单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	Reconstructing human DC, monocyte and macrophage development in utero using single cell technologies 2020-07, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2020.04.023 PMID:32380279	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在研究人类胎儿期树突状细胞、单核细胞和巨噬细胞发育中的应用	利用单细胞RNA测序技术揭示了胎儿期树突状细胞、单核细胞和巨噬细胞的早期发育过程	NA	探讨单细胞技术在胎儿期免疫系统发育研究中的应用	树突状细胞、单核细胞和巨噬细胞的发育	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
122	2024-08-09	Bioinformatics Core Survey Highlights the Challenges Facing Data Analysis Facilities 2020-07, Journal of biomolecular techniques : JBT DOI:10.7171/jbt.20-3102-005 PMID:32382253	研究论文	本文通过调查分析了生物信息学核心设施在数据分析支持方面面临的挑战	探讨了生物信息学核心设施在处理新技术和分析需求时的新应用和数据集整合问题	小型生物信息学核心设施在成本回收模式下运营，面临较大的行政负担	评估生物信息学核心设施的运营状况，了解其面临的挑战	生物信息学核心设施的员工、服务、财务模型和挑战	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	组学数据	主要关注小型核心设施的调查数据
123	2024-08-09	In-vivo differentiation of adult hematopoietic stem cells from a single-cell point of view 2020-07, Current opinion in hematology IF:3.1Q2 DOI:10.1097/MOH.0000000000000587 PMID:32398457	综述	本文综述了通过诱导性HSC特异性谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）推断造血轨迹，来研究造血干细胞（HSC）在其原生环境中的功能的新技术进展	介绍了通过HSC特异性谱系追踪结合scRNA-Seq的动态分析，揭示了造血干细胞分化过程中的异质性和造血谱系的出现顺序	目前用于追踪细胞条形码（特别是突变或插入位点）的技术仍处于起步阶段，成年骨髓中HSC克隆的谱系追踪仍然难以实现	研究HSC在其原生环境中的分化过程，无需移植	造血干细胞（HSC）及其分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	多个造血干细胞克隆
124	2024-08-09	PRIME: a probabilistic imputation method to reduce dropout effects in single-cell RNA sequencing 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa278 PMID:32348450	研究论文	本文介绍了一种新的概率插补方法PRIME，用于减少单细胞RNA测序中的丢失效应	构建了一个细胞对应网络，并基于相同类型细胞的局部子网络的转录组轮廓调整基因表达估计	NA	减少单细胞RNA测序中的丢失效应，提高数据质量和分析准确性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	合成数据和八个真实单细胞测序数据集
125	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral sclerosis 2020-07, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2020.104877 PMID:32360664	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了突变SOD1小鼠脑干的细胞类型和通路，揭示了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中受影响的细胞类型和分子机制	本研究首次在单细胞水平上全面分析了ALS小鼠模型脑干中的细胞类型、基因和通路变化	研究仅限于特定的小鼠模型和特定的发育阶段，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他模型或人类	探究ALS在脑干中的细胞特异性机制和细胞脆弱性	突变SOD1小鼠的脑干细胞	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从野生型和突变SOD1小鼠的脑干中分别分离出1894和3199个细胞
126	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis of human CSF microglia and myeloid cells in neuroinflammation 2020-07, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000000732 PMID:32371549	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了多发性硬化症（MS）和抗髓鞘少突胶质细胞糖蛋白（MOG）障碍患者脑脊液（CSF）中的髓系细胞	首次通过高分辨率单细胞基因表达分析明确区分了神经炎症患者CSF中存在的不同髓系细胞类型，并发现了存在于人类CSF中的微胶质细胞群	需要进一步研究这些细胞在免疫和疾病中的功能	识别和表征MS和抗MOG障碍患者CSF中的髓系细胞群	多发性硬化症和抗MOG障碍患者的脑脊液髓系细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	2名复发缓解型多发性硬化症（RRMS）患者、1名抗MOG障碍患者以及2名HIV患者的血液和CSF样本，以及11名包括RRMS、抗MOG障碍和对照组患者的CSF样本
127	2024-08-09	Is Low Alveolar Type II Cell SOD3 in the Lungs of Elderly Linked to the Observed Severity of COVID-19? 2020-07-10, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2020.8111 PMID:32323565	研究论文	本研究分析了来自健康供体的肺部单细胞RNA测序数据，以隔离和专门研究肺泡II型细胞中的基因表达	发现老年人的肺泡II型细胞中超氧化物歧化酶3（SOD3）显著下调，并提出肺部特异性递送SOD3相关抗氧化剂与抗病毒药物如瑞德西韦协同作用，可能改善老年COVID-19患者的预后	NA	探讨老年肺泡II型细胞中SOD3表达与COVID-19严重程度的关系	肺泡II型细胞中的基因表达	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自老年和年轻健康供体的肺部单细胞RNA测序数据
128	2024-08-09	Metabolic changes in human brain evolution 2020-Jul, Evolutionary anthropology IF:4.6Q1 DOI:10.1002/evan.21831 PMID:32329960	综述	本文综述了通过多种方法（如脑成像、立体测量学和转录组学）了解人类大脑代谢的现状，并探讨了干细胞技术和单细胞转录组学在深入研究人类大脑能量代谢方面的新机遇	利用干细胞技术和单细胞转录组学提供了新的实验方法，以阐明基因序列和表达水平变化对人类大脑进化的功能影响	NA	探讨人类大脑代谢的变化及其在进化中的作用	人类大脑的代谢和进化	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因序列和表达数据	NA
129	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cell-Type-Specific Mechanisms of Neurological Diseases 2020-07, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-020-00496-5 PMID:32297206	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
130	2024-08-09	Identifying cell types to interpret scRNA-seq data: how, why and more possibilities 2020-07-29, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaa003 PMID:32232401	综述	本文综述了用于解释单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中细胞类型识别的方法和工具，并探讨了scRNA-seq在未来的发展可能性	NA	NA	探讨scRNA-seq数据中细胞类型识别的方法及其未来发展	scRNA-seq数据中的细胞类型	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
131	2024-08-09	Essential gene expression pattern of head and neck squamous cell carcinoma revealed by tumor-specific expression rule based on single-cell RNA sequencing 2020-07-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2020.165791 PMID:32234410	研究论文	本文通过基于单细胞RNA测序的肿瘤特异性表达规则，揭示了头颈鳞状细胞癌的关键基因表达模式	利用单细胞测序技术消除了非恶性细胞对传统批量测序数据的影响，并建立了一种计算过滤策略来识别肿瘤细胞	NA	旨在识别头颈鳞状细胞癌的核心致癌因素，并加深对肿瘤异质性和肿瘤发生的理解	头颈鳞状细胞癌及其肿瘤微环境	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个独立数据集
132	2024-08-09	Tumor Microenvironment Is Critical for the Maintenance of Cellular States Found in Primary Glioblastomas 2020-07, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-0057 PMID:32253265	研究论文	本文通过比较五名患者来源的四种胶质母细胞瘤干细胞（GSC）衍生模型类型的单细胞RNA测序，探讨了肿瘤微环境在维持原发性胶质母细胞瘤细胞状态中的关键作用	首次展示了神经解剖学上准确的人类微环境对于重现人类原发性胶质母细胞瘤细胞状态的关键性和充分性	NA	探讨不同患者来源的胶质母细胞瘤模型能否重现原发性肿瘤的全部异质性	胶质母细胞瘤干细胞及其衍生模型	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	五名患者的肿瘤细胞
133	2024-08-09	Tools for the analysis of high-dimensional single-cell RNA sequencing data 2020-07, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-020-0262-0 PMID:32221477	研究论文	本文介绍了用于分析高维度单细胞RNA测序数据的一系列计算工具	开发了一套计算工具来处理、分析和可视化单细胞RNA测序数据，以应对数据量大和噪声问题	具体分析步骤可能因生物问题而异，但缺乏针对特定问题的个性化分析工具	解决单细胞RNA测序数据分析中的挑战，包括数据量大和技术噪声问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达矩阵	NA
134	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing study of retinal immune regulators identified CD47 and CD59a expression in photoreceptors-Implications in subretinal immune regulation 2020-07, Journal of neuroscience research IF:2.9Q2 DOI:10.1002/jnr.24618 PMID:32166783	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据集，发现视网膜神经元表达多种免疫调节分子，特别是光感受器中CD47和CD59a的高表达，并探讨了其在亚视网膜免疫调节中的潜在作用。	首次揭示了光感受器中CD47和CD59a的高表达，并探讨了其在亚视网膜免疫调节中的作用。	研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据集和细胞培养实验，缺乏直接的体内功能验证。	探讨视网膜神经元中免疫调节分子的表达及其在亚视网膜免疫调节中的作用。	视网膜神经元中的免疫调节分子CD47和CD59a的表达及其功能。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括661W细胞、WERI-Rb1细胞、人眼微切割的光感受器以及实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）小鼠的视网膜。
135	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing in Hematological Diseases 2020-07, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.201900228 PMID:32181578	研究论文	本文综述了单细胞RNA测序技术在血液系统疾病中的应用	单细胞RNA测序技术提供了对肿瘤和微环境细胞间变异的深入见解，并允许高分辨率地解析疾病的发病机制	NA	探讨单细胞RNA测序技术在血液系统疾病中的应用	血液系统疾病，包括白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
136	2024-08-09	Advanced Cell Mapping Visualizations for Single Cell Functional Proteomics Enabling Patient Stratification 2020-07, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.201900270 PMID:32108428	研究论文	本文介绍了一种基于微芯片的高通量单细胞功能蛋白质组学技术，用于识别与患者治疗反应相关的多功能细胞亚群，并开发了3D UMAP和t-SNE可视化工具来分析这些数据	本文首次定义了多功能强度指数（PSI），并开发了先进的3D UMAP和t-SNE可视化工具，以更直观地展示数据	NA	深入理解细胞功能异质性，并开发新的分析工具以促进个性化治疗的发展	单细胞功能蛋白质组学数据和患者对CAR-T细胞疗法的反应	数字病理学	NA	微芯片技术	UMAP和t-SNE	蛋白质组学数据	涉及32-plex IsoCode芯片技术定义的CAR-T产品
137	2024-08-09	Untangling early embryo development using single cell genomics 2020-Jul-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2020.01.062 PMID:32088040	研究论文	本文利用单细胞基因组学技术研究早期胚胎发育过程中的细胞分化和基因调控网络	通过高吞吐量的单细胞转录组学研究，揭示了不同物种中控制这些过程的基因调控网络和表观遗传机制的新见解，强调了独特的进化适应性	由于单细胞中基因表达的随机性，单细胞数据集的分析具有固有的挑战性	探索哺乳动物原肠胚发育前的细胞分化、多能性的建立、表观遗传调控及信号通路	早期胚胎发育过程中的细胞分化和基因调控网络	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
138	2024-08-09	Liquid Biopsy Based Single-Cell Transcriptome Profiling Characterizes Heterogeneity of Disseminated Tumor Cells from Lung Adenocarcinoma 2020-07, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.201900224 PMID:31960581	研究论文	本文利用高通量单细胞转录组测序技术和稀有DTC富集方法，解析了来自肺腺癌的恶性胸腔积液（MPE）中DTCs的异质性和独特的分子特征	首次使用单细胞转录组测序技术研究液体活检中的DTCs异质性，并识别出19个肿瘤特异性标记物	研究仅限于肺腺癌的恶性胸腔积液样本，未涉及其他类型的癌症或样本	解析肿瘤细胞的异质性及其分子机制	肺腺癌中的扩散肿瘤细胞（DTCs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	8213个来自恶性胸腔积液的细胞
139	2024-08-09	BEM: Mining Coregulation Patterns in Transcriptomics via Boolean Matrix Factorization 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz977 PMID:31913438	研究论文	本文介绍了一种新的布尔矩阵分解算法（BEM），通过期望最大化方法挖掘转录组数据中的共调控模式	BEM算法更符合转录组共调控的分子机制，并且能够处理包含超过一亿数据点的大规模矩阵	NA	分析转录组数据中的共调控模式，揭示肿瘤信号扰动状态和亚型分类	转录组数据，包括批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	布尔矩阵分解（BMF）	期望最大化（EM）	转录组数据	超过100万个数据点
140	2024-08-09	Allergen-specific IgG+ memory B cells are temporally linked to IgE memory responses 2020-07, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.11.046 PMID:31883847	研究论文	本研究探讨了黏膜过敏原暴露后IgE记忆反应的细胞和克隆起源	首次证明了在黏膜过敏原暴露下，人类IgE记忆存在于过敏原特异性的IgG+记忆B细胞中，这些细胞能迅速转换同种型，扩展为短寿命的IgE+浆母细胞，并作为治疗干预的潜在目标	NA	研究黏膜过敏原暴露后IgE记忆反应的细胞和克隆起源	季节性过敏性鼻炎成年患者的PBMCs和鼻活检样本	免疫学	过敏性鼻炎	重链可变基因序列分析，单细胞转录组学	NA	RNA	40名季节性过敏性鼻炎成年患者