单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-09	The liver fibrosis niche: Novel insights into the interplay between fibrosis-composing mesenchymal cells, immune cells, endothelial cells, and extracellular matrix 2020-Sep, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.fct.2020.111556 PMID:32640349	研究论文	本文探讨了肝纤维化微环境中纤维化组成间充质细胞、免疫细胞、内皮细胞和细胞外基质之间的相互作用	利用单细胞RNA测序和蛋白质组学等新颖实验方法，揭示了细胞外基质产生细胞和调节细胞的异质性，加速了纤维化特异性亚群的识别	尽管有深入的研究，但针对肝纤维化的抗纤维化疗法发展仍不尽如人意	旨在更好地理解肝纤维化的潜在机制并开发有效疗法	肝纤维化微环境中的间充质细胞、免疫细胞、内皮细胞和细胞外基质	NA	肝病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	NA
102	2024-08-09	Revealing the molecular mechanism of central nervous system leukemia with single-cell technology 2020-Sep, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2020.103046 PMID:32650214	综述	本文综述了中枢神经系统白血病（CNSL）的分子机制，并探讨了单细胞技术在预防和治疗CNSL中的应用	利用单细胞测序技术探索CNSL的发展，以检测潜在的治疗靶点	目前CNSL的分子机制尚不明确，且传统基于批量裂解物平均基因表达的推断可能掩盖了关键基因的表达	探讨CNSL的分子机制及单细胞技术在预防和治疗中的应用	中枢神经系统白血病及其分子机制	NA	白血病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
103	2024-08-09	GPress: a framework for querying general feature format (GFF) files and expression files in a compressed form 2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa604 PMID:32609343	研究论文	本文提出了一种名为GPress的框架，用于以压缩形式查询GFF文件和表达文件	GPress框架能够显著减少存储空间，同时支持对GFF文件和表达文件的快速查询	NA	开发一种新的框架以优化GFF文件和表达文件的存储和查询效率	GFF文件和表达文件的压缩与查询	生物信息学	NA	GFF, GTF, GFF3, BSC压缩算法	NA	序列数据	涉及多种生物的GFF文件和表达文件
104	2024-08-09	Identification of immune and non-immune cells in regenerating axolotl limbs by single-cell sequencing 2020-09-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2020.112149 PMID:32562784	研究论文	本文通过单细胞测序技术，研究了墨西哥钝口螈（axolotl）肢体再生过程中免疫和非免疫细胞的识别	首次在墨西哥钝口螈肢体再生过程中，通过单细胞测序技术详细识别了多种细胞类型，包括红细胞、血小板、中性粒细胞、B细胞、T细胞和髓样细胞等	研究主要集中在细胞类型的识别，对于这些细胞在肢体再生中的具体功能和相互作用尚未深入探讨	旨在揭示墨西哥钝口螈肢体再生过程中免疫和非免疫细胞的身份、行为和功能	墨西哥钝口螈的外周白细胞和推测的巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	k-means聚类	细胞	外周白细胞样本包含7889个细胞，外周白细胞和推测的巨噬细胞样本包含4998个细胞，断肢后1天和6天的细胞样本分别包含8272和9906个细胞
105	2024-08-09	Anti-human TREM2 induces microglia proliferation and reduces pathology in an Alzheimer's disease model 2020-09-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20200785 PMID:32579671	research paper	研究抗人TREM2抗体AL002c在阿尔茨海默病模型中的作用	首次展示了抗人TREM2激动性单克隆抗体AL002c在阿尔茨海默病模型中的应用，显示出减少病理变化和改善行为的效果	NA	探索抗人TREM2抗体AL002c在阿尔茨海默病治疗中的潜力	阿尔茨海默病模型小鼠	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	CV-和R47H-转基因小鼠
106	2024-08-09	FGFR4 regulates tumor subtype differentiation in luminal breast cancer and metastatic disease 2020-09-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI130323 PMID:32573490	研究论文	本文研究了FGFR4在腔内乳腺癌和转移性疾病中调控肿瘤亚型分化的机制	首次提出FGFR4参与腔内A型乳腺癌向HER2富集型亚型转移的亚型转换，并开发了两种FGFR4基因组签名	研究主要基于患者来源的异种移植模型和METABRIC乳腺癌队列，可能需要更多临床数据验证	探索FGFR4在乳腺癌亚型转换和转移中的作用，为治疗提供新策略	腔内A型乳腺癌及其HER2富集型亚型转移	数字病理学	乳腺癌	基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	77对原发肿瘤及其转移瘤样本
