单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 119 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 61 | 2024-08-09 |
Immunosuppressive effects of mesenchymal stem cells on lung B cell gene expression in LPS-induced acute lung injury
2020-09-25, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-01934-x
PMID:32977837
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研究论文 | 本研究探讨了间充质干细胞（MSC）在脂多糖（LPS）诱导的急性肺损伤（ALI）中对肺B细胞基因表达的影响 | 本研究首次通过单细胞RNA测序分析了MSC治疗对肺B细胞转录变化的影响，揭示了MSC治疗ALI的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，未来需在人体中验证这些发现 | 探讨MSC治疗在ALI中对肺B细胞的作用及其机制 | 肺B细胞在MSC治疗ALI中的作用 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的肺B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-09 |
Bimodal function of chromatin remodeler Hmga1 in neural crest induction and Wnt-dependent emigration
2020-09-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.57779
PMID:32965216
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research paper | 研究通过单细胞RNA测序结合高分辨率杂交技术，揭示了染色质重塑因子Hmga1在神经嵴细胞诱导和迁移中的双模态功能 | 首次展示了Hmga1在神经嵴发育中的两个不同功能，即在神经板边缘调节Pax7依赖的神经嵴谱系指定和在迁移前阶段减少颅神经嵴从背神经管的迁出 | NA | 探究Hmga1在神经嵴细胞发育中的作用 | 神经嵴细胞的诱导和迁移 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 高分辨率杂交, CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-09 |
Multi-scale supervised clustering-based feature selection for tumor classification and identification of biomarkers and targets on genomic data
2020-Sep-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07038-3
PMID:32962626
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研究论文 | 本文设计了一种基于多尺度监督聚类的特征选择算法MCBFS，用于基因组数据分析中的特征选择和模型学习，并通过实验验证了其有效性和鲁棒性 | 开发了一种新的特征选择算法MCBFS，结合了多尺度聚类和监督学习方法，提高了算法的解释性和可视化效果 | 文章未明确提及现有方法的具体局限性 | 提高疾病分类中深度学习技术的应用效果，增强特征选择算法的解释性和可视化能力 | 基因组数据中的特征选择、肿瘤分类、生物标志物和治疗靶点的识别 | 机器学习 | 肺癌 | 多尺度聚类 | MCBFS算法 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 涉及八个数据集，具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-09 |
p63 and Its Target Follistatin Maintain Salivary Gland Stem/Progenitor Cell Function through TGF-β/Activin Signaling
2020-Sep-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101524
PMID:32932139
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研究论文 | 研究探讨了ΔNp63通过TGF-β/Activin信号通路及其靶点Follistatin维持唾液腺干细胞/祖细胞功能的分子机制 | 揭示了ΔNp63缺失导致唾液腺干细胞/祖细胞数量减少及分化偏斜，这一过程通过Follistatin依赖的TGF-β/Activin信号通路失调介导 | NA | 理解ΔNp63在指导唾液腺细胞命运选择中的作用 | 唾液腺干细胞/祖细胞及其分化功能 | NA | NA | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq | NA | RNA序列, 蛋白质结合位点序列, 单细胞RNA序列 | ΔNp63缺失的成年小鼠及初级唾液细胞培养物 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-09 |
Genetic mapping of etiologic brain cell types for obesity
2020-09-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55851
PMID:32955435
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序数据和体重指数的全基因组关联研究数据，确定了与肥胖易感性相关的特定脑细胞类型。 | 开发了一种新的策略，将单细胞RNA测序数据与全基因组关联研究数据相结合，以识别与肥胖相关的特定脑细胞类型。 | NA | 旨在揭示导致肥胖的脑细胞类型。 | 研究对象包括来自17个老鼠器官的727种外周和神经系统细胞类型，以及超过457,000个人的体重指数全基因组关联研究数据。 | 遗传学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 727种细胞类型和超过457,000个个体 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-09 |
Glioblastoma cell differentiation trajectory predicts the immunotherapy response and overall survival of patients
2020-Sep-21, Aging
DOI:10.18632/aging.103695
PMID:32957084
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了胶质母细胞瘤细胞的分化状态及其与临床结果的相关性 | 识别了498个与胶质母细胞瘤细胞分化相关的基因，并发现这些基因与免疫调节和代谢途径显著相关，能够成功预测患者的总体生存率、免疫检查点表达和免疫治疗反应 | NA | 研究胶质母细胞瘤细胞的分化状态及其临床相关性 | 胶质母细胞瘤细胞的分化状态及其临床相关性 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 两个大型胶质母细胞瘤队列 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-09 |
Low-dose DNA demethylating therapy induces reprogramming of diverse cancer-related pathways at the single-cell level
2020-09-21, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-020-00937-y
PMID:32958049
|
研究论文 | 本文探讨了低剂量DNA去甲基化药物在单细胞水平上对多种癌症相关通路的重新编程机制 | 研究揭示了低剂量DNA去甲基化治疗在单细胞水平上对特定癌症相关基因的完全去甲基化效果 | 研究主要集中在HCT116细胞系，可能需要进一步在其他细胞系或临床样本中验证 | 探索低剂量DNA去甲基化治疗在单细胞水平上的疗效机制 | HCT116细胞系在低剂量去甲基化药物处理后的表达谱和DNA甲基化状态 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了克隆的HCT116细胞进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-09 |
Transcriptome heterogeneity of porcine ear fibroblast and its potential influence on embryo development in nuclear transplantation
2020-Sep-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.20-190
PMID:32952124
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了来自同一来源的52个猪耳成纤维细胞的基因表达模式，探讨了供体细胞异质性对核移植效率的潜在影响。 | 首次在单细胞水平上分析了供体细胞异质性对核移植效率的潜在影响，并提供了分析精英供体细胞的有效方法。 | NA | 探讨供体细胞异质性对核移植胚胎发育效率的潜在影响。 | 猪耳成纤维细胞的基因表达模式及其对核移植效率的影响。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 52个猪耳成纤维细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-09 |
EnClaSC: a novel ensemble approach for accurate and robust cell-type classification of single-cell transcriptomes
2020-Sep-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03679-z
PMID:32938367
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研究论文 | 本文提出了一种名为EnClaSC的新型集成方法，用于单细胞转录组数据的准确和稳健的细胞类型分类 | EnClaSC不仅可以在特定数据集内部进行自投影和跨不同数据集的细胞类型分类，还能很好地适应不同的数据维度和数据稀疏性，并能进行跨物种分类 | NA | 开发一种新的计算方法，用于将新产生的单细胞RNA测序数据分类到已注释的标签上 | 单细胞转录组数据的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 集成学习方法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses
2020-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-00499-2
PMID:32929221
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在个体和多组学层面的应用 | 介绍了多种单细胞组学方法及其应用，并探讨了多层数据集的计算整合方法 | NA | 旨在深入理解每个细胞的基本分子特征及其与疾病相关的分子特征 | 单细胞的基因组、表观基因组和转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据 | 大量单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics in cancer: computational challenges and opportunities
2020-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-0422-0
PMID:32929226
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在癌症研究中的计算挑战与机遇 | 探讨了单细胞转录组学数据在癌症研究中的新兴计算分析方法及其应用 | 讨论了未来计算方法学发展的挑战与机遇 | 旨在揭示驱动癌症发展、发病机制和临床结果的细胞类型和状态 | 单细胞转录组学数据及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-09 |
Malignant cell-specific CXCL14 promotes tumor lymphocyte infiltration in oral cavity squamous cell carcinoma
2020-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-001048
PMID:32958684
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研究论文 | 研究CXCL14在口腔鳞状细胞癌中通过促进淋巴细胞浸润抑制肿瘤生长的机制 | 发现CXCL14在恶性细胞中的表达与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的增加和肿瘤生长的抑制相关，表明CXCL14可能通过免疫介导的机制抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证 | 探讨CXCL14介导的口腔鳞状细胞癌肿瘤生长抑制的潜在机制 | 口腔鳞状细胞癌中的恶性细胞和淋巴细胞浸润 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了来自口腔鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据，以及C57BL/6小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-09 |
Oxidative Metabolism Drives Immortalization of Neural Stem Cells during Tumorigenesis
2020-09-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.07.039
PMID:32916131
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研究论文 | 本文研究了氧化代谢在肿瘤发生过程中对神经干细胞永生化的驱动作用 | 首次展示了线粒体融合诱导的代谢重编程对肿瘤起始细胞永生化的速率限制作用，并触发其不可逆的肿瘤发生倾向 | NA | 探讨代谢重编程在肿瘤发生中的作用及其机制 | 神经干细胞及其在肿瘤发生中的代谢变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学, 靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | 涉及果蝇大脑肿瘤中的快速分裂的干细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-09 |
Ontogeny of arterial macrophages defines their functions in homeostasis and inflammation
2020-09-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18287-x
PMID:32917889
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研究论文 | 本文通过结合巨噬细胞命运图谱分析和单细胞RNA测序，研究了动脉巨噬细胞在稳态和血管紧张素II诱导的动脉炎症中的细胞身份及其发育起源与成年期表型和功能的关系 | 首次揭示了卵黄囊红系髓系前体细胞对动脉外膜巨噬细胞的显著贡献，并阐明了这些细胞在稳态和炎症中的不同功能 | NA | 探讨动脉巨噬细胞的异质性及其在健康和疾病中的不同功能 | 动脉巨噬细胞的发育起源及其在成年期的表型和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-09 |
Analysis of single-cell transcriptomes links enrichment of olfactory receptors with cancer cell differentiation status and prognosis
2020-09-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01232-5
PMID:32917933
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了嗅觉受体（ORs）在癌细胞分化状态和预后中的作用 | 首次全面描绘了肿瘤中单细胞水平嗅觉受体的表达动态，并构建了基于广泛嗅觉受体表达特征的表达签名 | NA | 研究嗅觉受体在癌细胞分化状态和癌症预后中的作用 | 嗅觉受体在肿瘤细胞中的表达及其与癌细胞分化和预后的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-09 |
Bayesian gamma-negative binomial modeling of single-cell RNA sequencing data
2020-Sep-09, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06938-8
PMID:32900358
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研究论文 | 本文提出了一种全生成层次伽马-负二项（hGNB）模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析，无需显式建模零膨胀 | 提出了一种新的层次伽马-负二项模型，能够自然地考虑基因和细胞水平的协变效应，无需预处理步骤如归一化 | NA | 旨在开发一种新的统计模型，用于更准确地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 层次伽马-负二项（hGNB）模型 | RNA测序数据 | 涉及多个真实世界的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomes of pancreatic preinvasive lesions and cancer reveal acinar metaplastic cells' heterogeneity
2020-09-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18207-z
PMID:32908137
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了从小鼠胰腺前侵袭阶段到肿瘤形成过程中的细胞异质性 | 首次定义了六种腺泡化生细胞类型和状态，并揭示了肿瘤相关基质、免疫、内皮和成纤维细胞的信号，这些信号可能支持肿瘤发展及免疫细胞的招募和教育 | NA | 研究胰腺癌前病变和癌症中单细胞转录组的异质性 | 小鼠胰腺中的腺泡化生细胞及其在肿瘤发展中的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-09 |
Single Cell Technologies Define New Therapeutic Avenues for Huntington's Disease
2020-09-09, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2020.08.007
PMID:32910889
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研究论文 | 使用两种独立的单细胞转录组技术，Lee等人对亨廷顿病中受影响最严重的纹状体神经元的转录变化进行了分类 | 首次使用单细胞转录组技术详细描述了亨廷顿病中纹状体神经元的转录变化 | NA | 探索亨廷顿病的新治疗途径 | 亨廷顿病中受影响最严重的纹状体神经元 | 数字病理学 | 亨廷顿病 | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome maps of myeloid blood cell lineages in Drosophila
2020-09-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18135-y
PMID:32900993
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇淋巴腺中发育中的血细胞的异质性，并发现了新的血细胞类型 | 发现了先前未描述的血细胞类型，包括脂肪血细胞、干细胞样前血细胞和中间前血细胞，并揭示了血细胞在正常发育中的发展轨迹及在受到黄蜂侵扰后扁平细胞谱系的形成 | NA | 深入了解果蝇淋巴腺中血细胞发育和细胞免疫反应的分子机制 | 果蝇淋巴腺中的血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-09 |
Tempora: Cell trajectory inference using time-series single-cell RNA sequencing data
2020-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008205
PMID:32903255
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Tempora的新型细胞轨迹推断方法，该方法利用时间序列单细胞RNA测序数据中的时间信息来排序细胞 | Tempora方法结合了时间和生物途径信息来指导基于scRNA-seq的轨迹推断，提高了基因表达信号的强度、处理速度和推断轨迹的可解释性 | NA | 开发一种新的细胞轨迹推断方法，以提高在时间序列scRNA-seq数据中细胞排序的准确性和速度 | 时间序列单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹推断 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 时间序列数据 | 涉及三个不同组织发育时间序列数据集 | NA | NA | NA | NA |