单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 134 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-11-18 |
Prediction of single-cell gene expression for transcription factor analysis
2020-10-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa113
PMID:33124660
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，利用顺式调控基序和表观遗传特征来预测单细胞水平的基因表达，并用于转录因子分析 | 本文提出了一种基于树引导的多任务学习框架，将每个细胞视为一个任务，用于解释单细胞基因表达值 | 该方法目前仅限于使用转录因子结合亲和力或特定基因组区域的转录因子ChIP-seq数据 | 预测单细胞RNA数据中的转录因子调控 | 单细胞基因表达和转录因子 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 树引导的多任务学习框架 | 基因表达数据 | NA |
| 2 | 2024-11-18 |
A map of tumor-host interactions in glioma at single-cell resolution
2020-10-14, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa109
PMID:33155039
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scTHI的新方法，用于识别单细胞RNA测序数据中跨细胞簇的显著激活的配体-受体相互作用，并应用于胶质瘤中揭示配体-受体相互作用 | 提出了scTHI方法，用于识别单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，并展示了其在胶质瘤中的应用 | NA | 理解免疫细胞与癌细胞之间的信号交流，以识别免疫肿瘤学治疗靶点 | 胶质瘤中的肿瘤-宿主相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达 | 71名患者的57,060个基因表达谱 |
| 3 | 2024-10-21 |
Single-Cell Analyses Identify Brain Mural Cells Expressing CD19 as Potential Off-Tumor Targets for CAR-T Immunotherapies
2020-10-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.08.022
PMID:32961131
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研究论文 | 研究报告了脑壁细胞表达CD19，可能成为CAR-T免疫疗法的非肿瘤靶点 | 首次发现脑壁细胞表达CD19，为CD19导向疗法的神经毒性提供了靶向机制解释 | 小鼠模型中脑壁细胞的CD19表达水平较低，限制了神经毒性的临床前动物模型 | 探讨CD19导向免疫疗法的神经毒性机制及潜在靶点 | 脑壁细胞及其CD19表达 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和鼠类脑组织样本 |
| 4 | 2024-10-04 |
Delineation of a molecularly distinct terminally differentiated memory CD8 T cell population
2020-10-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2008571117
PMID:32978300
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研究论文 | 本文描述了一种分子上独特的终末分化记忆CD8 T细胞群体的特征 | 本文首次识别并描述了一种终末分化效应记忆CD8 T细胞群体（terminal-Tem），该群体在功能和转录上与传统的效应记忆细胞（Tem）不同 | 本文主要基于小鼠和健康人类个体的研究，未来需要在更多样本和不同疾病状态下验证terminal-Tem的存在和功能 | 研究目的是识别和描述一种新的终末分化记忆CD8 T细胞群体，并探讨其对免疫记忆和免疫治疗的影响 | 研究对象是终末分化效应记忆CD8 T细胞（terminal-Tem）及其与传统效应记忆细胞（Tem）的区别 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq）和质谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 小鼠和健康人类个体的血液样本 |
| 5 | 2024-09-06 |
Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis Reveals Regulators of Mammary Epithelial Cell Identity
2020-10-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108273
PMID:33086071
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研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，揭示了乳腺上皮细胞身份的调控因子 | 本文首次通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，无偏倚地重建了小鼠乳腺上皮细胞系统的细胞类型及其基因调控特征，并定义了分泌型腔细胞内的分化状态 | NA | 揭示乳腺上皮细胞身份及其分化的调控机制 | 小鼠乳腺上皮细胞系统及其基因调控特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和染色质可及性分析 | NA | 转录组数据和染色质可及性数据 | 小鼠乳腺上皮细胞系统中的多个细胞样本 |
| 6 | 2024-08-09 |
Lineage analysis reveals an endodermal contribution to the vertebrate pituitary
2020-10-23, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba4767
PMID:33093109
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研究论文 | 本文通过谱系追踪和时间流逝成像技术，在斑马鱼中发现了垂体前叶（腺垂体）的形成不仅依赖于已知的表皮来源，还涉及内皮细胞的贡献 | 首次揭示了内皮细胞对脊椎动物垂体的贡献，并通过单细胞RNA测序证实了内皮和表皮上皮在产生所有内分泌细胞类型方面的相似能力 | NA | 探讨脊椎动物垂体的形成过程中内皮细胞的贡献 | 斑马鱼的垂体前叶（腺垂体） | NA | NA | 谱系追踪、时间流逝成像、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 7 | 2024-08-07 |
Integrated Skin Transcriptomics and Serum Multiplex Assays Reveal Novel Mechanisms of Wound Healing in Diabetic Foot Ulcers
2020-10, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db20-0188
PMID:32763913
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研究论文 | 本研究通过综合分析糖尿病足溃疡（DFU）患者的皮肤转录组和血清多重检测，揭示了伤口愈合的新机制。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序分析了糖尿病足溃疡患者的皮肤纤维母细胞群和炎症情况，并识别了可能影响伤口愈合的关键基因和通路。 | NA | 探讨糖尿病足溃疡伤口愈合的新机制。 | 糖尿病足溃疡患者的皮肤和血清。 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一组糖尿病足溃疡患者 |
| 8 | 2024-08-07 |
Identification of diverse cell populations in skeletal muscles and biomarkers for intramuscular fat of chicken by single-cell RNA sequencing
2020-Oct-31, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07136-2
PMID:33129271
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，首次描述了鸡骨骼肌在两个发育阶段的异质性，并鉴定了APOA1和COL1A1作为鸡肌内脂肪细胞的生物标志物。 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了鸡骨骼肌在不同发育阶段的细胞亚群，并鉴定了新的肌内脂肪细胞生物标志物。 | NA | 研究鸡骨骼肌发育过程中的细胞异质性及其与肌内脂肪细胞的关系。 | 鸡骨骼肌在不同发育阶段的细胞亚群及其基因表达。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在孵化后第5天和第100天分别鉴定了10个和7个细胞集群。 |
| 9 | 2024-08-07 |
Heterogeneity of Neuroinflammatory Responses in Amyotrophic Lateral Sclerosis: A Challenge or an Opportunity?
