单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 139 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-12 |
Human Lung Conventional Dendritic Cells Orchestrate Lymphoid Neogenesis during Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2020-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.201906-1123OC
PMID:32255375
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研究论文 | 本文研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中肺树突状细胞（DCs）在T滤泡辅助细胞（Tfh）诱导中的作用 | 首次揭示了常规树突状细胞2型（cDC2s）在COPD患者中诱导IL-21CXCL13 Tfh样细胞的能力增强，并提出了EBI2阳性OX-40L表达的cDC2s在三级淋巴组织（TLO）形成中的潜在作用 | 本文主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术的研究，未涉及体内实验验证 | 探讨COPD进展中三级淋巴组织（TLOs）形成的免疫细胞激活机制 | 肺树突状细胞（DCs）和T滤泡辅助细胞（Tfh） | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自COPD患者和对照组的肺组织样本 |
| 2 | 2024-10-11 |
Knowledge-primed neural networks enable biologically interpretable deep learning on single-cell sequencing data
2020-08-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02100-5
PMID:32746932
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研究论文 | 本文介绍了一种结合深度学习和生物网络解释性的知识引导神经网络（KPNNs），并展示了其在单细胞测序数据上的应用 | KPNNs通过在多层网络中赋予有意义的权重，增强了深度学习算法的解释性，并提供了一种广泛适用的可解释深度学习方法 | 本文仅在单细胞测序数据上验证了KPNNs的应用，未来需要在更多类型的数据上进行验证 | 结合深度学习的预测能力和生物网络的解释性，开发一种新的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据，包括癌症和免疫细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 知识引导神经网络（KPNNs） | 单细胞RNA测序数据 | 五个生物应用中的单细胞RNA测序数据 |
| 3 | 2024-08-09 |
Gene editing and elimination of latent herpes simplex virus in vivo
2020-08-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17936-5
PMID:32811834
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研究论文 | 本文评估了使用腺相关病毒（AAV）递送的巨核酸酶在已建立的小鼠模型中编辑单纯疱疹病毒（HSV），作为一种潜在的治愈方法来治疗HSV潜伏感染 | 本文展示了AAV递送的巨核酸酶而非CRISPR/Cas9能够高度有效地编辑HSV，消除超过90%的潜伏病毒 | 需要进一步优化巨核酸酶的递送和活性，以实现更完全的HSV消除 | 探索使用基因编辑技术治愈HSV潜伏感染的可能性 | 单纯疱疹病毒（HSV）在小鼠模型中的基因编辑 | 基因编辑 | 单纯疱疹病毒感染 | AAV递送的巨核酸酶 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型中的颈上神经节 |
| 4 | 2024-08-07 |
An Experiment on Ab Initio Discovery of Biological Knowledge from scRNA-Seq Data Using Machine Learning
2020-Aug-14, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100071
PMID:33205121
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法在单细胞RNA测序数据上进行实验，探索了在没有现有知识指导的情况下发现生物学知识的能力和局限性 | 本研究采用无监督和监督机器学习相结合的策略，揭示了主要细胞谱系，且最小程度依赖先验知识或人工干预，实现了人类早期胚胎细胞分化的新发现 | 研究展示了机器学习在复杂生物问题知识发现的可行性和重要性，但也指出了其局限性 | 探索机器学习在无现有知识指导的高通量生物数据中发现新模式的潜力和局限 | 早期胚胎发育的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-Seq | NA | 数据 | NA |
| 5 | 2024-08-05 |
The history and advances in cancer immunotherapy: understanding the characteristics of tumor-infiltrating immune cells and their therapeutic implications
2020-08, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-020-0488-6
PMID:32612154
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评论 | 本文回顾了癌症免疫治疗的历史和最新进展，重点关注肿瘤浸润免疫细胞的特征及其治疗意义 | 本文强调了单细胞技术在全面分析肿瘤微环境中的应用，提供了肿瘤浸润免疫细胞功能多样性的见解 | 肿瘤微环境的高度异质性和动态特性阻碍了对肿瘤内免疫细胞的精确解析 | 阐明肿瘤浸润免疫细胞的特征并探讨其对癌症免疫治疗的影响 | 肿瘤浸润免疫细胞及其在癌症免疫治疗中的作用 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 6 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.038
PMID:32702314
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研究论文 | 本文研究了阿尔茨海默病小鼠模型中，淀粉样斑块周围的转录变化 | 提供了一种前所未有的方法，通过空间转录组学分析解开阿尔茨海默病及其他脑部疾病致病标志物附近的失调细胞网络 | 该研究主要基于小鼠模型，临床应用可能受限 | 探讨阿尔茨海默病相关的分子变化和细胞相互作用 | 以阿尔茨海默病小鼠模型为研究对象 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学和原位测序 | NA | 组织样本 | 涉及小鼠和人类脑切片 |
| 7 | 2024-08-05 |
The role of the NMD factor UPF3B in olfactory sensory neurons
2020-08-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.57525
PMID:32773035
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研究论文 | 本文研究了NMD因子UPF3B在嗅觉系统中的作用 | 揭示了UPF3B在成熟嗅觉感受器神经元中选择性表达特定嗅觉受体基因的调控 | 本文未深入探讨UPF3B在其他类型神经元中的作用 | 研究UPF3B在嗅觉感知中的功能及机制 | 以小鼠模型为对象，分析嗅觉感受器神经元的UPF3B功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和RNA-seq | NA | RNA数据 | 野生型小鼠中嗅觉感受器神经元的细胞群体 |
| 8 | 2024-08-05 |
ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes
2020-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0880-2
PMID:32632238
|
研究论文 | 本文提出了一种名为‘ZipSeq’的方法，用于在活组织中实时映射单细胞转录组。 | 创新点在于使用图案照明和光封闭的寡核苷酸即时为活细胞打印条形码，解决了细胞位置与转录组关联的局限性。 | 目前方法在实时定位细胞转录组方面存在不同的局限性。 | 本研究旨在提高细胞转录组数据与细胞在三维空间中位置的整合能力。 | 研究对象包括体外创伤愈合、活淋巴结切片和活肿瘤微环境中的细胞。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 光照和光封闭的寡核苷酸 | NA | 基因表达数据 | 在各种设置中发现新的基因表达模式，具体样本数量未提及 |
| 9 | 2024-08-05 |
Social reprogramming in ants induces longevity-associated glia remodeling
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba9869
PMID:32875108
|
研究论文 | 本文探讨了社会性昆虫中工蚁转变为类女王状态对神经胶质细胞重塑及寿命的影响 | 发现社交行为的重编程与神经保护胶质细胞的扩展相关，揭示了工蚁转变为gamergate对寿命延长的影响 | 研究主要集中在特定的社交转变上，可能无法广泛适用于所有社交昆虫 | 探索社会性昆虫中工作形式与寿命之间的关系及其机制 | 研究对象是社会性昆虫中的工蚁与gamergate状态的比较 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
Tumor-infiltrating CD39+CD8+ T cells determine poor prognosis and immune evasion in clear cell renal cell carcinoma patients
2020-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-020-02563-2
PMID:32306075
|
研究论文 | 该研究评估了肾透明细胞癌患者中肿瘤浸润CD39+CD8+ T细胞的临床价值 | 首次展示了CD39+CD8+ T细胞积累与肾透明细胞癌差预后的相关性 | 研究基于回顾性队列，缺乏前瞻性验证 | 探究CD39+CD8+ T细胞在肾透明细胞癌中的预后价值及其作为潜在治疗靶点 | 243例肾透明细胞癌患者的肿瘤微环境及其免疫细胞功能 | 数字病理学 | 肾癌 | 免疫组化分析，流式细胞术，生物信息学分析 | Kaplan-Meier分析，COX回归模型 | 样本 | 243例肾透明细胞癌患者，48个新鲜肿瘤样本 |
| 11 | 2024-08-07 |
The cellular and molecular landscape of hypothalamic patterning and differentiation from embryonic to late postnatal development
2020-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18231-z
PMID:32868762
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了从胚胎期到晚期新生期小鼠下丘脑的基因表达模式和细胞命运特化 | 首次系统地描绘了小鼠下丘脑发育过程中所有主要细胞类型的发育轨迹，并区分了下丘脑的主要区域划分 | NA | 识别控制下丘脑发育的基因，并理解其分子机制 | 小鼠下丘脑的细胞和分子景观 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 12个发育时间点的小鼠下丘脑样本 |
| 12 | 2024-08-07 |
Heterogeneous expression of the SARS-Coronavirus-2 receptor ACE2 in the human respiratory tract
2020-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.22.056127
PMID:32577664
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫组织化学技术，系统研究了人呼吸道中SARS-CoV-2受体ACE2的异质性表达及其与COVID-19严重程度风险因素的关联 | 首次详细描述了ACE2蛋白在人呼吸道中的具体定位及其与COVID-19易感性因素的关系 | NA | 探究SARS-CoV-2受体ACE2在人呼吸道中的表达模式及其与COVID-19严重程度的关系 | 人呼吸道中的ACE2蛋白表达及其与COVID-19风险因素的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 蛋白质 | NA |
| 13 | 2024-08-07 |
Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO
2020-08-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02116-x
PMID:32767996
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MAESTRO的综合开源计算工作流程，用于整合来自多个平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | MAESTRO通过在单细胞水平上建模基因调控潜力，改进了现有方法在scRNA-seq和scATAC-seq之间整合细胞簇的性能 | NA | 开发一种新的计算工作流程，用于整合和分析单细胞转录组和调控组数据 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 转录组数据，调控组数据 | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
Multiplexed single-cell transcriptional response profiling to define cancer vulnerabilities and therapeutic mechanism of action
2020-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17440-w
PMID:32855387
|
研究论文 | 本文开发了一种名为MIX-Seq的方法，用于在单细胞分辨率下对多种细胞背景中的扰动后转录组反应进行多重转录组分析 | MIX-Seq方法结合了单细胞RNA测序和基于SNP的计算解复用技术，能够在单细胞水平上对多种细胞背景中的扰动反应进行高效分析 | NA | 定义癌症的脆弱性和治疗机制 | 癌症细胞对药物或遗传扰动的转录组反应 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 100个或更多的癌症细胞系 |
| 15 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals β Cell Maturation in Stem Cell-Derived Islets after Transplantation
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108067
PMID:32846125
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了移植后干细胞衍生的胰岛β细胞的成熟过程 | 首次详细描述了移植后干细胞衍生的β细胞在转录水平和功能上的成熟变化 | NA | 探究干细胞衍生的胰岛β细胞在移植后的成熟过程 | 干细胞衍生的胰岛β细胞及其成熟过程 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16 | 2024-08-07 |
Differentiation of Human Intestinal Organoids with Endogenous Vascular Endothelial Cells
2020-08-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.07.023
PMID:32841595
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研究论文 | 本文开发了一种方法来扩展和维持人肠道类器官（HIOs）中内源性内皮细胞（ECs）的群体，形成血管化的HIOs（vHIOs） | 首次在HIOs中维持和扩展内源性内皮细胞群体，并展示了这些细胞与原生肠道内皮细胞的高度相似性 | NA | 研究如何扩展和维持人肠道类器官中的内源性内皮细胞群体 | 人多能干细胞衍生的肠道类器官及其内皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Advancing brain barriers RNA sequencing: guidelines from experimental design to publication
2020-Aug-18, Fluids and barriers of the CNS
IF:5.9Q1
DOI:10.1186/s12987-020-00207-2
PMID:32811511
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研究论文 | 本文基于欧洲博士培训网络BtRAIN的经验，为脑屏障RNA测序研究提供从实验设计到发表的指南 | 提出了下一代转录组分析在脑屏障研究中的新资源，强调了跨学科合作在RNA-Seq研究中的重要性 | NA | 旨在深化对脑屏障分子机制的理解，并促进脑屏障研究者与生物信息学家的合作 | 脊椎动物的脑屏障，特别是内皮血脑屏障和上皮血脑脊液屏障 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA-Seq数据集 | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Demystifying "drop-outs" in single-cell UMI data
2020-08-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02096-y
PMID:32762710
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研究论文 | 本文通过广泛分析多种UMI数据集，提出在scRNA-seq数据处理流程中，聚类应作为首要步骤，并介绍了一种新的框架HIPPO，该框架利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合 | 提出了一种新的框架HIPPO，该框架通过利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合，提高了下游分析的灵活性和可解释性 | NA | 探讨单细胞UMI数据中“drop-outs”现象的处理方法 | 单细胞RNA测序数据中的UMI数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | 多种UMI数据集 |
| 19 | 2024-08-07 |
Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 infection in the lung epithelium
2020-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.05.22.111187
PMID:32511364
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和RNA原位杂交技术，探讨了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系 | 首次揭示了SARS-CoV-2在不同年龄段肺上皮细胞中的表达模式，并提出了发育调节可能影响儿童对严重呼吸疾病的相对保护 | NA | 探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系 | SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及年龄影响 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA原位杂交（ISH） | NA | RNA | 包括小鼠和人类的肺组织样本，以及COVID-19死亡病例的尸检组织 |
| 20 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of adult mouse pituitary reveals sexual dimorphism and physiologic demand-induced cellular plasticity
2020-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00705-x
PMID:32193873
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）和互补的基于图像的单细胞mRNA和蛋白质分析，系统地绘制了成年雄性和雌性小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性 | 揭示了成年垂体中未预料到的细胞复杂性和可塑性，并提供了一个丰富的资源来进一步验证和扩展我们对垂体基因表达程序和激素产生的分子理解 | NA | 研究成年小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性 | 成年雄性和雌性小鼠的垂体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 成年雄性和雌性小鼠的垂体样本 |