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当前共找到 146 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-09 |
Identification of cell types from single cell data using stable clustering
2020-07-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-66848-3
PMID:32703984
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研究论文 | 本文提出了一种框架，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型，通过稳定的聚类方法来解决正确识别真实细胞类型的挑战 | 本文提出的方法假设数据的有意义特征在小数据扰动下仍然保持，并通过实验验证了其性能优于现有的五种方法 | NA | 从单细胞转录组数据中识别细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 八组公开可用的scRNA-seq数据集和五组模拟数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-09 |
Author Correction: Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model
2020-Jul-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02109-w
PMID:32698904
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correction | 对基于多项式模型的单细胞RNA测序特征选择和降维方法的论文进行修正 | NA | NA | 修正先前发表的论文 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-09 |
A robust nonlinear low-dimensional manifold for single cell RNA-seq data
2020-Jul-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03625-z
PMID:32693778
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研究论文 | 本文介绍了一种非线性潜在变量模型，该模型采用鲁棒的、重尾误差和自适应核学习方法，用于估计单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的低维非线性结构 | 本文提出了一种新的方法，能够处理未过滤和未归一化的计数数据，并在低维空间中估计不确定性 | NA | 探索细胞类型、状态和发展轨迹，以扩大我们对组织和器官中细胞异质性的理解 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 高斯过程潜在变量模型（GPLVM） | 基因表达数据 | 多种scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-09 |
Maturational Changes in Mouse Cutaneous Touch and Piezo2-Mediated Mechanotransduction
2020-07-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107912
PMID:32697985
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠皮肤触觉和Piezo2介导的机械转导在成熟过程中的变化 | 揭示了小鼠成熟过程中皮肤触觉敏感性和Piezo2介导的机械转导的下降，并发现了Piezo2表达的机械敏感DRG神经元中独特的转录变化 | NA | 强调准确年龄匹配的必要性，并揭示皮肤触觉在行为、机械转导和转录水平上的先前未知的成熟可塑性 | 小鼠皮肤触觉和Piezo2介导的机械转导 | NA | NA | 单细胞RNA测序（patch-seq） | NA | 行为数据和电生理数据 | 使用4到12周龄的小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-09 |
Parallel bimodal single-cell sequencing of transcriptome and chromatin accessibility
2020-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.257840.119
PMID:32699019
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研究论文 | 本文开发了一种高灵敏度的自动化方法ASTAR-seq，用于同时测量单细胞内的全细胞转录组和染色质可及性 | ASTAR-seq方法能够同时测量单细胞内的转录组和染色质可及性，揭示了不同细胞状态的转录和染色质可及性景观 | NA | 研究单细胞中转录状态与上游调控程序之间的关系 | 小鼠胚胎干细胞、人类不同谱系来源的细胞以及正在经历红细胞分化的人类脐带血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据、染色质可及性数据 | 384个mESCs，424个人类细胞，480个脐带血细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-09 |
Seamless integration of image and molecular analysis for spatial transcriptomics workflows
2020-Jul-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06832-3
PMID:32664861
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研究论文 | 本文介绍了一个名为STUtility的R包，用于处理和分析10x Genomics Visium平台的空间转录组数据，并提供3D可视化功能 | STUtility是首个允许用户处理图像、对齐堆叠实验并最终在3D中可视化以创建组织整体视图的软件 | NA | 开发一个软件工具，用于无缝集成图像和分子分析，以支持空间转录组工作流程 | 10x Genomics Visium平台的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像和RNA测序数据 | 多个组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-09 |
Multiomics Investigation Revealing the Characteristics of HIV-1-Infected Cells In Vivo
2020-07-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107887
PMID:32668246
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研究论文 | 本文通过多组学实验揭示了体内HIV-1感染细胞的多种特征 | 使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型和最近开发的技术进行多组学实验，揭示了HIV-1感染细胞的特征和异质性 | NA | 阐明体内HIV-1感染细胞的详细特征和异质性，为HIV-1治愈方法的开发提供线索 | 体内HIV-1感染细胞的特征 | NA | HIV-1感染 | 多组学实验 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-09 |
Identification of conserved evolutionary trajectories in tumors
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa453
PMID:32657374
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CONETT的组合优化方法，用于检测肿瘤中的重复进化轨迹，并构建了基于肿瘤样本中改变事件时间顺序的保守进化轨迹的共识树 | 提出了一种新的组合优化方法CONETT，用于识别肿瘤中的重复进化轨迹 | NA | 旨在从肿瘤活检测序数据中推断肿瘤的亚克隆组成和进化历史 | 多区域、时间序列和单细胞测序数据中的肿瘤进化特征 | 生物信息学 | 肾细胞癌，非小细胞肺癌 | 测序 | 组合优化方法 | 测序数据 | 100例肾透明细胞癌和99例非小细胞肺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-09 |
A Bayesian framework for inter-cellular information sharing improves dscRNA-seq quantification
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa450
PMID:32657394
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研究论文 | 本文介绍了一种贝叶斯框架，通过细胞间的信息共享来改进dscRNA-seq数据的基因定量估计 | 引入了一种基于锚点的方法来连接具有相似基因表达模式的细胞，并学习了提供给alevin基因多重映射分辨算法的经验性先验，从而改进了没有唯一映射读取的基因的定量估计 | NA | 改进dscRNA-seq数据的基因定量估计 | dscRNA-seq数据的基因定量估计 | 数字病理学 | NA | dscRNA-seq | 贝叶斯框架 | dscRNA-seq数据 | 多种模拟和真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-09 |
BIRD: identifying cell doublets via biallelic expression from single cells
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa474
PMID:32657402
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BIRD的流程，通过单细胞转录组数据中的杂合遗传变异来识别双细胞 | 利用单等位基因与双等位基因表达的比例作为区分双细胞的特征，这一方法在识别具有相同遗传背景的细胞混合物中的双细胞方面具有创新性 | BIRD的性能受实验方法、单倍型间的基因组多样性、序列覆盖度和深度等因素的影响 | 开发一种新的方法来识别和估计单细胞实验数据中的双细胞污染 | 单细胞转录组数据中的双细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 转录组数据 | 163个初级成纤维细胞单细胞和约13,300个单细胞的外周血细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-09 |
TinGa: fast and flexible trajectory inference with Growing Neural Gas
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa463
PMID:32657409
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TinGa的新型轨迹推断模型，该模型基于Growing Neural Graphs，具有快速和灵活的特点 | TinGa模型在各种复杂度的数据集上都能产生准确的模型，并且在执行时间上表现最快 | NA | 开发一种新的轨迹推断方法，以改进现有的细胞发育动态模型 | 细胞发育动态的轨迹推断 | 单细胞转录组学 | NA | Growing Neural Graphs | Growing Neural Gas | 数据集 | 250个数据集，包括合成数据和真实数据 | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-09 |
ACE2 and TMPRSS2 expression by clinical, HLA, immune, and microbial correlates across 34 human cancers and matched normal tissues: implications for SARS-CoV-2 COVID-19
2020-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-001020
PMID:32675312
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研究论文 | 本文通过整合多个数据库，研究了34种人类癌症及其匹配正常组织中ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、HLA、免疫和微生物相关因素的关系，为SARS-CoV-2 COVID-19的防治提供依据 | 本文首次在大规模范围内整合了ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、遗传和微生物领域的关联，并发现了与微生物群的新关联 | 本文未发现临床因素和HLA基因型与ACE2和TMPRSS2基因表达水平的持续显著关联 | 研究ACE2和TMPRSS2基因在不同癌症及正常组织中的表达情况，并探讨其与临床、遗传、免疫和微生物因素的关系 | 34种人类癌症及其匹配正常组织中的ACE2和TMPRSS2基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 34种人类癌症及其匹配正常组织 | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-09 |
Immunophenotyping of COVID-19 and influenza highlights the role of type I interferons in development of severe COVID-19
2020-07-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abd1554
PMID:32651212
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs），以识别导致COVID-19严重进展的因素 | 首次揭示了重度COVID-19患者中I型干扰素反应与TNF/IL-1β驱动的炎症共存的现象，并提出I型干扰素在加重COVID-19炎症中的关键作用 | NA | 识别导致COVID-19严重进展的因素 | 健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的PBMCs样本 | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-09 |
Selective LXR agonist DMHCA corrects retinal and bone marrow dysfunction in type 2 diabetes
2020-07-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.137230
PMID:32641586
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研究论文 | 本研究探讨了选择性LXR激动剂DMHCA在2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞中的作用及其分子机制 | DMHCA能够纠正糖尿病引起的视网膜和骨髓功能障碍，恢复视网膜结构和胆固醇稳态，并减少系统性炎症 | NA | 研究DMHCA在2型糖尿病中的治疗效果及其分子机制 | 2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-09 |
Comparative analysis of single-cell transcriptomics in human and Zebrafish oocytes
2020-Jul-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06860-z
PMID:32640983
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术比较了人类和斑马鱼卵母细胞的基因表达 | 首次详细比较了斑马鱼和人类卵母细胞的转录组，并发现高度表达的同源基因在两种生物中具有相似的功能类别 | NA | 探讨斑马鱼和人类卵母细胞在基因表达水平上的相似性 | 人类和斑马鱼的卵母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及斑马鱼和人类卵母细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-09 |
Sierra: discovery of differential transcript usage from polyA-captured single-cell RNA-seq data
2020-07-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02071-7
PMID:32641141
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Sierra的计算流程，用于从常用的polyA捕获的单细胞RNA-seq数据中发现差异转录本使用情况 | Sierra能够检测单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况，这是当前大多数单细胞RNA-seq生物信息学工具所忽略的 | NA | 开发一种新的计算方法来分析单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况 | 单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 包括人类外周血单个核细胞和Tabula Muris数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy
2020-07-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17186-5
PMID:32641768
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞的转录组，揭示了胶质母细胞瘤重现正常神经发育层次的现象 | 发现了胶质母细胞瘤中保守的神经三线性癌症层次结构，并展示了这种层次结构在识别特定于癌症干细胞的治疗靶点中的应用 | NA | 探讨癌症干细胞在胶质母细胞瘤起始、发展和治疗抵抗中的作用，并揭示其与胶质母细胞瘤异质性的关系 | 成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 53586个成人胶质母细胞瘤细胞和22637个正常人类胎儿脑细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals that lung mesenchymal progenitor cells in IPF exhibit pathological features early in their differentiation trajectory
2020-07-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-66630-5
PMID:32636398
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了335个从3名对照组和3名特发性肺纤维化（IPF）患者肺部分离的间充质前体细胞（MPCs）的转录组，探讨了IPF MPCs在其分化轨迹中获得纤维化特性的位置 | 首次使用转录熵作为分化状态的指标，并验证了CD44作为最熵IPF MPCs的特征，以及通过FACS和形态学验证分析 | NA | 确定特发性肺纤维化中MPCs在其分化轨迹中何时获得纤维化特性 | 间充质前体细胞（MPCs） | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 335个MPCs，来自3名对照组和3名IPF患者 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-09 |
Baseline Frequency of Inflammatory Cxcl9-Expressing Tumor-Associated Macrophages Predicts Response to Avelumab Treatment
2020-07-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107873
PMID:32640238
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中的免疫异质性，探讨avelumab治疗反应的潜在机制 | 发现了一种与avelumab治疗反应相关的促炎性肿瘤相关巨噬细胞群体，这些巨噬细胞是干扰素诱导的趋化因子Cxcl9的主要来源 | NA | 研究avelumab治疗反应的潜在机制 | 肿瘤微环境中的免疫异质性及肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-09 |
Comparison of Scanpy-based algorithms to remove the batch effect from single-cell RNA-seq data
2020-Jul-06, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-020-00041-9
PMID:32632608
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研究论文 | 本文比较了四种基于Scanpy的批量校正方法在两个大型单细胞RNA测序数据集上的优势和局限性 | 本文量化评估了批量校正性能和效率，并在算法层面讨论了评估方法之间的性能差异 | NA | 研究如何选择最佳的整合方法来去除批量效应 | 四种常用的基于Scanpy的批量校正方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | 两个大型单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |