单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 140 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-09 |
Landscape of Exhausted Virus-Specific CD8 T Cells in Chronic LCMV Infection
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108078
PMID:32846135
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了在慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染期间，从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞的特征 | 揭示了耗竭性CD8 T细胞的异质性，并发现它们具有器官特异性的转录组特征，可以分为五个主要的功能亚群 | NA | 研究慢性LCMV感染中耗竭性病毒特异性CD8 T细胞的特性 | 慢性LCMV感染中的耗竭性CD8 T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-09 |
Isolation of Adipogenic and Fibro-Inflammatory Stromal Cell Subpopulations from Murine Intra-Abdominal Adipose Depots
2020-08-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/61610
PMID:32865529
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研究论文 | 本文描述了从成年小鼠的腹腔内脂肪库中分离脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群的方法 | 利用单细胞测序技术识别了功能上不同的纤维炎症和脂肪生成PDGFRβ+周围血管细胞亚群，并介绍了通过荧光激活细胞分选（FACS）或基于生物素化抗体的免疫磁珠技术分离这些细胞亚群的方法 | NA | 研究在生理或病理条件下，单独研究间质细胞亚群的功能特性，以扩展我们对脂肪组织重塑的当前认识 | 成年小鼠腹腔内脂肪库中的脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群 | NA | NA | 单细胞测序技术，荧光激活细胞分选（FACS），免疫磁珠技术 | NA | 细胞 | 成年小鼠的腹腔内脂肪库中的细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-09 |
Vascular underpinning of COVID-19
2020-08, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.200208
PMID:32847471
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研究论文 | 本文综述了COVID-19的血管基础，包括微血管炎症、细胞因子释放失调、血管通透性增加和促血栓形成状态，并探讨了SARS-CoV-2进入宿主血管细胞的途径及实验设计考虑。 | 首次整合了COVID-19的微血管炎症和细胞因子释放失调的信息，并探讨了SARS-CoV-2进入血管细胞的替代途径。 | NA | 理解COVID-19发病机制的血管基础，以改善治疗结果和降低死亡率。 | COVID-19的血管功能障碍、血栓形成和炎症调节。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 多个器官的病人组织 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-09 |
Cellular diversity of the regenerating caudal fin
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba2084
PMID:32851162
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研究论文 | 本文通过创建单细胞转录组图谱，研究了斑马鱼尾鳍再生过程中基因调控程序的动态变化。 | 首次系统性地描述了再生尾鳍中细胞的组成及其状态转换的分子定义。 | NA | 研究斑马鱼尾鳍再生过程中细胞多样性和基因调控程序的动态变化。 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的细胞类型和基因表达模式。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包括受伤前和受伤后1/2/4天的尾鳍组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-09 |
Tuning parameters of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis
2020-08-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02128-7
PMID:32831127
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研究论文 | 本文通过系统地改变五种方法的可调参数，评估了它们在单细胞RNA测序数据降维中的性能 | 提出了两种自动调整参数的策略，以优化需要参数调整的方法的性能 | 未提及 | 评估不同参数设置对单细胞RNA测序数据降维方法性能的影响 | 五种单细胞RNA测序数据降维方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, ZinbWave, DCA, scVI | 单细胞RNA测序数据 | 150万次实验 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-09 |
Detecting Interactive Gene Groups for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Co-Expression Network Analysis and Subgraph Learning
2020-08-21, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9091938
PMID:32825786
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研究论文 | 本文提出了一种新的学习框架，用于基于共表达网络分析和子图学习检测单细胞RNA-seq数据的交互基因组 | 该方法考虑了基因间的相互作用，通过学习基因共表达网络中的密集子图来检测交互基因组 | NA | 旨在通过检测交互基因组来理解肿瘤异质性 | 单细胞RNA-seq数据的交互基因组 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 子图学习 | 基因共表达网络 | 一个真实的癌症单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-09 |
Natural killer cell immunotypes related to COVID-19 disease severity
2020-08-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abd6832
PMID:32826343
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研究论文 | 本研究使用28色流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了COVID-19患者外周血和支气管肺泡灌洗液中自然杀伤（NK）细胞的激活模式，并识别出与疾病严重程度相关的NK细胞免疫型。 | 首次详细描绘了COVID-19疾病中NK细胞激活的景观，并识别出与疾病严重程度相关的NK细胞免疫型。 | NA | 理解COVID-19中的先天免疫反应，以解码宿主反应机制和解释疾病发病机制。 | COVID-19患者的外周血和支气管肺泡灌洗液中的NK细胞。 | 免疫学 | COVID-19 | 28色流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 血液，支气管肺泡灌洗液 | 多个COVID-19患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-09 |
A sparse Bayesian factor model for the construction of gene co-expression networks from single-cell RNA sequencing count data
2020-Aug-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03707-y
PMID:32811424
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研究论文 | 本文提出了一种新的稀疏贝叶斯因子模型，用于从单细胞RNA测序计数数据构建基因共表达网络 | 该模型通过潜在因子影响每个细胞的基因表达值，能够灵活处理单细胞RNA测序数据中的高比例零值、细胞间变异增加和由于异常大的表达计数导致的过度分散问题 | NA | 开发适用于新型数据（如单细胞RNA测序）的网络方法 | 基因共表达网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏贝叶斯因子模型 | 计数数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-09 |
SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is Enriched in a Subpopulation of Mouse Tongue Epithelial Cells in Nongustatory Papillae but Not in Taste Buds or Embryonic Oral Epithelium
2020-Aug-14, ACS pharmacology & translational science
IF:4.9Q1
DOI:10.1021/acsptsci.0c00062
PMID:32821883
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research paper | 研究分析了SARS-CoV-2受体ACE2在小鼠舌上皮细胞中的表达情况，特别是在非味觉乳头和味蕾中的分布 | 首次揭示了ACE2在新生小鼠口腔上皮中的强烈表达，以及在成年小鼠舌上皮细胞中的特定亚群分布 | 研究主要基于RNA-Seq数据，未涉及实际的病毒感染实验 | 探究SARS-CoV-2受体ACE2在不同发育阶段小鼠口腔上皮中的表达情况及其在味觉丧失中的作用 | 小鼠的口腔上皮细胞，特别是舌部的非味觉乳头和味蕾 | digital pathology | COVID-19 | RNA-Seq | NA | RNA | 包括胚胎和新生小鼠的口腔组织，以及成年小鼠的舌上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-09 |
Visualizing Single-Cell RNA-seq Data with Semisupervised Principal Component Analysis
2020-Aug-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21165797
PMID:32806757
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研究论文 | 本文提出了一种半监督主成分分析（ssPCA）方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的可视化 | ssPCA方法结合了聚类标签进行降维，能够同时最大化数据方差和聚类依赖性，保留数据的局部和全局结构 | ssPCA需要聚类标签作为输入，主要适用于从scRNA-seq聚类软件中可视化聚类 | 开发一种新的方法来可视化scRNA-seq数据，以更有效地提取生物学信息并识别新的细胞亚型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 半监督主成分分析（ssPCA） | 数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-09 |
RNA-Bloom enables reference-free and reference-guided sequence assembly for single-cell transcriptomes
2020-08, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.260174.119
PMID:32817073
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研究论文 | 本文介绍了RNA-Bloom算法，用于单细胞转录组的参考自由和参考引导序列组装 | RNA-Bloom算法能够从多个单细胞转录组中聚合丰富的信息内容，重建细胞特异性异构体，支持无参考和有参考的组装策略 | NA | 开发一种新的组装算法，以解决单细胞转录组分析中异构体序列分析的局限性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 模拟数据集包含384个细胞，真实数据集包含3840个细胞和超过40亿条读取 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-09 |
A novel single-cell based method for breast cancer prognosis
2020-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008133
PMID:32833968
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研究论文 | 本文提出了一种新的基于单细胞的乳腺癌预后方法scPrognosis，利用单细胞RNA测序数据提高乳腺癌预后准确性 | scPrognosis方法通过分析Epithelial-to-Mesenchymal Transition (EMT)过程中的单细胞RNA测序数据，推断EMT伪时间并构建动态基因共表达网络，从而选择在EMT不同阶段表达变化和分化中起重要作用的基因 | 目前仅在乳腺癌预后中验证了该方法的有效性，尚未在其他癌症类型或其他生物过程中进行广泛验证 | 提高乳腺癌预后的准确性 | 乳腺癌的预后 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of the Cynomolgus Macaque Testis Reveals Conserved Transcriptional Profiles during Mammalian Spermatogenesis
2020-08-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.07.018
PMID:32795394
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了食蟹猴睾丸细胞，揭示了哺乳动物精子发生过程中的保守转录谱 | 本文首次提供了食蟹猴睾丸细胞的高分辨率单细胞RNA测序图谱，并详细描述了精子发生过程中的转录变化，特别是DNA损伤反应途径基因在维持基因组完整性和影响减数分裂性染色体失活中的双重作用 | NA | 研究哺乳动物精子发生过程中的转录谱和基因表达变化 | 食蟹猴的睾丸细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个食蟹猴睾丸细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-09 |
Coupled scRNA-Seq and Intracellular Protein Activity Reveal an Immunosuppressive Role of TREM2 in Cancer
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.032
PMID:32783915
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INs-seq的综合技术，该技术能够大规模并行记录单细胞RNA测序和细胞内蛋白质活性，并揭示了TREM2在癌症中的免疫抑制作用 | 引入了一种新的综合技术INs-seq，用于同时记录单细胞RNA测序和细胞内蛋白质活性，有助于发现新的免疫亚群和细胞功能 | NA | 开发和验证一种新的技术INs-seq，用于揭示肿瘤模型中细胞的转录和细胞内活动 | 肿瘤模型中的Arg1 Trem2调节性髓系（Mreg）细胞及其相关标记、代谢活性和通路 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-09 |
TREM2 Modulation Remodels the Tumor Myeloid Landscape Enhancing Anti-PD-1 Immunotherapy
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.07.013
PMID:32783918
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research paper | 本文研究了TREM2在调节肿瘤髓系细胞景观中的作用，并探讨了其对PD-1免疫疗法的影响 | 发现TREM2的调节可以改变肿瘤髓系细胞的组成，增强PD-1免疫疗法的效果 | NA | 研究TREM2在肿瘤髓系细胞中的作用及其对PD-1免疫疗法的影响 | TREM2在肿瘤髓系细胞中的表达及其对肿瘤生长的影响 | NA | cancer | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 超过200个人类癌症病例 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-09 |
XJB-5-131 inhibited ferroptosis in tubular epithelial cells after ischemia-reperfusion injury
2020-08-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-020-02871-6
PMID:32796819
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研究论文 | 研究探讨了XJB-5-131在抑制缺血-再灌注损伤后肾小管上皮细胞铁死亡中的作用 | 发现XJB-5-131通过特异性抑制铁死亡而非坏死和焦亡，减轻了小鼠的缺血-再灌注诱导的肾脏损伤和炎症 | NA | 研究铁死亡在肾小管损伤中的作用及XJB-5-131作为治疗策略的潜力 | 肾小管上皮细胞在缺血-再灌注损伤后的铁死亡 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涉及人类肾脏疾病和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-09 |
Distinct fibroblast subsets regulate lacteal integrity through YAP/TAZ-induced VEGF-C in intestinal villi
2020-08-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17886-y
PMID:32796823
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研究论文 | 本文探讨了肠道间质细胞（IntSCs）在维持肠道稳态中的作用，特别是通过YAP/TAZ诱导的VEGF-C在肠绒毛中调节乳糜管完整性的机制 | 首次揭示了肠绒毛间质细胞的异质性，并阐明了特定亚型的肠绒毛成纤维细胞通过YAP/TAZ诱导的VEGF-C分泌调节乳糜管完整性的新机制 | NA | 研究肠道间质细胞在维持肠道稳态中的作用及其对乳糜管结构和功能的影响 | 肠道间质细胞（IntSCs）和乳糜管 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-09 |
Maximizing transcription of nucleic acids with efficient T7 promoters
2020-08-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01167-x
PMID:32796901
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研究论文 | 本研究通过5'RACE-Seq筛选T7启动子的随机初始转录区域，发现位置+4至+8的序列影响T7启动子活性，并鉴定出能显著增强转录输出的启动子变体，提高了体外转录反应的产量。此外，引入CEL-Seq方法，使用优化的T7启动子放大cDNA，用于单细胞RNA测序，显著提高了文库复杂性和每个细胞检测到的表达基因数量。 | 本研究发现了影响T7启动子活性的关键序列，并优化了启动子以提高转录效率，特别是在单细胞RNA测序中的应用。 | NA | 旨在优化T7启动子以提高体外转录反应的产量和单细胞RNA测序的效率。 | T7启动子的转录活性和其在单细胞RNA测序中的应用。 | 分子生物学 | NA | 5'RACE-Seq, 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-09 |
Cellular and molecular properties of neural progenitors in the developing mammalian hypothalamus
2020-08-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17890-2
PMID:32792525
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研究论文 | 本文探讨了哺乳动物发育中的下丘脑神经前体细胞的细胞和分子特性 | 首次发现下丘脑放射状胶质（hRG）和下丘脑髓区放射状胶质（hmRG）细胞作为神经前体细胞，并使用单细胞RNA测序揭示人类发育中下丘脑的前体细胞亚型及其特定基因 | NA | 研究下丘脑神经前体细胞的细胞和分子特性，以增进对神经发生和非分层下丘脑区域形成的理解 | 下丘脑的神经前体细胞及其在发育中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-09 |
Runx2+ Niche Cells Maintain Incisor Mesenchymal Tissue Homeostasis through IGF Signaling
2020-08-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108007
PMID:32783935
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了成年小鼠门齿中Gli1+间充质干细胞的异质性，并识别出Runx2+/Gli1+细胞亚群，这些细胞通过IGF信号通路维持间充质干细胞微环境的稳态 | 首次识别并描述了Runx2+/Gli1+细胞亚群在维持间充质干细胞微环境中的作用，并通过ATAC-seq和染色质免疫沉淀揭示了Runx2直接结合Igfbp3的机制 | NA | 研究间充质干细胞微环境的维持机制及其在组织稳态中的作用 | 成年小鼠门齿中的间充质干细胞及其微环境 | NA | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 染色质免疫沉淀 | NA | RNA序列, 染色质可及性数据 | 成年小鼠门齿样本 | NA | NA | NA | NA |