107	2024-08-09	Reconstruction of cell spatial organization from single-cell RNA sequencing data based on ligand-receptor mediated self-assembly 2020-09, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-0353-2 PMID:32541867	研究论文	本文介绍了一种基于配体-受体介导的自组装方法，从单细胞RNA测序数据中重建细胞空间组织结构的计算工具CSOmap	CSOmap能够从scRNA-seq数据中推断细胞间的相互作用，并成功重现人类和小鼠多个器官的空间组织结构，包括肿瘤微环境	NA	开发一种新的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞空间组织	细胞空间组织结构及其在肿瘤微环境中的相互作用	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类和小鼠的多个器官及肿瘤微环境
108	2024-08-09	A pan-cancer blueprint of the heterogeneous tumor microenvironment revealed by single-cell profiling 2020-09, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-0355-0 PMID:32561858	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了来自肺、结直肠、卵巢和乳腺癌患者的233,591个单细胞，构建了一个泛癌种的肿瘤微环境基质细胞异质性蓝图	首次构建了一个泛癌种的肿瘤微环境基质细胞异质性蓝图，并展示了其如何指导解释单细胞RNA测序数据	NA	探究不同器官癌症中肿瘤微环境基质细胞异质性的相似程度	肺、结直肠、卵巢和乳腺癌患者的肿瘤微环境基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和蛋白质测序	NA	单细胞数据	36名患者，共233,591个单细胞
109	2024-08-09	Macrophage Subpopulation Dynamics Shift following Intravenous Infusion of Mesenchymal Stromal Cells 2020-09-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2020.05.022 PMID:32531238	研究论文	本文研究了静脉注射间充质基质细胞（MSCs）后巨噬细胞亚群动态变化及其对伤口愈合的影响	首次揭示了MSCs通过系统性影响巨噬细胞亚群，促进伤口愈合的机制，而不需要MSCs直接作用于局部	NA	探讨MSCs静脉注射后对巨噬细胞亚群的影响及其在伤口愈合中的作用	间充质基质细胞（MSCs）和巨噬细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
110	2024-08-09	Bulk and single-cell gene expression analyses reveal aging human choriocapillaris has pro-inflammatory phenotype 2020-09, Microvascular research IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.mvr.2020.104031 PMID:32531351	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序分析了婴儿和成人供体的脉络膜基因表达，揭示了随着年龄增长，人类脉络膜出现促炎表型的现象。	本研究首次结合批量和单细胞RNA测序技术，详细分析了不同年龄段脉络膜基因表达的变化，特别是在单细胞水平上观察到了脉络膜内皮细胞中特定基因的差异表达。	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性和可靠性。	探究年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜血管的结构和基因表达变化。	婴儿和成人供体的脉络膜。	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	RNA测序	NA	基因表达数据	批量实验中婴儿4例，成人13例；单细胞实验中婴儿2例，成人6例。
111	2024-08-09	Effect of intra- and inter-tumoral heterogeneity on molecular characteristics of primary IDH-wild type glioblastoma revealed by single-cell analysis 2020-09, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.13396 PMID:32488994	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了IDH野生型原发性胶质母细胞瘤细胞的分子特征受肿瘤内和肿瘤间异质性的影响	研究首次详细分析了IDH野生型胶质母细胞瘤的肿瘤内和肿瘤间异质性对其分子特征的影响，并探讨了细胞间的通信机制	研究主要依赖于数据库中的数据，可能存在样本选择偏倚；且未涉及所有可能的细胞亚型和分子机制	揭示肿瘤内和肿瘤间异质性对IDH野生型胶质母细胞瘤细胞分子特征的影响	IDH野生型胶质母细胞瘤细胞的分子特征及其异质性	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的数据，具体样本数量未详细说明
112	2024-08-09	Spatial-omics: Novel approaches to probe cell heterogeneity and extracellular matrix biology 2020-09, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.matbio.2020.04.004 PMID:32416243	综述	本文综述了新兴的空间组学技术如何通过高分辨率映射表达谱，直接在组织内进行细胞间相互作用和细胞外基质生物学的研究	空间组学技术能够保留细胞在样本中的空间背景、细胞几何形状及其周围细胞外基质，从而探索先前未被研究的信号传导方式	NA	探讨空间转录组学和蛋白质组学技术如何应用于研究细胞与细胞外基质的相互作用	细胞间相互作用和细胞外基质生物学	生物信息学	纤维化疾病	空间组学技术	NA	组织	NA
113	2024-08-09	Radiation-Enhanced Expression of CCL22 in Nasopharyngeal Carcinoma is Associated With CCR4+ CD8 T Cell Recruitment 2020-09-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2020.05.001 PMID:32428547	research paper	本研究旨在确定鼻咽癌（NPC）细胞在接受放疗后免疫相关基因表达的动态变化	发现放疗增强的CCL22释放促进了CCR4+效应CD8 T细胞的迁移，这可能与放疗介导的抗肿瘤免疫有关	NA	研究放疗对鼻咽癌细胞中免疫相关基因表达的影响	鼻咽癌患者来源的肿瘤异种移植瘤、细胞系、CCR4+ CD8 T细胞以及TCGA来源的批量RNA-seq或单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据集	digital pathology	nasopharyngeal carcinoma	RNA-seq	NA	RNA	使用健康志愿者外周血单个核细胞排序的CCR4+ CD8 T细胞以及TCGA来源的批量或单细胞RNA-seq数据集
114	2024-08-09	Single-cell sequencing of miRNAs: A modified technology 2020-Sep, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.11376 PMID:32379363	综述	本文综述了单细胞miRNA测序技术的最新科学探索及其在果蝇和线虫中的应用	介绍了单细胞miRNA测序技术在基因调控中的重要性及其在个体细胞表观基因组学、基因组学和转录组学研究中的应用	NA	探索单细胞miRNA测序技术在个体细胞表观基因组学、基因组学和转录组学中的逻辑难题	果蝇和线虫中的单细胞miRNA测序	基因组学	NA	下一代测序技术	NA	测序数据	涉及果蝇和线虫的单细胞测序
115	2024-08-09	Fgfr3 Is a Positive Regulator of Osteoblast Expansion and Differentiation During Zebrafish Skull Vault Development 2020-09, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.4042 PMID:32379366	研究论文	本研究通过生成首个fgfr3功能丧失的斑马鱼模型，探讨了FGFR3在斑马鱼颅骨发育中的作用	首次生成了fgfr3功能丧失的斑马鱼模型，并通过体内成像和单细胞RNA测序分析了其对成骨细胞系的影响	NA	研究FGFR3在斑马鱼颅骨发育中的作用及其对成骨细胞扩展和分化的影响	斑马鱼的颅骨发育和成骨细胞	NA	NA	体内成像，单细胞RNA测序	NA	图像，RNA序列	fgfr3功能丧失的斑马鱼
116	2024-08-09	Targeted Apoptosis of Ductular Reactive Cells Reduces Hepatic Fibrosis in a Mouse Model of Cholestasis 2020-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31211 PMID:32128842	研究论文	本文研究了胆汁淤积性肝病中，通过靶向诱导胆管反应性细胞（DR细胞）凋亡来减少肝纤维化的方法。	使用MCL1抑制剂S63845，一种促凋亡BH3模拟疗法，显著降低了DKO和Mdr2-/- ERC的生存能力，并减少了DR细胞的数量以及炎症和肝纤维化的标志物。	NA	研究胆汁淤积性肝病中DR细胞的作用及其通过药物靶向MCL1来减少肝纤维化的效果。	胆管反应性细胞（DR细胞）及其在肝纤维化中的作用。	NA	肝病	单细胞转录组学，免疫染色，高分辨率质谱流式细胞术	NA	细胞	野生型（WT），Tr-/-，Mdr2-/-和DKO小鼠的胆管反应性细胞（ERCs）
117	2024-08-09	Evaluation of single-cell classifiers for single-cell RNA sequencing data sets 2020-09-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz096 PMID:31675098	研究论文	本文对九种专门为单细胞RNA测序数据集设计的分类软件工具进行了全面且公正的评估	提出了使用集成投票方法提高预测准确性，并在非理想情况下，基于簇级相似性的工具表现出优越性能	仅使用单细胞分类器难以捕捉到新的细胞类型，即使有分配'未分配'标签的功能	评估单细胞RNA测序数据集的分类工具，并提供选择和应用这些工具的指南	单细胞RNA测序数据集的细胞类型分类工具	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林、相关性分析、XGBoost	单细胞RNA测序数据	涉及小规模和类别不平衡的参考数据集
118	2024-08-09	Subregion-specific rules govern the distribution of neuronal immediate-early gene induction 2020-09-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1913658116 PMID:31636216	研究论文	本文研究了即时早期基因（IEG）在神经元集合中的分布规律，特别是在背侧纹状体中的刺状投射神经元（SPN）中，通过急性可卡因暴露后的表达情况。	发现了IEG表达的区域特异性规则，并观察到IEG表达的神经元集合形成空间定义的集群，这些集群与多个IEG的协同和强表达相关。	研究主要集中在背侧纹状体的SPN中，未涵盖所有脑结构和刺激类型。	探讨IEG在神经元集合中的分布规律及其与记忆形成的关系。	背侧纹状体中的刺状投射神经元（SPN）和皮质神经元的IEG表达。	神经科学	NA	单分子荧光原位杂交（smFISH）	NA	RNA序列	小鼠背侧纹状体中的SPN和皮质神经元
119	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Data Interpretation by Evolutionary Multiobjective Clustering 2020 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2019.2906601 PMID:30908236	研究论文	本文提出了一种基于自适应非负矩阵分解的多目标进化聚类方法（MCANMF），用于单细胞RNA测序数据的多目标聚类	本文创新性地采用了自适应非负矩阵分解和基于学习向量量化的多目标聚类算法，有效解决了单细胞RNA测序数据的高维度和稀疏性问题	NA	解决单细胞RNA测序数据的高维度和稀疏性问题，提高细胞亚型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	多目标进化聚类	RNA测序数据	六个已发表的单细胞RNA测序数据集