单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 140 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-05 |
Social reprogramming in ants induces longevity-associated glia remodeling
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba9869
PMID:32875108
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研究论文 | 本文探讨了社会性昆虫中工蚁转变为类女王状态对神经胶质细胞重塑及寿命的影响 | 发现社交行为的重编程与神经保护胶质细胞的扩展相关，揭示了工蚁转变为gamergate对寿命延长的影响 | 研究主要集中在特定的社交转变上，可能无法广泛适用于所有社交昆虫 | 探索社会性昆虫中工作形式与寿命之间的关系及其机制 | 研究对象是社会性昆虫中的工蚁与gamergate状态的比较 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-05 |
Tumor-infiltrating CD39+CD8+ T cells determine poor prognosis and immune evasion in clear cell renal cell carcinoma patients
2020-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-020-02563-2
PMID:32306075
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研究论文 | 该研究评估了肾透明细胞癌患者中肿瘤浸润CD39+CD8+ T细胞的临床价值 | 首次展示了CD39+CD8+ T细胞积累与肾透明细胞癌差预后的相关性 | 研究基于回顾性队列，缺乏前瞻性验证 | 探究CD39+CD8+ T细胞在肾透明细胞癌中的预后价值及其作为潜在治疗靶点 | 243例肾透明细胞癌患者的肿瘤微环境及其免疫细胞功能 | 数字病理学 | 肾癌 | 免疫组化分析，流式细胞术，生物信息学分析 | Kaplan-Meier分析，COX回归模型 | 样本 | 243例肾透明细胞癌患者，48个新鲜肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-07 |
The cellular and molecular landscape of hypothalamic patterning and differentiation from embryonic to late postnatal development
2020-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18231-z
PMID:32868762
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了从胚胎期到晚期新生期小鼠下丘脑的基因表达模式和细胞命运特化 | 首次系统地描绘了小鼠下丘脑发育过程中所有主要细胞类型的发育轨迹，并区分了下丘脑的主要区域划分 | NA | 识别控制下丘脑发育的基因，并理解其分子机制 | 小鼠下丘脑的细胞和分子景观 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 12个发育时间点的小鼠下丘脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-07 |
Heterogeneous expression of the SARS-Coronavirus-2 receptor ACE2 in the human respiratory tract
2020-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.22.056127
PMID:32577664
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫组织化学技术，系统研究了人呼吸道中SARS-CoV-2受体ACE2的异质性表达及其与COVID-19严重程度风险因素的关联 | 首次详细描述了ACE2蛋白在人呼吸道中的具体定位及其与COVID-19易感性因素的关系 | NA | 探究SARS-CoV-2受体ACE2在人呼吸道中的表达模式及其与COVID-19严重程度的关系 | 人呼吸道中的ACE2蛋白表达及其与COVID-19风险因素的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO
2020-08-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02116-x
PMID:32767996
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MAESTRO的综合开源计算工作流程，用于整合来自多个平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | MAESTRO通过在单细胞水平上建模基因调控潜力，改进了现有方法在scRNA-seq和scATAC-seq之间整合细胞簇的性能 | NA | 开发一种新的计算工作流程，用于整合和分析单细胞转录组和调控组数据 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 转录组数据，调控组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-07 |
Multiplexed single-cell transcriptional response profiling to define cancer vulnerabilities and therapeutic mechanism of action
2020-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17440-w
PMID:32855387
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研究论文 | 本文开发了一种名为MIX-Seq的方法，用于在单细胞分辨率下对多种细胞背景中的扰动后转录组反应进行多重转录组分析 | MIX-Seq方法结合了单细胞RNA测序和基于SNP的计算解复用技术，能够在单细胞水平上对多种细胞背景中的扰动反应进行高效分析 | NA | 定义癌症的脆弱性和治疗机制 | 癌症细胞对药物或遗传扰动的转录组反应 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 100个或更多的癌症细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals β Cell Maturation in Stem Cell-Derived Islets after Transplantation
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108067
PMID:32846125
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了移植后干细胞衍生的胰岛β细胞的成熟过程 | 首次详细描述了移植后干细胞衍生的β细胞在转录水平和功能上的成熟变化 | NA | 探究干细胞衍生的胰岛β细胞在移植后的成熟过程 | 干细胞衍生的胰岛β细胞及其成熟过程 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
Differentiation of Human Intestinal Organoids with Endogenous Vascular Endothelial Cells
2020-08-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.07.023
PMID:32841595
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研究论文 | 本文开发了一种方法来扩展和维持人肠道类器官（HIOs）中内源性内皮细胞（ECs）的群体，形成血管化的HIOs（vHIOs） | 首次在HIOs中维持和扩展内源性内皮细胞群体，并展示了这些细胞与原生肠道内皮细胞的高度相似性 | NA | 研究如何扩展和维持人肠道类器官中的内源性内皮细胞群体 | 人多能干细胞衍生的肠道类器官及其内皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Advancing brain barriers RNA sequencing: guidelines from experimental design to publication
2020-Aug-18, Fluids and barriers of the CNS
IF:5.9Q1
DOI:10.1186/s12987-020-00207-2
PMID:32811511
|
研究论文 | 本文基于欧洲博士培训网络BtRAIN的经验，为脑屏障RNA测序研究提供从实验设计到发表的指南 | 提出了下一代转录组分析在脑屏障研究中的新资源，强调了跨学科合作在RNA-Seq研究中的重要性 | NA | 旨在深化对脑屏障分子机制的理解，并促进脑屏障研究者与生物信息学家的合作 | 脊椎动物的脑屏障，特别是内皮血脑屏障和上皮血脑脊液屏障 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA-Seq数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Demystifying "drop-outs" in single-cell UMI data
2020-08-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02096-y
PMID:32762710
|
研究论文 | 本文通过广泛分析多种UMI数据集，提出在scRNA-seq数据处理流程中，聚类应作为首要步骤，并介绍了一种新的框架HIPPO，该框架利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合 | 提出了一种新的框架HIPPO，该框架通过利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合，提高了下游分析的灵活性和可解释性 | NA | 探讨单细胞UMI数据中“drop-outs”现象的处理方法 | 单细胞RNA测序数据中的UMI数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | 多种UMI数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 infection in the lung epithelium
2020-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.05.22.111187
PMID:32511364
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和RNA原位杂交技术，探讨了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系 | 首次揭示了SARS-CoV-2在不同年龄段肺上皮细胞中的表达模式，并提出了发育调节可能影响儿童对严重呼吸疾病的相对保护 | NA | 探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系 | SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及年龄影响 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA原位杂交（ISH） | NA | RNA | 包括小鼠和人类的肺组织样本，以及COVID-19死亡病例的尸检组织 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of adult mouse pituitary reveals sexual dimorphism and physiologic demand-induced cellular plasticity
2020-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00705-x
PMID:32193873
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）和互补的基于图像的单细胞mRNA和蛋白质分析，系统地绘制了成年雄性和雌性小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性 | 揭示了成年垂体中未预料到的细胞复杂性和可塑性，并提供了一个丰富的资源来进一步验证和扩展我们对垂体基因表达程序和激素产生的分子理解 | NA | 研究成年小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性 | 成年雄性和雌性小鼠的垂体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 成年雄性和雌性小鼠的垂体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing
2020-Aug, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0470-y
PMID:32231336
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研究论文 | 本文介绍了一种名为直接捕获Perturb-seq的新型单细胞CRISPR筛选方法，该方法能够直接测序单细胞转录组和表达的sgRNAs，从而实现对多个不同sgRNA序列的检测。 | 直接捕获Perturb-seq方法的创新之处在于能够直接测序sgRNAs，使得单细胞CRISPR筛选与组合扰动库的配对更加容易，并能提高CRISPR干扰和激活的效率。 | NA | 探索哺乳动物基因功能和遗传调控网络，以及研究基因间的相互作用。 | 单细胞CRISPR筛选技术及其在基因相互作用和遗传调控网络中的应用。 | 基因编辑 | NA | CRISPR, 单细胞测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
The intersectional genetics landscape for humans
2020-08-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa083
PMID:32761099
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研究论文 | 本文系统评估了人类基因组中交叉遗传学的景观，并展示了这些方法在未来的基因传递技术中的潜力 | 开发了启发式和算法来检索和质量排序“AND”门交叉点，并提出了“多功能入口代码”（VEnCodes）的概念 | NA | 系统评估人类基因组中交叉遗传学的景观 | 人类基因组中的交叉遗传学 | 遗传学 | NA | CAGE-seq | NA | 基因表达数据 | 154种主要细胞类型和158种癌细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in cardiovascular development, disease and medicine
2020-08, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-020-0359-y
PMID:32231331
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在心血管系统发育、疾病和精准医学中的应用 | scRNA-seq技术使得能够在前所未有的分辨率和通量下对单细胞转录组进行分析，促进了新细胞类型和罕见细胞类型的鉴定，以及健康和疾病相关组织在单细胞水平上的比较 | NA | 总结当前可用的scRNA-seq技术和分析工具，并讨论使用scRNA-seq的最新发现，这些发现显著提高了我们对心血管系统发育和心血管疾病机制的认识 | 心血管系统的发育、心血管疾病以及心血管精准医学 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
m6A RNA methylation impacts fate choices during skin morphogenesis
2020-08-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.56980
PMID:32845239
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研究论文 | 研究m6A RNA甲基化在皮肤形态发生中的作用及其对细胞命运选择的影响 | 揭示了m6A修饰在编码序列中与增强翻译的相关性，特别是在关键形态发生信号通路中的作用 | NA | 探讨m6A RNA甲基化的功能及其在皮肤胚胎发生中的生理重要性 | 小鼠皮肤胚胎发生过程中的m6A RNA甲基化 | NA | NA | 单细胞转录组学和生物信息学 | NA | mRNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Self-Reporting Transposons Enable Simultaneous Readout of Gene Expression and Transcription Factor Binding in Single Cells
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.037
PMID:32710817
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞呼叫卡（scCC）的新技术，利用自报告转座子（SRTs）在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点（TFBS） | 首次实现了在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点，为研究细胞异质性和转录因子生物学提供了新方法 | NA | 开发一种新技术，能够在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点 | 单细胞中的基因表达和转录因子结合位点 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | mRNA | 多个转录因子和K562细胞，以及小鼠大脑皮层的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
Developmental trajectory of prehematopoietic stem cell formation from endothelium
2020-08-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020004801
PMID:32392346
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，探索了从小鼠胚胎尾部动脉的血管内皮细胞到造血干细胞前体的发育轨迹 | 首次识别出从内皮细胞到造血干细胞前体的连续发育轨迹，并定义了一个新的中间阶段——pre-HE细胞，该阶段具有特定的染色质可及性和转录因子富集 | NA | 探究造血干细胞前体形成的细胞和分子转变过程 | 小鼠胚胎的尾部动脉（背主动脉、脐动脉、卵黄动脉）中的细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | 细胞 | 约40,000个细胞从小鼠胚胎的9.5天到11.5天 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-07 |
A single-cell landscape of high-grade serous ovarian cancer
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0926-0
PMID:32572264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了11名高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者腹水样本中的约11,000个细胞，全面表征了HGSOC腹水生态系统 | 发现了腹水细胞组成的显著患者间变异性，包括免疫调节性成纤维细胞亚群和二分法巨噬细胞群体，并揭示了恶性细胞的异质性部分由异质性拷贝数改变模式或干细胞程序表达所解释 | NA | 全面表征高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）腹水生态系统 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的腹水细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 22个腹水样本，11名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
Frataxin gene editing rescues Friedreich's ataxia pathology in dorsal root ganglia organoid-derived sensory neurons
2020-08-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17954-3
PMID:32826895
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研究论文 | 本文通过体外分化人诱导多能干细胞（iPSCs）生成背根神经节类器官（DRG organoids），并研究了弗里德赖希共济失调（FRDA）病理学中Frataxin基因编辑的修复作用。 | 首次展示了通过去除FXN基因第一内含子中的抑制染色质，可以恢复FXN总表达并完全逆转FRDA背根神经节神经元的病理特征。 | NA | 研究Frataxin基因编辑在修复弗里德赖希共济失调病理学中的作用。 | 背根神经节类器官（DRG organoids）及其衍生的感觉神经元。 | 数字病理学 | 弗里德赖希共济失调 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人诱导多能干细胞（iPSCs） | NA | NA | NA | NA |