单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 140 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-08 |
Surveying brain tumor heterogeneity by single-cell RNA-sequencing of multi-sector biopsies
2020-Aug, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa099
PMID:34692159
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序与多区域活检，分析了13名中国胶质瘤患者的单细胞表达谱，揭示了胶质瘤不同亚区域间的侵袭模式 | 首次提供了人类胶质瘤细胞状态的空间级分析，并展示了胶质瘤细胞与周围微环境之间分子对话的初始分子图谱 | NA | 探索驱动脑肿瘤进展和异质性的机制 | 胶质瘤的单细胞表达谱及其与周围微环境的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞表达谱 | 13名中国胶质瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals the immune escape and drug resistance mechanisms of mantle cell lymphoma
2020-08-15, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了套细胞淋巴瘤的免疫逃逸和药物抗性机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了套细胞淋巴瘤中多种细胞亚群的免疫逃逸和药物抗性机制 | 研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题 | 探索套细胞淋巴瘤的免疫逃逸和药物抗性机制 | 套细胞淋巴瘤中的细胞亚群及其免疫逃逸和药物抗性相关基因 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约4000个骨髓细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-09 |
Identification of hub genes in diabetic kidney disease via multiple-microarray analysis
2020-Aug, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-20-5171
PMID:32953797
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研究论文 | 本研究通过重新分析三个mRNA微阵列数据集，包括一个单细胞RNA测序数据集，旨在识别与糖尿病肾病相关的关键基因，并增进对糖尿病肾病发病机制的理解。 | 本研究利用单细胞RNA测序数据集进行多微阵列分析，识别了17个关键基因，丰富了细胞水平上糖尿病肾病发病机制的理解，并为诊断和治疗提供了候选靶点。 | NA | 识别与糖尿病肾病相关的关键基因，增进对糖尿病肾病发病机制的理解。 | 糖尿病肾病的关键基因及其在发病机制中的作用。 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | mRNA微阵列分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三个数据集：GSE131882, GSE30122, GSE30529 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-09 |
Percutaneous liver biopsy: another option of hepatic sample collection approach in single-cell sequencing studies?
2020-Aug, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm.2020.04.23
PMID:32953833
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cell lineage specification in temporal-spatial patterns in human cortical development
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz2978
PMID:32923614
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析了人类胚胎和胎儿期大脑皮质四个脑叶和脑桥的细胞谱系特化过程 | 发现了先前未知的短暂性神经前体细胞亚型及其分子特征，并阐明了人类深层、上层和成熟神经元的神经发生路径及分子调控机制 | NA | 揭示人类皮质发育中的细胞谱系特化和分子调控机制 | 人类胚胎和胎儿期大脑皮质的神经前体细胞、神经元和胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及人类胚胎和胎儿期大脑皮质四个脑叶和脑桥的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies shared differentiation paths of mouse thymic innate T cells
2020-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18155-8
PMID:32868763
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠胸腺中固有T细胞（包括iNKT、MAIT和γδ T细胞）的效应分化路径，并发现这些细胞类型在胸腺中成熟过程中共享转录组特征 | 首次展示了iNKT、MAIT和γδ T细胞在小鼠胸腺中通过共享的分支分化路径成熟，而非线性成熟或TCR介导的指令 | NA | 探究小鼠胸腺中固有T细胞的效应分化路径及其发育调控机制 | 小鼠胸腺中的iNKT、MAIT和γδ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠胸腺和人类肝脏样本中的固有T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous transcriptional signatures in macrophages during efferocytosis
2020-08-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-70353-y
PMID:32868786
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了在吞噬凋亡细胞过程中巨噬细胞的异质性转录特征 | 首次在单细胞水平上解析了巨噬细胞在吞噬凋亡细胞过程中的转录多样性，特别是不同亚群巨噬细胞的转录响应差异 | 研究仅限于体外培养的巨噬细胞与凋亡细胞共培养体系，可能与体内环境存在差异 | 探究吞噬凋亡细胞过程中巨噬细胞的转录异质性 | 巨噬细胞及其在吞噬凋亡细胞过程中的转录响应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个巨噬细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-09 |
Characterization of Diabetic and Non-Diabetic Foot Ulcers Using Single-Cell RNA-Sequencing
2020-Aug-28, Micromachines
IF:3.0Q2
DOI:10.3390/mi11090815
PMID:32872278
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研究论文 | 本文探讨了使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术分析临床获取的人类慢性伤口样本的可行性，并对糖尿病和非糖尿病足溃疡组织进行了比较分析 | 本文采用了优化的10X Genomics scRNA-seq平台和针对低产量样本的改进数据处理流程，成功识别了糖尿病和非糖尿病组织中的不同细胞亚型及其转录程序 | 本文面临的挑战包括组织活力、细胞产量和延迟捕获时间等问题，特别是慢性伤口中的大量纤维蛋白碎片、细胞外基质成分和非活细胞 | 评估单细胞RNA测序技术在分析临床获取的人类慢性伤口样本中的应用 | 糖尿病和非糖尿病足溃疡组织 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 139,000个糖尿病和非糖尿病伤口细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-09 |
Δ9-Tetrahydrocannabinol Prevents Mortality from Acute Respiratory Distress Syndrome through the Induction of Apoptosis in Immune Cells, Leading to Cytokine Storm Suppression
2020-Aug-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21176244
PMID:32872332
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研究论文 | 研究探讨了Δ9-四氢大麻酚（THC）通过诱导免疫细胞凋亡来减轻急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的机制 | 首次揭示了THC通过激活大麻素受体，诱导免疫细胞凋亡，从而抑制细胞因子风暴，提高ARDS小鼠的生存率 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证THC的治疗效果 | 探索THC减轻ARDS的机制，为COVID-19相关的ARDS治疗提供新策略 | 急性呼吸窘迫综合征（ARDS）及其与COVID-19的关系 | NA | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序，转录组分析，代谢组分析 | NA | RNA序列，代谢物浓度 | 使用C3H小鼠模型，进行了人类COVID-19患者的基因表达数据分析 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
Identification of the key gene and pathways associated with osteoarthritis via single-cell RNA sequencing on synovial fibroblasts
2020-Aug-14, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000021707
PMID:32872047
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析滑膜成纤维细胞，旨在识别与骨关节炎相关的关键基因和通路 | 首次通过单细胞RNA测序技术在滑膜成纤维细胞中识别出与骨关节炎发生密切相关的关键基因FN1及其相关通路 | NA | 探索与骨关节炎发生相关的关键基因和通路 | 骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因数据 | 来自骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-09 |
Effects of Cryopreservation and Thawing on Single-Cell Transcriptomes of Human T Cells
2020-Aug, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2020.20.e34
PMID:32895621
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研究论文 | 研究了冷冻保存和解冻过程对人类T细胞单细胞转录组的影响 | 首次详细探讨了冷冻保存和解冻对PBMCs中Tregs分子特征的影响 | 需要谨慎解释使用冷冻保存和解冻样本进行scRNA-seq时与热休克相关特性的细胞簇 | 探究冷冻保存和解冻对人类免疫学实验中PBMCs转录组的影响 | 人类T细胞的单细胞转录组 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自同一捐赠者的PBMCs样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data
2020-08-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17900-3
PMID:32859930
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研究论文 | 本文介绍了一种无需依赖细胞聚类即可预测单细胞转录组数据中差异表达基因的方法singleCellHaystack | 该方法使用Kullback-Leibler散度来识别在多维空间中非随机定位的细胞子集中表达的基因，相比现有方法具有更高的准确性 | NA | 开发一种不依赖细胞聚类的新方法来预测单细胞转录组数据中的差异表达基因 | 单细胞转录组数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 136个真实转录组数据集和一个空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
A systematic evaluation of single-cell RNA-sequencing imputation methods
2020-08-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02132-x
PMID:32854757
|
研究论文 | 本文系统评估了18种单细胞RNA测序（scRNA-seq）插补方法的准确性和可用性 | 首次系统性地比较了多种scRNA-seq插补方法，并评估了它们在下游分析中的表现 | 大多数插补方法在下游分析中的表现并未优于无插补方法，特别是在聚类和轨迹分析中 | 评估scRNA-seq插补方法的性能，以确定其在恢复基因表达和下游分析中的有效性 | 18种scRNA-seq插补方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了来自细胞系和组织的样本，以及基于板和液滴的单细胞平台的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
High-Quality Draft Single-Cell Genome Sequences of Two Gammaproteobacteria Strains Sampled from Soil in a Strawberry Farm
2020-Aug-27, Microbiology resource announcements
IF:0.7Q4
DOI:10.1128/MRA.00743-20
PMID:32855250
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研究论文 | 本文介绍了从草莓农场土壤中采集的两个Gammaproteobacteria菌株BBSC-SA01和BBSC-SA02的高质量单细胞基因组草图序列 | 这些草图基因组可能代表了新的物种，并为进一步研究土壤微生物组提供了可能 | NA | 研究草莓农场土壤中的Gammaproteobacteria菌株的单细胞基因组 | Gammaproteobacteria菌株BBSC-SA01和BBSC-SA02 | NA | NA | 单细胞测序平台bit-MAP | NA | 基因组序列 | 两个菌株样本 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Colon Cancer Cell Response to 5-Fluorouracil-Induced DNA Damage
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108077
PMID:32846134
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的异质性细胞命运响应 | 研究仅限于细胞培养模型，未涉及临床样本 | 探究结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应 | 结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一个结直肠癌细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Landscape of Exhausted Virus-Specific CD8 T Cells in Chronic LCMV Infection
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108078
PMID:32846135
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了在慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染期间，从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞的特征 | 揭示了耗竭性CD8 T细胞的异质性，并发现它们具有器官特异性的转录组特征，可以分为五个主要的功能亚群 | NA | 研究慢性LCMV感染中耗竭性病毒特异性CD8 T细胞的特性 | 慢性LCMV感染中的耗竭性CD8 T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Isolation of Adipogenic and Fibro-Inflammatory Stromal Cell Subpopulations from Murine Intra-Abdominal Adipose Depots
2020-08-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/61610
PMID:32865529
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研究论文 | 本文描述了从成年小鼠的腹腔内脂肪库中分离脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群的方法 | 利用单细胞测序技术识别了功能上不同的纤维炎症和脂肪生成PDGFRβ+周围血管细胞亚群，并介绍了通过荧光激活细胞分选（FACS）或基于生物素化抗体的免疫磁珠技术分离这些细胞亚群的方法 | NA | 研究在生理或病理条件下，单独研究间质细胞亚群的功能特性，以扩展我们对脂肪组织重塑的当前认识 | 成年小鼠腹腔内脂肪库中的脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群 | NA | NA | 单细胞测序技术，荧光激活细胞分选（FACS），免疫磁珠技术 | NA | 细胞 | 成年小鼠的腹腔内脂肪库中的细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
Vascular underpinning of COVID-19
2020-08, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.200208
PMID:32847471
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研究论文 | 本文综述了COVID-19的血管基础，包括微血管炎症、细胞因子释放失调、血管通透性增加和促血栓形成状态，并探讨了SARS-CoV-2进入宿主血管细胞的途径及实验设计考虑。 | 首次整合了COVID-19的微血管炎症和细胞因子释放失调的信息，并探讨了SARS-CoV-2进入血管细胞的替代途径。 | NA | 理解COVID-19发病机制的血管基础，以改善治疗结果和降低死亡率。 | COVID-19的血管功能障碍、血栓形成和炎症调节。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 多个器官的病人组织 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Cellular diversity of the regenerating caudal fin
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba2084
PMID:32851162
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研究论文 | 本文通过创建单细胞转录组图谱，研究了斑马鱼尾鳍再生过程中基因调控程序的动态变化。 | 首次系统性地描述了再生尾鳍中细胞的组成及其状态转换的分子定义。 | NA | 研究斑马鱼尾鳍再生过程中细胞多样性和基因调控程序的动态变化。 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的细胞类型和基因表达模式。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包括受伤前和受伤后1/2/4天的尾鳍组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
Tuning parameters of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis
2020-08-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02128-7
PMID:32831127
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研究论文 | 本文通过系统地改变五种方法的可调参数，评估了它们在单细胞RNA测序数据降维中的性能 | 提出了两种自动调整参数的策略，以优化需要参数调整的方法的性能 | 未提及 | 评估不同参数设置对单细胞RNA测序数据降维方法性能的影响 | 五种单细胞RNA测序数据降维方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, ZinbWave, DCA, scVI | 单细胞RNA测序数据 | 150万次实验 | NA | NA | NA | NA |