单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	PhISCS-BnB: a fast branch and bound algorithm for the perfect tumor phylogeny reconstruction problem 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa464 PMID:32657358	研究论文	本文介绍了一种名为PhISCS-BnB的分支定界算法，用于从单细胞测序（SCS）数据中提取的基因型矩阵计算最可能的完美肿瘤系统发育	PhISCS-BnB算法不仅提供了最优性保证，而且在模拟的肿瘤SCS数据上比现有最佳方法快10-100倍	NA	开发一种能够处理新兴SCS数据规模和噪声特征的新方法，以充分利用这项技术	肿瘤系统发育重建	生物信息学	皮肤癌	单细胞测序（SCS）	分支定界算法	基因型矩阵	涉及20个克隆和2367个突变的大型黑色素瘤数据集
82	2024-08-09	Identification of conserved evolutionary trajectories in tumors 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa453 PMID:32657374	研究论文	本文介绍了一种名为CONETT的组合优化方法，用于检测肿瘤中的重复进化轨迹，并构建了基于肿瘤样本中改变事件时间顺序的保守进化轨迹的共识树	提出了一种新的组合优化方法CONETT，用于识别肿瘤中的重复进化轨迹	NA	旨在从肿瘤活检测序数据中推断肿瘤的亚克隆组成和进化历史	多区域、时间序列和单细胞测序数据中的肿瘤进化特征	生物信息学	肾细胞癌，非小细胞肺癌	测序	组合优化方法	测序数据	100例肾透明细胞癌和99例非小细胞肺癌患者
83	2024-08-09	A Bayesian framework for inter-cellular information sharing improves dscRNA-seq quantification 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa450 PMID:32657394	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架，通过细胞间的信息共享来改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	引入了一种基于锚点的方法来连接具有相似基因表达模式的细胞，并学习了提供给alevin基因多重映射分辨算法的经验性先验，从而改进了没有唯一映射读取的基因的定量估计	NA	改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	dscRNA-seq数据的基因定量估计	数字病理学	NA	dscRNA-seq	贝叶斯框架	dscRNA-seq数据	多种模拟和真实数据集
84	2024-08-09	BIRD: identifying cell doublets via biallelic expression from single cells 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa474 PMID:32657402	研究论文	本文介绍了一种名为BIRD的流程，通过单细胞转录组数据中的杂合遗传变异来识别双细胞	利用单等位基因与双等位基因表达的比例作为区分双细胞的特征，这一方法在识别具有相同遗传背景的细胞混合物中的双细胞方面具有创新性	BIRD的性能受实验方法、单倍型间的基因组多样性、序列覆盖度和深度等因素的影响	开发一种新的方法来识别和估计单细胞实验数据中的双细胞污染	单细胞转录组数据中的双细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	预测模型	转录组数据	163个初级成纤维细胞单细胞和约13,300个单细胞的外周血细胞
85	2024-08-09	TinGa: fast and flexible trajectory inference with Growing Neural Gas 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa463 PMID:32657409	研究论文	本文介绍了一种名为TinGa的新型轨迹推断模型，该模型基于Growing Neural Graphs，具有快速和灵活的特点	TinGa模型在各种复杂度的数据集上都能产生准确的模型，并且在执行时间上表现最快	NA	开发一种新的轨迹推断方法，以改进现有的细胞发育动态模型	细胞发育动态的轨迹推断	单细胞转录组学	NA	Growing Neural Graphs	Growing Neural Gas	数据集	250个数据集，包括合成数据和真实数据
86	2024-08-09	Single-cell lineage tracing unveils a role for TCF15 in haematopoiesis 2020-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2503-6 PMID:32669716	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表达性慢病毒条形码技术，揭示了转录因子TCF15在造血干细胞（HSCs）中的作用及其对长期自我更新能力的调控	首次通过体内CRISPR筛选发现转录因子TCF15对于驱动HSC静止和长期自我更新是必需且充分的，并揭示了与功能性干细胞异质性相关的克隆内分子程序	测序实验的破坏性质阻止了同时观察干细胞状态和功能	探究造血干细胞在克隆水平上的再生行为的多样性及其背后的机制	造血干细胞（HSCs）及其在骨髓移植治疗中的长期再生能力	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	CRISPR筛选	RNA	单个成年造血干细胞及其克隆轨迹
87	2024-08-09	ACE2 and TMPRSS2 expression by clinical, HLA, immune, and microbial correlates across 34 human cancers and matched normal tissues: implications for SARS-CoV-2 COVID-19 2020-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001020 PMID:32675312	研究论文	本文通过整合多个数据库，研究了34种人类癌症及其匹配正常组织中ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、HLA、免疫和微生物相关因素的关系，为SARS-CoV-2 COVID-19的防治提供依据	本文首次在大规模范围内整合了ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、遗传和微生物领域的关联，并发现了与微生物群的新关联	本文未发现临床因素和HLA基因型与ACE2和TMPRSS2基因表达水平的持续显著关联	研究ACE2和TMPRSS2基因在不同癌症及正常组织中的表达情况，并探讨其与临床、遗传、免疫和微生物因素的关系	34种人类癌症及其匹配正常组织中的ACE2和TMPRSS2基因表达	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	34种人类癌症及其匹配正常组织
88	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomics CRISPR-Activation Screen Identifies Epigenetic Regulators of the Zygotic Genome Activation Program 2020-07-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.06.004 PMID:32634384	研究论文	本文结合CRISPR激活（CRISPRa）与单细胞转录组学，在鼠胚胎干细胞中识别调控类似合子基因组激活（ZGA）的表观遗传调控因子	首次使用CRISPRa结合单细胞转录组学技术，在鼠胚胎干细胞中进行大规模功能筛选，以识别ZGA调控因子	研究主要在体外鼠胚胎干细胞中进行，可能与体内早期胚胎的实际情况存在差异	识别调控合子基因组激活（ZGA）的表观遗传调控因子	鼠胚胎干细胞中的ZGA调控因子	表观遗传学	NA	CRISPR激活（CRISPRa）、单细胞转录组学	多组学因子分析（MOFA+）	单细胞转录组	约200,000个单细胞转录组，包含230个CRISPRa扰动
89	2024-08-09	Immunophenotyping of COVID-19 and influenza highlights the role of type I interferons in development of severe COVID-19 2020-07-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abd1554 PMID:32651212	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs），以识别导致COVID-19严重进展的因素	首次揭示了重度COVID-19患者中I型干扰素反应与TNF/IL-1β驱动的炎症共存的现象，并提出I型干扰素在加重COVID-19炎症中的关键作用	NA	识别导致COVID-19严重进展的因素	健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的PBMCs样本
90	2024-08-09	Selective LXR agonist DMHCA corrects retinal and bone marrow dysfunction in type 2 diabetes 2020-07-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.137230 PMID:32641586	研究论文	本研究探讨了选择性LXR激动剂DMHCA在2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞中的作用及其分子机制	DMHCA能够纠正糖尿病引起的视网膜和骨髓功能障碍，恢复视网膜结构和胆固醇稳态，并减少系统性炎症	NA	研究DMHCA在2型糖尿病中的治疗效果及其分子机制	2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞
91	2024-08-09	Comparative analysis of single-cell transcriptomics in human and Zebrafish oocytes 2020-Jul-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06860-z PMID:32640983	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术比较了人类和斑马鱼卵母细胞的基因表达	首次详细比较了斑马鱼和人类卵母细胞的转录组，并发现高度表达的同源基因在两种生物中具有相似的功能类别	NA	探讨斑马鱼和人类卵母细胞在基因表达水平上的相似性	人类和斑马鱼的卵母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及斑马鱼和人类卵母细胞的单细胞RNA测序数据
92	2024-08-09	Sierra: discovery of differential transcript usage from polyA-captured single-cell RNA-seq data 2020-07-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02071-7 PMID:32641141	研究论文	本文介绍了一种名为Sierra的计算流程，用于从常用的polyA捕获的单细胞RNA-seq数据中发现差异转录本使用情况	Sierra能够检测单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况，这是当前大多数单细胞RNA-seq生物信息学工具所忽略的	NA	开发一种新的计算方法来分析单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况	单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	包括人类外周血单个核细胞和Tabula Muris数据集
93	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy 2020-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17186-5 PMID:32641768	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞的转录组，揭示了胶质母细胞瘤重现正常神经发育层次的现象	发现了胶质母细胞瘤中保守的神经三线性癌症层次结构，并展示了这种层次结构在识别特定于癌症干细胞的治疗靶点中的应用	NA	探讨癌症干细胞在胶质母细胞瘤起始、发展和治疗抵抗中的作用，并揭示其与胶质母细胞瘤异质性的关系	成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53586个成人胶质母细胞瘤细胞和22637个正常人类胎儿脑细胞
94	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals that lung mesenchymal progenitor cells in IPF exhibit pathological features early in their differentiation trajectory 2020-07-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66630-5 PMID:32636398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了335个从3名对照组和3名特发性肺纤维化（IPF）患者肺部分离的间充质前体细胞（MPCs）的转录组，探讨了IPF MPCs在其分化轨迹中获得纤维化特性的位置	首次使用转录熵作为分化状态的指标，并验证了CD44作为最熵IPF MPCs的特征，以及通过FACS和形态学验证分析	NA	确定特发性肺纤维化中MPCs在其分化轨迹中何时获得纤维化特性	间充质前体细胞（MPCs）	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	335个MPCs，来自3名对照组和3名IPF患者
95	2024-08-09	Baseline Frequency of Inflammatory Cxcl9-Expressing Tumor-Associated Macrophages Predicts Response to Avelumab Treatment 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107873 PMID:32640238	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中的免疫异质性，探讨avelumab治疗反应的潜在机制	发现了一种与avelumab治疗反应相关的促炎性肿瘤相关巨噬细胞群体，这些巨噬细胞是干扰素诱导的趋化因子Cxcl9的主要来源	NA	研究avelumab治疗反应的潜在机制	肿瘤微环境中的免疫异质性及肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
96	2024-08-09	Single-Cell and Population Transcriptomics Reveal Pan-epithelial Remodeling in Type 2-High Asthma 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107872 PMID:32640237	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了IL-13在人类气道上皮细胞培养中的作用，揭示了IL-13在哮喘类型2高（T2H）中的广泛上皮重塑现象。	发现IL-13在所有细胞类型中诱导了一个独特的转录状态，导致粘液分泌细胞和防御分泌细胞转变为一种具有新生物合成和分泌功能的化生状态，同时在纤毛细胞中引起内质网应激和细胞死亡。	NA	进一步研究不完全理解的哮喘类型2高（T2H）的病理生物学机制。	IL-13对人类气道上皮细胞的影响。	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及哮喘类型2高和类型2低儿童的鼻气道上皮细胞。
97	2024-08-09	Comparison of Scanpy-based algorithms to remove the batch effect from single-cell RNA-seq data 2020-Jul-06, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-020-00041-9 PMID:32632608	研究论文	本文比较了四种基于Scanpy的批量校正方法在两个大型单细胞RNA测序数据集上的优势和局限性	本文量化评估了批量校正性能和效率，并在算法层面讨论了评估方法之间的性能差异	NA	研究如何选择最佳的整合方法来去除批量效应	四种常用的基于Scanpy的批量校正方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	两个大型单细胞RNA测序数据集
98	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analyses of the Developing Meninges Reveal Meningeal Fibroblast Diversity and Function 2020-07-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.06.009 PMID:32634398	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了发育中的脑膜，揭示了脑膜成纤维细胞的多样性和功能	首次报道了胚胎期硬脑膜、蛛网膜和软脑膜中成纤维细胞的不同转录特征，并定义了新的脑膜层标志物	NA	研究脑膜成纤维细胞的异质性和发育机制	脑膜成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
99	2024-08-09	The Impact of Single-Cell Genomics on Adipose Tissue Research 2020-Jul-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21134773 PMID:32635651	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在脂肪细胞生物学以及肥胖和糖尿病研究中的应用	结合纳米技术、分子生物学和信息学的独特调查能力，扩展了对脂肪组织组成和功能特化方面的理解	NA	总结scRNA-seq和snRNA-seq在脂肪细胞生物学中的应用，并推广其在肥胖和糖尿病研究中的使用	脂肪组织及其在代谢疾病中的作用	基因组学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
100	2024-08-09	How far is single-cell sequencing from clinical application? 2020-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.117 PMID:32623809	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA