单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 140 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 81 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of Childhood Ependymoma Reveals Neoplastic Cell Subpopulations That Impact Molecular Classification and Etiology
2020-08-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108023
PMID:32783945
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序、组织学和反卷积技术，对儿童室管膜瘤的主要亚组进行了细胞异质性分析 | 揭示了未分化前体细胞亚群的存在，这些细胞可以分化为具有室管膜细胞特征的亚群或转变为间充质亚群，挑战了现有的分类范式 | NA | 增进对室管膜瘤生物学的理解，并促进有效疗法的开发 | 儿童室管膜瘤的细胞异质性 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-09 |
Comparison of Human Antral Follicles of Xenograft versus Ovarian Origin Reveals Disparate Molecular Signatures
2020-08-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108027
PMID:32783948
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞RNA测序技术，比较了来自异种移植和卵巢的人类卵泡中的颗粒细胞和卵泡膜/基质细胞亚群的转录特征 | 本文首次通过高分辨率的转录组学特征，揭示了早期人类卵泡中颗粒细胞和卵泡膜亚群的细胞分化机制 | NA | 研究卵泡发育过程中不同细胞亚群的行为和分化机制 | 人类卵泡中的颗粒细胞和卵泡膜/基质细胞亚群 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 来自异种移植和卵巢的人类卵泡样本 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Obesity-Induced Alterations in the Brca1-Mutated Mammary Gland Microenvironment
2020-Aug-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12082235
PMID:32785175
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）探讨了高脂饮食（HFD）诱导的肥胖对Brca1突变小鼠乳腺组织中基质细胞和免疫细胞转录组的影响 | 首次揭示了肥胖通过调节乳腺基质成纤维细胞的功能改变细胞外基质（ECM）组成和免疫生态系统，并促进肿瘤生成性M2巨噬细胞的生成和/或招募 | NA | 探讨肥胖对肿瘤微环境中细胞间通讯的影响机制 | Brca1突变小鼠乳腺组织中的基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-09 |
Robotic High-Throughput Biomanufacturing and Functional Differentiation of Human Pluripotent Stem Cells
2020-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.08.03.235242
PMID:32793899
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研究论文 | 本文介绍了一种机器人平台，用于自动化人类诱导多能干细胞（hiPSCs）的高通量生物制造和功能分化 | 开发了一种机器人平台，自动化了hiPSCs的所有关键培养和分化步骤，实现了快速和标准化的生产 | NA | 建立一个集成平台，用于高效的细胞制造，以支持疾病建模、药物筛选和细胞治疗 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其功能分化 | 生物技术 | NA | NA | NA | NA | 最多90种不同的患者和疾病特异性细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-09 |
Predicting antigen specificity of single T cells based on TCR CDR3 regions
2020-08, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199416
PMID:32779888
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研究论文 | 本文提出并评估了一系列深度学习架构，用于基于TCR CDR3区域预测单个T细胞的抗原特异性 | 本文展示了将抗原作为分类结果变量的模型优于联合建模TCR和抗原序列的模型，并证明了通过建模细胞特异性协变量可以减少单细胞免疫组库筛选的变异性 | NA | 利用高吞吐量的单细胞实验数据，建模单个T细胞的特异性 | 单个T细胞的抗原特异性 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | 大量单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq data clustering: A survey with performance comparison study
2020-08, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720020400053
PMID:32795134
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类方法，并进行了全面的性能比较研究 | 首次对现有scRNA-seq数据聚类方法进行了全面的性能比较，揭示了各方法在不同数据集上的表现差异 | 现有方法在复杂结构的数据集上表现不佳，需要进一步研究更稳定、准确和高效的聚类算法 | 填补scRNA-seq数据聚类方法性能评估的空白，帮助用户选择合适的算法 | 13种先进的scRNA-seq数据聚类算法和12个公开的实际scRNA-seq数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 12个公开的实际scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-09 |
Multidimensional study of the heterogeneity of leukemia cells in t(8;21) acute myelogenous leukemia identifies the subtype with poor outcome
2020-08-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2003900117
PMID:32747558
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研究论文 | 本研究通过综合分析免疫表型、RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），揭示了t(8;21)急性髓系白血病中不同分化阶段的三个独特的白血病细胞群体及其与临床预后的关系 | 首次通过多维分析方法揭示了t(8;21)急性髓系白血病中白血病细胞的多维异质性，并确定了与不良预后相关的细胞亚型 | NA | 研究t(8;21)急性髓系白血病中白血病细胞的异质性及其与临床预后的关系 | t(8;21)急性髓系白血病中的白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个时间点的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-09 |
hubViz: A Novel Tool for Hub-centric Visualization
2020-Aug-15, Chemometrics and intelligent laboratory systems : an international journal sponsored by the Chemometrics Society
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.chemolab.2020.104071
PMID:32753773
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研究论文 | 本文介绍了一种名为hubViz的新工具，用于二进制数据的中心枢纽可视化 | hubViz是首个专门针对二进制数据并考虑观测值中心性的可视化工具 | 传统的可视化算法如MDS、t-SNE和UMAP未针对二进制数据进行优化，且未考虑观测值的中心性 | 提出并评估hubViz工具在基因表达数据、单细胞RNA测序数据和文献挖掘数据中的应用效果 | 评估hubViz在不同类型基因组数据中的可视化性能 | 计算机视觉 | NA | NA | NA | 二进制数据 | 涉及大鼠暴露于可卡因的多个脑区基因表达数据、外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据以及疾病间关系的文献挖掘数据 | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-09 |
Author Correction: Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy
2020-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17979-8
PMID:32769982
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correction | 对一篇关于胶质母细胞瘤单细胞RNA测序研究的论文进行修正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-09 |
Enhancing myocardial repair with CardioClusters
2020-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17742-z
PMID:32769998
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研究论文 | 本文研究通过使用CardioClusters（一种由三种不同的心脏来源间质细胞组成的3D结构）来增强心肌修复效果 | 首次报道了使用CardioClusters这种无支架的3D微环境结构，通过scRNA-Seq技术揭示了其表达与干细胞相关的因子、粘附/细胞外基质分子和细胞因子，同时保持与内源性心脏细胞相似的转录组 | 研究仅在预临床的小鼠心肌梗死模型中进行，尚未进行临床试验 | 探索通过细胞疗法改善心脏功能的新方法 | 心肌修复和心脏功能改善 | 细胞疗法 | 心血管疾病 | scRNA-Seq | NA | 转录组数据 | 小鼠模型，追踪20周 | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-09 |
Finding a Needle in a Haystack: Identification of a Beige Fat Progenitor
2020-08-06, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.07.014
PMID:32763184
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研究论文 | Oguri等研究者利用单细胞RNA测序技术，在皮下脂肪组织中鉴定出一种棕色脂肪前体细胞，该细胞能分化为产热脂肪细胞 | 首次鉴定出标记为PDGFRα、Sca1和CD81的棕色脂肪前体细胞，并发现其在冷刺激和鸢尾素作用下通过FAK信号通路增殖 | NA | 鉴定棕色脂肪前体细胞及其调控机制 | 棕色脂肪前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-09 |
scTyper: a comprehensive pipeline for the cell typing analysis of single-cell RNA-seq data
2020-Aug-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03700-5
PMID:32753029
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scTyper的综合性R语言工具包，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型分析 | scTyper提供了一个包含213个细胞标记集的数据库scTyper.db，并实现了三种定制方法来估计细胞类型标记表达，以及改进的DNA拷贝数推断方法inferCNV用于恶性细胞类型分析 | NA | 开发一个综合且用户友好的工具包，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 包含213个细胞标记集的数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-09 |
Fusion transcript detection using spatial transcriptomics
2020-08-04, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-020-00738-5
PMID:32753032
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STfusion的新方法，利用空间转录组学技术推断融合转录本的存在 | 提出了一种新的C评分方法来测量观察到的和预期的多聚A尾数量的差异，从而推断融合转录本 | NA | 研究融合转录本在肿瘤发生中的作用及其在组织切片中的空间分辨率 | 融合转录本在肿瘤细胞系和临床组织数据中的检测 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 12个组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-09 |
An interspecies translation model implicates integrin signaling in infliximab-resistant inflammatory bowel disease
2020-08-04, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.aay3258
PMID:32753478
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研究论文 | 本文开发了一种名为可翻译组件回归（TransComp-R）的方法，结合小鼠蛋白质组数据和患者治疗前转录组数据，以识别在小鼠数据中可预测患者治疗反应的分子特征，揭示了整合素信号通路在抗TNF治疗抵抗的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者中的激活状态。 | TransComp-R方法的创新之处在于它能够克服小鼠模型与人类受试者之间的物种和跨组学差异，为解决模型系统与患者之间的物种、分子和表型差异提供了一个可推广的框架。 | NA | 旨在克服抗肿瘤坏死因子（anti-TNF）治疗抵抗的临床挑战，通过识别和验证与治疗反应相关的分子机制。 | 研究对象包括抗TNF治疗抵抗的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者，以及小鼠模型中的蛋白质组数据。 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 可翻译组件回归（TransComp-R） | 蛋白质组数据，转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-09 |
Nicotinamide Mononucleotide Supplementation Reverses the Declining Quality of Maternally Aged Oocytes
2020-08-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107987
PMID:32755581
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研究论文 | 本文研究了尼克酰胺单核苷酸（NMN）补充对自然衰老小鼠卵母细胞质量的改善效果 | 首次报道NMN补充能有效提高自然衰老小鼠卵母细胞的质量，通过恢复烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）水平实现 | NA | 探索改善高龄产妇卵母细胞质量的有效方法 | 自然衰老小鼠的卵母细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-09 |
Robust gene expression programs underlie recurrent cell states and phenotype switching in melanoma
2020-08, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0547-3
PMID:32753671
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析了黑色素瘤细胞在不同状态下的基因表达程序，揭示了中间状态的存在及其调控网络 | 首次通过单细胞RNA测序和时间序列分析揭示了黑色素瘤细胞状态转换中的中间状态及其稳定的基因调控网络 | NA | 探索黑色素瘤细胞在黑色素细胞和间充质样状态之间的中间状态及其基因调控网络 | 黑色素瘤细胞的状态转换及其基因表达程序 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 10个黑色素瘤细胞培养物使用单细胞RNA测序，26个额外培养物使用批量RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis revealed long-lasting adverse effects of tamoxifen on neurogenesis in prenatal and adult brains
2020-08-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1918883117
PMID:32727894
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了他莫昔芬对胚胎期和成年大脑神经发生的长久不良影响 | 首次通过单细胞RNA测序结合体内外实验，揭示他莫昔芬通过失调WntDmrta2信号通路对神经发生的影响 | NA | 探讨他莫昔芬对大脑神经发生的影响及其分子机制 | 胚胎期和成年大脑的神经发生 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-09 |
Mapping a mammalian adult adrenal gland hierarchy across species by microwell-seq
2020-Aug-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-020-00042-8
PMID:32743779
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研究论文 | 本文通过结合Microwell-seq技术和BGI MGISEQ2000测序平台，对小鼠成年肾上腺细胞进行单细胞RNA测序，并进行了人与小鼠成年肾上腺的单细胞比较分析 | 首次使用Microwell-seq结合BGI MGISEQ2000平台进行单细胞RNA测序，揭示了哺乳动物肾上腺的保守遗传网络 | NA | 探索哺乳动物成年肾上腺的细胞层次结构 | 小鼠和人的成年肾上腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 11,883个小鼠成年肾上腺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-09 |
Activation of a neural stem cell transcriptional program in parenchymal astrocytes
2020-08-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.59733
PMID:32744501
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Notch信号减少后纹状体星形胶质细胞在体内的神经发生过程 | 发现实质性星形胶质细胞具有潜在的神经干细胞特性，并通过靶向干预促进其神经分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步在其他物种中验证 | 探究星形胶质细胞在Notch信号减少后的神经发生机制 | 纹状体和皮质星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-09 |
Epigenetic regulator function through mouse gastrulation
2020-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2552-x
PMID:32728215
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研究论文 | 本文通过结合合子扰动和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠原肠胚形成期间多个关键调控因子的功能。 | 本文采用了一种新的实验框架，通过同时检测多个突变小鼠胚胎，获取了强有力的形态学和转录信息。 | 本文主要集中在原肠胚形成后的阶段，对于之前的发育阶段的研究较少。 | 研究小鼠原肠胚形成期间表观遗传调控因子的直接发育作用。 | 研究对象包括小鼠胚胎中的多个关键表观遗传调控因子。 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 研究涉及多个突变小鼠胚胎 | NA | NA | NA | NA |