单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	Epithelial cell dysfunction, a major driver of asthma development 2020-08, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.14421 PMID:32460363	综述	本文综述了气道上皮屏障功能障碍在哮喘发病机制中的作用及上皮细胞功能障碍的调控新见解	利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）研究哮喘中的气道上皮细胞提供了新的见解	尚未明确上皮易感基因表达如何转化为对哮喘环境风险因素的功能性改变反应的机制	探讨气道上皮屏障异常在哮喘致敏和发病机制中的关键作用，并寻找哮喘干预的新靶点	气道上皮细胞及其在哮喘中的功能和调控机制	NA	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
122	2024-08-09	Nascent transcript and single-cell RNA-seq analysis defines the mechanism of action of the LSD1 inhibitor INCB059872 in myeloid leukemia 2020-Aug-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2020.144758 PMID:32422235	研究论文	本文通过新兴转录组和单细胞RNA测序分析，揭示了LSD1抑制剂INCB059872在髓系白血病中的作用机制	首次使用精密核运行测序（PRO-seq）和ChIP-seq技术，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq），详细解析了INCB059872在髓系白血病中的早期调控事件及其对基因表达的影响	文章未详细讨论INCB059872的剂量限制性毒性及其在临床应用中的具体挑战	探究LSD1抑制剂INCB059872在髓系白血病中的作用机制及其对患者的影响	髓系白血病细胞及患者骨髓样本	数字病理学	髓系白血病	精密核运行测序（PRO-seq）、ChIP-seq、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括AML细胞系、患者骨髓样本及小鼠骨髓细胞
123	2024-08-09	scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data 2020-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa293 PMID:32415966	研究论文	本文提出了一种基于变分自编码器（VAE）的新方法scVAE，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析	该方法直接使用原始计数数据作为输入，避免了数据预处理步骤，并能稳健地估计每个细胞的预期基因表达水平和潜在表示	NA	开发一种新的方法来分析和从大量的复杂单细胞转录组数据中得出相关的生物学推断	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集
124	2024-08-09	scTPA: a web tool for single-cell transcriptome analysis of pathway activation signatures 2020-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa532 PMID:32437538	研究论文	本文介绍了scTPA，一个基于网络的工具，用于分析人类和小鼠单细胞RNA测序数据中的通路激活特征	scTPA整合了四种广泛使用的基因集富集方法，基于不同功能和分类的生物通路集合，评估单细胞的通路激活分数	NA	开发一个有效的网络工具，用于基于先前生物通路知识的单细胞转录组数据分析	单细胞RNA测序数据的功能解释和细胞簇注释	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据
125	2024-08-09	Single-Cell Analyses of Colon and Blood Reveal Distinct Immune Cell Signatures of Ulcerative Colitis and Crohn's Disease 2020-08, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.04.074 PMID:32428507	研究论文	本文利用质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序等技术，分析了溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）患者的结肠黏膜和血液中的免疫细胞特征	首次在单细胞水平上详细比较了UC和CD患者与对照组的免疫细胞差异，并利用随机森林模型识别了区分不同疾病状态的关键免疫细胞群	NA	旨在揭示炎症性肠病（IBD）患者黏膜失调的机制及UC与CD患者炎症反应的差异	UC和CD患者的结肠黏膜和血液中的免疫细胞	数字病理学	炎症性肠病	质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序	随机森林模型	细胞	结肠黏膜样本87份，外周血单个核细胞85份
126	2024-08-09	An organoid model to assay the role of CFTR in the human epididymis epithelium 2020-Aug, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-020-03208-7 PMID:32377875	研究论文	本文利用人类附睾上皮细胞（HEE）类器官和极化的HEE细胞培养物，研究了囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）在人类附睾中的作用	首次使用3D HEE类器官和极化的2D HEE细胞培养物来评估CFTR在人类附睾中的功能，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了类器官中的细胞类型特异性基因表达	NA	研究CFTR在人类附睾上皮细胞中的作用及其对生育能力的影响	人类附睾上皮细胞（HEE）类器官和极化的HEE细胞培养物	NA	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从人类附睾头部分离的HEE类器官和细胞培养物
127	2024-08-09	Ribonucleotide reductase small subunit M2 is a master driver of aggressive prostate cancer 2020-08, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.12706 PMID:32385899	研究论文	研究探讨了核糖核苷酸还原酶小亚基M2（RRM2）在前列腺癌中的作用，特别是其作为侵袭性前列腺癌驱动因子的潜力	通过整合RRM2特征与两个分子分类系统（PCS和PAM50亚型），确定了RRM2特征与侵袭性前列腺癌亚型的关联，并发现RRM2抑制可能对前列腺癌患者具有临床益处	NA	确定RRM2特征是否可用于识别侵袭性前列腺癌亚型	前列腺癌细胞中RRM2的表达及其对临床结果的影响	数字病理学	前列腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及六个已发表的前列腺癌队列，共4000例病例
128	2024-08-09	An ultra-sensitive T-cell receptor detection method for TCR-Seq and RNA-Seq data 2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa432 PMID:32399561	研究论文	提出了一种名为CATT的计算方法，用于超敏感和精确地检测TCR CDR3序列	CATT整合了基于de Bruijn图的微组装算法、数据驱动的错误校正模型和贝叶斯推理算法，能够自适应地和高性能地表征CDR3库	NA	开发一种超敏感的T细胞受体检测方法，用于TCR-Seq和RNA-Seq数据	T细胞受体（TCR）的CDR3区域	生物信息学	NA	TCR-Seq, RNA-Seq	贝叶斯推理算法	序列数据	NA
129	2024-08-09	scDoc: correcting drop-out events in single-cell RNA-seq data 2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa283 PMID:32365169	研究论文	本文介绍了一种名为scDoc的新方法，用于校正单细胞RNA测序数据中的'drop-out'事件	scDoc是首个直接利用drop-out信息进行细胞间相似度估计的方法，这在单细胞RNA测序数据插补中至关重要	NA	解决单细胞RNA测序研究中的'drop-out'事件问题	单细胞RNA测序数据中的'drop-out'事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
130	2024-08-09	Using Single-Cell and Spatial Transcriptomes to Understand Stem Cell Lineage Specification During Early Embryo Development 2020-08-31, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120219-083220 PMID:32339035	综述	本文综述了利用单细胞和空间转录组学技术在早期胚胎发育过程中理解干细胞谱系特化的分子调控和组织模式	介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学等新兴技术在解析细胞组织、形态和分子特性差异以及谱系分配中的应用	NA	探讨胚胎发育和干细胞分化过程中的分子调控机制和组织结构	干细胞谱系特化及其在胚胎发育中的分子轨迹和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
131	2024-08-09	Preclinical safety studies of human embryonic stem cell-derived retinal pigment epithelial cells for the treatment of age-related macular degeneration 2020-08, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1002/sctm.19-0396 PMID:32319201	研究论文	本研究针对人胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮细胞进行临床前安全性评估，以治疗老年性黄斑变性	采用全基因组测序和单细胞RNA测序等方法，深入评估细胞的基因组稳定性和纯度，以及生物分布和致瘤性	NA	评估人胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮细胞在治疗老年性黄斑变性中的安全性	人胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮细胞	NA	老年性黄斑变性	全基因组测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, RNA数据	NA
132	2024-08-09	Between life and death: Epithelial cells in lung pathologies 2020-08, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2020.109652 PMID:32325184	研究论文	本文通过最近的谱系追踪策略、单细胞RNA测序和超高分辨率成像技术，探讨了肺上皮细胞在健康和疾病中的结构和功能多样性	本文揭示了肺上皮细胞的显著异质性，并探讨了其在肺健康和疾病中的特定功能	尽管取得了显著进展，但仍远未达到能够训练/指导肺上皮细胞以促进肺修复和再生的目标	理解控制肺上皮细胞形态发生、分化以及与其他细胞类型和细胞外基质交流的分子机制，以改善呼吸系统疾病患者的治疗效果	肺上皮细胞在健康和疾病中的功能和结构多样性	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
133	2024-08-09	Modeling glioblastoma invasion using human brain organoids and single-cell transcriptomics 2020-08-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaa091 PMID:32297954	研究论文	本研究利用人脑类器官和单细胞转录组学来模拟胶质母细胞瘤的侵袭过程	首次使用人脑类器官作为支架来研究患者来源的胶质母细胞瘤细胞的侵袭行为	NA	研究胶质母细胞瘤的侵袭过程及其转录组异质性	胶质母细胞瘤细胞和人脑类器官	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个患者样本
134	2024-08-09	Regulation of adipocyte thermogenesis: mechanisms controlling obesity 2020-08, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.15331 PMID:32301220	综述	本文综述了脂肪细胞生物学，特别是脂肪细胞产热调节机制及其在肥胖和肥胖相关疾病中的作用	揭示了脂肪细胞的三种类型（白色、米色和棕色）及其在不同解剖位置的功能差异，以及单细胞测序研究显示的脂肪细胞前体异质性	NA	探讨如何通过增加产热脂肪细胞的数量及其激活来阐明肥胖及其相关疾病的部分病理生理基础	脂肪细胞的生物学特性及其在能量平衡中的作用	NA	肥胖	单细胞测序	NA	NA	NA
135	2024-08-09	Automatic identification of relevant genes from low-dimensional embeddings of single-cell RNA-seq data 2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa198 PMID:32207520	研究论文	本文介绍了一种从单细胞RNA测序数据的低维嵌入中自动识别相关基因的方法	引入了局部和全局基因相关性的概念，计算非线性低维嵌入的主成分分析负载，以识别驱动整体嵌入和定义子区域的基因	NA	开发一种方法来识别驱动单细胞RNA测序数据低维嵌入的基因	单细胞RNA测序数据的低维嵌入	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非线性技术	单细胞RNA测序数据	不同实验协议和低维嵌入技术的单细胞RNA测序数据集
136	2024-08-09	The Long Journey from Diagnosis to Therapy 2020-08-31, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-112019-083518 PMID:32119789	评论	作者回顾了自己在遗传学领域的40年科研生涯，特别是在杜氏肌营养不良症从诊断到治疗方面的贡献	介绍了单细胞测序和体细胞CRISPR编辑等新技术在精准医学中的应用前景	NA	回顾遗传学领域的发展，特别是从诊断到治疗的过程	杜氏肌营养不良症及其他单基因疾病	遗传学	肌肉疾病	单细胞测序, CRISPR编辑	NA	NA	NA
137	2024-08-09	Frontline Science: Cxxc5 expression alters cell cycle and myeloid differentiation of mouse hematopoietic stem and progenitor cells 2020-08, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.1HI0120-169R PMID:32083332	研究论文	本研究探讨了CXXC5在骨髓生成中的作用，通过在小鼠早期干细胞和祖细胞中使用过表达和短发夹RNA介导的敲低技术	首次证明了CXXC5在单核细胞发育中的作用	NA	研究CXXC5在骨髓生成中的生理功能	小鼠造血干细胞和祖细胞	NA	NA	短发夹RNA，流式细胞术，RNA测序	NA	细胞	小鼠早期干细胞和祖细胞（LSK细胞）
138	2024-08-09	Spatial transcriptomics identifies spatially dysregulated expression of GRM3 and USP47 in amyotrophic lateral sclerosis 2020-08, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12597 PMID:31925813	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了携带C9orf72六核苷酸重复扩展的ALS患者死后皮质组织的转录组，以识别可能解释ALS发病机制中不同细胞类型和脑区差异脆弱性的失调转录本	本研究首次描述了在携带C9orf72六核苷酸重复扩展的ALS患者死后皮质组织中应用空间转录组学技术	NA	旨在通过空间解析的RNA测序技术，识别与ALS发病机制中不同细胞类型和脑区差异脆弱性相关的失调转录本	ALS患者的死后皮质组织	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	空间转录组学(ST)	NA	转录组数据	包括多个死后脑区和脊髓组织，来自扩展的C9orf72、散发性ALS(sALS)和SOD1 ALS病例
139	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq: a next generation sequencing tool for a high-resolution view of the individual cell 2020-08, Journal of biomolecular structure & dynamics IF:2.7Q2 DOI:10.1080/07391102.2019.1659859 PMID:31524088	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）作为一种下一代测序工具，用于获得单个细胞的高分辨率视图	单细胞RNA测序技术能够提供单个细胞的详细基因表达信息，这是传统测序技术无法实现的	NA	探索单细胞RNA测序技术在解析细胞异质性和基因表达方面的应用	单个细胞的基因表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA