单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 139 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing
2020-Aug, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0470-y
PMID:32231336
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研究论文 | 本文介绍了一种名为直接捕获Perturb-seq的新型单细胞CRISPR筛选方法，该方法能够直接测序单细胞转录组和表达的sgRNAs，从而实现对多个不同sgRNA序列的检测。 | 直接捕获Perturb-seq方法的创新之处在于能够直接测序sgRNAs，使得单细胞CRISPR筛选与组合扰动库的配对更加容易，并能提高CRISPR干扰和激活的效率。 | NA | 探索哺乳动物基因功能和遗传调控网络，以及研究基因间的相互作用。 | 单细胞CRISPR筛选技术及其在基因相互作用和遗传调控网络中的应用。 | 基因编辑 | NA | CRISPR, 单细胞测序 | NA | RNA | NA |
| 22 | 2024-08-07 |
The intersectional genetics landscape for humans
2020-08-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa083
PMID:32761099
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研究论文 | 本文系统评估了人类基因组中交叉遗传学的景观，并展示了这些方法在未来的基因传递技术中的潜力 | 开发了启发式和算法来检索和质量排序“AND”门交叉点，并提出了“多功能入口代码”（VEnCodes）的概念 | NA | 系统评估人类基因组中交叉遗传学的景观 | 人类基因组中的交叉遗传学 | 遗传学 | NA | CAGE-seq | NA | 基因表达数据 | 154种主要细胞类型和158种癌细胞类型 |
| 23 | 2024-08-07 |
Chronic myelomonocytic leukaemia stem cell transcriptomes anticipate disease morphology and outcome
2020-Aug, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2020.102904
PMID:32763828
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了慢性髓单核细胞白血病（CMML）患者的干细胞转录组，揭示了疾病形态和预后的相关性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CMML干细胞转录组的异质性，并预测了疾病形态和预后 | NA | 探究CMML干细胞转录组的异质性及其与疾病形态和预后的关系 | CMML患者的Lin-CD34+CD38-干细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 6826个Lin-CD34+CD38-干细胞 |
| 24 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in cardiovascular development, disease and medicine
2020-08, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-020-0359-y
PMID:32231331
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在心血管系统发育、疾病和精准医学中的应用 | scRNA-seq技术使得能够在前所未有的分辨率和通量下对单细胞转录组进行分析，促进了新细胞类型和罕见细胞类型的鉴定，以及健康和疾病相关组织在单细胞水平上的比较 | NA | 总结当前可用的scRNA-seq技术和分析工具，并讨论使用scRNA-seq的最新发现，这些发现显著提高了我们对心血管系统发育和心血管疾病机制的认识 | 心血管系统的发育、心血管疾病以及心血管精准医学 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
Alveolar wars: The rise of in vitro models to understand human lung alveolar maintenance, regeneration, and disease
2020-08, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.19-0433
PMID:32272001
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研究论文 | 本文讨论了利用体外模型，特别是单细胞RNA测序和人类肺泡类器官，来研究人类肺泡的维持、再生和疾病 | 文章介绍了通过单细胞RNA测序技术识别肺泡细胞的分子异质性和细胞多样性，以及从人类多能干细胞、胚胎祖细胞和成人组织中建立的肺泡类器官模型 | 文章指出了现有系统的局限性，并提出了可能的解决方案，如使用芯片上的类器官和精确切割的肺切片等 | 旨在深入理解人类肺泡干细胞/祖细胞的生物学特性，并探索未来对晚期肺疾病患者的治疗或药物干预 | 研究对象包括人类肺泡的维持、再生和疾病，特别是与肺泡细胞相关的疾病如特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺病和支气管肺发育不良 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及从健康和疾病肺组织中提取的多种样本 |
| 26 | 2024-08-07 |
m6A RNA methylation impacts fate choices during skin morphogenesis
2020-08-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.56980
PMID:32845239
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研究论文 | 研究m6A RNA甲基化在皮肤形态发生中的作用及其对细胞命运选择的影响 | 揭示了m6A修饰在编码序列中与增强翻译的相关性，特别是在关键形态发生信号通路中的作用 | NA | 探讨m6A RNA甲基化的功能及其在皮肤胚胎发生中的生理重要性 | 小鼠皮肤胚胎发生过程中的m6A RNA甲基化 | NA | NA | 单细胞转录组学和生物信息学 | NA | mRNA | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
Self-Reporting Transposons Enable Simultaneous Readout of Gene Expression and Transcription Factor Binding in Single Cells
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.037
PMID:32710817
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞呼叫卡（scCC）的新技术，利用自报告转座子（SRTs）在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点（TFBS） | 首次实现了在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点，为研究细胞异质性和转录因子生物学提供了新方法 | NA | 开发一种新技术，能够在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点 | 单细胞中的基因表达和转录因子结合位点 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | mRNA | 多个转录因子和K562细胞，以及小鼠大脑皮层的单细胞 |
| 28 | 2024-08-07 |
Ageing compromises mouse thymus function and remodels epithelial cell differentiation
2020-08-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.56221
PMID:32840480
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研究论文 | 本文研究了衰老对小鼠胸腺功能的影响及其对上皮细胞分化的重塑作用 | 首次揭示了衰老过程中胸腺祖细胞分化受损的分子和细胞机制 | NA | 探讨衰老如何影响胸腺功能和上皮细胞分化 | 小鼠胸腺及其上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序和谱系追踪 | NA | RNA序列 | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Advances and challenges in epigenomic single-cell sequencing applications
2020-08, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2020.01.013
PMID:32304986
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在表观基因组学应用中的进展与挑战 | 单细胞测序方法消除了细胞群体或复杂组织的平均效应，但多模态数据的计算整合可能仍不完全反映基础生物学 | 目前的方法可能无法完全反映基础生物学，需要多模态分析来克服这些不足 | 理解多细胞生理学和病理生物学中基因型、染色质组织和表型之间的关系 | 探讨单细胞测序技术在表观基因组学中的应用 | 表观基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 多组学数据 | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Distinct synovial tissue macrophage subsets regulate inflammation and remission in rheumatoid arthritis
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0939-8
PMID:32601335
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研究论文 | 研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中滑膜组织巨噬细胞（STM）在无药物缓解中的免疫调节机制 | 通过单细胞转录组学分析，识别了不同临床状态下四种不同STM亚群中的九种不同表型簇，并揭示了两种具有独特缓解转录组特征的STM亚群（MerTKTREM2和MerTKLYVE1） | NA | 探究类风湿性关节炎中滑膜组织巨噬细胞在无药物缓解中的免疫调节机制 | 滑膜组织巨噬细胞及其在类风湿性关节炎中的作用 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 32,000个滑膜组织巨噬细胞 |
| 31 | 2024-08-07 |
Developmental trajectory of prehematopoietic stem cell formation from endothelium
2020-08-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020004801
PMID:32392346
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，探索了从小鼠胚胎尾部动脉的血管内皮细胞到造血干细胞前体的发育轨迹 | 首次识别出从内皮细胞到造血干细胞前体的连续发育轨迹，并定义了一个新的中间阶段——pre-HE细胞，该阶段具有特定的染色质可及性和转录因子富集 | NA | 探究造血干细胞前体形成的细胞和分子转变过程 | 小鼠胚胎的尾部动脉（背主动脉、脐动脉、卵黄动脉）中的细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | 细胞 | 约40,000个细胞从小鼠胚胎的9.5天到11.5天 |
| 32 | 2024-08-07 |
A single-cell landscape of high-grade serous ovarian cancer
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0926-0
PMID:32572264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了11名高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者腹水样本中的约11,000个细胞，全面表征了HGSOC腹水生态系统 | 发现了腹水细胞组成的显著患者间变异性，包括免疫调节性成纤维细胞亚群和二分法巨噬细胞群体，并揭示了恶性细胞的异质性部分由异质性拷贝数改变模式或干细胞程序表达所解释 | NA | 全面表征高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）腹水生态系统 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的腹水细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 22个腹水样本，11名患者 |
| 33 | 2024-08-07 |
Frataxin gene editing rescues Friedreich's ataxia pathology in dorsal root ganglia organoid-derived sensory neurons
2020-08-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17954-3
PMID:32826895
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研究论文 | 本文通过体外分化人诱导多能干细胞（iPSCs）生成背根神经节类器官（DRG organoids），并研究了弗里德赖希共济失调（FRDA）病理学中Frataxin基因编辑的修复作用。 | 首次展示了通过去除FXN基因第一内含子中的抑制染色质，可以恢复FXN总表达并完全逆转FRDA背根神经节神经元的病理特征。 | NA | 研究Frataxin基因编辑在修复弗里德赖希共济失调病理学中的作用。 | 背根神经节类器官（DRG organoids）及其衍生的感觉神经元。 | 数字病理学 | 弗里德赖希共济失调 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人诱导多能干细胞（iPSCs） |
| 34 | 2024-08-08 |
Surveying brain tumor heterogeneity by single-cell RNA-sequencing of multi-sector biopsies
2020-Aug, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa099
PMID:34692159
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序与多区域活检，分析了13名中国胶质瘤患者的单细胞表达谱，揭示了胶质瘤不同亚区域间的侵袭模式 | 首次提供了人类胶质瘤细胞状态的空间级分析，并展示了胶质瘤细胞与周围微环境之间分子对话的初始分子图谱 | NA | 探索驱动脑肿瘤进展和异质性的机制 | 胶质瘤的单细胞表达谱及其与周围微环境的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞表达谱 | 13名中国胶质瘤患者 |
| 35 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals the immune escape and drug resistance mechanisms of mantle cell lymphoma
2020-08-15, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了套细胞淋巴瘤的免疫逃逸和药物抗性机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了套细胞淋巴瘤中多种细胞亚群的免疫逃逸和药物抗性机制 | 研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题 | 探索套细胞淋巴瘤的免疫逃逸和药物抗性机制 | 套细胞淋巴瘤中的细胞亚群及其免疫逃逸和药物抗性相关基因 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约4000个骨髓细胞 |
| 36 | 2024-08-09 |
Identification of hub genes in diabetic kidney disease via multiple-microarray analysis
2020-Aug, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-20-5171
PMID:32953797
|
研究论文 | 本研究通过重新分析三个mRNA微阵列数据集，包括一个单细胞RNA测序数据集，旨在识别与糖尿病肾病相关的关键基因，并增进对糖尿病肾病发病机制的理解。 | 本研究利用单细胞RNA测序数据集进行多微阵列分析，识别了17个关键基因，丰富了细胞水平上糖尿病肾病发病机制的理解，并为诊断和治疗提供了候选靶点。 | NA | 识别与糖尿病肾病相关的关键基因，增进对糖尿病肾病发病机制的理解。 | 糖尿病肾病的关键基因及其在发病机制中的作用。 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | mRNA微阵列分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三个数据集：GSE131882, GSE30122, GSE30529 |
| 37 | 2024-08-09 |
Percutaneous liver biopsy: another option of hepatic sample collection approach in single-cell sequencing studies?
2020-Aug, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm.2020.04.23
PMID:32953833
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cell lineage specification in temporal-spatial patterns in human cortical development
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz2978
PMID:32923614
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析了人类胚胎和胎儿期大脑皮质四个脑叶和脑桥的细胞谱系特化过程 | 发现了先前未知的短暂性神经前体细胞亚型及其分子特征，并阐明了人类深层、上层和成熟神经元的神经发生路径及分子调控机制 | NA | 揭示人类皮质发育中的细胞谱系特化和分子调控机制 | 人类胚胎和胎儿期大脑皮质的神经前体细胞、神经元和胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及人类胚胎和胎儿期大脑皮质四个脑叶和脑桥的多个样本 |
| 39 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies shared differentiation paths of mouse thymic innate T cells
2020-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18155-8
PMID:32868763
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠胸腺中固有T细胞（包括iNKT、MAIT和γδ T细胞）的效应分化路径，并发现这些细胞类型在胸腺中成熟过程中共享转录组特征 | 首次展示了iNKT、MAIT和γδ T细胞在小鼠胸腺中通过共享的分支分化路径成熟，而非线性成熟或TCR介导的指令 | NA | 探究小鼠胸腺中固有T细胞的效应分化路径及其发育调控机制 | 小鼠胸腺中的iNKT、MAIT和γδ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠胸腺和人类肝脏样本中的固有T细胞 |
| 40 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous transcriptional signatures in macrophages during efferocytosis
2020-08-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-70353-y
PMID:32868786
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了在吞噬凋亡细胞过程中巨噬细胞的异质性转录特征 | 首次在单细胞水平上解析了巨噬细胞在吞噬凋亡细胞过程中的转录多样性，特别是不同亚群巨噬细胞的转录响应差异 | 研究仅限于体外培养的巨噬细胞与凋亡细胞共培养体系，可能与体内环境存在差异 | 探究吞噬凋亡细胞过程中巨噬细胞的转录异质性 | 巨噬细胞及其在吞噬凋亡细胞过程中的转录响应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个巨噬细胞亚群 |