2020-Oct-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21217923
PMID:33113845
|
综述 | 本文综述了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中神经炎症反应的异质性，并探讨了其作为治疗挑战或机遇的可能性 | 介绍了单细胞和空间转录组学技术在发现新的治疗靶点和非侵入性诊断/预后标志物方面的潜力 | 异质性/多方面的微胶质细胞反应在不同中枢神经系统区域的发生为单一药物疗法的临床转化带来了障碍 | 总结过去十年中关于ALS中微胶质细胞反应复杂性的研究结果，并讨论新技术带来的新治疗途径 | 肌萎缩侧索硬化症（ALS）中的神经炎症反应及其微胶质细胞的作用 | NA | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞和空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
Genomic Analysis of Hematopoietic Stem Cell at the Single-Cell Level: Optimization of Cell Fixation and Whole Genome Amplification (WGA) Protocol
2020-Oct-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21197366
PMID:33036143
|
研究论文 | 本文评估了不同的细胞免疫染色、固定和全基因组扩增方法对单细胞测序效率和产量的影响 | 优化了单细胞水平上造血干细胞的细胞固定和全基因组扩增协议 | NA | 深入理解肿瘤发病机制及肿瘤群体对治疗的反应 | 造血干细胞的单细胞基因组分析 | NA | 血液系统肿瘤 | 全基因组扩增 | NA | 基因组数据 | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals mRNA Splice Isoform Switching during Kidney Development
2020-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2019080770
PMID:32651222
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研究论文 | 本研究利用全长单细胞RNA测序技术，分析了小鼠胚胎肾脏中544个单细胞的转录组，揭示了肾脏发育过程中mRNA剪接异构体转换的现象 | 本研究首次通过全长单细胞RNA测序技术，全面分析了肾脏发育过程中细胞状态转换时的剪接异构体转换，并识别了几个潜在的剪接调控因子 | NA | 揭示胎儿肾脏间质向管状上皮分化过程中基因的替代剪接机制，以增进对肾脏发育分子机制的理解 | 小鼠胚胎肾脏中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | RNA | 544个小鼠胚胎肾脏单细胞 |
| 12 | 2024-08-07 |
Drosophila Voltage-Gated Sodium Channels Are Only Expressed in Active Neurons and Are Localized to Distal Axonal Initial Segment-like Domains
2020-10-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0142-20.2020
PMID:32928889
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研究论文 | 本文研究了果蝇电压门控钠通道在神经元中的表达和亚细胞定位，发现这些通道主要在活跃神经元的远端轴突初始段样域中表达。 | 首次确定了果蝇神经元中动作电位起始的特定位置，即远端轴突段（DAS），并揭示了该位置与电压门控钠通道的富集相关。 | 研究主要集中在果蝇的神经元上，可能不完全适用于其他类型的神经元或生物体。 | 确定果蝇神经元中动作电位的起始位置，并探讨其与电压门控钠通道表达的关系。 | 果蝇的电压门控钠通道及其在神经元中的表达和定位。 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组测序，全细胞膜片钳电生理记录 | NA | 转录组数据，电生理数据 | 胚胎和幼虫中枢神经系统中的神经元，成年中枢神经系统中的神经元 |
| 13 | 2024-08-05 |
Second-Strand Synthesis-Based Massively Parallel scRNA-Seq Reveals Cellular States and Molecular Features of Human Inflammatory Skin Pathologies
2020-10-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.09.015
PMID:33053333
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研究论文 | 该文章介绍了一种新的高通量单细胞RNA测序方法，旨在揭示人类炎症性皮肤病的细胞状态和分子特征 | 文章提出了Seq-Well S方法，通过随机引物二链合成技术提高了转录本捕获和基因检测的效率 | 由于关注点主要集中在皮肤炎症，可能未能涵盖所有相关的生物学样本和病理特征 | 研究的目的是开发一种高保真和高通量的单细胞RNA测序平台 | 研究对象是五种人类炎症性皮肤疾病 | 数字病理学 | 炎症性皮肤病 | RNA-seq | NA | NA | 五种人类皮肤炎症疾病的样本 |
| 14 | 2024-08-07 |
Prospects for Use of Single-Cell Sequencing to Assess DNA Methylation in Asthma
2020-Oct-03, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research
IF:2.2Q3
DOI:10.12659/MSM.925514
PMID:33009362
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在评估哮喘中DNA甲基化作用的应用前景 | 单细胞测序技术能够揭示不同细胞群中基因的甲基化和表达情况，相较于传统的多组学测序，能更好地反映哮喘的发病机制 | 目前关于哮喘中DNA甲基化的研究较少，且主要使用单细胞测序技术的研究有限 | 研究单细胞测序技术在揭示哮喘中DNA甲基化功能和调控机制的作用 | 哮喘中的DNA甲基化 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 15 | 2024-08-07 |
Heterogeneous expression of the SARS-Coronavirus-2 receptor ACE2 in the human respiratory tract
2020-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2020.102976
PMID:32971472
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫组织化学技术，系统研究了人类呼吸道中SARS-CoV-2受体ACE2的表达情况及其与COVID-19严重程度风险因素的关系 | 首次详细描述了ACE2蛋白在人类呼吸道中的分布，并探讨了其与COVID-19易感性的关系 | NA | 研究SARS-CoV-2受体ACE2在人类呼吸道中的表达及其与COVID-19严重程度的关系 | 人类呼吸道中的ACE2蛋白表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 蛋白质 | NA |
| 16 | 2024-08-05 |
Functionally Diverse Inflammatory Responses in Peripheral and Liver Monocytes in Alcohol-Associated Hepatitis
2020-Oct, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1563
PMID:33024916
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研究论文 | 本研究探讨了酒精相关肝炎中外周和肝脏单核细胞的功能多样性炎症反应 | 揭示了在酒精相关肝炎中不同单核细胞亚群对炎症反应的不同表达特征 | 研究可能未考虑其他慢性肝病与酒精相关肝炎的比较 | 研究酒精相关肝炎中单核细胞的炎症反应机制 | 酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞 |
| 17 | 2024-08-07 |
DNF: A differential network flow method to identify rewiring drivers for gene regulatory networks
2020-Oct-14, Neurocomputing
IF:5.5Q1
DOI:10.1016/j.neucom.2020.05.028
PMID:34025035
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研究论文 | 本文提出了一种差异网络流（DNF）方法，用于识别基因调控网络中的关键调节因子 | DNF方法通过量化网络流分布的差异，能够从局部到全局捕捉全面的拓扑差异，从而更准确地识别驱动基因 | NA | 旨在开发一种新方法，能够从随机变化和下游效应中分离出真正的调控元件的影响 | 基因调控网络中的关键调节因子 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | NA | NA | 基因组数据 | 四个人类数据集来自癌症基因组图谱和三个小鼠神经和造血分化单细胞RNA测序数据集 |
| 18 | 2024-08-07 |
STAT3-BDNF-TrkB signalling promotes alveolar epithelial regeneration after lung injury
2020-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0569-x
PMID:32989251
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研究论文 | 本文通过全基因组染色质可及性和基因表达分析，研究了急性肺损伤后肺泡上皮再生的机制，特别是STAT3-BDNF-TrkB信号轴的作用。 | 首次揭示了STAT3-BDNF-TrkB信号轴在肺泡上皮再生中的生物学和治疗重要性。 | NA | 阐明肺损伤后肺泡上皮再生的机制。 | 肺泡上皮细胞（AT2和AT1细胞）及其再生过程。 | 数字病理学 | 肺疾病 | 全基因组染色质可及性分析，单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Optimized design of single-cell RNA sequencing experiments for cell-type-specific eQTL analysis
2020-10-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19365-w
PMID:33127880
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研究论文 | 本文探讨了在相同预算下，通过低覆盖度的单细胞RNA测序增加样本数量而非高覆盖度测序少量样本，可以提高细胞类型特异性表达数量性状位点（eQTL）映射的统计能力 | 提出了一种优化设计单细胞RNA测序实验的方法，以提高细胞类型特异性eQTL分析的统计能力，并提供了相应的网络工具 | 文章未明确提及具体的局限性 | 优化单细胞RNA测序实验设计，以提高细胞类型特异性eQTL分析的效率和成本效益 | 单细胞RNA测序实验设计及其在细胞类型特异性eQTL分析中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA序列 | 120个个体 |
| 20 | 2024-08-07 |
A rank-based marker selection method for high throughput scRNA-seq data
2020-Oct-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03641-z
PMID:33097004
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研究论文 | 本文介绍了一种基于排序的标记选择方法RANKCORR，用于高吞吐量的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | RANKCORR方法通过在少量基因中对mRNA计数数据进行排序和线性分离，提供了一种非参数方法来分析计数数据，并能以多类别方式进行标记选择 | 尽管RANKCORR在性能上表现优异，但大多数方法的总体表现相似，因此算法速度成为处理大型数据集时最重要的考虑因素 | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择遗传标记，以识别特定的细胞群体 | 单细胞RNA测序数据中的遗传标记选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA计数数据 | 涉及的数据集大小从数千到一百万个细胞不等 |