单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Single Cell ADNP Predictive of Human Muscle Disorders: Mouse Knockdown Results in Muscle Wasting 2020-Oct-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9102320 PMID:33086621	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析，探讨了ADNP蛋白在人类肌肉疾病中的作用及其治疗潜力	首次通过单细胞转录组学揭示ADNP在人类肌肉发育和疾病中的关键作用，并验证了ADNP片段NAP的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体试验验证	探究ADNP在肌肉疾病中的作用及开发个性化诊断和治疗方法	ADNP蛋白及其在肌肉疾病中的作用	NA	肌肉疾病	单细胞转录组学	CRISPR-Cas9	转录组数据	涉及小鼠模型和人类肌肉细胞
22	2024-08-07	Developmental scRNAseq Trajectories in Gene- and Cell-State Space-The Flatworm Example 2020-10-16, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes11101214 PMID:33081343	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，结合自组织映射机器学习方法，研究了扁形动物组织发育过程中的基因状态空间轨迹，并生成了RNA速度的发育“矢量场”，以预测表达景观中RNA丰度的变化。	本文创新性地将细胞状态空间的发展轨迹与基因状态空间的轨迹相结合，更清晰地揭示了细胞发育过程中转录程序的变化。	NA	研究细胞发育过程中转录程序的变化，并预测RNA丰度的变化。	扁形动物的组织发育。	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	自组织映射	基因表达数据	具体样本数量未提及
23	2024-08-07	Stem cells and lung regeneration 2020-10-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00036.2020 PMID:32783658	综述	本文综述了干细胞在肺再生中的应用，讨论了已知的干细胞/祖细胞群体及其在慢性肺病中的作用和治疗前景	介绍了新的谱系追踪动物模型和单细胞RNA测序技术，这些技术提供了关于干细胞亚型、过渡状态、细胞标记物和复杂分化途径的关键信息	对人类肺发育机制、肺干细胞和祖细胞类型的精确身份和功能以及肺命运的遗传和表观遗传控制的理解仍有限	探讨干细胞在肺再生中的应用，以及如何利用内源性干细胞作为治疗肺疾病的方法	人类肺干细胞和祖细胞类型及其在肺再生和慢性肺病中的作用	NA	肺疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
24	2024-08-07	Single-cell transcriptomics identifies divergent developmental lineage trajectories during human pituitary development 2020-10-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19012-4 PMID:33077725	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类胎儿垂体中的4113个单个细胞，揭示了五个激素产生细胞谱系的不同发育轨迹和过渡中间状态	发现了皮质激素细胞在完全分化前的早期中间状态，以及PIT-1谱系细胞从共同前体细胞分离的过程，还识别了一种表达灵长类特异性激素的胎儿促性腺激素细胞亚型	NA	研究人类垂体发育过程中的细胞分化和转录因子动态	人类胎儿垂体的单个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	4113个单个细胞
25	2024-08-07	Identification of a distinct luminal subgroup diagnosing and stratifying early stage prostate cancer by tissue-based single-cell RNA sequencing 2020-10-08, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-020-01264-9 PMID:33032611	研究论文	本研究通过基于组织的单细胞RNA测序技术，识别并分类早期前列腺癌中的一个独特的腔内亚群	首次使用单细胞RNA测序技术研究前列腺癌的异质性，并发现了一个具有高拷贝数变异水平和前列腺癌相关代谢过程标记基因的恶性腔内集群	尚未在前列腺癌异质性研究中使用单细胞RNA测序技术	寻找更好的疾病诊断和分类的生物标志物	前列腺癌的异质性和细胞起源	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	15个细胞群，包括3个具有不同表达谱的腔内集群
26	2024-08-07	PhyDOSE: Design of follow-up single-cell sequencing experiments of tumors 2020-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008240 PMID:33001973	研究论文	本文介绍了PhyDOSE方法，该方法利用大量和单细胞DNA测序数据来优化后续单细胞测序实验的设计，以高效重建肿瘤的系统发育	PhyDOSE方法通过识别区分不同候选树的少数克隆，并将其纳入概率模型中，以推断需要测序的细胞数量，从而自信地重建肿瘤的系统发育	NA	优化肿瘤单细胞测序实验的设计，以提高癌症基因组学中下游分析的准确性	肿瘤的单细胞测序实验设计	数字病理学	白血病，急性髓系白血病，肺癌	单细胞DNA测序	概率模型	DNA测序数据	多个白血病和肺癌患者样本
27	2024-08-07	Modeling tissue-relevant Caenorhabditis elegans metabolism at network, pathway, reaction, and metabolite levels 2020-10, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209649 PMID:33022146	研究论文	本文介绍了MEtabolic models Reconciled with Gene Expression (MERGE)计算流程，用于基于单细胞RNA测序数据预测秀丽隐杆线虫组织相关代谢功能	MERGE流程能够预测秀丽隐杆线虫的新陈代谢功能，并可应用于其他系统	NA	开发代谢网络模型，用于个体细胞的代谢功能预测	秀丽隐杆线虫的组织相关代谢功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	代谢网络模型	基因表达数据	NA
28	2024-08-07	Analysis of the molecular nature associated with microsatellite status in colon cancer identifies clinical implications for immunotherapy 2020-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001437 PMID:33028695	研究论文	本研究通过分析结直肠癌中的微卫星稳定性（MSS）和微卫星不稳定性（MSI）的分子特性，探讨了其对免疫治疗临床结果的影响	构建了一个与微卫星状态相关的基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫检查点抑制剂联合抗VEGF治疗的反应	NA	阐明微卫星不稳定性在结直肠癌中的分子本质，并探讨其对免疫治疗的影响	结直肠癌中的微卫星稳定性和不稳定性	数字病理学	结直肠癌	随机森林算法，神经网络	神经网络	转录组数据	TCGA数据集及自建数据集（包括39例低肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，10例高肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，15例MSI结直肠癌）
29	2024-08-07	A hybrid deep clustering approach for robust cell type profiling using single-cell RNA-seq data 2020-10, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.074427.119 PMID:32532794	研究论文	本文开发了一种新的混合深度聚类方法DUSC，用于使用单细胞RNA测序数据进行稳健的细胞类型分析	DUSC方法结合了基于深度学习架构的特征生成和模型基础的聚类算法，能够生成紧凑且信息丰富的单细胞转录组数据表示，并生成稳健的聚类	NA	解决现有方法在处理单细胞RNA测序数据中大量噪声和细胞类型差异变异时的不足	单细胞RNA测序数据中的细胞亚型和特定细胞状态	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	深度学习	转录组数据	来自三阴性乳腺癌肿瘤的单细胞转录组数据集
30	2024-08-07	A human circulating immune cell landscape in aging and COVID-19 2020-10, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-020-00762-2 PMID:32780218	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和单细胞ATAC测序，比较了年轻和老年受试者以及COVID-19患者外周血中免疫细胞类型的变化	首次全面详细地描述了随着年龄增长，人类循环免疫细胞的变化情况，并揭示了COVID-19如何促进与年龄相关的免疫细胞极化和基因表达	NA	研究年龄和COVID-19对人类循环免疫细胞景观的影响	年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血免疫细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	细胞	年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血样本
31	2024-08-07	Inflammatory Bowel Disease Through the Lens of Single-cell RNA-seq Technologies 2020-10-23, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaa089 PMID:32386055	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在炎症性肠病（IBD）研究中的关键进展和计算分析的重要方面	利用多模态单细胞技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq），能够精确绘制组织结构图，鉴定先前被忽视的稀有细胞类型，并定义单细胞水平的功能	NA	探讨单细胞RNA测序技术如何重塑我们对炎症性肠病复杂性的理解，并考虑其潜在的临床应用	肠道黏膜的细胞组成及其在炎症性肠病中的作用	生物技术	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
32	2024-08-07	Integrative genomics approach identifies conserved transcriptomic networks in Alzheimer's disease 2020-10-10, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaa182 PMID:32803238	研究论文	本研究采用系统生物学元分析方法，结合多尺度数据集，分析了阿尔茨海默病（AD）的遗传结构，并识别了AD相关的转录组网络。	本研究通过整合多种数据类型，包括DNA甲基化、组蛋白乙酰化、转录组和全基因组关联研究等，识别了AD中未在正常衰老中改变的稳健转录组失调。	NA	进一步阐明阿尔茨海默病的遗传结构	阿尔茨海默病	数字病理学	阿尔茨海默病	DNA甲基化、组蛋白乙酰化、转录组和全基因组关联研究	共表达网络分析	转录组数据、单细胞转录组数据	超过1200个人脑样本，27,321个来自人类死后前额叶皮质组织的细胞核
33	2024-08-07	Single-cell deconstruction of post-sepsis skeletal muscle and adipose tissue microenvironments 2020-10, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.12596 PMID:32643301	研究论文	本研究全面评估了实验性脓毒症诱导后肌肉和脂肪在单细胞分辨率下的转录变化	首次从组织微环境的角度全面评估了脓毒症后肌肉和脂肪的单细胞转录变化	NA	研究脓毒症后肌肉和脂肪组织的微环境变化	小鼠的骨骼肌和内脏白色脂肪组织	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达	骨骼肌1438个单细胞，脂肪组织2281个单细胞
34	2024-08-07	Spatial cell type composition in normal and Alzheimers human brains is revealed using integrated mouse and human single cell RNA sequencing 2020-10-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-74917-w PMID:33093481	研究论文	本研究利用集成的小鼠和人类单细胞RNA测序数据，揭示了正常和阿尔茨海默病人类大脑的空间细胞类型组成	提出了一种利用小鼠单细胞RNA测序数据补充人类数据的方法，以解决人类大脑组织样本稀缺的问题	NA	探索正常和阿尔茨海默病人类大脑的细胞类型组成	人类大脑组织样本	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	3702个人类大脑样本
35	2024-08-07	Targeting tumor-associated macrophages and granulocytic myeloid-derived suppressor cells augments PD-1 blockade in cholangiocarcinoma 2020-10-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI137110 PMID:32663198	研究论文	本文研究了在胆管癌中，肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞对PD-1阻断疗法的影响	发现了肿瘤相关巨噬细胞是人类和小鼠胆管癌中PD-L1的主要来源，并且双重抑制肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞能增强免疫检查点阻断疗法的效果	文章未提及具体的局限性	探索在胆管癌中，免疫检查点阻断疗法与针对免疫抑制性骨髓细胞的免疫疗法结合的治疗潜力	肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞在胆管癌中的作用	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	文章未提及具体的样本数量
36	2024-08-07	RUNX1 marks a luminal castration-resistant lineage established at the onset of prostate development 2020-10-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.60225 PMID:33025905	research paper	本研究报告转录因子RUNX1标记了发育和成年小鼠前列腺中特定亚群的近端腔细胞（PLCs），这些细胞在前列腺发育的早期阶段出现，并与前列腺上皮细胞的谱系关系有关。	首次发现RUNX1 PLCs是一个内在的抗去势且自我维持的谱系，这些细胞不受雄激素剥夺的影响，且不参与远端腔隔室的再生。	NA	阐明前列腺上皮细胞的层次结构和谱系异质性，以理解其再生特性和恶性病变。	小鼠前列腺中的近端腔细胞（PLCs）及其在前列腺发育和成年阶段的功能。	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	RNA	NA
37	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma 2020-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18916-5 PMID:33033240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱尿路上皮癌样本，揭示了肿瘤微环境中细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示膀胱尿路上皮癌中炎症相关成纤维细胞（iCAFs）在肿瘤进展中的作用及其与不良预后的关联	NA	探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤微环境的作用及其对临床预后的影响	膀胱尿路上皮癌的肿瘤微环境及其中不同细胞类型的功能	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8个肿瘤样本和3个肿瘤旁样本
38	2024-08-09	Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis 2020-Oct, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-020-00233-7 PMID:33817554	研究论文	本文介绍了一种名为ItClust的迭代迁移学习算法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的聚类和细胞类型分类	ItClust算法结合了监督细胞类型分类算法的思想，并利用目标数据中的信息，确保对仅存在于目标数据中的细胞进行分类的敏感性	现有的监督方法性能高度依赖于源数据质量，且对源数据中缺失的细胞类型分类准确性有限	开发一种新的迁移学习算法，以提高scRNA-seq数据中聚类和细胞类型分类的准确性	scRNA-seq数据中的细胞聚类和细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	RNA-seq数据	涉及不同物种和组织的数据，使用多种scRNA-seq协议生成
39	2024-08-09	Single-Cell Profiling Reveals Divergent, Globally Patterned Immune Responses in Murine Skin Inflammation 2020-Oct-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101582 PMID:33205009	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠皮肤炎症模型中免疫细胞的异质性反应	首次揭示了不同炎症诱导剂在小鼠皮肤炎症中引起的全局分子模式差异	NA	探讨不同炎症诱导剂如何影响小鼠皮肤免疫细胞的转录反应	小鼠皮肤免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	13种CD45亚群的免疫细胞
40	2024-08-09	Laser Capture Microdissection-Based RNA Microsequencing Reveals Optic Nerve Crush-Related Early mRNA Alterations in Retinal Ganglion Cell Layer 2020-10, Translational vision science & technology IF:2.6Q2 DOI:10.1167/tvst.9.11.30 PMID:33173609	研究论文	本文通过激光捕获显微切割（LCM）和RNA微测序技术，研究了视神经挤压（ONC）相关的视网膜神经节细胞（RGC）层早期mRNA变化	首次使用LCM结合单细胞RNA测序技术，揭示了ONC相关早期mRNA变化的分子机制	NA	建立LCM和RNA微测序方法，探索视神经挤压相关的视网膜神经节细胞层早期mRNA变化	视网膜神经节细胞层的早期mRNA变化	数字病理学	NA	激光捕获显微切割（LCM），RNA微测序	NA	RNA	30微米厚的视网膜组织切片