单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-08	Single-cell RNA-seq unveils critical regulators of human FOXP3+ regulatory T cell stability 2020-Jul-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2020.01.002 PMID:36659163	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了人类调节T细胞在白细胞介素-6（IL-6）刺激下的反应及其与细胞抑制功能的关系	发现了CYP1A1作为调节T细胞抑制能力和稳定性的关键调控因子，这一发现为生物疗法的临床应用提供了新的潜在靶点	NA	探讨炎症条件下调节T细胞的异质性和抑制活性	人类FOXP3+调节T细胞在IL-6刺激下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
62	2024-08-08	TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics 2020-07, Proceedings of machine learning research PMID:34337419	研究论文	本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学	将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径	传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径	解决现有方法在模拟动态过程中的局限性	细胞动力学	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	连续归一化流	时间序列数据	NA
63	2024-08-09	Single-cell analyses identify dysfunctional CD16+ CD8 T cells in smokers 2020-07-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2020.100054 PMID:33163982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了吸烟者和非吸烟者外周血中的免疫细胞，发现吸烟者中CD16+ CD8 T细胞亚群增加，这些细胞表现出NK细胞样特征和免疫老化迹象	首次揭示吸烟者中CD16+ CD8 T细胞亚群的增加及其与免疫老化的关联	NA	识别吸烟对免疫细胞的影响	吸烟者和非吸烟者的外周血免疫细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	吸烟者和非吸烟者的外周血样本
64	2024-08-09	Landscape of transcript isoforms in single T cells infiltrating in non-small-cell lung cancer 2020-07-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2020.06.006 PMID:32998846	研究论文	本文提出了一种名为IDEA的计算方法，用于全面检测和注释肿瘤浸润T细胞中的差异表达的转录本异构体，并应用于非小细胞肺癌的单细胞RNA测序数据集	首次在转录本异构体水平上分析肿瘤浸润T细胞，揭示了T细胞在肿瘤微环境中的分子特征	NA	旨在深入了解肿瘤浸润T细胞的分子机制	非小细胞肺癌中的肿瘤浸润T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	计算方法（IDEA）	转录本异构体数据	12,346个T细胞
65	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies multiple pathways underlying antitumor function of TCR- and CD8αβ-engineered human CD4+ T cells 2020-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaz7809 PMID:32923584	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞的抗肿瘤功能及其转录基础。	本研究首次揭示了TCR8表达在CD4 T细胞中增强抗肿瘤功能的分子特征，为开发新型免疫疗法提供了理论基础。	NA	探究表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞的抗肿瘤功能及其转录基础。	表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞及其在肿瘤挑战后的功能变化。	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类CD4和CD8 T细胞，具体数量未在摘要中明确。
66	2024-08-09	Deep learning-based cell composition analysis from tissue expression profiles 2020-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba2619 PMID:32832661	研究论文	本文介绍了Scaden，一种基于深度神经网络的细胞解卷积方法，利用基因表达信息推断组织中的细胞组成	Scaden通过单细胞RNA测序数据训练，生成具有抗偏差和噪声能力的判别特征，无需复杂的数据预处理和特征选择	NA	开发一种新型的细胞解卷积算法，提高解卷积的精确度和鲁棒性	细胞解卷积算法在不同类型数据上的应用	机器学习	NA	RNA-seq	深度神经网络	基因表达数据	涉及人类和鼠类的组织表达数据
67	2024-08-09	Single-Cell Heterogeneity of Cutaneous T-Cell Lymphomas Revealed Using RNA-Seq Technologies 2020-Jul-31, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12082129 PMID:32751918	review	本文综述了利用RNA测序和单细胞RNA测序技术揭示皮肤T细胞淋巴瘤恶性细胞分子异质性的新见解	利用高吞吐量技术如RNA测序和单细胞RNA测序来识别肿瘤特异性分子特征	皮肤T细胞淋巴瘤发展的详细发病机制仍需探索	总结利用高吞吐量技术揭示恶性细胞分子异质性的新见解，为治疗、诊断和预后提供指导	皮肤T细胞淋巴瘤的分子异质性	digital pathology	皮肤T细胞淋巴瘤	RNA测序	NA	RNA	NA
68	2024-08-09	Histone deacetylase 3 controls lung alveolar macrophage development and homeostasis 2020-07-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17630-6 PMID:32732898	研究论文	本研究揭示了组蛋白去乙酰化酶3（HDAC3）在肺泡巨噬细胞胚胎发育、出生后稳态、成熟及骨髓再生中的关键作用	首次阐明HDAC3是调控肺泡巨噬细胞发育和稳态的关键表观遗传因子	NA	探讨肺泡巨噬细胞发育和维持的调控机制	肺泡巨噬细胞的发育、稳态、成熟及再生	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个肺泡巨噬细胞亚群
69	2024-08-09	mSphere of Influence: Organoids and Single-Cell Sequencing, a Powerful Combination To Uncover Epithelial and Immune Cell Interactions in the Human Gut Environment 2020-07-29, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/mSphere.00722-20 PMID:32727865	评论	文章回顾了肠道类器官和高通量单细胞测序技术在黏膜免疫学领域的应用	结合肠道类器官和高通量单细胞测序技术，为研究宿主对肠道病原体的免疫机制提供了新的机会	NA	探讨黏膜免疫学和疫苗研究中肠道类器官与单细胞测序技术的应用	肠道上皮细胞和免疫细胞的相互作用	数字病理学	NA	高通量测序	NA	单细胞数据	NA
70	2024-08-09	Interactions of Monocytes, HIV, and ART Identified by an Innovative scRNAseq Pipeline: Pathways to Reservoirs and HIV-Associated Comorbidities 2020-07-28, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.01037-20 PMID:32723919	研究论文	本文开发了一种创新的单细胞RNA测序（scRNAseq）流程，用于同时检测HIV和宿主转录本，并研究了成熟单核细胞亚群在HIV和抗逆转录病毒治疗（ART）下的差异表达基因。	本文首次使用scRNAseq技术同时检测HIV和宿主转录本，并揭示了HIV成熟单核细胞与未感染单核细胞之间的基因表达差异。	NA	研究HIV和ART对成熟单核细胞亚群的影响，以及这些亚群在HIV相关并发症和病毒库形成中的作用。	成熟单核细胞亚群，包括CD14CD16细胞，以及它们在HIV和ART下的基因表达差异。	数字病理学	HIV	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录本	NA
71	2024-08-09	Cycling Stem Cells Are Radioresistant and Regenerate the Intestine 2020-07-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107952 PMID:32726617	研究论文	本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了肠道隐窝中Msi1标记细胞的DNA损伤抵抗特性及其在肠道再生中的作用	首次揭示了Msi1细胞作为循环肠道干细胞在肠道再生中的关键作用，这些细胞具有DNA损伤抵抗性，能够在Lgr5细胞不出现时有效重构肠道上皮	NA	阐明肠道再生过程中的细胞机制	肠道隐窝中的Msi1标记细胞及其在肠道再生中的作用	NA	NA	谱系追踪，单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞
72	2024-08-09	Bayesian model selection reveals biological origins of zero inflation in single-cell transcriptomics 2020-07-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02103-2 PMID:32718323	研究论文	本文通过贝叶斯模型选择方法，明确展示了在多个生物学上现实的单细胞RNA测序数据集中存在零膨胀现象，并指出其主要原因不是技术性的而是生物学性质的	本文首次通过贝叶斯模型选择方法明确展示了单细胞RNA测序数据中的零膨胀现象，并揭示了其生物学起源	尽管证明了零膨胀的存在，但作者推荐使用非零膨胀的负二项分布的广义线性模型作为单细胞RNA测序分析的合适参考模型	探讨单细胞RNA测序数据中零膨胀的生物学起源及其在分析中的适当处理方法	单细胞RNA测序数据中的零膨胀现象及其生物学和技术学原因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型选择	基因表达数据	多个生物学上现实的单细胞RNA测序数据集
73	2024-08-09	Proteolysis targeting chimeras (PROTACs) are emerging therapeutics for hematologic malignancies 2020-07-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-020-00924-z PMID:32718354	综述	本文综述了蛋白酶体靶向嵌合体（PROTACs）在血液恶性肿瘤治疗中的应用潜力，并讨论了提高其临床安全性的策略	PROTACs通过独特的机制（即以亚化学计量方式降解目标蛋白），能够靶向“不可成药”和突变蛋白，并提高目标选择性	PROTACs在临床应用中存在一些靶向毒性问题	探讨PROTACs在血液恶性肿瘤治疗中的应用及提高其安全性的策略	PROTACs及其在血液恶性肿瘤治疗中的应用	NA	血液恶性肿瘤	RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
74	2024-08-09	scPADGRN: A preconditioned ADMM approach for reconstructing dynamic gene regulatory network using single-cell RNA sequencing data 2020-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007471 PMID:32716923	研究论文	本文介绍了一种名为scPADGRN的新方法，用于利用单细胞RNA测序数据重建动态基因调控网络	scPADGRN结合了预处理交替方向乘子法和细胞聚类，提高了准确性、鲁棒性和快速收敛性	NA	重建动态基因调控网络，揭示细胞分化和疾病发展中的关键转录调控因子	单细胞RNA测序数据中的动态基因调控网络	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	预处理交替方向乘子法	时间序列数据	基于三个真实的单细胞数据集
75	2024-08-09	Identification of cell types from single cell data using stable clustering 2020-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66848-3 PMID:32703984	研究论文	本文提出了一种框架，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型，通过稳定的聚类方法来解决正确识别真实细胞类型的挑战	本文提出的方法假设数据的有意义特征在小数据扰动下仍然保持，并通过实验验证了其性能优于现有的五种方法	NA	从单细胞转录组数据中识别细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	八组公开可用的scRNA-seq数据集和五组模拟数据集
76	2024-08-09	Author Correction: Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model 2020-Jul-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02109-w PMID:32698904	correction	对基于多项式模型的单细胞RNA测序特征选择和降维方法的论文进行修正	NA	NA	修正先前发表的论文	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
77	2024-08-09	A robust nonlinear low-dimensional manifold for single cell RNA-seq data 2020-Jul-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03625-z PMID:32693778	研究论文	本文介绍了一种非线性潜在变量模型，该模型采用鲁棒的、重尾误差和自适应核学习方法，用于估计单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的低维非线性结构	本文提出了一种新的方法，能够处理未过滤和未归一化的计数数据，并在低维空间中估计不确定性	NA	探索细胞类型、状态和发展轨迹，以扩大我们对组织和器官中细胞异质性的理解	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	高斯过程潜在变量模型（GPLVM）	基因表达数据	多种scRNA-seq数据集
78	2024-08-09	Maturational Changes in Mouse Cutaneous Touch and Piezo2-Mediated Mechanotransduction 2020-07-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107912 PMID:32697985	研究论文	本研究探讨了小鼠皮肤触觉和Piezo2介导的机械转导在成熟过程中的变化	揭示了小鼠成熟过程中皮肤触觉敏感性和Piezo2介导的机械转导的下降，并发现了Piezo2表达的机械敏感DRG神经元中独特的转录变化	NA	强调准确年龄匹配的必要性，并揭示皮肤触觉在行为、机械转导和转录水平上的先前未知的成熟可塑性	小鼠皮肤触觉和Piezo2介导的机械转导	NA	NA	单细胞RNA测序（patch-seq）	NA	行为数据和电生理数据	使用4到12周龄的小鼠
79	2024-08-09	Parallel bimodal single-cell sequencing of transcriptome and chromatin accessibility 2020-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.257840.119 PMID:32699019	研究论文	本文开发了一种高灵敏度的自动化方法ASTAR-seq，用于同时测量单细胞内的全细胞转录组和染色质可及性	ASTAR-seq方法能够同时测量单细胞内的转录组和染色质可及性，揭示了不同细胞状态的转录和染色质可及性景观	NA	研究单细胞中转录状态与上游调控程序之间的关系	小鼠胚胎干细胞、人类不同谱系来源的细胞以及正在经历红细胞分化的人类脐带血细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	384个mESCs，424个人类细胞，480个脐带血细胞
80	2024-08-09	RNA Identification of PRIME Cells Predicting Rheumatoid Arthritis Flares 2020-07-16, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2004114 PMID:32668112	研究论文	本文通过纵向RNA测序研究类风湿性关节炎发作前的分子事件，发现PRIME细胞在发作前出现在血液中，并提出这些细胞在发作前几周被B细胞激活并迁移到滑膜的模型。	首次通过纵向RNA测序识别出在类风湿性关节炎发作前血液中出现的PRIME细胞，并提出其与B细胞激活和迁移至滑膜的机制。	研究样本量相对较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性。	探究类风湿性关节炎发作前的分子事件及其机制。	类风湿性关节炎患者的血液样本和滑膜组织。	数字病理学	类风湿性关节炎	RNA测序	NA	RNA	364个时间点的样本来自一名患者，235个时间点的样本来自三名额外患者，以及19名额外患者的验证样本。