单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 119 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
Protocol for Isolation of Cardiac Interstitial Cells from Adult Murine Hearts for Unbiased Single Cell Profiling
2020-09-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100077
PMID:33000003
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研究论文 | 本文介绍了一种从成年小鼠心脏中高效分离高质量活核非心肌细胞的无偏单细胞RNA测序方法 | 使用基于液滴的技术进行单细胞分析，革新了对细胞状态和身份的研究 | NA | 开发一种高效的方法来分离心脏间质细胞，以进行无偏的单细胞RNA测序 | 成年小鼠心脏中的心脏间质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 不同小鼠品系的健康和受伤心脏样本 |
| 42 | 2024-08-09 |
A semi-automatic cell type annotation method for single-cell RNA sequencing dataset
2020-Sep, Genomics & informatics
DOI:10.5808/GI.2020.18.3.e26
PMID:33017870
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研究论文 | 本文提出了一种半自动的细胞类型注释方法，用于单细胞RNA测序数据集 | 该方法通过计算用户提供的细胞类型特异性标记基因列表的归一化分数，实现了细胞类型的半自动注释 | NA | 开发一种高效的细胞类型注释方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 35个t-SNE聚类 |
| 43 | 2024-08-09 |
Nanoparticle enhanced combination therapy for stem-like progenitors defined by single-cell transcriptomics in chemotherapy-resistant osteosarcoma
2020-09-25, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-020-00248-x
PMID:32973147
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，系统地绘制了化疗耐药性骨肉瘤肿瘤中细胞类型特异性基因表达图谱，并探讨了纳米颗粒增强的组合疗法对耐药性骨肉瘤的治疗效果 | 本研究首次揭示了化疗耐药性骨肉瘤中VEGFR2-JMJD3富集的静止干细胞样细胞亚群，并发现VEGFR2抑制剂和JMJD3抑制剂的协同作用能有效抑制骨肉瘤细胞增殖和肿瘤生长 | 尽管研究展示了纳米颗粒增强的组合疗法对耐药性骨肉瘤的有效性，但尚未探讨该疗法在临床应用中的长期效果和潜在副作用 | 探讨化疗耐药性骨肉瘤的细胞特征及其治疗策略 | 化疗耐药性骨肉瘤肿瘤中的细胞类型特异性基因表达 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 44 | 2024-08-09 |
Immunosuppressive effects of mesenchymal stem cells on lung B cell gene expression in LPS-induced acute lung injury
2020-09-25, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-01934-x
PMID:32977837
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研究论文 | 本研究探讨了间充质干细胞（MSC）在脂多糖（LPS）诱导的急性肺损伤（ALI）中对肺B细胞基因表达的影响 | 本研究首次通过单细胞RNA测序分析了MSC治疗对肺B细胞转录变化的影响，揭示了MSC治疗ALI的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，未来需在人体中验证这些发现 | 探讨MSC治疗在ALI中对肺B细胞的作用及其机制 | 肺B细胞在MSC治疗ALI中的作用 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的肺B细胞 |
| 45 | 2024-08-09 |
Bimodal function of chromatin remodeler Hmga1 in neural crest induction and Wnt-dependent emigration
2020-09-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.57779
PMID:32965216
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research paper | 研究通过单细胞RNA测序结合高分辨率杂交技术，揭示了染色质重塑因子Hmga1在神经嵴细胞诱导和迁移中的双模态功能 | 首次展示了Hmga1在神经嵴发育中的两个不同功能，即在神经板边缘调节Pax7依赖的神经嵴谱系指定和在迁移前阶段减少颅神经嵴从背神经管的迁出 | NA | 探究Hmga1在神经嵴细胞发育中的作用 | 神经嵴细胞的诱导和迁移 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 高分辨率杂交, CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA |
| 46 | 2024-08-09 |
Multi-scale supervised clustering-based feature selection for tumor classification and identification of biomarkers and targets on genomic data
2020-Sep-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07038-3
PMID:32962626
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研究论文 | 本文设计了一种基于多尺度监督聚类的特征选择算法MCBFS，用于基因组数据分析中的特征选择和模型学习，并通过实验验证了其有效性和鲁棒性 | 开发了一种新的特征选择算法MCBFS，结合了多尺度聚类和监督学习方法，提高了算法的解释性和可视化效果 | 文章未明确提及现有方法的具体局限性 | 提高疾病分类中深度学习技术的应用效果，增强特征选择算法的解释性和可视化能力 | 基因组数据中的特征选择、肿瘤分类、生物标志物和治疗靶点的识别 | 机器学习 | 肺癌 | 多尺度聚类 | MCBFS算法 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 涉及八个数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 47 | 2024-08-09 |
Biological insights from multi-omic analysis of 31 genomic risk loci for adult hearing difficulty
2020-09, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009025
PMID:32986727
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研究论文 | 本文通过多组学分析31个与成人听力困难相关的基因组风险位点，揭示了与年龄相关听力损伤的新风险基因和位点 | 本文首次报道了8个新的与听力困难相关的基因组风险位点，并通过多组学数据分析了这些位点的调控和细胞特异性表达 | 研究主要基于英国生物库的数据，可能存在人群特异性限制 | 揭示年龄相关听力损伤的遗传原因 | 31个与听力困难相关的基因组风险位点 | 遗传学 | 听力障碍 | GWAS, mRNA-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据 | 330,759名参与者 |
| 48 | 2024-08-09 |
Tumor-on-a-chip platform to interrogate the role of macrophages in tumor progression
2020-09-30, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1093/intbio/zyaa017
PMID:32930334
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研究论文 | 研究利用肿瘤芯片平台探讨巨噬细胞在肿瘤进展中的作用 | 开发了一种微生理的肿瘤芯片设备，能够在三维体外微环境中高时空分辨率地捕捉细胞间动态 | 对TAMs如何影响肿瘤微环境的理解仍然有限，需要更多适当的3D体外模型 | 探究肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤行为和临床结果中的作用 | 巨噬细胞亚型对肿瘤行为的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及人胰腺癌和结直肠癌细胞以及M1和M2极化巨噬细胞 |
| 49 | 2024-08-09 |
p63 and Its Target Follistatin Maintain Salivary Gland Stem/Progenitor Cell Function through TGF-β/Activin Signaling
2020-Sep-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101524
PMID:32932139
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研究论文 | 研究探讨了ΔNp63通过TGF-β/Activin信号通路及其靶点Follistatin维持唾液腺干细胞/祖细胞功能的分子机制 | 揭示了ΔNp63缺失导致唾液腺干细胞/祖细胞数量减少及分化偏斜，这一过程通过Follistatin依赖的TGF-β/Activin信号通路失调介导 | NA | 理解ΔNp63在指导唾液腺细胞命运选择中的作用 | 唾液腺干细胞/祖细胞及其分化功能 | NA | NA | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq | NA | RNA序列, 蛋白质结合位点序列, 单细胞RNA序列 | ΔNp63缺失的成年小鼠及初级唾液细胞培养物 |
| 50 | 2024-08-09 |
Genetic mapping of etiologic brain cell types for obesity
2020-09-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55851
PMID:32955435
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序数据和体重指数的全基因组关联研究数据，确定了与肥胖易感性相关的特定脑细胞类型。 | 开发了一种新的策略，将单细胞RNA测序数据与全基因组关联研究数据相结合，以识别与肥胖相关的特定脑细胞类型。 | NA | 旨在揭示导致肥胖的脑细胞类型。 | 研究对象包括来自17个老鼠器官的727种外周和神经系统细胞类型，以及超过457,000个人的体重指数全基因组关联研究数据。 | 遗传学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 727种细胞类型和超过457,000个个体 |
| 51 | 2024-08-09 |
Glioblastoma cell differentiation trajectory predicts the immunotherapy response and overall survival of patients
2020-Sep-21, Aging
DOI:10.18632/aging.103695
PMID:32957084
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了胶质母细胞瘤细胞的分化状态及其与临床结果的相关性 | 识别了498个与胶质母细胞瘤细胞分化相关的基因，并发现这些基因与免疫调节和代谢途径显著相关，能够成功预测患者的总体生存率、免疫检查点表达和免疫治疗反应 | NA | 研究胶质母细胞瘤细胞的分化状态及其临床相关性 | 胶质母细胞瘤细胞的分化状态及其临床相关性 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 两个大型胶质母细胞瘤队列 |
| 52 | 2024-08-09 |
Low-dose DNA demethylating therapy induces reprogramming of diverse cancer-related pathways at the single-cell level
2020-09-21, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-020-00937-y
PMID:32958049
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研究论文 | 本文探讨了低剂量DNA去甲基化药物在单细胞水平上对多种癌症相关通路的重新编程机制 | 研究揭示了低剂量DNA去甲基化治疗在单细胞水平上对特定癌症相关基因的完全去甲基化效果 | 研究主要集中在HCT116细胞系，可能需要进一步在其他细胞系或临床样本中验证 | 探索低剂量DNA去甲基化治疗在单细胞水平上的疗效机制 | HCT116细胞系在低剂量去甲基化药物处理后的表达谱和DNA甲基化状态 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了克隆的HCT116细胞进行分析 |
| 53 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing reveals clonal expansions of pro-inflammatory synovial CD8 T cells expressing tissue-homing receptors in psoriatic arthritis
2020-09-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18513-6
PMID:32958743
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术研究了银屑病关节炎（PsA）患者关节中的白细胞，发现关节内记忆CD8 T细胞显著扩增并表达组织归巢受体 | 首次揭示了银屑病关节炎中促炎性滑膜CD8 T细胞的克隆扩增及其表达组织归巢受体的现象 | NA | 探究银屑病关节炎的免疫细胞组成和分子机制 | 银屑病关节炎患者的关节白细胞 | 数字病理学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个银屑病关节炎患者的关节和外周血样本 |
| 54 | 2024-08-09 |
