单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 146 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
Lineage tracing meets single-cell omics: opportunities and challenges
2020-07, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-020-0223-2
PMID:32235876
|
综述 | 本文综述了单细胞组学与谱系追踪技术结合的最新进展、挑战及机遇 | 结合单细胞测序技术和基于测序的谱系追踪方法，能够将克隆关系映射到转录组图谱上，实现分子历史与有丝分裂历史的详细比较 | NA | 探讨发育生物学和干细胞生物学中绘制分化细胞类型发育历史（发生学）的基本目标 | 单细胞测序技术和基于测序的谱系追踪方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | 数百万个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19
2020-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0944-y
PMID:32514174
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了严重COVID-19患者的外周血单核细胞，揭示了其免疫细胞表型的重构 | 首次提供了严重COVID-19患者外周免疫反应的细胞图谱，并发现外周单核细胞和淋巴细胞不表达大量促炎细胞因子 | 样本量较小，仅包括七名COVID-19患者和六名健康对照 | 阐明严重COVID-19中可能导致免疫病理或保护性免疫的外周免疫细胞途径 | 严重COVID-19患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七名COVID-19患者和六名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-07 |
Identifying tumor clones in sparse single-cell mutation data
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa449
PMID:32657385
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SBMClone的方法，用于从超低覆盖率的单细胞突变数据中识别肿瘤克隆 | SBMClone使用随机块模型克服了超低覆盖率单细胞测序数据中的稀疏性问题 | 目前方法仅限于分析大型拷贝数异常（CNAs），而单核苷酸突变数据的稀疏性仍是一个挑战 | 开发一种方法，从超低覆盖率的单细胞测序数据中准确推断出共享体细胞单核苷酸突变的细胞集群 | 单细胞全基因组测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞全基因组测序 | 随机块模型 | 单细胞突变数据 | 两个乳腺癌患者的单细胞全基因组测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-07 |
Robust and accurate deconvolution of tumor populations uncovers evolutionary mechanisms of breast cancer metastasis
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa396
PMID:32657393
|
研究论文 | 开发了一种名为RAD的新工具包，用于从多个转录组样本中解卷积出生物学上有意义的肿瘤亚群，并应用于乳腺癌转移数据集 | RAD工具包采用基因模块压缩和混合优化器，提高了RNA数据中的噪声抑制能力，并能准确推断细胞群在转移过程中的适应性变化 | NA | 揭示乳腺癌转移过程中的克隆进化机制 | 乳腺癌转移的肿瘤亚群和进化机制 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 混合优化器 | 转录组数据 | 多个转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-07 |
Trajectory and Functional Analysis of PD-1high CD4+CD8+ T Cells in Hepatocellular Carcinoma by Single-Cell Cytometry and Transcriptome Sequencing
2020-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202000224
PMID:32670760
|
研究论文 | 本研究通过单细胞流式细胞术和转录组测序分析了肝细胞癌中PD-1高表达的CD4+CD8+ T细胞的轨迹和功能 | 首次系统地描述了肝细胞癌中PD-1DPT细胞的独特分布，并提出了肿瘤相关DPT细胞功能和起源的新见解 | NA | 研究肝细胞癌中免疫微环境的异质性，特别是PD-1高表达的CD4+CD8+ T细胞的功能和起源 | 肝细胞癌中的PD-1高表达CD4+CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞流式细胞术，转录组测序 | NA | 细胞 | 17,432,600个免疫细胞，来自39个匹配的肝细胞癌（T）、非肿瘤（N）和前沿（L）样本 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-07 |
Localization of Cell Receptor-Related Genes of SARS-CoV-2 in the Kidney through Single-Cell Transcriptome Analysis
2020-Jul, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000508162
PMID:32903321
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了SARS-CoV-2相关细胞受体基因在肾脏中的定位。 | 首次详细分析了ACE2、TMPRSS2和SLC6A19在肾脏不同细胞类型中的表达模式，揭示了这些基因在不同组织中的分布差异。 | 研究主要集中在肾脏，未涵盖所有可能受SARS-CoV-2影响的器官和组织。 | 旨在理解SARS-CoV-2在不同组织，特别是肾脏中的发病机制。 | SARS-CoV-2相关细胞受体基因ACE2、TMPRSS2和SLC6A19在肾脏细胞中的表达。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了人类细胞图谱（HCL）和其他相关单细胞转录数据库的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-07 |
Cell type-specific immune dysregulation in severely ill COVID-19 patients
2020-Jul-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.07.23.20161182
PMID:32743611
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19患者外周血单个核细胞的转录组，以揭示严重病例中的免疫失调反应 | 首次详细描述了COVID-19患者中ARDS相关的特定免疫缺陷和炎症反应 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 进一步阐明SARS-CoV-2感染导致严重临床过程的免疫失调反应 | COVID-19患者的免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 17名COVID-19患者，包括5名轻症患者、6名发展为ARDS的患者和6名从ARDS恢复的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-07 |
Sel1L-Hrd1 ER-associated degradation maintains β cell identity via TGF-β signaling
2020-07-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI134874
PMID:32182217
|
研究论文 | 本文通过比较β细胞特异性删除内质网相关降解（ERAD）和自噬的小鼠模型，揭示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体在维持β细胞成熟和身份中的作用 | 首次展示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体通过TGF-β信号通路控制β细胞身份，并提供了针对蛋白质质量控制不同机制的治疗框架 | NA | 探讨β细胞损失的分子驱动因素 | β细胞的成熟和身份维持 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-07 |
MYC Drives Temporal Evolution of Small Cell Lung Cancer Subtypes by Reprogramming Neuroendocrine Fate
2020-07-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2020.05.001
PMID:32473656
|
研究论文 | 本研究通过时间序列单细胞转录组分析，揭示了MYC在小细胞肺癌亚型动态演化中的驱动作用 | 首次揭示了MYC通过激活Notch信号通路，促使小细胞肺癌从ASCL1到NEUROD1再到YAP1状态的时间性转变 | NA | 探讨MYC在小细胞肺癌亚型演化中的作用机制 | 小细胞肺癌的分子亚型及其动态演化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠和人类模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq unveils critical regulators of human FOXP3+ regulatory T cell stability
2020-Jul-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2020.01.002
PMID:36659163
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了人类调节T细胞在白细胞介素-6（IL-6）刺激下的反应及其与细胞抑制功能的关系 | 发现了CYP1A1作为调节T细胞抑制能力和稳定性的关键调控因子，这一发现为生物疗法的临床应用提供了新的潜在靶点 | NA | 探讨炎症条件下调节T细胞的异质性和抑制活性 | 人类FOXP3+调节T细胞在IL-6刺激下的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-08 |
TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics
2020-07, Proceedings of machine learning research
PMID:34337419
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学 | 将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径 | 传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径 | 解决现有方法在模拟动态过程中的局限性 | 细胞动力学 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 连续归一化流 | 时间序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-09 |
Landscape of transcript isoforms in single T cells infiltrating in non-small-cell lung cancer
2020-07-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2020.06.006
PMID:32998846
|
研究论文 | 本文提出了一种名为IDEA的计算方法，用于全面检测和注释肿瘤浸润T细胞中的差异表达的转录本异构体，并应用于非小细胞肺癌的单细胞RNA测序数据集 | 首次在转录本异构体水平上分析肿瘤浸润T细胞，揭示了T细胞在肿瘤微环境中的分子特征 | NA | 旨在深入了解肿瘤浸润T细胞的分子机制 | 非小细胞肺癌中的肿瘤浸润T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算方法（IDEA） | 转录本异构体数据 | 12,346个T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics identifies multiple pathways underlying antitumor function of TCR- and CD8αβ-engineered human CD4+ T cells
2020-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz7809
PMID:32923584
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞的抗肿瘤功能及其转录基础。 | 本研究首次揭示了TCR8表达在CD4 T细胞中增强抗肿瘤功能的分子特征，为开发新型免疫疗法提供了理论基础。 | NA | 探究表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞的抗肿瘤功能及其转录基础。 | 表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞及其在肿瘤挑战后的功能变化。 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类CD4和CD8 T细胞，具体数量未在摘要中明确。 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-09 |
Single-Cell Heterogeneity of Cutaneous T-Cell Lymphomas Revealed Using RNA-Seq Technologies
2020-Jul-31, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12082129
PMID:32751918
|
review | 本文综述了利用RNA测序和单细胞RNA测序技术揭示皮肤T细胞淋巴瘤恶性细胞分子异质性的新见解 | 利用高吞吐量技术如RNA测序和单细胞RNA测序来识别肿瘤特异性分子特征 | 皮肤T细胞淋巴瘤发展的详细发病机制仍需探索 | 总结利用高吞吐量技术揭示恶性细胞分子异质性的新见解，为治疗、诊断和预后提供指导 | 皮肤T细胞淋巴瘤的分子异质性 | digital pathology | 皮肤T细胞淋巴瘤 | RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-09 |
Histone deacetylase 3 controls lung alveolar macrophage development and homeostasis
2020-07-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17630-6
PMID:32732898
|
研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去乙酰化酶3（HDAC3）在肺泡巨噬细胞胚胎发育、出生后稳态、成熟及骨髓再生中的关键作用 | 首次阐明HDAC3是调控肺泡巨噬细胞发育和稳态的关键表观遗传因子 | NA | 探讨肺泡巨噬细胞发育和维持的调控机制 | 肺泡巨噬细胞的发育、稳态、成熟及再生 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个肺泡巨噬细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-09 |
mSphere of Influence: Organoids and Single-Cell Sequencing, a Powerful Combination To Uncover Epithelial and Immune Cell Interactions in the Human Gut Environment
2020-07-29, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/mSphere.00722-20
PMID:32727865
|
评论 | 文章回顾了肠道类器官和高通量单细胞测序技术在黏膜免疫学领域的应用 | 结合肠道类器官和高通量单细胞测序技术，为研究宿主对肠道病原体的免疫机制提供了新的机会 | NA | 探讨黏膜免疫学和疫苗研究中肠道类器官与单细胞测序技术的应用 | 肠道上皮细胞和免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 高通量测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-09 |
Cycling Stem Cells Are Radioresistant and Regenerate the Intestine
2020-07-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107952
PMID:32726617
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了肠道隐窝中Msi1标记细胞的DNA损伤抵抗特性及其在肠道再生中的作用 | 首次揭示了Msi1细胞作为循环肠道干细胞在肠道再生中的关键作用，这些细胞具有DNA损伤抵抗性，能够在Lgr5细胞不出现时有效重构肠道上皮 | NA | 阐明肠道再生过程中的细胞机制 | 肠道隐窝中的Msi1标记细胞及其在肠道再生中的作用 | NA | NA | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-09 |
Bayesian model selection reveals biological origins of zero inflation in single-cell transcriptomics
2020-07-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02103-2
PMID:32718323
|
研究论文 | 本文通过贝叶斯模型选择方法，明确展示了在多个生物学上现实的单细胞RNA测序数据集中存在零膨胀现象，并指出其主要原因不是技术性的而是生物学性质的 | 本文首次通过贝叶斯模型选择方法明确展示了单细胞RNA测序数据中的零膨胀现象，并揭示了其生物学起源 | 尽管证明了零膨胀的存在，但作者推荐使用非零膨胀的负二项分布的广义线性模型作为单细胞RNA测序分析的合适参考模型 | 探讨单细胞RNA测序数据中零膨胀的生物学起源及其在分析中的适当处理方法 | 单细胞RNA测序数据中的零膨胀现象及其生物学和技术学原因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型选择 | 基因表达数据 | 多个生物学上现实的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-09 |
Proteolysis targeting chimeras (PROTACs) are emerging therapeutics for hematologic malignancies
2020-07-27, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-020-00924-z
PMID:32718354
|
综述 | 本文综述了蛋白酶体靶向嵌合体（PROTACs）在血液恶性肿瘤治疗中的应用潜力，并讨论了提高其临床安全性的策略 | PROTACs通过独特的机制（即以亚化学计量方式降解目标蛋白），能够靶向“不可成药”和突变蛋白，并提高目标选择性 | PROTACs在临床应用中存在一些靶向毒性问题 | 探讨PROTACs在血液恶性肿瘤治疗中的应用及提高其安全性的策略 | PROTACs及其在血液恶性肿瘤治疗中的应用 | NA | 血液恶性肿瘤 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-09 |
scPADGRN: A preconditioned ADMM approach for reconstructing dynamic gene regulatory network using single-cell RNA sequencing data
2020-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1007471
PMID:32716923
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scPADGRN的新方法，用于利用单细胞RNA测序数据重建动态基因调控网络 | scPADGRN结合了预处理交替方向乘子法和细胞聚类，提高了准确性、鲁棒性和快速收敛性 | NA | 重建动态基因调控网络，揭示细胞分化和疾病发展中的关键转录调控因子 | 单细胞RNA测序数据中的动态基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预处理交替方向乘子法 | 时间序列数据 | 基于三个真实的单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |