基因表达特征，并寻找潜在的生物标志物 | 小鼠口腔癌致癌过程中的细胞亚型及其基因表达 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | Louvain算法 | 基因表达数据 | 使用了C57BL/6J雄性小鼠，分为对照组和治疗组，共进行了8、16、20和29周的实验 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals the heterogeneity of the decidual endothelial cells that participate in labor onset
2020-10, European review for medical and pharmacological sciences
DOI:10.26355/eurrev_202010_23385
PMID:33155267
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术探讨了分娩前后蜕膜内皮细胞的异质性及其功能变化 | 揭示了蜕膜内皮细胞在分娩过程中的异质性，并发现了可能在分娩中更活跃的特定亚型 | NA | 探究蜕膜内皮细胞的异质性及其在分娩过程中的变化 | 蜕膜内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 9748个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Advances and challenges in single-cell RNA-seq of microbial communities
2020-10, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2020.10.001
PMID:33160164
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在微生物群落研究中的进展和挑战 | 探讨了如何将单细胞RNA测序技术扩展到高吞吐量，以研究数千种微生物 | 单细胞RNA测序技术在真菌、原生生物和细菌中的应用仍处于初级阶段 | 旨在整合哺乳动物和微生物的单细胞分析，以研究健康和疾病中的微生物群落 | 微生物群落的分子状态 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Persistent STAT5 activation reprograms the epigenetic landscape in CD4+ T cells to drive polyfunctionality and antitumor immunity
2020-Oct-30, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aba5962
PMID:33127608
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研究论文 | 本文报道了持续激活信号转导子和转录激活子5（STAT5）在肿瘤特异性CD4 T细胞中驱动多功能T细胞发展的作用 | 首次揭示了STAT5持续激活在CD4 T细胞中诱导基因组范围的染色质重塑，并建立独特的表观遗传和转录景观，从而促进多功能T细胞的形成 | NA | 探讨STAT5在肿瘤特异性CD4 T细胞中的持续激活对多功能性和抗肿瘤免疫的影响 | 肿瘤特异性CD4 T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 涉及小鼠和人类CD4 T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
Cellular taxonomy and spatial organization of the murine ventral posterior hypothalamus
2020-10-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.58901
PMID:33119507
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术对小鼠腹后下丘脑的细胞类型和空间组织进行了系统分类 | 首次揭示了小鼠腹后下丘脑中20种神经元和18种非神经元细胞群体，并验证了这些细胞群体的差异表达基因 | NA | 旨在阐明腹后下丘脑中不同神经回路在生理和行为中的作用 | 小鼠腹后下丘脑的细胞类型和空间组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过16,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Functional in vivo and in vitro effects of 20q11.21 genetic aberrations on hPSC differentiation
2020-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-75657-7
PMID:33122739
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研究论文 | 本研究探讨了20q11.21拷贝数变异（CNV）在人多能干细胞（hPSCs）早期分化过程中的体内外功能效应 | 本研究首次全面分析了20q11.21 CNV在hPSCs分化中的全转录组效应，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了转录异质性 | 研究主要集中在20q11.21 CNV的影响，未涉及其他基因区域的变异对hPSCs分化的影响 | 旨在检查20q11.21 CNV在hPSCs早期分化过程中的功能效应 | 人多能干细胞（hPSCs）及其分化过程中的20q11.21拷贝数变异（CNV） | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA测序（RNA-seq） | NA | 转录组数据 | 22个畸胎瘤样本，两个不同同源系hPSCs的胚体 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Early Emergence of Liver Parenchymal and Non-parenchymal Cell Lineages
2020-10-29, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.09.012
PMID:33125890
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研究论文 | 本研究通过分析从胚胎第7.5天到第10.5天的45,334个单细胞转录组，揭示了肝脏实质和非实质细胞谱系在器官发生早期的出现 | 本研究首次详细描述了血管和窦状内皮的差异，包括窦状内皮在第8.75天的独特转录特征，并揭示了早期肝星状细胞和两种不同间皮细胞类型的特征 | NA | 研究肝脏在器官发生早期的细胞复杂性和谱系建立 | 肝脏的实质和非实质细胞谱系 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 45,334个单细胞 | NA | NA | NA | NA |