单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-09	Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Nuclear Protein 1 as a Regulator of Docetaxel Resistance in Prostate Cancer Cells 2020-09, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0051 PMID:32513898	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析，揭示了核蛋白1（NUPR1）在前列腺癌细胞对多西他赛耐药性中的调控作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出NUPR1作为前列腺癌多西他赛耐药性的关键调控因子	仅限于DU145和PC3两种前列腺癌细胞系的研究，结果的普适性有待进一步验证	探讨前列腺癌细胞对多西他赛耐药性的分子机制	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体
2	2024-10-02	Macrophage HIF-1α Is an Independent Prognostic Indicator in Kidney Cancer 2020-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3890 PMID:32586940	研究论文	研究探讨了巨噬细胞中的HIF-1α在肾癌中的独立预后作用	首次全面评估了HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性，并发现巨噬细胞中的HIF-1α与肿瘤进展和抗血管生成治疗的耐药性相关	研究样本量有限，且未涵盖所有可能的临床相关性	评估HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织	NA	肾癌	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），RNA原位杂交（RNA-ISH），免疫组化（IHC）	NA	组织	380名患者的肿瘤组织，72名患者的验证样本，57名接受抗血管生成治疗的患者
3	2024-08-29	scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks 2020-09-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa506 PMID:32588900	研究论文	本文提出了一种使用生成对抗网络（GANs）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补的方法，称为scIGANs	scIGANs利用生成的细胞而非观察到的细胞来避免过度平滑和去除细胞间基因表达的自然随机性，并平衡主要和稀有细胞群之间的性能	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据的质量，通过插补技术减少技术噪声，如过多的假零值（dropouts）	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GANs）	基因表达数据	适用于包含超过100,000个细胞的数据集
4	2024-08-15	The transcription factor Hhex cooperates with the corepressor Tle3 to promote memory B cell development 2020-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-0713-6 PMID:32601467	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析和CRISPR-Cas9筛选方法，识别了在向记忆B细胞分化的生发中心B细胞中，转录因子Hhex和共抑制因子Tle3在调节记忆B细胞分化中的作用	首次揭示了Hhex和Tle3在记忆B细胞分化中的协同作用，并发现了Bcl-6对Hhex的直接抑制作用以及Hhex缺陷细胞中Bcl2过表达对记忆B细胞分化的挽救作用	NA	研究记忆B细胞分化过程中的转录因子调控机制	记忆B细胞的分化过程及其相关转录因子和共抑制因子的作用	NA	NA	单细胞RNA测序分析，CRISPR-Cas9筛选	NA	RNA	NA
5	2024-08-08	A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors 2020-09-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108175 PMID:32946807	研究论文	本文通过单细胞转录组学方法，分析了28种SARS-CoV-2及相关冠状病毒受体和因子（SCARFs）在健康人体组织中的表达，以预测冠状病毒的趋向性	首次全面分析了SCARFs在多种健康人体组织中的表达，并预测了非经典的病毒感染路径和特定性别易感性	NA	预测人类冠状病毒的趋向性及其在人体组织中的表达模式	SARS-CoV-2及相关冠状病毒的受体和因子（SCARFs）	数字病理学	冠状病毒病	单细胞转录组学	NA	RNA表达数据	多种健康人体组织
6	2024-08-05	Controlled Cycling and Quiescence Enables Efficient HDR in Engraftment-Enriched Adult Hematopoietic Stem and Progenitor Cells 2020-09-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108093 PMID:32877675	研究论文	本文研究了通过控制细胞周期和静止状态来提高成年造血干细胞和祖细胞中同源重组修复效率的方法	提出了一种控制循环和静止状态的策略，使得静息干细胞中HDR与NHEJ的比率增加了6倍	文章中未具体说明对所有类型细胞的影响，主要集中在特定亚群体	探讨并重新编程成年造血干细胞和祖细胞中的基因组编辑结果	成年造血干细胞和祖细胞的亚群体	数字病理学	NA	下一代测序、单细胞RNA测序	NA	细胞样本	NA
7	2024-08-05	IL-7 receptor alpha defines heterogeneity and signature of human effector memory CD8+ T cells in high dimensional analysis 2020-09, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2020.104155 PMID:32619811	研究论文	该文章研究了IL-7受体α在高维分析中在人类效应记忆CD8+ T细胞中的异质性和特征	文章创新地利用高维细胞质谱和单细胞RNA测序技术描绘了IL-7Rα定义的人类效应记忆CD8 T细胞的异质性	研究没有详细讨论IL-7Rα在不同情况下的功能变异及其影响	探索IL-7Rα是否可以作为定义人类效应记忆CD8 T细胞异质性的重要分子	研究对象是人类效应记忆CD8 T细胞	数字病理学	NA	CyTOF和单细胞RNA-seq	NA	细胞群体数据	NA
8	2024-08-05	Complex Autoinflammatory Syndrome Unveils Fundamental Principles of JAK1 Kinase Transcriptional and Biochemical Function 2020-09-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.07.006 PMID:32750333	研究论文	本文描述了一种患者的罕见自炎症综合症及其与JAK1激酶突变的关联	提出了突变'转录型'的概念，展示了S703I突变的独特功能	研究主要基于单个病例，缺乏更大样本的验证	探索JAK1在自炎症疾病中的转录和生化功能	一名因JAK1突变出现多脏器免疫失调的患者	数字病理学	自炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	1名患者
9	2024-08-05	A single-cell RNA-seq atlas of Schistosoma mansoni identifies a key regulator of blood feeding 2020-09-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abb7709 PMID:32973030	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了血吸虫，并识别出一个关键的血液摄取调节因子	首次通过单细胞RNA测序鉴定出68种不同的细胞群体以及维持血吸虫消化道的专门干细胞	尚未完全了解寄生虫不同组织在成功寄生中的功能	研究血吸虫的细胞特性和潜在治疗靶点	成人血吸虫的细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	43,642个细胞
10	2024-08-05	RNA-seq analysis of galaninergic neurons from ventrolateral preoptic nucleus identifies expression changes between sleep and wake 2020-Sep-14, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-07050-7 PMID:32928100	研究论文	本文研究了在睡眠和觉醒状态下，腹外侧前视核的加拉宁能神经元的转录调控。	本研究揭示了加拉宁能神经元在睡眠和缺觉中的转录响应变化，扩展了对这一特定神经元群体的重要知识。	研究可能未能充分考虑其他神经元类型及其在睡眠/觉醒中的作用。	探讨腹外侧前视核加拉宁能神经元的转录调控机制，特别是在睡眠状态下的变化。	研究对象为腹外侧前视核的加拉宁能神经元，比较其在睡眠与觉醒状态下的表达变化。	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	从腹外侧前视核分离的eGFP(+)加拉宁神经元
11	2024-08-05	Diversification of reprogramming trajectories revealed by parallel single-cell transcriptome and chromatin accessibility sequencing 2020-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba1190 PMID:32917699	研究论文	本文探讨了细胞重编程过程中的异质性及其机制	首次利用单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序揭示了重编程细胞的多样性和异步轨迹	未提及具体样本数量和实验限制	揭示重编程细胞的异质性及成功重编程的机制	重编程的人类细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序	NA	基因组数据	NA
12	2024-08-07	Human Cell Atlas and cell-type authentication for regenerative medicine 2020-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-020-0421-1 PMID:32929224	综述	本文综述了细胞类型鉴定的当前进展，从人类细胞图谱项目到基于细胞数据指南的再生医学的分子标记数据库和其他来源	近年来单细胞RNA测序技术的进步为基于RNA特征的细胞个体和时空水平表征开辟了新途径，极大地改变了我们对细胞类型的理解	NA	探讨细胞类型鉴定的最新进展及其在再生医学中的应用	细胞类型的鉴定及其在组织器官发育研究和细胞疗法及疾病模型中的应用	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
13	2024-08-07	Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue 2020-Sep-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3749 PMID:33659409	研究论文	本文介绍了一种名为Probe-Seq的新方法，用于从动物组织中对特定细胞类型进行RNA测序	Probe-Seq方法通过使用基因特异性探针与RNA标记物杂交来分离特定类型的细胞，从而实现下游的FACS分离和批量RNA测序	NA	开发一种简单、通用的方法，用于对缺乏细胞类型特异性遗传标记或抗体的细胞类型进行批量转录组分析	特定细胞类型的RNA测序	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜、冷冻人视网膜、中肠和发育中的小鸡视网膜
14	2024-08-07	Untangling biological factors influencing trajectory inference from single cell data 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa053 PMID:33575604	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中影响细胞分化轨迹推断的生物学因素	提出了一种通过分解单细胞数据来识别和过滤混杂变量（如细胞周期）的方法，以提高分化轨迹推断的准确性	未明确提及	探讨影响单细胞数据中细胞分化轨迹推断的关键生物学因素	单细胞RNA测序数据中的生物学变异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及
15	2024-08-07	Cell-type-specific promoters for C. elegans glia 2020 Sep-Dec, Journal of neurogenetics IF:1.8Q4 DOI:10.1080/01677063.2020.1781851 PMID:32696701	研究论文	本文比较了C. elegans神经胶质细胞类型特异性启动子的特异性、亮度和一致性	本文识别了一组用于研究七种神经胶质细胞类型的启动子，并展示了一种利用现有单细胞测序数据前瞻性识别细胞类型特异性神经胶质启动子的方法	一些启动子的表达依赖于外部条件或生物体的内部状态，如发育阶段，这表明神经胶质的可塑性	旨在解码神经胶质功能	C. elegans的神经胶质细胞类型特异性启动子	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	七种神经胶质细胞类型
16	2024-08-07	Recent advances in sarcoidosis genomics: epigenetics, gene expression, and gene by environment (G × E) interaction studies 2020-09, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000000719 PMID:32701681	综述	本文综述了结节病基因组学的最新进展，包括表观遗传学、基因表达以及基因与环境相互作用的研究	探索了结节病亚表型，包括与世界贸易中心和眼结节病相关的病例，识别了新的风险位点；利用现代分析技术进行基因-环境相互作用研究，发现了与吸烟和杀虫剂暴露相关的风险位点；应用全外显子测序识别了与持续性结节病和罕见功能变异相关的遗传变异；单项表观遗传学研究提供了与基因表达数据相比的DNA甲基化机制背景知识；应用机器学习技术提出了治疗结节病的新药物再定位建议；多项基因表达研究识别了受影响组织中富集的主要炎症通路	需要大规模和多样化的队列，采用先进的测序方法如全基因组和单细胞RNA测序、表观遗传学以及结合尖端分析方法的元分析，以拓宽并将基因组学发现转化为临床应用，最终为个性化医疗开辟途径	综述结节病基因组学的最新发现并强调该领域的空白	结节病的基因组学研究，包括表观遗传学、基因表达和基因与环境相互作用	NA	结节病	全外显子测序	NA	基因表达数据	NA
17	2024-08-07	3D curvature-instructed endothelial flow response and tissue vascularization 2020-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abb3629 PMID:32938662	研究论文	本文开发了一种螺旋微血管模型，能够精确控制曲率和扭转，并支持厘米尺度上的均匀组织灌注	首次展示了3D曲率诱导的旋转和混合在层流中的作用，以及对内皮细胞表型和转录变化的独特影响	NA	探讨异质性血管结构在不同发育和发病机制中的作用，并提供改进组织血管化和再生的工具	内皮细胞在螺旋微血管中的基因表达和表型变化	生物工程	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
18	2024-08-07	Lef1 expression in fibroblasts maintains developmental potential in adult skin to regenerate wounds 2020-09-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.60066 PMID:32990218	研究论文	本文通过scRNA-seq技术研究了新生小鼠皮肤中的再生因子，这些因子能够使成年皮肤转变为再生而非仅修复伤口，并探讨了Lef1转录因子在其中的作用。	首次发现新生乳头状成纤维细胞通过表达Lef1转录因子，促进年轻皮肤的健康再生，并能在成年皮肤中增强皮肤修复能力。	NA	探索新生皮肤中的再生因子，以开发促进成年组织再生的临床可行方案。	新生小鼠皮肤中的成纤维细胞及其在皮肤再生中的作用。	NA	烧伤及与伤口愈合相关的皮肤病	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
19	2024-08-07	Understanding human gut diseases at single-cell resolution 2020-09-30, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaa130 PMID:32588873	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在深入理解人类肠道功能和病理生理学中的应用	scRNA-seq技术揭示了人类肠道中细胞多样性和转录变异的新领域，并识别了可能与多种肠道疾病相关的新型细胞类型	NA	深入理解人类肠道在健康和多种肠道疾病中的功能	人类肠道中的细胞类型及其在疾病中的作用	数字病理学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
20	2024-08-07	Latent Factor Modeling of scRNA-Seq Data Uncovers Dysregulated Pathways in Autoimmune Disease Patients 2020-Sep-25, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101451 PMID:32853994	研究论文	本文通过比较四种先进的潜在因子建模方法，提出了一种将潜在因子分配给通路活性和特定细胞亚群的方法，并应用于类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者的scRNA-seq数据集	本文提出了一种新的框架，用于识别细胞亚型并发现与疾病相关的基因特征	需要进一步研究以确定最适合特定任务的方法以及如何解释潜在因子	探索潜在因子建模在scRNA-seq数据分析中的应用，并识别与自身免疫疾病相关的基因特征	类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者的scRNA-seq数据	数字病理学	自身免疫疾病	scRNA-seq	潜在因子建模	基因表达数据	来自类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者活检的scRNA-seq数据集