Transcriptome heterogeneity of porcine ear fibroblast and its potential influence on embryo development in nuclear transplantation
2020-Sep-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.20-190
PMID:32952124
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了来自同一来源的52个猪耳成纤维细胞的基因表达模式，探讨了供体细胞异质性对核移植效率的潜在影响。 | 首次在单细胞水平上分析了供体细胞异质性对核移植效率的潜在影响，并提供了分析精英供体细胞的有效方法。 | NA | 探讨供体细胞异质性对核移植胚胎发育效率的潜在影响。 | 猪耳成纤维细胞的基因表达模式及其对核移植效率的影响。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 52个猪耳成纤维细胞 |
| 55 | 2024-08-09 |
EnClaSC: a novel ensemble approach for accurate and robust cell-type classification of single-cell transcriptomes
2020-Sep-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03679-z
PMID:32938367
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研究论文 | 本文提出了一种名为EnClaSC的新型集成方法，用于单细胞转录组数据的准确和稳健的细胞类型分类 | EnClaSC不仅可以在特定数据集内部进行自投影和跨不同数据集的细胞类型分类，还能很好地适应不同的数据维度和数据稀疏性，并能进行跨物种分类 | NA | 开发一种新的计算方法，用于将新产生的单细胞RNA测序数据分类到已注释的标签上 | 单细胞转录组数据的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 集成学习方法 | 转录组数据 | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq identifies unique transcriptional landscapes of human nucleus pulposus and annulus fibrosus cells
2020-09-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-72261-7
PMID:32943704
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了健康人椎间盘的转录组图谱，特别是核软骨（NP）和纤维环（AF）细胞的独特转录景观 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了人类NP和AF细胞的遗传结构和差异表达基因，并识别了关键的转录因子 | 研究仅限于非退行性腰椎间盘的NP和AF细胞，可能无法完全代表所有椎间盘疾病的情况 | 阐明健康人椎间盘NP和AF细胞的分子途径和转录网络 | 人类椎间盘的核软骨（NP）和纤维环（AF）细胞 | 数字病理学 | 椎间盘疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 从非退行性腰椎间盘中分离出的NP和AF细胞 |
| 57 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses
2020-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-00499-2
PMID:32929221
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在个体和多组学层面的应用 | 介绍了多种单细胞组学方法及其应用，并探讨了多层数据集的计算整合方法 | NA | 旨在深入理解每个细胞的基本分子特征及其与疾病相关的分子特征 | 单细胞的基因组、表观基因组和转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据 | 大量单细胞 |
| 58 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics in cancer: computational challenges and opportunities
2020-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-0422-0
PMID:32929226
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在癌症研究中的计算挑战与机遇 | 探讨了单细胞转录组学数据在癌症研究中的新兴计算分析方法及其应用 | 讨论了未来计算方法学发展的挑战与机遇 | 旨在揭示驱动癌症发展、发病机制和临床结果的细胞类型和状态 | 单细胞转录组学数据及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Malignant cell-specific CXCL14 promotes tumor lymphocyte infiltration in oral cavity squamous cell carcinoma
2020-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-001048
PMID:32958684
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研究论文 | 研究CXCL14在口腔鳞状细胞癌中通过促进淋巴细胞浸润抑制肿瘤生长的机制 | 发现CXCL14在恶性细胞中的表达与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的增加和肿瘤生长的抑制相关，表明CXCL14可能通过免疫介导的机制抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证 | 探讨CXCL14介导的口腔鳞状细胞癌肿瘤生长抑制的潜在机制 | 口腔鳞状细胞癌中的恶性细胞和淋巴细胞浸润 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了来自口腔鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据，以及C57BL/6小鼠模型 |
| 60 | 2024-08-09 |
Gene-Specific Linear Trends Constrain Transcriptional Variability of the Toll-like Receptor Signaling
2020-09-23, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.08.007
PMID:32918862
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和单分子mRNA计数（smFISH）研究免疫系统中Toll样受体信号通路的诱导基因表达，发现肿瘤坏死因子α的mRNA计数符合标准的随机开关模型，而白细胞介素-1β的转录涉及额外的调节步骤，导致异质性增加。 | 本文首次展示了单细胞mRNA响应的变异性受到转录爆发的线性约束，并通过数学建模和实验扰动验证了这一发现。 | NA | 研究单细胞基因表达变异性在刺激响应中的控制机制。 | 免疫系统中Toll样受体信号通路的诱导基因表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq），单分子mRNA计数（smFISH） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |