单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Single-Cell Sequencing of Mouse Thymocytes Reveals Mutational Landscape Shaped by Replication Errors, Mismatch Repair, and H3K36me3 2020-Sep-25, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101452 PMID:32858340	研究论文	本文通过单细胞外显子测序研究了野生型和错配修复缺陷型小鼠胸腺细胞的突变景观，揭示了复制错误、错配修复和H3K36me3对突变分布的影响	发现H3K36me3标记在转录活跃区域可以增强错配修复效率，为每个细胞类型的关键基因提供优先保护	NA	解析由复制错误、错配修复和H3K36me3标记形成的突变景观	小鼠胸腺细胞	数字病理学	NA	单细胞外显子测序	NA	基因组数据	野生型和错配修复缺陷型小鼠的T细胞
22	2024-08-07	SERGIO: A Single-Cell Expression Simulator Guided by Gene Regulatory Networks 2020-09-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.08.003 PMID:32871105	研究论文	介绍了一种名为SERGIO的单细胞基因表达数据模拟器，该模拟器基于用户提供的基因调控网络，模拟了转录的随机性和多个转录因子对基因的调控	SERGIO是首个结合转录因子-基因调控相互作用来模拟单细胞表达动态的模拟器	NA	开发和验证一种新的单细胞转录组学工具基准测试方法	单细胞基因表达数据及其在细胞分化中的应用	生物信息学	NA	单细胞转录组学	基因调控网络模型	基因表达数据	模拟任意数量的细胞类型
23	2024-08-07	Single-Cell Sequencing of Peripheral Mononuclear Cells Reveals Distinct Immune Response Landscapes of COVID-19 and Influenza Patients 2020-09-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.07.009 PMID:32783921	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了COVID-19和流感患者的周围单核细胞的转录组景观，揭示了两种疾病在免疫反应路径上的差异	首次报道了COVID-19和流感患者周围血单核细胞的单细胞转录组景观，并发现了特定的信号通路和关键因子的表达差异	NA	研究COVID-19和流感患者免疫反应的差异	COVID-19和流感患者的周围血单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞测序	NA	转录组数据	COVID-19和流感患者的周围血单核细胞样本
24	2024-08-07	Natural display of nuclear-encoded RNA on the cell surface and its impact on cell interaction 2020-09-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02145-6 PMID:32907628	研究论文	本文开发了一系列技术来检测和验证细胞表面稳定的核编码RNA，并探讨了这些RNA在细胞相互作用中的作用	首次使用Surface-seq技术选择性测序细胞表面的maxRNAs，并验证了其在细胞相互作用中的功能	NA	研究细胞表面核编码RNA的功能及其在细胞相互作用中的作用	细胞表面的核编码RNA及其在细胞相互作用中的功能	NA	NA	Surface-seq	NA	RNA	人类外周血单个核细胞（PBMCs）
25	2024-08-07	CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data 2020-09-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02147-4 PMID:32867824	研究论文	本文提出了一种无监督的、无需参考的数据表示方法——聚类相似性谱（CSS），用于整合跨实验、条件、批次、时间点等的单细胞基因组数据	CSS方法能够同时保留生物信息并整合样本，适用于评估细胞异质性和重建分化轨迹	NA	开发新的计算方法以整合单细胞测序数据并保留生物信息	单细胞基因组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	无监督学习	基因组数据	涉及大脑类器官和其他单细胞转录组数据
26	2024-08-07	Cancer-Specific Immune Prognostic Signature in Solid Tumors and Its Relation to Immune Checkpoint Therapies 2020-Sep-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12092476 PMID:32882873	研究论文	本研究通过分析来自TCGA的单细胞和批量肿瘤RNA-Seq数据集中的免疫功能相关基因，揭示了免疫细胞浸润作为实体瘤预后标志物的角色，并探讨了其与免疫检查点疗法的关系	本研究首次识别出155个与不同肿瘤类型疾病无进展生存相关的基因，并构建了针对个体癌症类型的癌症特异性预后免疫评分模型	NA	阐明免疫细胞浸润作为实体瘤预后标志物的角色及其与免疫检查点疗法的关系	免疫功能相关基因在实体瘤中的作用及与免疫疗法的关联	数字病理学	实体瘤	RNA-Seq	弹性网模型	基因表达数据	四个公开的单细胞RNA-Seq数据集和二十个来自TCGA的批量肿瘤RNA-Seq数据集
27	2024-08-07	Single-cell profiling of long noncoding RNAs and their cell lineage commitment roles via RNA-DNA-DNA triplex formation in mammary epithelium 2020-Sep-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.3274 PMID:32930441	研究论文	本研究利用高吞吐量的单细胞RNA测序数据，探讨了长非编码RNA（lncRNAs）在乳腺上皮细胞中的表达模式及其在细胞谱系承诺中的作用，通过lncRNA-DNA-DNA三链结构的形成进行功能验证。	首次通过单细胞RNA测序数据全面注释乳腺上皮细胞中的lncRNAs表达，并揭示了lncRNAs通过形成三链结构调控下游谱系特异性标记基因的机制。	研究仅以lncRNA-Carmn为例进行验证，可能需要进一步的研究来验证其他lncRNAs在细胞谱系承诺中的作用。	探讨lncRNAs在乳腺上皮细胞中的表达模式及其在细胞谱系承诺中的作用。	乳腺上皮细胞中的长非编码RNA（lncRNAs）及其在细胞谱系承诺中的作用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
28	2024-08-07	Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration 2020-09-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.06.020 PMID:32750316	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合体内谱系追踪和类器官模型，精细绘制了损伤修复和肺再生过程中肺泡谱系细胞的轨迹，并识别出一种特定的AT2谱系群体——损伤相关短暂前体细胞（DATPs）。	本文首次发现并描述了损伤相关短暂前体细胞（DATPs）在肺泡再生中的作用，并揭示了炎症信号如何通过HIF1α介导的糖酵解途径调控这些细胞的形成和功能。	NA	研究肺泡再生过程中细胞谱系的变化及其调控机制。	肺泡谱系细胞及其在损伤修复和肺再生中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
29	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomic Profiling of Vascular Smooth Muscle Cell Phenotype Modulation in Marfan Syndrome Aortic Aneurysm 2020-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314670 PMID:32698686	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了马凡综合征（MFS）中主动脉瘤发展过程中血管平滑肌细胞（SMC）转录组变化的时间和空间动态	本研究首次在MFS小鼠模型中识别出一种独特的转录组调控的SMC（modSMC）集群，并揭示了MFS特异性的基因特征，包括纤溶酶原激活物抑制剂-1（Serpine1）和Kruppel样因子4（Klf4）	NA	阐明马凡综合征中主动脉瘤发展过程中血管平滑肌细胞转录组变化的时间和空间动态	马凡综合征小鼠模型的主动脉瘤组织和健康对照组的主动脉组织	数字病理学	马凡综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组	Fbn1C1041G/+（MFS）小鼠和健康对照小鼠的主动脉根/升主动脉瘤组织，以及人类MFS主动脉根瘤组织
30	2024-08-07	EPISCORE: cell type deconvolution of bulk tissue DNA methylomes from single-cell RNA-Seq data 2020-09-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02126-9 PMID:32883324	研究论文	本文介绍了一种名为EPISCORE的计算算法，用于从单细胞RNA测序数据中对大量组织DNA甲基化数据进行细胞类型反卷积	EPISCORE算法通过应用概率性的表观遗传模型，利用单细胞RNA测序组织图谱生成组织特异性的DNA甲基化参考矩阵，从而实现对大量组织数据的细胞类型比例和细胞类型特异性差异甲基化信号的量化	NA	开发一种算法，用于解决细胞类型异质性对表观基因组数据解释的挑战	大量组织DNA甲基化数据和单细胞RNA测序数据	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	概率性表观遗传模型	DNA甲基化数据	多个表观基因组研究和组织类型
31	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of tumor and stromal compartments of pancreatic ductal adenocarcinoma primary tumors and metastatic lesions 2020-09-29, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-020-00776-9 PMID:32988401	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤和基质成分的转录组	首次对PDAC原发肿瘤和转移病灶的单细胞转录组进行了全面分析，并使用了一种新的监督分类算法SuperCT来识别不同的细胞类型	研究主要集中在原发肿瘤和转移病灶的组织样本上，未涉及其他类型的样本	深入了解胰腺导管腺癌的细胞组成及其与疾病进展和患者预后的关系	胰腺导管腺癌的原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤细胞和基质细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	SuperCT	转录组	来自PDAC患者的原发肿瘤和转移活检样本中的单个细胞
32	2024-08-08	Quantifying Genomic Imprinting at Tissue and Cell Resolution in the Brain 2020-Sep-04, Epigenomes IF:2.5Q3 DOI:10.3390/epigenomes4030021 PMID:34968292	综述	本文综述了在组织和细胞水平上量化基因组印记的方法，特别强调了检测亲本来源依赖性表达的方法及其在脑研究中的应用	介绍了单细胞多组学方法，这些方法结合了DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质构象等特征，有望深入理解个体脑细胞中的基因组印记	NA	旨在更好地理解印记基因的功能，特别是构建详细的亲本来源依赖性表达和相关表观遗传特征图谱	印记基因在正常和病理脑中的作用	NA	脑疾病	RNA测序	NA	RNA	NA
33	2024-08-08	LEARNING GENERAL TRANSFORMATIONS OF DATA FOR OUT-OF-SAMPLE EXTENSIONS 2020-Sep, IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing : [proceedings]. IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing DOI:10.1109/mlsp49062.2020.9231660 PMID:34557339	研究论文	本文提出了一种新的神经网络模型NTNet，用于从数据中隔离出代表转换本身的信号，以便将其应用于新的数据分布	NTNet能够隔离数据转换信号，并将其应用于训练过程中未见的新数据分布，从而实现数据转换的泛化	NA	解决生成模型如GAN在训练过程中无法泛化数据转换到新分布的问题	NTNet模型在合成和生物医学单细胞RNA测序数据上的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NTNet	数据	超过一打合成和生物医学单细胞RNA测序数据集
34	2024-08-08	Correlation Imputation in Single cell RNA-seq using Auxiliary Information and Ensemble Learning 2020-Sep, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine DOI:10.1145/3388440.3412462 PMID:34278382	research paper	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据补全方法SCENA，通过集成学习和辅助信息来估计基因间的相关性	SCENA方法通过模型堆叠和辅助信息来估计基因间的相关性矩阵，而不是直接补全数据本身	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量，改善下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达相关性	digital pathology	NA	RNA-seq	ensemble learning	gene expression data	NA
35	2024-08-09	Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa059 PMID:33575610	研究论文	本文开发了一种基于少量恒定表达基因作为内部标准品的算法，用于单细胞RNA测序数据的归一化处理	提出了一种新的归一化方法ISnorm，使用内部类似标准品的恒定表达基因来归一化单细胞RNA测序数据，以应对转录组的大幅变化	NA	改进单细胞RNA测序数据归一化方法，提高下游分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个案例研究数据集
36	2024-08-09	Dimensionality reduction for single cell RNA sequencing data using constrained robust non-negative matrix factorization 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa064 PMID:33575614	研究论文	本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据降维的方法，该方法在非负矩阵分解框架下同时进行降维和缺失值插补	提出了一种结合降维和缺失值插补的新方法，并通过加权ℓ惩罚确保稀疏模式得以维持	NA	开发一种新的降维方法，以解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和非负性约束问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	RNA测序数据	使用了合成数据和真实数据进行实验
37	2024-08-09	Single-Cell Isolation from Regenerating Murine Muscles for RNA-Sequencing Analysis 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100051 PMID:33111097	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）无偏评估再生小鼠骨骼肌的完整协议	该协议专注于从肌肉中分离单核细胞进行后续的scRNA-seq分析，并可修改以评估其他感兴趣组织的细胞群	NA	开发一种用于无偏评估再生小鼠骨骼肌的scRNA-seq分析方法	再生小鼠骨骼肌中的单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个细胞
38	2024-08-09	Protocol for Identification and Removal of Doublets with DoubletDecon 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100085 PMID:33111118	研究论文	本文介绍了使用DoubletDecon工具识别和移除单细胞RNA测序数据中的多重捕获（doublets）的方法	开发了DoubletDecon工具，通过解卷积和独特基因表达分析来识别和移除doublets	NA	解决单细胞RNA测序数据中多重捕获对细胞群体和标记基因识别的干扰问题	单细胞RNA测序数据中的多重捕获	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
39	2024-08-09	Gene regulation inference from single-cell RNA-seq data with linear differential equations and velocity inference 2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa576 PMID:33026066	研究论文	本文提出了一种名为GRISLI的新方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络（GRN）	GRISLI方法通过推断scRNA-seq数据空间中的速度矢量场，并使用线性常微分方程模拟细胞轨迹动态，结合稀疏回归过程重建潜在的GRN	NA	开发一种新的方法从scRNA-seq数据中推断基因调控网络	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性常微分方程	scRNA-seq数据	NA
40	2024-08-09	Single-Nucleus RNA-Seq Is Not Suitable for Detection of Microglial Activation Genes in Humans 2020-09-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108189 PMID:32997994	研究论文	本文通过比较单细胞和单核RNA测序技术在人类大脑样本中的应用，探讨了单核RNA测序技术在检测人类组织细胞状态中的适用性	发现单核RNA测序技术在检测微胶质细胞激活基因方面存在低敏感性	单核RNA测序技术无法有效检测微胶质细胞在人类疾病中的细胞激活状态	评估单核RNA测序技术在检测人类组织细胞状态中的能力	微胶质细胞的激活基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	四个人类受试者的大脑样本