单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Oxidative Metabolism Drives Immortalization of Neural Stem Cells during Tumorigenesis 2020-09-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.039 PMID:32916131	研究论文	本文研究了氧化代谢在肿瘤发生过程中对神经干细胞永生化的驱动作用	首次展示了线粒体融合诱导的代谢重编程对肿瘤起始细胞永生化的速率限制作用，并触发其不可逆的肿瘤发生倾向	NA	探讨代谢重编程在肿瘤发生中的作用及其机制	神经干细胞及其在肿瘤发生中的代谢变化	数字病理学	NA	单细胞转录组学, 靶向代谢组学	NA	转录组数据	涉及果蝇大脑肿瘤中的快速分裂的干细胞群体
62	2024-08-09	Ontogeny of arterial macrophages defines their functions in homeostasis and inflammation 2020-09-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18287-x PMID:32917889	研究论文	本文通过结合巨噬细胞命运图谱分析和单细胞RNA测序，研究了动脉巨噬细胞在稳态和血管紧张素II诱导的动脉炎症中的细胞身份及其发育起源与成年期表型和功能的关系	首次揭示了卵黄囊红系髓系前体细胞对动脉外膜巨噬细胞的显著贡献，并阐明了这些细胞在稳态和炎症中的不同功能	NA	探讨动脉巨噬细胞的异质性及其在健康和疾病中的不同功能	动脉巨噬细胞的发育起源及其在成年期的表型和功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年小鼠
63	2024-08-09	Analysis of single-cell transcriptomes links enrichment of olfactory receptors with cancer cell differentiation status and prognosis 2020-09-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01232-5 PMID:32917933	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了嗅觉受体（ORs）在癌细胞分化状态和预后中的作用	首次全面描绘了肿瘤中单细胞水平嗅觉受体的表达动态，并构建了基于广泛嗅觉受体表达特征的表达签名	NA	研究嗅觉受体在癌细胞分化状态和癌症预后中的作用	嗅觉受体在肿瘤细胞中的表达及其与癌细胞分化和预后的关系	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）的肿瘤样本
64	2024-08-09	Bayesian gamma-negative binomial modeling of single-cell RNA sequencing data 2020-Sep-09, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06938-8 PMID:32900358	研究论文	本文提出了一种全生成层次伽马-负二项（hGNB）模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析，无需显式建模零膨胀	提出了一种新的层次伽马-负二项模型，能够自然地考虑基因和细胞水平的协变效应，无需预处理步骤如归一化	NA	旨在开发一种新的统计模型，用于更准确地分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次伽马-负二项（hGNB）模型	RNA测序数据	涉及多个真实世界的scRNA-seq数据集
65	2024-08-09	Single-cell transcriptomes of pancreatic preinvasive lesions and cancer reveal acinar metaplastic cells' heterogeneity 2020-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18207-z PMID:32908137	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了从小鼠胰腺前侵袭阶段到肿瘤形成过程中的细胞异质性	首次定义了六种腺泡化生细胞类型和状态，并揭示了肿瘤相关基质、免疫、内皮和成纤维细胞的信号，这些信号可能支持肿瘤发展及免疫细胞的招募和教育	NA	研究胰腺癌前病变和癌症中单细胞转录组的异质性	小鼠胰腺中的腺泡化生细胞及其在肿瘤发展中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
66	2024-08-09	Single Cell Technologies Define New Therapeutic Avenues for Huntington's Disease 2020-09-09, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.08.007 PMID:32910889	研究论文	使用两种独立的单细胞转录组技术，Lee等人对亨廷顿病中受影响最严重的纹状体神经元的转录变化进行了分类	首次使用单细胞转录组技术详细描述了亨廷顿病中纹状体神经元的转录变化	NA	探索亨廷顿病的新治疗途径	亨廷顿病中受影响最严重的纹状体神经元	数字病理学	亨廷顿病	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	NA
67	2024-08-09	Single-cell transcriptome maps of myeloid blood cell lineages in Drosophila 2020-09-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18135-y PMID:32900993	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇淋巴腺中发育中的血细胞的异质性，并发现了新的血细胞类型	发现了先前未描述的血细胞类型，包括脂肪血细胞、干细胞样前血细胞和中间前血细胞，并揭示了血细胞在正常发育中的发展轨迹及在受到黄蜂侵扰后扁平细胞谱系的形成	NA	深入了解果蝇淋巴腺中血细胞发育和细胞免疫反应的分子机制	果蝇淋巴腺中的血细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
68	2024-08-09	Tempora: Cell trajectory inference using time-series single-cell RNA sequencing data 2020-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008205 PMID:32903255	研究论文	本文介绍了一种名为Tempora的新型细胞轨迹推断方法，该方法利用时间序列单细胞RNA测序数据中的时间信息来排序细胞	Tempora方法结合了时间和生物途径信息来指导基于scRNA-seq的轨迹推断，提高了基因表达信号的强度、处理速度和推断轨迹的可解释性	NA	开发一种新的细胞轨迹推断方法，以提高在时间序列scRNA-seq数据中细胞排序的准确性和速度	时间序列单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹推断	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	时间序列数据	涉及三个不同组织发育时间序列数据集
69	2024-08-09	Adaptable haemodynamic endothelial cells for organogenesis and tumorigenesis 2020-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2712-z PMID:32908310	研究论文	本文展示了通过在成熟人内皮细胞中短暂重新激活胚胎特异性ETS变体转录因子2（ETV2），并在无血清的三维LEC基质中培养，使这些细胞恢复为可适应的、具有血管生成能力的细胞，能够形成可灌注和可塑的血管网络。	通过ETV2的重新激活，使成熟内皮细胞恢复到胚胎状态，能够在三维基质中自我组装成稳定的、多层和分支的血管网络，并能与宿主循环系统功能性吻合。	NA	研究内皮细胞在器官发生和肿瘤发生中的适应性，并开发一种新的生理平台‘Organ-On-VascularNet’，用于血管化和器官修复。	成熟人内皮细胞的适应性和血管生成能力。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和表观遗传学分析	NA	细胞	涉及人胰腺胰岛、去细胞化的大鼠肠道和人结肠器官样品。
70	2024-08-09	Changes in regeneration-responsive enhancers shape regenerative capacities in vertebrates 2020-09-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaz3090 PMID:32883834	研究论文	本文通过比较表观基因组学和单细胞测序研究了两种相关硬骨鱼的再生能力差异及其遗传机制	发现了几个再生响应增强子（RREs），包括一个已知的脊椎动物再生效应子上游的元素，并揭示了其在再生中的作用	该增强子在哺乳动物中存在且响应损伤，但无法在鱼类中恢复再生能力	探讨脊椎动物再生能力差异的遗传机制	两种相关硬骨鱼的再生能力	NA	NA	比较表观基因组学，单细胞测序	NA	基因组数据	两种相关硬骨鱼
71	2024-08-09	Epigenetic regulation of the PGE2 pathway modulates macrophage phenotype in normal and pathologic wound repair 2020-09-03, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.138443 PMID:32879137	研究论文	本文研究了在正常和病理伤口修复过程中，表观遗传调控对PGE2通路的影响，以及其对巨噬细胞表型的调节作用	首次揭示了TGF-β诱导的miRNA29b通过抑制DNA甲基转移酶3b介导的Cox-2启动子超甲基化，增加COX-2/PGE2的产生，以及MLL1上调cPLA2表达并驱动COX-2/PGE2的过程	NA	探讨表观遗传调控在正常和病理伤口修复中对巨噬细胞表型和功能的影响	人类和小鼠的伤口巨噬细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的伤口组织
72	2024-08-09	Hematopoiesis in High Definition: Combining State and Fate Mapping 2020-09-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.08.010 PMID:32888423	研究论文	本文结合谱系追踪和单细胞测序方法，同时分析克隆和转录轨迹，以深入了解造血过程中的组织和决策机制	本文通过同时考虑克隆和转录轨迹，提供了对造血组织和决策机制的关键新见解	NA	探索造血过程中的组织和决策机制	造血过程	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
73	2024-08-09	Extensive and spatially variable within-cell-type heterogeneity across the basolateral amygdala 2020-09-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.59003 PMID:32869744	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和原位杂交技术，揭示了小鼠基底侧杏仁核复合体（BLA）内细胞类型特异性的转录组异质性和空间分布特征	首次详细描述了BLA中细胞类型的转录组异质性及其与空间分布的关系，并展示了这种异质性在局部形态和远程连接中的体现	NA	旨在理解基底侧杏仁核复合体的细胞类型特异性转录组景观及其在功能多样性中的作用	小鼠基底侧杏仁核复合体的细胞类型及其转录组异质性	神经科学	NA	单细胞RNA测序，原位杂交	NA	基因表达数据	NA
74	2024-08-09	Application of single-cell sequencing in autoimmune diseases 2020-Sep-01, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000001050 PMID:32889911	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
75	2024-08-09	A pathogenic and clonally expanded B cell transcriptome in active multiple sclerosis 2020-09-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2008523117 PMID:32859762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞免疫球蛋白测序，探讨了多发性硬化症中B细胞的致病作用及其分子机制	首次通过多种测序技术综合分析了多发性硬化症患者脑脊液和血液中B细胞的转录组特征，揭示了特定信号通路的激活与抑制	样本量相对较小，且未检测到病毒转录本，可能限制了对病毒在多发性硬化症中作用的理解	探究多发性硬化症中B细胞的致病作用及其分子机制	多发性硬化症患者的脑脊液和血液中的B细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞免疫球蛋白测序（scIg-Seq）、荧光激活细胞分选（FACS）、批量RNA测序（RNA-Seq）	NA	转录组数据	12名复发缓解型多发性硬化症患者、1名其他神经系统疾病患者、3名健康对照者
76	2024-08-09	β2 Integrins differentially regulate γδ T cell subset thymic development and peripheral maintenance 2020-09-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1921930117 PMID:32848068	研究论文	研究探讨了β整合素在γδ T细胞亚群胸腺发育和外周维持中的不同调控作用	揭示了β整合素在γδ T细胞稳态中的重要作用，特别是抑制IL-17产生Vγ6Vδ1细胞的生存和促进IFNγ产生Vγ4亚群的胸腺发育	NA	探究γδ T细胞的基本生物学特性及其在体内的数量调控机制	γδ T细胞及其亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	β整合素缺陷小鼠的肺、子宫和循环系统中的γδ T细胞
77	2024-08-09	Elevated Calprotectin and Abnormal Myeloid Cell Subsets Discriminate Severe from Mild COVID-19 2020-09-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.08.002 PMID:32810439	研究论文	研究通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序分析COVID-19患者的外周血细胞，探讨疾病严重程度与先天性髓样细胞反应的关系	发现严重COVID-19病例中非经典CD14CD16单核细胞消失，HLA-DR经典单核细胞积累及大量钙卫蛋白释放，以及免疫抑制性中性粒细胞的积累	研究结果需要前瞻性评估	探究COVID-19疾病严重程度与先天性髓样细胞反应的关系及预测高风险患者的标志物	COVID-19患者的外周血细胞	NA	COVID-19	高维流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
78	2024-08-09	Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-09-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.017 PMID:32822576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了30名接受靶向治疗的转移性肺癌患者在治疗前后的49个临床活检样本，揭示了肺癌细胞在治疗诱导下的进化过程及其对肿瘤微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了治疗诱导的肺癌细胞进化及其对肿瘤微环境的影响，发现了新的可靶向的致癌基因和治疗后的细胞状态转变	研究样本仅限于转移性肺癌患者，且样本数量相对有限	探讨治疗诱导的肺癌细胞进化及其对临床结果的影响	转移性肺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	49个临床活检样本，来自30名患者
79	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies a distinct luminal progenitor cell type in distal prostate invagination tips 2020-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-020-0642-1 PMID:32807988	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，鉴定并描述了一种独特的远端前列腺内陷尖端的管腔前体细胞类型	首次鉴定出一种名为Luminal-C的独特管腔细胞类型，并证实其在体外和体内具有较强的器官形成和上皮管道再生能力	NA	旨在识别前列腺干细胞/前体细胞并阐明前列腺上皮细胞谱系层次结构，以理解前列腺癌的起始机制	小鼠和人类的前列腺细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	35,129个小鼠前列腺细胞和11,374个人类前列腺细胞
80	2024-08-09	Disturbed nitric oxide signalling gives rise to congenital bicuspid aortic valve and aortopathy 2020-09-28, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.044990 PMID:32801116	研究论文	本研究通过组织学检查和超声成像技术，结合细胞系分析和单细胞RNA测序，探讨了先天性二叶主动脉瓣（BAV）相关主动脉病变的发病机制。	首次揭示了内皮介导的一氧化氮（NO）信号通路紊乱在BAV相关主动脉病变中的作用，特别是抑制弹性纤维形成导致主动脉扩张和撕裂。	研究仅在特定的小鼠模型中进行，结果的普遍性和在人类中的适用性需要进一步验证。	探究先天性二叶主动脉瓣相关主动脉病变的发病机制。	先天性二叶主动脉瓣（BAV）及其相关主动脉病变。	NA	心血管疾病	组织学检查、超声成像、单细胞RNA测序	NA	组织、细胞	约13%的小鼠出现自发性主动脉撕裂，小鼠在成年早期易发生主动脉扩张。