单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-09	The Contribution of lincRNAs at the Interface between Cell Cycle Regulation and Cell State Maintenance 2020-Jul-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101291 PMID:32619701	研究论文	研究探讨长非编码RNA（lincRNAs）在胚胎干细胞周期适应中的作用	发现与细胞周期调控相关的lincRNAs（CC-lincRNAs）在胚胎干细胞周期适应中的新作用	仅测试了两个CC-lincRNA候选基因，可能存在其他未测试的lincRNAs的影响	探究lincRNAs在细胞周期调控和细胞状态维持中的贡献	胚胎干细胞的细胞周期适应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠胚胎干细胞（mESCs）在G1、S和G2/M阶段的样本
102	2024-08-09	Single-cell ATAC-seq signal extraction and enhancement with SCATE 2020-07-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02075-3 PMID:32620137	研究论文	本文介绍了一种新的统计框架SCATE，用于提高单细胞ATAC-seq数据中个体顺式调控元件（CREs）活性估计的准确性	SCATE框架能够自适应地整合来自共同激活的CREs、相似细胞和公开可用的调控组数据的信息，从而显著提高个体CREs活性估计的准确性	NA	旨在提高单细胞ATAC-seq数据分析的准确性	单细胞ATAC-seq数据中的顺式调控元件（CREs）活性	生物信息学	NA	单细胞测序（scATAC-seq）	统计框架	单细胞数据	NA
103	2024-08-09	Dual indexed library design enables compatibility of in-Drop single-cell RNA-sequencing with exAMP chemistry sequencing platforms 2020-Jul-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06843-0 PMID:32616006	研究论文	本文介绍了一种名为TruDrop的双索引库结构，旨在解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）与新型测序技术（如NovaSeq）的兼容性问题	开发了一种新的双索引库结构TruDrop，提高了测序深度和数据质量，并实现了与标准Illumina库的兼容	NA	提高单细胞RNA测序实验的测序深度和数据质量	单细胞RNA测序库的兼容性和数据质量	测序技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	二十四个scRNA-seq库同时测序
104	2024-08-09	Cell-by-Cell Deconstruction of Stem Cell Niches 2020-07-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.06.013 PMID:32619515	综述	本文综述了利用单细胞测序技术对干细胞微环境的细胞和转录组构成进行高分辨率分析的研究，并讨论了这些分析如何从根本上推进我们对微环境因素如何塑造干细胞生物学和活性的理解。	利用单细胞测序技术对干细胞微环境进行高分辨率分析，深入探讨了干细胞与微环境之间的相互作用及其在病理状态下的失调机制。	NA	深入理解干细胞微环境的构成及其在病理状态下的失调机制，以促进更有效的治疗策略的开发。	干细胞及其微环境的细胞和转录组构成。	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
105	2024-08-09	RainDrop: Rapid activation matrix computation for droplet-based single-cell RNA-seq reads 2020-Jul-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03593-4 PMID:32611394	研究论文	本文介绍了一种名为RainDrop的软件工具，用于快速处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，生成基因-细胞计数矩阵	RainDrop在处理大规模单细胞RNA测序数据时，相比现有的Cell Ranger和Alevin工具，具有显著的加速效果	NA	开发高效的软件工具以处理大规模单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	约8000个细胞，7.84亿条读取序列
106	2024-08-09	Flexible experimental designs for valid single-cell RNA-sequencing experiments allowing batch effects correction 2020-07-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-16905-2 PMID:32612268	研究论文	本文通过数学证明，在两种更灵活且现实的设计——参考面板设计和链式设计下，单细胞RNA测序实验中的真实生物变异可以从批次效应中分离出来。	开发了Batch effects correction with Unknown Subtypes for scRNA-seq data (BUSseq)，这是一个遵循scRNA-seq实验数据生成机制的可解释贝叶斯分层模型，能够同时校正批次效应、聚类细胞类型、填补由丢弃事件引起的缺失数据，并检测差异表达基因，无需预先的归一化步骤。	NA	旨在解决单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件问题。	单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	贝叶斯分层模型	RNA测序数据	NA
107	2024-08-09	Solo: Doublet Identification in Single-Cell RNA-Seq via Semi-Supervised Deep Learning 2020-07-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.05.010 PMID:32592658	研究论文	本文介绍了一种名为Solo的半监督深度学习方法，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中识别双细胞	Solo方法通过使用变分自编码器进行无监督嵌入，并添加前馈神经网络层形成监督分类器，提高了双细胞识别的准确性	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序中双细胞识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的双细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）和前馈神经网络	基因表达数据	NA
108	2024-08-09	IL-23 Promotes a Coordinated B Cell Germinal Center Program for Class-Switch Recombination to IgG2b in BXD2 Mice 2020-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2000280 PMID:32554431	研究论文	本研究探讨了IL-23在BXD2小鼠中促进B细胞生发中心程序和IgG2b类别转换重组的作用	发现IL-23在BXD2小鼠中通过促进Tfh-IL-17细胞的形成，间接影响生发中心B细胞的类别转换重组相关基因表达	NA	研究IL-23在B细胞生发中心程序和类别转换重组中的作用	BXD2小鼠中的IL-23和B细胞生发中心	免疫学	自身免疫疾病	单细胞转录组学分析	NA	基因表达数据	BXD2和BXD2-小鼠的生发中心B细胞
109	2024-08-09	Hedgehog-FGF signaling axis patterns anterior mesoderm during gastrulation 2020-07-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1914167117 PMID:32561646	研究论文	本研究利用单细胞技术探究胚胎发育过程中前部中胚层的模式化缺陷，并定义了 Hedgehog (Hh)-纤维母细胞生长因子 (FGF) 信号轴在原肠胚形成期间对前部中胚层谱系发育的必要性	本研究首次揭示了 Hh-FGF 信号轴在原肠胚形成期间对前部中胚层模式化的重要作用，并通过单细胞转录组分析详细阐明了其分子机制	NA	探究胚胎发育过程中前部中胚层的模式化机制	前部中胚层在原肠胚形成期间的发育	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	Hh 缺陷中胚层的单细胞样本
110	2024-08-09	Integrative multi-omics analysis of a colon cancer cell line with heterogeneous Wnt activity revealed RUNX2 as an epigenetic regulator of EMT 2020-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-1351-z PMID:32535615	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了结肠癌细胞系中异质性Wnt活性的细胞群体，并发现RUNX2作为EMT的表观遗传调控因子	首次揭示了RUNX2作为结肠癌细胞中EMT异质性的关键表观遗传调控因子，并验证了其在体外和体内的EMT增强效应	NA	探究结肠癌细胞中EMT异质性的表观遗传驱动因素	结肠癌细胞系中的异质性Wnt活性细胞群体	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两个具有正相关Wnt活性和EMT状态的不同细胞群体
111	2024-08-09	Single-cell transcriptional profiling identifies a cluster of potential metastasis-associated UBE2C+ cells in immature ovarian teratoma 2020-07-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.05.144 PMID:32505346	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了一名2岁儿童的未成熟卵巢畸胎瘤及其肝转移的细胞和分子事件	首次在未成熟卵巢畸胎瘤中发现UBE2C+上皮细胞簇，并探讨了其在肿瘤转移中的潜在作用	研究样本仅来自一名患者，可能限制了结果的普遍性	解析未成熟卵巢畸胎瘤的疾病异质性，并识别与转移相关的细胞和分子事件	未成熟卵巢畸胎瘤及其转移的细胞和分子机制	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5976个细胞
112	2024-08-09	Human CNS barrier-forming organoids with cerebrospinal fluid production 2020-07-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaz5626 PMID:32527923	研究论文	本文介绍了构建具有选择性屏障和类脑脊液分泌功能的人类脉络丛类器官的方法	首次成功构建了具有选择性屏障和类脑脊液分泌功能的人类脉络丛类器官，并展示了其在预测新化合物中枢神经系统渗透性方面的应用	NA	研究人类脉络丛类器官的构建及其在预测新化合物中枢神经系统渗透性中的应用	人类脉络丛类器官及其分泌的类脑脊液	NA	NA	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
113	2024-08-09	Endogenous CCN family member WISP1 inhibits trauma-induced heterotopic ossification 2020-07-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.135432 PMID:32484792	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序分析了CCN家族成员在创伤诱导异位骨化中的表达模式，特别是Wisp1的作用。	首次揭示了CCN家族成员Wisp1在创伤诱导异位骨化中的表达模式及其对异位骨化的抑制作用。	NA	研究CCN家族成员在创伤诱导异位骨化中的表达和功能。	CCN家族成员Wisp1在创伤诱导异位骨化中的表达和作用。	生物医学	异位骨化	RNA测序	NA	RNA	包括小鼠模型和人类样本
114	2024-08-09	CReSCENT: CanceR Single Cell ExpressioN Toolkit 2020-07-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa437 PMID:32479601	研究论文	CReSCENT是一个直观且可扩展的网络平台，集成了容器化的管道执行引擎，用于标准化分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	CReSCENT使用公共数据集和预配置的管道，使计算生物学非专家也能访问，并允许用户进行优化、比较和重新分析特定实验	NA	开发一个用户友好的平台，用于标准化分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	scRNA-seq	NA	数据集	NA
115	2024-08-09	Odorant Receptor Inhibition Is Fundamental to Odor Encoding 2020-07-06, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2020.04.086 PMID:32470365	研究论文	研究探讨了气味受体抑制在气味编码中的作用及其在嗅觉系统中的普遍性和影响	首次详细研究了气味受体拮抗作用在嗅觉系统检测层中对神经表征的影响，并通过数学模型验证了这种竞争性受体结合的普遍性	研究主要集中在体外实验和数学模型分析，可能需要进一步的体内实验验证	探究气味受体抑制在嗅觉编码中的作用及其普遍性和影响	气味受体、嗅觉感觉神经元和相关化合物	NA	NA	钙成像显微镜、单细胞转录组学	数学模型	图像	36种测试的气味化合物，约800种与香水相关的气味化合物，10种来自Olfr740基因家族的气味受体
116	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing to Dissect the Immunological Network of Autoimmune Myocarditis 2020-07-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.119.043545 PMID:32431172	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了实验性自身免疫性心肌炎（EAM）不同阶段的心脏Cd45+细胞，揭示了心肌炎向心肌病转变过程中的免疫网络	首次全面展示了不同EAM阶段心脏免疫细胞的单细胞图谱，并阐明了Hif1a在炎症反应中的作用	NA	研究心肌炎向心肌病转变过程中的免疫网络，并识别参与心肌炎炎症反应的基因	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）模型中的心脏Cd45+细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	34,665个细胞
117	2024-08-09	Potent Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Identified by High-Throughput Single-Cell Sequencing of Convalescent Patients' B Cells 2020-07-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.05.025 PMID:32425270	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA和VDJ测序技术，从60名康复患者的抗原富集B细胞中快速识别出针对SARS-CoV-2的中和抗体	首次通过高通量单细胞测序技术从康复患者B细胞中识别出高效的中和抗体，并展示了其在治疗和预防SARS-CoV-2感染中的效果	NA	快速识别和开发针对SARS-CoV-2的中和抗体，以应对COVID-19大流行	SARS-CoV-2中和抗体及其在治疗和预防中的应用	NA	COVID-19	单细胞RNA和VDJ测序	NA	RNA	60名康复患者的B细胞
118	2024-08-09	IRIS3: integrated cell-type-specific regulon inference server from single-cell RNA-Seq 2020-07-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa394 PMID:32421805	research paper	介绍IRIS3，一个用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性调控子的网络服务器	IRIS3是首个用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性调控子的网络服务器，具备超过20种功能支持全面的解释和图形可视化	NA	旨在识别特定细胞类型中的活性调控子，以揭示复杂疾病的潜在关键调控因子和目标基因	细胞类型特异性调控子（CTSR）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	涉及人类和小鼠的单细胞RNA测序数据
119	2024-08-09	Extraction of Distinct Neuronal Cell Types from within a Genetically Continuous Population 2020-07-22, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.04.018 PMID:32396852	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和单突触狂犬病毒追踪技术，分析了小鼠初级视觉皮层中皮质-皮质投射神经元（CCPNs）的基因表达差异及其与投射区域的关系	发现尽管CCPNs在基因表达上形成单一集群，但其不同解剖学投射的神经元在基因表达上存在系统性差异，并选择性地接收来自相同投射区域的反馈	仅限于小鼠初级视觉皮层的CCPNs，未涉及其他脑区和神经元类型	探讨基因表达分析在识别神经元类型中的局限性及其对理解皮质反馈回路功能角色的影响	小鼠初级视觉皮层中的皮质-皮质投射神经元（CCPNs）	神经科学	NA	单细胞转录组学，单突触狂犬病毒追踪	NA	基因表达数据	多个小鼠初级视觉皮层CCPNs样本
120	2024-08-09	A Human Skeletal Muscle Atlas Identifies the Trajectories of Stem and Progenitor Cells across Development and from Human Pluripotent Stem Cells 2020-07-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.04.017 PMID:32396864	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，分析了从胚胎、胎儿到出生后阶段的人体骨骼肌组织，构建了人体骨骼肌发育的“路线图”，并研究了人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞在胚胎到胎儿过渡期的特征	首次构建了人体骨骼肌发育的综合图谱，并揭示了人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞在不同发育阶段的生物学过程和基因调控网络	NA	深入了解人体肌生成过程及人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞的特征，为骨骼肌再生医学的转化应用提供工具	人体骨骼肌组织及人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎、胎儿和出生后阶段的人体骨骼肌组织及人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