单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Characterization of Diabetic and Non-Diabetic Foot Ulcers Using Single-Cell RNA-Sequencing 2020-Aug-28, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi11090815 PMID:32872278	研究论文	本文探讨了使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术分析临床获取的人类慢性伤口样本的可行性，并对糖尿病和非糖尿病足溃疡组织进行了比较分析	本文采用了优化的10X Genomics scRNA-seq平台和针对低产量样本的改进数据处理流程，成功识别了糖尿病和非糖尿病组织中的不同细胞亚型及其转录程序	本文面临的挑战包括组织活力、细胞产量和延迟捕获时间等问题，特别是慢性伤口中的大量纤维蛋白碎片、细胞外基质成分和非活细胞	评估单细胞RNA测序技术在分析临床获取的人类慢性伤口样本中的应用	糖尿病和非糖尿病足溃疡组织	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	139,000个糖尿病和非糖尿病伤口细胞
42	2024-08-09	Δ9-Tetrahydrocannabinol Prevents Mortality from Acute Respiratory Distress Syndrome through the Induction of Apoptosis in Immune Cells, Leading to Cytokine Storm Suppression 2020-Aug-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21176244 PMID:32872332	研究论文	研究探讨了Δ9-四氢大麻酚（THC）通过诱导免疫细胞凋亡来减轻急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的机制	首次揭示了THC通过激活大麻素受体，诱导免疫细胞凋亡，从而抑制细胞因子风暴，提高ARDS小鼠的生存率	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证THC的治疗效果	探索THC减轻ARDS的机制，为COVID-19相关的ARDS治疗提供新策略	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）及其与COVID-19的关系	NA	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序，转录组分析，代谢组分析	NA	RNA序列，代谢物浓度	使用C3H小鼠模型，进行了人类COVID-19患者的基因表达数据分析
43	2024-08-09	Identification of the key gene and pathways associated with osteoarthritis via single-cell RNA sequencing on synovial fibroblasts 2020-Aug-14, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000021707 PMID:32872047	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析滑膜成纤维细胞，旨在识别与骨关节炎相关的关键基因和通路	首次通过单细胞RNA测序技术在滑膜成纤维细胞中识别出与骨关节炎发生密切相关的关键基因FN1及其相关通路	NA	探索与骨关节炎发生相关的关键基因和通路	骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因数据	来自骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞数据
44	2024-08-09	Effects of Cryopreservation and Thawing on Single-Cell Transcriptomes of Human T Cells 2020-Aug, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2020.20.e34 PMID:32895621	研究论文	研究了冷冻保存和解冻过程对人类T细胞单细胞转录组的影响	首次详细探讨了冷冻保存和解冻对PBMCs中Tregs分子特征的影响	需要谨慎解释使用冷冻保存和解冻样本进行scRNA-seq时与热休克相关特性的细胞簇	探究冷冻保存和解冻对人类免疫学实验中PBMCs转录组的影响	人类T细胞的单细胞转录组	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自同一捐赠者的PBMCs样本
45	2024-08-09	A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data 2020-08-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17900-3 PMID:32859930	研究论文	本文介绍了一种无需依赖细胞聚类即可预测单细胞转录组数据中差异表达基因的方法singleCellHaystack	该方法使用Kullback-Leibler散度来识别在多维空间中非随机定位的细胞子集中表达的基因，相比现有方法具有更高的准确性	NA	开发一种不依赖细胞聚类的新方法来预测单细胞转录组数据中的差异表达基因	单细胞转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	136个真实转录组数据集和一个空间转录组数据集
46	2024-08-09	A systematic evaluation of single-cell RNA-sequencing imputation methods 2020-08-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02132-x PMID:32854757	研究论文	本文系统评估了18种单细胞RNA测序（scRNA-seq）插补方法的准确性和可用性	首次系统性地比较了多种scRNA-seq插补方法，并评估了它们在下游分析中的表现	大多数插补方法在下游分析中的表现并未优于无插补方法，特别是在聚类和轨迹分析中	评估scRNA-seq插补方法的性能，以确定其在恢复基因表达和下游分析中的有效性	18种scRNA-seq插补方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自细胞系和组织的样本，以及基于板和液滴的单细胞平台的数据
47	2024-08-09	High-Quality Draft Single-Cell Genome Sequences of Two Gammaproteobacteria Strains Sampled from Soil in a Strawberry Farm 2020-Aug-27, Microbiology resource announcements IF:0.7Q4 DOI:10.1128/MRA.00743-20 PMID:32855250	研究论文	本文介绍了从草莓农场土壤中采集的两个Gammaproteobacteria菌株BBSC-SA01和BBSC-SA02的高质量单细胞基因组草图序列	这些草图基因组可能代表了新的物种，并为进一步研究土壤微生物组提供了可能	NA	研究草莓农场土壤中的Gammaproteobacteria菌株的单细胞基因组	Gammaproteobacteria菌株BBSC-SA01和BBSC-SA02	NA	NA	单细胞测序平台bit-MAP	NA	基因组序列	两个菌株样本
48	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of Colon Cancer Cell Response to 5-Fluorouracil-Induced DNA Damage 2020-08-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108077 PMID:32846134	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的异质性细胞命运响应	研究仅限于细胞培养模型，未涉及临床样本	探究结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应	结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一个结直肠癌细胞群体
49	2024-08-09	Landscape of Exhausted Virus-Specific CD8 T Cells in Chronic LCMV Infection 2020-08-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108078 PMID:32846135	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了在慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染期间，从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞的特征	揭示了耗竭性CD8 T细胞的异质性，并发现它们具有器官特异性的转录组特征，可以分为五个主要的功能亚群	NA	研究慢性LCMV感染中耗竭性病毒特异性CD8 T细胞的特性	慢性LCMV感染中的耗竭性CD8 T细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞
50	2024-08-09	OscoNet: inferring oscillatory gene networks 2020-Aug-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03561-y PMID:32838730	研究论文	本文提出了一种改进的优化方案OscoNet，用于从单细胞RNA-seq数据中识别振荡基因网络，并提供了一种校准良好的非参数假设检验方法来选择振荡基因	OscoNet通过改进优化方案和提供非参数假设检验方法，提高了对振荡基因的检测灵敏度，并能更准确地恢复基因簇的真实细胞顺序	NA	旨在从单细胞数据中发现振荡基因网络	振荡基因及其在生物学中的作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及合成数据和三个真实数据集
51	2024-08-09	Isolation of Adipogenic and Fibro-Inflammatory Stromal Cell Subpopulations from Murine Intra-Abdominal Adipose Depots 2020-08-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/61610 PMID:32865529	研究论文	本文描述了从成年小鼠的腹腔内脂肪库中分离脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群的方法	利用单细胞测序技术识别了功能上不同的纤维炎症和脂肪生成PDGFRβ+周围血管细胞亚群，并介绍了通过荧光激活细胞分选（FACS）或基于生物素化抗体的免疫磁珠技术分离这些细胞亚群的方法	NA	研究在生理或病理条件下，单独研究间质细胞亚群的功能特性，以扩展我们对脂肪组织重塑的当前认识	成年小鼠腹腔内脂肪库中的脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群	NA	NA	单细胞测序技术，荧光激活细胞分选（FACS），免疫磁珠技术	NA	细胞	成年小鼠的腹腔内脂肪库中的细胞亚群
52	2024-08-09	Vascular underpinning of COVID-19 2020-08, Open biology IF:4.5Q1 DOI:10.1098/rsob.200208 PMID:32847471	研究论文	本文综述了COVID-19的血管基础，包括微血管炎症、细胞因子释放失调、血管通透性增加和促血栓形成状态，并探讨了SARS-CoV-2进入宿主血管细胞的途径及实验设计考虑。	首次整合了COVID-19的微血管炎症和细胞因子释放失调的信息，并探讨了SARS-CoV-2进入血管细胞的替代途径。	NA	理解COVID-19发病机制的血管基础，以改善治疗结果和降低死亡率。	COVID-19的血管功能障碍、血栓形成和炎症调节。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	组织	多个器官的病人组织
53	2024-08-09	Heterotypic cell-cell communication regulates glandular stem cell multipotency 2020-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2632-y PMID:32848220	研究论文	研究显示，在腺体上皮中，LCs的缺失会重新激活BSCs的多能性，并通过RNA测序揭示了BSCs在LCs缺失后激活的混合基底和腔细胞分化程序。	首次揭示了LCs与BCs之间的异型细胞间通讯对于维持腺体上皮干细胞谱系忠实性的重要性。	NA	探讨腺体上皮干细胞多能性的调控机制。	腺体上皮的基底细胞（BCs）和腔细胞（LCs）。	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠体内的多个上皮组织和体外器官培养模型。
54	2024-08-09	Cellular diversity of the regenerating caudal fin 2020-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba2084 PMID:32851162	研究论文	本文通过创建单细胞转录组图谱，研究了斑马鱼尾鳍再生过程中基因调控程序的动态变化。	首次系统性地描述了再生尾鳍中细胞的组成及其状态转换的分子定义。	NA	研究斑马鱼尾鳍再生过程中细胞多样性和基因调控程序的动态变化。	斑马鱼尾鳍再生过程中的细胞类型和基因表达模式。	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	包括受伤前和受伤后1/2/4天的尾鳍组织样本
55	2024-08-09	Tuning parameters of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis 2020-08-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02128-7 PMID:32831127	研究论文	本文通过系统地改变五种方法的可调参数，评估了它们在单细胞RNA测序数据降维中的性能	提出了两种自动调整参数的策略，以优化需要参数调整的方法的性能	未提及	评估不同参数设置对单细胞RNA测序数据降维方法性能的影响	五种单细胞RNA测序数据降维方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA, ZinbWave, DCA, scVI	单细胞RNA测序数据	150万次实验
56	2024-08-09	Detecting Interactive Gene Groups for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Co-Expression Network Analysis and Subgraph Learning 2020-08-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9091938 PMID:32825786	研究论文	本文提出了一种新的学习框架，用于基于共表达网络分析和子图学习检测单细胞RNA-seq数据的交互基因组	该方法考虑了基因间的相互作用，通过学习基因共表达网络中的密集子图来检测交互基因组	NA	旨在通过检测交互基因组来理解肿瘤异质性	单细胞RNA-seq数据的交互基因组	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序	子图学习	基因共表达网络	一个真实的癌症单细胞RNA-seq数据集
57	2024-08-09	Natural killer cell immunotypes related to COVID-19 disease severity 2020-08-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abd6832 PMID:32826343	研究论文	本研究使用28色流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了COVID-19患者外周血和支气管肺泡灌洗液中自然杀伤（NK）细胞的激活模式，并识别出与疾病严重程度相关的NK细胞免疫型。	首次详细描绘了COVID-19疾病中NK细胞激活的景观，并识别出与疾病严重程度相关的NK细胞免疫型。	NA	理解COVID-19中的先天免疫反应，以解码宿主反应机制和解释疾病发病机制。	COVID-19患者的外周血和支气管肺泡灌洗液中的NK细胞。	免疫学	COVID-19	28色流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液，支气管肺泡灌洗液	多个COVID-19患者的样本
58	2024-08-09	A sparse Bayesian factor model for the construction of gene co-expression networks from single-cell RNA sequencing count data 2020-Aug-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03707-y PMID:32811424	研究论文	本文提出了一种新的稀疏贝叶斯因子模型，用于从单细胞RNA测序计数数据构建基因共表达网络	该模型通过潜在因子影响每个细胞的基因表达值，能够灵活处理单细胞RNA测序数据中的高比例零值、细胞间变异增加和由于异常大的表达计数导致的过度分散问题	NA	开发适用于新型数据（如单细胞RNA测序）的网络方法	基因共表达网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏贝叶斯因子模型	计数数据	NA
59	2024-08-09	SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is Enriched in a Subpopulation of Mouse Tongue Epithelial Cells in Nongustatory Papillae but Not in Taste Buds or Embryonic Oral Epithelium 2020-Aug-14, ACS pharmacology & translational science IF:4.9Q1 DOI:10.1021/acsptsci.0c00062 PMID:32821883	research paper	研究分析了SARS-CoV-2受体ACE2在小鼠舌上皮细胞中的表达情况，特别是在非味觉乳头和味蕾中的分布	首次揭示了ACE2在新生小鼠口腔上皮中的强烈表达，以及在成年小鼠舌上皮细胞中的特定亚群分布	研究主要基于RNA-Seq数据，未涉及实际的病毒感染实验	探究SARS-CoV-2受体ACE2在不同发育阶段小鼠口腔上皮中的表达情况及其在味觉丧失中的作用	小鼠的口腔上皮细胞，特别是舌部的非味觉乳头和味蕾	digital pathology	COVID-19	RNA-Seq	NA	RNA	包括胚胎和新生小鼠的口腔组织，以及成年小鼠的舌上皮细胞
60	2024-08-09	Visualizing Single-Cell RNA-seq Data with Semisupervised Principal Component Analysis 2020-Aug-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21165797 PMID:32806757	研究论文	本文提出了一种半监督主成分分析（ssPCA）方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的可视化	ssPCA方法结合了聚类标签进行降维，能够同时最大化数据方差和聚类依赖性，保留数据的局部和全局结构	ssPCA需要聚类标签作为输入，主要适用于从scRNA-seq聚类软件中可视化聚类	开发一种新的方法来可视化scRNA-seq数据，以更有效地提取生物学信息并识别新的细胞亚型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督主成分分析（ssPCA）	数据	NA