单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 139 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-09 |
RNA-Bloom enables reference-free and reference-guided sequence assembly for single-cell transcriptomes
2020-08, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.260174.119
PMID:32817073
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研究论文 | 本文介绍了RNA-Bloom算法，用于单细胞转录组的参考自由和参考引导序列组装 | RNA-Bloom算法能够从多个单细胞转录组中聚合丰富的信息内容，重建细胞特异性异构体，支持无参考和有参考的组装策略 | NA | 开发一种新的组装算法，以解决单细胞转录组分析中异构体序列分析的局限性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 模拟数据集包含384个细胞，真实数据集包含3840个细胞和超过40亿条读取 |
| 62 | 2024-08-09 |
A novel single-cell based method for breast cancer prognosis
2020-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008133
PMID:32833968
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研究论文 | 本文提出了一种新的基于单细胞的乳腺癌预后方法scPrognosis，利用单细胞RNA测序数据提高乳腺癌预后准确性 | scPrognosis方法通过分析Epithelial-to-Mesenchymal Transition (EMT)过程中的单细胞RNA测序数据，推断EMT伪时间并构建动态基因共表达网络，从而选择在EMT不同阶段表达变化和分化中起重要作用的基因 | 目前仅在乳腺癌预后中验证了该方法的有效性，尚未在其他癌症类型或其他生物过程中进行广泛验证 | 提高乳腺癌预后的准确性 | 乳腺癌的预后 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 63 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of the Cynomolgus Macaque Testis Reveals Conserved Transcriptional Profiles during Mammalian Spermatogenesis
2020-08-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.07.018
PMID:32795394
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了食蟹猴睾丸细胞，揭示了哺乳动物精子发生过程中的保守转录谱 | 本文首次提供了食蟹猴睾丸细胞的高分辨率单细胞RNA测序图谱，并详细描述了精子发生过程中的转录变化，特别是DNA损伤反应途径基因在维持基因组完整性和影响减数分裂性染色体失活中的双重作用 | NA | 研究哺乳动物精子发生过程中的转录谱和基因表达变化 | 食蟹猴的睾丸细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个食蟹猴睾丸细胞样本 |
| 64 | 2024-08-09 |
Coupled scRNA-Seq and Intracellular Protein Activity Reveal an Immunosuppressive Role of TREM2 in Cancer
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.032
PMID:32783915
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INs-seq的综合技术，该技术能够大规模并行记录单细胞RNA测序和细胞内蛋白质活性，并揭示了TREM2在癌症中的免疫抑制作用 | 引入了一种新的综合技术INs-seq，用于同时记录单细胞RNA测序和细胞内蛋白质活性，有助于发现新的免疫亚群和细胞功能 | NA | 开发和验证一种新的技术INs-seq，用于揭示肿瘤模型中细胞的转录和细胞内活动 | 肿瘤模型中的Arg1 Trem2调节性髓系（Mreg）细胞及其相关标记、代谢活性和通路 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及小鼠模型 |
| 65 | 2024-08-09 |
TREM2 Modulation Remodels the Tumor Myeloid Landscape Enhancing Anti-PD-1 Immunotherapy
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.07.013
PMID:32783918
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research paper | 本文研究了TREM2在调节肿瘤髓系细胞景观中的作用，并探讨了其对PD-1免疫疗法的影响 | 发现TREM2的调节可以改变肿瘤髓系细胞的组成，增强PD-1免疫疗法的效果 | NA | 研究TREM2在肿瘤髓系细胞中的作用及其对PD-1免疫疗法的影响 | TREM2在肿瘤髓系细胞中的表达及其对肿瘤生长的影响 | NA | cancer | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 超过200个人类癌症病例 |
| 66 | 2024-08-09 |
XJB-5-131 inhibited ferroptosis in tubular epithelial cells after ischemia-reperfusion injury
2020-08-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-020-02871-6
PMID:32796819
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研究论文 | 研究探讨了XJB-5-131在抑制缺血-再灌注损伤后肾小管上皮细胞铁死亡中的作用 | 发现XJB-5-131通过特异性抑制铁死亡而非坏死和焦亡，减轻了小鼠的缺血-再灌注诱导的肾脏损伤和炎症 | NA | 研究铁死亡在肾小管损伤中的作用及XJB-5-131作为治疗策略的潜力 | 肾小管上皮细胞在缺血-再灌注损伤后的铁死亡 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涉及人类肾脏疾病和小鼠模型 |
| 67 | 2024-08-09 |
Distinct fibroblast subsets regulate lacteal integrity through YAP/TAZ-induced VEGF-C in intestinal villi
2020-08-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17886-y
PMID:32796823
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研究论文 | 本文探讨了肠道间质细胞（IntSCs）在维持肠道稳态中的作用，特别是通过YAP/TAZ诱导的VEGF-C在肠绒毛中调节乳糜管完整性的机制 | 首次揭示了肠绒毛间质细胞的异质性，并阐明了特定亚型的肠绒毛成纤维细胞通过YAP/TAZ诱导的VEGF-C分泌调节乳糜管完整性的新机制 | NA | 研究肠道间质细胞在维持肠道稳态中的作用及其对乳糜管结构和功能的影响 | 肠道间质细胞（IntSCs）和乳糜管 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 68 | 2024-08-09 |
Maximizing transcription of nucleic acids with efficient T7 promoters
2020-08-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01167-x
PMID:32796901
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研究论文 | 本研究通过5'RACE-Seq筛选T7启动子的随机初始转录区域，发现位置+4至+8的序列影响T7启动子活性，并鉴定出能显著增强转录输出的启动子变体，提高了体外转录反应的产量。此外，引入CEL-Seq方法，使用优化的T7启动子放大cDNA，用于单细胞RNA测序，显著提高了文库复杂性和每个细胞检测到的表达基因数量。 | 本研究发现了影响T7启动子活性的关键序列，并优化了启动子以提高转录效率，特别是在单细胞RNA测序中的应用。 | NA | 旨在优化T7启动子以提高体外转录反应的产量和单细胞RNA测序的效率。 | T7启动子的转录活性和其在单细胞RNA测序中的应用。 | 分子生物学 | NA | 5'RACE-Seq, 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 69 | 2024-08-09 |
Cellular and molecular properties of neural progenitors in the developing mammalian hypothalamus
2020-08-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17890-2
PMID:32792525
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研究论文 | 本文探讨了哺乳动物发育中的下丘脑神经前体细胞的细胞和分子特性 | 首次发现下丘脑放射状胶质（hRG）和下丘脑髓区放射状胶质（hmRG）细胞作为神经前体细胞，并使用单细胞RNA测序揭示人类发育中下丘脑的前体细胞亚型及其特定基因 | NA | 研究下丘脑神经前体细胞的细胞和分子特性，以增进对神经发生和非分层下丘脑区域形成的理解 | 下丘脑的神经前体细胞及其在发育中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 70 | 2024-08-09 |
Runx2+ Niche Cells Maintain Incisor Mesenchymal Tissue Homeostasis through IGF Signaling
2020-08-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108007
PMID:32783935
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了成年小鼠门齿中Gli1+间充质干细胞的异质性，并识别出Runx2+/Gli1+细胞亚群，这些细胞通过IGF信号通路维持间充质干细胞微环境的稳态 | 首次识别并描述了Runx2+/Gli1+细胞亚群在维持间充质干细胞微环境中的作用，并通过ATAC-seq和染色质免疫沉淀揭示了Runx2直接结合Igfbp3的机制 | NA | 研究间充质干细胞微环境的维持机制及其在组织稳态中的作用 | 成年小鼠门齿中的间充质干细胞及其微环境 | NA | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 染色质免疫沉淀 | NA | RNA序列, 染色质可及性数据 | 成年小鼠门齿样本 |
| 71 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of Childhood Ependymoma Reveals Neoplastic Cell Subpopulations That Impact Molecular Classification and Etiology
2020-08-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108023
PMID:32783945
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序、组织学和反卷积技术，对儿童室管膜瘤的主要亚组进行了细胞异质性分析 | 揭示了未分化前体细胞亚群的存在，这些细胞可以分化为具有室管膜细胞特征的亚群或转变为间充质亚群，挑战了现有的分类范式 | NA | 增进对室管膜瘤生物学的理解，并促进有效疗法的开发 | 儿童室管膜瘤的细胞异质性 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 72 | 2024-08-09 |
Comparison of Human Antral Follicles of Xenograft versus Ovarian Origin Reveals Disparate Molecular Signatures
2020-08-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108027
PMID:32783948
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞RNA测序技术，比较了来自异种移植和卵巢的人类卵泡中的颗粒细胞和卵泡膜/基质细胞亚群的转录特征 | 本文首次通过高分辨率的转录组学特征，揭示了早期人类卵泡中颗粒细胞和卵泡膜亚群的细胞分化机制 | NA | 研究卵泡发育过程中不同细胞亚群的行为和分化机制 | 人类卵泡中的颗粒细胞和卵泡膜/基质细胞亚群 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 来自异种移植和卵巢的人类卵泡样本 |
| 73 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Obesity-Induced Alterations in the Brca1-Mutated Mammary Gland Microenvironment
2020-Aug-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12082235
PMID:32785175
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）探讨了高脂饮食（HFD）诱导的肥胖对Brca1突变小鼠乳腺组织中基质细胞和免疫细胞转录组的影响 | 首次揭示了肥胖通过调节乳腺基质成纤维细胞的功能改变细胞外基质（ECM）组成和免疫生态系统，并促进肿瘤生成性M2巨噬细胞的生成和/或招募 | NA | 探讨肥胖对肿瘤微环境中细胞间通讯的影响机制 | Brca1突变小鼠乳腺组织中的基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 74 | 2024-08-09 |
Robotic High-Throughput Biomanufacturing and Functional Differentiation of Human Pluripotent Stem Cells
2020-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.08.03.235242
PMID:32793899
|
研究论文 | 本文介绍了一种机器人平台，用于自动化人类诱导多能干细胞（hiPSCs）的高通量生物制造和功能分化 | 开发了一种机器人平台，自动化了hiPSCs的所有关键培养和分化步骤，实现了快速和标准化的生产 | NA | 建立一个集成平台，用于高效的细胞制造，以支持疾病建模、药物筛选和细胞治疗 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其功能分化 | 生物技术 | NA | NA | NA | NA | 最多90种不同的患者和疾病特异性细胞系 |
| 75 | 2024-08-09 |
Predicting antigen specificity of single T cells based on TCR CDR3 regions
2020-08, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199416
PMID:32779888
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研究论文 | 本文提出并评估了一系列深度学习架构，用于基于TCR CDR3区域预测单个T细胞的抗原特异性 | 本文展示了将抗原作为分类结果变量的模型优于联合建模TCR和抗原序列的模型，并证明了通过建模细胞特异性协变量可以减少单细胞免疫组库筛选的变异性 | NA | 利用高吞吐量的单细胞实验数据，建模单个T细胞的特异性 | 单个T细胞的抗原特异性 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | 大量单细胞样本 |
| 76 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq data clustering: A survey with performance comparison study
2020-08, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720020400053
PMID:32795134
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类方法，并进行了全面的性能比较研究 | 首次对现有scRNA-seq数据聚类方法进行了全面的性能比较，揭示了各方法在不同数据集上的表现差异 | 现有方法在复杂结构的数据集上表现不佳，需要进一步研究更稳定、准确和高效的聚类算法 | 填补scRNA-seq数据聚类方法性能评估的空白，帮助用户选择合适的算法 | 13种先进的scRNA-seq数据聚类算法和12个公开的实际scRNA-seq数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 12个公开的实际scRNA-seq数据集 |
| 77 | 2024-08-09 |
Multidimensional study of the heterogeneity of leukemia cells in t(8;21) acute myelogenous leukemia identifies the subtype with poor outcome
2020-08-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2003900117
PMID:32747558
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研究论文 | 本研究通过综合分析免疫表型、RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），揭示了t(8;21)急性髓系白血病中不同分化阶段的三个独特的白血病细胞群体及其与临床预后的关系 | 首次通过多维分析方法揭示了t(8;21)急性髓系白血病中白血病细胞的多维异质性，并确定了与不良预后相关的细胞亚型 | NA | 研究t(8;21)急性髓系白血病中白血病细胞的异质性及其与临床预后的关系 | t(8;21)急性髓系白血病中的白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个时间点的样本 |
| 78 | 2024-08-09 |
hubViz: A Novel Tool for Hub-centric Visualization
2020-Aug-15, Chemometrics and intelligent laboratory systems : an international journal sponsored by the Chemometrics Society
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.chemolab.2020.104071
PMID:32753773
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研究论文 | 本文介绍了一种名为hubViz的新工具，用于二进制数据的中心枢纽可视化 | hubViz是首个专门针对二进制数据并考虑观测值中心性的可视化工具 | 传统的可视化算法如MDS、t-SNE和UMAP未针对二进制数据进行优化，且未考虑观测值的中心性 | 提出并评估hubViz工具在基因表达数据、单细胞RNA测序数据和文献挖掘数据中的应用效果 | 评估hubViz在不同类型基因组数据中的可视化性能 | 计算机视觉 | NA | NA | NA | 二进制数据 | 涉及大鼠暴露于可卡因的多个脑区基因表达数据、外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据以及疾病间关系的文献挖掘数据 |
| 79 | 2024-08-09 |
Author Correction: Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy
2020-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17979-8
PMID:32769982
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correction | 对一篇关于胶质母细胞瘤单细胞RNA测序研究的论文进行修正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-09 |
Enhancing myocardial repair with CardioClusters
2020-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17742-z
PMID:32769998
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研究论文 | 本文研究通过使用CardioClusters（一种由三种不同的心脏来源间质细胞组成的3D结构）来增强心肌修复效果 | 首次报道了使用CardioClusters这种无支架的3D微环境结构，通过scRNA-Seq技术揭示了其表达与干细胞相关的因子、粘附/细胞外基质分子和细胞因子，同时保持与内源性心脏细胞相似的转录组 | 研究仅在预临床的小鼠心肌梗死模型中进行，尚未进行临床试验 | 探索通过细胞疗法改善心脏功能的新方法 | 心肌修复和心脏功能改善 | 细胞疗法 | 心血管疾病 | scRNA-Seq | NA | 转录组数据 | 小鼠模型，追踪20周 |